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当前共找到 1119 篇文献，本页显示第 501 - 520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2025-12-31 |
Plasma cell identity escape drives resistance to anti-BCMA T-cell-redirecting therapy in multiple myeloma
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.08.692978
PMID:41415462
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研究论文 | 本文通过全基因组测序和单细胞RNA测序，揭示了多发性骨髓瘤患者对靶向BCMA的T细胞重定向疗法产生原发性耐药的细胞和分子机制，包括基因组复杂性和浆细胞身份逃逸现象 | 首次提出“浆细胞身份逃逸”概念，并发现其与高增殖特征、BCMA表达降低及CD8 T细胞免疫失调相关，通过临床队列和临床前模型验证了这些机制 | 研究样本量相对有限（102例复发患者），且主要关注原发性耐药，对继发性耐药机制探讨不足，临床前模型可能无法完全模拟人类疾病复杂性 | 探究多发性骨髓瘤患者对靶向BCMA的CAR-T和T细胞衔接子疗法产生原发性耐药的机制 | 接受抗BCMA CAR-T或T细胞衔接子治疗的复发多发性骨髓瘤患者的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 全基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 102例复发多发性骨髓瘤患者 | NA | 全基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 502 | 2025-12-31 |
OddSNP: a predictive framework for optimizing multiplexed single-cell RNA-seq experiments
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.08.692882
PMID:41415468
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研究论文 | 开发了一个名为OddSNP的预测框架，用于优化多重单细胞RNA测序实验的设计 | 提出了SNP-信息含量（SNP-IC）这一可量化的新指标，能够基于简单的未混合先导数据准确预测基于基因型的分型成功率 | 未明确说明该框架在不同组织类型或疾病模型中的普适性验证情况 | 为单细胞RNA测序中的供体多重实验提供可靠的实验设计指导 | 干细胞和类器官模型 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 预测模型 | 基因型数据、测序数据 | 多个大规模数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 503 | 2025-12-31 |
Early skin seeding regulatory T cells modulate PPARγ-dependent skin pigmentation
2025-Dec-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66229-2
PMID:41365874
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研究论文 | 本文探讨了早期皮肤定居调节性T细胞（ETregs）在新生儿皮肤中通过调控PPARγ信号通路，促进毛囊黑素干细胞介导的皮肤色素沉着的作用 | 首次揭示了ETregs在出生后第一周内对皮肤色素沉着的关键调控作用，并明确了PPARγ信号通路在此过程中的核心地位 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来源于对白癜风患者的单细胞转录组分析，需要进一步验证ETregs在人类皮肤发育中的具体机制 | 探究早期皮肤定居调节性T细胞（ETregs）在新生儿皮肤发育中对色素沉着的调控机制 | 小鼠新生儿皮肤组织、人类白癜风患者皮肤组织 | 免疫学与皮肤生物学 | 白癜风 | 单细胞转录组分析、转录组学分析 | NA | 转录组数据、单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 504 | 2025-12-31 |
Copula modeling of gene coexpression in single-cell RNA sequencing data
2025-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.04.692380
PMID:41415412
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研究论文 | 本文评估了六种Copula模型在单细胞RNA测序数据中模拟基因共表达的能力，发现高斯Copula在准确性和速度之间提供了最佳平衡 | 首次系统评估Copula模型在scRNA-seq数据中模拟基因共表达的应用，比较了不同模型的准确性和效率 | Vine Copula虽具高准确性潜力，但当前实现无法扩展到典型scRNA-seq数据集的大规模 | 开发准确的统计模型来模拟单细胞RNA测序数据中的基因共表达模式 | 单细胞RNA测序数据中的基因共表达 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Copula模型（包括高斯Copula、Vine Copula等） | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 505 | 2025-12-31 |
Phenotypic and functional characterization of tumor-reactive T cells in malignant pleural effusions
2025-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.05.692662
PMID:41415427
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研究论文 | 本研究通过高维流式细胞术、单细胞RNA测序和T细胞受体测序，对恶性胸腔积液（MPE）中的肿瘤反应性T细胞进行了表型和功能表征，并与肺转移瘤和血液中的T细胞进行比较 | 首次系统比较了MPE、肿瘤和血液中T细胞的组成、转录组和功能特性，发现MPE富含肿瘤反应性T细胞且具有较低的终末耗竭特征和较高的细胞毒性潜力 | 研究仅基于一名黑色素瘤患者的样本，样本量小，结果可能需要更大规模研究验证 | 表征恶性胸腔积液中肿瘤反应性T细胞的表型和功能特性，评估其作为过继性细胞疗法来源的潜力 | 恶性胸腔积液、肺转移瘤和血液中的T细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 高维流式细胞术、单细胞RNA测序、T细胞受体测序、体外激活和细胞毒性实验 | NA | 流式细胞数据、单细胞转录组数据、T细胞受体序列数据 | 一名转移性黑色素瘤患者的同步采集的MPE、肺转移瘤和血液样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 | NA | NA |
| 506 | 2025-12-31 |
From features to slice: parameter-cloud modeling of spatial transcriptomics for simulation and 3D interpolatory augmentation
2025-Dec-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.04.692251
PMID:41415403
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研究论文 | 本文介绍了FEAST，一个用于空间转录组学数据计算模拟和三维插值增强的计算基础设施 | 提出了参数云建模方法，能够灵活控制空间和转录异质性，捕获高阶基因依赖性，并扩展到三维或对齐感知的上下文 | 未在摘要中明确提及 | 开发一个用于空间转录组学数据模拟、增强和三维重建的计算平台 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 参数云建模 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 507 | 2025-12-31 |
C3a-C3aR1-Mediated Interactions Between Fibroblast-Like Synoviocytes and Macrophages Promote the Progression of Rheumatoid Arthritis
2025-Dec, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.43319
PMID:40654154
|
研究论文 | 本研究揭示了类风湿关节炎滑膜中成纤维样滑膜细胞与巨噬细胞通过C3a-C3aR1信号介导的相互作用，促进疾病进展的机制 | 首次结合成像质谱流式细胞术和单细胞RNA测序解析RA滑膜细胞邻域，并发现FLS与巨噬细胞间通过C3a-C3aR1信号形成正反馈环路驱动炎症 | 研究主要基于胶原诱导关节炎小鼠模型，人体内的验证和临床转化仍需进一步探索 | 探究类风湿关节炎滑膜炎症微环境中细胞间相互作用机制及潜在治疗靶点 | 类风湿关节炎患者滑膜组织、胶原诱导关节炎小鼠模型 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 成像质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量，涉及RA患者滑膜组织与CIA小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 508 | 2025-12-31 |
Mature tertiary lymphoid structures support B cell-mediated antitumour immunity and are disrupted by neoadjuvant therapy in rectal cancer: a multicentre, retrospective study
2025-Dec, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.106030
PMID:41265130
|
研究论文 | 本研究探讨了成熟三级淋巴结构（mTLS）在直肠癌中的抗肿瘤免疫作用及其受新辅助治疗的影响 | 首次在直肠癌中系统评估mTLS与B细胞介导的免疫特征及预后的关联，并揭示新辅助治疗对TLS的破坏作用 | 回顾性研究设计可能引入选择偏倚，样本量有限且需进一步验证 | 阐明mTLS在直肠癌肿瘤免疫微环境中的作用及新辅助治疗的免疫调节效应 | 直肠癌患者组织样本 | 数字病理学 | 直肠癌 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, scBCR-seq, 免疫组化, 多重免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据, 组织图像 | 队列1：bulk RNA-seq 123例，免疫组化/多重免疫荧光161例，scRNA-seq/scBCR-seq 10例；队列2：bulk RNA-seq 19例，免疫组化125例 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞BCR测序, 空间转录组学相关技术 | NA | NA |
| 509 | 2025-12-31 |
Subpopulation-specific apoptotic responses of hemocytes to decapod iridescent virus 1 in Macrobrachium rosenbergii
2025-Dec, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2025.110685
PMID:40865745
|
研究论文 | 本研究整合流式细胞术和单细胞RNA测序，揭示了罗氏沼虾血细胞亚群对虹彩病毒1型感染的凋亡反应差异 | 首次结合流式细胞术和单细胞RNA测序技术，系统解析了罗氏沼虾血细胞亚群在DIV1感染下的凋亡动态和分化轨迹，揭示了透明细胞的凋亡激活和补偿性分化机制 | 研究主要关注早期感染阶段（24小时），长期感染动态和具体凋亡信号通路的功能验证有待进一步探索 | 探究罗氏沼虾血细胞亚群对虹彩病毒1型感染的凋亡反应差异和免疫机制 | 罗氏沼虾的血细胞亚群，包括无颗粒细胞（透明细胞和前血细胞）、半颗粒细胞和颗粒细胞 | 单细胞组学 | 病毒感染 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据，流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 510 | 2025-12-30 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal the interaction between PRRX2-driven epithelial cells and SPP1+ macrophages in mediating gemcitabine resistance in pancreatic ductal adenocarcinoma
2025-Dec-26, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003966
PMID:41456929
|
研究论文 | 本研究通过整合分析单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了PRRX2+上皮细胞与SPP1+巨噬细胞之间的相互作用在介导胰腺导管腺癌吉西他滨耐药中的关键机制 | 首次通过整合单细胞和空间转录组学技术，系统揭示了PRRX2驱动的上皮细胞与SPP1+巨噬细胞通过TGFB1/TGFBR2轴相互作用，促进EMT和ECM重塑，从而介导吉西他滨耐药的新机制 | 研究结论主要基于细胞系和临床样本的体外验证，缺乏体内动物模型的进一步验证，且临床队列样本量可能有限 | 阐明胰腺导管腺癌对吉西他滨产生耐药的分子和细胞机制，以优化治疗策略并改善患者预后 | 胰腺导管腺癌患者样本、PDAC细胞系 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，RNA-seq，免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据，空间转录组数据，图像数据 | 临床队列样本及PDAC细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 511 | 2025-12-30 |
Integrating single-cell and bulk RNA-Seq to unravel the molecular mechanisms of airway stenosis
2025-Dec-23, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01794-9
PMID:41432785
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA-Seq数据，揭示了气道狭窄的分子机制，并识别出四个关键基因及其调控通路 | 首次整合单细胞和bulk转录组数据系统研究气道狭窄的分子机制，识别出FAM118A、RCN3、PCSK7和REEP3四个关键促狭窄基因，并阐明了其通过KRAS→PI3K-AKT通路激活成纤维细胞的机制 | NA | 阐明气道狭窄的潜在分子机制 | 气道狭窄组织 | 数字病理学 | 气道狭窄 | 单细胞RNA测序, bulk RNA-Seq, 分子生物学实验 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 512 | 2025-12-30 |
HEIST: A Graph Foundation Model for Spatial Transcriptomics and Proteomics Data
2025-Dec-11, ArXiv
PMID:41040798
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为HEIST的分层图变换器基础模型，用于处理空间转录组学和蛋白质组学数据 | HEIST通过将组织建模为分层图，结合空间细胞图和基因共表达网络图，并利用基因共表达网络和细胞上下文计算基因嵌入，而非固定基因词汇表，从而能够泛化到包括空间蛋白质组学在内的新型数据类型，无需重新训练 | NA | 开发一个基础模型以整合空间信息和细胞内的复杂遗传及蛋白质组学程序，从而推断细胞内部调控如何适应微环境信号 | 空间转录组学和蛋白质组学数据，涉及22.3M个细胞、124个组织和15个器官 | 机器学习 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | 分层图变换器 | 空间坐标和细胞内转录或蛋白质计数数据 | 22.3M个细胞，来自124个组织和15个器官 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 513 | 2025-12-30 |
Spatiotemporal landscape of intrahepatic cholangiocarcinoma liver metastasis at the single-cell level
2025-Dec-10, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001641
PMID:41370247
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学等技术，揭示了肝内胆管癌肝转移过程中肿瘤微环境的关键变化和生物学机制 | 首次在单细胞水平上描绘了肝内胆管癌肝转移的时空景观，并发现了COL3A1+上皮细胞通过诱导内皮细胞间质转化和形成中性粒细胞胞外陷阱促进肿瘤侵袭和定植的新机制 | 样本量相对较小（16名患者），且主要关注肝内转移，可能未涵盖所有转移模式 | 探究肝内胆管癌肝转移过程中肿瘤微环境的特异性变化及其生物学机制 | 肝内胆管癌患者（包括有和无肝内转移者）的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 批量RNA测序, 全外显子组测序, 体内外功能实验 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量RNA测序数据, 全外显子组测序数据 | 16名患者的28份标本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq, 全外显子组测序 | NA | NA |
| 514 | 2025-12-30 |
A single-cell transcriptomic dataset of enterocyte-specific HHEX knockdown in the Drosophila larval midgut
2025-Dec-09, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-06290-0
PMID:41366252
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序生成了果蝇幼虫中肠的细胞图谱，并分析了HHEX蛋白在肠上皮分化中的调控作用 | 首次在果蝇中构建了肠细胞特异性HHEX敲除株，并利用单细胞转录组学精确解析了HHEX对中肠上皮成熟的调控 | 研究局限于果蝇模型，未直接验证在哺乳动物系统中的保守性 | 探究HHEX蛋白在肠道上皮细胞分化中的功能 | 果蝇三龄幼虫中肠细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 果蝇幼虫中肠细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 515 | 2025-12-30 |
GatorSC: Multi-Scale Cell and Gene Graphs with Mixture-of-Experts Fusion for Single-Cell Transcriptomics
2025-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.03.691688
PMID:41409156
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研究论文 | 本文提出了一个名为GatorSC的统一表示学习框架，通过构建多尺度细胞与基因图，并利用专家混合架构进行融合，以学习单细胞转录组数据的鲁棒低维表示 | 首次提出结合全局细胞-细胞图、全局基因-基因图以及基于邻域特定子图的局部基因-基因图的多尺度图建模方法，并采用专家混合架构进行自适应融合，同时将图重建与图对比学习结合在一个统一的自监督目标中 | 未明确说明模型在极高稀疏度或极端技术噪声下的性能极限，也未涉及计算效率与大规模数据扩展性的详细分析 | 开发一个能够有效利用单细胞RNA测序数据中多尺度互补结构、对噪声鲁棒且能保留数据结构的表示学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 图神经网络, 专家混合模型 | 基因表达矩阵 | 19个公开可用的scRNA-seq数据集，涵盖多种组织、物种和测序平台 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 516 | 2025-12-30 |
Immune System Alterations in Depression across Baseline and Flu Vaccine Challenge
2025-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.02.691874
PMID:41409141
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析抑郁症患者与健康对照者在流感疫苗接种前后的外周血单个核细胞，揭示了抑郁症患者先天性和适应性免疫反应在转录组和细胞群体水平上的功能受损 | 首次在单细胞分辨率下结合基线状态和流感疫苗挑战，系统描绘了抑郁症患者外周免疫系统的转录组和细胞群体改变，并发现了与抑郁评分相关的特定免疫细胞基因表达谱变化 | 样本量较小（9名患者和5名对照），且未在疫苗接种后观察到细胞因子水平的显著差异，可能限制了统计功效和结论的普适性 | 探究抑郁症患者外周免疫系统的功能完整性，特别是在先天性和适应性免疫反应方面的潜在损伤 | 抑郁症患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 9名抑郁症患者（6名女性）和5名健康对照（5名女性） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 517 | 2025-12-30 |
Basic Science and Pathogenesis
2025-Dec, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz70855_104353
PMID:41442508
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研究论文 | 本研究利用来自不同祖先背景个体的iPSC衍生神经球，探究了阿尔茨海默病GWAS基因的祖先和细胞类型特异性调控景观 | 首次在iPSC衍生的三维神经球模型中，整合单细胞多组学数据，系统比较了非洲、美洲原住民和欧洲祖先背景对AD相关基因调控架构的影响 | 样本量较小（每个祖先背景仅6个iPSC系），且仅使用了外周血单核细胞来源的iPSC，可能无法完全代表其他细胞类型或组织中的调控差异 | 探究祖先依赖性的基因组调控架构差异如何影响阿尔茨海默病的遗传风险，特别是在不同脑细胞类型中的特异性 | 来自阿尔茨海默病患者和认知健康对照的外周血单核细胞（PBMCs）及其衍生的iPSC神经球 | 基因组学与神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 批量Hi-C, iPSC重编程, 神经球分化 | iPSC衍生三维神经球模型 | 单细胞多组学数据（表观基因组与转录组） | 18个iPSC细胞系（非洲、美洲原住民、欧洲祖先各6个），分化为包含星形胶质细胞、神经元、少突胶质前体细胞和少突胶质细胞的神经球 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 批量Hi-C | NA | NA |
| 518 | 2025-12-29 |
Multi-omics analysis reveals distinct spatial compartmentalization of lung repair niches in pediatric ARDS
2025-Dec-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07588-8
PMID:41455968
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研究论文 | 本研究通过多组学分析，揭示了儿童急性呼吸窘迫综合征（PARDS）中与预后相关的、空间区隔化的肺修复生态位 | 首次在儿童流感相关PARDS中整合单细胞RNA测序、空间转录组学和血浆蛋白质组学，并结合人类肺细胞图谱（HLCA）和成人COVID-19数据进行跨年龄比较，识别出与生存相关的KRT17阳性上皮细胞等关键修复特征 | 本研究为试点性病例系列研究，样本量小，需要在更大的多中心队列中进行验证 | 探究儿童相较于成人在急性呼吸窘迫综合征中生存率更高、肺修复能力更强的潜在机制 | 儿童流感相关急性呼吸窘迫综合征（PARDS）患者的肺组织、支气管肺泡灌洗液（BALF）和血浆 | 数字病理学 | 肺病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）， 空间转录组学， 血浆蛋白质组学 | NA | 基因表达数据， 空间定位数据， 蛋白质数据 | 试点性病例系列研究（具体样本数未明确说明）， 结合了公共儿科PARDS气道scRNA-seq数据和成人致死性COVID-19肺数据 | NA | 单细胞RNA测序， 空间转录组学 | NA | NA |
| 519 | 2025-12-27 |
Single-cell RNA sequencing defines prognostic subtypes and identifies AIF1L as a therapeutic target in colorectal cancer
2025-Dec-26, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-15241-2
PMID:41449357
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 520 | 2025-12-29 |
Phospholipid scramblase 1 (PLSCR1) regulates interferon-lambda receptor 1 (IFN-λR1) and IFN-λ signaling in influenza A virus (IAV) infection
2025-Dec-24, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.104359
PMID:41439508
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研究论文 | 本研究探讨了磷脂爬行酶1（PLSCR1）在甲型流感病毒感染中调控干扰素-λ受体1（IFN-λR1）和干扰素-λ信号通路的机制 | 揭示了PLSCR1通过结合Ifn-λr1启动子调控其表达，并在细胞表面与IFN-λR1相互作用以调节干扰素-λ信号，同时发现其脂质爬行酶活性在抗流感功能中非必需，并首次在纤毛气道上皮细胞中证实PLSCR1作为细胞内在防御因子的作用 | 动物模型研究有限，未完全探索PLSCR1表达区室和酶活性的机制 | 阐明PLSCR1在甲型流感病毒感染中的抗病毒机制，为靶向人类宿主因子如PLSCR1的新型抗流感药物开发提供基础 | 甲型流感病毒感染的细胞和小鼠模型 | NA | 甲型流感病毒感染 | 单细胞RNA测序，转录组分析 | NA | RNA测序数据，转录组数据 | 甲型流感病毒感染的小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |