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当前共找到 1109 篇文献，本页显示第 881 - 900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 881 | 2025-12-12 |
TMEM106A as a Macrophage-Associated Biomarker of Prognosis in IDH-Wildtype Glioma: Integrative Multi-Omics and Spatial Analyses
2025-Dec, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71454
PMID:41354084
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研究论文 | 本研究通过整合多组学和空间分析，探讨了TMEM106A作为IDH野生型胶质瘤中与巨噬细胞相关的预后生物标志物的作用 | 首次将TMEM106A与IDH野生型胶质瘤的预后及肿瘤微环境中的髓系细胞浸润联系起来，并利用单细胞和空间转录组学技术验证其表达模式 | 所有发现均为相关性研究，需要前瞻性研究来验证其临床适用性 | 探索TMEM106A在胶质瘤中的表达模式、预后价值及其与肿瘤微环境的关系 | IDH野生型胶质瘤患者样本 | 数字病理学 | 胶质瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 免疫组织化学 | limma, Kaplan-Meier, Cox模型, CIBERSORT, GSEA, pRRophetic | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据, 免疫组化图像 | TCGA和CGGA数据库的批量RNA-seq数据、单细胞数据集（GSE131928, GSE89567）、空间数据集（Ivy Atlas, Visium）以及79例免疫组化样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 882 | 2025-12-12 |
A Macrophage-Derived 7-Gene Signature Predicts Prognosis and Therapeutic Response in Hepatocellular Carcinoma
2025-Dec, IUBMB life
IF:3.7Q2
DOI:10.1002/iub.70079
PMID:41355397
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研究论文 | 本研究基于EGFR-TKI耐药巨噬细胞亚群，鉴定了一个7基因预后特征，用于预测肝细胞癌患者的生存和治疗反应 | 首次从EGFR-TKI耐药巨噬细胞亚群中推导出7基因预后特征，并验证其在预测生存、免疫治疗反应和靶向药物敏感性方面的价值 | 研究基于回顾性队列数据，需要前瞻性临床研究进一步验证该特征的临床应用价值 | 识别肝细胞癌的新型预后生物标志物并评估其临床和治疗相关性 | 肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，多组学分析 | 预后风险模型，临床列线图 | 单细胞RNA测序数据，基因表达数据 | TCGA-LIHC队列和独立验证队列GSE76427 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 883 | 2025-12-12 |
The BCG in situ study - novel techniques applied to a 100-year-old vaccine
2025-Dec, MethodsX
IF:1.6Q2
DOI:10.1016/j.mex.2025.103712
PMID:41362666
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研究论文 | 本研究应用空间转录组学和液体活检等先进技术，深入解析了皮内接种BCG疫苗后局部皮肤和全身免疫反应 | 首次将空间转录组学应用于BCG疫苗接种后的皮肤组织研究，结合液体活检技术全面表征局部和系统免疫反应 | 研究样本量有限，且主要关注短期反应，长期保护效果和成人肺结核预防仍需进一步验证 | 阐明BCG疫苗接种后局部皮肤和全身免疫反应的细胞与分子机制，以加速改进或新疫苗的开发 | BCG疫苗接种后的皮肤组织活检样本和血液样本 | 数字病理学 | 结核病 | 空间转录组学、细胞游离血浆转录组学、全血转录组学、表观遗传分析、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 组织图像、转录组数据、蛋白质数据、代谢物数据 | NA | NA | 空间转录组学, 液体活检 | NA | NA |
| 884 | 2025-12-12 |
Characterizing epithelial-mesenchymal transition-linked heterogeneity in breast cancer circulating tumor cells at a single-cell level
2025-Dec, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70132
PMID:41046340
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研究论文 | 本研究在单细胞水平上表征了乳腺癌循环肿瘤细胞中与上皮-间质转化相关的异质性 | 首次在早期乳腺癌患者中，结合免疫磁珠去除、多标记免疫荧光和单细胞转录组学，系统检测并量化了不同EMT状态的循环肿瘤细胞及其异质性，并揭示了间质特征CTC中核糖体基因下调及mTORC1信号相关的翻译抑制 | 样本量相对有限（107例），且为观察性研究，需要进一步的功能实验验证发现的分子机制 | 检测并表征乳腺癌患者循环肿瘤细胞中与上皮-间质转化相关的异质性，以理解血行播散的机制 | 乳腺癌患者的循环肿瘤细胞 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，免疫磁珠去除，多标记免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据，免疫荧光图像数据 | 107例乳腺癌患者的血液样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 885 | 2025-12-12 |
Novae: a graph-based foundation model for spatial transcriptomics data
2025-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02899-6
PMID:41372623
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Novae的基于图的基础模型，用于处理空间转录组学数据，以提取细胞在空间背景下的表征 | Novae是一种基于图的基础模型，能够在多个切片上执行零样本域推断，并原生校正批次效应，同时构建空间域的嵌套层次结构 | NA | 改进当前模型在多个切片上的局限性，以促进空间转录组学在生物医学研究中的应用 | 空间转录组学数据中的细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 基于图的模型 | 空间转录组学数据 | 近3000万个细胞，覆盖18种组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 886 | 2025-12-12 |
Detection of serotonin and serotonin related gene reveals unique roles in human intestinal epithelial development
2025-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.27.690965
PMID:41377494
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和组织学验证，揭示了血清素及其相关基因在人类肠道发育中的时空表达图谱 | 首次生成了从妊娠早期到成年晚期的血清素及其相关基因在人类肠道中的时空表达图谱，揭示了其动态、细胞类型特异性的调控模式 | 研究主要基于转录组数据，缺乏功能实验验证血清素在肠道发育中的具体作用机制 | 探究血清素在人类早期肠道发育中的作用 | 人类肠道组织样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 从妊娠早期到成年晚期的多个时间点的人类肠道样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 887 | 2025-12-11 |
Exploring the pathogenic mechanism of RNH1 in colorectal cancer based on eQTL, Multi-omics and deep learning
2025-Dec-10, Journal of applied genetics
IF:2.0Q3
DOI:10.1007/s13353-025-01029-4
PMID:41366589
|
研究论文 | 本研究基于eQTL、多组学和深度学习探索RNH1在结直肠癌中的致病机制 | 首次结合SMR、单细胞RNA测序、空间转录组测序和深度学习生存神经网络（DeepSurv）系统研究RNH1在结直肠癌中的作用，并关联新发现的细胞死亡方式——双硫死亡 | 研究主要基于生物信息学分析和体外验证，缺乏体内实验验证RNH1的具体分子机制 | 探索RNH1在结直肠癌中的致病机制及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 结直肠癌组织样本、RNH1基因 | 机器学习 | 结直肠癌 | eQTL分析、多组学分析、深度学习、单细胞RNA测序、空间转录组测序、RNA测序、qPCR | DeepSurv（深度学习生存神经网络） | 基因组数据、转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据 | 未明确具体样本数量，但包括结直肠癌患者癌组织和正常组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, RNA测序 | NA | NA |
| 888 | 2025-12-11 |
Integrative epidemiological and spatial multi-omics analyses reveal SPP1⁺ macrophages with senescence-like features as key mediators linking NO₂ exposure to coronary heart disease
2025-Dec-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.140429
PMID:41232188
|
研究论文 | 本研究通过整合流行病学数据、因果推断方法和多组学分析，揭示了环境污染物二氧化氮（NO₂）通过加速生物衰老（特别是PhenoAge）增加冠心病风险的机制，并识别出SPP1⁺巨噬细胞作为关键介导细胞 | 首次将大规模流行病学数据、因果推断方法（倾向评分匹配和孟德尔随机化）与多组学分析（包括单细胞和空间转录组学）相结合，系统阐明了NO₂暴露通过生物衰老途径影响冠心病风险的完整证据链，并识别出具有衰老样特征的SPP1⁺巨噬细胞作为关键介导细胞 | 研究主要基于中国人群数据，结论在其他种族/人群中的普适性有待验证；多组学分析样本量相对较小；环境暴露评估可能存在测量误差 | 探究环境污染物NO₂暴露通过生物衰老途径影响冠心病风险的因果机制 | 冠心病患者及对照人群（来自天津队列和CHARLS队列）、人类动脉粥样硬化斑块组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学, 批量转录组测序, 孟德尔随机化, 倾向评分匹配 | NA | 流行病学数据, 基因组数据, 转录组数据, 空间数据 | 流行病学队列：17,412人（13,886例患者，3,526例对照）；多组学分析：人类动脉粥样硬化斑块样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 889 | 2025-12-11 |
Identification of Neurotrophic Factor Related Biomarkers and Mechanistic Insights into Neuropathic Pain via Integrated Bioinformatics Analysis
2025-Dec-02, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.5c07765
PMID:41358093
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学方法，识别了与神经病理性疼痛相关的五个关键生物标志物，并探讨了其潜在机制 | 结合单细胞RNA测序、差异表达分析、孟德尔随机化及细胞通讯分析，首次系统性地识别了神经病理性疼痛中与神经营养因子相关的生物标志物及其在细胞相互作用和分化轨迹中的作用 | 研究主要基于公共数据库和小鼠背根神经节数据，人类样本验证不足，且机制探索仍处于初步阶段 | 识别神经病理性疼痛的关键生物标志物并探索其潜在机制 | 小鼠背根神经节细胞及公共数据库中的神经病理性疼痛数据集 | 生物信息学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序, 差异表达分析, 孟德尔随机化, 细胞通讯分析, 伪时间分析 | NA | RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 890 | 2025-12-11 |
Pangenomics and single-cell transcriptomics uncover the genetic basis of continuous bearing trait in grapevine
2025-Dec, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhaf228
PMID:41355945
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研究论文 | 本研究通过整合泛基因组学、比较基因组学、单细胞转录组学和批量转录组学，揭示了葡萄连续开花和结实性状（CFB）的遗传基础 | 首次结合泛基因组学和单细胞转录组学分析葡萄连续开花性状，并基于新生成的单倍型分辨近端粒到端粒（T2T）基因组进行深入研究 | NA | 阐明葡萄连续开花和结实性状的遗传机制 | 葡萄品种'Julian'（连续开花和结实）和'Muscat Hamburg'（季节性开花和结实） | 植物基因组学 | NA | 泛基因组学, 比较基因组学, 单细胞转录组学, 批量转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 16个葡萄基因组（包括新生成的'Julian' T2T基因组和15个已发表基因组），以及两个品种的花芽单细胞转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 891 | 2025-12-11 |
Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals NK Cell Subpopulations Associated With Immunotherapy for Melanoma
2025-Dec, Smart medicine
DOI:10.1002/smmd.70023
PMID:41357561
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学，揭示了与黑色素瘤免疫治疗相关的NK细胞亚群及其功能 | 首次在黑色素瘤中系统鉴定出四个NK细胞亚群，并利用空间转录组学揭示了关键亚群NK cluster 01与肿瘤细胞的空间邻近关系及潜在的IFN-II信号通路调控网络 | 研究机制尚未通过体内外实验完全验证，分子对接的靶向治疗策略仍需后续实验确认 | 探究黑色素瘤患者对免疫检查点抑制剂产生耐药性的机制，并寻找新的治疗靶点 | 黑色素瘤患者样本中的NK细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据，空间位置数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 892 | 2025-12-10 |
Multi-omics reveals that genes linked to succinylation regulate the onset of epilepsy through metabolic reprogramming
2025-Dec-08, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10180-6
PMID:41361022
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研究论文 | 本研究结合孟德尔随机化和单细胞转录组技术，揭示了琥珀酰化相关基因CTBP1通过代谢重编程和神经元异质性调控促进癫痫发生的新机制 | 首次整合多组学证据，将琥珀酰化修饰基因CTBP1、血浆代谢物失调与癫痫风险联系起来，并利用单细胞转录组学在细胞类型特异性层面解析了其调控网络 | 研究主要基于观察性数据和遗传工具变量分析，因果关系的确立仍需后续实验验证；单细胞数据仅来源于颞叶，可能无法完全代表其他脑区 | 探究琥珀酰化修饰相关基因、血浆代谢物与癫痫之间的因果关系及潜在代谢介导通路 | 癫痫患者（具体样本数未明确提及）的遗传数据、血浆代谢物数据及颞叶单细胞转录组数据 | 生物信息学，多组学整合分析 | 癫痫 | 孟德尔随机化分析，单细胞RNA测序 | NA | 遗传数据（eQTL），血浆代谢物数据，单细胞转录组数据 | NA（使用了公开数据库eQTLGen和血浆代谢物数据库，以及癫痫患者颞叶单细胞数据，但具体样本数未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 893 | 2025-12-10 |
distQTL: distribution quantitative trait loci identification by population-scale single-cell data
2025-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf155
PMID:41323105
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研究论文 | 本文提出了一种名为distQTL的新方法，利用Fréchet回归和群体规模单细胞RNA测序数据来识别分布定量性状位点 | 该方法首次将Fréchet回归应用于单细胞eQTL分析，使用完整的经验分布作为响应对象，而非简单的汇总统计量如均值，从而能更精细地解析转录调控异质性 | NA | 研究遗传变异如何影响基因表达，特别是通过识别分布定量性状位点来揭示细胞类型特异性调控 | 来自982名供者的外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | Fréchet回归 | 单细胞RNA测序数据 | 982名供者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 894 | 2025-12-09 |
CD33 drives cutaneous melanoma: mendelian randomization confirms causality, multi-omics and in vitro experiments reveal M2 macrophage polarization-mediated progression
2025-Dec-08, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000004100
PMID:41346267
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研究论文 | 本研究通过整合孟德尔随机化、多组学分析和体外实验，揭示了CD33通过促进M2巨噬细胞极化驱动皮肤黑色素瘤发展的因果机制 | 首次综合运用孟德尔随机化、多组学转录组分析和体外实验验证，系统证实了CD33与皮肤黑色素瘤之间的因果关系，并阐明了其通过M2巨噬细胞极化介导肿瘤进展的具体机制 | 研究主要基于公共数据库的汇总数据和体外实验，缺乏体内模型或临床样本的直接验证，且对CD33调控M2极化的具体信号通路尚未完全阐明 | 探索皮肤黑色素瘤的新型治疗靶点并阐明其作用机制 | 皮肤黑色素瘤及其肿瘤微环境中的免疫细胞（特别是巨噬细胞/树突状细胞） | 生物信息学与计算生物学 | 皮肤黑色素瘤 | 孟德尔随机化、基于汇总数据的孟德尔随机化、共定位分析、批量转录组测序、单细胞转录组测序、体外细胞实验 | NA | 基因组关联研究汇总数据、蛋白质数量性状位点数据、批量转录组数据、单细胞转录组数据 | FinnGen队列（皮肤黑色素瘤：3194病例/314193对照；原位黑色素瘤：980病例/313899对照；葡萄膜黑色素瘤：293病例/345118对照）、731个免疫细胞特征（N=3757）、TCGA/GTEx/GENT2数据库转录组数据、GEO单细胞数据集 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 895 | 2025-12-09 |
[Novel progress in exploring drug resistance mechanisms of breast cancer by single-cell sequencing technology]
2025-Dec-08, Zhonghua bing li xue za zhi = Chinese journal of pathology
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 896 | 2025-12-09 |
[Fibroblast heterogeneity and functional roles in interstitial lung diseases: insights from histopathology and single-cell transcriptomics analyses]
2025-Dec-08, Zhonghua bing li xue za zhi = Chinese journal of pathology
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 897 | 2025-12-09 |
Glioblastoma-associated fibroblasts enhance vascular stiffness and confer to poor prognosis
2025-Dec-08, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000004114
PMID:41355159
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，在胶质母细胞瘤中鉴定出一种独特的COL6A3+胶质瘤相关成纤维细胞亚群，并揭示了其通过COL6A3-ITGA1信号通路导致血管功能障碍和缺氧，从而促进肿瘤进展的机制 | 首次在胶质母细胞瘤中鉴定出COL6A3+胶质瘤相关成纤维细胞亚群，并阐明其通过介导内皮细胞硬度增加来驱动血管功能障碍和缺氧的新机制 | 未明确说明样本量大小及具体来源，且GAFs来源于髓系细胞的机制仍需进一步验证 | 探究胶质母细胞瘤中癌症相关成纤维细胞的功能及其在肿瘤微环境中的作用机制 | 胶质母细胞瘤组织、COL6A3+胶质瘤相关成纤维细胞、血管内皮细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学分析、CRISPR-Cas9基因敲除 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 898 | 2025-12-09 |
Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification
2025-Dec-04, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.108331
PMID:41342897
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研究论文 | 本研究通过条件性敲除小鼠视网膜前体细胞中的Ptbp1基因，评估其在发育性神经发生中的作用，发现Ptbp1对视网膜细胞命运决定并非必需 | 首次在体内条件下系统评估Ptbp1在视网膜神经发生中的功能，挑战了Ptbp1作为神经发生核心抑制因子的传统观点 | 研究仅聚焦于视网膜发育，未在其他神经系统或成年神经发生中验证Ptbp1的功能 | 探究RNA结合蛋白Ptbp1在发育性神经发生中的具体作用机制 | 小鼠视网膜前体细胞和Müller胶质细胞 | 发育神经生物学 | NA | 条件性基因敲除、免疫染色、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据、剪接模式数据 | 突变型小鼠视网膜组织（具体数量未明确说明） | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 899 | 2025-12-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals a putative lncRNA-associated ceRNA network in high-grade serous ovarian cancer
2025-Dec, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-025-01691-2
PMID:41099994
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了高级别浆液性卵巢癌中一个由长链非编码RNA MIR100HG、微小RNA mir-224-5p和EYA4基因组成的竞争性内源RNA网络，该网络可能通过调控Wnt信号通路促进肿瘤进展 | 首次在高级别浆液性卵巢癌中结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出癌细胞特异性的竞争性内源RNA网络，并揭示了MIR100HG可能作为mir-224-5p的分子海绵调控EYA4表达的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析和公共数据库验证，缺乏直接的实验功能验证来证实ceRNA网络的具体调控机制 | 识别高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中活跃的长链非编码RNA相关竞争性内源RNA网络 | 高级别浆液性卵巢癌的癌细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 加权基因共表达网络分析 | RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量，但使用了单细胞RNA测序和批量RNA测序数据集，并利用癌症基因组图谱数据进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 900 | 2025-12-09 |
Spatial Transcriptomics of Patients With Kaposi Sarcoma Identifies Mechanisms of Immune Evasion
2025-Dec, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.70728
PMID:41342328
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析卡波西肉瘤（KS）皮肤病变，以识别KSHV感染的细胞类型和免疫相互作用 | 首次将空间转录组学与单细胞RNA测序参考数据集结合，对KS病变进行空间解析的细胞类型反卷积分析，并同时检测人类和KSHV基因表达 | 样本量较小（7个KS肿瘤和6个正常皮肤样本），且仅针对皮肤病变进行分析 | 阐明KSHV感染如何重塑皮肤组织、抑制免疫反应并导致抗癌治疗耐药的潜在机制 | 卡波西肉瘤（KS）患者的皮肤肿瘤组织 | 空间转录组学 | 卡波西肉瘤 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 空间解析的细胞类型反卷积方法 | 空间基因表达数据，单细胞RNA测序数据 | 7个KS皮肤肿瘤样本，6个正常皮肤样本 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |