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当前共找到 764 篇文献,本页显示第 501 - 520 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
501 2025-12-05
Identification of CD7 as a novel biomarker of embryonal hepatoblastoma
2025-Dec-04, Pediatric surgery international IF:1.5Q3
研究论文 本研究通过多种生物信息学分析和免疫组化染色,探讨了CD7在肝母细胞瘤中的表达及其作为新型生物标志物的潜力 首次将CD7鉴定为胚胎型肝母细胞瘤的新型生物标志物,并揭示其与肿瘤进展和不良临床结局的关联 研究主要基于回顾性分析,需要进一步的前瞻性验证和功能实验来确认CD7的生物学作用 研究CD7在肝母细胞瘤中的表达及其作为生物标志物的潜力 人类肝母细胞瘤样本 数字病理学 肝母细胞瘤 bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学分析, 免疫组化染色 NA 基因表达数据, 蛋白质表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq NA NA
502 2025-12-05
ScisTree2 enables large-scale inference of cell lineage trees and genotype calling using efficient local search
2025-Dec-03, Genome research IF:6.2Q1
研究论文 本文介绍了ScisTree2,一种基于无限位点模型、用于大规模细胞谱系树推断和基因型调用的快速准确方法 ScisTree2是首个能够处理数万或更多细胞数据集的基于模型的细胞谱系树推断和基因型调用方法,并采用高效局部搜索优化树结构 NA 开发一种能够从大规模单细胞数据中准确推断细胞谱系树并进行基因型调用的计算方法 单细胞测序数据中的细胞谱系树和基因型 生物信息学 NA 单细胞测序 无限位点模型 单细胞测序数据 数万或更多细胞的数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
503 2025-12-05
Label-free selection of marker genes in single-cell and spatial transcriptomics with geneCover
2025-Dec-03, Genome research IF:6.2Q1
研究论文 本文介绍了一种名为geneCover的无标签组合方法,用于在单细胞RNA测序和空间转录组学数据中选择最优的标记基因面板 提出了一种基于基因-基因相关性的无标签组合方法,能有效识别稀有细胞类型或微妙空间模式的标记基因,并具有出色的可扩展性 未在摘要中明确提及具体局限性 开发一种无标签的标记基因选择方法,以捕获单细胞和空间转录组学数据中的细胞和空间异质性 单细胞RNA测序和空间转录组学数据中的标记基因面板 生物信息学 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 组合方法 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
504 2025-12-05
Unified integration of spatial transcriptomics across platforms with LLOKI
2025-Dec-03, Genome research IF:6.2Q1
研究论文 本文提出了一种名为LLOKI的新型框架,用于整合不同平台的空间转录组学数据,无需共享基因面板 LLOKI通过最优传输引导的特征传播和基于图的插补技术,解决了跨平台ST数据整合中基因面板差异、数据稀疏性和技术变异性的挑战,并利用scGPT等单细胞基础模型生成统一特征 未在摘要中明确说明 开发一个能够整合不同平台空间转录组学数据的统一框架,以促进对组织结构和细胞相互作用的深入理解 小鼠脑组织样本和卵巢癌数据集 空间转录组学 卵巢癌 空间转录组学,单细胞RNA测序 scGPT(单细胞基础模型),基于图的插补模型 空间转录组学数据,单细胞RNA测序数据 来自五种不同技术的小鼠脑样本,以及五个卵巢癌数据集 NA 空间转录组学,单细胞RNA-seq NA NA
505 2025-12-05
Joint imputation and deconvolution of gene expression across spatial transcriptomics platforms
2025-Dec-03, Genome research IF:6.2Q1
研究论文 本文提出了一种名为SIID的算法,用于整合不同空间转录组学平台的数据,以进行基因表达的插补和解卷积 SIID算法通过联合非负因子分解模型,结合空间对齐,能够同时处理基因表达缺失和细胞类型特异性表达推断,在模拟和真实数据中均表现出优于现有工具的性能 NA 整合不同空间转录组学技术的数据,以克服单个技术的局限性,实现基因表达的准确插补和解卷积 空间转录组学数据,特别是来自10x Genomics Visium和Xenium平台的人类乳腺癌和结肠癌组织切片 空间转录组学 乳腺癌,结肠癌 空间转录组学 联合非负因子分解模型 基因表达数据 NA 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium, 10x Xenium 10x Visium平台测量多细胞大小点的全转录组,10x Xenium平台在亚细胞分辨率下测量数百个基因
506 2025-12-05
Optimal marker genes for c-separated cell types with SepSolve
2025-Dec-03, Genome research IF:6.2Q1
研究论文 本文提出了一种名为SepSolve的新方法,用于在单细胞RNA-seq研究中识别细胞类型,通过优化选择标记基因以实现细胞类型的c-分离 引入c-分离概念,并设计线性规划模型,在考虑细胞类型内表达变异的同时避免处理所有细胞对,从而高效计算最优标记基因集 未在摘要中明确提及具体局限性 开发一种高效且稳定的标记基因选择方法,以准确区分单细胞RNA-seq数据中的细胞类型 单细胞RNA-seq数据中的细胞类型及其标记基因 单细胞分析 NA 单细胞RNA-seq 线性规划 单细胞RNA-seq数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
507 2025-12-05
Genome and Single-Cell Transcriptome Reveal the Evolution of Holoparasitic Plants: A Case Study of Cistanche deserticola
2025-Dec-03, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1
研究论文 本研究构建了肉苁蓉首个染色体级别基因组图谱,并结合单细胞转录组揭示了全寄生植物在基因组和细胞层面的进化机制 首次构建肉苁蓉染色体级别基因组图谱,通过单细胞转录组技术鉴定出寄生过程相关的细胞类型及其阶段特异性分化 研究主要聚焦于单一物种肉苁蓉,其进化机制在其他全寄生植物中的普适性有待进一步验证 探究全寄生植物在分子和细胞水平的进化机制 肉苁蓉(Cistanche deserticola),一种典型的濒危全寄生植物 植物基因组学与单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序,基因组测序 NA 基因组序列数据,单细胞转录组数据 未明确说明具体样本数量,但涉及肉苁蓉的基因组和单细胞转录组数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
508 2025-12-05
IL-8-Induced Tumor Self-Rampart Spatially Confines Oncolytic Virotherapy in Glioblastoma
2025-Dec-03, Neuro-oncology IF:16.4Q1
研究论文 本研究揭示了胶质母细胞瘤通过IL-8诱导的肿瘤自我壁垒(TSR)来空间限制溶瘤病毒疗法的机制,并提出了克服该耐药性的策略 首次发现并命名了肿瘤自我壁垒(TSR)这一空间防御结构,揭示了IL-8驱动的旁分泌信号在限制溶瘤病毒传播中的关键作用,并提出了IL-8作为药效学生物标志物和治疗靶点的双重功能 研究主要基于PDX模型和有限的患者样本,临床转化效果需进一步大规模试验验证 探究胶质母细胞瘤中限制溶瘤病毒持续复制和传播的分子与空间机制,并开发改善疗效的组合策略 胶质母细胞瘤、溶瘤腺病毒YSCH-01、患者来源异种移植(PDX)模型、肿瘤细胞 空间转录组学 胶质母细胞瘤 空间转录组学、全基因组CRISPR激活筛选、组织学分析 NA 空间转录组数据、组织图像数据 PDX模型和患者肿瘤样本(具体数量未明确说明) NA 空间转录组学 NA NA
509 2025-12-05
Single-cell multi-omic landscape reveals anatomical-specific immune features in adult and pediatric sepsis
2025-Dec-03, Nature immunology IF:27.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞多组学分析,揭示了成人和儿童脓毒症中解剖部位特异性和年龄特异性的免疫特征 首次整合单细胞转录组、T/B细胞受体测序、CITE-seq、bulk RNA测序和血浆蛋白质组学,系统描绘了不同感染部位(腹部、肺部、皮肤)和年龄(成人、儿童)脓毒症的免疫图谱,并鉴定出NR4A2中央记忆CD4 T细胞等关键细胞亚群及其功能 研究主要基于外周血样本,未直接分析感染局部组织;样本量虽较大但可能仍不足以覆盖所有脓毒症亚型;部分机制验证依赖于动物模型或体外实验 阐明不同解剖部位感染如何塑造脓毒症的免疫反应特征,并探索年龄相关的免疫差异 成人和儿童脓毒症患者及对照个体的外周血单个核细胞和血浆 单细胞多组学 脓毒症 单细胞转录组测序, 单细胞T/B细胞受体测序, CITE-seq, bulk RNA测序, 血浆蛋白质组学 NA 单细胞RNA-seq数据, 蛋白质组数据, 基因组数据 281名成人和儿童个体(脓毒症患者及对照),并在164名独立个体中验证 NA 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学, bulk RNA-seq, 蛋白质组学 NA NA
510 2025-12-05
Standardized metrics for assessment and reproducibility of imaging-based spatial transcriptomics datasets
2025-Dec-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1
研究论文 本研究通过生成Spatial Touchstone数据集,评估了Xenium和CosMx平台在成像空间转录组学中的性能,并提出了标准化操作流程和开源软件SpatialQM,以促进数据评估和可重复性 首次为成像空间转录组学技术建立了标准化评估指标和操作流程,并开发了开源软件SpatialQM,支持跨平台数据比较和细胞注释插补 研究仅基于Xenium和CosMx两个平台,可能未涵盖所有成像空间转录组学技术;样本类型和数量有限,可能影响通用性 评估成像空间转录组学技术的可重复性和性能,并建立标准化指标以促进数据整合和分析 六种组织类型的空间转录组学数据,包括公共和新生成的Spatial Touchstone数据集 空间转录组学 NA 成像空间转录组学,原位杂交技术 NA 空间转录组学数据,图像数据 254个空间剖面,涵盖六种组织类型 10x Genomics, NanoString 成像空间转录组学 Xenium, CosMx Xenium和CosMx平台,用于成像空间转录组学分析
511 2025-12-05
Multi-omics highlights the impacts of cryptorchidism history on immune microenvironment variation in TGCT
2025-Dec-03, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过多组学分析探讨了隐睾病史对睾丸生殖细胞肿瘤免疫微环境的影响 首次结合转录组、DNA甲基化和单细胞RNA测序技术,系统揭示了隐睾病史如何重塑TGCT的免疫微环境,并识别了关键的hub基因 研究样本可能有限,且未详细探讨成人隐睾样本中DNA甲基化变化较少的具体机制 探究隐睾病史对睾丸生殖细胞肿瘤生物学过程和免疫微环境的影响 正常睾丸组织、隐睾组织和睾丸生殖细胞肿瘤样本 数字病理学 睾丸生殖细胞肿瘤 转录组测序、DNA甲基化分析、单细胞RNA测序 加权基因共表达网络分析、伪时间轨迹分析 转录组数据、DNA甲基化数据、单细胞RNA测序数据 包括正常、隐睾和TGCT样本,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
512 2025-12-05
Single-cell sequencing in bladder cancer: new insights from tumor cell diversity to individualized treatment strategies
2025-Dec-03, Cancer cell international IF:5.3Q1
综述 本文综述了单细胞测序技术在膀胱癌研究中的应用进展,及其在评估肿瘤异质性、肿瘤微环境、转移和治疗耐药性方面带来的新见解 强调了单细胞测序技术相较于传统高通量测序在解析膀胱癌细胞异质性方面的显著优势,为未来研究提供了新的视角 NA 探讨单细胞测序技术如何为膀胱癌的个体化治疗策略提供新的见解 膀胱癌 数字病理学 膀胱癌 单细胞测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
513 2025-12-05
Integrative multi-omics identifies endoplasmic reticulum stress-related prognostic biomarkers and CD99-mediated cell-cell communication in lung adenocarcinoma
2025-Dec-03, International journal of surgery (London, England)
研究论文 本研究通过整合单细胞转录组学、批量RNA测序和空间转录组学数据,全面分析了内质网应激在肺腺癌中的异质性及其对肿瘤微环境重塑和细胞间通讯网络的影响 首次系统性地将内质网应激与肺腺癌的异质性、肿瘤微环境重塑及细胞间通讯网络联系起来,并识别出CD99介导的细胞间通讯作为关键调控机制 研究主要基于生物信息学分析,实验验证部分相对有限,且临床样本的多样性和规模可能影响结果的普适性 探究内质网应激对肺腺癌进展、免疫逃逸和耐药性的影响,并识别相关的预后生物标志物和治疗靶点 肺腺癌患者样本及相关基因表达数据 数字病理学 肺癌 单细胞转录组学, 批量RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学, qPCR 机器学习模型 转录组数据, 空间表达数据 未明确指定样本数量,但涉及肺腺癌患者病例 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq NA NA
514 2025-12-05
Ligustrazine attenuates ferroptosis in proximal straight tubule cells via IGF2BP1-Odc1 regulation in a CKD model
2025-Dec-03, International journal of surgery (London, England)
研究论文 本研究探讨了川芎嗪通过调控IGF2BP1-Odc1通路减轻慢性肾病模型中近端直小管细胞铁死亡的作用机制 首次将川芎嗪的作用靶点锁定为IGF2BP1,并揭示了其通过影响m6A修饰的Odc1 mRNA稳定性来抑制铁死亡的新机制 研究主要基于大鼠模型和原代细胞,临床转化仍需进一步验证;机制研究集中在IGF2BP1-Odc1轴,可能存在其他通路 评估川芎嗪治疗慢性肾病的有效性并阐明其分子机制 慢性肾病大鼠模型、原代近端直小管细胞 分子生物学与病理学 慢性肾病 LC-MS/MS分析、单细胞测序、基因过表达与敲低 动物疾病模型、细胞损伤模型 蛋白质组学数据、单细胞转录组数据、分子表达数据 大鼠模型(对照组、CKD组、川芎嗪干预组)及原代细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
515 2025-12-05
Delta-like ligand 4 mediated myeloid-derived suppressor cell metabolic reprogramming promotes neoadjuvant therapy resistance in titin-inactivated triple-negative breast cancer
2025-Dec-02, Molecular biomedicine IF:6.3Q1
研究论文 本研究揭示了Titin失活通过DLL4-MCT4轴调控髓源性抑制细胞代谢重编程,促进三阴性乳腺癌新辅助治疗耐药的机制 首次定义了“Titin失活”状态,并发现其通过DLL4增强MDSCs的糖酵解功能,驱动肿瘤免疫逃逸和治疗抵抗 研究主要基于临床样本和动物模型,尚未在更大规模人群中验证,且机制细节需进一步探索 探究Titin失活如何调控免疫逃逸并影响三阴性乳腺癌的治疗抵抗 三阴性乳腺癌患者样本、基因编辑的TNBC细胞系、原位MCT4基因修饰小鼠模型 肿瘤免疫学 三阴性乳腺癌 全外显子组测序、单细胞转录组测序、空间转录组测序、CRISPR-Cas9基因编辑、糖酵解相关分子实验 基因修饰小鼠模型 基因组数据、转录组数据、空间转录组数据 未明确指定样本数量,但涉及TNBC患者临床样本和多种细胞系 NA 单细胞RNA-seq、空间转录组学、全外显子组测序 NA NA
516 2025-12-05
Development and application of a barcoded rabies viral tracing method for mapping brain-wide inputs to single neurons
2025-Dec-02, Cell reports methods IF:4.3Q2
研究论文 开发了一种条形码狂犬病毒追踪方法,用于在单细胞水平上绘制大脑范围内对转录组定义神经元的输入连接 结合逆行病毒追踪与单细胞RNA测序,实现了在单细胞分辨率下同时映射局部和远程输入连接 NA 构建大脑在细胞分辨率下的介观连接组 小鼠内侧前额叶皮层(mPFC)的神经元 神经科学 NA 单细胞RNA测序,逆行病毒追踪 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
517 2025-12-05
Mapping heterogeneity in the tumor microenvironment of renal cell carcinoma through single-cell omics
2025-Dec-02, Trends in cancer IF:14.3Q1
综述 本文综述了单细胞组学技术在揭示肾细胞癌肿瘤微环境异质性方面的应用与发现 整合多种单细胞技术(scRNA-seq、snRNA-seq、scATAC-seq、scTCR-seq、成像质谱流式)系统解析肾细胞癌肿瘤微环境的细胞组成、调控机制和空间异质性 NA 阐明肾细胞癌肿瘤微环境的复杂性,识别治疗反应的生物标志物,指导精准免疫治疗 肾细胞癌肿瘤微环境中的细胞群体(包括CD8 T细胞亚群、肿瘤相关巨噬细胞、树突状细胞、自然杀伤细胞、癌症相关成纤维细胞等) 数字病理学 肾细胞癌 单细胞RNA测序、单核RNA测序、转座酶可及染色质测序、T细胞受体测序、成像质谱流式 NA 单细胞组学数据、空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学, 空间转录组学 NA NA
518 2025-12-05
CellPhoneDB v5: inferring cell-cell communication from single-cell multiomics data
2025-Dec, Nature protocols IF:13.1Q1
研究论文 本文介绍了CellPhoneDB v5,一个用于从单细胞多组学数据推断细胞间通信的生物信息学工具包 扩展了配体-受体相互作用库,增加了约1000个非肽类配体介导的相互作用;引入了新的查询方式以定制实验设计;整合了空间转录组学和转录因子活性等新策略来优先排序细胞间相互作用;新增了CellPhoneDBViz模块用于交互式可视化和结果共享 需要基本的Python知识,且协议执行时间约为15分钟,可能对非专业用户有一定门槛 开发并优化一个生物信息学工具包,以更精确地推断细胞间通信,从而深入理解组织生物学在生理微环境中的作用 单细胞多组学数据,包括配体-受体相互作用、空间转录组学数据和转录因子活性数据 生物信息学 NA 单细胞多组学分析,包括空间转录组学和单细胞ATAC-seq NA 单细胞基因组学数据,包括空间转录组学数据和染色质可及性数据 NA NA 单细胞多组学,空间转录组学,单细胞ATAC-seq NA NA
519 2025-12-05
Marsupial single-cell transcriptomics identifies temporal diversity in mammalian developmental programs
2025-Dec-01, Developmental cell IF:10.7Q1
研究论文 本文通过单细胞转录组学分析有袋类动物负鼠的发育过程,揭示了哺乳动物发育程序中的时间多样性 首次将有袋类动物纳入单细胞转录组学研究,识别了异时性组织并发现前部结构转录程序启动更早、进展更快 研究仅聚焦于有袋类动物负鼠,可能无法完全代表所有哺乳动物发育模式 探究哺乳动物发育程序中的时间多样性,特别关注有袋类动物的异时性现象 有袋类动物负鼠(Monodelphis domestica)的原肠胚形成和早期器官发生过程 单细胞转录组学 NA 单细胞转录组测序 NA 转录组数据 未明确指定样本数量,但涉及负鼠发育多个阶段 NA 单细胞RNA-seq NA NA
520 2025-12-05
The extracellular-matrix-remodeling capability exposes therapeutic vulnerability in a subset of renal cell carcinomas with tumor thrombi
2025-Dec-01, Developmental cell IF:10.7Q1
研究论文 本研究通过多中心、多组学数据分析,识别了肾细胞癌伴癌栓的两种亚型,并揭示了预后不良亚型中由上皮LOX表达驱动的细胞外基质重塑及其在构建肿瘤免疫屏障中的作用 首次在肾细胞癌伴癌栓中识别出两种临床相关亚型,并发现预后不良亚型中上皮LOX驱动的细胞外基质重塑是关键的肿瘤免疫屏障形成机制,为LOX抑制联合免疫治疗提供了新策略 研究基于回顾性多中心数据,需要前瞻性临床试验验证LOX抑制剂的治疗效果 探究肾细胞癌伴癌栓的肿瘤微环境特征、分子亚型及其对治疗抵抗的影响,寻找新的治疗靶点 164例肾细胞癌伴癌栓患者 数字病理学 肾细胞癌 空间转录组学,多组学数据分析,多重免疫荧光染色 NA 空间转录组数据,多组学数据,临床数据 164例患者 NA 空间转录组学 NA NA
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