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当前共找到 764 篇文献，本页显示第 561 - 580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 561 | 2025-12-04 |
A practical protocol of processing mineralized tissue for Visium spatial transcriptomics
2025-Dec, Mechanobiology in medicine
DOI:10.1016/j.mbm.2025.100163
PMID:41323651
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研究论文 | 本文提出了一种用于处理矿化组织以进行Visium空间转录组学分析的优化工作流程 | 使用Morse's溶液替代传统EDTA脱钙，实现快速脱钙（<24小时）同时保持RNA质量，并强调使用SCHOTT NEXTERION® Slide H（3-D水凝胶涂层）以增强脆弱脱钙骨切片的粘附性 | NA | 克服矿化组织空间转录组学分析中因脱钙过程导致的RNA完整性和基因检测问题 | 完整和骨折的小鼠股骨样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠股骨样本（具体数量未明确说明） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium V2和Visium HD |
| 562 | 2025-12-04 |
Single-cell RNA sequencing reveals immune cell alterations in patients with allergic rhinitis treated with Peiyuan Tong-qiao decoction
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102325
PMID:41323806
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了培元通窍汤治疗过敏性鼻炎患者后免疫细胞的变化 | 首次在过敏性鼻炎治疗中应用单细胞RNA测序技术，系统揭示了中药治疗后免疫细胞亚群、细胞间通讯及转录调控网络的动态变化 | 样本量有限，未设置安慰剂对照组，缺乏长期疗效随访数据 | 探索培元通窍汤治疗过敏性鼻炎的作用机制 | 过敏性鼻炎患者治疗前后的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 过敏性鼻炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确具体样本数量，仅说明采集了治疗前后的PBMCs样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 563 | 2025-12-04 |
Cancer-associated fibroblasts: Recent advances and therapeutic implications
2025-Dec-01, Current opinion in cell biology
IF:6.0Q1
DOI:10.1016/j.ceb.2025.102601
PMID:41330025
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综述 | 本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的最新研究进展及其在肿瘤微环境中的关键作用，并探讨了针对CAFs的治疗策略 | 整合了单细胞测序和空间转录组学的最新发现，揭示了CAFs的功能异质性、空间组织、时间动态及免疫调节功能，并讨论了靶向CAF亚群的新兴治疗策略 | 作为一篇综述，未提供原始实验数据，且CAFs的复杂性和治疗靶向性仍需更多临床验证 | 总结CAFs的生物学特性及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的作用，探索靶向CAFs的治疗机会 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在肿瘤微环境中的功能 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序，空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 564 | 2025-12-04 |
CellUntangler: Separating distinct biological signals in single-cell data with deep generative models
2025-Dec-01, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.101073
PMID:41330382
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研究论文 | 本文提出了一种名为CellUntangler的深度生成模型，用于从单细胞RNA测序数据中分离不同的生物信号 | 提出了一种新的深度生成模型，将细胞嵌入到由多个子空间组成的潜在空间中，每个子空间采用适当的几何结构来捕获不同的生物信号，从而能够同时解耦多种过程 | 未在摘要中明确说明 | 开发一种能够从单细胞数据中分离不同生物信号的方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度生成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 565 | 2025-12-04 |
A genome-scale single-cell CRISPRi map of trans gene regulation across human pluripotent stem cell lines
2025-Dec-01, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.101076
PMID:41330380
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研究论文 | 本研究构建了一个跨人类多能干细胞系的基因组规模CRISPR干扰扰动图谱，结合单细胞RNA测序，以探索基因调控的遗传背景依赖性 | 首次在人类多能细胞中实现了跨多个遗传背景的基因组规模CRISPR干扰扰动图谱，结合单细胞RNA测序，揭示了扰动效应的遗传变异 | NA | 理解人类基因组调控，解析疾病相关突变或基因表达变化的基础 | 人类多能干细胞系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），CRISPR干扰 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 566 | 2025-12-04 |
Integrating Multiple Clustering Techniques and Performance Measures via Ranking for scRNA-Seq Data
2025-Dec, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.70331
PMID:41330405
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研究论文 | 本文提出了一种通过整合多种聚类技术和性能度量来评估和排名单细胞RNA-seq数据聚类方法的新方法 | 将微阵列数据时代的稳定性度量适应于单细胞数据，并结合多种现有度量来评估聚类技术在不同参数选择下的特性，通过聚合方法对所有度量进行排名 | 研究仅基于五个已知分组和一个未知分组的数据集进行验证，可能未覆盖所有单细胞数据场景 | 评估和排名单细胞RNA-seq数据的聚类技术，以提高聚类结果的可靠性和准确性 | 单细胞基因表达数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 聚类技术 | 基因表达数据 | 六个数据集（五个已知分组，一个未知分组） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 567 | 2025-12-03 |
Transcriptional and temporal heterogeneity of developing α cells revealed by single-cell RNA sequencing
2025-Dec-15, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152996
PMID:41242298
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了发育中α细胞的转录和时间异质性 | 利用时间分辨报告小鼠系“Gcg-Timer”进行单细胞转录组分析，首次展示了α细胞生成过程中的转录动态和细胞异质性，并发现线粒体转录本在α细胞中比在发育中的β细胞中表达更显著 | 研究主要基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类；单细胞测序技术本身存在技术噪音和批次效应 | 探索胰腺α细胞在发育过程中的转录动态和细胞异质性 | 小鼠胚胎中的Gcg表达α细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 568 | 2025-12-03 |
Identification and Validation of Phagocytosis-Regulating Factors as Potential Prognostic and Diagnostic Biomarkers for Intracerebral Hemorrhage Through Single-Cell and Bulk Transcriptomic
2025-Dec-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202502582RR
PMID:41329043
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和批量转录组学分析，识别并验证了吞噬作用调控因子作为脑出血潜在预后和诊断生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序和机器学习方法，系统识别了与脑出血相关的吞噬调控基因，并构建了ceRNA调控网络 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床验证 | 探索吞噬作用调控因子在脑出血中的诊断和预后价值 | 脑出血患者与正常脑组织的转录组数据 | 生物信息学 | 脑出血 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习 | 机器学习特征选择算法, CIBERSORT算法 | 转录组数据 | 来自GEO数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 569 | 2025-12-03 |
CASP1 as a potential target of Dendrobium in Sjögren's syndrome: Multi-omics analysis and preliminary experimental evidence
2025-Dec-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115670
PMID:41101222
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研究论文 | 本研究通过多组学整合分析，探讨了CASP1在原发性干燥综合征(pSS)发病机制中的潜在作用，以及中药成分石斛的可能治疗机制 | 首次通过多组学整合分析（包括转录组、网络药理学、单细胞测序和分子对接）系统性地识别了CASP1作为pSS的潜在治疗靶点，并验证了石斛活性成分与CASP1的结合潜力 | 研究主要基于生物信息学分析和初步实验验证，因果关系和治疗效果需要进一步的功能验证研究 | 探索CASP1在pSS发病机制中的作用及石斛的治疗机制 | 原发性干燥综合征(pSS)患者 | 生物信息学 | 干燥综合征 | 转录组测序, 单细胞测序, RT-qPCR, 分子对接 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 65名pSS患者及健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 570 | 2025-12-03 |
IRF5 siRNA Nanoimmunotherapy: Restoring Macrophage Efferocytosis in Atherosclerosis
2025-Dec-02, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本研究开发了一种靶向IRF5的siRNA纳米免疫治疗平台，用于恢复动脉粥样硬化斑块中巨噬细胞的胞葬功能 | 利用工程化siRNA纳米颗粒平台特异性抑制斑块不稳定巨噬细胞分子IRF5，首次实现通过siIRF5纳米免疫治疗增强斑块巨噬细胞的胞葬能力并改善斑块稳定性 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证疗效和安全性 | 开发治疗动脉粥样硬化的新型免疫治疗方法 | 动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞（特别是Cd11c+和Trem2hi亚群） | 纳米医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 2个独立的ApoE-/-小鼠动脉粥样硬化模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 571 | 2025-12-03 |
A comparative review of single-cell atlases: mapping cellular diversity across species and tissues
2025-Dec-02, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-025-05952-x
PMID:41326763
|
综述 | 本文对当前单细胞图谱进行了深入的比较分析，评估了其范围、优势和局限性 | 基于Hrovatin等人更新的框架，系统性地比较了不同单细胞图谱在生物学焦点、物种代表性和数据集规模上的差异，并提出了未来扩展、整合和标准化的关键建议 | 现有图谱在物种和组织类型方面存在代表性不足的空白 | 系统比较和评估现有单细胞图谱，以指导未来图谱计划的扩展、整合和标准化，增强其转化应用价值 | 单细胞图谱，包括人类细胞图谱和小鼠细胞图谱等参考资源 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 转录组学、表观基因组学和空间分析数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 572 | 2025-12-03 |
scRNA-seq and Proteomics Uncover Glycolytic Dysregulation Linking Skin and Systemic Inflammation in Dermatomyositis
2025-Dec-02, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf486
PMID:41329255
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，揭示了皮肌炎中皮肤与系统性炎症之间的糖酵解失调机制 | 首次构建了皮肌炎皮肤病变的高分辨率单细胞图谱，并识别了炎症性成纤维细胞亚群及IFN-I信号通路与CXCL10-糖酵解轴的核心作用 | 研究主要基于成人经典皮肌炎患者样本，可能无法完全代表所有皮肌炎亚型；动物模型验证虽有效，但人体治疗应用仍需进一步研究 | 定义皮肌炎的系统性和皮肤病变炎症景观，并探究其致病机制 | 经典成人皮肌炎患者的皮肤病变样本及实验性自身免疫性肌炎小鼠模型 | 数字病理学 | 皮肌炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学、转录组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 573 | 2025-12-03 |
Profiling Cell-state Fingerprints Based on Deep Learning Model with Meta-programs of Pan-cancer
2025-Dec-02, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf123
PMID:41329499
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研究论文 | 本研究基于深度学习模型StateNet，利用泛癌元程序生成细胞状态指纹，以分析癌症细胞状态的共性与个体差异 | 开发了深度学习模型StateNet，首次基于泛癌元程序生成细胞状态指纹，用于揭示癌症细胞的共享特征和个体特性，并识别了ACAT2作为缺氧与脂质代谢通路的关键介导因子 | 研究主要依赖单细胞RNA测序数据，可能未涵盖所有细胞状态或组织类型，且样本量虽大但仍有扩展空间 | 旨在解析泛癌中细胞状态的共同机制和个体差异，开发工具用于癌症分析和预后预测 | 159,372个细胞，来自245个细胞系，覆盖14种组织类型，以及3,210个癌症样本 | 机器学习 | 泛癌 | 单细胞RNA测序 | 深度学习模型StateNet | 单细胞RNA测序数据 | 159,372个细胞（来自245个细胞系）和3,210个癌症样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 574 | 2025-12-03 |
Spatiotemporal liver dynamics shape hepatocellular heterogeneity and impact in vivo gene engineering
2025-Dec, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.06.018
PMID:40617259
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研究论文 | 本研究通过克隆追踪、单细胞和空间转录组学技术，探索了小鼠肝脏生长过程中肝细胞异质性的演变及其对体内基因工程的影响 | 揭示了新生肝脏中克隆性肝细胞在空间生态位中的定位及其对成年组织生成的贡献，并展示了靶向这些细胞可提高基因编辑效率 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类肝脏中的适用性尚需进一步验证 | 探究肝细胞异质性在肝脏生长中的动态变化及其对体内基因治疗策略的影响 | 不同年龄阶段的小鼠肝脏组织 | 数字病理学 | NA | 克隆追踪、单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据、空间数据 | 不同年龄的小鼠肝脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 575 | 2025-12-03 |
Spatial Transcriptomics of Developing Wheat Seed Reveals Concentric Gene Expression Zones and Subgenome Biased Expression of Key Genes
2025-Dec, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70351
PMID:40904198
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研究论文 | 本研究利用STOmics空间转录组平台，可视化小麦种子在灌浆关键期的基因表达空间模式，揭示了胚乳中的同心表达区域和亚基因组偏向表达的关键基因 | 首次在小麦种子中应用空间转录组技术，实现了亚细胞分辨率的转录本定位，识别了与八个功能细胞群相关的基因表达簇，并发现了胚乳内四个同心区域的表达模式 | 研究仅聚焦于14 DPA（花后天数）的小麦种子，未覆盖整个发育过程，且样本量有限 | 探究小麦种子发育过程中基因表达的空间组织，以理解营养储存、胁迫耐受和萌发等关键过程 | 小麦（Triticum aestivum）种子，特别是在灌浆关键期的发育阶段 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 超过4,000,000个空间解析的转录本 | STOmics | 空间转录组学 | STOmics空间转录组平台 | NA |
| 576 | 2025-12-03 |
Spatial Cross-talk Modeling of the Tumor Microenvironment Identifies CCR5-Mediated Glia-to-Glia Signaling as a Key Regulator of Brain Metastatic Progression
2025-Dec-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0237
PMID:40960488
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和细胞间通讯分析，揭示了脑转移瘤微环境中胶质细胞间信号传导的关键作用，并提出了靶向CCR5介导的胶质细胞信号传导作为治疗新策略 | 首次结合单细胞RNA测序与空间转录组学，系统解析脑转移进展中胶质细胞间的空间交互作用，并发现CCL4-CCR5信号轴可作为治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足；靶向治疗的长效性和潜在脱靶效应未充分评估 | 探究脑转移瘤微环境中胶质细胞间信号传导机制及其对肿瘤进展的调控作用 | 脑转移瘤微环境中的星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞 | 空间转录组学 | 脑转移瘤 | RNA测序, 空间转录组学, 细胞间通讯分析 | NA | 转录组数据, 空间表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 577 | 2025-12-03 |
Combining Mendelian randomization and network toxicology to decipher the causal role and molecular mechanisms of environmental pollutants in breast cancer: A focus on Methyl-4-hydroxybenzoate
2025-Dec, Cancer epidemiology
IF:2.4Q2
DOI:10.1016/j.canep.2025.102953
PMID:41183465
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研究论文 | 本研究通过整合孟德尔随机化和网络毒理学方法，探讨了环境污染物甲基对羟基苯甲酸酯在乳腺癌中的因果作用及分子机制 | 首次结合孟德尔随机化和网络毒理学，提出了一种非雌激素受体依赖的致癌机制假说，涉及生长因子信号传导失调和代谢重编程 | 研究主要基于遗传数据和计算分析，缺乏直接的实验验证，且样本来源有限（如FinnGen联盟） | 探究甲基对羟基苯甲酸酯在乳腺癌中的因果角色及其非雌激素机制 | 乳腺癌患者及尿液甲基对羟基苯甲酸酯硫酸盐的遗传数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 孟德尔随机化分析、网络毒理学、转录组分析、单细胞/空间RNA测序、分子对接 | NA | 遗传数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 尿液MEP硫酸盐数据n=8285，FinnGen联盟乳腺癌风险数据n=182,927 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 578 | 2025-12-03 |
Integrated bulk and single-cell RNA sequencing analysis reveals cuproptosis-related proteins in Crohn's disease
2025-Dec, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148990
PMID:41232892
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研究论文 | 本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了克罗恩病中与铜死亡相关的蛋白标志物及其与代谢和免疫的关联 | 首次将铜死亡相关蛋白与克罗恩病联系起来，并整合批量与单细胞数据构建诊断模型，揭示了CD274、PDK1、CP和SLC31A2等新标志物 | 研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证；单细胞分析仅为初步探索性结果，需进一步功能研究确认 | 探索铜死亡相关蛋白在克罗恩病中的作用，并构建诊断模型 | 克罗恩病患者炎症组织与非炎症组织 | 生物信息学 | 克罗恩病 | RNA测序，单细胞RNA测序，RT-qPCR | 诊断模型 | 基因表达数据 | 494例组织样本（批量数据）和25,121个细胞（单细胞数据） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 579 | 2025-12-03 |
Stereo cell: A new approach to the next generation of clinical precision medicine
2025-Dec, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70537
PMID:41316703
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评论 | 本文提出“立体细胞生物医学”作为新一代精准医学的新方法，强调从基因组数据转向单细胞的多维时空复杂性 | 引入“立体细胞生物医学”概念，整合Stereo单细胞多组学、空间转录组学和单细胞表面组学，聚焦细胞器间及细胞间的立体动态相互作用 | NA | 推动新一代精准医学的发展，通过理解分子的时空位置和相互作用来定义细胞功能 | 单细胞及其细胞器、组织中的细胞相互作用 | 数字病理学 | NA | Stereo单细胞多组学（Stereo Cell-seq）、空间转录组学（Stereo-seq）、单细胞表面组学（sc-surfaceome） | NA | 多组学数据、空间数据 | NA | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 580 | 2025-12-03 |
Systematically Revealing Quantitative Multi-Target Integrative Effects of Plants With Artificial Intelligence Method
2025-Dec, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70321
PMID:40824771
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研究论文 | 本研究开发了一种基于人工智能的新方法，以山楂为例，系统揭示了植物在单细胞水平上对疾病的多靶点潜在整合效应 | 提出了一种基于深度自编码神经网络模型的新方法，将植物与疾病之间多个共同靶点在单细胞转录组中的表达水平编码为一个整合值（MTIS），首次在单细胞水平上实现了植物多靶点潜在整合效应的景观和定量图谱 | 该方法目前仅以山楂和动脉粥样硬化为例进行了验证，其广泛适用性有待更多植物和疾病模型的进一步测试 | 系统揭示植物对疾病的定量多靶点整合效应 | 山楂（植物）对动脉粥样硬化疾病的影响 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | 深度自编码神经网络 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |