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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-04-12 |
YAP-Induced Glycolysis Drives Fibroinflammation and Disrupts Fibroblast Fidelity
2025-Dec-05, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326480
PMID:41165345
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研究论文 | 本研究揭示了Hippo/YAP通路在心脏成纤维细胞中通过诱导糖酵解驱动纤维炎症并破坏成纤维细胞谱系保真度的机制 | 首次发现右心房成纤维细胞比其他心腔的成纤维细胞具有更高的糖酵解活性和YAP活性,并阐明了YAP通过激活糖酵解、诱导巨噬细胞扩增和IGF1信号通路,驱动成纤维细胞向骨软骨祖细胞状态分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,在人类心脏疾病中的直接验证尚需进一步研究 | 探究心脏不同腔室成纤维细胞转录组和代谢差异的机制及其在纤维炎症中的功能意义 | 心脏成纤维细胞、巨噬细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序、单核ATAC测序、空间转录组学、代谢研究 | NA | 单细胞转录组数据、表观基因组数据、空间转录组数据、代谢数据 | 人类单核RNA测序数据、小鼠心房组织 | NA | 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 62 | 2026-04-11 |
Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models
2025-12-31, Biostatistics (Oxford, England)
DOI:10.1093/biostatistics/kxaf024
PMID:40795862
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研究论文 | 本文开发了一种名为scGBM的新方法,用于单细胞RNA-seq数据的模型降维,以解决标准方法可能引入虚假异质性和掩盖真实生物变异的问题 | 提出基于泊松双线性模型的scGBM方法,通过快速估计算法实现大规模数据集的可扩展性,并量化细胞潜在位置的不确定性以评估聚类置信度 | 未明确提及具体局限性,但暗示现有直接建模方法在计算上难以处理大型数据集且不量化低维表示的不确定性 | 开发一种模型降维方法,以更好地捕获单细胞RNA-seq数据中的生物信息并去除不需要的变异 | 单细胞RNA-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 泊松双线性模型 | 计数矩阵 | 数百万个细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2026-04-11 |
The cell-type-specific genetic architecture of chronic pain in brain and dorsal root ganglia
2025-Dec-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI197583
PMID:41055971
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研究论文 | 本研究通过整合慢性疼痛的GWAS数据与人类大脑、背根神经节的单细胞RNA-Seq数据,以及人类大脑和小鼠背角的单细胞染色质可及性数据,揭示了慢性疼痛在脑和外周神经系统中的细胞类型特异性遗传结构 | 首次系统性地整合了GWAS与单细胞多组学数据,识别了慢性疼痛相关遗传变异在特定神经元亚型(如谷氨酸能神经元和hPEP.TRPV1/A1.2神经元)中的富集,并揭示了中枢与外周神经系统中细胞类型特异性的遗传机制 | 研究主要基于关联分析,未进行功能验证实验;数据来源包括小鼠模型,可能不完全反映人类生物学;样本量在单细胞分析中可能有限 | 阐明慢性疼痛的细胞类型特异性遗传结构,为靶向转化研究提供基础 | 人类大脑、背根神经节(hDRG)、小鼠背角组织 | 生物信息学 | 慢性疼痛 | GWAS, 单细胞RNA-Seq, 单细胞染色质可及性分析 | NA | 基因组关联数据, 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 64 | 2026-04-11 |
Promoting astrocyte-neuron triiodothyronine shuttling attenuates brain damage in neonatal hypoxic-ischemic encephalopathy
2025-Dec-02, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03641-x
PMID:41331484
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析,揭示了新生儿缺氧缺血性脑病中星形胶质细胞与神经元之间的转录耦合,并发现了一个具有神经保护特性的Dio2⁺Slc1a2⁺星形胶质细胞亚群,其耗损与疾病相关,而增强该亚群或外源性T3递送可促进神经修复并改善行为功能 | 首次在全脑单细胞转录组水平上识别并功能表征了HIE中一个具有代谢和神经保护特征的Dio2⁺Slc1a2⁺星形胶质细胞亚群,揭示了其耗损动态及T3介导的星形胶质细胞-神经元交互机制作为治疗靶点 | 研究基于大鼠模型,结果向人类临床转化的有效性需进一步验证;单细胞测序和蛋白质组学分析可能受技术偏差影响;长期治疗效果和潜在副作用需更深入评估 | 探索新生儿缺氧缺血性脑病的病理机制,并寻找基于星形胶质细胞-神经元交互的治疗策略 | 出生后第7天的大鼠幼崽(通过Rice-Vannucci模型诱导缺氧缺血性脑损伤),以及体外氧糖剥夺处理的星形胶质细胞 | 神经科学 | 新生儿缺氧缺血性脑病 | 单细胞RNA测序,蛋白质组学分析,多重免疫荧光,ELISA,Western blotting,激光散斑对比成像,组织病理学,Morris水迷宫测试 | NA | 转录组数据,蛋白质组数据,图像数据,行为数据 | 大鼠幼崽模型及体外细胞样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 65 | 2026-04-11 |
Quantum annealing for enhanced feature selection in single-cell RNA sequencing data analysis
2025-Dec, Quantum machine intelligence
IF:4.1Q2
DOI:10.1007/s42484-025-00312-1
PMID:41884061
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研究论文 | 本研究探索了量子退火在单细胞RNA测序数据特征选择中的应用,以识别与细胞分化和抗癌药物耐药性相关的关键基因 | 首次将量子退火赋能的二次无约束二进制优化方法应用于单细胞RNA测序数据的特征选择,能够揭示传统方法可能遗漏的复杂基因表达模式 | 未明确说明量子退火与传统方法在计算效率或准确性方面的量化比较,也未讨论该方法在其他类型单细胞数据中的适用性 | 开发一种基于量子退火的增强型特征选择方法,以改进单细胞RNA测序数据的分析和解释 | 人类细胞分化系统和抗癌药物耐药性研究中的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 量子退火赋能的二次无约束二进制优化 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 66 | 2026-04-10 |
Decoding anoikis-related genes in lung adenocarcinoma brainmetastasis via single-cell RNA sequencing: CD44-mediated functions
2025-Dec-26, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-15485-y
PMID:41454310
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析肺腺癌脑转移中失巢凋亡相关基因的作用,重点关注CD44的功能 | 首次在单细胞水平上系统解码肺腺癌脑转移中失巢凋亡相关基因的功能,并构建了基于CD44等关键基因的预后模型 | 样本量相对较小(仅6个肺癌和6个脑转移样本),且主要基于生物信息学分析,实验验证部分有限 | 探究失巢凋亡相关基因在肺腺癌脑转移进展中的作用机制 | 肺腺癌原发肿瘤和脑转移组织样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 预后模型 | 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据, 临床样本数据 | 6个肺癌样本和6个脑转移样本(来自单细胞RNA测序数据集),外加临床验证样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 67 | 2026-04-10 |
Reversing lysosomal dysfunction restores youthful state in aged hematopoietic stem cells
2025-Dec-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.10.012
PMID:41289991
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研究论文 | 本研究揭示了溶酶体功能障碍是造血干细胞衰老的关键驱动因素,通过抑制溶酶体过度活化可恢复老年造血干细胞的年轻状态 | 首次发现老年造血干细胞中溶酶体呈现过度酸化、耗竭、损伤和异常激活状态,并证明通过抑制v-ATPase逆转溶酶体功能障碍可显著恢复造血干细胞的再生能力 | 研究主要在体外和小鼠模型中进行,尚未在人体临床试验中验证 | 探究溶酶体在造血干细胞衰老中的作用机制,并寻找恢复老年造血干细胞功能的干预策略 | 老年造血干细胞 | 干细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞转录组学、功能分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 68 | 2026-04-10 |
Standardized metrics for assessment and reproducibility of imaging-based spatial transcriptomics datasets
2025-Dec-03, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02811-9
PMID:41339526
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研究论文 | 本研究通过生成Spatial Touchstone数据集,评估了Xenium和CosMx平台在成像空间转录组学中的标准化指标,并开发了SpatialQM软件以促进数据评估和整合 | 首次提出了标准化指标和操作程序(STSOPs)以及开源软件SpatialQM,用于评估成像空间转录组学技术的可重复性和性能,并建立了多组学数据整合的最佳实践 | 研究仅评估了Xenium和CosMx两个平台,可能未覆盖所有成像空间转录组学技术;样本来源和数量(254个空间谱)可能限制通用性 | 评估成像空间转录组学技术的标准化指标,提高数据可重复性和跨平台比较能力 | 六种组织类型的空间转录组学数据,使用Xenium和CosMx平台进行分析 | 空间转录组学 | NA | 成像空间转录组学,原位杂交技术 | NA | 空间转录组学数据,图像数据 | 254个空间谱,涵盖六种组织类型 | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学,单细胞分析 | Xenium, CosMx | Xenium和CosMx平台用于成像空间转录组学分析,具有不同的化学方法 |
| 69 | 2026-04-09 |
Selective Activation of Na V 1.3 Restores Lymphatic Contractility in Age and Injury
2025-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.15.694435
PMID:41446152
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研究论文 | 本文研究了NaV 1.3通道在成年淋巴肌肉中的选择性表达及其在恢复老龄和辐射损伤中淋巴收缩功能的作用 | 首次发现NaV 1.3在成年淋巴肌肉中特异性表达,并证明其选择性激活可恢复老龄和损伤后的淋巴泵功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据有限,且Tf2在辐射损伤中的恢复效果仅为部分 | 探索NaV 1.3在淋巴肌肉生理中的作用,并测试其激活是否可改善老龄和辐射损伤中的淋巴泵功能 | 小鼠和人类淋巴管、淋巴肌肉细胞 | 生物医学研究 | 淋巴功能障碍 | 单细胞RNA测序、免疫染色、体内荧光淋巴造影、生物发光测定 | NA | 基因表达数据、图像数据、生理测量数据 | 年轻、老龄和辐射损伤小鼠,以及人类淋巴管样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 70 | 2026-04-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies Accumulation of Fcgr2b + Virtual Memory-Like CD8 T Cells With Cytotoxic and Inflammatory Potential in Aged Mouse White Adipose Tissue
2025-Dec, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70278
PMID:41116748
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序,揭示了老年小鼠白色脂肪组织中Fcgr2b+虚拟记忆样CD8 T细胞的积累及其细胞毒性和炎症潜力 | 首次在老年小鼠白色脂肪组织中鉴定出Fcgr2b+CD49d-虚拟记忆样CD8 T细胞,并证明其具有细胞毒性和促炎功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性尚需验证;样本量相对有限 | 比较生理衰老与高脂饮食诱导肥胖对白色脂肪组织免疫细胞组成的影响,以识别不同的调控靶点 | 年轻和老年小鼠的性腺白色脂肪组织基质血管组分中的免疫细胞 | 单细胞组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,功能分析 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 来自年轻正常饮食、年轻高脂饮食和老年正常饮食小鼠的性腺白色脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2026-04-04 |
Sclerotic GVHD and scleroderma share dysregulated gene expression that is ameliorated by EREG therapeutic antibody
2025-Dec-25, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025029836
PMID:40961242
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研究论文 | 本研究开发了一种全人源抗EREG中和抗体,用于治疗硬皮病和硬化性移植物抗宿主病,通过单细胞转录组学和空间转录组学分析揭示了其抗纤维化机制 | 首次开发了高亲和力和特异性的全人源抗EREG中和抗体,并发现其通过抑制EREG驱动的TNC产生,减少炎症和纤维化生物标志物 | 研究样本量有限,且主要基于小鼠模型和患者皮肤外植体,需要进一步临床试验验证 | 研究抗EREG抗体在治疗免疫驱动的纤维化皮肤疾病(如硬皮病和硬化性GVHD)中的疗效和机制 | 硬皮病(系统性硬化症)、局限性硬皮病(硬斑病)和硬化性移植物抗宿主病患者的皮肤组织 | 数字病理学 | 硬皮病 | 单细胞转录组学,空间转录组学 | NA | 转录组数据,蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 72 | 2026-04-04 |
Hybrid identity and distinct methylation profiles of incomplete intestinal metaplasia in the stomach
2025-Dec-05, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-335793
PMID:40691053
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学、DNA甲基化分析和单细胞RNA测序,揭示了胃不完全肠化生的分子特征及其与胃癌的关联 | 首次使用空间转录组学结合定制谱系富集面板,揭示了不完全肠化生的混合谱系特征及其与胃癌的分子相似性 | 样本量有限,且主要基于组织样本和类器官模型,需要进一步在更大队列中验证 | 阐明不完全肠化生的分子身份、分化潜能和致癌相关性 | 胃肠化生组织和胃癌组织 | 空间转录组学 | 胃癌 | 空间转录组学, DNA甲基化分析, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 甲基化数据, 染色质可及性数据 | 未明确指定样本数量,但包括GIM和GC组织样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 定制谱系富集面板用于空间转录组学分析 |
| 73 | 2026-04-04 |
NOTCH3 drives fatty acid oxidation and ferroptosis resistance in aggressive meningiomas
2025-Dec, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-025-05208-5
PMID:40924320
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研究论文 | 本研究揭示了NOTCH3在侵袭性脑膜瘤中通过驱动脂肪酸氧化和铁死亡抵抗来促进肿瘤恶性行为的机制 | 首次在脑膜瘤中探索了NOTCH3激活的代谢表型,并建立了NOTCH3信号传导、脂质代谢重编程和铁死亡逃逸之间的联系 | 研究主要基于细胞系模型,需要进一步在体内模型和临床样本中验证 | 探究NOTCH3在侵袭性脑膜瘤中的代谢作用及其与铁死亡抵抗的关系 | 人类脑膜瘤细胞系(包括CH157-MN细胞模型)和患者来源的原代脑膜瘤细胞系 | 单细胞组学 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序,非靶向代谢组学,脂质组学,bulk RNA测序,功能性代谢测定 | NA | 单细胞RNA测序数据,代谢组学数据,脂质组学数据,bulk RNA测序数据 | 未明确指定样本数量,但涉及NOTCH3+人类脑膜瘤细胞系和患者来源的原代脑膜瘤细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 74 | 2026-04-01 |
Lactylated histone H4K8 regulation of MFN2/Wnt signaling integrates glycolytic metabolism and Müller cell activation in the pathogenesis of glaucoma
2025-12, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.107178
PMID:41197676
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白H4K8乳酸化通过调控MFN2/Wnt信号通路,整合糖酵解代谢与Müller细胞活化,在青光眼发病机制中的作用 | 首次发现乳酸化组蛋白H4K8在青光眼视网膜中特异性富集于MFN2启动子区,并揭示了一个连接线粒体动力学与Wnt/β-catenin信号通路的乳酸响应性表观遗传回路 | 研究主要基于动物模型和体外实验,尚未在人类患者中进行验证;MFN2作为治疗靶点的具体干预策略和安全性有待进一步探索 | 探究青光眼发病过程中代谢压力、表观遗传调控与神经胶质-神经元相互作用的分子机制 | 青光眼视网膜组织、Müller胶质细胞、视网膜神经节细胞、光感受器细胞 | 表观遗传学与代谢神经科学 | 青光眼 | CUT&Tag全基因组分析、单细胞RNA测序、体内实验 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 75 | 2026-03-30 |
Microbiota shape the colon epithelium controlling inter-crypt absorptive goblet cells via butyrate-GP R109A signalling
2025-Dec-31, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2573045
PMID:41208257
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学等方法,揭示了肠道微生物通过丁酸-GPR109A信号通路调控结肠上皮中具有吸收和分泌特征的非常规杯状细胞,从而影响结肠上皮细胞组成和功能 | 首次发现微生物通过丁酸及其受体GPR109A调控结肠隐窝间吸收性杯状细胞,揭示了微生物驱动上皮可塑性的新机制 | NA | 探究微生物来源信号如何影响结肠上皮细胞身份和功能 | 结肠上皮细胞,特别是非常规隐窝间杯状细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学,抗生素介导的微生物耗竭,无菌小鼠,小鼠定植实验 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 76 | 2026-03-30 |
RAB25 modulates pit cell commitment by coordinating transforming growth factor-alpha secretion from gastric epithelial cells
2025-Dec-09, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-08316-2
PMID:41365858
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研究论文 | 本文探讨了RAB25通过协调胃上皮细胞分泌转化生长因子-α来调控胃小凹细胞命运决定的作用 | 首次揭示RAB25在胃环境中通过调节TGFA分泌来维持正常谱系决定的生理功能,并关联到人类Ménétrier's疾病 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类疾病关联性证据尚有限 | 探究胃中EGFR配体来源及其调控机制,以理解谱系决定的分子基础 | 胃上皮细胞、小鼠模型、人类Ménétrier's疾病样本 | 单细胞生物学 | 胃疾病 | 单细胞RNA测序、小鼠原代细胞培养 | NA | 单细胞RNA测序数据、组织样本 | 未明确指定样本数量,涉及小鼠模型和人类疾病样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 77 | 2026-03-28 |
Protocol for decoding immune predictors of response to immunotherapy through pan-cancer multiomics analysis
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104183
PMID:41187056
|
研究论文 | 本文提出了一种通过单细胞RNA测序、单细胞免疫分析和质谱流式细胞术分析多种癌症中T细胞动态的方案 | 整合了单细胞多组学技术和基因调控网络分析,以识别与免疫检查点阻断反应相关的T细胞亚群和预测性生物标志物 | NA | 解码免疫治疗响应的免疫预测因子 | 多种癌症中的T细胞 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞免疫分析, 质谱流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 免疫分析数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 78 | 2026-03-28 |
Protocol for preparation of mouse synovium for flow cytometry and RNA-seq
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104207
PMID:41236928
|
研究论文 | 本文介绍了一种从小鼠滑膜制备单细胞悬浮液用于流式细胞术和RNA-seq分析的实验方案 | 该方案整合了关节炎诱导、细胞收获和单细胞悬浮液制备,支持稳态或炎症状态下的分析,并可选血管内标记 | NA | 开发一种标准化的小鼠滑膜单细胞悬浮液制备方法,以模拟类风湿关节炎和骨关节炎中的无菌炎症 | 小鼠滑膜组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA-seq | NA | 单细胞悬浮液 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2026-03-28 |
Protocol to analyze changes in hippocampal neural stem cell quiescence from single-cell RNA sequencing data
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104226
PMID:41289073
|
研究论文 | 本文介绍了一种通过计算分析单细胞RNA测序数据来分离小鼠海马神经干细胞并评估扰动对静息深度影响的协议 | 提出了一种计算协议,通过顺序重聚类、伪时间轨迹分析和统计检验来区分静息神经干细胞与星形胶质细胞,以及增殖神经干细胞与祖细胞,解决了现有挑战 | 协议依赖于单细胞RNA测序数据,可能受数据质量和测序深度限制,且仅针对小鼠海马神经干细胞,未验证于其他组织或物种 | 开发一种计算协议来分析小鼠海马神经干细胞静息状态的变化 | 小鼠海马神经干细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2026-03-28 |
Transformer and graph variational autoencoder to identify microenvironments: A deep learning protocol for spatial transcriptomics
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104206
PMID:41313684
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研究论文 | 本文提出了一个结合Transformer和图变分自编码器的计算框架TG-ME,用于通过空间转录组学和形态学图像识别微环境 | 创新性地整合了Transformer和图变分自编码器,以深度学习方式解析空间生态位,适用于健康、肿瘤和感染组织 | NA | 开发一个计算框架来识别和分析组织中的微环境 | 空间转录组学和形态学图像数据 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | Transformer, 图变分自编码器 | 空间转录组数据, 形态学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |