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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
581 2025-12-03
Oxidative Stress and Pyroptosis Mediated by CEBPB/HMGB1 Signaling in Sepsis-Exacerbated Coronary Atherosclerosis
2025-Dec, Antioxidants & redox signaling IF:5.9Q1
研究论文 本研究探讨了氧化应激和CEBPB/HMGB1/VCAM1信号轴在脓毒症加剧的冠状动脉疾病中的作用 揭示了CEBPB/HMGB1/VCAM1轴在脓毒症中连接全身炎症与氧化血管损伤的新机制,为CAD并发症提供了治疗靶点 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,人类临床验证有限 探索脓毒症加剧冠状动脉粥样硬化的分子机制,特别是氧化应激和细胞焦亡的作用 雄性ApoE小鼠、THP-1来源的巨噬细胞、人主动脉内皮细胞 分子生物学 心血管疾病 单细胞RNA测序、批量转录组学、染色质免疫沉淀、双荧光素酶报告基因检测、酶联免疫吸附试验、活性氧检测、流式细胞术 NA RNA测序数据、蛋白质表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
582 2025-12-03
Tumor and Immune Dynamics Following Sequential CDK4/6 and PD-1 Inhibition: Results from a Phase 2 Study in Dedifferentiated Liposarcoma
2025-Dec-01, Cancer research communications IF:2.0Q3
研究论文 本研究通过一项2期临床试验,评估了CDK4/6抑制剂帕博西尼与PD-1抑制剂瑞替法利单抗在晚期去分化脂肪肉瘤中的联合治疗效果,并利用单细胞RNA测序和高参数流式细胞术分析了肿瘤和免疫动态变化 首次在晚期去分化脂肪肉瘤患者中,采用帕博西尼先导给药后联合PD-1抑制剂的序贯治疗策略,并通过单细胞RNA测序和高参数流式细胞术全面评估了肿瘤和宿主免疫的动态响应 研究因42%的免疫相关毒性率而提前终止,样本量较小(12例患者),且仅部分患者有配对肿瘤活检分析,可能限制了统计功效和结论的普适性 评估CDK4/6抑制剂与PD-1抑制剂序贯联合治疗在晚期去分化脂肪肉瘤中的疗效,并探究肿瘤和免疫系统的动态变化机制 晚期去分化脂肪肉瘤患者 数字病理学 脂肪肉瘤 单细胞RNA测序, 高参数流式细胞术 NA RNA测序数据, 流式细胞术数据 12例患者,其中9例有至少1次肿瘤活检分析,3例有配对活检,10例有配对血液样本分析 NA 单细胞RNA-seq NA NA
583 2025-12-03
Integrated multi-omics of mitophagy-related molecular subtype characterization and biomarker identification in sepsis
2025-Dec-01, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究通过整合多组学数据,识别并验证了与线粒体自噬相关的关键基因作为脓毒症诊断和分子分型的生物标志物 首次系统性地识别并验证了线粒体自噬相关基因(MAG)在脓毒症诊断、分子分型和免疫调节中的关键作用,并提供了NUP93促进线粒体自噬的功能性证据 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验,缺乏体内实验验证和临床样本的直接验证 识别脓毒症的线粒体自噬相关分子亚型并发现诊断生物标志物 脓毒症患者和LPS刺激的RAW264.7细胞 生物信息学 脓毒症 批量转录组测序、单细胞RNA-seq、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、机器学习 机器学习 转录组数据、单细胞RNA-seq数据 未明确指定样本数量,但使用了多个批量转录组数据集和单细胞RNA-seq数据 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
584 2025-12-03
Hypergraph-driven spatial multimodal fusion for precise domain delineation and tumor microenvironment decoding
2025-Dec-01, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 提出了一种名为HAST的超图驱动空间多模态融合工具,用于精确划分空间域和解码肿瘤微环境 通过整合基因表达、空间坐标和组织学特征构建局部超图,有效建模多对多的空间关系,并利用超图卷积网络结合自监督对比学习来融合多视图信息 未在摘要中明确说明 精确划分空间域并解码肿瘤微环境 肿瘤微环境 空间转录组学 肿瘤 空间转录组学 超图卷积网络 基因表达数据、空间坐标、组织学特征 多个数据集(具体数量未说明) NA 空间转录组学 NA NA
585 2025-12-03
Comprehensive bulk and single-cell RNA sequencing uncovers senescence-associated biomarkers in therapeutic mesenchymal stem cells
2025-Dec-01, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究结合形态学、分子和转录组学分析,深入表征了犬间充质干细胞在衰老过程中的变化,并通过bulk和单细胞RNA测序发现了衰老相关的生物标志物 首次在犬模型(与人类衰老特征相似)中,结合bulk RNA测序和单细胞RNA测序全面分析间充质干细胞的衰老过程,并发现了衰老亚群的异质性分布 研究基于体外传代模型,可能无法完全模拟体内衰老的复杂性;样本量相对较小 研究间充质干细胞在衰老过程中的转录组变化,寻找衰老相关的生物标志物,以提高细胞治疗的质量控制 犬间充质干细胞(早期传代P2和晚期传代P6) 数字病理学 老年疾病 RNA测序,单细胞RNA测序 NA 转录组数据 早期传代(P2)和晚期传代(P6)犬间充质干细胞 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
586 2025-12-03
Multimodal foundation transformer models for multiscale genomics
2025-Dec-01, Nature methods IF:36.1Q1
综述 本文探讨了基于Transformer的模型在分析和整合多尺度生物数据方面的最新进展,并提出了一个模块化的“超级Transformer”架构设计 将Transformer模型分为三个层级进行系统分类,并提出了利用交叉注意力机制整合异质模态的模块化“超级Transformer”架构 本文为综述性文章,未涉及具体实验验证,主要讨论模型架构和挑战 为多尺度、多模态基因组学研究提供Transformer模型的资源与路线图 基因组序列、单细胞转录组学和空间数据 机器学习 NA NA Transformer, 大型语言模型 基因组序列, 单细胞转录组数据, 空间数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
587 2025-12-03
Leveraging two novel droplet-based single-cell RNA Sequencing platforms: a comparative study with 10x genomics
2025-Dec-01, BMC genomics IF:3.5Q2
研究论文 本文对SeekOne和MobiDrop两种新型液滴式单细胞RNA测序平台与10x Genomics商业平台进行了比较研究 首次独立比较两种新兴液滴式单细胞RNA测序平台与行业标准10x Genomics平台的性能表现 研究仅基于特定样本类型,可能未涵盖所有生物对象或实验条件 评估不同单细胞RNA测序平台的性能,以确定最适合研究各种生物对象和实现特定实验目标的平台 不同复杂度和质量的细胞悬浮液样本 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 未明确指定样本数量,但涉及多种类型样本 10x Genomics, SeekOne, MobiDrop 单细胞RNA-seq 10x Chromium, SeekOne平台, MobiDrop平台 液滴式高通量单细胞RNA测序平台
588 2025-12-03
IL-15 signaling via cis- and trans-presentation to progenitor-exhausted CD8+ T cells enhances radio-immunotherapy efficacy in ESCC
2025-Dec-01, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1
研究论文 本研究探讨了IL-15在食管鳞状细胞癌(ESCC)放疗联合免疫治疗中的作用,发现其通过顺式和反式呈递增强前体耗竭CD8+ T细胞功能,并可作为预测治疗反应的生物标志物 揭示了IL-15在ESCC肿瘤微环境中通过空间邻近性激活前体耗竭CD8+ T细胞的新机制,并首次提出IL-15水平可作为放疗联合免疫治疗的预测性生物标志物 研究样本量有限,且主要基于观察性临床队列和临床前小鼠模型,需要更大规模的前瞻性研究验证 探索IL-15在食管鳞状细胞癌放疗联合免疫治疗中的作用机制,并评估其作为预测性生物标志物的潜力 食管鳞状细胞癌(ESCC)患者及临床前小鼠模型 数字病理学 食管鳞状细胞癌 ELISA、流式细胞术、单细胞RNA测序、空间分析 NA 血液和组织样本、单细胞RNA测序数据、空间分析数据 ESCC患者临床队列及临床前小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
589 2025-12-03
Three-Year Follow-Up of Neoadjuvant Tislelizumab with Chemotherapy in Locally Advanced Gastric and Gastroesophageal Junction Adenocarcinoma: Revealing Cancer-Associated Fibroblast Heterogeneity Corresponding to PD-1 Blockade Efficacy
2025-Dec-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究报道了局部晚期胃癌患者接受新辅助替雷利珠单抗联合SOX化疗方案治疗的三年随访数据,并通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了癌症相关成纤维细胞异质性对PD-1阻断疗效的影响 首次在局部晚期胃癌新辅助免疫治疗背景下,通过单细胞RNA测序和空间转录组学鉴定并验证了三种癌症相关成纤维细胞表型,特别是发现炎症性CAFs与免疫治疗疗效负相关 研究为单臂II期临床试验,样本量较小(49例患者),且单细胞测序仅来自7例患者,需要更大规模随机对照试验验证 评估新辅助替雷利珠单抗联合SOX化疗在局部晚期胃癌中的长期疗效,并探索癌症相关成纤维细胞异质性对PD-1阻断疗效的影响机制 局部晚期胃癌和胃食管结合部腺癌患者 数字病理学 胃癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学 Cox回归模型, Kaplan-Meier分析 单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据, 临床随访数据 49例患者(其中7例进行了单细胞RNA测序) NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
590 2025-12-02
Imbalances in adrenal hormones and their effects on bone metabolism
2025-Dec-01, Endocrine journal IF:1.3Q4
综述 本文综述了肾上腺激素失衡对骨代谢的影响,重点关注自主皮质醇分泌、原发性醛固酮增多症和嗜铬细胞瘤/副神经节瘤等病理状态,以及衰老过程中的激素变化 利用最新的类固醇谱分析和单细胞转录组技术揭示,在肾上腺皮质腺瘤中,多种类固醇激素共同影响骨代谢,而非单一激素作用 NA 探讨肾上腺激素失衡如何影响骨健康,特别是骨量减少、骨质量下降和骨折风险增加 肾上腺激素失衡相关的病理条件(如自主皮质醇分泌、原发性醛固酮增多症、嗜铬细胞瘤/副神经节瘤)及衰老过程 NA 骨质疏松症 类固醇谱分析,单细胞转录组分析 NA NA NA NA NA NA NA
591 2025-12-02
Integrating pathology genomics and single-cell genomics to identify lactate metabolism-related prognostic features and therapeutic strategies for melanoma
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 本研究整合病理基因组学和单细胞基因组学,构建了基于乳酸代谢的预后模型,并探索了黑色素瘤的治疗策略 首次整合多组学数据(包括病理影像特征、单细胞RNA测序、空间转录组学等)系统表征黑色素瘤乳酸代谢特征,并开发了结合病理特征和基因的预后模型,同时通过实验验证了关键基因RAB32的功能 研究主要基于TCGA等公共数据集,外部验证可能有限;模型在临床广泛应用前需进一步前瞻性验证 系统表征黑色素瘤乳酸代谢的分子特征,构建预后模型并探索治疗策略 皮肤黑色素瘤(SKCM)患者样本及细胞系 数字病理学 黑色素瘤 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 基因集变异分析, 机器学习 ResNet50, 10种机器学习算法组合 图像, 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 TCGA队列训练和验证集 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
592 2025-12-02
Endothelial SPRY1 deficiency associates with angiogenic-metabolic reprogramming in pulmonary arterial hypertension: a multi-omics analysis of bulk and single-cell transcriptomic profiles
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞转录组测序、高维加权基因共表达网络分析和机器学习,揭示了肺动脉高压中肺毛细血管内皮细胞的扩张及其代谢重编程,并鉴定出SPRY1为关键生物标志物 首次通过多组学分析结合机器学习,在肺动脉高压中系统揭示了毛细血管内皮细胞的异质性扩张与糖酵解-三羧酸循环代谢通路失调的关联,并鉴定出SPRY1这一新型关键生物标志物 研究主要基于GEO数据库的测序数据,虽然在大鼠模型中进行了验证,但临床样本量有限,且机制研究深度有待进一步实验验证 阐明肺动脉高压血管重塑的细胞分子机制,鉴定关键致病因子 肺动脉高压患者的肺组织样本、正常对照肺组织、野百合碱诱导的肺动脉高压大鼠模型 生物信息学 肺动脉高压 单细胞RNA测序,高维加权基因共表达网络分析,机器学习 机器学习(未指定具体模型) 转录组测序数据 未明确样本数量,包含PAH患者和正常对照的肺组织样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
593 2025-12-02
Neutrophil-enriched gene signature correlates with teplizumab therapy resistance in different stages of type 1 diabetes
2025-Dec-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组学分析,揭示了与teplizumab治疗1型糖尿病疗效相关的免疫基因特征,并开发了一个基于血液的26基因预测模型 首次在1型糖尿病中通过跨物种(小鼠和人类)单细胞转录组学分析,鉴定出与teplizumab治疗反应相关的特异性免疫细胞特征,特别是中性粒细胞富集特征与治疗抵抗的关联,并开发了高精度的血液基因预测模型 研究样本量相对有限,且主要基于观察性数据,需要在前瞻性队列中进一步验证预测模型的临床实用性 探究teplizumab治疗1型糖尿病疗效异质性的免疫学机制,并开发预测治疗反应的生物标志物 非肥胖糖尿病(NOD)小鼠和1型糖尿病患者的血液及胰腺样本 单细胞转录组学 1型糖尿病 单细胞转录组测序 弹性网络逻辑回归模型 单细胞RNA-seq数据 来自NOD小鼠的配对外周血和胰腺样本,以及来自AbATE和TN10临床试验的人类全血样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
594 2025-12-02
ERO1A-positive tumor epithelial cells in colorectal cancer progression: a multi-omics perspective
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过多组学方法,识别并验证了结直肠癌中ERO1A阳性肿瘤上皮细胞亚群在促进肿瘤进展和不良预后中的关键作用 首次从多组学角度系统鉴定并验证了ERO1A阳性上皮细胞亚群在结直肠癌中的关键作用,并基于此构建了优于现有111个模型的预后预测工具ETSRM 研究结论主要基于回顾性队列数据,需前瞻性临床研究进一步验证;涉及的信号通路机制有待更深入的实验探索 探究结直肠癌进展的关键驱动细胞亚群及其与肿瘤微环境的相互作用 结直肠癌患者样本(来自21个多中心队列)及相关的细胞与动物模型 数字病理学 结直肠癌 单细胞转录组学、空间转录组学、蛋白质组学、生物信息学分析、体外与体内实验 风险预测模型(ETSRM) 转录组数据、蛋白质组数据、空间转录组数据 来自21个多中心队列的2767例结直肠癌样本 NA 单细胞转录组学, 空间转录组学, 蛋白质组学 NA NA
595 2025-12-02
Heterogeneity of Acute Myeloid Leukemia patients explored through single-cell and single-sample gene regulatory networks
2025-Dec, Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序数据构建急性髓系白血病患者的基因调控网络,探索疾病异质性并揭示个性化治疗潜力 首次结合单细胞数据与单样本网络方法(LIONESS)构建患者特异性基因调控网络,实现完美患者区分并识别细胞类型特异性调控程序 网络构建依赖四种推断方法的一致性,可能受算法限制;样本量未明确说明,可能影响泛化性 探究急性髓系白血病在基因调控层面的异质性,为个性化治疗提供基础 急性髓系白血病患者与健康对照的祖细胞、单核细胞和树突状细胞 生物信息学 急性髓系白血病 单细胞RNA测序 基因调控网络推断方法(ARACNE, CLR, MRNET, GENIE3)与LIONESS 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
596 2025-12-02
Integrating computational pathology and multi-transcriptomics to characterize glioblastoma heterogeneity and identify prognostic biomarkers
2025-Dec, Human pathology IF:2.7Q2
研究论文 本研究通过整合计算病理学和多转录组学数据,表征胶质母细胞瘤的异质性并识别预后生物标志物 创新性地结合了全切片图像的病理特征、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组学数据,并开发了机器学习模型来识别与预后相关的关键基因和细胞亚群 模型在验证集上的C-index相对较低(0.616),样本量可能有限,且研究主要基于TCGA等公共数据集,需要进一步的外部验证 改善胶质母细胞瘤的预后评估并识别潜在的治疗靶点 胶质母细胞瘤(GBM)患者 计算病理学 胶质母细胞瘤 bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学 Lasso + plsRcox 图像, 转录组数据 NA NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
597 2025-12-02
Integrative analysis of RiboSis-related gene expression in colorectal cancer: implications for prognosis and immunotherapy
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过整合分析结直肠癌中核糖体生物发生相关基因的表达,构建了一个预后特征模型,并探讨了其在免疫治疗响应中的潜在应用 首次利用单细胞RNA测序数据结合非负矩阵因子化方法鉴定结直肠癌中与核糖体生物发生相关的细胞亚型,并开发了一个基于多算法机器学习的预后特征模型,该模型在多个数据集中验证了高预测准确性 研究主要依赖于公共数据库的回顾性数据,样本量相对有限,且实验验证仅聚焦于单个枢纽基因PFDN2,未来需要更大规模的前瞻性研究和更全面的功能验证 探索核糖体生物发生相关基因在结直肠癌中的临床意义,包括预后评估和免疫治疗响应预测 结直肠癌组织样本及其中的单细胞数据 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序 非负矩阵因子化, 机器学习集成方法 单细胞RNA测序数据 3个结直肠癌组织的scRNA-seq数据用于初步分析,13个结直肠癌样本的26,961个细胞用于详细研究 NA 单细胞RNA-seq NA NA
598 2025-12-02
Plasminogen activator inhibitor 1 promotes aortic aging-like pathophysiology in humans and mice
2025-Dec-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本研究通过人类遗传学分析和基因工程小鼠模型,揭示了纤溶酶原激活物抑制剂1(PAI-1)在促进主动脉衰老样病理生理中的作用及其机制 首次结合人类功能缺失性SERPINE1变异体的保护效应与对应基因工程小鼠模型,系统阐明PAI-1通过调控细胞外基质和血管平滑肌细胞可塑性影响血管衰老的机制 研究主要基于小鼠模型,人类数据来源于遗传变异分析,需进一步在人群中进行干预性验证 探究PAI-1在心血管衰老过程中的作用机制及作为治疗靶点的潜力 携带SERPINE1功能缺失变异的人类个体、Serpine1TA700/+基因工程小鼠、PAI-1过表达小鼠 心血管疾病研究 心血管疾病 单细胞转录组测序 基因工程小鼠模型 遗传学数据、生理学测量数据、转录组数据 未明确说明具体样本数量,涉及基因工程小鼠品系比较 NA 单细胞RNA-seq NA NA
599 2025-12-02
Deciphering macrophage heterogeneity and factors driving M2 polarization in lung adenocarcinoma through single-cell RNA sequencing
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序解析肺腺癌中巨噬细胞的异质性及M2极化的驱动因素,发现BCAT1表达与M2巨噬细胞浸润正相关,并可能通过促进M2极化形成免疫抑制微环境,影响免疫治疗效果 利用单细胞测序数据识别BCAT1作为驱动巨噬细胞M2极化的关键基因,并通过体外和体内实验验证其在肺腺癌免疫抑制微环境中的作用 研究基于特定数据集GSE207422,样本来源和规模可能限制结论的普适性;BCAT1的具体作用机制仍需进一步探索 探究肺腺癌肿瘤微环境中巨噬细胞的异质性及M2极化的分子驱动因素,以改善免疫治疗反应 肺腺癌患者的肿瘤相关巨噬细胞 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
600 2025-12-02
Multi-omics nominates VDAC2 as a candidate protective locus in sepsis-associated cholesterol dysregulation
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过多组学与机器学习方法,探索脓毒症中胆固醇代谢失调,并鉴定VDAC2作为潜在的保护性基因位点 整合转录组、单细胞RNA测序数据及101种机器学习算法构建诊断与预后模型,首次通过多组学方法将VDAC2确定为脓毒症胆固醇代谢失调中的候选保护性位点 研究基于公共数据库的回顾性数据,需进一步实验验证VDAC2的功能机制 探索脓毒症中胆固醇代谢失调的分子机制,并识别新的治疗靶点 脓毒症患者的基因表达数据 机器学习 脓毒症 转录组测序, 单细胞RNA测序 机器学习算法, 非负矩阵分解, 诊断模型, 预后模型 基因表达数据 从GEO数据库获取的脓毒症转录组及单细胞RNA测序数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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