单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 1117 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-05-01 |
Igf2 regulates early postnatal DPP4+ preadipocyte pool expansion
2025-12-01, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.352710.125
PMID:40930990
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序揭示了Igf2调控早期出生后DPP4+前脂肪细胞池扩展的机制 | 首次发现Igf2在早期生命阶段通过促进DPP4+前脂肪细胞增殖而非分化来驱动脂肪组织扩展 | 未提供具体局限性信息 | 阐明早期生命阶段促进脂肪组织快速扩展的分子机制 | 小鼠皮下脂肪组织中的DPP4+前脂肪细胞群体 | 单细胞转录组学 | 代谢健康肥胖 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠皮下脂肪组织样本（断奶前和成年小鼠） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 102 | 2026-05-01 |
αCGRP deficiency aggravates pulmonary fibrosis by promoting senescence in alveolar type 2 cells
2025-12, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00361-3
PMID:41023452
|
研究论文 | 本文探讨αCGRP（Calca）缺乏如何通过促进肺泡2型细胞衰老加剧肺纤维化 | 首次揭示αCGRP缺乏通过促进AT2细胞炎症性衰老加剧肺纤维化的机制，并采用单细胞RNA测序和标记自由蛋白质组学等多组学方法分析 | 未明确说明研究的局限性 | 探究αCGRP缺乏是否通过促进AT2细胞衰老加剧肺纤维化 | 肺纤维化患者样本及Calca基因敲除大鼠模型 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 标记自由蛋白质组学, 免疫组化 | NA | 组织切片, RNA测序数据, 蛋白质组数据 | 15名肺纤维化患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 103 | 2026-05-01 |
Cancer-associated fibroblast miR-148a-5p/CALD1/collagen VI pathway promotes proliferation in Helicobacter pylori-positive gastric cancer
2025-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01116-y
PMID:41171370
|
研究论文 | 发现幽门螺杆菌刺激的癌症相关成纤维细胞通过miR-148a-5p/CALD1/VI型胶原通路促进胃癌增殖 | 首次揭示幽门螺杆菌刺激的癌症相关成纤维细胞中TLR/miR-148a-5p/CALD1/VI型胶原信号通路在幽门螺杆菌阳性胃癌中的关键作用，并验证miR-148a-5p agomir作为化疗增敏剂的潜力 | 缺乏关于幽门螺杆菌对癌症相关成纤维细胞影响或治疗干预靶点的研究 | 研究幽门螺杆菌阳性胃癌中癌症相关成纤维细胞促进肿瘤增殖的机制及潜在治疗靶点 | 幽门螺杆菌阳性胃癌患者及小鼠模型 | 机器学习 | 胃癌 | 单细胞测序，转录组测序，微RNA测序 | NA | 测序数据，细胞系，小鼠模型 | 公开微RNA和转录组测序数据，单细胞测序数据，以及体外和体内模型 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 104 | 2026-05-01 |
High-resolution spatial transcriptomics uncover epidermal-dermal divergences in Merkel cell carcinoma: spatial context reshapes the gene expression landscape
2025-Dec, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03608-5
PMID:41131107
|
研究论文 | 利用高分辨率空间转录组学揭示Merkel细胞癌中表皮与真皮肿瘤细胞的基因表达差异，强调微环境对肿瘤细胞表型可塑性的影响 | 首次通过高分辨率空间转录组学比较Merkel细胞癌中表皮亲嗜性肿瘤细胞与真皮肿瘤细胞的转录组特征，发现微环境可诱导肿瘤细胞向角质细胞分化 | 未提及具体局限性 | 研究微环境对Merkel细胞癌细胞表型可塑性的调节作用 | Merkel细胞癌的表皮亲嗜性肿瘤细胞、肿瘤核心及血管旁肿瘤细胞 | 数字病理学 | Merkel细胞癌 | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间位置数据 | 未明确提及样本数量 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 10x Visium, 10x Chromium | 高分辨率空间转录组学平台及单细胞转录组学平台 |
| 105 | 2026-05-01 |
Transcriptomic Analysis of Skeletal Muscle Systems Comparing Bovines, Humans, and Mice Using scRNA-Seq
2025-12, Genesis (New York, N.Y. : 2000)
DOI:10.1002/dvg.70035
PMID:41335100
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序对牛、人类和小鼠的骨骼肌系统进行转录组分析，构建了从产前到产后发育的完整单细胞图谱并比较了跨物种的转录组特征 | 首次构建了牛骨骼肌发育的完整单细胞景观，并系统比较了牛、人类和小鼠三物种在细胞类型、基因表达和调控元件上的进化保守性与物种特异性差异 | 部分细胞谱系的功能和发育程序仍不明确，研究仅基于单细胞转录组数据，缺乏对非编码调控元件或表观遗传修饰的深入分析 | 揭示哺乳动物骨骼肌发育过程中保守和分化的分子机制 | 牛、人类和小鼠的骨骼肌组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | 包含牛产前到产后发育阶段的骨骼肌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 106 | 2025-12-12 |
Fibroblasts in the tumor microenvironment: heterogeneity and dynamic interactions in tumor progression revealed by spatial transcriptomics
2025-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01108-y
PMID:41129052
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 107 | 2026-04-30 |
Mechanosensitive genomic enhancers potentiate the cellular response to matrix stiffness
2025-Dec-11, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adl1988
PMID:40997217
|
研究论文 | 本研究结合全基因组表观组图谱、表观基因组编辑、表型及单细胞RNA测序CRISPR筛选，发现了一类对机械微环境响应的基因组增强子，并探究其如何通过表观遗传调控影响细胞功能及疾病相关基因 | 首次鉴定出对细胞外基质软硬度响应的“机械增强子”，并通过表观遗传编辑重编程细胞对机械微环境的响应 | 未提及具体局限性 | 探究机械微环境如何通过表观遗传状态调控转录，并识别响应机械信号的基因组增强子 | 肺成纤维细胞（来自健康及纤维化供体） | 表观遗传学、单细胞组学 | 纤维化疾病 | 全基因组表观组学、表观基因组编辑、单细胞RNA测序、CRISPR筛选 | NA | 表观组数据、单细胞转录组数据 | 健康及纤维化供体的肺成纤维细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 108 | 2026-04-30 |
Single-cell transcriptomics of human organoid-derived enteroendocrine cell populations from the small intestine
2025-12, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP287463
PMID:39639676
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类小肠类器官来源的肠内分泌细胞群体 | 首次利用CRISPR-Cas9标记的类器官模型结合单细胞RNA测序，系统绘制人类小肠肠内分泌细胞图谱，并揭示不同细胞亚型的激素、营养感应机制及转录因子的差异表达 | 未提及具体局限性，但类器官模型可能无法完全模拟体内微环境 | 利用单细胞RNA测序绘制人类小肠肠内分泌细胞图谱，比较不同细胞类型的分子特征 | 人类十二指肠和回肠类器官来源的肠内分泌细胞（EECs） | 单细胞转录组学 | 糖尿病、肥胖、肠道疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR-Cas9 | 细胞类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 人类十二指肠和回肠类器官 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 单细胞RNA测序平台 |
| 109 | 2026-04-30 |
Spatial Dynamics of Tumor Cell Plasticity in Lung Adenocarcinoma Revealed by Region-Specific Single Cell Transcriptomics
2025-12, Genes, chromosomes & cancer
DOI:10.1002/gcc.70101
PMID:41454525
|
研究论文 | 通过区域特异性单细胞转录组学揭示肺腺癌中肿瘤细胞可塑性的空间动态 | 首次在单个肺腺癌肿瘤的不同区域（核心、核心旁、边缘）进行单细胞RNA测序，系统刻画了EMT和干性特征的空间异质性，并发现与预后相关的生物标志物PCBP1和PA2G4 | 样本仅来自单个肺腺癌患者，可能限制了结论的普适性；EMT与干性之间的相关性较弱（R=0.17），需进一步验证 | 研究肺腺癌中肿瘤细胞可塑性（EMT和干性）的空间分布及其与预后的关联 | 肺腺癌患者的肿瘤组织样本（10个肿瘤片段来自3个区域） | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 1例肺腺癌患者的10个肿瘤片段（核心、核心旁、边缘各若干个） | BGI | 单细胞RNA测序 | SURFSeq 5000 | BGI SURFSeq 5000测序平台进行单细胞RNA测序 |
| 110 | 2026-04-29 |
UV induces common cutaneous amyloid-like melanosomal protein aggregates
2025-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.17.689083
PMID:41446198
|
研究论文 | 研究表明紫外线诱导黑色素细胞中α-突触核蛋白等形成类淀粉样蛋白聚集体，导致常见色素性疾病和光老化 | 发现紫外线以类朊病毒方式诱导黑色素体蛋白自传播聚集，并首次将黑色素体蛋白病与常见色素异常和光老化联系起来 | 未提及具体局限性 | 阐明紫外线诱导黑色素体蛋白聚集的机制及其在色素性疾病中的作用 | 黑色素细胞、小鼠模型、临床色素性病变样本 | 数字病理学 | 色素性疾病, 帕金森病, 光老化 | RT-QuIC, CUT&RUN, 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 电子显微镜 | NA | 图像, 文本 | 多种临床色素性病变样本、原代黑色素细胞和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 111 | 2026-04-28 |
Exploring the expression and prognostic roles of LAD1 in lung adenocarcinoma
2025-Dec-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-33277-z
PMID:41423496
|
研究论文 | 探索LAD1在肺腺癌中的表达和预后作用 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据全面分析LAD1在肺腺癌中的表达模式和预后价值，并通过实验验证LAD1敲低对细胞迁移和侵袭的影响 | 样本量有限，缺乏LAD1在肺腺癌中作用机制的深入分子生物学验证 | 鉴定肺腺癌的新型生物标志物并理解其潜在机制 | 肺腺癌患者肿瘤组织、相邻正常组织以及A549细胞系 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫组化染色、siRNA敲低实验 | 列线图模型 | 单细胞基因表达数据、批量基因表达数据、临床病理数据 | 10名肺腺癌患者（scRNA-seq），36名肺腺癌患者（免疫组化） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 112 | 2026-04-25 |
The High Expression of PD-1 Defines A Subpopulation of Tfh Cells Responding to COVID-19 Vaccine in Humans
2025-Dec-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf019
PMID:40080696
|
研究论文 | 利用单细胞测序和流式细胞术，研究了COVID-19疫苗加强针后PD-1高表达Tfh细胞亚群的应答特征及其对抗体反应的长期维持作用 | 首次发现PD-1高表达经典Tfh细胞亚群在COVID-19疫苗加强针后显著活化，其比例与抗体滴度相关，并通过定制算法识别病毒诱导的T细胞受体，揭示了该亚群可维持超过90天的免疫应答 | 未明确说明局限性（基于摘要推断） | 研究COVID-19疫苗加强针后CD4+ T细胞尤其是Tfh细胞的应答特征及其对抗体产生的作用 | COVID-19疫苗接种后的人体CD4+ T细胞（包括Tfh细胞） | 机器学习, 数字病理学 | 新型冠状病毒肺炎（COVID-19） | 单细胞测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞免疫数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 113 | 2026-04-24 |
Unraveling the developmental heterogeneity of human retinal ganglion cells within the developing retina to study to the continuity of maturation
2025-Dec, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2025.08.025
PMID:40912448
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术解析人类胎儿视网膜发育过程中视网膜神经节细胞的成熟异质性，并构建连续成熟轨迹 | 首次提出视网膜神经节细胞成熟是一个连续非离散过程，通过伪时间分析构建统一的成熟轨迹，并鉴定出驱动成熟的新基因及细胞内外特征 | 未提及 | 揭示人类视网膜发育过程中视网膜神经节细胞的成熟异质性和连续性 | 人类胎儿视网膜从第8周到第27周的视网膜神经节细胞 | 单细胞组学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析模型 | 单细胞转录组数据 | 人类胎儿视网膜样本，覆盖第8周到第27周 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 114 | 2026-04-23 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity and interactions of immune cells and Müller glia during zebrafish retina regeneration
2025-Dec-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-23-02083
PMID:38934409
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了斑马鱼视网膜再生过程中免疫细胞与Müller胶质细胞的异质性及相互作用 | 首次在斑马鱼视网膜再生中系统解析了Müller胶质细胞的两种静止亚型及其向激活状态或杆状前体细胞的转化，并鉴定了小胶质细胞的三种亚型及其动态变化，同时揭示了炎症通过Jak1-Stat3信号通路调控胶质细胞重编程的机制 | 研究主要基于斑马鱼模型，结果向哺乳动物视网膜再生的直接转化仍需进一步验证 | 探究炎症在视网膜再生过程中如何调控Müller胶质细胞重编程 | 斑马鱼视网膜中的免疫细胞（特别是小胶质细胞）和Müller胶质细胞 | 单细胞组学 | 视网膜损伤与再生 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量，但涉及未损伤和损伤后的斑马鱼视网膜组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 115 | 2026-04-23 |
Dynamic development of microglia and macrophages after spinal cord injury
2025-Dec-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00063
PMID:39101644
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了脊髓损伤后小胶质细胞和巨噬细胞在动态发育过程中的不同演化路径和功能差异 | 首次结合单细胞RNA测序与空间转录组学技术，系统解析了脊髓损伤后小胶质细胞与巨噬细胞的差异化演化轨迹，并识别了巨噬细胞中与促炎效应（整合素β2）和神经保护效应（制瘤素M通路）相关的关键分子机制 | 研究主要基于动物模型，尚未在人类临床样本中得到验证；空间转录组学的分辨率可能不足以完全解析细胞间相互作用的微观空间结构 | 阐明脊髓损伤后继发性损伤过程中小胶质细胞与巨噬细胞的动态变化及其在炎症反应中的不同作用 | 脊髓损伤后的小胶质细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 116 | 2025-12-05 |
Single-cell RNA sequencing identifies a peripheral monocyte subpopulation and its interaction with atrial macrophages via the CCL3-CCR1 axis during atrial remodeling
2025-12, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-025-3023-9
PMID:40833709
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 117 | 2026-04-21 |
Infusible Extracellular Matrix Biomaterial Enhances Cell-Specific Pro-Repair Responses Following Acute Myocardial Infarction
2025-Dec-18, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202503469
PMID:41414646
|
研究论文 | 本研究开发了一种可血管内输注的脱细胞细胞外基质生物材料（iECM），并通过单细胞核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了其在急性心肌梗死后促进多种细胞类型修复反应的分子机制 | 首次利用单细胞核RNA测序技术解析了iECM在心肌梗死修复过程中的细胞特异性作用机制，并发现了新的治疗通路 | 研究仅观察了输注后1、3、7天的急性期反应，缺乏长期效果评估 | 探究脱细胞细胞外基质生物材料在心肌梗死修复中的细胞与分子机制 | 心肌梗死模型中的心脏细胞类型（包括巨噬细胞、成纤维细胞、血管细胞等） | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞核RNA测序（snRNAseq）、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 急性时间点（输注后1、3、7天）的多细胞类型样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 118 | 2026-04-21 |
Alveolar Type II Cell-derived MMP1 high basal cells promote destructive microcysts in idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.08.693033
PMID:41573956
|
研究论文 | 本研究探讨了特发性肺纤维化（IPF）中肺泡微囊肿的形成机制，重点关注肺泡II型细胞（AT2）衍生的MMP1高表达基底细胞的作用 | 使用HTII-280作为AT2衍生AT0和基底样细胞的短期谱系标记，结合类器官和空间转录组学（Xenium），揭示了IPF微囊肿中基底细胞扩增与MMP1表达的关联，并发现Frizzled 5 WNT激动剂抗体可逆转AT2衍生基底细胞的MMP1高表达状态 | 研究主要基于体外类器官和异种移植模型，可能无法完全模拟体内IPF的复杂微环境 | 探究IPF中肺泡微囊肿形成的细胞机制及潜在治疗靶点 | 特发性肺纤维化（IPF）患者的肺组织样本，包括肺泡II型细胞（AT2）、AT0细胞、基底样细胞和基底细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 空间转录组学，类器官培养，异种移植 | NA | 空间转录组数据，组织图像 | 未明确指定样本数量，但涉及IPF患者肺组织 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组学平台 |
| 119 | 2026-04-21 |
Single-cell and spatial detection of senescent cells using DeepScence
2025-Dec-10, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.101035
PMID:41061702
|
研究论文 | 开发了一种基于深度神经网络的工具DeepScence，用于在单细胞和空间转录组数据中准确识别衰老细胞 | 提出了一个整合多个已发表基因集的衰老相关基因集CoreScence，并基于此构建了深度学习方法DeepScence，在多种数据类型的衰老细胞识别中显著优于现有方法 | NA | 开发一种能够准确识别衰老细胞的方法，以研究其空间和分子特征 | 衰老细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学 | 深度神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 120 | 2026-04-21 |
Anti-progestin therapy targets hallmarks of breast cancer risk
2025-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09684-7
PMID:41193807
|
研究论文 | 本研究评估了使用醋酸乌利司他进行孕酮受体拮抗治疗12周，对24名绝经前女性乳腺癌风险替代标志物的影响 | 首次通过多组学分析和活细胞方法，揭示了醋酸乌利司他通过基质重塑和管腔祖细胞抑制来预防乳腺癌的机制，并发现了胶原VI与SOX9管腔祖细胞定位之间的空间关联 | 样本量较小（仅24名参与者），且为短期（12周）干预研究，长期效果和安全性尚需进一步验证 | 评估孕酮受体拮抗剂醋酸乌利司他是否能够降低绝经前女性的乳腺癌风险标志物 | 24名绝经前女性乳腺癌风险患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、组织学、原子力显微镜、MRI扫描 | NA | 图像、文本、视频 | 24名绝经前女性 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |