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当前共找到 1117 篇文献，本页显示第 861 - 880 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 861 | 2025-11-26 |
From slices to deep dishes: spatial transcriptomics and translatomics of thick tissue blocks
2025-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02815-y
PMID:41286202
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 862 | 2025-12-12 |
Scalable spatial single-cell transcriptomics and translatomics in 3D thick tissue blocks
2025-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02867-0
PMID:41286200
|
研究论文 | 开发了Deep-STARmap和Deep-RIBOmap技术，用于在60-200微米厚的组织块中进行3D空间单细胞转录组和翻译组分析 | 首次实现了在厚组织块中进行3D空间单细胞转录和翻译活动的原位定量分析，突破了现有技术仅限于薄切片的限制 | NA | 揭示基因在健康和疾病状态下如何塑造组织结构和功能 | 小鼠大脑和人类皮肤癌组织 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间单细胞转录组学, 空间翻译组学 | NA | 图像, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 863 | 2025-12-12 |
FX-Cell: a method for single-cell RNA sequencing on difficult-to-digest and cryopreserved plant samples
2025-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02900-2
PMID:41310055
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研究论文 | 本文开发了FX-Cell方法及其衍生技术，用于对难以消化和冷冻保存的植物样本进行单细胞RNA测序 | 通过优化固定缓冲液和减少RNA降解，该方法能在高温下实现高效细胞壁消化，并在长期冷冻保存后保持高质量单细胞，避免了使用不具代表性的细胞核 | NA | 解决植物单细胞RNA测序中样本难以消化和野外条件下及时制备原生质体的挑战 | 水稻分蘖节、野生稻根茎和玉米冠根等植物组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 864 | 2025-12-12 |
Chemosensory protein 3 is a brain host factor for the induction of enhanced-locomotory activity in the BmNPV-silkworm infection model
2025-Dec, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1013701
PMID:41325423
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了家蚕核型多角体病毒感染后，化学感受蛋白3作为脑内宿主因子调控幼虫增强运动行为的作用机制 | 首次在单细胞分辨率下解析病毒感染对昆虫脑部的影响，发现化学感受蛋白3在调控病毒感染诱导的行为变化中的新功能，并证实其通过结合神经递质和脂质发挥作用 | 研究主要聚焦于感染后96小时的时间点，缺乏感染过程的动态观察；体外结合实验未能完全模拟体内复杂环境 | 探究杆状病毒感染诱导昆虫行为变化的宿主调控因子及其分子机制 | 家蚕幼虫及其脑组织细胞 | 单细胞转录组学 | 病毒传染病 | 单核RNA测序，靶向代谢组学，结构建模，分子动力学模拟，体外结合实验 | NA | 单细胞转录组数据，代谢组数据，蛋白质结构数据 | 家蚕幼虫脑组织（具体数量未明确说明） | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 865 | 2025-12-03 |
Next-generation method for preparing plant cells for single-cell RNA sequencing
2025-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02940-8
PMID:41326821
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 866 | 2025-12-12 |
Chronic viral infections impaired the growth process of splenic B cells by upregulating Bbc3 and Atf3 in LCMV-CL13 infected mouse model
2025-Dec, Virulence
IF:5.5Q1
DOI:10.1080/21505594.2025.2598932
PMID:41329555
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研究论文 | 本研究利用LCMV慢性感染模型，揭示了慢性病毒感染通过上调Bbc3和Atf3基因表达，破坏脾脏B细胞发育并削弱体液免疫应答的机制 | 首次在LCMV-CL13慢性感染模型中，结合单细胞RNA测序和免疫组库分析，系统阐明了Bbc3和Atf3基因上调导致脾脏B细胞发育受阻的具体分子机制 | 研究主要基于小鼠模型，其在人体中的适用性仍需进一步验证；且未深入探讨其他潜在调控基因或信号通路的影响 | 探究慢性病毒感染导致脾脏损伤及体液免疫应答减弱的分子机制 | 感染LCMV-CL13病毒的小鼠模型及其脾脏B细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 免疫组库分析 | NA | 基因表达数据, 序列数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 867 | 2025-12-12 |
TMEM106A as a Macrophage-Associated Biomarker of Prognosis in IDH-Wildtype Glioma: Integrative Multi-Omics and Spatial Analyses
2025-Dec, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71454
PMID:41354084
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学和空间分析，探讨了TMEM106A作为IDH野生型胶质瘤中与巨噬细胞相关的预后生物标志物的作用 | 首次将TMEM106A与IDH野生型胶质瘤的预后及肿瘤微环境中的髓系细胞浸润联系起来，并利用单细胞和空间转录组学技术验证其表达模式 | 所有发现均为相关性研究，需要前瞻性研究来验证其临床适用性 | 探索TMEM106A在胶质瘤中的表达模式、预后价值及其与肿瘤微环境的关系 | IDH野生型胶质瘤患者样本 | 数字病理学 | 胶质瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 免疫组织化学 | limma, Kaplan-Meier, Cox模型, CIBERSORT, GSEA, pRRophetic | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据, 免疫组化图像 | TCGA和CGGA数据库的批量RNA-seq数据、单细胞数据集（GSE131928, GSE89567）、空间数据集（Ivy Atlas, Visium）以及79例免疫组化样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 868 | 2025-12-12 |
A Macrophage-Derived 7-Gene Signature Predicts Prognosis and Therapeutic Response in Hepatocellular Carcinoma
2025-Dec, IUBMB life
IF:3.7Q2
DOI:10.1002/iub.70079
PMID:41355397
|
研究论文 | 本研究基于EGFR-TKI耐药巨噬细胞亚群，鉴定了一个7基因预后特征，用于预测肝细胞癌患者的生存和治疗反应 | 首次从EGFR-TKI耐药巨噬细胞亚群中推导出7基因预后特征，并验证其在预测生存、免疫治疗反应和靶向药物敏感性方面的价值 | 研究基于回顾性队列数据，需要前瞻性临床研究进一步验证该特征的临床应用价值 | 识别肝细胞癌的新型预后生物标志物并评估其临床和治疗相关性 | 肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，多组学分析 | 预后风险模型，临床列线图 | 单细胞RNA测序数据，基因表达数据 | TCGA-LIHC队列和独立验证队列GSE76427 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 869 | 2025-12-12 |
The BCG in situ study - novel techniques applied to a 100-year-old vaccine
2025-Dec, MethodsX
IF:1.6Q2
DOI:10.1016/j.mex.2025.103712
PMID:41362666
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研究论文 | 本研究应用空间转录组学和液体活检等先进技术，深入解析了皮内接种BCG疫苗后局部皮肤和全身免疫反应 | 首次将空间转录组学应用于BCG疫苗接种后的皮肤组织研究，结合液体活检技术全面表征局部和系统免疫反应 | 研究样本量有限，且主要关注短期反应，长期保护效果和成人肺结核预防仍需进一步验证 | 阐明BCG疫苗接种后局部皮肤和全身免疫反应的细胞与分子机制，以加速改进或新疫苗的开发 | BCG疫苗接种后的皮肤组织活检样本和血液样本 | 数字病理学 | 结核病 | 空间转录组学、细胞游离血浆转录组学、全血转录组学、表观遗传分析、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 组织图像、转录组数据、蛋白质数据、代谢物数据 | NA | NA | 空间转录组学, 液体活检 | NA | NA |
| 870 | 2025-12-12 |
Characterizing epithelial-mesenchymal transition-linked heterogeneity in breast cancer circulating tumor cells at a single-cell level
2025-Dec, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70132
PMID:41046340
|
研究论文 | 本研究在单细胞水平上表征了乳腺癌循环肿瘤细胞中与上皮-间质转化相关的异质性 | 首次在早期乳腺癌患者中，结合免疫磁珠去除、多标记免疫荧光和单细胞转录组学，系统检测并量化了不同EMT状态的循环肿瘤细胞及其异质性，并揭示了间质特征CTC中核糖体基因下调及mTORC1信号相关的翻译抑制 | 样本量相对有限（107例），且为观察性研究，需要进一步的功能实验验证发现的分子机制 | 检测并表征乳腺癌患者循环肿瘤细胞中与上皮-间质转化相关的异质性，以理解血行播散的机制 | 乳腺癌患者的循环肿瘤细胞 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，免疫磁珠去除，多标记免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据，免疫荧光图像数据 | 107例乳腺癌患者的血液样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 871 | 2025-12-12 |
Novae: a graph-based foundation model for spatial transcriptomics data
2025-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02899-6
PMID:41372623
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Novae的基于图的基础模型，用于处理空间转录组学数据，以提取细胞在空间背景下的表征 | Novae是一种基于图的基础模型，能够在多个切片上执行零样本域推断，并原生校正批次效应，同时构建空间域的嵌套层次结构 | NA | 改进当前模型在多个切片上的局限性，以促进空间转录组学在生物医学研究中的应用 | 空间转录组学数据中的细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 基于图的模型 | 空间转录组学数据 | 近3000万个细胞，覆盖18种组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 872 | 2025-12-12 |
Detection of serotonin and serotonin related gene reveals unique roles in human intestinal epithelial development
2025-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.27.690965
PMID:41377494
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和组织学验证，揭示了血清素及其相关基因在人类肠道发育中的时空表达图谱 | 首次生成了从妊娠早期到成年晚期的血清素及其相关基因在人类肠道中的时空表达图谱，揭示了其动态、细胞类型特异性的调控模式 | 研究主要基于转录组数据，缺乏功能实验验证血清素在肠道发育中的具体作用机制 | 探究血清素在人类早期肠道发育中的作用 | 人类肠道组织样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 从妊娠早期到成年晚期的多个时间点的人类肠道样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 873 | 2025-12-11 |
Exploring the pathogenic mechanism of RNH1 in colorectal cancer based on eQTL, Multi-omics and deep learning
2025-Dec-10, Journal of applied genetics
IF:2.0Q3
DOI:10.1007/s13353-025-01029-4
PMID:41366589
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研究论文 | 本研究基于eQTL、多组学和深度学习探索RNH1在结直肠癌中的致病机制 | 首次结合SMR、单细胞RNA测序、空间转录组测序和深度学习生存神经网络（DeepSurv）系统研究RNH1在结直肠癌中的作用，并关联新发现的细胞死亡方式——双硫死亡 | 研究主要基于生物信息学分析和体外验证，缺乏体内实验验证RNH1的具体分子机制 | 探索RNH1在结直肠癌中的致病机制及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 结直肠癌组织样本、RNH1基因 | 机器学习 | 结直肠癌 | eQTL分析、多组学分析、深度学习、单细胞RNA测序、空间转录组测序、RNA测序、qPCR | DeepSurv（深度学习生存神经网络） | 基因组数据、转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据 | 未明确具体样本数量，但包括结直肠癌患者癌组织和正常组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, RNA测序 | NA | NA |
| 874 | 2025-12-11 |
Integrative epidemiological and spatial multi-omics analyses reveal SPP1⁺ macrophages with senescence-like features as key mediators linking NO₂ exposure to coronary heart disease
2025-Dec-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.140429
PMID:41232188
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研究论文 | 本研究通过整合流行病学数据、因果推断方法和多组学分析，揭示了环境污染物二氧化氮（NO₂）通过加速生物衰老（特别是PhenoAge）增加冠心病风险的机制，并识别出SPP1⁺巨噬细胞作为关键介导细胞 | 首次将大规模流行病学数据、因果推断方法（倾向评分匹配和孟德尔随机化）与多组学分析（包括单细胞和空间转录组学）相结合，系统阐明了NO₂暴露通过生物衰老途径影响冠心病风险的完整证据链，并识别出具有衰老样特征的SPP1⁺巨噬细胞作为关键介导细胞 | 研究主要基于中国人群数据，结论在其他种族/人群中的普适性有待验证；多组学分析样本量相对较小；环境暴露评估可能存在测量误差 | 探究环境污染物NO₂暴露通过生物衰老途径影响冠心病风险的因果机制 | 冠心病患者及对照人群（来自天津队列和CHARLS队列）、人类动脉粥样硬化斑块组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学, 批量转录组测序, 孟德尔随机化, 倾向评分匹配 | NA | 流行病学数据, 基因组数据, 转录组数据, 空间数据 | 流行病学队列：17,412人（13,886例患者，3,526例对照）；多组学分析：人类动脉粥样硬化斑块样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 875 | 2025-12-11 |
Identification of Neurotrophic Factor Related Biomarkers and Mechanistic Insights into Neuropathic Pain via Integrated Bioinformatics Analysis
2025-Dec-02, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.5c07765
PMID:41358093
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学方法，识别了与神经病理性疼痛相关的五个关键生物标志物，并探讨了其潜在机制 | 结合单细胞RNA测序、差异表达分析、孟德尔随机化及细胞通讯分析，首次系统性地识别了神经病理性疼痛中与神经营养因子相关的生物标志物及其在细胞相互作用和分化轨迹中的作用 | 研究主要基于公共数据库和小鼠背根神经节数据，人类样本验证不足，且机制探索仍处于初步阶段 | 识别神经病理性疼痛的关键生物标志物并探索其潜在机制 | 小鼠背根神经节细胞及公共数据库中的神经病理性疼痛数据集 | 生物信息学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序, 差异表达分析, 孟德尔随机化, 细胞通讯分析, 伪时间分析 | NA | RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 876 | 2025-12-11 |
QuiCAT: a scalable and flexible framework for mapping synthetic sequences
2025-Dec-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf607
PMID:41217759
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为QuiCAT的Python包，用于从测序数据中高效提取、聚类和分析合成标签，以支持细胞命运和谱系追踪研究 | QuiCAT是一个端到端的、可扩展的软件框架，在速度和准确性上优于现有方法，并提供参考无和参考两种工作流程，适用于大规模单细胞和空间转录组学应用 | 未在摘要中明确提及 | 开发一个可扩展且灵活的软件框架，用于分析合成细胞标记技术的数据，以支持细胞命运和谱系追踪研究 | 合成序列标签，包括来自群体水平数据、单细胞和空间分辨转录组学的数据集 | 生物信息学 | NA | 合成细胞标记技术，单细胞和空间转录组学测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 877 | 2025-12-11 |
FastSCODE: an accelerated SCODE algorithm for inferring gene regulatory networks on manycore processors
2025-Dec-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf624
PMID:41237047
|
研究论文 | 本文介绍了FastSCODE，一种针对多核处理器优化的加速版SCODE算法，用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 开发了FastSCODE，通过批处理计算和GPU加速，显著提升了SCODE算法的计算性能，处理大型数据集时速度提升高达6000倍 | 未在摘要中明确提及具体限制，但可能依赖于GPU硬件和大型数据集的有效性 | 优化基因调控网络推断算法的计算性能，以处理大规模单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据，包括小鼠、人类和植物细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 线性ODE模型 | 基因表达谱数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 878 | 2025-12-11 |
Pangenomics and single-cell transcriptomics uncover the genetic basis of continuous bearing trait in grapevine
2025-Dec, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhaf228
PMID:41355945
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研究论文 | 本研究通过整合泛基因组学、比较基因组学、单细胞转录组学和批量转录组学，揭示了葡萄连续开花和结实性状（CFB）的遗传基础 | 首次结合泛基因组学和单细胞转录组学分析葡萄连续开花性状，并基于新生成的单倍型分辨近端粒到端粒（T2T）基因组进行深入研究 | NA | 阐明葡萄连续开花和结实性状的遗传机制 | 葡萄品种'Julian'（连续开花和结实）和'Muscat Hamburg'（季节性开花和结实） | 植物基因组学 | NA | 泛基因组学, 比较基因组学, 单细胞转录组学, 批量转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 16个葡萄基因组（包括新生成的'Julian' T2T基因组和15个已发表基因组），以及两个品种的花芽单细胞转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 879 | 2025-12-11 |
Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals NK Cell Subpopulations Associated With Immunotherapy for Melanoma
2025-Dec, Smart medicine
DOI:10.1002/smmd.70023
PMID:41357561
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学，揭示了与黑色素瘤免疫治疗相关的NK细胞亚群及其功能 | 首次在黑色素瘤中系统鉴定出四个NK细胞亚群，并利用空间转录组学揭示了关键亚群NK cluster 01与肿瘤细胞的空间邻近关系及潜在的IFN-II信号通路调控网络 | 研究机制尚未通过体内外实验完全验证，分子对接的靶向治疗策略仍需后续实验确认 | 探究黑色素瘤患者对免疫检查点抑制剂产生耐药性的机制，并寻找新的治疗靶点 | 黑色素瘤患者样本中的NK细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据，空间位置数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 880 | 2025-12-10 |
Multi-omics reveals that genes linked to succinylation regulate the onset of epilepsy through metabolic reprogramming
2025-Dec-08, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10180-6
PMID:41361022
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研究论文 | 本研究结合孟德尔随机化和单细胞转录组技术，揭示了琥珀酰化相关基因CTBP1通过代谢重编程和神经元异质性调控促进癫痫发生的新机制 | 首次整合多组学证据，将琥珀酰化修饰基因CTBP1、血浆代谢物失调与癫痫风险联系起来，并利用单细胞转录组学在细胞类型特异性层面解析了其调控网络 | 研究主要基于观察性数据和遗传工具变量分析，因果关系的确立仍需后续实验验证；单细胞数据仅来源于颞叶，可能无法完全代表其他脑区 | 探究琥珀酰化修饰相关基因、血浆代谢物与癫痫之间的因果关系及潜在代谢介导通路 | 癫痫患者（具体样本数未明确提及）的遗传数据、血浆代谢物数据及颞叶单细胞转录组数据 | 生物信息学，多组学整合分析 | 癫痫 | 孟德尔随机化分析，单细胞RNA测序 | NA | 遗传数据（eQTL），血浆代谢物数据，单细胞转录组数据 | NA（使用了公开数据库eQTLGen和血浆代谢物数据库，以及癫痫患者颞叶单细胞数据，但具体样本数未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |