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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 761 | 2025-12-20 |
SP140 limits type I interferon-driven pathology, preserving T cell motility and promoting resistance in tuberculosis
2025-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.05.692491
PMID:41415425
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型探究SP140在结核病中如何通过限制I型干扰素信号通路来维持T细胞免疫和宿主抵抗力 | 首次揭示SP140通过抑制I型干扰素驱动的病理过程来保护T细胞功能和运动性,从而促进结核病抵抗力 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需验证 | 探究结核病易感宿主中CD8⁺ T细胞反应的差异及SP140的作用机制 | 感染结核分枝杆菌的小鼠模型,特别是缺乏SP140转录抑制因子的小鼠 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序,活体显微镜成像 | NA | 基因表达数据,影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 762 | 2025-12-20 |
Senescence-Linked Fibrosis in the Aging Human Ovary Revealed by p16-Based Histological Profiling and Spatial Transcriptomics
2025-Dec-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.03.692228
PMID:41415409
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研究论文 | 本研究通过p16蛋白表达、空间转录组学和AI引导的数字病理学,揭示了人类绝经后卵巢中衰老细胞的空间分布及其与纤维化的关联 | 首次结合p16免疫组化、多重免疫荧光、空间转录组学和AI分析,系统绘制了绝经后卵巢衰老细胞的空间微环境,并识别出与p16阳性区域相关的32基因特征BuckSenOvary | 研究主要基于绝经后卵巢样本,可能未全面涵盖卵巢衰老的早期阶段;样本数量有限,需进一步验证 | 探究人类绝经后卵巢中衰老细胞的空间分布、特征及其与纤维化的关系,以识别潜在的治疗靶点 | 人类绝经后卵巢组织 | 数字病理学 | 老年疾病 | p16免疫组化、多重免疫荧光、空间转录组学、AI引导的数字病理学 | AI | 图像、空间转录组数据 | 92个空间区域 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 763 | 2025-12-20 |
A deep generative model for deciphering cellular dynamics and in silico drug discovery in complex diseases
2025-Dec, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-025-01423-7
PMID:40542107
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研究论文 | 本研究介绍了一种名为UNAGI的深度生成神经网络,用于分析时间序列单细胞转录组数据,以解析疾病进展中的复杂细胞动态并辅助计算机药物发现 | 开发了首个专门针对时间序列单细胞转录组数据的深度生成模型,能够学习疾病相关的细胞嵌入表示,并用于精准的药物扰动建模和筛选 | 论文未明确说明模型在其他疾病类型中的验证范围和局限性,也未详细讨论计算资源需求或模型可扩展性 | 开发计算工具以深入分析疾病进展的细胞动态,并实现靶向的计算机药物干预发现 | 特发性肺纤维化患者的单细胞转录组数据、COVID-19相关数据 | 机器学习 | 特发性肺纤维化 | 单细胞转录组测序 | 深度生成神经网络 | 时间序列单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 764 | 2025-12-20 |
MMP13-Expressing and COL11A1-Expressing Cancer-Associated Fibroblasts: Key Drivers of Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression and Prognostic Indicators
2025-Dec, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2025.104247
PMID:41005711
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别了食管鳞状细胞癌中三种关键的癌症相关成纤维细胞亚型,并揭示了其中MMP13和COL11A1表达的CAF亚型与不良预后及癌症进展的关联 | 首次报道了CAF亚型与食管鳞状细胞癌病理分期进展之间的关联,并识别出MMP13和COL11A1表达的myCAF亚型作为关键的预后指标 | 研究样本量有限,且主要关注晚期患者,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 探究癌症相关成纤维细胞在食管鳞状细胞癌进展中的作用及其预后价值 | 食管鳞状细胞癌患者组织样本 | 单细胞组学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序,RNA原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据,组织切片图像 | 未明确样本数量,但包括单细胞测序样本和手术切除标本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 765 | 2025-12-20 |
Andrias Davidianus Peptide Hydrogel Enables Sustained SR9011 Release to Promote Efferocytosis and Alleviate Colitis
2025-Dec, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202509049
PMID:41163542
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研究论文 | 本研究探讨了NR1D1在溃疡性结肠炎中的作用,并开发了一种基于大鲵肽水凝胶的NR1D1激动剂SR9011递送系统,以促进胞葬作用并缓解结肠炎 | 首次将NR1D1鉴定为溃疡性结肠炎中上皮细胞更新和胞葬作用的核心调节因子,并创新性地设计了一种结合大鲵肽的水凝胶用于靶向、持续肠道递送NR1D1激动剂SR9011 | 药代动力学分析仅限于结肠组织,未全面评估全身分布 | 研究NR1D1在溃疡性结肠炎发病机制中的作用,并开发基于水凝胶的NR1D1激活治疗策略 | 人类溃疡性结肠炎活检样本、小鼠结肠炎模型 | 生物医学工程 | 溃疡性结肠炎 | CUT&Tag分析、ChIP-qPCR、荧光素酶测定、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、染色质占据数据、单细胞转录组数据 | 人类UC活检样本和小鼠结肠炎模型(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 766 | 2025-12-20 |
Cell cycle-driven transcriptome maturation confers multilineage competence to cardiopharyngeal progenitors
2025-Dec, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00613-y
PMID:41184589
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研究论文 | 本研究揭示了多能心咽祖细胞在细胞周期驱动下通过转录组成熟获得多谱系能力的过程 | 结合转基因样本条形码与单细胞RNA测序技术,首次发现心咽祖细胞在G1、S和G2期转录组动态变化,并提出“转录组成熟”和“行为能力”新概念 | 研究基于海鞘模型,可能不直接适用于高等脊椎动物 | 探究发育过程中多能祖细胞如何通过细胞周期调控获得多谱系分化能力 | 海鞘(Ciona)的心咽祖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 767 | 2025-12-20 |
Single-cell profiling reveals three endothelial-to-hematopoietic transitions with divergent isoform expression landscapes
2025-Dec, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00740-z
PMID:41219569
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研究论文 | 本研究结合分化实验和全长单细胞转录组数据,揭示了卵黄囊和主动脉-性腺-中肾区域中三种不同的内皮向造血转化轨迹及其独特的异构体表达模式 | 首次在单细胞水平上识别并定位了三种不同的内皮向造血转化轨迹,并发现AGM区域造血内皮具有更高的异构体复杂性及特异性表达模式 | 研究主要基于转录组数据,功能验证和机制探索可能不足,且样本来源和数量有限 | 探究造血内皮中造血祖细胞与造血干细胞命运选择的机制 | 卵黄囊和主动脉-性腺-中肾区域的造血内皮细胞群体 | 单细胞转录组学 | NA | 全长单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 768 | 2025-12-20 |
Hydrogel-Wrapped Calendula officinalis L. extracellular vesicles - A novel approach to enhance fracture healing by Macrophage reprogramming
2025-Dec, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102592
PMID:41404424
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研究论文 | 本研究开发了一种包裹金盏花细胞外囊泡的ROS响应性水凝胶,用于通过巨噬细胞重编程促进骨折愈合 | 首次结合单细胞RNA测序、网络药理学和ROS响应性水凝胶技术,开发了具有巨噬细胞靶向功能的植物细胞外囊泡递送系统 | 未在摘要中明确说明 | 阐明骨折愈合过程中M1巨噬细胞极化的机制,并开发一种新型治疗策略 | 骨折愈合过程、巨噬细胞极化、植物细胞外囊泡 | 单细胞组学 | 骨折 | 单细胞RNA测序, 网络药理学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 769 | 2025-12-20 |
A reappraisal of type 2 cytokine-producing cells in atopic dermatitis: Spotlight on Tc2 cells
2025-Dec, Journal of dermatological science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.09.006
PMID:41073189
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综述 | 本文重新评估了特应性皮炎中产生2型细胞因子的细胞,特别关注Tc2细胞的作用 | 挑战了传统以Th2细胞为中心的范式,通过单细胞RNA测序数据分析提出Tc2细胞可能是IL-13的重要甚至主要来源 | NA | 重新评估特应性皮炎中2型细胞因子的细胞来源,特别是IL-13的产生细胞 | 特应性皮炎病变皮肤中的CD4⁺ Th2细胞和CD8⁺ Tc2细胞 | NA | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 770 | 2025-12-19 |
Target Fibroblast-B cell crosstalk via MIF signaling drives pathogenic B cell differentiation and joint damage in knee osteoarthritis
2025-Dec-17, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-025-02154-w
PMID:41407905
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了膝骨关节炎中成纤维细胞与B细胞通过MIF信号传导的相互作用,驱动致病性B细胞分化并导致关节损伤 | 首次在膝骨关节炎中系统描绘了B细胞的异质性,并发现了成纤维细胞通过MIF-(CD74+CXCR4/CD44)信号通路调控致病性DERL3+B细胞分化的新机制 | 研究样本量相对有限(9名健康对照和21名KOA患者),且小鼠模型可能无法完全模拟人类KOA的复杂病理过程 | 阐明膝骨关节炎中B细胞的异质性、活化机制及其对软骨损伤的贡献,并探索潜在的治疗靶点 | 人类膝骨关节炎患者的关节组织(包括软骨下骨和滑膜)以及ACLT+DMM诱导的小鼠KOA模型 | 单细胞组学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,Western blotting,体外共培养系统,伪时间轨迹分析,配体-受体相互作用图谱 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据,组织学图像数据 | 30例人类样本(9名健康对照,21名KOA患者)及小鼠KOA模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 771 | 2025-12-19 |
cGAS-STING pathway reprograms macrophage polarization and is highly expressed in responding tumors after neoadjuvant immunotherapy in head and neck carcinoma
2025-Dec-17, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2025209
PMID:41408831
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研究论文 | 本研究探讨了cGAS-STING通路在头颈鳞状细胞癌抗肿瘤免疫中的作用,并评估了STING激动剂的治疗潜力 | 首次系统性地结合临床数据分析、体外实验和单细胞RNA测序,揭示了STING激动剂MSA-2能够重编程肿瘤相关巨噬细胞向M1表型极化,并证实该通路在免疫治疗应答患者中高表达 | 研究主要基于体外细胞实验和回顾性临床数据分析,缺乏体内动物模型验证和前瞻性临床试验数据 | 评估cGAS-STING通路在头颈鳞状细胞癌抗肿瘤免疫中的功能作用及STING激动剂的治疗潜力 | 头颈鳞状细胞癌患者临床样本、TCGA-HNSC数据集、RAW 264.7巨噬细胞系 | 肿瘤免疫学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组化、细胞共培养 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组化图像 | TCGA-HNSC数据集、临床样本(数量未明确)、单细胞RNA测序数据来自接受新辅助免疫治疗的HNSCC患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 772 | 2025-12-19 |
Single-cell transcriptomic analysis highlights specific cell types manipulated by Fusarium head blight fungus leading to wheat susceptibility
2025-Dec-15, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.07.022
PMID:40845857
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序技术,分析了小麦胚芽鞘对适应性和非适应性镰刀菌感染的细胞类型特异性响应 | 首次应用单细胞RNA测序于小麦-真菌互作研究,揭示了不同细胞类型在非宿主抗性和易感性中的差异化免疫响应 | 研究仅关注了接种后1-3天的早期响应,未涵盖整个疾病进程;样本量虽大但限于特定时间点 | 探究小麦在适应性和非适应性镰刀菌感染下的细胞类型特异性转录组响应机制 | 小麦胚芽鞘细胞 | 植物病理学与单细胞组学 | 小麦赤霉病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 超过90,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 773 | 2025-12-19 |
scRepli-RamDA-seq: a multi-omics technology enabling the analysis of gene expression dynamics during S-phase
2025-Dec-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64688-1
PMID:41397953
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scRepli-RamDA-seq(scRR-seq)的新型单细胞多组学技术,该技术能够在同一单细胞中以单倍型特异性方式分析DNA复制谱和全长总RNA测序 | 首次开发出能够同时监测S期进展过程中基因表达动态的单细胞多组学方法,并可根据DNA复制数据确定细胞的S期阶段 | 未在摘要中明确说明 | 开发一种能够分析S期基因表达动态的单细胞多组学技术 | 单细胞 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞DNA复制谱分析、全长总RNA测序 | NA | DNA复制数据、RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 774 | 2025-12-19 |
ER-phagy and proteostasis defects prime pancreatic epithelial state changes in KRAS-mediated oncogenesis
2025-Dec-15, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.07.016
PMID:40816286
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研究论文 | 本文揭示了KRAS介导的胰腺癌发生中,ER-phagy缺陷和蛋白稳态失调如何驱动胰腺腺泡细胞的化生状态转变 | 发现KRAS激活导致ER-phagy的零星失败,进而引发ER蛋白(如REG3B)的病理性聚集,这直接驱动了腺泡-导管化生(ADM)和癌变,揭示了蛋白聚集作为癌基因合作因子的新机制 | 研究主要基于基因工程小鼠模型,人类胰腺癌中的直接验证尚需进一步研究 | 探究KRAS介导的胰腺癌发生过程中,ER-phagy和蛋白稳态缺陷在细胞状态转变中的作用 | 胰腺腺泡细胞及其在KRAS激活下的化生转变 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 空间转录组学、蛋白质组学、高分辨率成像 | 基因工程小鼠模型 | 转录组数据、蛋白质数据、图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 775 | 2025-12-19 |
Safety and efficacy of AAV8-aflibercept in treating choroidal neovascularization via single-cell RNA sequencing
2025-Dec-11, Molecular therapy. Methods & clinical development
DOI:10.1016/j.omtm.2025.101625
PMID:41399432
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序评估了AAV8-aflibercept治疗小鼠脉络膜新生血管的安全性和有效性 | 利用单细胞RNA测序技术深入探究AAV8-aflibercept治疗对小鼠视网膜的细胞层面影响,并识别了12种不同的细胞类型 | 研究仅基于小鼠模型,且在高剂量(超过1×10 GC/眼)下观察到视网膜变薄和视网膜色素上皮细胞改变 | 评估AAV8-aflibercept治疗脉络膜新生血管的疗效和安全性 | 小鼠模型中的脉络膜新生血管 | 数字病理学 | 脉络膜新生血管 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 776 | 2025-12-19 |
PEGylated black-phosphorus nanosheet-alginate hydrogels enable local PRRX1 delivery to drive fibroblast reprogramming in intestinal fibrosis
2025-Dec-05, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03896-9
PMID:41350883
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定出克罗恩病肠道纤维化中的关键转录因子PRRX1,并开发了一种新型水凝胶递送系统用于局部PRRX1递送,以驱动成纤维细胞重编程 | 首次将PRRX1确定为肠道纤维化的核心调控因子,并创新性地开发了基于聚乙二醇化黑磷-海藻酸盐水凝胶的局部递送系统,用于在体内外验证其功能 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,在人体内的长期安全性和有效性仍需进一步验证 | 阐明肠道纤维化的核心调控机制并开发靶向治疗策略 | 克罗恩病患者的成纤维细胞、小鼠模型(Col1a2-Cre; Prrx1)、人类肠道成纤维细胞 | 单细胞组学与生物材料 | 克罗恩病(肠道纤维化) | 单细胞RNA测序、ChIP-seq、报告基因检测、蛋白质组学 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质数据、基因组数据 | 来自克罗恩病患者的配对纤维化和非纤维化回肠组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 777 | 2025-12-19 |
Prehabilitation during neoadjuvant chemotherapy results in an enhanced immune response in esophageal adenocarcinoma tumors: A randomized controlled trial
2025-Dec, Journal of sport and health science
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.jshs.2025.101063
PMID:40499717
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研究论文 | 本研究通过一项随机对照试验,探讨了在新辅助化疗期间进行预康复运动训练对局部晚期食管腺癌患者肿瘤免疫反应的影响 | 首次通过随机对照试验证明,新辅助化疗期间的预康复运动训练能显著增加食管腺癌肿瘤中的CD8+淋巴细胞浸润、NK细胞比例以及三级淋巴结构的成熟度 | 样本量较小(n=22),且未观察到预康复组与对照组在生存率、治疗耐受性或肿瘤再分级等临床结局上的显著差异 | 确定预康复运动训练是否能增加肿瘤浸润淋巴细胞,并探讨其作为新辅助化疗期间免疫佐剂的潜力 | 局部晚期食管癌患者 | 数字病理学 | 食管癌 | 高分辨率多重光谱免疫组化,空间转录组学 | NA | 组织图像,基因表达数据 | 22名局部晚期食管癌患者(预康复组11人,对照组11人) | NanoString | 空间转录组学 | NA | NA |
| 778 | 2025-12-19 |
Transforming histologic assessment: artificial intelligence in cancer diagnosis and personalized treatment
2025-Dec, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03206-y
PMID:40993310
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综述 | 本文综述了人工智能在癌症组织学评估中的转型作用,从辅助诊断工具发展为临床决策的核心组成部分 | AI不仅复制并增强了病理学家的决策,还通过组织形态学表型聚类和空间转录组学等创新技术,实现了癌症分层和个性化治疗的精细化 | AI预测的验证仍面临挑战,特别是在预后应用方面,且资源有限环境中的可及性有待保障 | 探讨人工智能在癌症诊断和个性化治疗中如何变革组织学评估,并推动其临床整合 | 癌症患者的组织学图像(如全切片图像WSIs)及其相关的基因组和临床数据 | 数字病理学 | 癌症 | 深度学习 | NA | 图像、文本、临床数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 779 | 2025-12-19 |
Uncovering CD248, MMP28, and SLC16A10 in Sjögren's disease: a machine learning-driven SHAP approach for CD4+ T cell-associated biomarker discovery
2025-Dec, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/2ffdc4
PMID:41328587
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研究论文 | 本研究通过整合机器学习算法、SHAP可解释建模、分子对接和单细胞分析,识别了CD248、MMP28和SLC16A10作为干燥综合征的潜在诊断标志物和治疗靶点 | 开发了一种结合多种机器学习算法、SHAP可解释性分析、分子对接和单细胞RNA测序的综合多组学框架,用于发现与CD4+ T细胞相关的生物标志物,揭示了干燥综合征发病机制中先前未被充分认识的机制 | 需要未来的实验验证来确认其转化潜力 | 促进干燥综合征的早期诊断和治疗干预 | 干燥综合征患者和健康对照的转录组数据,重点关注CD4+ T细胞亚群 | 机器学习 | 干燥综合征 | 转录组学、单细胞RNA测序、分子对接 | 多种机器学习算法、SHAP | 转录组数据 | 训练队列包含382个样本(61名健康对照,321名干燥综合征患者)和10,015个基因,并在外部数据集中进行了验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 780 | 2025-12-19 |
Single-cell transcriptomics reveals the functional trajectories of the endocarp cell clusters in the postharvest fruit senescence process of Hylocereus undatus
2025-Dec, Plant physiology and biochemistry : PPB
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.plaphy.2025.110623
PMID:41109014
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学结合表型和功能分析,探讨了火龙果(Hylocereus undatus)采后果实衰老过程中内果皮细胞簇的作用 | 首次在火龙果中应用单细胞RNA测序技术,揭示了内果皮细胞簇在果实衰老中的功能轨迹和分化路径,并识别了关键调控基因HuGIP2 | 研究仅聚焦于火龙果内果皮细胞,可能未涵盖其他组织或物种的衰老机制,且功能验证依赖于病毒诱导的基因沉默,可能存在脱靶效应 | 探究火龙果采后果实衰老的生理过程,特别是内果皮细胞簇在其中的功能和调控机制 | 火龙果(Hylocereus undatus)果实的内果皮细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序,荧光显微镜,病毒诱导基因沉默 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |