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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
81 2026-09-20
Elucidating cardiac fibroblasts heterogeneity and activation during experimental autoimmune myocarditis using spatial transcriptomics
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3
研究论文 该研究利用空间转录组学技术,探究实验性自身免疫性心肌炎(EAM)急性炎症期心脏成纤维细胞的转录模式变化及其异质性 首次在EAM模型中利用空间转录组学揭示心脏成纤维细胞的异质性,鉴定出六个不同的成纤维细胞亚群,并发现急性炎症期免疫细胞与成纤维细胞的时空共定位现象 研究仅基于EAM动物模型,结果向人类扩张型心肌病的转化仍需进一步验证;样本量相对有限 利用空间转录组学探究EAM急性炎症期心脏成纤维细胞转录模式的变化及其与免疫细胞的相互作用 EAM小鼠模型中的心脏成纤维细胞及浸润免疫细胞 空间转录组学 心肌炎、扩张型心肌病、心血管疾病 空间转录组学 NA 空间转录组数据 1545个富含心脏成纤维细胞的空间斑点,其中657个斑点的成纤维细胞为优势细胞群 NA 空间转录组学 NA NA
82 2026-09-20
Multi-omics integration reveals hypoxia-driven mechanisms in vascular dementia: a machine learning and single-cell sequencing approach
2025-Dec, Annals of medicine and surgery (2012)
研究论文 该研究通过多组学整合、机器学习和单细胞测序,识别并分析了血管性痴呆中与缺氧相关的核心基因DUSP1、MAFF和TGFBI及其在代谢、免疫和细胞分化中的作用 结合WGCNA、机器学习和单细胞测序多组学方法,首次系统鉴定血管性痴呆中缺氧相关核心基因,并揭示其在代谢调控、细胞死亡通路、免疫微环境调节和神经分化中的关键作用 摘要中未明确说明研究局限性 识别和分析血管性痴呆中与缺氧相关的核心基因,探索其在代谢、免疫反应和细胞分化中的作用,提供潜在的生物标志物和治疗靶点 血管性痴呆患者数据集及慢性脑低灌注动物模型 机器学习 血管性痴呆 高通量测序,单细胞测序 机器学习 基因表达数据,图像 NA NA bulk RNA-seq,single-cell RNA-seq NA NA
83 2026-09-20
Systematic analysis of the expression profiles and prognostic values of the FAM72 family in liver cancer
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3
研究论文 该研究通过生物信息学分析系统评估了FAM72家族成员(FAM72A-D)在肝癌中的表达特征及其预后价值 首次系统分析FAM72家族在肝癌中的表达谱和预后意义,并构建了基于FAM72基因的预后预测模型,揭示了其与免疫浸润的关联 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证;未在独立队列中进行前瞻性验证 评估FAM72A-D在肝癌中的表达水平、临床相关性及预后价值,并构建预后预测模型 肝癌患者组织样本及公共数据库中的肝癌表达谱数据 机器学习 肝癌 单细胞RNA测序,生物信息学分析 NA 基因表达数据,文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
84 2026-09-20
Optimized protocol for processing murine tumor-bearing lung tissue for flow cytometry and single cell RNA-sequencing
2025-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究方法学论文 该文章提出了一种从携带肿瘤的小鼠肺组织中分离高质量单细胞悬液的详细实验方案,用于流式细胞术和单细胞RNA测序 该方案针对纤维化和异质性肿瘤肺组织,通过组织灌注、控制性酶消化、温和机械解离、红细胞裂解、过滤和活力评估等步骤,实现了>85%的细胞活力,并能有效分离tdTomato肿瘤细胞用于scRNA-seq 该方案仅在Kras; tdTomato报告小鼠模型中验证,未在其他肿瘤模型或人类组织中测试,可能不适用于所有类型的肺肿瘤 开发一种优化的实验方案,从健康和携带肿瘤的小鼠肺组织中分离高质量单细胞悬液,用于流式细胞术和单细胞RNA测序 Kras; tdTomato报告小鼠模型中的健康和携带肿瘤的肺组织 单细胞组学 肺癌 单细胞RNA测序, 流式细胞术 NA 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 未明确提及样本数量,涉及健康和携带肿瘤的小鼠肺组织 NA 单细胞RNA测序 NA NA
85 2026-09-20
Single-cell transcriptome analyses reveal disturbed decidual microenvironment in women of advanced maternal age
2025-12, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1
研究论文 通过整合组织学、类器官建模和高分辨率单细胞RNA测序,揭示了高龄产妇蜕膜微环境的病理重塑,包括TGF-β信号过度激活和PRR15缺失导致的纤维化和蜕膜化失败 首次提供高龄产妇人类蜕膜的单细胞图谱,发现新的PRR15-TGF-β轴,其中PRR15缺失驱动基质纤维化和蜕膜化失败,并揭示AMA相关的子宫纤维化始于妊娠早期 摘要中未明确提及研究的局限性 表征高龄产妇的蜕膜微环境,识别关键病理变化和调控通路 高龄产妇和对照生育年龄女性的早孕期蜕膜组织 数字病理学 生殖疾病 单细胞RNA测序 NA 图像和文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
86 2026-09-20
PD-1 regulates CD4+ T cell-mediated CD8+ T cell responses in the brain to balance viral control and neuroinflammation
2025-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文研究了PD-1如何调控CD4+ T细胞介导的CD8+ T细胞反应,以平衡多瘤病毒中枢神经系统感染中的病毒控制与神经炎症 首次揭示了PD-1在CD4 T细胞中而非CD8 T细胞中的缺失足以重现全局PD-1缺失的效果,表明CD4 T细胞内在的PD-1信号在平衡抗病毒防御与神经损伤中起关键作用 研究基于小鼠多瘤病毒脑炎模型,其结果是否适用于人类JC多瘤病毒引起的进行性多灶性白质脑病仍需进一步验证 探究PD-1在多瘤病毒中枢神经系统感染中如何调节CD4和CD8 T细胞反应,以平衡病毒控制与神经炎症 小鼠多瘤病毒脑炎模型中的脑浸润CD4和CD8 T细胞 免疫学 进行性多灶性白质脑病 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
87 2026-09-20
A computational framework to dissect imputation strategies for single-cell histone modification data
2025-12, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1
研究论文 本文提出了首个系统性评估单细胞组蛋白修饰数据插补策略的计算框架,并使用合成和公开数据集进行基准测试 首个针对单细胞组蛋白修饰数据的插补策略综合评估框架,引入了新的性能指标并实现为模块化R包 未提出新的插补算法,仅评估现有方法;缺乏任务自适应的通用解决方案 系统评估单细胞组蛋白修饰数据的插补策略,指导下一代任务感知算法的发展 单细胞组蛋白修饰数据 机器学习 NA 单细胞组蛋白修饰测序 NA 单细胞表观遗传数据 合成数据集和公开数据集 NA NA NA NA
88 2026-09-19
Sclerotic GVHD and scleroderma share dysregulated gene expression that is ameliorated by EREG therapeutic antibody
2025-Dec-25, Blood IF:21.0Q1
研究论文 本研究开发了一种全人源抗EREG中和抗体,通过单细胞转录组和空间转录组分析揭示了EREG在硬皮病和硬化性GVHD中的促纤维化机制,并验证了该抗体的抗纤维化效果 开发了一种具有高亲和力和特异性的全人源抗EREG中和抗体,首次通过单细胞转录组和空间转录组技术揭示EREG通过驱动肌成纤维细胞产生TNC,进而激活TLR4信号通路促进炎症和纤维化的机制 研究主要基于体外皮肤外植体实验和动物模型,缺乏大规模临床试验数据,抗EREG抗体的长期安全性和有效性仍需进一步验证 开发靶向EREG的治疗性抗体并阐明其抗纤维化机制,为硬皮病和硬化性GVHD提供新的治疗策略 硬皮病/系统性硬化症(SSc)、局限性硬皮病(morphea)和硬化性GVHD患者的皮肤组织及人EREG敲入小鼠 数字病理学 硬皮病、移植物抗宿主病 单细胞转录组测序, 空间转录组学 NA 图像, 文本 SSc、morphea和硬化性GVHD患者的皮肤单细胞转录组样本,以及多名活动性硬化性GVHD患者的皮肤外植体 10x Genomics single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium单细胞转录组平台和10x Visium空间转录组平台用于皮肤组织分析
89 2026-09-19
Large-scale single-cell profiling of stem cells identifies redundant regulators of shoot development and yield trait variation
2025-Dec-15, Developmental cell IF:10.7Q1
研究论文 该文章通过对玉米和拟南芥的茎端分生组织进行大规模单细胞RNA测序,鉴定出保守的干细胞调控因子并揭示其与玉米产量性状的关联 优化了单细胞RNA测序方案以富集稀有的CLAVATA3和WUSCHEL表达细胞,首次大规模捕获植物茎端干细胞,并结合等位变异分析将干细胞调控因子与玉米产量性状关联 摘要未明确提及研究局限性 揭示植物茎端干细胞的保守调控因子及其在作物产量性状变异中的作用 玉米和拟南芥的茎端分生组织干细胞 单细胞生物学 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 玉米和拟南芥的茎端分生组织,捕获了数千个表达CLAVATA3和WUSCHEL的细胞 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
90 2026-09-19
Multiomics insights into rumen microbiome and function in grazing lambs: implications for nutrient absorption and grassland sustainability
2025-12-12, Microbiome IF:13.8Q1
研究论文 该研究通过宏基因组、宏转录组、瘤胃壁单细胞RNA测序和血清代谢组学,揭示了放牧羔羊瘤胃微生物组与宿主上皮细胞互作对采食和营养代谢的调控机制 首次将瘤胃微生物宏基因组、宏转录组与瘤胃壁单细胞RNA测序及血清代谢组学相结合,鉴定了参与牧草消化和短链脂肪酸代谢的关键微生物和上皮细胞亚型,揭示了瘤胃微生物功能、上皮细胞集群基因与宿主代谢之间的新型联系 摘要中未明确提及研究局限性 探究放牧强度与精料补饲交互作用下,瘤胃微生物组如何调控羔羊牧草采食量和宿主代谢,为可持续放牧系统中的草畜平衡提供理论依据 72只放牧羔羊 微生物组学, 单细胞组学 NA 宏基因组, 宏转录组, 单细胞RNA测序, 血清代谢组学 NA 序列数据, 图像, 代谢物数据 72只羔羊的瘤胃内容物、瘤胃壁组织和血清样本 10x Genomics 宏基因组, 宏转录组, 单细胞RNA测序, 代谢组学 NA NA
91 2026-09-19
Multi-tissue spatial transcriptomics identified simultaneous responses to oxidative stress and apoptosis in parallel with tissue-specific reprogramming in modeled chronic kidney disease-mineral and bone disorder
2025-Dec, JBMR plus IF:3.4Q2
研究论文 本研究采用多组织空间转录组学方法,分析了慢性肾脏病-矿物质和骨异常(CKD-MBD)小鼠模型中皮质骨、肌肉和骨髓的基因表达变化 首次应用多组织空间转录组学同时识别CKD-MBD中组织特异性和共同性的基因组重编程,发现了泛组织氧化应激和凋亡反应以及组织特异性变化 研究仅基于小鼠模型,样本量有限,需要进一步验证人类CKD-MBD的适用性 识别和区分CKD-MBD中皮质骨、肌肉和骨髓同时发生的组织特异性和共同性基因组重编程 腺嘌呤饮食诱导的CKD-MBD雄性小鼠的股骨-肌肉组织切片 空间转录组学 慢性肾脏病-矿物质和骨异常 空间转录组学 NA 空间转录组数据、图像 小鼠模型,具体数量未提及 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium Visium空间转录组学
92 2026-09-19
Elucidating the Mechanism of Radiation Therapy on Mesenchymal Cell Fate in Preventing Heterotopic Ossification
2025-12-01, Annals of surgery IF:7.5Q1
研究论文 本研究通过动物模型在单细胞水平上揭示了放射治疗预防异位骨化的机制 首次在单细胞水平探索放射治疗预防创伤性异位骨化的机制,发现放射不仅减少HO祖细胞数量,还抑制异常骨软骨分化 研究仅限于C57BL6J雄性小鼠模型,辐射剂量方案需要进一步标准化研究 重建放射治疗预防异位骨化的动物模型,在单细胞水平上机制性地研究辐射引起的变化 C57BL6J雄性小鼠的烧伤/肌腱切断模型 单细胞转录组学 异位骨化 单细胞RNA测序、免疫荧光显微镜、微型计算机断层扫描 NA 基因表达数据、图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
93 2026-09-18
A 30-gene classifier distinguishes low-risk MDS HSPCs from healthy HSPCs
2025-Dec, Experimental hematology IF:2.5Q3
研究论文 该研究利用单细胞转录组学表征低危骨髓增生异常综合征(LR-MDS)中造血干祖细胞至髓系分化谱系的细胞状态,并开发了一个30基因评分来区分LR-MDS HSPC与健康HSPC。 开发了一个30基因评分来分类LR-MDS HSPC,并识别了LR-MDS的新分子特征,提示囊泡运输功能障碍。 摘要中未提及 表征LR-MDS中HSPC-髓系分化景观的细胞状态,并发现LR-MDS病理生理学的转化靶点。 低危骨髓增生异常综合征(LR-MDS)患者的造血干祖细胞(HSPC)和髓系分化细胞。 单细胞转录组学 骨髓增生异常综合征 单细胞转录组学 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
94 2026-09-16
Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models
2025-12-31, Biostatistics (Oxford, England)
研究论文 本文提出了一种名为scGBM的新方法,使用泊松双线性模型对单细胞RNA测序数据进行基于模型的降维,并量化了低维表示中的不确定性 开发了scGBM方法,使用泊松双线性模型直接对计数数据进行降维建模,引入快速迭代重加权奇异值分解算法使方法可扩展到百万级细胞数据集,并量化每个细胞潜在位置的不确定性以评估细胞聚类的置信度 摘要中未明确提及研究局限性 解决单细胞RNA测序数据降维中现有方法诱导虚假异质性、掩盖真实生物学变异、计算不可扩展以及不量化低维表示不确定性等问题 单细胞RNA测序数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 泊松双线性模型 计数矩阵 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
95 2026-09-16
Integrating epidemiological and bioinformatics analyses identified the effects of organophosphate pesticides accelerating biological aging
2025-Dec-22, International journal of surgery (London, England)
研究论文 本研究整合了NHANES流行病学数据、孟德尔随机化、单细胞测序、网络毒理学和体外实验,揭示了有机磷农药暴露通过炎症介导途径和磷酸化诱导的细胞凋亡加速生物衰老 首次将流行病学与生物信息学分析相结合,系统阐明了有机磷农药暴露与生物衰老加速之间的关联及其潜在机制,并利用孟德尔随机化验证了因果关系,通过单细胞测序和体外实验揭示了EGFR和STAT3的关键作用 研究为横断面设计,无法完全排除因果倒置的可能性;生物衰老的评估主要依赖表观遗传时钟等替代指标;体外实验模型可能与体内环境存在差异 探究有机磷农药暴露与生物衰老加速之间的关联及其潜在的分子机制 NHANES数据库参与者(发现队列9795人,验证队列2494人)、单细胞测序数据、体外细胞实验模型 机器学习 老年性疾病 孟德尔随机化、单细胞测序、qPCR、蛋白质印迹、RNA干扰、流式细胞术、网络毒理学、TWAS 多元线性回归模型、限制性立方样条、孟德尔随机化模型 文本、图像、基因表达数据 发现队列9795名参与者,验证队列2494名参与者,以及单细胞测序和体外实验样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
96 2026-09-16
A transition zone enriched WIF1 ⁺ basal cell subtype is associated with benign prostatic hyperplasia
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过对前列腺切除标本良性区域进行单细胞RNA测序,发现了一种在移行区富集的WIF1⁺基底细胞亚型,该亚型与良性前列腺增生密切相关 首次鉴定并报道了一种WIF1⁺基底细胞亚型,该亚型特异性地富集于前列腺移行区,并在良性前列腺增生中显著增加,揭示了该细胞亚型在BPH发病机制中的潜在作用 摘要中未明确提及研究的具体局限性,但样本来源仅限于前列腺切除标本的良性区域,可能无法完全代表所有BPH患者的细胞组成特征 阐明人类前列腺不同分区的细胞组成和疾病易感性,特别是探索移行区特异性细胞亚型与良性前列腺增生发病机制之间的关系 人类前列腺切除标本中的良性区域组织,包括前列腺移行区及其他分区的细胞 单细胞组学 良性前列腺增生 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
97 2026-09-16
Digital pathology and spatial omics in steatohepatitis: Clinical applications and discovery potentials
2025-12-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
综述 本文综述了数字病理学与空间组学在脂肪性肝炎中的临床应用和发现潜力,重点讨论了利用人工智能增强的线性和非线性显微镜提高组织学判读准确性,以及空间转录组学和蛋白质组学技术的优势与局限 系统性地提出了将机器学习增强的数字病理学与空间生物学进行多模态整合的框架,以解析脂肪性肝炎的组织异质性和分子-形态学关系 当前知识存在空白,这些工具和技术存在局限性,需要进一步研究验证 探讨数字病理学和空间组学在脂肪性肝炎临床诊断和发现研究中的应用价值 脂肪性肝炎患者(包括代谢功能障碍相关脂肪性肝病、酒精相关性肝病及代谢功能障碍相关脂肪性肝病伴酒精摄入增加)的肝脏组织切片和全切片图像 数字病理学 脂肪性肝炎 数字病理学、空间转录组学、空间蛋白质组学 机器学习算法、人工智能算法 图像、分子表达数据 NA NA 空间转录组学、空间蛋白质组学 NA NA
98 2026-09-16
LECT2 promotes liver regeneration across developmental stages by activating the ADAM10-NOTCH signaling pathway
2025-12-01, Hepatology communications IF:5.6Q1
研究论文 该研究通过对不同发育阶段小鼠部分肝切除模型进行RNA测序和单细胞RNA测序,发现LECT2通过激活ADAM10-NOTCH信号通路促进肝脏再生。 首次发现LECT2在不同发育阶段均能促进肝脏再生,并阐明其通过ADAM10-NOTCH信号通路发挥作用的新机制。 研究主要基于小鼠模型,在人类中的普适性仍需进一步验证;ADAM10抑制条件下LECT2过表达未显示再生差异的具体机制未深入探讨。 开发性保守地寻找肝脏促再生调节因子,并阐明其在不同发育阶段肝脏再生中的机制作用。 不同发育阶段的野生型小鼠(1月龄、4月龄、12月龄、20月龄)以及接受肝切除术的患者 机器学习 肝脏疾病 RNA测序、单细胞RNA测序、免疫荧光、免疫共沉淀、实时定量PCR NA 文本、图像 4个年龄组的野生型小鼠及接受肝切除术的患者,具体数量未明确 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
99 2026-09-13
Machine learning-based identification of kbhb-affected tumor cell subsets as prognostic and therapeutic targets in breast cancer
2025-12-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 该研究整合多组学数据识别受Kbhb影响的乳腺癌肿瘤细胞亚群,并构建机器学习预后模型评估其预后与治疗潜力 首次结合多组学与101种算法组合的机器学习框架,识别Kbhb影响的肿瘤细胞亚群并验证SCGB2A2功能,开发预后评分预测免疫治疗反应 未明确提及 识别受Kbhb影响的乳腺癌肿瘤细胞亚群并评估其预后潜力 乳腺癌肿瘤细胞亚群及患者样本 机器学习 乳腺癌 多组学整合、单细胞RNA测序、空间转录组学、分子实验 机器学习 多组学数据、图像、文本 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 NA NA
100 2026-09-13
HDAC2-mediated chromatin remodeling drives hepatocellular carcinoma progression: an integrative analysis of computational pathology and multi-transcriptomics
2025-12-09, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 该研究整合计算病理学与多转录组学,揭示HDAC2介导的染色质重塑驱动肝细胞癌进展的机制 首次将全切片图像的病理特征提取与多组学(bulk、单细胞、空间转录组)整合分析,系统阐明HDAC2作为染色质重塑核心基因在肝细胞癌中的空间分布及促癌机制 研究主要基于公共数据库(TCGA-LIHC)的回顾性数据,缺乏前瞻性临床验证;机制研究以细胞和裸鼠实验为主,尚未在更复杂的体内模型中验证 阐明染色质重塑因子HDAC2在肝细胞癌进展中的作用及其分子机制,建立临床病理特征与分子机制的关联 肝细胞癌(HCC)患者样本及细胞系、裸鼠模型 数字病理学 肝癌 全切片图像分析、bulk转录组测序、单细胞转录组测序、空间转录组学 ResNet-50, Lasso + GBM 图像、文本 TCGA-LIHC全切片图像数据集,具体样本量未在摘要中明确说明 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
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