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当前共找到 1157 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 81 | 2026-02-11 |
MRGPRX2-expressing mast cells are increased in the GI tract of individuals with active inflammatory bowel disease and hereditary α-tryptasemia
2025-Dec-30, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2025.12.23.25342823
PMID:41503473
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研究论文 | 本研究探讨了遗传性α-类胰蛋白酶血症（HαT）与炎症性肠病（IBD）患者胃肠道中MRGPRX2阳性肥大细胞的增加及其与疾病活动的关联 | 首次在HαT和IBD背景下，通过多平台方法（空间转录组学、质谱流式细胞术）系统揭示了胃肠道肥大细胞丰度增加、活化标志物（CD203c、LAMP-1、SIGLEC8）上调以及MRGPRX2表达增强的现象 | 样本量相对较小（空间转录组学n=8，质谱流式细胞术n=14），且研究主要基于观察性关联，尚未明确MRGPRX2介导的肥大细胞活化在HαT相关胃肠道症状中的直接因果机制 | 探究HαT是否通过改变肥大细胞受体MRGPRX2的表达及活化状态，影响IBD的胃肠道病理过程 | HαT患者、非HαT的IBD患者以及健康对照者的胃肠道组织样本 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 空间转录组学、质谱流式细胞术（CyTOF）、数字PCR（ddPCR）、基因分型 | NA | 组织样本、转录组数据、蛋白质表达数据 | 共分析873份样本（854份生物库IBD样本用于基因分型，8份结肠组织用于空间转录组学，14份小肠活检用于质谱流式细胞术） | NA | 空间转录组学, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 82 | 2026-02-11 |
NOTCH gene pattern predicts prognosis, immune infiltration, and drug response in Head and Neck squamous cell carcinoma
2025-12, Journal of stomatology, oral and maxillofacial surgery
DOI:10.1016/j.jormas.2025.102582
PMID:41022354
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研究论文 | 本研究构建了一个基于NOTCH相关基因的预后风险模型（NOTCH评分），用于预测头颈部鳞状细胞癌患者的生存、免疫浸润和治疗反应 | 首次整合NOTCH信号通路相关基因构建预后模型，并系统评估其与肿瘤微环境、免疫治疗反应及药物敏感性的关联 | 研究基于回顾性数据，需要前瞻性临床验证；模型在单细胞和蛋白水平的验证样本量有限 | 开发头颈部鳞状细胞癌的预后预测工具并探索其与肿瘤微环境及治疗反应的关联 | 头颈部鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学 | LASSO回归模型 | 基因表达数据、临床数据 | 未明确具体样本数量，但包含训练和验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 83 | 2026-02-10 |
Identifying Potential Drug Targets in the Knee Osteoarthritis: Insights from the Druggable Genome
2025-Dec-31, Rejuvenation research
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/15491684251403435
PMID:41457786
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研究论文 | 本研究通过整合可药基因组和孟德尔随机化分析，识别了膝骨关节炎的潜在药物靶点 | 结合多组织表达数量性状位点、单细胞MR分析、蛋白质组学验证及遗传信息空间映射框架，从外周和中枢组织角度系统识别并验证了KOA的潜在治疗靶点 | 需要未来进一步实验验证所识别靶点在KOA中的作用机制 | 寻找膝骨关节炎的潜在药物靶点 | 膝骨关节炎 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 表达数量性状位点分析、孟德尔随机化分析、单细胞MR分析、蛋白质组学验证、遗传信息空间映射 | 孟德尔随机化模型、gsMap框架 | 基因组关联研究数据、空间转录组学数据、蛋白质定量性状位点数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | E16.5小鼠胚胎组织的空间转录组学 |
| 84 | 2026-02-10 |
Exploring hypoxia- and cuproptosis-related biomarkers in periodontitis based on transcriptome and single-cell analysis
2025-Dec-29, Clinical oral investigations
IF:3.1Q1
DOI:10.1007/s00784-025-06677-8
PMID:41460373
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研究论文 | 本研究通过转录组和单细胞分析，探索了牙周炎中与缺氧和铜死亡相关的生物标志物 | 首次将缺氧相关基因与铜死亡相关基因结合，在牙周炎中进行系统性生物标志物鉴定，并利用单细胞RNA测序数据在单细胞水平验证了关键基因的表达模式 | 研究依赖于公共数据库的回顾性数据，需要进一步的实验验证和前瞻性临床研究来确认生物标志物的临床效用 | 识别和表征牙周炎中与缺氧和铜死亡相关的关键生物标志物，以深入理解其分子机制 | 牙周炎患者与健康对照的基因表达数据 | 生物信息学 | 牙周炎 | 转录组分析，单细胞RNA测序 | 机器学习（Boruta算法，LASSO回归，递归特征消除） | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的多个牙周炎数据集（包括GSE16134， GSE10334， GSE152042） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 85 | 2026-02-10 |
Molecular signatures and signaling interactions of the hair follicle stem cell niche
2025-Dec-15, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.11.021
PMID:41407191
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研究论文 | 本研究通过高灵敏度单细胞转录组分析，定义了毛囊干细胞及其微环境中多种细胞类型的转录组特征，并揭示了细胞间通讯网络 | 首次通过流式分选结合高灵敏度转录组测序，对毛囊微环境中四种相邻区域的六种细胞群体进行系统分析，实现了前所未有的基因检测灵敏度 | 研究基于小鼠背部皮肤样本，人类数据的验证仍需进一步研究 | 揭示毛囊干细胞及其微环境的分子特征和信号相互作用机制 | 小鼠背部皮肤中的毛囊乳头细胞、隆突干细胞、毛胚干细胞、表皮细胞、毛囊上皮细胞和真皮成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序、流式细胞分选 | NA | 转录组数据 | 从小鼠背部4个相邻区域分选的6种细胞群体，共56个全转录组测量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 86 | 2026-02-09 |
IL-1β+ lung-resident macrophages mediate endothelial dysfunction and acute lung injury in sepsis through immune-metabolic crosstalk
2025-Dec-08, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02868-0
PMID:41360768
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研究论文 | 本研究通过小鼠脓毒症模型，揭示了表达IL-1β的肺驻留巨噬细胞在脓毒症诱导的急性肺损伤中通过免疫-代谢串扰介导内皮功能障碍和组织损伤的关键作用 | 识别了IL-1β⁺肺驻留巨噬细胞亚群作为脓毒症肺损伤的关键贡献者，并揭示了其通过免疫-代谢轴协调内皮功能障碍的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证；免疫-代谢相互作用的分子通路细节尚未完全阐明 | 阐明脓毒症诱导急性肺损伤中免疫细胞与肺内皮相互作用的分子调节机制 | 小鼠脓毒症模型中的肺驻留巨噬细胞和肺内皮细胞 | 数字病理学 | 脓毒症/急性肺损伤 | 单细胞RNA测序，代谢组学，免疫测定，Western印迹，组织病理学，体外共培养实验 | NA | RNA测序数据，代谢组数据，蛋白质数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 87 | 2026-02-08 |
EPI-SauriCas9-based mouse ovarian cancer models recapitulating pten deletion in patients
2025-Dec-29, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09437-2
PMID:41466059
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研究论文 | 本研究开发并验证了使用EPI-SauriCas9系统构建的携带Pten和Trp53缺失的小鼠卵巢上皮模型（MEPP），用于模拟患者PTEN缺失的卵巢癌 | 利用EPI-SauriCas9系统创建了首个模拟PTEN和TP53缺失的小鼠卵巢癌模型，揭示了Pten缺失在促进肿瘤发生和转移中的作用，并通过单细胞RNA测序鉴定了具有不同转移潜能的独特上皮亚群 | 模型可能无法完全复制人类卵巢癌的所有复杂性，且研究主要聚焦于PTEN和TP53缺失的特定亚型 | 开发一个用于研究PTEN缺失卵巢癌的平台，并探索其肿瘤发生机制及潜在治疗方法 | 小鼠卵巢上皮细胞及由此衍生的肿瘤模型 | 癌症研究 | 卵巢癌 | EPI-SauriCas9基因编辑系统，单细胞RNA测序，高通量药物筛选 | 基因编辑小鼠模型 | 基因表达数据，药物反应数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 88 | 2026-02-08 |
ScRNA profiling of peripheral blood in kidney transplant recipients across rejection responses and treatments
2025-Dec-24, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-06489-1
PMID:41444247
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了肾移植受者外周血细胞，比较了不同排斥类型和治疗阶段的免疫细胞组成差异 | 首次提供了肾移植后不同排斥类型和治疗阶段的外周血单细胞转录组数据集，支持免疫细胞亚群的比较分析 | 样本量较小（仅5名参与者），且为初步分析，需要更大规模研究验证 | 探索肾移植受者外周血免疫细胞在排斥反应和免疫抑制治疗中的变化 | 肾移植受者的外周血细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 5名肾移植受者，98,595个质量控制通过的细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2026-02-08 |
CIA: unveiling cellular identities with cluster-independent annotation in single-cell RNA sequencing data for comprehensive cell type characterization and exploration
2025-Dec-17, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06320-z
PMID:41408153
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CIA（Cluster Independent Annotation）的新型计算工具，用于在单细胞RNA测序数据中准确识别细胞类型，无需完全注释的参考数据集或复杂机器学习过程 | 开发了CIA工具，基于预定义细胞类型签名，提供用户友好且实用的单细胞类型和功能注释解决方案，支持Python和R语言，适用于所有主要单细胞分析框架 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中细胞识别和分类的挑战，提供高效且可解释的细胞类型注释工具 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 90 | 2026-02-08 |
BGN Secreted by Cancer-Associated Fibroblasts Promotes Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression via Activation of TLR4-Mediated Erk and NF-κB Signaling Pathways
2025-Dec-13, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262412024
PMID:41465449
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研究论文 | 本研究揭示了癌症相关成纤维细胞分泌的BGN通过激活TLR4介导的Erk和NF-κB信号通路促进食管鳞状细胞癌进展 | 首次在ESCC中鉴定出CAF分泌的BGN是关键促癌因子，并阐明其通过TLR4受体激活Erk和NF-κB信号通路的分子机制 | 研究主要基于细胞系和体外共培养模型，缺乏体内动物实验验证；临床样本量有限（66例） | 探究癌症相关成纤维细胞在食管鳞状细胞癌进展中的具体作用机制 | 食管鳞状细胞癌细胞系（TE-9、TE-10、TE-15）、间充质干细胞、66例ESCC组织样本 | 肿瘤生物学 | 食管鳞状细胞癌 | cDNA微阵列分析、单细胞RNA测序、免疫组织化学 | 共培养模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据、临床病理数据 | 3个ESCC细胞系、间充质干细胞、66例ESCC组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 91 | 2026-02-07 |
Multi-omics analysis identifies a microbiota-bile acid-TLR signaling axis driving bladder injury in interstitial cystitis
2025-Dec-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-68060-1
PMID:41457077
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研究论文 | 本文通过多组学分析揭示了一种微生物-胆汁酸-TLR信号轴在间质性膀胱炎中驱动膀胱损伤的机制 | 首次整合宏基因组测序、靶向代谢组学和单细胞RNA测序，识别出Enterococcus avium富集的微生物特征和胆汁酸代谢改变，并证实其通过TLR3激活导致膀胱上皮损伤 | 研究主要基于实验模型验证，人类样本的直接临床转化和长期效果需进一步评估 | 探究间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征（HIC）的上游驱动机制，以寻找生物标志物和靶向治疗机会 | Hunner型间质性膀胱炎患者的尿液、血清样本及实验模型 | 多组学分析 | 间质性膀胱炎 | 宏基因组测序、靶向代谢组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因组、代谢组、转录组数据 | NA | NA | 宏基因组测序, 靶向代谢组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 92 | 2026-02-07 |
Construction of a single-cell transcriptome atlas for Pogostemon cablin embryoids reveals PcNAC048 as a dual regulator coordinating lateral root morphogenesis and patchouli alcohol biosynthesis
2025-Dec-29, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09434-5
PMID:41461945
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了广藿香胚状体的单细胞转录组图谱，揭示了PcNAC048作为协调侧根形态发生和广藿香醇生物合成的双重调控因子 | 首次在广藿香中应用单细胞RNA测序技术构建胚状体转录组图谱，并鉴定出PcNAC048作为同时调控发育和次生代谢的新转录因子 | 研究主要基于体外培养的胚状体，可能无法完全反映自然生长条件下的基因表达模式，且转基因验证仅在拟南芥中进行 | 探究广藿香胚状体发育的细胞分化轨迹及调控广藿香醇生物合成的分子机制 | 广藿香（Pogostemon cablin）的胚状体，包括球形胚、心形胚、鱼雷形胚和子叶胚 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序，酵母单杂交，双荧光素酶报告基因检测，病毒诱导基因沉默 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量，但包括球形胚和子叶胚阶段的单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 93 | 2026-02-07 |
CYP27A1 suppresses brain metastasis via ferroptosis in lung adenocarcinoma: a six-gene signature predicting the immunotherapy response and clinical outcomes
2025-Dec-10, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-04112-2
PMID:41372758
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA-seq数据，识别了肺腺癌脑转移的分子驱动因素，构建了一个六基因预后模型，并验证了CYP27A1通过铁死亡抑制脑转移的功能 | 首次整合单细胞和批量RNA-seq数据识别肺腺癌脑转移相关基因，构建了六基因预后模型，并揭示了CYP27A1通过调控铁死亡抑制脑转移的新机制 | 样本量相对较小（仅4例患者的单细胞数据），功能验证仅限于体外实验，缺乏体内模型验证 | 识别肺腺癌脑转移的分子驱动因素，构建预后模型并评估免疫治疗反应 | 肺腺癌患者及其脑转移相关细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | LASSO Cox回归模型 | 基因表达数据 | 4例LUAD患者的scRNA-seq数据（GSE117570）和TCGA-LUAD队列的批量RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 94 | 2026-02-06 |
Single-Cell Transcriptome-Wide Mendelian Randomization and Colocalization Analyses Uncover Cell-Specific Mechanisms in Epigenetic Age Acceleration
2025-Dec-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202503032R
PMID:41378907
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞表达数量性状位点数据，结合孟德尔随机化和贝叶斯共定位分析，揭示了免疫细胞特异性基因表达对四种主要表观遗传时钟的因果影响 | 首次在单细胞分辨率下，结合孟德尔随机化和贝叶斯共定位分析，系统性地识别了影响表观遗传年龄加速的细胞特异性因果基因 | 研究主要聚焦于14种免疫细胞类型，可能未涵盖其他细胞类型对表观遗传年龄的影响 | 阐明表观遗传年龄加速背后的细胞特异性基因调控机制 | 14种免疫细胞类型中的基因表达与四种表观遗传时钟（IEAA, HannumAge, GrimAge, PhenoAge）的关联 | 生物信息学 | 衰老相关疾病 | 单细胞表达数量性状位点分析, 孟德尔随机化, 贝叶斯共定位, 表型全基因组关联研究 | 孟德尔随机化模型, 贝叶斯共定位模型 | 单细胞RNA-seq数据, 表观遗传时钟数据, 全基因组关联研究数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 95 | 2026-02-06 |
MMP14-Dependent Activation of TGF-β Signaling Enhances Malignancies via Promoting Necroptosis in Glioblastoma
2025-Dec-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202501932R
PMID:41384860
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了MMP14通过激活TGF-β信号通路促进胶质母细胞瘤坏死性凋亡和恶性行为的机制 | 首次将MMP14鉴定为胶质母细胞瘤中与坏死性凋亡相关的枢纽基因，并阐明了其通过TGF-β-SMAD2-RIP1信号轴调控坏死性凋亡异质性的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内动物模型的直接验证 | 探究坏死性凋亡在胶质母细胞瘤恶性进展中的作用机制 | 胶质母细胞瘤细胞及相关的分子信号通路 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 加权基因共表达网络分析，单细胞分析，空间转录组学 | NA | 转录组数据，单细胞数据，空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 96 | 2026-02-06 |
Proton-Pump Inhibitor Use and Gastrointestinal Disease Risk: A Mendelian Randomization Study of Omics and Pharmacological Pathways
2025-Dec-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202503152R
PMID:41420535
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研究论文 | 本研究利用孟德尔随机化和多组学方法，系统评估了质子泵抑制剂（PPI）相关基因与24种胃肠道疾病风险的关联 | 首次整合PPI的直接作用靶点基因及其药代动力学相关基因，结合多祖先队列、单细胞测序和荟萃分析，揭示了PPI药理作用的组织特异性及其在胃肠道疾病中的双重（治疗/致癌）潜力 | 需要进一步研究PPI与良性胃肠道疾病的关系，且部分发现需在更多人群中验证 | 阐明质子泵抑制剂（PPI）使用与胃肠道疾病风险的潜在因果关系及分子机制 | 与PPI直接靶点、代谢和转运相关的基因，以及24种胃肠道疾病 | 生物信息学与多组学整合分析 | 胃肠道疾病（包括肝癌、胰腺癌、食管癌、结直肠癌、急慢性胰腺炎等） | 孟德尔随机化（两样本）、共定位分析、SMR分析、荟萃分析、单细胞测序、组织表达谱分析 | 孟德尔随机化模型、荟萃分析模型 | 基因组数据、表达数量性状位点（eQTL）数据、单细胞RNA测序数据、疾病关联统计数据 | 多祖先队列（UK Biobank 和 FinnGen） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 97 | 2026-02-06 |
Single-Cell Multi-Omics Reveals B2M-Mediated Myeloid Reprogramming and Constructs a Predictive Model for Early Hepatocellular Carcinoma Recurrence
2025-Dec-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202503144R
PMID:41427790
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析揭示了B2M介导的髓系重编程，并构建了早期肝细胞癌复发的预测模型 | 首次在单细胞分辨率下整合多组学数据探索早期HCC复发的分子机制，并识别出B2M相关的髓系细胞重编程作为关键驱动因素 | 预测模型的AUC仅大于0.65，性能中等，且研究样本量可能有限 | 探索早期肝细胞癌复发的分子机制并开发预测工具 | 肝细胞癌患者肿瘤组织及免疫微环境 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 转录组学 | LASSO回归模型 | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据, 转录组数据, 临床特征数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 98 | 2026-02-06 |
Pan cohort immune biomarker of CD8 lymphocyte activation enabling HGSOC outcome prediction and treatment response
2025-Dec-31, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-04363-5
PMID:41474480
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研究论文 | 本研究开发了一个与CD8⁺ T细胞激活相关的免疫预后特征（CIPS），用于预测晚期高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者的生存结局和治疗反应 | 通过整合机器学习方法，从多队列数据中识别出10个基因的CD8⁺ T细胞激活特征，该特征在预测生存和免疫治疗反应方面优于现有模型 | 研究主要基于转录组数据，未涉及蛋白质水平验证；样本来源为回顾性队列，需要前瞻性研究进一步验证 | 开发一个稳健的与CD8⁺ T细胞激活相关的生物标志物，以改善晚期HGSOC的预后预测和临床管理 | 晚期高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者 | 机器学习 | 卵巢癌 | 单样本基因集富集分析，加权基因共表达网络分析，单细胞RNA-seq分析 | 机器学习整合方法 | 转录组数据，临床数据 | 874名晚期HGSOC患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 99 | 2026-02-06 |
Integrating multi-omics data and machine learning to identify endocrine disrupting chemicals targeting key ccRCC-related genes
2025-Dec-30, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-04138-y
PMID:41467947
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法，识别了靶向关键ccRCC相关基因的内分泌干扰化学物及其相关基因 | 首次整合多组学数据与机器学习，系统识别与ccRCC相关的EDCs及其靶基因，并揭示了它们在肿瘤微环境中的相互作用 | 研究基于计算模型和现有数据集，需要实验验证EDCs与ccRCC之间的直接因果关系 | 识别与ccRCC发病机制相关的内分泌干扰化学物及其靶基因 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）及相关内分泌干扰化学物 | 机器学习 | 肾细胞癌 | RNA测序，单细胞RNA测序 | 机器学习算法（共评估101种） | RNA测序数据，单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 100 | 2026-02-06 |
Machine learning-enabled spatial multi-omics uncovers lactate-driven targets and tumor microenvironmental reprogramming in cancer
2025-Dec-30, NPJ digital medicine
IF:12.4Q1
DOI:10.1038/s41746-025-02286-7
PMID:41469480
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学、空间转录组学、空间代谢组学、免疫荧光及TCGA生存数据，结合机器学习模型，揭示了乳酸在肺腺癌微环境中的空间分布、细胞类型特异性效应及其对血管生成、免疫抑制和预后分层的调控作用 | 首次将空间代谢组学与单细胞/空间转录组学、机器学习模型整合，系统解析了乳酸在肿瘤微环境中的空间分布模式及其细胞类型特异性调控网络，并建立了乳酸驱动型内皮细胞/成纤维细胞程序与临床预后的强关联 | 研究主要聚焦于肺腺癌，结论在其他癌种中的普适性需进一步验证；空间代谢组学的分辨率仍有提升空间；机器学习模型的生物学可解释性可进一步深化 | 揭示乳酸在肿瘤代谢重编程中的空间分布规律、细胞类型特异性效应及其对肿瘤微环境重塑和临床预后的影响机制 | 肺腺癌（LUAD）组织样本及其单细胞、空间多组学数据，TCGA临床生存数据 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞转录组测序、空间转录组学、空间代谢组学、免疫荧光、生存分析 | 随机森林、弹性网络回归、SVM、ANN、决策树 | 转录组数据、代谢组数据、空间成像数据、临床生存数据 | 未明确具体样本数量（涉及TCGA队列及空间多组学样本） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | NA |