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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 721 | 2025-12-20 |
SP140 limits type I interferon-driven pathology, preserving T cell motility and promoting resistance in tuberculosis
2025-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.05.692491
PMID:41415425
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型探究SP140在结核病中如何通过限制I型干扰素信号通路来维持T细胞免疫和宿主抵抗力 | 首次揭示SP140通过抑制I型干扰素驱动的病理过程来保护T细胞功能和运动性,从而促进结核病抵抗力 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需验证 | 探究结核病易感宿主中CD8⁺ T细胞反应的差异及SP140的作用机制 | 感染结核分枝杆菌的小鼠模型,特别是缺乏SP140转录抑制因子的小鼠 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序,活体显微镜成像 | NA | 基因表达数据,影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 722 | 2025-12-20 |
Senescence-Linked Fibrosis in the Aging Human Ovary Revealed by p16-Based Histological Profiling and Spatial Transcriptomics
2025-Dec-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.03.692228
PMID:41415409
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研究论文 | 本研究通过p16蛋白表达、空间转录组学和AI引导的数字病理学,揭示了人类绝经后卵巢中衰老细胞的空间分布及其与纤维化的关联 | 首次结合p16免疫组化、多重免疫荧光、空间转录组学和AI分析,系统绘制了绝经后卵巢衰老细胞的空间微环境,并识别出与p16阳性区域相关的32基因特征BuckSenOvary | 研究主要基于绝经后卵巢样本,可能未全面涵盖卵巢衰老的早期阶段;样本数量有限,需进一步验证 | 探究人类绝经后卵巢中衰老细胞的空间分布、特征及其与纤维化的关系,以识别潜在的治疗靶点 | 人类绝经后卵巢组织 | 数字病理学 | 老年疾病 | p16免疫组化、多重免疫荧光、空间转录组学、AI引导的数字病理学 | AI | 图像、空间转录组数据 | 92个空间区域 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 723 | 2025-12-20 |
A deep generative model for deciphering cellular dynamics and in silico drug discovery in complex diseases
2025-Dec, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-025-01423-7
PMID:40542107
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研究论文 | 本研究介绍了一种名为UNAGI的深度生成神经网络,用于分析时间序列单细胞转录组数据,以解析疾病进展中的复杂细胞动态并辅助计算机药物发现 | 开发了首个专门针对时间序列单细胞转录组数据的深度生成模型,能够学习疾病相关的细胞嵌入表示,并用于精准的药物扰动建模和筛选 | 论文未明确说明模型在其他疾病类型中的验证范围和局限性,也未详细讨论计算资源需求或模型可扩展性 | 开发计算工具以深入分析疾病进展的细胞动态,并实现靶向的计算机药物干预发现 | 特发性肺纤维化患者的单细胞转录组数据、COVID-19相关数据 | 机器学习 | 特发性肺纤维化 | 单细胞转录组测序 | 深度生成神经网络 | 时间序列单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 724 | 2025-12-20 |
MMP13-Expressing and COL11A1-Expressing Cancer-Associated Fibroblasts: Key Drivers of Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression and Prognostic Indicators
2025-Dec, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2025.104247
PMID:41005711
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别了食管鳞状细胞癌中三种关键的癌症相关成纤维细胞亚型,并揭示了其中MMP13和COL11A1表达的CAF亚型与不良预后及癌症进展的关联 | 首次报道了CAF亚型与食管鳞状细胞癌病理分期进展之间的关联,并识别出MMP13和COL11A1表达的myCAF亚型作为关键的预后指标 | 研究样本量有限,且主要关注晚期患者,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 探究癌症相关成纤维细胞在食管鳞状细胞癌进展中的作用及其预后价值 | 食管鳞状细胞癌患者组织样本 | 单细胞组学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序,RNA原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据,组织切片图像 | 未明确样本数量,但包括单细胞测序样本和手术切除标本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 725 | 2025-12-20 |
Andrias Davidianus Peptide Hydrogel Enables Sustained SR9011 Release to Promote Efferocytosis and Alleviate Colitis
2025-Dec, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202509049
PMID:41163542
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研究论文 | 本研究探讨了NR1D1在溃疡性结肠炎中的作用,并开发了一种基于大鲵肽水凝胶的NR1D1激动剂SR9011递送系统,以促进胞葬作用并缓解结肠炎 | 首次将NR1D1鉴定为溃疡性结肠炎中上皮细胞更新和胞葬作用的核心调节因子,并创新性地设计了一种结合大鲵肽的水凝胶用于靶向、持续肠道递送NR1D1激动剂SR9011 | 药代动力学分析仅限于结肠组织,未全面评估全身分布 | 研究NR1D1在溃疡性结肠炎发病机制中的作用,并开发基于水凝胶的NR1D1激活治疗策略 | 人类溃疡性结肠炎活检样本、小鼠结肠炎模型 | 生物医学工程 | 溃疡性结肠炎 | CUT&Tag分析、ChIP-qPCR、荧光素酶测定、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、染色质占据数据、单细胞转录组数据 | 人类UC活检样本和小鼠结肠炎模型(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 726 | 2025-12-20 |
Cell cycle-driven transcriptome maturation confers multilineage competence to cardiopharyngeal progenitors
2025-Dec, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00613-y
PMID:41184589
|
研究论文 | 本研究揭示了多能心咽祖细胞在细胞周期驱动下通过转录组成熟获得多谱系能力的过程 | 结合转基因样本条形码与单细胞RNA测序技术,首次发现心咽祖细胞在G1、S和G2期转录组动态变化,并提出“转录组成熟”和“行为能力”新概念 | 研究基于海鞘模型,可能不直接适用于高等脊椎动物 | 探究发育过程中多能祖细胞如何通过细胞周期调控获得多谱系分化能力 | 海鞘(Ciona)的心咽祖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 727 | 2025-12-20 |
Single-cell profiling reveals three endothelial-to-hematopoietic transitions with divergent isoform expression landscapes
2025-Dec, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00740-z
PMID:41219569
|
研究论文 | 本研究结合分化实验和全长单细胞转录组数据,揭示了卵黄囊和主动脉-性腺-中肾区域中三种不同的内皮向造血转化轨迹及其独特的异构体表达模式 | 首次在单细胞水平上识别并定位了三种不同的内皮向造血转化轨迹,并发现AGM区域造血内皮具有更高的异构体复杂性及特异性表达模式 | 研究主要基于转录组数据,功能验证和机制探索可能不足,且样本来源和数量有限 | 探究造血内皮中造血祖细胞与造血干细胞命运选择的机制 | 卵黄囊和主动脉-性腺-中肾区域的造血内皮细胞群体 | 单细胞转录组学 | NA | 全长单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 728 | 2025-12-20 |
Randomized Spatial PCA (RASP): A computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2025-Dec, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013759
PMID:41370353
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研究论文 | 本文提出了一种名为随机空间主成分分析(RASP)的计算高效方法,用于高分辨率空间转录组学数据的降维处理 | RASP是一种新颖的空间感知降维方法,比现有技术快几个数量级,可扩展至超过10万个位置的数据集,支持非转录组协变量的灵活整合,并能重建去噪和空间平滑的基因表达值 | RASP本身不是聚类或区域检测方法,细胞类型和空间区域需要通过聚类RASP的主成分来获得,且有效聚类分辨率依赖于K最近邻图和平滑参数β | 开发一种计算高效的空间转录组学数据降维方法,以促进组织结构的理解 | 人类和小鼠组织的高分辨率空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 随机空间主成分分析 | PCA | 空间转录组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium, 10x Xenium, 以及Stereo-Seq和MERFISH技术 |
| 729 | 2025-12-20 |
Hydrogel-Wrapped Calendula officinalis L. extracellular vesicles - A novel approach to enhance fracture healing by Macrophage reprogramming
2025-Dec, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102592
PMID:41404424
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研究论文 | 本研究开发了一种包裹金盏花细胞外囊泡的ROS响应性水凝胶,用于通过巨噬细胞重编程促进骨折愈合 | 首次结合单细胞RNA测序、网络药理学和ROS响应性水凝胶技术,开发了具有巨噬细胞靶向功能的植物细胞外囊泡递送系统 | 未在摘要中明确说明 | 阐明骨折愈合过程中M1巨噬细胞极化的机制,并开发一种新型治疗策略 | 骨折愈合过程、巨噬细胞极化、植物细胞外囊泡 | 单细胞组学 | 骨折 | 单细胞RNA测序, 网络药理学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 730 | 2025-12-20 |
A reappraisal of type 2 cytokine-producing cells in atopic dermatitis: Spotlight on Tc2 cells
2025-Dec, Journal of dermatological science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.09.006
PMID:41073189
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综述 | 本文重新评估了特应性皮炎中产生2型细胞因子的细胞,特别关注Tc2细胞的作用 | 挑战了传统以Th2细胞为中心的范式,通过单细胞RNA测序数据分析提出Tc2细胞可能是IL-13的重要甚至主要来源 | NA | 重新评估特应性皮炎中2型细胞因子的细胞来源,特别是IL-13的产生细胞 | 特应性皮炎病变皮肤中的CD4⁺ Th2细胞和CD8⁺ Tc2细胞 | NA | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 731 | 2025-12-19 |
PCK1 deficiency promotes MASH-HCC progression by 12-HETE-induced CD8+ T cell dysfunction
2025-Dec-17, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-334562
PMID:41407525
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研究论文 | 本研究揭示了肝细胞内在酶PCK1在MASH-HCC中通过12-HETE-p38信号通路介导CD8+ T细胞功能障碍的关键作用 | 首次发现PCK1缺乏通过诱导12-HETE积累导致CD8+ T细胞功能障碍,从而促进MASH-HCC进展,并证明PCK1可作为代谢检查点增强抗PD-1免疫疗法疗效 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本验证有限;机制研究集中在12-HETE-p38通路,可能存在其他未探索的调控途径 | 探究PCK1在MASH-HCC中的作用及其与肿瘤微环境的相互作用 | 肝细胞特异性Pten和Pck1双等位基因敲除小鼠、MASH-HCC患者肿瘤组织 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、多参数流式细胞术、非靶向代谢组学 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据、流式细胞数据、代谢组数据 | 未明确样本数量,包括小鼠模型和患者组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 732 | 2025-12-19 |
Target Fibroblast-B cell crosstalk via MIF signaling drives pathogenic B cell differentiation and joint damage in knee osteoarthritis
2025-Dec-17, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-025-02154-w
PMID:41407905
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了膝骨关节炎中成纤维细胞与B细胞通过MIF信号传导的相互作用,驱动致病性B细胞分化并导致关节损伤 | 首次在膝骨关节炎中系统描绘了B细胞的异质性,并发现了成纤维细胞通过MIF-(CD74+CXCR4/CD44)信号通路调控致病性DERL3+B细胞分化的新机制 | 研究样本量相对有限(9名健康对照和21名KOA患者),且小鼠模型可能无法完全模拟人类KOA的复杂病理过程 | 阐明膝骨关节炎中B细胞的异质性、活化机制及其对软骨损伤的贡献,并探索潜在的治疗靶点 | 人类膝骨关节炎患者的关节组织(包括软骨下骨和滑膜)以及ACLT+DMM诱导的小鼠KOA模型 | 单细胞组学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,Western blotting,体外共培养系统,伪时间轨迹分析,配体-受体相互作用图谱 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据,组织学图像数据 | 30例人类样本(9名健康对照,21名KOA患者)及小鼠KOA模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 733 | 2025-12-19 |
Senescent CD4+ T Cells Drive Diabetic Periodontitis via JAK-STAT-ROS-p38 MAPK
2025-Dec-17, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345251400253
PMID:41408493
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研究论文 | 本研究揭示了糖尿病性牙周炎中衰老CD4+ T细胞通过JAK-STAT-ROS-p38 MAPK信号通路驱动疾病进展的免疫病理机制 | 首次在糖尿病性牙周炎中鉴定出CD4+ T细胞衰老的关键作用,并阐明JAK-STAT-mtROS与TNF-α-p38 MAPK炎症信号级联之间的交互作用机制 | 研究主要基于小鼠模型,人体组织验证和临床转化仍需进一步探索 | 探究糖尿病性牙周炎的免疫病理机制,特别是CD4+ T细胞衰老在疾病进展中的作用 | 糖尿病性牙周炎小鼠模型的牙龈组织CD4+ T细胞 | 单细胞转录组学 | 糖尿病并发症(牙周炎) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自GEO数据库的糖尿病性牙周炎小鼠牙龈组织单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 734 | 2025-12-19 |
Injury-Activated ERMs Undergo EMT and May Contribute to Periodontal Repair
2025-Dec-17, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345251397858
PMID:41408679
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研究论文 | 本研究探讨了损伤激活的上皮马氏残余(ERMs)在牙周修复中的作用,通过分析其在发育和损伤响应中的行为变化 | 揭示了损伤激活的ERMs经历上皮-间质转化(EMT),并可能通过表达Wnt通路成分和基质重塑参与牙周修复 | 研究主要基于小鼠模型和人类组织样本,可能未完全涵盖所有牙周损伤类型或临床变异性 | 探究ERMs在牙周损伤修复中的激活机制和功能贡献 | 小鼠和人类牙周组织中的上皮马氏残余(ERMs) | 数字病理学 | 牙周病 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学(IHC),Wnt谱系示踪 | NA | 基因表达数据,组织图像 | 涉及小鼠牙周损伤模型和人类组织样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 735 | 2025-12-19 |
cGAS-STING pathway reprograms macrophage polarization and is highly expressed in responding tumors after neoadjuvant immunotherapy in head and neck carcinoma
2025-Dec-17, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2025209
PMID:41408831
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研究论文 | 本研究探讨了cGAS-STING通路在头颈鳞状细胞癌抗肿瘤免疫中的作用,并评估了STING激动剂的治疗潜力 | 首次系统性地结合临床数据分析、体外实验和单细胞RNA测序,揭示了STING激动剂MSA-2能够重编程肿瘤相关巨噬细胞向M1表型极化,并证实该通路在免疫治疗应答患者中高表达 | 研究主要基于体外细胞实验和回顾性临床数据分析,缺乏体内动物模型验证和前瞻性临床试验数据 | 评估cGAS-STING通路在头颈鳞状细胞癌抗肿瘤免疫中的功能作用及STING激动剂的治疗潜力 | 头颈鳞状细胞癌患者临床样本、TCGA-HNSC数据集、RAW 264.7巨噬细胞系 | 肿瘤免疫学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组化、细胞共培养 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组化图像 | TCGA-HNSC数据集、临床样本(数量未明确)、单细胞RNA测序数据来自接受新辅助免疫治疗的HNSCC患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 736 | 2025-12-19 |
Large-scale single-cell profiling of stem cells identifies redundant regulators of shoot development and yield trait variation
2025-Dec-15, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.07.024
PMID:40865519
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研究论文 | 本研究通过大规模单细胞RNA测序分析玉米和拟南芥的茎尖分生组织,鉴定出保守的干细胞调控因子,并揭示了这些因子与谷物产量性状的关联 | 首次在植物中通过优化的单细胞测序技术捕获大量CLAVATA3和WUSCHEL表达的稀有干细胞,并跨物种比较鉴定出深度保守的调控因子 | 未明确说明样本处理的潜在批次效应或技术重复的统计验证细节 | 鉴定植物茎尖干细胞的关键调控因子及其与作物产量性状的关联 | 玉米和拟南芥的茎尖分生组织干细胞 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 数千个表达CLAVATA3和WUSCHEL的干细胞(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 737 | 2025-12-19 |
Single-cell transcriptomic analysis highlights specific cell types manipulated by Fusarium head blight fungus leading to wheat susceptibility
2025-Dec-15, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.07.022
PMID:40845857
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序技术,分析了小麦胚芽鞘对适应性和非适应性镰刀菌感染的细胞类型特异性响应 | 首次应用单细胞RNA测序于小麦-真菌互作研究,揭示了不同细胞类型在非宿主抗性和易感性中的差异化免疫响应 | 研究仅关注了接种后1-3天的早期响应,未涵盖整个疾病进程;样本量虽大但限于特定时间点 | 探究小麦在适应性和非适应性镰刀菌感染下的细胞类型特异性转录组响应机制 | 小麦胚芽鞘细胞 | 植物病理学与单细胞组学 | 小麦赤霉病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 超过90,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 738 | 2025-12-19 |
Divergence of immune cell types in chordate blood
2025-Dec-15, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2025.10.032
PMID:41237770
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序等技术,定义了海鞘Ciona robusta血细胞的身份,揭示了其分化层次和主要谱系,扩展了脊索动物免疫细胞的已知库 | 首次在无脊椎动物海鞘中通过单细胞RNA测序、原位杂交和活体报告系统全面定义血细胞状态,揭示了与脊椎动物免疫细胞的广泛分歧 | 研究主要基于海鞘这一特定物种,可能无法完全代表所有无脊椎动物或脊索动物的免疫细胞进化情况 | 研究脊索动物血细胞类型的进化分歧,特别是无脊椎动物与脊椎动物免疫细胞的同源性 | 海鞘Ciona robusta的循环血细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 原位杂交, 活体报告系统 | NA | 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | 未明确指定样本数量,但涉及Ciona robusta的循环血细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 739 | 2025-12-19 |
scRepli-RamDA-seq: a multi-omics technology enabling the analysis of gene expression dynamics during S-phase
2025-Dec-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64688-1
PMID:41397953
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scRepli-RamDA-seq(scRR-seq)的新型单细胞多组学技术,该技术能够在同一单细胞中以单倍型特异性方式分析DNA复制谱和全长总RNA测序 | 首次开发出能够同时监测S期进展过程中基因表达动态的单细胞多组学方法,并可根据DNA复制数据确定细胞的S期阶段 | 未在摘要中明确说明 | 开发一种能够分析S期基因表达动态的单细胞多组学技术 | 单细胞 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞DNA复制谱分析、全长总RNA测序 | NA | DNA复制数据、RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 740 | 2025-12-19 |
ER-phagy and proteostasis defects prime pancreatic epithelial state changes in KRAS-mediated oncogenesis
2025-Dec-15, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.07.016
PMID:40816286
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研究论文 | 本文揭示了KRAS介导的胰腺癌发生中,ER-phagy缺陷和蛋白稳态失调如何驱动胰腺腺泡细胞的化生状态转变 | 发现KRAS激活导致ER-phagy的零星失败,进而引发ER蛋白(如REG3B)的病理性聚集,这直接驱动了腺泡-导管化生(ADM)和癌变,揭示了蛋白聚集作为癌基因合作因子的新机制 | 研究主要基于基因工程小鼠模型,人类胰腺癌中的直接验证尚需进一步研究 | 探究KRAS介导的胰腺癌发生过程中,ER-phagy和蛋白稳态缺陷在细胞状态转变中的作用 | 胰腺腺泡细胞及其在KRAS激活下的化生转变 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 空间转录组学、蛋白质组学、高分辨率成像 | 基因工程小鼠模型 | 转录组数据、蛋白质数据、图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |