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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 601 | 2025-12-02 |
GPR56 Outperforms CD319 as a Discriminative Marker for CD4+ Cytotoxic T Lymphocytes and Is Elevated in Primary Sjögren's Syndrome
2025-Dec-01, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.70073
PMID:41324175
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术,鉴定出GPR56是CD4+细胞毒性T淋巴细胞(CTL)的新型且功能重要的表面标志物,并发现其在原发性干燥综合征(pSS)患者中升高且与疾病严重程度相关 | 首次将GPR56鉴定为CD4+细胞毒性T淋巴细胞(CD4 CTLs)的新型、功能相关的表面标志物,并证明其优于CD319(SLAMF7),同时揭示了其在自身免疫性疾病(原发性干燥综合征)中的潜在致病作用 | NA | 鉴定和表征CD4+细胞毒性T淋巴细胞(CD4 CTLs)的表面标志物,并探究其在自身免疫性疾病(原发性干燥综合征)中的病理作用 | CD4+ T细胞,特别是具有细胞毒性的CD4+ T细胞亚群(CD4 CTLs) | NA | 原发性干燥综合征 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 602 | 2025-12-02 |
Ccn1 Mediates Pyroptosis and Purine Metabolism Pattern Shifts in a High-Uric Acid Microenvironment After Spinal Cord Injury
2025-Dec-01, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-025-05529-6
PMID:41324748
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研究论文 | 本研究通过空间代谢组学、Bulk-RNA测序和单细胞RNA测序,揭示了脊髓损伤后高尿酸微环境的存在,并发现Ccn1在该微环境中介导细胞焦亡和嘌呤代谢模式转变 | 首次利用空间代谢组学鉴定脊髓损伤后高尿酸微环境,并阐明Ccn1在调控细胞焦亡和嘌呤代谢中的关键作用 | 研究主要基于大鼠模型和PC12细胞系,人类临床相关性需进一步验证 | 探究脊髓损伤后微环境的代谢变化及Ccn1在其中的功能机制 | SD大鼠脊髓组织和PC12细胞系 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 空间代谢组学, Bulk-RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 代谢组数据, RNA测序数据 | 体外实验每组n=6, 体内实验每组n=6 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 603 | 2025-12-02 |
Biological multi-omics approaches to next-generation biomarkers in immune-related disorders and malignancies: An overview
2025-Dec-01, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-025-04128-0
PMID:41324821
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综述 | 本文概述了在癌症和自身免疫性疾病中,利用多组学整合和人工智能驱动的下一代生物标志物的研究进展 | 强调多组学数据集与人工智能/机器学习的结合,以揭示动态分子特征,并利用单细胞和空间分析来揭示细胞异质性和组织背景 | 挑战包括检测标准化、患者间变异性和监管障碍 | 探讨下一代生物标志物在癌症和自身免疫性疾病中的精准诊断和个性化治疗应用 | 癌症和自身免疫性疾病 | 自然语言处理 | 肺癌 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 604 | 2025-12-02 |
High INHBB Expression Shapes an Immunosuppressive Tumor Microenvironment and Predicts Poor Prognosis in Colorectal Carcinoma
2025-Dec-01, Digestive diseases and sciences
IF:2.5Q2
DOI:10.1007/s10620-025-09574-y
PMID:41324886
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研究论文 | 本研究评估了INHBB在结直肠癌中的表达,发现其高表达与肿瘤侵袭性、预后不良及免疫抑制性肿瘤微环境相关 | 首次在结直肠癌中系统评估INHBB的表达模式及其与临床病理参数、免疫细胞浸润和预后的关联,揭示了INHBB在塑造免疫抑制性肿瘤微环境中的潜在作用 | INHBB高表达在多变量模型中并非独立的预后因素,且研究样本量有限(248例),需进一步验证 | 探究INHBB在结直肠癌中的临床和免疫学意义 | 结直肠癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA原位杂交、免疫组织化学、单细胞RNA测序 | NA | 图像、文本 | 248例结直肠癌病例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 605 | 2025-12-01 |
Type I IFN drives neutrophil swarming, impeding lung T cell-macrophage interactions and TB control
2025-Dec-01, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20250466
PMID:40986319
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了I型干扰素在结核感染早期通过驱动中性粒细胞聚集而限制CD4+ T细胞-巨噬细胞相互作用的新机制 | 发现相对耐药小鼠早期肺内I型干扰素反应更强,并阐明其通过中性粒细胞群聚阻碍T细胞-巨噬细胞空间互作的独特免疫调控机制 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类中验证;观察时间限于感染初期数周 | 探究结核分枝杆菌感染早期决定感染结局的免疫机制 | C57BL/6和C3HeB/FeJ小鼠的肺部免疫细胞 | 免疫学 | 结核病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 两种基因型小鼠在感染初数周内的肺部样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 606 | 2025-12-01 |
Inhibition of Cholesterol Transport from Lysosomes by Itraconazole Repolarizes Tumor-associated Macrophages to Anti-tumor M1 type
2025-Dec, Anticancer research
IF:1.6Q4
DOI:10.21873/anticanres.17866
PMID:41318128
|
研究论文 | 本研究探讨伊曲康唑通过抑制溶酶体胆固醇转运将肿瘤相关巨噬细胞从促瘤M2表型重编程为抗瘤M1表型的机制 | 首次揭示伊曲康唑通过抑制溶酶体胆固醇释放实现巨噬细胞表型重编程的新机制 | 研究仅使用THP-1细胞来源的M2巨噬细胞,未在体内模型验证 | 探究伊曲康唑诱导肿瘤相关巨噬细胞表型重编程的分子机制 | THP-1细胞来源的M2巨噬细胞 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色,延时成像,Western blot | 细胞模型 | 基因表达数据,图像数据,蛋白质数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 607 | 2025-12-01 |
Potential Role of Tumor-derived MIF in B-Cell Antigen Presentation in Lung Adenocarcinoma: Single-cell and TCGA Analyses
2025-Dec, Anticancer research
IF:1.6Q4
DOI:10.21873/anticanres.17874
PMID:41318120
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和TCGA分析探讨了肿瘤源性MIF在肺腺癌B细胞抗原呈递中的潜在作用 | 首次在单细胞水平揭示MIF通过调控B细胞获得抗原呈递细胞样功能在肺腺癌中的双重作用 | 样本量较小(仅3个肿瘤样本),需要更大规模验证 | 研究肿瘤源性MIF在肺腺癌免疫调控和预后中的作用 | 肺腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞和恶性细胞 | 单细胞分析 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | Seurat,CellChat,GEPIA2 | 单细胞RNA测序数据,TCGA临床数据 | 3个肺腺癌肿瘤(29,936个细胞)和TCGA-LUAD队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 608 | 2025-11-30 |
Integrating multi-omics and machine learning to decipher the role of GSTP1 in endocrine-disrupting chemical-induced prostate cancer pathogenesis
2025-Dec-05, European journal of pharmacology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.ejphar.2025.178335
PMID:41202964
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,揭示了GSTP1在内分泌干扰化学物诱导前列腺癌发病机制中的关键作用 | 首次整合多组学数据与机器学习框架系统识别EDC-PCa关联基因,并通过孟德尔随机化验证GSTP1的因果保护作用 | 研究基于公共数据库的转录组数据,缺乏实验验证;样本来源和数量存在限制 | 系统识别内分泌干扰化学物暴露与前列腺癌发病关联的关键基因 | 前列腺癌相关基因和内分泌干扰化学物相互作用 | 机器学习 | 前列腺癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟 | 集成机器学习框架, glmBoost, RF | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 四个转录组数据集(GSE32571, GSE71016, GSE46602, GSE200879) | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 609 | 2025-11-30 |
Associations of Plasma Metabolite Phenylacetylglutamine on Coronary Plaque Characterization in Patients with ST-Segment Elevation Myocardial Infarction
2025-Dec, Cardiovascular toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1007/s12012-025-10067-7
PMID:41091431
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研究论文 | 本研究探讨血浆代谢物苯乙酰谷氨酰胺与ST段抬高型心肌梗死患者罪犯斑块特征的关联 | 首次揭示PAGln浓度与易损斑块的独立关联,并通过单细胞RNA测序发现巨噬细胞可能参与此过程 | 研究为观察性设计,无法确定因果关系 | 研究血浆PAGln与STEMI患者罪犯斑块特征的关联 | 776名接受光学相干断层扫描的ST段抬高型心肌梗死患者 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 光学相干断层扫描, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | 逻辑回归模型 | 影像数据, 代谢组学数据, 基因表达数据 | 776名患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 610 | 2025-11-29 |
Single-Cell Atlas of Aging Human Skin Reveals FOSB-Related Transcriptional Programs and Druggable Targets
2025-Dec, Journal of cosmetic dermatology
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/jocd.70569
PMID:41293818
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建人类皮肤衰老图谱,揭示FOSB相关转录程序和可药物靶点 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示人类皮肤衰老的转录调控网络,发现FOSB作为关键衰老相关转录因子 | 样本数量有限,仅比较年轻和老年组,缺乏中间年龄段数据 | 研究人类皮肤衰老的细胞类型特异性转录调控机制和潜在治疗靶点 | 年轻和老年人皮肤细胞 | 单细胞基因组学 | 皮肤衰老 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | 基因调控网络分析 | 单细胞转录组数据 | 年轻和老年人类皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 611 | 2025-11-28 |
Spatially resolved single-cell transcriptome analysis of murine Salmonella infection reveals the role of distal colonocytes in the inflammatory response
2025-Dec-31, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2579909
PMID:41277366
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研究论文 | 通过整合多种转录组测序技术,揭示了小鼠沙门氏菌感染期间结肠的时空单细胞转录组景观,发现远端结肠细胞在炎症反应中的关键作用 | 首次结合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间RNA-seq数据,系统描绘了肠道感染过程中的时空转录组动态,并鉴定出远端结肠细胞的关键响应作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据的验证相对有限 | 阐明肠道对病原体感染的区室化反应的细胞和分子基础 | 小鼠结肠组织和人类肠道单细胞转录组数据 | 空间转录组学 | 肠道感染 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间RNA-seq | NA | 转录组数据 | 一周感染时间过程的小鼠结肠样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 612 | 2025-11-28 |
Epidermal Loss of PRMT5 Leads to the Emergence of an Atypical Basal Keratinocyte-Like Cell Population and Defective Epidermal Stratification
2025-Dec, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.04.008
PMID:40339790
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研究论文 | 本研究通过条件性敲除小鼠模型揭示了PRMT5在表皮发育中的关键作用,发现其缺失会导致基底角质形成细胞出现衰老样表型和表皮分层缺陷 | 首次在体内证明PRMT5通过抑制Cdkn1a(p21)防止基底角质形成细胞衰老,并鉴定出一群非典型的基底角质形成细胞样细胞群体 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类皮肤中验证;PRMT5的具体下游靶标和分子机制仍需进一步阐明 | 探究PRMT5在表皮发育和角质形成细胞维持中的作用机制 | 条件性敲除Prmt5的小鼠模型及其表皮组织 | 发育生物学 | 先天性皮肤疾病 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 条件性敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC-seq | NA | NA |
| 613 | 2025-11-28 |
ENO1 promotes cancer metastasis via stimulating metabolism reprogramming in osteosarcoma
2025-Dec, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03182-3
PMID:40983627
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示ENO1基因通过刺激代谢重编程促进骨肉瘤转移的机制 | 首次在单细胞水平揭示ENO1通过调控糖酵解促进骨肉瘤转移的作用机制 | 样本量较小(仅10例儿科骨肉瘤样本),需要更大样本验证 | 阐明骨肉瘤转移的潜在分子机制 | 儿科骨肉瘤患者组织样本 | 单细胞测序分析 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据 | 10例儿科骨肉瘤样本(分为原发无转移组、原发有转移组和转移灶组) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 614 | 2025-11-28 |
Functional role of granulocytic myeloid-derived suppressor cells in CAR-T therapy: insights from single-cell RNA sequencing in multiple myeloma
2025-Dec, Immunopharmacology and immunotoxicology
IF:2.9Q2
DOI:10.1080/08923973.2025.2585083
PMID:41198058
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤患者CAR-T治疗中粒细胞样髓源抑制细胞的功能作用 | 首次在CAR-T治疗背景下系统分析G-MDSCs的免疫抑制机制,发现PTGS1作为关键标志物并构建了高精度预后预测模型 | 样本量有限且患者间存在异质性,结果具有探索性,需要更大更多样化的队列验证 | 全面分析G-MDSCs在多发性骨髓瘤CAR-T治疗中的功能作用 | 多发性骨髓瘤患者 | 单细胞转录组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,基因集富集分析,体外功能实验 | 风险预测模型 | 单细胞转录组数据,RNA-seq数据,生存数据 | 7例多发性骨髓瘤患者(单细胞数据),713例多发性骨髓瘤患者(验证队列) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 615 | 2025-11-27 |
HyperDiffuseNet: A Deep Hyperbolic Manifold Learning Method for Dimensionality Reduction in Spatial Transcriptomics
2025-Dec, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1177/15578666251377097
PMID:40982255
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研究论文 | 提出一种基于双曲流形学习的深度几何学习框架HyperDiffuseNet,用于空间转录组数据的降维表示 | 首次将双曲潜在空间与变分自编码器结合用于空间转录组数据,通过图卷积网络学习多尺度空间依赖关系并整合扩散矩阵到双曲嵌入中 | 仅在多个ST数据集上进行了实证评估,未涉及更广泛的生物学验证或临床应用 | 解决空间转录组数据高维度和复杂空间层次结构分析挑战 | 空间转录组数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 变分自编码器, 图卷积网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 616 | 2025-11-27 |
stPipe: a flexible and streamlined R/Bioconductor pipeline for preprocessing sequencing-based spatial transcriptomics data
2025-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf167
PMID:41278534
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研究论文 | 介绍了一个用于预处理测序空间转录组数据的灵活简化R/Bioconductor流程stPipe | 开发了首个全面模块化的预处理流程,支持所有主流测序空间转录组平台,提供统一的数据处理标准 | 仅支持测序空间转录组数据,不包含基于成像的空间转录组技术 | 解决不同空间转录组平台数据预处理标准化和简化的问题 | 测序空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组测序数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, Slide-seq, Stereo-seq | 支持所有主流测序空间转录组平台 |
| 617 | 2025-11-27 |
An engineered human hepatitis A virus capable of rapid proliferation in vitro and causing hepatitis in mice
2025-Dec, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101582
PMID:41281447
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研究论文 | 通过理性诱变开发了一种能在体外快速增殖并能在小鼠体内引发甲型肝炎的工程化人类甲型肝炎病毒 | 开发了具有遗传可操作性的重组HAV-2m病毒,在体外复制效率高,并建立了能诱导急性甲型肝炎的小鼠模型,揭示了病毒2C蛋白中的新型毒力决定因子 | 研究使用Ifnar1基因敲除小鼠模型,可能不能完全模拟人类免疫系统对HAV的反应 | 开发遗传可操作的甲型肝炎病毒模型以促进发病机制研究和抗病毒策略评估 | 工程化人类甲型肝炎病毒(HAV-2m)和Ifnar1-/-小鼠 | 病毒学 | 甲型肝炎 | 单细胞RNA测序, 理性诱变, 反向遗传学 | 动物模型 | 基因序列数据, 病理学数据, 血清生化数据 | Ifnar1-/-小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 618 | 2025-11-26 |
Fibroblastic FLT3L supports lymph node dendritic cells in the interfollicular niche
2025-Dec, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02332-2
PMID:41249485
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研究论文 | 本研究揭示了表达Gremlin1的淋巴结成纤维网状细胞通过提供FLT3L支持树突状细胞稳态的机制 | 首次发现GREM1+成纤维网状细胞是淋巴结中提供FLT3L支持树突状细胞稳态的特定生态位 | NA | 探索淋巴结中维持树突状细胞稳态的特定生态位和机制 | 人和小鼠淋巴结中的树突状细胞和成纤维网状细胞 | 细胞生物学 | NA | 空间转录组学,细胞流式分析,遗传模型 | NA | 基因表达数据,细胞定位数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 619 | 2025-11-26 |
Macrophage Cell and Diagnostic Biomarkers in BLCA: Integrating Machine Learning With Single-Cell Analysis
2025-Dec, Clinical genitourinary cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1016/j.clgc.2025.102447
PMID:41139554
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞分析和机器学习方法,识别膀胱癌中巨噬细胞亚型并构建预后预测模型 | 首次系统识别膀胱癌中9种巨噬细胞亚型,并基于7个巨噬细胞相关基因构建预后模型 | 研究依赖于公共数据库数据,缺乏独立的前瞻性验证队列 | 探索膀胱癌中巨噬细胞异质性并开发诊断生物标志物 | 膀胱癌患者的外周血单核细胞、膀胱癌细胞和尿路上皮来源细胞 | 机器学习 | 膀胱癌 | 单细胞测序, 伪时间分析, 细胞间通讯分析, 加权基因共表达网络分析 | LASSO回归, 随机森林 | 单细胞测序数据, 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的膀胱癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 620 | 2025-11-26 |
Construction of a deep learning model and identification of BSG, PPARD, and SLC16A8 expression as potential indicators in the context of strategies for precision therapy to acute myeloid leukemia
2025-Dec, Hematology (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1080/16078454.2025.2592516
PMID:41284982
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析急性髓系白血病肿瘤微环境中T细胞的异质性,构建了基于BSG、PPARD和SLC16A8基因的预后风险模型 | 首次在AML中基于特定T细胞亚群(Cluster 4)构建深度学习预后模型,并鉴定BSG、PPARD和SLC16A8作为独立预后标志物 | 研究依赖于外部数据集进行验证,需要进一步实验验证基因功能机制 | 探索AML肿瘤微环境中T细胞异质性,寻找精准治疗的生物标志物 | 急性髓系白血病患者的T细胞亚群 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | 随机森林, LASSO回归 | 基因表达数据 | AML患者单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |