单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 1157 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-02-21 |
Multi-omics profiling of acute Pseudomonas aeruginosa pneumonia unmasks conventional NK cell depletion and stage-specific therapeutic targets
2025-12, Virulence
IF:5.5Q1
DOI:10.1080/21505594.2025.2490206
PMID:40216004
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了急性铜绿假单胞菌肺炎中宿主固有免疫反应的特征，特别是常规NK细胞的耗竭及其作为早期免疫检查点失效的作用 | 首次通过整合蛋白质组、细胞群和转录组分析，并结合公共单细胞RNA测序数据，明确了在铜绿假单胞菌肺炎早期常规NK细胞（而非组织驻留NK细胞）特异性耗竭是关键的早期免疫检查点失效事件 | 研究主要基于小鼠模型，其结论在人体中的普适性有待验证；公共scRNA-seq数据的分析可能受限于原始实验设计和样本来源的异质性 | 阐明吸入性铜绿假单胞菌感染后宿主固有免疫反应的特征，并识别潜在的阶段特异性治疗靶点 | 铜绿假单胞菌感染的小鼠模型，以及公共数据库中的单细胞RNA测序数据集 | 免疫学，感染性疾病研究 | 肺炎（医院获得性肺炎和呼吸机相关性肺炎） | RNA测序，单细胞RNA测序，蛋白质分析，细胞群分析 | NA | 基因表达数据，蛋白质数据，细胞计数数据 | NA | NA | RNA-seq，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 62 | 2026-02-20 |
CXCR6 defines a distinct resident state in γδ T cells for protecting from liver cirrhosis
2025-Dec-11, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001643
PMID:41380134
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术，揭示了肝脏中CD69+CXCR6+ γδ T细胞在健康状态下富集并产生IFN-γ和IL-2，但在肝硬化组织中显著减少，且其缺失与疾病严重程度相关，这些细胞通过FasL-Fas信号诱导肝星状细胞凋亡来限制纤维化进展 | 首次识别并表征了肝脏中CD69+CXCR6+ γδ T细胞作为组织驻留记忆T细胞的一个独特亚群，并证明其在肝硬化中具有保护性作用，通过FasL-Fas信号通路抑制纤维化 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的验证可能有限，且具体调控机制和临床应用潜力需进一步探索 | 探究γδ T细胞在肝纤维化发生和发展中的作用，特别是组织驻留记忆T细胞亚群的功能 | 肝脏中的γδ T细胞，特别是CD69+CXCR6+亚群，以及肝星状细胞 | 免疫学 | 肝硬化 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | RNA序列数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2026-02-19 |
Expression of ACTR3 in cervical cancer and impact on immune cell infiltration and prognosis: A comprehensive analysis based on bulk RNA-Seq and single-cell RNA-Seq
2025-Dec-05, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000046316
PMID:41366959
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA-Seq和单细胞RNA-Seq数据，分析了ACTR3在宫颈癌中的表达及其对免疫细胞浸润和预后的影响 | 首次将PI3K/Akt/mTOR通路基因ACTR3与宫颈癌免疫微环境及预后联系起来，并整合单细胞数据解析ACTR3表达的免疫细胞亚群 | 研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证ACTR3的功能机制 | 探究ACTR3过表达是否影响宫颈癌生存及其对肿瘤免疫微环境的影响 | 宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌 | 生物信息学 | 宫颈癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组化 | LASSO Cox回归, 预后模型, 列线图 | 基因表达数据, 单细胞数据, 临床数据 | 未明确具体样本数量 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2026-02-19 |
Ligustrazine attenuates ferroptosis in proximal straight tubule cells via IGF2BP1-Odc1 regulation in a CKD model
2025-Dec-03, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000004073
PMID:41342566
|
研究论文 | 本研究探讨了川芎嗪通过调控IGF2BP1-Odc1通路减轻慢性肾病模型中近端直小管细胞铁死亡的作用机制 | 首次发现川芎嗪通过干扰IGF2BP1与m6A修饰的Odc1 mRNA结合，缩短Odc1 mRNA半衰期，从而抑制铁死亡，为慢性肾病治疗提供了新靶点 | 研究主要基于大鼠模型和原代细胞实验，临床转化效果需进一步验证；机制研究集中于IGF2BP1-Odc1轴，可能存在其他调控通路 | 评估川芎嗪治疗慢性肾病的有效性并阐明其分子机制 | 慢性肾病大鼠模型、原代近端直小管细胞 | 分子生物学与病理生理学 | 慢性肾病 | LC-MS/MS分析、单细胞测序、基因过表达与敲低、细胞与动物实验 | NA | 测序数据、质谱数据、蛋白与mRNA表达数据 | 大鼠模型（对照组、CKD组、川芎嗪干预组）及原代细胞 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 65 | 2026-02-18 |
Plasma Proteomics Identifies Thousand-and-One-Amino Acid Kinase 3 as a Potential Biomarker of Rheumatoid Arthritis Activity and a Novel Therapeutic Target
2025-Dec-22, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70020
PMID:41429590
|
研究论文 | 本研究通过血浆蛋白质组学分析，发现TAOK3作为类风湿关节炎活动期骨破坏的潜在生物标志物和治疗靶点 | 首次将TAOK3与类风湿关节炎活动期的骨破坏关联，并验证其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 研究样本量有限，且主要在体外和动物模型中进行功能验证，需进一步临床验证 | 识别类风湿关节炎活动期骨破坏的新型生物标志物，为精准监测和靶向治疗提供策略 | 类风湿关节炎患者血浆样本、成纤维样滑膜细胞和胶原诱导关节炎小鼠模型 | 蛋白质组学 | 类风湿关节炎 | 数据非依赖性采集质谱、单细胞RNA测序、酶联免疫吸附测定、多重免疫组织化学 | NA | 蛋白质组数据、RNA测序数据 | 160名RA患者和40名健康对照的血浆样本，以及两个独立验证队列（N1=50，N2=10） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 66 | 2026-02-17 |
Oral immunotherapy directs systemic transcriptomic changes in children with hen's egg allergy
2025-Dec, Asian Pacific journal of allergy and immunology
IF:2.3Q3
DOI:10.12932/AP-011124-1965
PMID:40544372
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了儿童鸡蛋过敏患者口服免疫治疗前后的系统免疫表型和转录组变化 | 首次在儿童鸡蛋过敏口服免疫治疗中应用单细胞RNA测序技术，揭示了治疗相关的系统免疫细胞转录组变化和T细胞亚群动态 | 样本量较小（16名儿童），且仅分析了治疗前后的两个时间点，缺乏长期随访数据 | 探究鸡蛋过敏儿童的系统免疫表型及口服免疫治疗期间的转录组变化 | 被诊断为鸡蛋过敏的3-12岁儿童 | 自然语言处理 | 过敏性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 16名鸡蛋过敏儿童 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 67 | 2026-02-16 |
Spatial and single-cell transcriptomics reveal the reorganization of cerebellar microglia with aging
2025-Dec-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116624
PMID:41307999
|
研究论文 | 本研究结合单细胞和空间转录组学技术，揭示了小脑小胶质细胞在衰老过程中的重组和适应性变化 | 首次通过单细胞核RNA测序、小胶质细胞批量RNA测序和MERFISH空间转录组学，系统揭示了小脑小胶质细胞在衰老中的早期显著变化及其与颗粒细胞的邻近关系，并识别出一种神经元相关的小胶质细胞特征 | 研究主要基于小鼠模型，人类小脑衰老的类似变化尚未验证；空间分析可能受限于MERFISH技术的分辨率和覆盖范围 | 探究小脑在衰老过程中的转录组变化，特别是小胶质细胞的重组和适应性 | 小鼠小脑组织，重点关注小胶质细胞和颗粒细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞核RNA测序，批量RNA测序，MERFISH空间转录组学 | NA | 转录组数据，空间转录组数据 | 涉及十五个小鼠脑区域，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 68 | 2026-02-16 |
Multi-omics integration and machine learning define robust molecular subtypes and prognostic signatures in hepatocellular carcinoma
2025-Dec-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07574-0
PMID:41423668
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法，定义了肝细胞癌的稳健分子亚型并构建了预后特征模型 | 结合十种聚类算法进行整合多组学聚类识别分子亚型，并应用十种机器学习算法构建共识预后特征，同时纳入单细胞RNA测序和空间转录组学数据解析关键基因的细胞起源和空间表达模式 | 需要前瞻性临床验证来确认模型的预测性能 | 精炼肝细胞癌的分子分型并改善预后预测 | 肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 多组学整合、单细胞RNA测序、空间转录组学 | 机器学习算法（未指定具体模型） | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 69 | 2026-02-16 |
Orthologous genes of the red flour beetle Tribolium castaneum and the vinegar fly Drosophila melanogaster
2025-Dec-12, BMC genomic data
IF:1.9Q3
DOI:10.1186/s12863-025-01397-0
PMID:41388371
|
研究论文 | 本文生成了果蝇和赤拟谷盗之间的直系同源基因列表，为比较基因组学研究提供资源 | 利用OrthoFinder平台和eggNOG数据库，结合手动系统发育树分析，生成了超过9,000个直系同源基因的全面列表 | NA | 为果蝇和赤拟谷盗之间的比较基因组和基因功能研究提供直系同源基因的严谨分配和汇编 | 果蝇和赤拟谷盗的参考蛋白质组 | 比较基因组学 | NA | 系统发育直系同源性推断 | NA | 蛋白质组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 70 | 2026-02-15 |
Bronchial epithelial transcriptome reveals dysregulated interferon and inflammatory responses to rhinovirus in exacerbation-prone pediatric asthma
2025-Dec-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.197711
PMID:41217821
|
研究论文 | 本研究通过器官型支气管上皮细胞培养，结合bulk和单细胞转录组学及靶向蛋白分析，揭示了易加重型儿童哮喘患者对鼻病毒感染的过度干扰素和炎症反应机制 | 首次在易加重型儿童哮喘患者中，通过单细胞转录组学揭示了细胞类型特异性（特别是非纤毛细胞）对鼻病毒感染的过度反应，并发现基线干扰素刺激基因表达降低是易感性的可调节因果决定因素 | 研究基于体外器官型培养模型，可能无法完全模拟体内复杂环境；样本量可能有限；未涉及长期临床结局验证 | 探究易加重型儿童哮喘患者对鼻病毒感染易感性的宿主因素和分子机制 | 来自特征明确的哮喘儿童和健康儿童的器官型支气管上皮细胞培养物 | 数字病理学 | 哮喘 | bulk转录组学, 单细胞转录组学, 靶向蛋白分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质数据 | 来自哮喘儿童和健康儿童的支气管上皮细胞培养物（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2026-02-15 |
Targeting the pentose phosphate pathway mitigates graft-versus-host disease by rewiring alloreactive T cell metabolism
2025-Dec-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.192774
PMID:41355795
|
研究论文 | 本研究揭示了戊糖磷酸途径在急性移植物抗宿主病中的作用，并发现靶向该途径的关键酶6PGD可减轻疾病严重程度，同时保留抗肿瘤效应 | 首次阐明戊糖磷酸途径在调控同种异体反应性T细胞代谢和功能中的关键作用，并确定6PGD为减轻aGvHD同时保留GvT效应的潜在治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证；长期抑制PPP的潜在副作用尚未明确 | 探索葡萄糖代谢下游途径在急性移植物抗宿主病中的作用，寻找特异性治疗靶点 | 同种异体反应性T细胞 | 单细胞组学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 72 | 2026-02-15 |
Integrating multi-omics data to resolve patterns of ion channel regulation in melanoma and predict tumor treatment response
2025-Dec-05, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01866-x
PMID:41348242
|
研究论文 | 本研究整合单细胞空间转录组和多组学数据，分析皮肤黑色素瘤中离子通道相关基因的调控模式，并构建评分系统以预测肿瘤治疗反应 | 首次在皮肤黑色素瘤中系统评估离子通道相关基因的调控模式，结合单细胞空间转录组数据揭示其与肿瘤微环境细胞浸润特征的关联，并构建了可量化的ICRG评分系统 | 研究基于现有数据进行分析，需要进一步实验验证ICRG基因的具体功能机制 | 解析皮肤黑色素瘤中离子通道相关基因的调控模式，并预测肿瘤治疗反应 | 皮肤黑色素瘤样本 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞空间转录组学，多组学数据分析 | SCENIC分析，伪时间分析 | 转录组数据，空间转录组数据，多组学数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 73 | 2026-02-15 |
Spatial transcriptomics iterative hierarchical clustering (stIHC): A novel method for identifying spatial gene co-expression modules
2025-Dec, Quantitative biology (Beijing, China)
DOI:10.1002/qub2.70011
PMID:41674714
|
研究论文 | 本文提出了一种名为空间转录组学迭代层次聚类（stIHC）的新方法，用于识别空间基因共表达模块 | stIHC方法能够检测稀有或独特的空间表达模式，优于现有方法如SPARK、SPARK-X、MERINGUE和SpatialDE | NA | 开发一种新方法以改进空间转录组学数据中空间可变基因的聚类分析 | 空间转录组学数据中的空间可变基因 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 迭代层次聚类 | 空间转录组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium, 10x Xenium, Spatial Transcriptomics |
| 74 | 2026-02-15 |
Cell lineage tracing: Methods, applications, and challenges
2025-Dec, Quantitative biology (Beijing, China)
DOI:10.1002/qub2.70006
PMID:41674713
|
综述 | 本文综述了细胞谱系追踪的实验和计算方法，强调了它们的优势、局限性和协同作用 | 整合了从早期标记技术到现代CRISPR-Cas9条形码等遗传工具的实验方法，以及用于分析单细胞测序等高维数据的计算方法，并讨论了人工智能增强的未来发展方向 | 存在准确性、分辨率、多组学整合和可扩展性方面的挑战 | 理解细胞命运和谱系关系，应用于发育生物学、组织再生和疾病进展研究 | 细胞谱系追踪技术 | NA | NA | CRISPR-Cas9条形码，单细胞测序，多组学技术 | NA | 高维数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 75 | 2026-02-15 |
A perspective on developing foundation models for analyzing spatial transcriptomic data
2025-Dec, Quantitative biology (Beijing, China)
DOI:10.1002/qub2.70010
PMID:41674716
|
观点文章 | 本文探讨了开发用于分析空间转录组数据的基石模型的必要性、当前进展、潜在任务及未来方向 | 首次系统性地从视角角度审视开发空间转录组基石模型的需求、机遇与挑战，并强调其在提升研究效率、促进新生物学发现和提供用户友好访问方面的潜力 | 作为观点性文章，未提供具体实验数据或模型验证，主要基于理论讨论和前瞻性分析 | 探讨开发用于空间转录组数据分析的基石模型的可行性、任务应用及未来发展方向 | 空间转录组数据及其分析模型 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 基石模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 76 | 2026-02-15 |
Stigmasterol attenuates atherosclerosis by inhibiting inflammatory signaling and foam cell formation
2025-Dec, iMetaOmics
DOI:10.1002/imo2.70056
PMID:41676448
|
研究论文 | 本研究揭示了植物甾醇中的豆甾醇通过抑制炎症信号和泡沫细胞形成来减轻动脉粥样硬化 | 首次结合单细胞RNA测序和功能实验，阐明了豆甾醇通过调节泡沫细胞多样性和炎症发挥血管保护作用的机制，特别是其对CD86巨噬细胞极化和平滑肌细胞向巨噬样泡沫细胞转分化的抑制作用 | 研究主要在ApoE敲除小鼠模型中进行，人体内的效果和转化潜力尚需进一步验证 | 探究植物甾醇（特别是豆甾醇）对动脉粥样硬化中泡沫细胞形成、炎症反应和脂质代谢的影响及其分子机制 | ApoE敲除小鼠的主动脉组织、巨噬细胞、平滑肌细胞及其衍生的泡沫细胞 | 单细胞组学与心血管疾病研究 | 心血管疾病（动脉粥样硬化） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），功能测定 | NA | 单细胞转录组数据，功能实验数据 | ApoE敲除小鼠主动脉组织（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2026-02-14 |
Tfh2 and a subset of Tfh1 cells associate with antibody-mediated immunity to malaria
2025-Dec-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.196828
PMID:41118256
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和VDJ测序，揭示了人类外周血T滤泡辅助细胞在疟疾感染期间的异质性，并识别出与抗体介导的免疫相关的特定亚群 | 发现pTfh1细胞可进一步分为CCR7+和CCR7-两个亚群，且只有Tfh1-CCR7+和Tfh2细胞与保护性抗体产生正相关，这超越了传统的CXCR3/CCR6分类 | 研究基于受控人类疟疾感染模型，可能无法完全反映自然感染情况；样本量未明确说明，可能影响统计效力 | 探究人类T滤泡辅助细胞在疟疾感染期间的异质性及其与抗体介导免疫的关联 | 健康个体在受控人类疟疾感染前后的外周血T滤泡辅助细胞 | 免疫学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序, VDJ测序 | NA | 单细胞转录组数据, VDJ序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2026-02-14 |
Kidney diseases and single-cell sequencing research: a bibliometric analysis from 2015 to 2024
2025-Dec, Renal failure
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/0886022X.2025.2521457
PMID:40545992
|
文献计量分析 | 本文对2015年至2024年间使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）进行肾脏疾病研究的出版物进行了文献计量分析 | 首次系统性地通过文献计量学方法评估了scRNA-seq在肾脏疾病研究中的应用格局和新兴趋势，识别了主要贡献国家、机构、作者及研究热点 | 分析基于Web of Science Core Collection数据库，可能未涵盖所有相关出版物；且为回顾性分析，无法预测未来具体技术发展 | 评估scRNA-seq技术在肾脏疾病研究领域的应用现状、发展趋势及研究热点 | 2015年至2024年间发表的关于scRNA-seq在肾脏疾病中应用的学术出版物 | 生物信息学与计算生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 文献元数据 | 1,210篇出版物 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2025-12-31 |
Bulk and single-cell transcriptome analysis reveal shared key genes and patterns of immune dysregulation in systemic lupus erythematosus and sepsis
2025-Dec-30, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-025-01350-y
PMID:41462079
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 80 | 2026-02-12 |
Distinct immune landscapes between murine and human periodontitis
2025-Dec-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.114073
PMID:41659164
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序比较了人类牙周炎与小鼠结扎模型的免疫景观差异，并评估了Pg补充对模型可转化性的影响 | 首次系统性地比较了人类牙周炎与小鼠结扎模型的单细胞免疫景观，揭示了B/浆细胞和巨噬细胞在比例和激活状态上的显著差异 | Pg补充未能减少小鼠与人类之间的免疫学差异，模型的可转化性有限 | 评估小鼠结扎模型作为人类牙周炎研究模型的适用性 | 人类牙周炎患者和小鼠结扎模型的牙龈组织 | 单细胞组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠结扎、结扎+Pg和对照组牙龈组织，整合人类数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |