单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 1157 篇文献，本页显示第 1121 - 1140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1121 | 2025-10-05 |
Completing spatial transcriptomics data for gene expression prediction benchmarking
2025-Dec, Medical image analysis
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.media.2025.103754
PMID:40885036
|
研究论文 | 本文介绍了SpaRED标准化数据库和SpaCKLE基因表达补全模型，为空间转录组学数据提供了最全面的基因表达预测基准 | 提出了首个系统性整理的26个公共数据集数据库SpaRED，并开发了基于transformer的SpaCKLE模型，将均方误差降低82.5% | 未明确说明数据集的样本来源多样性及模型在临床环境中的验证情况 | 解决空间转录组学数据获取困难和基因表达数据丢失问题，建立标准化的基因表达预测基准 | 空间转录组学数据和组织学图像 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，深度学习 | transformer | 图像，基因表达数据 | 26个公共数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | 10x Visium空间转录组技术 |
| 1122 | 2025-10-05 |
Construction of a gene-metabolite-microbiome regulatory network reveals novel therapeutic targets in bladder cancer through multi-omics analysis
2025-Dec, Annals of medicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/07853890.2025.2553220
PMID:40908816
|
研究论文 | 通过多组学分析构建膀胱癌的基因-代谢物-微生物调控网络并识别新的治疗靶点 | 首次整合转录组、外显子组、代谢组和微生物组数据构建膀胱癌调控网络，发现成纤维细胞作为核心调控因子 | 样本来源相对有限，需要更大规模验证 | 阐明膀胱癌的发病机制并识别新的治疗靶点 | 膀胱癌患者的肿瘤组织和癌旁组织 | 多组学分析 | 膀胱癌 | 转录组测序,全外显子组测序,代谢组学,微生物组分析,单细胞测序 | 调控网络分析,分子分型 | 基因组数据,转录组数据,代谢组数据,微生物组数据 | 膀胱癌患者组织样本，结合公共数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,全外显子组测序,代谢组学,微生物组分析 | NA | NA |
| 1123 | 2025-10-05 |
TCGAimmunosurv: An R package to identify genes associated with patient survival and immune cell state transitions using TCGA and single-cell RNA-seq data
2025-Dec, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 开发了一个名为TCGAimmunosurv的R软件包，用于整合TCGA大块RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据，识别与患者生存和免疫细胞状态转换相关的基因 | 开发了首个整合大块RNA-seq和单细胞RNA-seq数据的泛癌分析工具，能够进行突变特异性免疫动态分析 | 依赖于用户提供的单细胞数据集，分析结果可能受数据质量影响 | 识别与癌症患者生存和免疫细胞状态转换相关的驱动基因 | 癌症基因组数据和免疫细胞数据 | 生物信息学 | 癌症 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 伪时间轨迹分析 | 基因表达数据 | TCGA数据库中的泛癌样本 | NA | 大块RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1124 | 2025-10-06 |
Emerging molecular targets in deep vein thrombosis: from inflammation to coagulation
2025-Dec, Hematology (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1080/16078454.2025.2548735
PMID:40898418
|
综述 | 本综述探讨深静脉血栓形成中连接炎症与凝血途径的新兴分子靶点 | 系统整合了连接炎症与凝血途径的多个新兴分子靶点，包括NETs、PAD4、P-selectin等，并提出单细胞RNA测序和CRISPR筛选等新技术在靶点发现中的应用前景 | 主要基于临床前研究数据，存在物种差异、脱靶效应等转化挑战，且需平衡疗效与免疫防御功能 | 探索深静脉血栓形成中炎症与凝血相互作用的分子机制及潜在治疗靶点 | 中性粒细胞胞外诱捕网(NETs)、肽酰精氨酸脱亚氨酶4(PAD4)、P-选择素、高迁移率族蛋白B1(HMGB1)、组织因子(TF)、补体C3和NLRP3炎性体等分子靶点 | 分子病理学 | 深静脉血栓 | 单细胞RNA测序, CRISPR筛选 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1125 | 2025-10-06 |
Characterization of stem cell landscape and identification of stemness-related gene ENY2 in colorectal cancer by intergrated transcriptomic analysis
2025-Dec, Global medical genetics
IF:1.2Q4
DOI:10.1016/j.gmg.2025.100067
PMID:40735504
|
研究论文 | 通过整合单细胞转录组分析鉴定结直肠癌干细胞景观并发现干细胞相关基因ENY2 | 首次通过整合多组单细胞数据系统描绘结直肠癌干细胞景观，并发现ENY2作为新的干细胞相关生物标志物 | 样本量较小（仅9个原发结直肠癌样本），ENY2在结直肠癌中的研究有限 | 阐明结直肠癌干细胞异质性及其潜在机制 | 结直肠癌患者肿瘤样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据，基因表达数据 | 9个原发结直肠癌样本 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 单细胞RNA测序平台 |
| 1126 | 2025-10-06 |
Characteristics and significance of γδ T cells in colorectal cancer
2025-Dec, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2025.2532231
PMID:40726078
|
研究论文 | 本研究通过多重免疫组化和单细胞RNA测序分析结直肠癌中γδ T细胞的特征及其预后意义 | 首次在大型结直肠癌队列中系统分析γδ T细胞的预后价值，并发现其与抗原呈递缺陷和错配修复缺陷的关联 | 队列2中γδ T细胞与生存期的关联未达到统计学显著性，样本量相对有限 | 阐明γδ T细胞在结直肠癌中的特征和临床意义 | 结直肠癌患者组织样本 | 癌症免疫学 | 结直肠癌 | 多重免疫组化，单细胞RNA测序 | NA | 组织图像，基因表达数据 | 1687例结直肠癌患者（免疫组化队列）+ 62例患者（单细胞测序） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1127 | 2025-10-06 |
Inhibition of FAK promotes pancreatic cancer immunotherapy by mediating CXCL10 secretion to enhance CD8+ T cell infiltration
2025-Dec, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2025.2539442
PMID:40726089
|
研究论文 | 本研究探讨FAK抑制通过促进CXCL10分泌增强CD8+ T细胞浸润从而促进胰腺癌免疫治疗的机制 | 首次揭示FAK通过调控CXCL10分泌影响CD8+ T细胞浸润的具体机制，并验证FAK抑制剂与免疫检查点抑制剂的协同抗肿瘤效应 | FAK在胰腺癌免疫微环境中的具体调控机制尚未完全阐明 | 探究FAK在胰腺癌免疫治疗中的作用及机制 | 胰腺癌肿瘤微环境、CD8+ T细胞、患者来源类器官 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞测序、类器官共培养、小鼠模型 | 患者来源类器官模型、小鼠胰腺癌模型、双人源化模型 | 单细胞测序数据、临床标本数据 | 临床标本和实验模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1128 | 2025-10-06 |
A novel immunocompetent transgenic mouse model of DHF reveals Syk-mediated Th2-polarized cytokine storm as a key driver of vascular leakage
2025-Dec, Emerging microbes & infections
IF:8.4Q1
DOI:10.1080/22221751.2025.2531178
PMID:40623122
|
研究论文 | 本研究建立了一种新型免疫活性转基因小鼠DHF模型，揭示Syk介导的Th2极化细胞因子风暴是血管渗漏的关键驱动因素 | 首次建立具有完整先天/适应性免疫的免疫活性小鼠DHF模型，发现hTim4作为DENV-2功能性受体，揭示Syk介导的Th2极化细胞因子风暴新机制 | 研究主要基于转基因小鼠模型，人类组织验证仍需进一步扩展 | 研究登革出血热（DHF）的发病机制和血管渗漏机制 | hTim4转基因C57BL/6J小鼠模型和人类DHF组织 | 数字病理学 | 登革热 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据,空间转录组数据 | 转基因小鼠模型和人类DHF组织 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 1129 | 2025-10-06 |
Exploring the comorbidity mechanisms of ITGB2 in rheumatoid arthritis and membranous nephropathy through integrated bioinformatics analysis
2025-Dec, Renal failure
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/0886022X.2025.2536730
PMID:40697036
|
研究论文 | 通过整合生物信息学分析探索ITGB2在类风湿关节炎和膜性肾病共病机制中的作用 | 首次通过整合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据系统分析RA和MN的共病机制，发现ITGB2是关键的共享致病基因 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证 | 探索类风湿关节炎和膜性肾病的共同发病机制 | 类风湿关节炎和膜性肾病患者基因表达数据 | 生物信息学 | 类风湿关节炎, 膜性肾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 分子对接 | 随机森林算法, Monocle3, CellChat | 基因表达数据 | 从GEO和ImmPort数据库获取的多个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1130 | 2025-10-06 |
Secretory IgA dysfunction underlies poor prognosis in Fusobacterium-infected colorectal cancer
2025-Dec, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2528428
PMID:40667611
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了具核梭杆菌通过破坏IgA浆细胞发育和分泌型IgA产生导致结直肠癌预后不良的机制 | 首次发现具核梭杆菌通过破坏肿瘤相关巨噬细胞与IgA浆细胞间的通讯，损害黏膜免疫并增加细菌浸润 | 样本量相对有限（42例患者），且动物模型结果向人类临床转化的有效性需进一步验证 | 探究具核梭杆菌感染导致结直肠癌预后不良的免疫机制 | 结直肠癌患者组织样本和无菌小鼠模型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 42例结直肠癌患者组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1131 | 2025-10-06 |
Deciphering distinct pathogenic mechanisms of ankylosing spondylitis and systemic sclerosis via shared biomarkers ZSWIM6 and CCL3L3: Insights from an integrative bioinformatics approach
2025-12, Autoimmunity
IF:3.3Q3
DOI:10.1080/08916934.2024.2445557
PMID:39727004
|
研究论文 | 通过整合生物信息学方法鉴定强直性脊柱炎和系统性硬化症的共享生物标志物ZSWIM6和CCL3L3，揭示其不同的致病机制 | 首次发现ZSWIM6和CCL3L3作为AS和SSc的共享生物标志物，并通过多组学数据分析揭示其在两种自身免疫疾病中的不同分子机制 | 研究主要基于公共数据库的RNA-seq数据，需要进一步实验验证生物标志物的功能机制 | 探索强直性脊柱炎和系统性硬化症不同炎症发病机制的分子基础 | 强直性脊柱炎和系统性硬化症患者的外周血单核细胞和骨髓血样本 | 生物信息学 | 自身免疫疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | SVM递归特征消除, CIBERSORT免疫细胞分析 | 基因表达数据 | 来自GEO数据集GSE73754、GSE19617和GSE194315的多个样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1132 | 2025-10-06 |
Mature tertiary lymphoid structures linked to HPV status and anti-PD-1 based chemoimmunotherapy response in head and neck squamous cell carcinoma
2025-Dec, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2025.2528109
PMID:40621740
|
研究论文 | 本研究探讨成熟三级淋巴结构与HPV状态及抗PD-1化疗免疫治疗反应在头颈鳞状细胞癌中的关联 | 首次揭示成熟三级淋巴结构的组成特征及其与HPV阳性肿瘤和化疗免疫治疗反应的关联 | 研究样本来源和数量未明确说明，需要进一步验证 | 研究三级淋巴结构在头颈鳞状细胞癌化疗免疫治疗中的作用机制 | 头颈鳞状细胞癌患者样本 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞转录组测序,空间转录组学,多光谱免疫组化,流式细胞术,ELISA | NA | 转录组数据,病理切片图像,单细胞数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 1133 | 2025-10-06 |
Gut microbial Nordihydroguaiaretic acid suppresses macrophage pyroptosis to regulate epithelial homeostasis and inflammation
2025-Dec, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2518338
PMID:40596758
|
研究论文 | 本研究揭示肠道微生物代谢产物NDGA通过抑制巨噬细胞焦亡调节肠道上皮稳态和炎症的机制 | 首次发现衰老相关肠道菌群失调导致NDGA减少，并通过GSDMD/NR4A1/NLRP3轴调控巨噬细胞焦亡影响结肠炎易感性 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限；机制研究尚未完全阐明NDGA的具体作用靶点 | 探究衰老相关肠道菌群失调在炎症性肠病恶化中的作用机制 | 野生型和IL-10缺陷小鼠、IBD患者和老年人粪便样本 | 免疫学 | 炎症性肠病 | 粪便微生物移植、16S rDNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因测序数据、代谢物数据、单细胞转录组数据 | 小鼠模型和人类粪便样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序, 16S rDNA测序 | NA | NA |
| 1134 | 2025-10-06 |
Uncovering common transcriptional features shared by mature peripheral blood PMN-MDSCs and tumor-infiltrating neutrophils in humans
2025-Dec, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2025.2521396
PMID:40590753
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人类外周血成熟PMN-MDSCs与肿瘤浸润中性粒细胞共享转录特征 | 首次在单细胞水平发现循环mPMN-MDSCs与肿瘤相关中性粒细胞共享具有免疫抑制和促肿瘤特征的转录组细胞簇 | 细胞簇命名较为随意，需进一步功能验证确认其生物学意义 | 探究循环成熟PMN-MDSCs与肿瘤浸润中性粒细胞的转录组相似性 | 非小细胞肺癌患者、G-CSF治疗供体的循环mPMN-MDSCs及人类肿瘤相关中性粒细胞 | 单细胞转录组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 非小细胞肺癌患者和G-CSF治疗供体的mPMN-MDSCs样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1135 | 2025-10-06 |
PIK3R1 and G0S2 are human placenta-specific imprinted genes associated with germline-inherited maternal DNA methylation
2025-Dec, Epigenetics
IF:2.9Q2
DOI:10.1080/15592294.2025.2523191
PMID:40568952
|
研究论文 | 本研究通过全基因组筛选发现并表征了两个人类胎盘特异性印记基因PIK3R1和G0S2 | 首次识别出胎盘特异性印记基因，这些基因与仅在胚胎植入前和胚外谱系中存在的瞬时种系DMRs相关 | 未发现这些基因在宫内生长受限或先兆子痫的胎盘样本中存在甲基化和表达差异 | 扩展胎盘特异性印记基因列表并研究其特性 | 人类胎盘组织、配子、囊胚和各种体细胞组织 | 表观遗传学 | 妊娠并发症 | 全基因组甲基化测序、单细胞RNA测序 | NA | 甲基化数据、RNA-seq数据 | 多种组织类型样本（包括配子、囊胚、胎盘等） | NA | 单细胞RNA-seq、全基因组甲基化分析 | NA | NA |
| 1136 | 2025-10-06 |
Identification of macrophage-associated diagnostic biomarkers and molecular subtypes in gestational diabetes mellitus based on machine learning
2025-Dec, Artificial cells, nanomedicine, and biotechnology
DOI:10.1080/21691401.2025.2513893
PMID:40476676
|
研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和RNA测序数据，探索巨噬细胞相关诊断基因和妊娠期糖尿病分子亚型 | 提出CB-DSNMF算法识别GDM亚型，构建基于机器学习集成的诊断模型，并通过孟德尔随机化分析确定ZEB2与GDM风险的因果关系 | NA | 识别巨噬细胞相关诊断生物标志物和妊娠期糖尿病的分子亚型 | 妊娠期糖尿病患者 | 机器学习 | 妊娠期糖尿病 | 单细胞RNA测序, RNA测序, 孟德尔随机化分析 | 机器学习集成算法, CB-DSNMF算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | NA |
| 1137 | 2025-10-06 |
Human microbiota influence the immune cell composition and gene expression in the tumor environment of a murine model of glioma
2025-Dec, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2508432
PMID:40443227
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析人源化微生物组小鼠，揭示肠道微生物群影响胶质瘤肿瘤微环境中免疫细胞组成和基因表达 | 首次在胶质瘤小鼠模型中证明人源肠道微生物群通过调节肿瘤微环境中M1型巨噬细胞比例和炎症标志物表达影响抗PD-1治疗效果 | 研究样本量有限，仅使用两种人源化微生物系；观察时间较短（仅14天）；机制研究不够深入 | 探究人源肠道微生物群对胶质瘤微环境免疫细胞组成和抗PD-1治疗反应的影响 | 人源化微生物组小鼠和GL261胶质瘤细胞系 | 单细胞测序分析 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 16S rRNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 微生物组数据 | 两种人源化微生物系小鼠（HuM1和HuM2），在胶质瘤模型中分析肿瘤免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 16S rRNA测序 | NA | NA |
| 1138 | 2025-10-06 |
Cross-disease integration of single-cell RNA sequencing data from lung myeloid cells reveals TAM signature in in vitro model
2025-Dec, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2025.2502278
PMID:40448976
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据验证了3D人类细胞培养模型作为研究肿瘤相关巨噬细胞的临床前模型 | 首次将体外3D模型中的巨噬细胞单细胞数据与患者来源数据集整合，发现其与SPP1 TAM群体的表型特征相似 | 研究基于体外模型，与真实人体环境存在差异 | 验证3D人类细胞培养模型在研究肿瘤相关巨噬细胞方面的适用性 | 肺髓系细胞、肿瘤相关巨噬细胞(TAMs) | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 3D细胞培养模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1139 | 2025-10-06 |
Faecalibacterium prausnitzii prevents age-related heart failure by suppressing ferroptosis in cardiomyocytes through butyrate-mediated LCN2 regulation
2025-Dec, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2505119
PMID:40364435
|
研究论文 | 本研究揭示了普拉梭菌通过丁酸盐介导的LCN2调控抑制心肌细胞铁死亡，从而预防年龄相关性心力衰竭的机制 | 首次发现年龄相关肠道菌群失调通过铁死亡途径驱动心力衰竭，并阐明普拉梭菌及其代谢产物丁酸盐的保护作用机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验，在人类中的直接证据仍需进一步验证 | 探索年龄相关肠道菌群改变与老年人心力衰竭之间的潜在联系 | 老年个体、心力衰竭患者、大鼠模型、心肌细胞 | 微生物组学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 16S rRNA测序, PCR, 基因编辑 | 动物模型 | 基因表达数据, 微生物组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 16S rRNA测序 | NA | NA |
| 1140 | 2025-10-06 |
Comprehensive characterization of the molecular feature of T cells in laryngeal cancer: evidence from integrated single-cell and bulk RNA sequencing data using multiple machine learning approaches
2025-Dec, Annals of medicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/07853890.2025.2477287
PMID:40179028
|
研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序数据，结合多种机器学习方法，全面表征喉癌中T细胞的分子特征 | 首次在单细胞分辨率下系统研究喉癌中T细胞相关分子特征，并开发了基于10种机器学习方法的TCRG分类器 | 样本量有限（仅3例喉癌组织），需要更大规模验证 | 阐明喉癌中T细胞相关分子的临床相关性并开发预后预测模型 | 喉癌组织和匹配的癌旁正常组织 | 生物信息学 | 喉癌 | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序，机器学习 | 多种机器学习方法（10种） | RNA测序数据 | 3例喉癌组织及匹配癌旁组织，TCGA和GEO数据库数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x单细胞RNA测序平台 |