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当前共找到 1157 篇文献，本页显示第 861 - 880 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 861 | 2025-12-12 |
A Macrophage-Derived 7-Gene Signature Predicts Prognosis and Therapeutic Response in Hepatocellular Carcinoma
2025-Dec, IUBMB life
IF:3.7Q2
DOI:10.1002/iub.70079
PMID:41355397
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研究论文 | 本研究基于EGFR-TKI耐药巨噬细胞亚群，鉴定了一个7基因预后特征，用于预测肝细胞癌患者的生存和治疗反应 | 首次从EGFR-TKI耐药巨噬细胞亚群中推导出7基因预后特征，并验证其在预测生存、免疫治疗反应和靶向药物敏感性方面的价值 | 研究基于回顾性队列数据，需要前瞻性临床研究进一步验证该特征的临床应用价值 | 识别肝细胞癌的新型预后生物标志物并评估其临床和治疗相关性 | 肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，多组学分析 | 预后风险模型，临床列线图 | 单细胞RNA测序数据，基因表达数据 | TCGA-LIHC队列和独立验证队列GSE76427 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 862 | 2025-12-12 |
The BCG in situ study - novel techniques applied to a 100-year-old vaccine
2025-Dec, MethodsX
IF:1.6Q2
DOI:10.1016/j.mex.2025.103712
PMID:41362666
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研究论文 | 本研究应用空间转录组学和液体活检等先进技术，深入解析了皮内接种BCG疫苗后局部皮肤和全身免疫反应 | 首次将空间转录组学应用于BCG疫苗接种后的皮肤组织研究，结合液体活检技术全面表征局部和系统免疫反应 | 研究样本量有限，且主要关注短期反应，长期保护效果和成人肺结核预防仍需进一步验证 | 阐明BCG疫苗接种后局部皮肤和全身免疫反应的细胞与分子机制，以加速改进或新疫苗的开发 | BCG疫苗接种后的皮肤组织活检样本和血液样本 | 数字病理学 | 结核病 | 空间转录组学、细胞游离血浆转录组学、全血转录组学、表观遗传分析、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 组织图像、转录组数据、蛋白质数据、代谢物数据 | NA | NA | 空间转录组学, 液体活检 | NA | NA |
| 863 | 2025-12-12 |
Characterizing epithelial-mesenchymal transition-linked heterogeneity in breast cancer circulating tumor cells at a single-cell level
2025-Dec, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70132
PMID:41046340
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研究论文 | 本研究在单细胞水平上表征了乳腺癌循环肿瘤细胞中与上皮-间质转化相关的异质性 | 首次在早期乳腺癌患者中，结合免疫磁珠去除、多标记免疫荧光和单细胞转录组学，系统检测并量化了不同EMT状态的循环肿瘤细胞及其异质性，并揭示了间质特征CTC中核糖体基因下调及mTORC1信号相关的翻译抑制 | 样本量相对有限（107例），且为观察性研究，需要进一步的功能实验验证发现的分子机制 | 检测并表征乳腺癌患者循环肿瘤细胞中与上皮-间质转化相关的异质性，以理解血行播散的机制 | 乳腺癌患者的循环肿瘤细胞 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，免疫磁珠去除，多标记免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据，免疫荧光图像数据 | 107例乳腺癌患者的血液样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 864 | 2025-12-12 |
Novae: a graph-based foundation model for spatial transcriptomics data
2025-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02899-6
PMID:41372623
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Novae的基于图的基础模型，用于处理空间转录组学数据，以提取细胞在空间背景下的表征 | Novae是一种基于图的基础模型，能够在多个切片上执行零样本域推断，并原生校正批次效应，同时构建空间域的嵌套层次结构 | NA | 改进当前模型在多个切片上的局限性，以促进空间转录组学在生物医学研究中的应用 | 空间转录组学数据中的细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 基于图的模型 | 空间转录组学数据 | 近3000万个细胞，覆盖18种组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 865 | 2025-12-12 |
Detection of serotonin and serotonin related gene reveals unique roles in human intestinal epithelial development
2025-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.27.690965
PMID:41377494
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和组织学验证，揭示了血清素及其相关基因在人类肠道发育中的时空表达图谱 | 首次生成了从妊娠早期到成年晚期的血清素及其相关基因在人类肠道中的时空表达图谱，揭示了其动态、细胞类型特异性的调控模式 | 研究主要基于转录组数据，缺乏功能实验验证血清素在肠道发育中的具体作用机制 | 探究血清素在人类早期肠道发育中的作用 | 人类肠道组织样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 从妊娠早期到成年晚期的多个时间点的人类肠道样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 866 | 2025-12-11 |
Exploring the pathogenic mechanism of RNH1 in colorectal cancer based on eQTL, Multi-omics and deep learning
2025-Dec-10, Journal of applied genetics
IF:2.0Q3
DOI:10.1007/s13353-025-01029-4
PMID:41366589
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研究论文 | 本研究基于eQTL、多组学和深度学习探索RNH1在结直肠癌中的致病机制 | 首次结合SMR、单细胞RNA测序、空间转录组测序和深度学习生存神经网络（DeepSurv）系统研究RNH1在结直肠癌中的作用，并关联新发现的细胞死亡方式——双硫死亡 | 研究主要基于生物信息学分析和体外验证，缺乏体内实验验证RNH1的具体分子机制 | 探索RNH1在结直肠癌中的致病机制及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 结直肠癌组织样本、RNH1基因 | 机器学习 | 结直肠癌 | eQTL分析、多组学分析、深度学习、单细胞RNA测序、空间转录组测序、RNA测序、qPCR | DeepSurv（深度学习生存神经网络） | 基因组数据、转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据 | 未明确具体样本数量，但包括结直肠癌患者癌组织和正常组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, RNA测序 | NA | NA |
| 867 | 2025-12-11 |
Turkey oviduct epithelial organoids express region-associated markers and avian influenza virus receptor†
2025-Dec-10, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf274
PMID:41369270
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光染色验证了火鸡输卵管上皮类器官的区域特异性标记物和禽流感病毒受体表达 | 首次构建了火鸡生殖道的单细胞图谱框架，并验证了类器官模型在保留区域分子特征和病毒受体表达方面的适用性 | 样本量较小（仅涉及两只性成熟母鸡），且为探索性研究，需要进一步验证和扩展 | 验证火鸡输卵管上皮类器官模型的区域特异性标记物和禽流感病毒受体表达，以支持其作为体外模型的应用 | 火鸡（Meleagris gallopavo）的输卵管六个区域（漏斗部、膨大部、峡部、子宫、子宫阴道连接部和阴道）的组织及衍生类器官 | 单细胞组学 | 禽流感 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、免疫荧光染色 | 类器官模型 | RNA序列数据、图像数据 | 两只性成熟母鸡的输卵管组织，衍生类器官样本（n=2用于批量RNA测序，n=4用于免疫荧光染色） | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 868 | 2025-12-11 |
LINC01116, a hypoxia-lncRNA marker of pathological lymphangiogenesis and poor prognosis in lung adenocarcinoma
2025-Dec-09, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70175
PMID:41367062
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研究论文 | 本研究鉴定出长链非编码RNA LINC01116作为肺腺癌中缺氧诱导的病理淋巴管生成标志物，并与不良预后相关 | 首次发现LINC01116在淋巴内皮细胞中特异性高表达，并揭示其在缺氧微环境下调控淋巴管生成的作用机制 | 在肿瘤细胞系中的功能实验未发现LINC01116的明确调控作用，其具体分子机制仍需进一步研究 | 探索肺腺癌中缺氧诱导的淋巴管生成机制及其预后标志物 | 肺腺癌患者队列、肺腺癌细胞系、淋巴内皮细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交、CRISPRi、RNA干扰 | NA | 转录组数据、单细胞测序数据、图像数据 | 多个肺腺癌患者队列（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 869 | 2025-12-11 |
Integrative epidemiological and spatial multi-omics analyses reveal SPP1⁺ macrophages with senescence-like features as key mediators linking NO₂ exposure to coronary heart disease
2025-Dec-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.140429
PMID:41232188
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研究论文 | 本研究通过整合流行病学数据、因果推断方法和多组学分析，揭示了环境污染物二氧化氮（NO₂）通过加速生物衰老（特别是PhenoAge）增加冠心病风险的机制，并识别出SPP1⁺巨噬细胞作为关键介导细胞 | 首次将大规模流行病学数据、因果推断方法（倾向评分匹配和孟德尔随机化）与多组学分析（包括单细胞和空间转录组学）相结合，系统阐明了NO₂暴露通过生物衰老途径影响冠心病风险的完整证据链，并识别出具有衰老样特征的SPP1⁺巨噬细胞作为关键介导细胞 | 研究主要基于中国人群数据，结论在其他种族/人群中的普适性有待验证；多组学分析样本量相对较小；环境暴露评估可能存在测量误差 | 探究环境污染物NO₂暴露通过生物衰老途径影响冠心病风险的因果机制 | 冠心病患者及对照人群（来自天津队列和CHARLS队列）、人类动脉粥样硬化斑块组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学, 批量转录组测序, 孟德尔随机化, 倾向评分匹配 | NA | 流行病学数据, 基因组数据, 转录组数据, 空间数据 | 流行病学队列：17,412人（13,886例患者，3,526例对照）；多组学分析：人类动脉粥样硬化斑块样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 870 | 2025-12-11 |
Identification of Neurotrophic Factor Related Biomarkers and Mechanistic Insights into Neuropathic Pain via Integrated Bioinformatics Analysis
2025-Dec-02, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.5c07765
PMID:41358093
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学方法，识别了与神经病理性疼痛相关的五个关键生物标志物，并探讨了其潜在机制 | 结合单细胞RNA测序、差异表达分析、孟德尔随机化及细胞通讯分析，首次系统性地识别了神经病理性疼痛中与神经营养因子相关的生物标志物及其在细胞相互作用和分化轨迹中的作用 | 研究主要基于公共数据库和小鼠背根神经节数据，人类样本验证不足，且机制探索仍处于初步阶段 | 识别神经病理性疼痛的关键生物标志物并探索其潜在机制 | 小鼠背根神经节细胞及公共数据库中的神经病理性疼痛数据集 | 生物信息学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序, 差异表达分析, 孟德尔随机化, 细胞通讯分析, 伪时间分析 | NA | RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 871 | 2025-12-11 |
Lipid-laden macrophages in atherosclerosis and cancer
2025-Dec, Seminars in cancer biology
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.semcancer.2025.09.007
PMID:41005549
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综述 | 本文综述了脂质负载巨噬细胞在炎症、动脉粥样硬化和癌症中的双重作用，比较了其在生理和病理条件下的异同 | 系统比较了脂质负载巨噬细胞在动脉粥样硬化和癌症这两种不同疾病背景下的共同和独特功能，并探讨了基于脂质代谢调节的治疗策略在癌症治疗中的潜力 | 作为综述文章，主要基于现有文献进行总结，未提出新的实验数据或验证 | 探讨脂质负载巨噬细胞在不同疾病（动脉粥样硬化和癌症）中的作用机制及治疗靶点 | 脂质负载巨噬细胞 | 自然语言处理 | 动脉粥样硬化，癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 872 | 2025-12-11 |
Lactylated histone H4K8 regulation of MFN2/Wnt signaling integrates glycolytic metabolism and Müller cell activation in the pathogenesis of glaucoma
2025-Dec, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.107178
PMID:41197676
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研究论文 | 本研究揭示了在青光眼发病过程中，组蛋白H4K8乳酰化通过调控MFN2/Wnt信号通路，将糖酵解代谢与Müller细胞激活联系起来，并最终导致视网膜神经节细胞凋亡的分子机制 | 首次发现组蛋白H4K8乳酰化在青光眼视网膜中显著增加，并作为乳酸响应的表观遗传检查点，通过调控MFN2基因表达，将线粒体动力学与Wnt/β-catenin信号通路激活相耦合 | 研究主要基于动物模型和体外实验，在人类青光眼患者中的直接验证尚不充分；MFN2作为治疗靶点的具体干预策略和潜在副作用有待进一步探索 | 阐明青光眼发病过程中代谢应激、表观遗传调控与神经胶质细胞-神经元相互作用之间的分子机制 | 青光眼模型中的视网膜组织、Müller胶质细胞、视网膜神经节细胞、光感受器细胞 | 分子生物学与表观遗传学 | 青光眼 | CUT&Tag（靶向切割与标签化）、单细胞RNA测序、基因组学分析、体内实验 | NA | 基因组学数据、表观遗传学数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 873 | 2025-12-11 |
QuiCAT: a scalable and flexible framework for mapping synthetic sequences
2025-Dec-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf607
PMID:41217759
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研究论文 | 本文介绍了一个名为QuiCAT的Python包，用于从测序数据中高效提取、聚类和分析合成标签，以支持细胞命运和谱系追踪研究 | QuiCAT是一个端到端的、可扩展的软件框架，在速度和准确性上优于现有方法，并提供参考无和参考两种工作流程，适用于大规模单细胞和空间转录组学应用 | 未在摘要中明确提及 | 开发一个可扩展且灵活的软件框架，用于分析合成细胞标记技术的数据，以支持细胞命运和谱系追踪研究 | 合成序列标签，包括来自群体水平数据、单细胞和空间分辨转录组学的数据集 | 生物信息学 | NA | 合成细胞标记技术，单细胞和空间转录组学测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 874 | 2025-12-11 |
FastSCODE: an accelerated SCODE algorithm for inferring gene regulatory networks on manycore processors
2025-Dec-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf624
PMID:41237047
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研究论文 | 本文介绍了FastSCODE，一种针对多核处理器优化的加速版SCODE算法，用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 开发了FastSCODE，通过批处理计算和GPU加速，显著提升了SCODE算法的计算性能，处理大型数据集时速度提升高达6000倍 | 未在摘要中明确提及具体限制，但可能依赖于GPU硬件和大型数据集的有效性 | 优化基因调控网络推断算法的计算性能，以处理大规模单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据，包括小鼠、人类和植物细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 线性ODE模型 | 基因表达谱数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 875 | 2025-12-11 |
Phenotypic Changes in a Monocyte Cluster with High Interleukin-1 Beta Expression during Long-Term Anti-CD20 Therapy
2025-Dec, Annals of neurology
IF:8.1Q1
DOI:10.1002/ana.78004
PMID:40879186
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析，揭示了多发性硬化症患者在接受长期抗CD20治疗期间，一个高表达白细胞介素-1β的单核细胞亚群的表型变化 | 首次在单细胞分辨率下鉴定出一个具有独特促炎特征和中枢神经系统浸润潜能的IL1Bhigh单核细胞亚群，并阐明了其在抗CD20治疗前后的动态变化 | 样本量相对有限，且主要关注外周血单核细胞，未直接分析中枢神经系统内的细胞变化 | 探究多发性硬化症患者在接受抗CD20治疗期间，外周血单核细胞的疾病相关和治疗相关变化 | 多发性硬化症患者和健康对照者的外周血单核细胞 | 单细胞多组学 | 多发性硬化症 | 靶向单细胞转录组和表位测序、多色光谱流式细胞术 | 细胞聚类分析、基因本体富集分析、细胞间通讯网络分析 | 单细胞转录组数据、表位数据、流式细胞术数据 | 64份血液样本（来自多发性硬化症患者基线及治疗后3个时间点，以及健康对照） | NA | 单细胞RNA测序、单细胞表位分析 | NA | NA |
| 876 | 2025-12-11 |
Pangenomics and single-cell transcriptomics uncover the genetic basis of continuous bearing trait in grapevine
2025-Dec, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhaf228
PMID:41355945
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研究论文 | 本研究通过整合泛基因组学、比较基因组学、单细胞转录组学和批量转录组学，揭示了葡萄连续开花和结实性状（CFB）的遗传基础 | 首次结合泛基因组学和单细胞转录组学分析葡萄连续开花性状，并基于新生成的单倍型分辨近端粒到端粒（T2T）基因组进行深入研究 | NA | 阐明葡萄连续开花和结实性状的遗传机制 | 葡萄品种'Julian'（连续开花和结实）和'Muscat Hamburg'（季节性开花和结实） | 植物基因组学 | NA | 泛基因组学, 比较基因组学, 单细胞转录组学, 批量转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 16个葡萄基因组（包括新生成的'Julian' T2T基因组和15个已发表基因组），以及两个品种的花芽单细胞转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 877 | 2025-12-11 |
Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals NK Cell Subpopulations Associated With Immunotherapy for Melanoma
2025-Dec, Smart medicine
DOI:10.1002/smmd.70023
PMID:41357561
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学，揭示了与黑色素瘤免疫治疗相关的NK细胞亚群及其功能 | 首次在黑色素瘤中系统鉴定出四个NK细胞亚群，并利用空间转录组学揭示了关键亚群NK cluster 01与肿瘤细胞的空间邻近关系及潜在的IFN-II信号通路调控网络 | 研究机制尚未通过体内外实验完全验证，分子对接的靶向治疗策略仍需后续实验确认 | 探究黑色素瘤患者对免疫检查点抑制剂产生耐药性的机制，并寻找新的治疗靶点 | 黑色素瘤患者样本中的NK细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据，空间位置数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 878 | 2025-12-10 |
Multi-omics reveals that genes linked to succinylation regulate the onset of epilepsy through metabolic reprogramming
2025-Dec-08, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10180-6
PMID:41361022
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研究论文 | 本研究结合孟德尔随机化和单细胞转录组技术，揭示了琥珀酰化相关基因CTBP1通过代谢重编程和神经元异质性调控促进癫痫发生的新机制 | 首次整合多组学证据，将琥珀酰化修饰基因CTBP1、血浆代谢物失调与癫痫风险联系起来，并利用单细胞转录组学在细胞类型特异性层面解析了其调控网络 | 研究主要基于观察性数据和遗传工具变量分析，因果关系的确立仍需后续实验验证；单细胞数据仅来源于颞叶，可能无法完全代表其他脑区 | 探究琥珀酰化修饰相关基因、血浆代谢物与癫痫之间的因果关系及潜在代谢介导通路 | 癫痫患者（具体样本数未明确提及）的遗传数据、血浆代谢物数据及颞叶单细胞转录组数据 | 生物信息学，多组学整合分析 | 癫痫 | 孟德尔随机化分析，单细胞RNA测序 | NA | 遗传数据（eQTL），血浆代谢物数据，单细胞转录组数据 | NA（使用了公开数据库eQTLGen和血浆代谢物数据库，以及癫痫患者颞叶单细胞数据，但具体样本数未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 879 | 2025-12-10 |
CXCL12 deficiency promotes colorectal cancer progression and reduces anti-PD-L1 immunotherapy efficacy through MDSC regulation
2025-Dec-05, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07309-1
PMID:41351014
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研究论文 | 本研究探讨了CXCL12缺乏如何通过调控髓源性抑制细胞（MDSC）促进结直肠癌进展并降低抗PD-L1免疫疗法的疗效 | 首次将CXCL12缺乏与MDSC调控及抗PD-L1耐药性联系起来，并识别了CPEB3、DDX39B和SIDT2作为结直肠癌的新型生物标志物 | 研究机制仍需进一步深入探索，且临床转化策略有待优化 | 阐明CXCL12缺乏在结直肠癌进展及抗PD-L1免疫疗法耐药性中的作用机制 | 结直肠癌细胞、动物模型以及单细胞转录组数据 | 生物信息学与肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序、体外细胞实验、体内动物实验 | 机器学习方法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 880 | 2025-12-10 |
distQTL: distribution quantitative trait loci identification by population-scale single-cell data
2025-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf155
PMID:41323105
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研究论文 | 本文提出了一种名为distQTL的新方法，利用Fréchet回归和群体规模单细胞RNA测序数据来识别分布定量性状位点 | 该方法首次将Fréchet回归应用于单细胞eQTL分析，使用完整的经验分布作为响应对象，而非简单的汇总统计量如均值，从而能更精细地解析转录调控异质性 | NA | 研究遗传变异如何影响基因表达，特别是通过识别分布定量性状位点来揭示细胞类型特异性调控 | 来自982名供者的外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | Fréchet回归 | 单细胞RNA测序数据 | 982名供者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |