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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 981 | 2025-12-07 |
Dalbergia odorifera T.C. Chen leaf extract promotes microglial energy expenditure to phagocytize neutrophils after cerebral ischemia-reperfusion
2025-Dec, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157508
PMID:41253024
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研究论文 | 本研究探讨了降香叶提取物通过调控小胶质细胞能量代谢,增强其吞噬中性粒细胞能力,从而减轻脑缺血再灌注损伤的机制 | 首次揭示了降香叶提取物通过将小胶质细胞的能量代谢从糖酵解重编程为氧化磷酸化,增强其吞噬功能,从而清除缺血脑区中性粒细胞的分子机制 | 研究机制主要基于动物模型和细胞实验,尚未在人体中进行验证;具体活性成分及其直接作用靶点有待进一步鉴定 | 探究降香叶提取物对脑缺血再灌注损伤的保护作用及其分子机制 | 脑缺血再灌注损伤模型小鼠、小胶质细胞、中性粒细胞 | 神经科学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序、免疫荧光分析、脑血流评估、ATP测定、氧消耗测试、葡萄糖摄取测定 | NA | 基因表达数据、图像数据、生理测量数据 | 未明确说明具体样本数量,使用小鼠模型和细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 982 | 2025-12-07 |
Liquiritigenin attenuates thrombosis by inhibiting P2Y12R-mediated Src/PLCγ2 signaling and cytoplasmic Ca2+ mobilization in platelets
2025-Dec, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157553
PMID:41273866
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研究论文 | 本研究探讨了甘草素通过靶向P2Y12受体,抑制Src/PLCγ2信号通路和胞质钙动员,从而抑制血小板活化和血栓形成的作用机制 | 首次揭示了甘草素通过靶向P2Y12受体并干扰其与Gαi1的相互作用来抑制血小板活化的分子机制,并利用单细胞转录组数据分析确定了与活化血小板相互作用的细胞类型 | 研究主要基于体外实验和动物模型,其临床转化效果和人体内的具体药代动力学特性尚需进一步验证 | 探索甘草素抑制血小板活化以减轻血栓形成的机制 | 血小板、人脐静脉内皮细胞(HUVECs)、急性肺血栓栓塞(APE)和冠状动脉微血管功能障碍(CMD)动物模型 | 药理学与心血管研究 | 心血管疾病 | 流式细胞术、透射电子显微镜、荧光标记、Western blotting、分子建模、单细胞转录组数据分析 | NA | 实验数据、图像数据、测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 983 | 2025-12-07 |
Targeting the cell adhesion related ligands MAC1 with Indirubin to inhibit AGE-RAGE signaling and mitigate colitis in an mouse model
2025-Dec, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157504
PMID:41273872
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研究论文 | 本研究阐明了靛玉红通过靶向MAC1抑制AGE-RAGE信号通路,从而缓解溃疡性结肠炎进展的机制 | 首次揭示了靛玉红通过靶向MAC1转录因子并抑制AGE-RAGE信号通路,以巨噬细胞依赖的方式缓解结肠炎的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,其临床转化效果和人体适用性仍需进一步验证 | 阐明靛玉红在溃疡性结肠炎中的抗炎特性及其分子机制 | 溃疡性结肠炎的小鼠模型和细胞模型 | 生物医学研究 | 溃疡性结肠炎 | 蛋白质组测序, 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 分子对接, 双荧光素酶报告基因检测 | NA | 测序数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组测序 | NA | NA |
| 984 | 2025-12-07 |
Unraveling Traditional Chinese Medicine with single-cell RNA sequencing: Current applications and future frontiers
2025-Dec, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157556
PMID:41275745
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)在中医药研究中的当前应用与未来前沿,强调了该技术在解析中医药多组分、多靶点机制及异质性证候方面的潜力 | 系统性地将scRNA-seq技术应用于中医药研究,作为连接中医药整体辨证与分子医学的关键桥梁,突出了中医药在网络驱动调控和整体平衡方面的独特关注点 | NA | 总结scRNA-seq在中医药研究中的前沿应用,并探讨其未来发展方向,以加速中医药及其与精准医学的融合 | 中医药相关研究,主要涉及肿瘤、炎症与自身免疫性疾病、心脑血管疾病、中医药安全性评价及中医证候研究 | 数字病理学 | 肿瘤, 炎症与自身免疫性疾病, 心脑血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 985 | 2025-12-07 |
Chaihu shugan powder ameliorated chronic pancreatitis by reprogramming SMS2-mediated sphingolipid metabolism in M1 macrophages
2025-Dec, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157565
PMID:41308384
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研究论文 | 本研究探讨了柴胡疏肝散通过调控SMS2介导的鞘脂代谢改善慢性胰腺炎的机制 | 首次揭示柴胡疏肝散中的橙皮素通过靶向SMS2抑制M1巨噬细胞极化,从而改善慢性胰腺炎 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,临床转化需进一步验证 | 阐明柴胡疏肝散治疗慢性胰腺炎的作用机制及关键活性成分 | 慢性胰腺炎小鼠模型、骨髓来源巨噬细胞、原代胰腺星状细胞 | NA | 慢性胰腺炎 | 靶向鞘脂分析、单细胞RNA测序、流式细胞术、分子对接 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 986 | 2025-12-07 |
Endothelial cells as early therapeutic targets in chronic obstructive pulmonary disease: Insights into Tongxinluo's multiple protective mechanisms against cigarette smoke-induced lung injury
2025-Dec, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157600
PMID:41313847
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示了内皮细胞作为慢性阻塞性肺疾病早期治疗靶点的潜力,并探讨了中药通心络胶囊通过Apelin/APJ/p38MAPK通路减轻香烟烟雾诱导的肺损伤的多重保护机制 | 首次将内皮细胞作为COPD早期治疗靶点进行研究,结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示了通心络胶囊通过Apelin/APJ/p38MAPK通路促进内皮细胞增殖和内皮介导的上皮再生的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中进行验证,且通心络胶囊的具体活性成分和作用靶点需进一步明确 | 评估内皮细胞作为COPD早期治疗靶点的潜力,并探究中药通心络胶囊的干预效果 | 香烟烟雾暴露的小鼠模型,以及体外培养的内皮细胞和上皮细胞 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间分布数据 | 香烟烟雾暴露2、4、6、12和24周的小鼠,其中12周时进行单细胞RNA测序和空间测序 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 987 | 2025-12-07 |
A scheduler for rhythmic gene expression
2025-Dec, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-025-00155-9
PMID:41073798
|
研究论文 | 本文以秀丽隐杆线虫蜕皮时钟为模型,研究遗传振荡器如何调度数千个基因的有序表达 | 开发了一个线性模型,基于超过200个转录因子的结合来预测染色质动态,并识别出九个关键调控因子,这些因子通过加性作用决定每个调控元件的峰值相位和振幅,同时还能通过破坏性干扰产生组成性、非节律性活动 | NA | 探究遗传振荡器如何调度基因的有序表达,以理解发育和其他动态生物过程中的复杂基因表达模式 | 秀丽隐杆线虫的蜕皮时钟及相关基因表达 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 时间分辨ATAC-seq | 线性模型 | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 988 | 2025-12-07 |
Single-Cell Transcriptomics Unravels Growth Factor Erv1-Like Mediated Ferroptosis as a Key Driver of Intestinal Epithelial Dysfunction in Ulcerative Colitis
2025-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202502014
PMID:41098076
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了生长因子Erv1样蛋白(GFER)通过调节铁死亡在溃疡性结肠炎肠道上皮功能障碍中的关键作用 | 首次证明GFER在UC中调节铁死亡的关键作用,并发现其通过与PCBP1相互作用维持铁稳态,以及通过激活PGC-1α/PPARγ通路减少脂质过氧化 | NA | 阐明溃疡性结肠炎中肠道上皮功能障碍的分子机制,并寻找潜在的治疗靶点 | 溃疡性结肠炎患者的肠道上皮细胞、DSS诱导的结肠炎小鼠模型、LPS诱导的体外肠道上皮细胞炎症模型 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 989 | 2025-12-06 |
YAP-Induced Glycolysis Drives Fibroinflammation and Disrupts Fibroblast Fidelity
2025-Dec-05, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326480
PMID:41165345
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研究论文 | 本研究揭示了YAP通过诱导糖酵解驱动心脏成纤维细胞的纤维炎症反应,并破坏其谱系保真性,从而促进心脏纤维化的机制 | 首次发现右心房成纤维细胞具有更高的糖酵解活性和YAP活性,并阐明了YAP通过激活糖酵解、诱导巨噬细胞扩增和IGF1信号通路,协同促进心脏纤维化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本验证有限,且未深入探讨其他心脏腔室特异性差异的临床意义 | 探究Hippo/YAP通路在心脏成纤维细胞代谢微环境调控及纤维炎症中的作用机制 | 心脏成纤维细胞、巨噬细胞、小鼠心脏组织、人类单核RNA测序数据 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序、单核ATAC测序、空间转录组学、代谢研究 | NA | 单细胞转录组数据、表观基因组数据、空间转录组数据、代谢数据 | 人类单核RNA测序数据及小鼠心脏组织样本 | NA | 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 990 | 2025-12-06 |
Characteristics of cadmium's impact on lung cancer burden and its toxicological mechanisms
2025-Dec-05, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000004439
PMID:41347937
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研究论文 | 本研究分析了镉对全球肺癌负担的影响特征及其毒理学机制 | 结合NHANES和GBD数据库分析镉与肺癌预后的关联及全球负担趋势,并利用网络毒理学和单细胞测序识别关键靶基因Bcl-2 | 研究基于观察性数据,可能存在未测量的混杂因素,且未来负担预测依赖于模型假设 | 评估镉暴露对肺癌负担的全球分布、趋势及毒理学机制,为公共卫生干预提供依据 | 肺癌患者及全球人群镉暴露数据 | 公共卫生与毒理学 | 肺癌 | 网络毒理学、单细胞测序、Kaplan-Meier分析、Cox回归、限制性立方样条曲线 | Cox回归模型、Nordpred预测模型 | 流行病学数据、基因表达数据 | 基于NHANES和GBD数据库的大规模人群数据 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 991 | 2025-12-06 |
Eed controls craniofacial osteoblast differentiation and mesenchymal proliferation from the neural crest
2025-Dec-02, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.100159
PMID:41329158
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研究论文 | 本研究探讨了PRC2核心亚基Eed在神经嵴诱导后对颅面成骨细胞分化和间充质增殖的调控作用 | 通过整合小鼠遗传学、单细胞RNA测序和表观遗传分析,揭示了Eed在神经嵴细胞诱导后通过表观遗传调控转录因子程序驱动间充质分化和增殖的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,对人类罕见先天性综合征的直接应用仍需进一步验证 | 探究PRC2在神经嵴诱导后的胚胎、细胞和分子层面的功能 | 小鼠神经嵴细胞、颅面成骨细胞和间充质细胞 | 发育生物学 | 先天性颅面畸形 | 单细胞RNA测序、表观遗传分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 992 | 2025-12-06 |
Single-cell profiling reveals a shared proinflammatory macrophage signature across multiple organs in myopia
2025-Dec-02, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-025-00835-8
PMID:41330940
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了近视小鼠多个器官中巨噬细胞的促炎表型及其与缺氧通路的关联,并发现近视与多种眼外疾病存在相关性 | 首次在近视模型中构建跨器官(眼、脑、血、骨髓等11种组织)的单细胞转录组图谱,发现巨噬细胞在多个组织中呈现一致的促炎表型,并验证了缺氧通路在其中的调控作用及临床相关性 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仅限于血液标志物;眼外疾病与近视的因果关系尚未完全阐明 | 探究近视发展过程中跨器官免疫通讯的机制及其与全身性疾病的关系 | 近视小鼠模型(涵盖眼、脑、血液、骨髓、脾脏等11种组织)及114,661例人类患者队列 | 数字病理学 | 近视 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据、临床队列数据 | 小鼠多组织单细胞数据 + 114,661例患者临床数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 993 | 2025-12-06 |
Spatial omics: applications and utility in profiling the tumor microenvironment
2025-Dec-02, Cancer metastasis reviews
DOI:10.1007/s10555-025-10304-z
PMID:41331191
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综述 | 本文综述了空间组学技术在生物医学研究中的应用,特别关注其在肿瘤微环境分析中的效用 | 空间组学技术能够保留组织空间结构,直接映射分子信息到组织学结构,为肿瘤微环境提供前所未有的详细表征 | NA | 概述空间组学技术现状及其在癌症研究中的应用,推动精准肿瘤学发展 | 肿瘤微环境,包括空间异质性、免疫细胞浸润模式及肿瘤进展与治疗抵抗机制 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间基因和蛋白表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 994 | 2025-12-06 |
SPICEiST: subcellular RNA pattern enhances cell clustering of imaging-based spatial transcriptomics
2025-Dec-02, Genomics & informatics
DOI:10.1186/s44342-025-00056-1
PMID:41331495
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研究论文 | 本文提出了一种名为SPICEiST的图自编码器框架,通过整合亚细胞转录分布模式和细胞级基因表达谱,以增强成像空间转录组学中的细胞聚类性能 | SPICEiST首次将亚细胞RNA分布模式与细胞级基因表达结合,用于提升成像空间转录组学的细胞聚类准确性,特别是在小基因面板情况下 | 研究主要针对癌症数据集,且在小基因面板(约300个基因)中效果更显著,对于大基因面板(超过一千个基因)的改进相对有限 | 旨在克服成像空间转录组学中因小基因面板和细胞分割挑战导致的细胞聚类限制 | 多个癌症数据集中的细胞,基于成像空间转录组学技术 | 空间转录组学 | 癌症 | 成像空间转录组学 | 图自编码器 | 图像和基因表达数据 | 多个癌症数据集,具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 成像空间转录组学 | NA | NA |
| 995 | 2025-12-06 |
Genome-wide identification of the PLD gene family and its response to multiple abiotic stresses in soybean (Glycine max)
2025-Dec-02, BMC plant biology
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12870-025-07713-1
PMID:41331918
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研究论文 | 本研究对大豆中的磷脂酶D(PLD)基因家族进行了全基因组鉴定,并分析了其在多种非生物胁迫下的响应机制 | 首次在大豆中系统鉴定了25个GmPLD基因,包括两个新发现的φ亚型(GmPLDφ1/2),并通过单细胞RNA-seq揭示了其空间表达异质性,同时通过单倍型分析鉴定了与磷效率相关的优势单倍型 | 研究主要基于生物信息学分析和表达谱数据,功能验证实验相对有限,且对PLD基因在具体胁迫信号通路中的分子机制尚未深入探讨 | 系统解析大豆PLD基因家族的结构特征、表达模式及其在非生物胁迫响应中的功能 | 大豆(Glycine max)中的磷脂酶D(PLD)基因家族 | 植物分子生物学 | NA | 全基因组鉴定、系统发育分析、表达谱分析、单细胞RNA-seq、单倍型分析、酶活性验证 | NA | 基因组序列数据、RNA-seq数据、单细胞RNA-seq数据 | 基于大豆基因组数据,涉及25个GmPLD基因;表达分析涵盖多种组织和非生物胁迫条件 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 996 | 2025-12-06 |
A dynamic model for Waddington's landscape accounting for cell-to-cell communication
2025-Dec, Mathematical biosciences
IF:1.9Q3
DOI:10.1016/j.mbs.2025.109537
PMID:40976482
|
研究论文 | 本研究提出了一个考虑细胞间通讯的细胞成熟与发育动态模型,作为Waddington景观的扩展 | 首次在Waddington景观框架中整合细胞间通讯机制,通过偏微分方程与常微分方程耦合系统描述细胞状态依赖的配体产生与群体动态 | 模型验证主要基于单细胞转录组数据,尚未在更多实验体系或体内环境中进行广泛验证 | 建立包含细胞间通讯的细胞发育数学模型,更准确描述生物恢复过程 | 细胞成熟与发育过程,重点关注肠道隐窝干细胞再生和免疫细胞对LSP刺激的响应 | 计算生物学 | NA | 单细胞转录组学分析 | 偏微分方程与常微分方程耦合系统 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 997 | 2025-12-06 |
Distinct senotypes in p16- and p21-positive cells across human and mouse aging tissues
2025-Dec, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00601-2
PMID:41162753
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研究论文 | 本研究通过分析人类和小鼠衰老组织的单细胞RNA测序数据,揭示了p21和p16阳性细胞在衰老过程中的异质性及其与衰老相关分泌表型(SASP)的关联 | 首次在体内系统比较了p21和p16作为衰老标志物的表达异质性,并发现它们在不同细胞类型和组织中缺乏共表达,且具有独立的轨迹动态 | 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平的验证,且样本来源和数量可能限制结论的普适性 | 阐明p21和p16在细胞衰老过程中的个体角色及其与SASP的关系 | 人类和小鼠衰老组织中的细胞 | 生物信息学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | RNA velocity分析、伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 多个数据集,涵盖人类和小鼠的多种组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 998 | 2025-12-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals immune response dynamics and infection mechanisms in PRRSV-infected porcine alveolar macrophages
2025-Dec, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148719
PMID:41192717
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了PRRSV感染猪肺泡巨噬细胞的免疫应答动态和感染机制 | 首次在单细胞水平上揭示了PRRSV感染过程中猪肺泡巨噬细胞的转录异质性,并发现了CD16受体在病毒进入中的作用以及SPP1蛋白的抗病毒功能 | 研究基于体外感染模型,可能无法完全反映体内复杂环境;样本规模未明确说明,可能影响统计效力 | 探究PRRSV感染过程中宿主细胞的免疫应答机制和病毒感染动力学 | PRRSV感染的猪肺泡巨噬细胞 | 数字病理学 | 猪繁殖与呼吸综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 999 | 2025-12-06 |
Endothelial septin 4 reduction contributes to lipopolysaccharide-induced acute lung injury by disrupting endothelial barrier integrity and promoting infiltration of ISG+ cells
2025-Dec, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148790
PMID:41207585
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研究论文 | 本研究探讨了内皮细胞特异性SEPT4在脂多糖诱导的急性肺损伤中的作用机制 | 首次揭示了SEPT4在内皮屏障完整性中的关键作用及其缺失如何通过促进ISG+细胞浸润加剧急性肺损伤 | 研究主要基于小鼠模型,人类组织验证有限;机制研究尚未完全阐明SEPT4调控细胞骨架的具体分子通路 | 阐明内皮特异性SEPTs在急性肺损伤中的功能和分子机制 | 小鼠肺组织、内皮细胞、成纤维细胞 | 分子病理学 | 急性肺损伤 | scRNA-seq、条件性基因敲除、组织病理学分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据、组织切片图像、蛋白质表达数据 | 未明确说明具体样本数量,但使用了基因敲除小鼠模型和scRNA-seq数据分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1000 | 2025-12-06 |
SIRT1 inhibits ferroptosis of granulosa cells in polycystic ovarian syndrome
2025-Dec, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148931
PMID:41237881
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学分析与实验验证,探讨了铁死亡相关基因在PCOS中的作用,并发现SIRT1通过Nrf2去乙酰化抑制颗粒细胞铁死亡 | 首次将SIRT1与PCOS中的铁死亡联系起来,并通过scRNA-seq和分子对接揭示了SIRT1-Nrf2相互作用机制 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析,缺乏大规模临床样本验证 | 探究铁死亡在PCOS发病机制中的作用,并寻找潜在治疗靶点 | 多囊卵巢综合征患者的颗粒细胞 | 生物信息学 | 多囊卵巢综合征 | scRNA-seq, 分子对接, 免疫共沉淀 | 机器学习 | 基因表达数据 | 基于GEO数据集的PCOS与对照样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |