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当前共找到 1157 篇文献，本页显示第 981 - 1000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 981 | 2025-12-04 |
Epigenetic Regulation of G6PD Drives Metabolic Reprogramming in Intrahepatic Cholangiocarcinoma
2025-Dec, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70202
PMID:41054380
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤特异性增强子在肝内胆管癌代谢重编程中的作用，特别是G6PD和戊糖磷酸途径的调控 | 首次将增强子介导的表观遗传调控与肝内胆管癌中的G6PD过表达和戊糖磷酸途径活性联系起来，揭示了肿瘤特异性增强子作为关键表观遗传驱动因子的新作用 | 未来研究需探索将增强子分析整合到精准医学框架中，并开发新的增强子靶向策略 | 研究肿瘤特异性增强子在肝内胆管癌代谢重编程中的作用及其治疗潜力 | 肝内胆管癌肿瘤上皮细胞 | 表观遗传学 | 肝内胆管癌 | 原生延伸转录本捕获分析基因表达，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 982 | 2025-12-04 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals the Effect of Commensal Bacteria on the Multistep Development of Esophageal Cancer
2025-Dec, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70226
PMID:41077998
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了食管共生菌在食管鳞状细胞癌多阶段发展中的作用，包括其对上皮细胞恶性转化和炎症性成纤维细胞形成的影响 | 首次在单细胞水平上系统分析了食管共生菌在ESCC肿瘤微环境中的异质性分布及其对慢性炎症和免疫抑制状态的调控机制 | 研究基于小鼠模型，结果向人类临床转化的适用性需进一步验证；抗生素处理可能产生非特异性效应 | 阐明食管共生菌在食管鳞状细胞癌发生发展中的具体作用机制 | 小鼠自发性食管鳞状细胞癌模型中的54,562个单细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 54,562个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 983 | 2025-12-04 |
Integration of scRNA-Seq and scATAC-Seq Reveals Malignant Characteristics of Sarcomatoid Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2025-Dec, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70220
PMID:41082386
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，揭示了肉瘤样透明细胞肾细胞癌的恶性特征 | 首次利用scATAC-seq识别肉瘤样分化肿瘤细胞的转录调控特征，并鉴定出DST、FRMD4A和PREX2作为该疾病的肿瘤标志物 | 研究仅基于单例患者样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 阐明肉瘤样透明细胞肾细胞癌的恶性特征，为诊断和治疗提供新见解 | 肉瘤样透明细胞肾细胞癌患者样本 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | scRNA-seq, scATAC-seq, WES | NA | 单细胞转录组数据、单细胞染色质可及性数据、全外显子组测序数据 | 1例肉瘤样ccRCC患者样本，以及19例经典ccRCC样本（共19,819个肿瘤细胞和21,684个细胞核） | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 984 | 2025-12-04 |
MedakaBase as a unified genomic resource platform for medaka fish biology
2025-Dec-01, DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes
IF:3.9Q1
DOI:10.1093/dnares/dsaf030
PMID:41122912
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研究论文 | 本文介绍了MedakaBase作为一个统一的基因组资源平台，用于支持青鳉鱼生物学研究，整合了多物种的基因组数据和分析工具 | 首次为青鳉鱼建立了一个统一的基因组资源平台，整合了分散的组学数据，并提供面向基因的分析功能，包括单细胞转录组优化的基因模型 | 平台目前主要覆盖七个Oryzias物种，数据范围可能有限，且依赖于NBRP团队生成的部分原始数据 | 为青鳉鱼生物学研究提供一个统一的基因组资源平台，整合和分析多物种的组学数据 | 青鳉鱼（Oryzias latipes）及其他六个Oryzias物种的基因组数据 | 基因组学 | NA | 基因组测序、转录组分析、单细胞转录组分析 | NA | 基因组序列、转录组数据、基因组变异数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 985 | 2025-12-04 |
β-catenin initiates peritoneal fibrosis by triggering mitochondrial fission-mediated mesothelial cell senescence fate transition
2025-Dec-01, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-025-00669-1
PMID:41320784
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研究论文 | 本研究揭示了β-catenin通过触发线粒体分裂介导的间皮细胞衰老命运转变，从而启动腹膜纤维化的机制 | 首次在单细胞水平上明确了长期腹膜透析患者中间皮细胞向衰老命运的转变，并阐明了β-catenin-Drp1-线粒体分裂-TGF-β1信号轴在驱动这一过程及后续纤维化中的关键作用 | 研究主要基于动物模型和体外细胞实验，其结论在人体中的普适性及长期疗效仍需进一步临床验证 | 探究腹膜纤维化的起始机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 腹膜间皮细胞、来自腹膜透析患者的透析液流出物和腹膜活检标本、PDF诱导的小鼠模型、原代培养的间皮细胞 | 单细胞组学与分子病理学 | 终末期肾病相关的腹膜纤维化 | 单细胞RNA测序，转录组测序，免疫荧光，Western blotting | NA | 单细胞RNA测序数据，转录组数据，蛋白质印迹数据，免疫荧光图像 | 包含腹膜透析患者临床队列、小鼠模型及原代细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 986 | 2025-12-04 |
Restoring macrophage iron homeostasis by natural carrier-free nanoplatform for the therapy of rheumatoid arthritis syndromes
2025-Dec, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102544
PMID:41322152
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研究论文 | 本研究开发了一种无载体纳米药物RTNs，通过自组装天然产物RBA和TMP，用于恢复巨噬细胞铁稳态以治疗类风湿关节炎综合征 | 首次利用无载体自组装纳米平台结合天然产物，靶向巨噬细胞铁稳态治疗RA，并整合单细胞测序分析阐明机制 | 未明确提及样本量细节或长期毒性数据，且研究基于动物模型，临床转化潜力待验证 | 开发安全有效的策略治疗类风湿关节炎综合征，特别是针对铁过载引发的巨噬细胞极化问题 | 类风湿关节炎患者（通过佐剂诱导关节炎啮齿动物模型模拟） | NA | 类风湿关节炎 | 单细胞测序分析 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 987 | 2025-12-04 |
A practical protocol of processing mineralized tissue for Visium spatial transcriptomics
2025-Dec, Mechanobiology in medicine
DOI:10.1016/j.mbm.2025.100163
PMID:41323651
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研究论文 | 本文提出了一种用于处理矿化组织以进行Visium空间转录组学分析的优化工作流程 | 使用Morse's溶液替代传统EDTA脱钙，实现快速脱钙（<24小时）同时保持RNA质量，并强调使用SCHOTT NEXTERION® Slide H（3-D水凝胶涂层）以增强脆弱脱钙骨切片的粘附性 | NA | 克服矿化组织空间转录组学分析中因脱钙过程导致的RNA完整性和基因检测问题 | 完整和骨折的小鼠股骨样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠股骨样本（具体数量未明确说明） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium V2和Visium HD |
| 988 | 2025-12-04 |
Integrating Multiple Clustering Techniques and Performance Measures via Ranking for scRNA-Seq Data
2025-Dec, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.70331
PMID:41330405
|
研究论文 | 本文提出了一种通过整合多种聚类技术和性能度量来评估和排名单细胞RNA-seq数据聚类方法的新方法 | 将微阵列数据时代的稳定性度量适应于单细胞数据，并结合多种现有度量来评估聚类技术在不同参数选择下的特性，通过聚合方法对所有度量进行排名 | 研究仅基于五个已知分组和一个未知分组的数据集进行验证，可能未覆盖所有单细胞数据场景 | 评估和排名单细胞RNA-seq数据的聚类技术，以提高聚类结果的可靠性和准确性 | 单细胞基因表达数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 聚类技术 | 基因表达数据 | 六个数据集（五个已知分组，一个未知分组） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 989 | 2025-12-03 |
Identification and Validation of Phagocytosis-Regulating Factors as Potential Prognostic and Diagnostic Biomarkers for Intracerebral Hemorrhage Through Single-Cell and Bulk Transcriptomic
2025-Dec-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202502582RR
PMID:41329043
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和批量转录组学分析，识别并验证了吞噬作用调控因子作为脑出血潜在预后和诊断生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序和机器学习方法，系统识别了与脑出血相关的吞噬调控基因，并构建了ceRNA调控网络 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床验证 | 探索吞噬作用调控因子在脑出血中的诊断和预后价值 | 脑出血患者与正常脑组织的转录组数据 | 生物信息学 | 脑出血 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习 | 机器学习特征选择算法, CIBERSORT算法 | 转录组数据 | 来自GEO数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 990 | 2025-12-03 |
CASP1 as a potential target of Dendrobium in Sjögren's syndrome: Multi-omics analysis and preliminary experimental evidence
2025-Dec-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115670
PMID:41101222
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研究论文 | 本研究通过多组学整合分析，探讨了CASP1在原发性干燥综合征(pSS)发病机制中的潜在作用，以及中药成分石斛的可能治疗机制 | 首次通过多组学整合分析（包括转录组、网络药理学、单细胞测序和分子对接）系统性地识别了CASP1作为pSS的潜在治疗靶点，并验证了石斛活性成分与CASP1的结合潜力 | 研究主要基于生物信息学分析和初步实验验证，因果关系和治疗效果需要进一步的功能验证研究 | 探索CASP1在pSS发病机制中的作用及石斛的治疗机制 | 原发性干燥综合征(pSS)患者 | 生物信息学 | 干燥综合征 | 转录组测序, 单细胞测序, RT-qPCR, 分子对接 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 65名pSS患者及健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 991 | 2025-12-03 |
IRF5 siRNA Nanoimmunotherapy: Restoring Macrophage Efferocytosis in Atherosclerosis
2025-Dec-02, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究开发了一种靶向IRF5的siRNA纳米免疫治疗平台，用于恢复动脉粥样硬化斑块中巨噬细胞的胞葬功能 | 利用工程化siRNA纳米颗粒平台特异性抑制斑块不稳定巨噬细胞分子IRF5，首次实现通过siIRF5纳米免疫治疗增强斑块巨噬细胞的胞葬能力并改善斑块稳定性 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证疗效和安全性 | 开发治疗动脉粥样硬化的新型免疫治疗方法 | 动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞（特别是Cd11c+和Trem2hi亚群） | 纳米医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 2个独立的ApoE-/-小鼠动脉粥样硬化模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 992 | 2025-12-03 |
Profiling Cell-state Fingerprints Based on Deep Learning Model with Meta-programs of Pan-cancer
2025-Dec-02, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf123
PMID:41329499
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研究论文 | 本研究基于深度学习模型StateNet，利用泛癌元程序生成细胞状态指纹，以分析癌症细胞状态的共性与个体差异 | 开发了深度学习模型StateNet，首次基于泛癌元程序生成细胞状态指纹，用于揭示癌症细胞的共享特征和个体特性，并识别了ACAT2作为缺氧与脂质代谢通路的关键介导因子 | 研究主要依赖单细胞RNA测序数据，可能未涵盖所有细胞状态或组织类型，且样本量虽大但仍有扩展空间 | 旨在解析泛癌中细胞状态的共同机制和个体差异，开发工具用于癌症分析和预后预测 | 159,372个细胞，来自245个细胞系，覆盖14种组织类型，以及3,210个癌症样本 | 机器学习 | 泛癌 | 单细胞RNA测序 | 深度学习模型StateNet | 单细胞RNA测序数据 | 159,372个细胞（来自245个细胞系）和3,210个癌症样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 993 | 2025-12-03 |
Spatiotemporal liver dynamics shape hepatocellular heterogeneity and impact in vivo gene engineering
2025-Dec, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.06.018
PMID:40617259
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研究论文 | 本研究通过克隆追踪、单细胞和空间转录组学技术，探索了小鼠肝脏生长过程中肝细胞异质性的演变及其对体内基因工程的影响 | 揭示了新生肝脏中克隆性肝细胞在空间生态位中的定位及其对成年组织生成的贡献，并展示了靶向这些细胞可提高基因编辑效率 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类肝脏中的适用性尚需进一步验证 | 探究肝细胞异质性在肝脏生长中的动态变化及其对体内基因治疗策略的影响 | 不同年龄阶段的小鼠肝脏组织 | 数字病理学 | NA | 克隆追踪、单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据、空间数据 | 不同年龄的小鼠肝脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 994 | 2025-12-03 |
Spatial Transcriptomics of Developing Wheat Seed Reveals Concentric Gene Expression Zones and Subgenome Biased Expression of Key Genes
2025-Dec, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70351
PMID:40904198
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研究论文 | 本研究利用STOmics空间转录组平台，可视化小麦种子在灌浆关键期的基因表达空间模式，揭示了胚乳中的同心表达区域和亚基因组偏向表达的关键基因 | 首次在小麦种子中应用空间转录组技术，实现了亚细胞分辨率的转录本定位，识别了与八个功能细胞群相关的基因表达簇，并发现了胚乳内四个同心区域的表达模式 | 研究仅聚焦于14 DPA（花后天数）的小麦种子，未覆盖整个发育过程，且样本量有限 | 探究小麦种子发育过程中基因表达的空间组织，以理解营养储存、胁迫耐受和萌发等关键过程 | 小麦（Triticum aestivum）种子，特别是在灌浆关键期的发育阶段 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 超过4,000,000个空间解析的转录本 | STOmics | 空间转录组学 | STOmics空间转录组平台 | NA |
| 995 | 2025-12-03 |
Spatial Cross-talk Modeling of the Tumor Microenvironment Identifies CCR5-Mediated Glia-to-Glia Signaling as a Key Regulator of Brain Metastatic Progression
2025-Dec-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0237
PMID:40960488
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和细胞间通讯分析，揭示了脑转移瘤微环境中胶质细胞间信号传导的关键作用，并提出了靶向CCR5介导的胶质细胞信号传导作为治疗新策略 | 首次结合单细胞RNA测序与空间转录组学，系统解析脑转移进展中胶质细胞间的空间交互作用，并发现CCL4-CCR5信号轴可作为治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足；靶向治疗的长效性和潜在脱靶效应未充分评估 | 探究脑转移瘤微环境中胶质细胞间信号传导机制及其对肿瘤进展的调控作用 | 脑转移瘤微环境中的星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞 | 空间转录组学 | 脑转移瘤 | RNA测序, 空间转录组学, 细胞间通讯分析 | NA | 转录组数据, 空间表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 996 | 2025-12-03 |
Combining Mendelian randomization and network toxicology to decipher the causal role and molecular mechanisms of environmental pollutants in breast cancer: A focus on Methyl-4-hydroxybenzoate
2025-Dec, Cancer epidemiology
IF:2.4Q2
DOI:10.1016/j.canep.2025.102953
PMID:41183465
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研究论文 | 本研究通过整合孟德尔随机化和网络毒理学方法，探讨了环境污染物甲基对羟基苯甲酸酯在乳腺癌中的因果作用及分子机制 | 首次结合孟德尔随机化和网络毒理学，提出了一种非雌激素受体依赖的致癌机制假说，涉及生长因子信号传导失调和代谢重编程 | 研究主要基于遗传数据和计算分析，缺乏直接的实验验证，且样本来源有限（如FinnGen联盟） | 探究甲基对羟基苯甲酸酯在乳腺癌中的因果角色及其非雌激素机制 | 乳腺癌患者及尿液甲基对羟基苯甲酸酯硫酸盐的遗传数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 孟德尔随机化分析、网络毒理学、转录组分析、单细胞/空间RNA测序、分子对接 | NA | 遗传数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 尿液MEP硫酸盐数据n=8285，FinnGen联盟乳腺癌风险数据n=182,927 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 997 | 2025-12-03 |
Integrated bulk and single-cell RNA sequencing analysis reveals cuproptosis-related proteins in Crohn's disease
2025-Dec, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148990
PMID:41232892
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研究论文 | 本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了克罗恩病中与铜死亡相关的蛋白标志物及其与代谢和免疫的关联 | 首次将铜死亡相关蛋白与克罗恩病联系起来，并整合批量与单细胞数据构建诊断模型，揭示了CD274、PDK1、CP和SLC31A2等新标志物 | 研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证；单细胞分析仅为初步探索性结果，需进一步功能研究确认 | 探索铜死亡相关蛋白在克罗恩病中的作用，并构建诊断模型 | 克罗恩病患者炎症组织与非炎症组织 | 生物信息学 | 克罗恩病 | RNA测序，单细胞RNA测序，RT-qPCR | 诊断模型 | 基因表达数据 | 494例组织样本（批量数据）和25,121个细胞（单细胞数据） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 998 | 2025-12-03 |
Systematically Revealing Quantitative Multi-Target Integrative Effects of Plants With Artificial Intelligence Method
2025-Dec, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70321
PMID:40824771
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研究论文 | 本研究开发了一种基于人工智能的新方法，以山楂为例，系统揭示了植物在单细胞水平上对疾病的多靶点潜在整合效应 | 提出了一种基于深度自编码神经网络模型的新方法，将植物与疾病之间多个共同靶点在单细胞转录组中的表达水平编码为一个整合值（MTIS），首次在单细胞水平上实现了植物多靶点潜在整合效应的景观和定量图谱 | 该方法目前仅以山楂和动脉粥样硬化为例进行了验证，其广泛适用性有待更多植物和疾病模型的进一步测试 | 系统揭示植物对疾病的定量多靶点整合效应 | 山楂（植物）对动脉粥样硬化疾病的影响 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | 深度自编码神经网络 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 999 | 2025-12-03 |
Oxidative Stress and Pyroptosis Mediated by CEBPB/HMGB1 Signaling in Sepsis-Exacerbated Coronary Atherosclerosis
2025-Dec, Antioxidants & redox signaling
IF:5.9Q1
DOI:10.1177/15230864251380263
PMID:41167615
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研究论文 | 本研究探讨了氧化应激和CEBPB/HMGB1/VCAM1信号轴在脓毒症加剧的冠状动脉疾病中的作用 | 揭示了CEBPB/HMGB1/VCAM1轴在脓毒症中连接全身炎症与氧化血管损伤的新机制，为CAD并发症提供了治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验，人类临床验证有限 | 探索脓毒症加剧冠状动脉粥样硬化的分子机制，特别是氧化应激和细胞焦亡的作用 | 雄性ApoE小鼠、THP-1来源的巨噬细胞、人主动脉内皮细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、批量转录组学、染色质免疫沉淀、双荧光素酶报告基因检测、酶联免疫吸附试验、活性氧检测、流式细胞术 | NA | RNA测序数据、蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1000 | 2025-12-02 |
Integrating pathology genomics and single-cell genomics to identify lactate metabolism-related prognostic features and therapeutic strategies for melanoma
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-025-02190-1
PMID:41006685
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研究论文 | 本研究整合病理基因组学和单细胞基因组学，构建了基于乳酸代谢的预后模型，并探索了黑色素瘤的治疗策略 | 首次整合多组学数据（包括病理影像特征、单细胞RNA测序、空间转录组学等）系统表征黑色素瘤乳酸代谢特征，并开发了结合病理特征和基因的预后模型，同时通过实验验证了关键基因RAB32的功能 | 研究主要基于TCGA等公共数据集，外部验证可能有限；模型在临床广泛应用前需进一步前瞻性验证 | 系统表征黑色素瘤乳酸代谢的分子特征，构建预后模型并探索治疗策略 | 皮肤黑色素瘤（SKCM）患者样本及细胞系 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 基因集变异分析, 机器学习 | ResNet50, 10种机器学习算法组合 | 图像, 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | TCGA队列训练和验证集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |