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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1001 | 2025-12-02 |
Endothelial SPRY1 deficiency associates with angiogenic-metabolic reprogramming in pulmonary arterial hypertension: a multi-omics analysis of bulk and single-cell transcriptomic profiles
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-025-02175-0
PMID:41006686
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组测序、高维加权基因共表达网络分析和机器学习,揭示了肺动脉高压中肺毛细血管内皮细胞的扩张及其代谢重编程,并鉴定出SPRY1为关键生物标志物 | 首次通过多组学分析结合机器学习,在肺动脉高压中系统揭示了毛细血管内皮细胞的异质性扩张与糖酵解-三羧酸循环代谢通路失调的关联,并鉴定出SPRY1这一新型关键生物标志物 | 研究主要基于GEO数据库的测序数据,虽然在大鼠模型中进行了验证,但临床样本量有限,且机制研究深度有待进一步实验验证 | 阐明肺动脉高压血管重塑的细胞分子机制,鉴定关键致病因子 | 肺动脉高压患者的肺组织样本、正常对照肺组织、野百合碱诱导的肺动脉高压大鼠模型 | 生物信息学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序,高维加权基因共表达网络分析,机器学习 | 机器学习(未指定具体模型) | 转录组测序数据 | 未明确样本数量,包含PAH患者和正常对照的肺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1002 | 2025-12-02 |
Neutrophil-enriched gene signature correlates with teplizumab therapy resistance in different stages of type 1 diabetes
2025-Dec-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI176403
PMID:41026533
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析,揭示了与teplizumab治疗1型糖尿病疗效相关的免疫基因特征,并开发了一个基于血液的26基因预测模型 | 首次在1型糖尿病中通过跨物种(小鼠和人类)单细胞转录组学分析,鉴定出与teplizumab治疗反应相关的特异性免疫细胞特征,特别是中性粒细胞富集特征与治疗抵抗的关联,并开发了高精度的血液基因预测模型 | 研究样本量相对有限,且主要基于观察性数据,需要在前瞻性队列中进一步验证预测模型的临床实用性 | 探究teplizumab治疗1型糖尿病疗效异质性的免疫学机制,并开发预测治疗反应的生物标志物 | 非肥胖糖尿病(NOD)小鼠和1型糖尿病患者的血液及胰腺样本 | 单细胞转录组学 | 1型糖尿病 | 单细胞转录组测序 | 弹性网络逻辑回归模型 | 单细胞RNA-seq数据 | 来自NOD小鼠的配对外周血和胰腺样本,以及来自AbATE和TN10临床试验的人类全血样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1003 | 2025-12-02 |
ERO1A-positive tumor epithelial cells in colorectal cancer progression: a multi-omics perspective
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-025-02184-z
PMID:41028408
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研究论文 | 本研究通过多组学方法,识别并验证了结直肠癌中ERO1A阳性肿瘤上皮细胞亚群在促进肿瘤进展和不良预后中的关键作用 | 首次从多组学角度系统鉴定并验证了ERO1A阳性上皮细胞亚群在结直肠癌中的关键作用,并基于此构建了优于现有111个模型的预后预测工具ETSRM | 研究结论主要基于回顾性队列数据,需前瞻性临床研究进一步验证;涉及的信号通路机制有待更深入的实验探索 | 探究结直肠癌进展的关键驱动细胞亚群及其与肿瘤微环境的相互作用 | 结直肠癌患者样本(来自21个多中心队列)及相关的细胞与动物模型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学、蛋白质组学、生物信息学分析、体外与体内实验 | 风险预测模型(ETSRM) | 转录组数据、蛋白质组数据、空间转录组数据 | 来自21个多中心队列的2767例结直肠癌样本 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 1004 | 2025-12-02 |
Heterogeneity of Acute Myeloid Leukemia patients explored through single-cell and single-sample gene regulatory networks
2025-Dec, Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms
DOI:10.1016/j.bbagrm.2025.195119
PMID:41197948
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据构建急性髓系白血病患者的基因调控网络,探索疾病异质性并揭示个性化治疗潜力 | 首次结合单细胞数据与单样本网络方法(LIONESS)构建患者特异性基因调控网络,实现完美患者区分并识别细胞类型特异性调控程序 | 网络构建依赖四种推断方法的一致性,可能受算法限制;样本量未明确说明,可能影响泛化性 | 探究急性髓系白血病在基因调控层面的异质性,为个性化治疗提供基础 | 急性髓系白血病患者与健康对照的祖细胞、单核细胞和树突状细胞 | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络推断方法(ARACNE, CLR, MRNET, GENIE3)与LIONESS | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1005 | 2025-12-02 |
Integrating computational pathology and multi-transcriptomics to characterize glioblastoma heterogeneity and identify prognostic biomarkers
2025-Dec, Human pathology
IF:2.7Q2
DOI:10.1016/j.humpath.2025.105982
PMID:41232838
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研究论文 | 本研究通过整合计算病理学和多转录组学数据,表征胶质母细胞瘤的异质性并识别预后生物标志物 | 创新性地结合了全切片图像的病理特征、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组学数据,并开发了机器学习模型来识别与预后相关的关键基因和细胞亚群 | 模型在验证集上的C-index相对较低(0.616),样本量可能有限,且研究主要基于TCGA等公共数据集,需要进一步的外部验证 | 改善胶质母细胞瘤的预后评估并识别潜在的治疗靶点 | 胶质母细胞瘤(GBM)患者 | 计算病理学 | 胶质母细胞瘤 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学 | Lasso + plsRcox | 图像, 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1006 | 2025-12-02 |
Integrative analysis of RiboSis-related gene expression in colorectal cancer: implications for prognosis and immunotherapy
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-025-02166-1
PMID:40839324
|
研究论文 | 本研究通过整合分析结直肠癌中核糖体生物发生相关基因的表达,构建了一个预后特征模型,并探讨了其在免疫治疗响应中的潜在应用 | 首次利用单细胞RNA测序数据结合非负矩阵因子化方法鉴定结直肠癌中与核糖体生物发生相关的细胞亚型,并开发了一个基于多算法机器学习的预后特征模型,该模型在多个数据集中验证了高预测准确性 | 研究主要依赖于公共数据库的回顾性数据,样本量相对有限,且实验验证仅聚焦于单个枢纽基因PFDN2,未来需要更大规模的前瞻性研究和更全面的功能验证 | 探索核糖体生物发生相关基因在结直肠癌中的临床意义,包括预后评估和免疫治疗响应预测 | 结直肠癌组织样本及其中的单细胞数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵因子化, 机器学习集成方法 | 单细胞RNA测序数据 | 3个结直肠癌组织的scRNA-seq数据用于初步分析,13个结直肠癌样本的26,961个细胞用于详细研究 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1007 | 2025-12-02 |
Plasminogen activator inhibitor 1 promotes aortic aging-like pathophysiology in humans and mice
2025-Dec-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI196714
PMID:41026613
|
研究论文 | 本研究通过人类遗传学分析和基因工程小鼠模型,揭示了纤溶酶原激活物抑制剂1(PAI-1)在促进主动脉衰老样病理生理中的作用及其机制 | 首次结合人类功能缺失性SERPINE1变异体的保护效应与对应基因工程小鼠模型,系统阐明PAI-1通过调控细胞外基质和血管平滑肌细胞可塑性影响血管衰老的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据来源于遗传变异分析,需进一步在人群中进行干预性验证 | 探究PAI-1在心血管衰老过程中的作用机制及作为治疗靶点的潜力 | 携带SERPINE1功能缺失变异的人类个体、Serpine1TA700/+基因工程小鼠、PAI-1过表达小鼠 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | 基因工程小鼠模型 | 遗传学数据、生理学测量数据、转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及基因工程小鼠品系比较 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1008 | 2025-12-02 |
Deciphering macrophage heterogeneity and factors driving M2 polarization in lung adenocarcinoma through single-cell RNA sequencing
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-025-02172-3
PMID:41099999
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序解析肺腺癌中巨噬细胞的异质性及M2极化的驱动因素,发现BCAT1表达与M2巨噬细胞浸润正相关,并可能通过促进M2极化形成免疫抑制微环境,影响免疫治疗效果 | 利用单细胞测序数据识别BCAT1作为驱动巨噬细胞M2极化的关键基因,并通过体外和体内实验验证其在肺腺癌免疫抑制微环境中的作用 | 研究基于特定数据集GSE207422,样本来源和规模可能限制结论的普适性;BCAT1的具体作用机制仍需进一步探索 | 探究肺腺癌肿瘤微环境中巨噬细胞的异质性及M2极化的分子驱动因素,以改善免疫治疗反应 | 肺腺癌患者的肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1009 | 2025-12-02 |
Multi-omics nominates VDAC2 as a candidate protective locus in sepsis-associated cholesterol dysregulation
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-025-02198-7
PMID:41109923
|
研究论文 | 本研究通过多组学与机器学习方法,探索脓毒症中胆固醇代谢失调,并鉴定VDAC2作为潜在的保护性基因位点 | 整合转录组、单细胞RNA测序数据及101种机器学习算法构建诊断与预后模型,首次通过多组学方法将VDAC2确定为脓毒症胆固醇代谢失调中的候选保护性位点 | 研究基于公共数据库的回顾性数据,需进一步实验验证VDAC2的功能机制 | 探索脓毒症中胆固醇代谢失调的分子机制,并识别新的治疗靶点 | 脓毒症患者的基因表达数据 | 机器学习 | 脓毒症 | 转录组测序, 单细胞RNA测序 | 机器学习算法, 非负矩阵分解, 诊断模型, 预后模型 | 基因表达数据 | 从GEO数据库获取的脓毒症转录组及单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1010 | 2025-12-02 |
Ccn1 Mediates Pyroptosis and Purine Metabolism Pattern Shifts in a High-Uric Acid Microenvironment After Spinal Cord Injury
2025-Dec-01, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-025-05529-6
PMID:41324748
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研究论文 | 本研究通过空间代谢组学、Bulk-RNA测序和单细胞RNA测序,揭示了脊髓损伤后高尿酸微环境的存在,并发现Ccn1在该微环境中介导细胞焦亡和嘌呤代谢模式转变 | 首次利用空间代谢组学鉴定脊髓损伤后高尿酸微环境,并阐明Ccn1在调控细胞焦亡和嘌呤代谢中的关键作用 | 研究主要基于大鼠模型和PC12细胞系,人类临床相关性需进一步验证 | 探究脊髓损伤后微环境的代谢变化及Ccn1在其中的功能机制 | SD大鼠脊髓组织和PC12细胞系 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 空间代谢组学, Bulk-RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 代谢组数据, RNA测序数据 | 体外实验每组n=6, 体内实验每组n=6 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1011 | 2025-12-02 |
Biological multi-omics approaches to next-generation biomarkers in immune-related disorders and malignancies: An overview
2025-Dec-01, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-025-04128-0
PMID:41324821
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综述 | 本文概述了在癌症和自身免疫性疾病中,利用多组学整合和人工智能驱动的下一代生物标志物的研究进展 | 强调多组学数据集与人工智能/机器学习的结合,以揭示动态分子特征,并利用单细胞和空间分析来揭示细胞异质性和组织背景 | 挑战包括检测标准化、患者间变异性和监管障碍 | 探讨下一代生物标志物在癌症和自身免疫性疾病中的精准诊断和个性化治疗应用 | 癌症和自身免疫性疾病 | 自然语言处理 | 肺癌 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1012 | 2025-12-02 |
High INHBB Expression Shapes an Immunosuppressive Tumor Microenvironment and Predicts Poor Prognosis in Colorectal Carcinoma
2025-Dec-01, Digestive diseases and sciences
IF:2.5Q2
DOI:10.1007/s10620-025-09574-y
PMID:41324886
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研究论文 | 本研究评估了INHBB在结直肠癌中的表达,发现其高表达与肿瘤侵袭性、预后不良及免疫抑制性肿瘤微环境相关 | 首次在结直肠癌中系统评估INHBB的表达模式及其与临床病理参数、免疫细胞浸润和预后的关联,揭示了INHBB在塑造免疫抑制性肿瘤微环境中的潜在作用 | INHBB高表达在多变量模型中并非独立的预后因素,且研究样本量有限(248例),需进一步验证 | 探究INHBB在结直肠癌中的临床和免疫学意义 | 结直肠癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA原位杂交、免疫组织化学、单细胞RNA测序 | NA | 图像、文本 | 248例结直肠癌病例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1013 | 2025-12-01 |
Type I IFN drives neutrophil swarming, impeding lung T cell-macrophage interactions and TB control
2025-Dec-01, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20250466
PMID:40986319
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了I型干扰素在结核感染早期通过驱动中性粒细胞聚集而限制CD4+ T细胞-巨噬细胞相互作用的新机制 | 发现相对耐药小鼠早期肺内I型干扰素反应更强,并阐明其通过中性粒细胞群聚阻碍T细胞-巨噬细胞空间互作的独特免疫调控机制 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类中验证;观察时间限于感染初期数周 | 探究结核分枝杆菌感染早期决定感染结局的免疫机制 | C57BL/6和C3HeB/FeJ小鼠的肺部免疫细胞 | 免疫学 | 结核病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 两种基因型小鼠在感染初数周内的肺部样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1014 | 2025-12-01 |
Inhibition of Cholesterol Transport from Lysosomes by Itraconazole Repolarizes Tumor-associated Macrophages to Anti-tumor M1 type
2025-Dec, Anticancer research
IF:1.6Q4
DOI:10.21873/anticanres.17866
PMID:41318128
|
研究论文 | 本研究探讨伊曲康唑通过抑制溶酶体胆固醇转运将肿瘤相关巨噬细胞从促瘤M2表型重编程为抗瘤M1表型的机制 | 首次揭示伊曲康唑通过抑制溶酶体胆固醇释放实现巨噬细胞表型重编程的新机制 | 研究仅使用THP-1细胞来源的M2巨噬细胞,未在体内模型验证 | 探究伊曲康唑诱导肿瘤相关巨噬细胞表型重编程的分子机制 | THP-1细胞来源的M2巨噬细胞 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色,延时成像,Western blot | 细胞模型 | 基因表达数据,图像数据,蛋白质数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1015 | 2025-12-01 |
Potential Role of Tumor-derived MIF in B-Cell Antigen Presentation in Lung Adenocarcinoma: Single-cell and TCGA Analyses
2025-Dec, Anticancer research
IF:1.6Q4
DOI:10.21873/anticanres.17874
PMID:41318120
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和TCGA分析探讨了肿瘤源性MIF在肺腺癌B细胞抗原呈递中的潜在作用 | 首次在单细胞水平揭示MIF通过调控B细胞获得抗原呈递细胞样功能在肺腺癌中的双重作用 | 样本量较小(仅3个肿瘤样本),需要更大规模验证 | 研究肿瘤源性MIF在肺腺癌免疫调控和预后中的作用 | 肺腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞和恶性细胞 | 单细胞分析 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | Seurat,CellChat,GEPIA2 | 单细胞RNA测序数据,TCGA临床数据 | 3个肺腺癌肿瘤(29,936个细胞)和TCGA-LUAD队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1016 | 2025-11-30 |
Integrating multi-omics and machine learning to decipher the role of GSTP1 in endocrine-disrupting chemical-induced prostate cancer pathogenesis
2025-Dec-05, European journal of pharmacology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.ejphar.2025.178335
PMID:41202964
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,揭示了GSTP1在内分泌干扰化学物诱导前列腺癌发病机制中的关键作用 | 首次整合多组学数据与机器学习框架系统识别EDC-PCa关联基因,并通过孟德尔随机化验证GSTP1的因果保护作用 | 研究基于公共数据库的转录组数据,缺乏实验验证;样本来源和数量存在限制 | 系统识别内分泌干扰化学物暴露与前列腺癌发病关联的关键基因 | 前列腺癌相关基因和内分泌干扰化学物相互作用 | 机器学习 | 前列腺癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟 | 集成机器学习框架, glmBoost, RF | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 四个转录组数据集(GSE32571, GSE71016, GSE46602, GSE200879) | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 1017 | 2025-11-29 |
Single-Cell Atlas of Aging Human Skin Reveals FOSB-Related Transcriptional Programs and Druggable Targets
2025-Dec, Journal of cosmetic dermatology
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/jocd.70569
PMID:41293818
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建人类皮肤衰老图谱,揭示FOSB相关转录程序和可药物靶点 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示人类皮肤衰老的转录调控网络,发现FOSB作为关键衰老相关转录因子 | 样本数量有限,仅比较年轻和老年组,缺乏中间年龄段数据 | 研究人类皮肤衰老的细胞类型特异性转录调控机制和潜在治疗靶点 | 年轻和老年人皮肤细胞 | 单细胞基因组学 | 皮肤衰老 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | 基因调控网络分析 | 单细胞转录组数据 | 年轻和老年人类皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1018 | 2025-11-28 |
Spatially resolved single-cell transcriptome analysis of murine Salmonella infection reveals the role of distal colonocytes in the inflammatory response
2025-Dec-31, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2579909
PMID:41277366
|
研究论文 | 通过整合多种转录组测序技术,揭示了小鼠沙门氏菌感染期间结肠的时空单细胞转录组景观,发现远端结肠细胞在炎症反应中的关键作用 | 首次结合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间RNA-seq数据,系统描绘了肠道感染过程中的时空转录组动态,并鉴定出远端结肠细胞的关键响应作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据的验证相对有限 | 阐明肠道对病原体感染的区室化反应的细胞和分子基础 | 小鼠结肠组织和人类肠道单细胞转录组数据 | 空间转录组学 | 肠道感染 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间RNA-seq | NA | 转录组数据 | 一周感染时间过程的小鼠结肠样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1019 | 2025-11-28 |
ENO1 promotes cancer metastasis via stimulating metabolism reprogramming in osteosarcoma
2025-Dec, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03182-3
PMID:40983627
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示ENO1基因通过刺激代谢重编程促进骨肉瘤转移的机制 | 首次在单细胞水平揭示ENO1通过调控糖酵解促进骨肉瘤转移的作用机制 | 样本量较小(仅10例儿科骨肉瘤样本),需要更大样本验证 | 阐明骨肉瘤转移的潜在分子机制 | 儿科骨肉瘤患者组织样本 | 单细胞测序分析 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据 | 10例儿科骨肉瘤样本(分为原发无转移组、原发有转移组和转移灶组) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1020 | 2025-11-28 |
Functional role of granulocytic myeloid-derived suppressor cells in CAR-T therapy: insights from single-cell RNA sequencing in multiple myeloma
2025-Dec, Immunopharmacology and immunotoxicology
IF:2.9Q2
DOI:10.1080/08923973.2025.2585083
PMID:41198058
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤患者CAR-T治疗中粒细胞样髓源抑制细胞的功能作用 | 首次在CAR-T治疗背景下系统分析G-MDSCs的免疫抑制机制,发现PTGS1作为关键标志物并构建了高精度预后预测模型 | 样本量有限且患者间存在异质性,结果具有探索性,需要更大更多样化的队列验证 | 全面分析G-MDSCs在多发性骨髓瘤CAR-T治疗中的功能作用 | 多发性骨髓瘤患者 | 单细胞转录组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,基因集富集分析,体外功能实验 | 风险预测模型 | 单细胞转录组数据,RNA-seq数据,生存数据 | 7例多发性骨髓瘤患者(单细胞数据),713例多发性骨髓瘤患者(验证队列) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |