单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期:202512-202512] [清除筛选条件]
当前共找到 1237 篇文献,本页显示第 901 - 920 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
901 2025-12-12
A Macrophage-Derived 7-Gene Signature Predicts Prognosis and Therapeutic Response in Hepatocellular Carcinoma
2025-Dec, IUBMB life IF:3.7Q2
研究论文 本研究基于EGFR-TKI耐药巨噬细胞亚群,鉴定了一个7基因预后特征,用于预测肝细胞癌患者的生存和治疗反应 首次从EGFR-TKI耐药巨噬细胞亚群中推导出7基因预后特征,并验证其在预测生存、免疫治疗反应和靶向药物敏感性方面的价值 研究基于回顾性队列数据,需要前瞻性临床研究进一步验证该特征的临床应用价值 识别肝细胞癌的新型预后生物标志物并评估其临床和治疗相关性 肝细胞癌患者 数字病理学 肝细胞癌 单细胞RNA测序,多组学分析 预后风险模型,临床列线图 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 TCGA-LIHC队列和独立验证队列GSE76427 NA 单细胞RNA-seq NA NA
902 2025-12-12
The BCG in situ study - novel techniques applied to a 100-year-old vaccine
2025-Dec, MethodsX IF:1.6Q2
研究论文 本研究应用空间转录组学和液体活检等先进技术,深入解析了皮内接种BCG疫苗后局部皮肤和全身免疫反应 首次将空间转录组学应用于BCG疫苗接种后的皮肤组织研究,结合液体活检技术全面表征局部和系统免疫反应 研究样本量有限,且主要关注短期反应,长期保护效果和成人肺结核预防仍需进一步验证 阐明BCG疫苗接种后局部皮肤和全身免疫反应的细胞与分子机制,以加速改进或新疫苗的开发 BCG疫苗接种后的皮肤组织活检样本和血液样本 数字病理学 结核病 空间转录组学、细胞游离血浆转录组学、全血转录组学、表观遗传分析、蛋白质组学、代谢组学 NA 组织图像、转录组数据、蛋白质数据、代谢物数据 NA NA 空间转录组学, 液体活检 NA NA
903 2025-12-12
Characterizing epithelial-mesenchymal transition-linked heterogeneity in breast cancer circulating tumor cells at a single-cell level
2025-Dec, Molecular oncology IF:5.0Q1
研究论文 本研究在单细胞水平上表征了乳腺癌循环肿瘤细胞中与上皮-间质转化相关的异质性 首次在早期乳腺癌患者中,结合免疫磁珠去除、多标记免疫荧光和单细胞转录组学,系统检测并量化了不同EMT状态的循环肿瘤细胞及其异质性,并揭示了间质特征CTC中核糖体基因下调及mTORC1信号相关的翻译抑制 样本量相对有限(107例),且为观察性研究,需要进一步的功能实验验证发现的分子机制 检测并表征乳腺癌患者循环肿瘤细胞中与上皮-间质转化相关的异质性,以理解血行播散的机制 乳腺癌患者的循环肿瘤细胞 单细胞组学 乳腺癌 单细胞RNA测序,免疫磁珠去除,多标记免疫荧光 NA 单细胞转录组数据,免疫荧光图像数据 107例乳腺癌患者的血液样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
904 2025-12-12
Novae: a graph-based foundation model for spatial transcriptomics data
2025-Dec, Nature methods IF:36.1Q1
研究论文 本文介绍了一种名为Novae的基于图的基础模型,用于处理空间转录组学数据,以提取细胞在空间背景下的表征 Novae是一种基于图的基础模型,能够在多个切片上执行零样本域推断,并原生校正批次效应,同时构建空间域的嵌套层次结构 NA 改进当前模型在多个切片上的局限性,以促进空间转录组学在生物医学研究中的应用 空间转录组学数据中的细胞 数字病理学 NA 空间转录组学 基于图的模型 空间转录组学数据 近3000万个细胞,覆盖18种组织 NA 空间转录组学 NA NA
905 2025-12-12
Detection of serotonin and serotonin related gene reveals unique roles in human intestinal epithelial development
2025-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞转录组学和组织学验证,揭示了血清素及其相关基因在人类肠道发育中的时空表达图谱 首次生成了从妊娠早期到成年晚期的血清素及其相关基因在人类肠道中的时空表达图谱,揭示了其动态、细胞类型特异性的调控模式 研究主要基于转录组数据,缺乏功能实验验证血清素在肠道发育中的具体作用机制 探究血清素在人类早期肠道发育中的作用 人类肠道组织样本 数字病理学 NA 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA-seq数据 从妊娠早期到成年晚期的多个时间点的人类肠道样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
906 2025-12-11
Exploring the pathogenic mechanism of RNH1 in colorectal cancer based on eQTL, Multi-omics and deep learning
2025-Dec-10, Journal of applied genetics IF:2.0Q3
研究论文 本研究基于eQTL、多组学和深度学习探索RNH1在结直肠癌中的致病机制 首次结合SMR、单细胞RNA测序、空间转录组测序和深度学习生存神经网络(DeepSurv)系统研究RNH1在结直肠癌中的作用,并关联新发现的细胞死亡方式——双硫死亡 研究主要基于生物信息学分析和体外验证,缺乏体内实验验证RNH1的具体分子机制 探索RNH1在结直肠癌中的致病机制及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 结直肠癌组织样本、RNH1基因 机器学习 结直肠癌 eQTL分析、多组学分析、深度学习、单细胞RNA测序、空间转录组测序、RNA测序、qPCR DeepSurv(深度学习生存神经网络) 基因组数据、转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据 未明确具体样本数量,但包括结直肠癌患者癌组织和正常组织样本 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, RNA测序 NA NA
907 2025-12-11
Turkey oviduct epithelial organoids express region-associated markers and avian influenza virus receptor†
2025-Dec-10, Biology of reproduction IF:3.1Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光染色验证了火鸡输卵管上皮类器官的区域特异性标记物和禽流感病毒受体表达 首次构建了火鸡生殖道的单细胞图谱框架,并验证了类器官模型在保留区域分子特征和病毒受体表达方面的适用性 样本量较小(仅涉及两只性成熟母鸡),且为探索性研究,需要进一步验证和扩展 验证火鸡输卵管上皮类器官模型的区域特异性标记物和禽流感病毒受体表达,以支持其作为体外模型的应用 火鸡(Meleagris gallopavo)的输卵管六个区域(漏斗部、膨大部、峡部、子宫、子宫阴道连接部和阴道)的组织及衍生类器官 单细胞组学 禽流感 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、免疫荧光染色 类器官模型 RNA序列数据、图像数据 两只性成熟母鸡的输卵管组织,衍生类器官样本(n=2用于批量RNA测序,n=4用于免疫荧光染色) NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
908 2025-12-11
Microglia Display Heterogeneous Initial Responses to Disseminated Tumor Cells
2025-Dec-10, Cancer research IF:12.5Q1
研究论文 本研究通过体内命运图谱成像、单细胞RNA测序和全息光转换技术,揭示了小胶质细胞在脑转移早期对播散肿瘤细胞的异质性反应 首次结合多种技术追踪同一动物体内肿瘤命运和小胶质细胞早期动态反应,发现小胶质细胞表型可通过抑制TGF-β信号或删除肿瘤抗原CD24a/CD47进行调控 研究主要聚焦早期转移阶段,未全面探讨晚期转移中系统免疫抑制的影响 探究脑转移早期小胶质细胞的异质性反应及其调控机制 小鼠模型中的播散肿瘤细胞和脑内小胶质细胞 数字病理学 脑转移癌 单细胞RNA测序, 全息光转换技术 NA 图像, 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
909 2025-12-11
Clusterin Drives Fiber Endocytosis by Mesothelial Cells to Resolve Liver Fibrosis
2025-Dec-10, Gastroenterology IF:25.7Q1
研究论文 本研究揭示了簇集蛋白(CLU)通过其受体LRP2驱动间皮细胞纤维内吞以缓解肝纤维化的新机制,并设计了一种模拟CLU的肽段CLUtide,展示了其治疗潜力 首次发现CLU由中央静脉周围衰老肝细胞分泌,并通过LRP2受体特异性作用于肝间皮细胞,诱导其增殖、迁移并内吞纤维,从而缓解肝纤维化;并成功设计出具有治疗潜力的模拟肽CLUtide 研究主要在动物模型中进行,CLUtide的临床疗效和安全性尚未在人体中得到验证 探究簇集蛋白(CLU)在肝纤维化中的作用机制及治疗潜力 肝纤维化患者和小鼠模型、CLU基因敲除小鼠、间皮细胞特异性LRP2敲除小鼠 数字病理学 肝纤维化 单细胞RNA测序、免疫荧光 基因敲除小鼠模型 基因表达数据、图像数据 患者和小鼠的肝组织样本(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
910 2025-12-11
Longitudinal profiling of tumor and immune compartments uncovers patterns of dysregulation and associations with response in multiple myeloma
2025-Dec-09, Blood cancer discovery IF:11.5Q1
研究论文 本研究通过多组学分析,揭示了多发性骨髓瘤中肿瘤与免疫微环境的动态相互作用,并识别了与治疗反应相关的生物标志物 首次在纵向研究中结合单细胞RNA测序和批量测序,全面剖析了多发性骨髓瘤的免疫微环境变化,并发现了幼稚B细胞重建作为持久反应的新生物标志物 样本量相对有限(102名患者),且主要基于骨髓样本,可能无法完全代表全身性免疫状态 探究多发性骨髓瘤治疗反应和疾病进展的免疫相关因素 多发性骨髓瘤患者及其骨髓样本中的肿瘤细胞和免疫细胞 数字病理学 多发性骨髓瘤 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 全基因组测序 NA 基因表达数据, 基因组数据 243个骨髓样本(来自102名患者,共631,226个细胞)和209个样本的批量测序数据 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 全基因组测序 NA NA
911 2025-12-11
LINC01116, a hypoxia-lncRNA marker of pathological lymphangiogenesis and poor prognosis in lung adenocarcinoma
2025-Dec-09, Molecular oncology IF:5.0Q1
研究论文 本研究鉴定出长链非编码RNA LINC01116作为肺腺癌中缺氧诱导的病理淋巴管生成标志物,并与不良预后相关 首次发现LINC01116在淋巴内皮细胞中特异性高表达,并揭示其在缺氧微环境下调控淋巴管生成的作用机制 在肿瘤细胞系中的功能实验未发现LINC01116的明确调控作用,其具体分子机制仍需进一步研究 探索肺腺癌中缺氧诱导的淋巴管生成机制及其预后标志物 肺腺癌患者队列、肺腺癌细胞系、淋巴内皮细胞 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交、CRISPRi、RNA干扰 NA 转录组数据、单细胞测序数据、图像数据 多个肺腺癌患者队列(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
912 2025-12-11
Integrative epidemiological and spatial multi-omics analyses reveal SPP1⁺ macrophages with senescence-like features as key mediators linking NO₂ exposure to coronary heart disease
2025-Dec-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1
研究论文 本研究通过整合流行病学数据、因果推断方法和多组学分析,揭示了环境污染物二氧化氮(NO₂)通过加速生物衰老(特别是PhenoAge)增加冠心病风险的机制,并识别出SPP1⁺巨噬细胞作为关键介导细胞 首次将大规模流行病学数据、因果推断方法(倾向评分匹配和孟德尔随机化)与多组学分析(包括单细胞和空间转录组学)相结合,系统阐明了NO₂暴露通过生物衰老途径影响冠心病风险的完整证据链,并识别出具有衰老样特征的SPP1⁺巨噬细胞作为关键介导细胞 研究主要基于中国人群数据,结论在其他种族/人群中的普适性有待验证;多组学分析样本量相对较小;环境暴露评估可能存在测量误差 探究环境污染物NO₂暴露通过生物衰老途径影响冠心病风险的因果机制 冠心病患者及对照人群(来自天津队列和CHARLS队列)、人类动脉粥样硬化斑块组织 数字病理学 心血管疾病 单细胞转录组测序, 空间转录组学, 批量转录组测序, 孟德尔随机化, 倾向评分匹配 NA 流行病学数据, 基因组数据, 转录组数据, 空间数据 流行病学队列:17,412人(13,886例患者,3,526例对照);多组学分析:人类动脉粥样硬化斑块样本 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq NA NA
913 2025-12-11
Identification of Neurotrophic Factor Related Biomarkers and Mechanistic Insights into Neuropathic Pain via Integrated Bioinformatics Analysis
2025-Dec-02, ACS omega IF:3.7Q2
研究论文 本研究通过整合生物信息学方法,识别了与神经病理性疼痛相关的五个关键生物标志物,并探讨了其潜在机制 结合单细胞RNA测序、差异表达分析、孟德尔随机化及细胞通讯分析,首次系统性地识别了神经病理性疼痛中与神经营养因子相关的生物标志物及其在细胞相互作用和分化轨迹中的作用 研究主要基于公共数据库和小鼠背根神经节数据,人类样本验证不足,且机制探索仍处于初步阶段 识别神经病理性疼痛的关键生物标志物并探索其潜在机制 小鼠背根神经节细胞及公共数据库中的神经病理性疼痛数据集 生物信息学 神经病理性疼痛 单细胞RNA测序, 差异表达分析, 孟德尔随机化, 细胞通讯分析, 伪时间分析 NA RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
914 2025-12-11
Lipid-laden macrophages in atherosclerosis and cancer
2025-Dec, Seminars in cancer biology IF:12.1Q1
综述 本文综述了脂质负载巨噬细胞在炎症、动脉粥样硬化和癌症中的双重作用,比较了其在生理和病理条件下的异同 系统比较了脂质负载巨噬细胞在动脉粥样硬化和癌症这两种不同疾病背景下的共同和独特功能,并探讨了基于脂质代谢调节的治疗策略在癌症治疗中的潜力 作为综述文章,主要基于现有文献进行总结,未提出新的实验数据或验证 探讨脂质负载巨噬细胞在不同疾病(动脉粥样硬化和癌症)中的作用机制及治疗靶点 脂质负载巨噬细胞 自然语言处理 动脉粥样硬化,癌症 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
915 2025-12-11
Lactylated histone H4K8 regulation of MFN2/Wnt signaling integrates glycolytic metabolism and Müller cell activation in the pathogenesis of glaucoma
2025-Dec, Neurobiology of disease IF:5.1Q1
研究论文 本研究揭示了在青光眼发病过程中,组蛋白H4K8乳酰化通过调控MFN2/Wnt信号通路,将糖酵解代谢与Müller细胞激活联系起来,并最终导致视网膜神经节细胞凋亡的分子机制 首次发现组蛋白H4K8乳酰化在青光眼视网膜中显著增加,并作为乳酸响应的表观遗传检查点,通过调控MFN2基因表达,将线粒体动力学与Wnt/β-catenin信号通路激活相耦合 研究主要基于动物模型和体外实验,在人类青光眼患者中的直接验证尚不充分;MFN2作为治疗靶点的具体干预策略和潜在副作用有待进一步探索 阐明青光眼发病过程中代谢应激、表观遗传调控与神经胶质细胞-神经元相互作用之间的分子机制 青光眼模型中的视网膜组织、Müller胶质细胞、视网膜神经节细胞、光感受器细胞 分子生物学与表观遗传学 青光眼 CUT&Tag(靶向切割与标签化)、单细胞RNA测序、基因组学分析、体内实验 NA 基因组学数据、表观遗传学数据、单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
916 2025-12-11
QuiCAT: a scalable and flexible framework for mapping synthetic sequences
2025-Dec-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文介绍了一个名为QuiCAT的Python包,用于从测序数据中高效提取、聚类和分析合成标签,以支持细胞命运和谱系追踪研究 QuiCAT是一个端到端的、可扩展的软件框架,在速度和准确性上优于现有方法,并提供参考无和参考两种工作流程,适用于大规模单细胞和空间转录组学应用 未在摘要中明确提及 开发一个可扩展且灵活的软件框架,用于分析合成细胞标记技术的数据,以支持细胞命运和谱系追踪研究 合成序列标签,包括来自群体水平数据、单细胞和空间分辨转录组学的数据集 生物信息学 NA 合成细胞标记技术,单细胞和空间转录组学测序 NA 测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
917 2025-12-11
FastSCODE: an accelerated SCODE algorithm for inferring gene regulatory networks on manycore processors
2025-Dec-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文介绍了FastSCODE,一种针对多核处理器优化的加速版SCODE算法,用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 开发了FastSCODE,通过批处理计算和GPU加速,显著提升了SCODE算法的计算性能,处理大型数据集时速度提升高达6000倍 未在摘要中明确提及具体限制,但可能依赖于GPU硬件和大型数据集的有效性 优化基因调控网络推断算法的计算性能,以处理大规模单细胞RNA测序数据 单细胞RNA测序数据,包括小鼠、人类和植物细胞 机器学习 NA 单细胞RNA测序 线性ODE模型 基因表达谱数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
918 2025-12-11
Microplastic exposure elicits sex-specific atherosclerosis development in lean low-density lipoprotein receptor-deficient mice
2025-Dec, Environment international IF:10.3Q1
研究论文 本研究探讨了环境相关剂量微塑料暴露对低密度脂蛋白受体缺陷小鼠动脉粥样硬化发展的性别特异性影响 揭示了微塑料暴露在非肥胖小鼠模型中导致动脉粥样硬化发展的性别差异,并通过单细胞RNA测序提供了细胞机制见解 研究仅使用小鼠模型,结果向人类外推需谨慎;暴露剂量和持续时间可能无法完全模拟人类长期低剂量暴露 评估微塑料暴露对心血管系统的影响,特别是动脉粥样硬化的发展 低密度脂蛋白受体缺陷小鼠(LDLR小鼠)的动脉组织及原代内皮细胞 心血管疾病研究 心血管疾病 单细胞RNA测序,体外细胞培养 动物模型(小鼠),细胞模型 基因表达数据,组织病理学数据 未明确具体数量,但涉及雄性和雌性LDLR小鼠分组 NA 单细胞RNA测序 NA NA
919 2025-12-11
Phenotypic Changes in a Monocyte Cluster with High Interleukin-1 Beta Expression during Long-Term Anti-CD20 Therapy
2025-Dec, Annals of neurology IF:8.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞多组学分析,揭示了多发性硬化症患者在接受长期抗CD20治疗期间,一个高表达白细胞介素-1β的单核细胞亚群的表型变化 首次在单细胞分辨率下鉴定出一个具有独特促炎特征和中枢神经系统浸润潜能的IL1Bhigh单核细胞亚群,并阐明了其在抗CD20治疗前后的动态变化 样本量相对有限,且主要关注外周血单核细胞,未直接分析中枢神经系统内的细胞变化 探究多发性硬化症患者在接受抗CD20治疗期间,外周血单核细胞的疾病相关和治疗相关变化 多发性硬化症患者和健康对照者的外周血单核细胞 单细胞多组学 多发性硬化症 靶向单细胞转录组和表位测序、多色光谱流式细胞术 细胞聚类分析、基因本体富集分析、细胞间通讯网络分析 单细胞转录组数据、表位数据、流式细胞术数据 64份血液样本(来自多发性硬化症患者基线及治疗后3个时间点,以及健康对照) NA 单细胞RNA测序、单细胞表位分析 NA NA
920 2025-12-11
Pangenomics and single-cell transcriptomics uncover the genetic basis of continuous bearing trait in grapevine
2025-Dec, Horticulture research IF:7.6Q1
研究论文 本研究通过整合泛基因组学、比较基因组学、单细胞转录组学和批量转录组学,揭示了葡萄连续开花和结实性状(CFB)的遗传基础 首次结合泛基因组学和单细胞转录组学分析葡萄连续开花性状,并基于新生成的单倍型分辨近端粒到端粒(T2T)基因组进行深入研究 NA 阐明葡萄连续开花和结实性状的遗传机制 葡萄品种'Julian'(连续开花和结实)和'Muscat Hamburg'(季节性开花和结实) 植物基因组学 NA 泛基因组学, 比较基因组学, 单细胞转录组学, 批量转录组学 NA 基因组数据, 转录组数据 16个葡萄基因组(包括新生成的'Julian' T2T基因组和15个已发表基因组),以及两个品种的花芽单细胞转录组数据 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
回到顶部