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当前共找到 1109 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-09-20 |
RamanOmics Decodes Spatial Vibrational-Molecular Architecture and Rewiring in Aging and Repair
2025-Dec-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.04.692337
PMID:41427387
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研究论文 | 本文提出RamanOmics多模态框架，整合单核RNA测序、空间转录组学和无标记拉曼成像，直接在原位组织中映射衰老和细胞衰老的空间振动-生化与分子架构。 | 创新性地将单核RNA测序、空间转录组学和无标记拉曼成像整合为RamanOmics多模态框架，首次在原位组织中直接映射衰老的空间振动-生化与分子架构；发现保守的支链脂肪酸相关生化特征和拉曼信号（1131-1135 cm）可稳健标记衰老细胞；开发机器学习衍生的多模态条形码，定量整合生化与转录特征，实现非破坏性衰老识别。 | 摘要中未明确说明研究局限性。 | 旨在突破依赖孤立分子标记的衰老定义，揭示生化和转录状态如何在组织中协同演化，并建立可扩展的多模态细胞状态分析框架。 | 小鼠肺和皮肤组织，以及伤口愈合模型。 | 空间多组学 | 衰老相关疾病 | 单核RNA测序、空间转录组学、无标记拉曼成像 | 机器学习 | 图像、文本 | NA | NA | 单核RNA测序、空间转录组学、拉曼成像 | NA | NA |
| 62 | 2026-09-20 |
GatorSC: Multi-Scale Cell and Gene Graphs with Mixture-of-Experts Fusion for Single-Cell Transcriptomics
2025-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.03.691688
PMID:41409156
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研究论文 | 提出GatorSC框架，利用多尺度细胞和基因图并结合专家混合架构融合，用于单细胞转录组数据的表示学习 | 构建全局细胞-细胞图、全局基因-基因图和局部基因-基因图，采用专家混合门控网络自适应融合图神经网络嵌入，结合图重建和图对比学习的自监督目标以学习噪声鲁棒和结构保持的嵌入 | 摘要中未明确提及 | 有效利用单细胞RNA测序数据中细胞和基因的多尺度互补结构，融合异构图视图以学习稳健的低维表示 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 图神经网络, 专家混合 | 基因表达矩阵 | 19个公开可用的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 63 | 2026-09-20 |
MicroRNA-mediated neuronal detargeting alters astrocyte cell fate conversion trajectories in vivo
2025-Dec-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09169-3
PMID:41350397
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研究论文 | 本文通过在含有GFAP微型启动子和Ascl1的转录盒中引入microRNA-124靶序列，研究其对星形胶质细胞向神经元转分化轨迹的影响 | 首次在星形胶质细胞向神经元转分化中引入microRNA-124靶序列，有效避免内源性神经元的脱靶表达，同时发现124T会延迟转分化并引入谱系分叉 | 研究主要基于小鼠体内实验，尚未在人类细胞或疾病模型中验证；转分化效率及长期安全性仍需进一步评估 | 探究microRNA-124靶序列对星形胶质细胞向神经元转分化特异性及命运轨迹的影响 | 小鼠星形胶质细胞及体内转分化产生的神经元样细胞 | 机器学习, 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序, 谱系追踪, 伪时间轨迹分析 | SeesawPred, 伪时间轨迹分析 | 文本, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 64 | 2026-09-20 |
Expression of ACTR3 in cervical cancer and impact on immune cell infiltration and prognosis: A comprehensive analysis based on bulk RNA-Seq and single-cell RNA-Seq
2025-Dec-05, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000046316
PMID:41366959
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研究论文 | 基于bulk RNA-Seq和单细胞RNA-Seq数据，研究ACTR3在宫颈癌中的表达及其对免疫细胞浸润和预后的影响 | 首次系统分析ACTR3与PI3K/Akt/mTOR通路在宫颈鳞癌及宫颈腺癌中的关系，揭示ACTR3表达与免疫细胞浸润及预后的关联，并构建包含ACTR3的预后列线图 | 未明确说明样本量及具体队列信息，单细胞RNA-Seq数据的具体来源和样本数未详细描述 | 探究ACTR3过表达是否影响宫颈癌生存，并探索其对肿瘤免疫微环境的影响 | 宫颈鳞状细胞癌和宫颈腺癌（CESC）患者 | 数字病理学 | 宫颈癌 | bulk RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, 免疫组化 | LASSO Cox回归 | RNA-Seq数据, 图像 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 65 | 2026-09-20 |
Immune System Alterations in Depression across Baseline and Flu Vaccine Challenge
2025-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.02.691874
PMID:41409141
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，分析了抑郁症患者在外周血单核细胞中的免疫系统变化，并与健康对照组进行了比较。 | 本研究首次在基线及流感疫苗挑战条件下，采用单细胞RNA测序技术揭示抑郁症患者外周免疫系统的转录组和细胞群体水平的改变。 | 样本量较小，且未在流感疫苗挑战后观察到明显的细胞因子水平差异，可能限制结果的普遍性。 | 探讨抑郁症是否影响外周免疫系统的整体功能，特别是在基线和流感疫苗挑战后的免疫反应。 | 9名抑郁症患者（6名女性）和5名健康对照（5名女性）的外周血单核细胞。 | 免疫学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 14名受试者（9名抑郁症患者，5名健康对照）的外周血单核细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 66 | 2026-09-20 |
AI-based Predictive Signaling Pathway Profiling in Cardiac Fibrosis Suggests a Novel Combinatorial Treatment Strategy
2025-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.04.692460
PMID:41497580
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研究论文 | 本文利用AI从大量心脏纤维化文献中预测信号通路，并结合单细胞RNA测序和小鼠模型，提出了一种针对JAK-STAT和TGF-β通路的时序组合治疗策略，以更有效治疗心脏纤维化 | 利用AI从6528篇文献中预测出10条节点信号通路，并首次提出通过差异时序抑制JAK-STAT和TGF-β通路的组合治疗策略，既能减少慢性纤维化又不影响急性心梗后的代偿性瘢痕形成 | 研究主要基于小鼠模型和有限临床样本，AI预测的通路需要更多临床验证，且治疗策略的长期安全性和有效性尚需进一步评估 | 探究心脏纤维化背后的关键信号通路，并开发更有效的组合治疗策略以改善心脏功能 | 心脏纤维化相关文献、小鼠心脏损伤模型（急性心梗和慢性TAC）以及临床心脏样本 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | AI模型（未指定具体类型） | 文本、基因表达数据 | 6528篇心脏纤维化出版物，以及小鼠模型和临床样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 67 | 2026-09-20 |
CD301b lectin expression in the breast tumor microenvironment augments tumor growth
2025-Dec-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8148605/v1
PMID:41377951
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研究论文 | 该研究发现C型凝集素受体CD301b是乳腺肿瘤微环境中免疫活性的调节因子，其通过髓系-肿瘤相互作用促进肿瘤生长 | 首次鉴定CD301b（由CLEC10A编码）作为乳腺肿瘤微环境中免疫活性的调节因子，揭示了肿瘤糖基化与髓系细胞凝集素信号之间的联系 | 研究主要基于小鼠三阴性乳腺癌模型，人类乳腺癌数据仅限于单细胞RNA测序分析，缺乏直接的功能验证实验 | 探究肿瘤糖基化与凝集素信号在乳腺肿瘤微环境中的相互作用及其对肿瘤进展的影响 | 小鼠三阴性乳腺癌模型和人类乳腺癌样本 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2026-09-20 |
Multiomic analysis of CCNE1 amplification associated molecular and immune features in gynecological cancers
2025-Dec-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-04032-7
PMID:41331376
|
研究论文 | 本文利用大规模多组学数据分析了妇科癌症中CCNE1扩增的基因组和细胞特征，并评估其在患者分层和治疗靶向中的意义 | 整合了来自cBioPortal的12,845例妇科癌症患者的基因组和转录组数据，并结合单细胞RNA测序和空间转录组数据，系统揭示了CCNE1扩增与上皮特异性表达及免疫排斥的关联 | 摘要中未明确说明研究的局限性 | 阐明CCNE1扩增在妇科癌症中的基因组和细胞特征，并评估其作为患者分层和治疗靶向标志物的潜力 | 12,845例妇科癌症患者（包括卵巢癌、子宫内膜癌和宫颈癌）的基因组和转录组数据，以及宫颈、子宫内膜和卵巢肿瘤的单细胞RNA测序和空间转录组数据 | 数字病理学、机器学习 | 卵巢癌、子宫内膜癌、宫颈癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因组数据、转录组数据、图像 | 12,845例妇科癌症患者 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 69 | 2026-09-20 |
Promoting astrocyte-neuron triiodothyronine shuttling attenuates brain damage in neonatal hypoxic-ischemic encephalopathy
2025-Dec-02, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03641-x
PMID:41331484
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研究论文 | 该研究通过新生大鼠缺氧缺血性脑损伤模型和全脑单细胞RNA测序，揭示了星形胶质细胞与神经元之间的转录耦合，并发现Dio2⁺Slc1a2⁺星形胶质细胞亚群在损伤后显著减少，补充T3可促进神经修复并改善行为 | 首次定义了具有代谢和神经保护特征的Dio2⁺Slc1a2⁺星形胶质细胞亚群，揭示了HIE中星形胶质细胞炎症反应的时间异质性，并阐明了T3介导的星形胶质细胞-神经元串扰机制 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究星形胶质细胞-神经元串扰信号在新生儿缺氧缺血性脑病中的保护作用及治疗潜力 | 出生后第7天大鼠幼崽的缺氧缺血性脑损伤模型及氧糖剥夺条件下的星形胶质细胞 | 数字病理学 | 新生儿缺氧缺血性脑病 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 多重免疫荧光, ELISA, Western blotting | NA | 图像, 文本 | 出生后第10天的大鼠全脑组织及氧糖剥夺处理的星形胶质细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 70 | 2026-09-20 |
Single-cell transcriptomics of human organoid-derived enteroendocrine cell populations from the small intestine
2025-12, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP287463
PMID:39639676
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研究论文 | 利用CRISPR-Cas9标记的人小肠类器官结合单细胞RNA测序，绘制了人十二指肠和回肠肠内分泌细胞的转录组图谱，揭示了不同肠内分泌细胞亚型的激素、营养感知、转录因子和胞吐机制的差异表达 | 首次利用CRISPR-Cas9在人类肠道类器官中敲入CHGA-Venus荧光报告基因，并通过流式细胞术纯化人肠内分泌细胞后进行10x单细胞RNA测序，克服了肠内分泌细胞仅占肠上皮约1%而在现有单细胞图谱中代表性不足的问题，构建了人肠内分泌细胞类器官图谱 | 研究基于体外类器官模型，可能无法完全反映体内肠内分泌细胞的真实生理状态和微环境；样本来源仅包括十二指肠和回肠，未涵盖肠道其他区段 | 绘制人小肠肠内分泌细胞的单细胞转录组图谱，表征不同肠内分泌细胞亚型的分子特征，以促进靶向肠内分泌轴的药物开发 | 人十二指肠和回肠活检组织来源的肠道类器官及其中CHGA-Venus阳性的肠内分泌细胞 | 单细胞转录组学 | 2型糖尿病、肥胖 | CRISPR-Cas9基因编辑、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自人十二指肠和回肠的类器官样本（具体数量未在摘要中明确说明） | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x单细胞RNA测序 |
| 71 | 2026-09-20 |
STING agonists drive recruitment and intrinsic type I interferon responses in monocytic lineage cells for optimal anti-tumor immunity
2025-Dec-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf131
PMID:40633091
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研究论文 | 本文研究了单核细胞谱系细胞在STING激动剂诱导的I型干扰素信号应答中的作用，揭示了其在抗肿瘤免疫中的关键机制 | 揭示了STING激动剂治疗诱导单核细胞谱系细胞以CCR5依赖性方式从肿瘤迁移至淋巴结并携带肿瘤抗原，通过单细胞RNA测序发现STING激动剂诱导单核细胞谱系细胞内在的IFNAR1依赖性炎症性单核细胞表型获得，且该表型不同于炎症性经典树突状细胞，同时发现IL-18-IL-18R1是单核细胞谱系细胞与CD8+ T细胞或自然杀伤细胞之间最显著的预测相互作用 | 研究主要基于小鼠肿瘤模型（MC38和B16F10），尚未在人类临床样本中验证，且对单核细胞谱系细胞亚群的异质性及其在人类肿瘤微环境中的具体作用机制仍需进一步探索 | 探究单核细胞谱系细胞在STING激动剂诱导的I型干扰素信号传导及抗肿瘤免疫应答中的作用机制 | 小鼠肿瘤模型（MC38结肠癌和B16F10黑色素瘤）中的单核细胞谱系细胞、CD8+ T细胞和自然杀伤细胞 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 小鼠淋巴结和肿瘤组织中的CD45+细胞，具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 72 | 2026-09-20 |
Spatial Cross-talk Modeling of the Tumor Microenvironment Identifies CCR5-Mediated Glia-to-Glia Signaling as a Key Regulator of Brain Metastatic Progression
2025-12-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0237
PMID:40960488
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研究论文 | 该研究通过RNA测序、空间转录组学和细胞间通讯分析，揭示了脑转移瘤微环境中胶质细胞间的通讯机制，并发现CCR5介导的信号通路可作为治疗靶点 | 首次在脑转移瘤进展不同阶段对星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞进行RNA测序，结合空间转录组学鉴定出CCL4-CCR5等新的胶质细胞间通讯配体-受体对，并证明maraviroc可通过调节胶质细胞通讯而非直接杀伤肿瘤细胞来抑制脑转移 | 摘要中未明确提及样本量、具体测序平台和详细实验设计，临床转化仍需进一步验证 | 研究脑转移瘤微环境中胶质细胞与肿瘤细胞以及胶质细胞之间的信号通讯机制，并探索靶向胶质细胞通讯的治疗策略 | 脑转移瘤微环境中的星形胶质细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞及肿瘤细胞 | 空间转录组学、肿瘤微环境、细胞间通讯分析 | 脑转移瘤 | RNA测序、空间转录组学、细胞间通讯分析 | NA | RNA测序数据、空间转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 73 | 2026-09-20 |
Multi-omic profiling reveals age-related immune dynamics in healthy adults
2025-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09686-5
PMID:41162704
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研究论文 | 该研究通过对300多名健康成人进行单细胞RNA测序、蛋白质组学和流式细胞术分析，并结合96名成人2年的纵向流感疫苗接种随访，揭示了年龄相关的免疫动态变化。 | 构建了包含超过1600万个外周血单核细胞和71个免疫细胞亚群的人类免疫健康图谱，发现了与年龄相关的T细胞亚群非线性转录重编程，且该重编程不依赖于系统性炎症或慢性巨细胞病毒感染，并揭示了记忆T细胞中T辅助2细胞偏向与B细胞应答失调的关联。 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 更好地理解免疫随年龄变化的进程，并探索免疫细胞组成和状态如何随年龄、慢性病毒感染和疫苗接种而改变。 | 超过300名健康成人（25至90岁），其中96名成人进行了为期2年的纵向流感疫苗接种随访。 | 免疫学、单细胞组学 | 流感、巨细胞病毒感染、免疫衰老 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据、流式细胞术数据 | 超过300名健康成人的外周血单核细胞，共超过1600万个细胞；96名成人纵向随访2年 | NA | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、流式细胞术 | NA | NA |
| 74 | 2026-09-20 |
Distinct senotypes in p16- and p21-positive cells across human and mouse aging tissues
2025-Dec, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00601-2
PMID:41162753
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研究论文 | 通过对小鼠和人类衰老过程中多个单细胞RNA测序数据集进行综合分析，揭示了p16和p21阳性细胞在衰老过程中的异质性 | 首次系统性地在体内跨物种、跨组织比较了p16和p21阳性衰老细胞的转录组特征，发现二者很少共表达且具有独立的轨迹动态，并鉴定了有限的核心SASP因子 | 研究基于已有单细胞RNA测序数据的再分析，受限于原始数据的质量和覆盖面，且主要基于转录组层面，缺乏蛋白质水平的验证 | 全面探究p21和p16在体内作为细胞衰老标志物的各自角色及其异质性 | 小鼠和人类多种衰老组织中的p16阳性细胞和p21阳性细胞 | 机器学习 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 75 | 2026-09-20 |
Non-cell-autonomous control of mouse gastruloid development by the ultra-conserved lncRNA T-UCstem1
2025-Dec, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00558-2
PMID:41174250
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研究论文 | 本研究探讨了超保守lncRNA T-UCstem1在小鼠类原肠胚发育和前后轴延伸中的功能，结合形态学、免疫荧光成像及批量与单细胞转录组学分析 | 首次揭示超保守lncRNA T-UCstem1通过非细胞自主方式调控DKK1依赖的WNT通路，影响类原肠胚发育和细胞身份建立，并证明类原肠胚是研究早期发育中lncRNA功能的理想模型 | 研究基于小鼠类原肠胚体外模型，可能无法完全反映体内胚胎发育的复杂性；未在体内胚胎中验证T-UCstem1的功能 | 探究超保守lncRNA T-UCstem1在哺乳动物体轴形成和早期胚胎发育中的作用 | 小鼠类原肠胚 | 机器学习 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 76 | 2026-09-20 |
Benchmarking porcine pancreatic ductal organoids for drug screening applications
2025-12, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-025-00330-3
PMID:41188536
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研究论文 | 该研究建立了猪胰腺导管类器官（PPDO）并将其与人类胰腺导管类器官（HPDO）及原代猪胰腺进行基准测试，用于药物筛选应用 | 建立了猪胰腺导管类器官（PPDO）作为可靠、遗传定义明确且易获取的模型系统，通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析与人类类器官进行基准测试，并用于FDA批准药物的化学筛选平台 | PPDO向成熟导管细胞的分化潜能有限，向内分泌谱系的分化潜能更有限，且未提及样本量等具体细节 | 建立并基准测试猪胰腺导管类器官作为胰腺生物学和疾病建模及药物筛选的平台 | 猪胰腺导管类器官（PPDO）、人类胰腺导管类器官（HPDO）和原代猪胰腺 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学分析 | 类器官模型 | 图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2026-09-20 |
TMPRSS11B promotes an acidified microenvironment and immune suppression in squamous lung cancer
2025-12, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-025-00631-1
PMID:41214366
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研究论文 | 该研究揭示了跨膜丝氨酸蛋白酶TMPRSS11B通过促进肺鳞癌微环境酸化和免疫抑制来推动肿瘤进展，并提名其作为潜在治疗靶点 | 首次发现TMPRSS11B在肺鳞癌中促进肿瘤微环境酸化并富集免疫抑制性M2型巨噬细胞，利用超pH敏感纳米颗粒成像和空间转录组学揭示了TMPRSS11B表达富集于Krt13丘状样细胞 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 评估TMPRSS11B活性对宿主免疫系统和肿瘤微环境的影响，探索其作为肺鳞癌治疗靶点的潜力 | 肺鳞癌细胞、免疫健全小鼠模型、Rosa26-Sox2-Ires-Gfp; Nkx2-1; Lkb1 (SNL)自发性肺癌模型 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA FISH、空间转录组学、超pH敏感纳米颗粒成像、代谢物分析 | NA | 图像、文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 78 | 2026-09-20 |
Single-cell RNA sequencing reveals immune cell alterations in patients with allergic rhinitis treated with Peiyuan Tong-qiao decoction
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102325
PMID:41323806
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序分析培元通窍汤治疗过敏性鼻炎患者前后外周血单核细胞的免疫细胞变化 | 首次利用单细胞RNA测序揭示培元通窍汤治疗过敏性鼻炎的免疫细胞改变机制，发现CD14单核细胞与中央记忆CD4 T细胞和过渡性B细胞之间的通讯强度变化，以及转录因子VDR和RUNX3调节Th1/Th2平衡 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探索中药培元通窍汤治疗过敏性鼻炎的有效机制 | 过敏性鼻炎患者的外周血单核细胞 | 机器学习 | 过敏性鼻炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 未明确说明样本数量，涉及过敏性鼻炎患者治疗前后的外周血单核细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 79 | 2026-09-20 |
A scheduler for rhythmic gene expression
2025-Dec, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-025-00155-9
PMID:41073798
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研究论文 | 该研究利用秀丽隐杆线虫蜕皮时钟作为模型，通过单细胞RNA测序和时间分辨ATAC测序，揭示了振荡器如何调度数千个基因的有序表达，并开发了一个基于转录因子结合的线性模型来预测染色质动态 | 开发了一个基于超过200个转录因子结合的线性模型，能够预测染色质动态，并识别出9个关键调控因子，这些因子通过加性效应决定每个调控元件的峰值相位和振幅，还能通过破坏性干涉产生组成型非节律活性 | 研究主要基于秀丽隐杆线虫模型，其结论在其它生物系统中的普适性尚需进一步验证，且模型预测的准确性可能受限于已知转录因子结合数据的完整性 | 探究振荡器如何调度数千个基因的有序表达，并理解组合性、非协同的转录因子结合如何安排复杂的基因表达模式 | 秀丽隐杆线虫的蜕皮时钟 | 机器学习, 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC测序 | 线性模型 | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 80 | 2026-09-20 |
Integration of single-cell and RNA-seq analysis reveals sepsis heterogeneity and prognostic significance of FCGR3A+ Macrophage subtypes
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102352
PMID:41332909
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研究论文 | 该研究整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，分析脓毒症免疫微环境异质性并构建预后模型 | 首次整合53个样本的单细胞RNA测序数据和479例脓毒症患者的批量转录组数据，鉴定出促炎性FCGR3A+巨噬细胞亚群在脓毒症预后中的关键作用，并构建了基于13个关键基因的预后模型 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 分析脓毒症免疫微环境异质性并开发预后特征 | 脓毒症患者样本 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | scVI, BayesPrism, StepCox + Ridge | 基因表达数据 | 53个单细胞RNA测序样本和479例脓毒症患者的批量转录组数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |