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当前共找到 1237 篇文献,本页显示第 461 - 480 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
461 2025-12-30
HEIST: A Graph Foundation Model for Spatial Transcriptomics and Proteomics Data
2025-Dec-11, ArXiv
PMID:41040798
研究论文 本文介绍了一种名为HEIST的分层图变换器基础模型,用于处理空间转录组学和蛋白质组学数据 HEIST通过将组织建模为分层图,结合空间细胞图和基因共表达网络图,并利用基因共表达网络和细胞上下文计算基因嵌入,而非固定基因词汇表,从而能够泛化到包括空间蛋白质组学在内的新型数据类型,无需重新训练 NA 开发一个基础模型以整合空间信息和细胞内的复杂遗传及蛋白质组学程序,从而推断细胞内部调控如何适应微环境信号 空间转录组学和蛋白质组学数据,涉及22.3M个细胞、124个组织和15个器官 机器学习 NA 空间转录组学,空间蛋白质组学 分层图变换器 空间坐标和细胞内转录或蛋白质计数数据 22.3M个细胞,来自124个组织和15个器官 NA 空间转录组学,空间蛋白质组学 NA NA
462 2025-12-30
Spatiotemporal landscape of intrahepatic cholangiocarcinoma liver metastasis at the single-cell level
2025-Dec-10, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 本研究通过整合单细胞和空间转录组学等技术,揭示了肝内胆管癌肝转移过程中肿瘤微环境的关键变化和生物学机制 首次在单细胞水平上描绘了肝内胆管癌肝转移的时空景观,并发现了COL3A1+上皮细胞通过诱导内皮细胞间质转化和形成中性粒细胞胞外陷阱促进肿瘤侵袭和定植的新机制 样本量相对较小(16名患者),且主要关注肝内转移,可能未涵盖所有转移模式 探究肝内胆管癌肝转移过程中肿瘤微环境的特异性变化及其生物学机制 肝内胆管癌患者(包括有和无肝内转移者)的肿瘤组织样本 数字病理学 肝内胆管癌 单细胞转录组学, 空间转录组学, 批量RNA测序, 全外显子组测序, 体内外功能实验 NA 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量RNA测序数据, 全外显子组测序数据 16名患者的28份标本 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq, 全外显子组测序 NA NA
463 2025-12-30
A single-cell transcriptomic dataset of enterocyte-specific HHEX knockdown in the Drosophila larval midgut
2025-Dec-09, Scientific data IF:5.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序生成了果蝇幼虫中肠的细胞图谱,并分析了HHEX蛋白在肠上皮分化中的调控作用 首次在果蝇中构建了肠细胞特异性HHEX敲除株,并利用单细胞转录组学精确解析了HHEX对中肠上皮成熟的调控 研究局限于果蝇模型,未直接验证在哺乳动物系统中的保守性 探究HHEX蛋白在肠道上皮细胞分化中的功能 果蝇三龄幼虫中肠细胞 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 果蝇幼虫中肠细胞样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
464 2025-12-30
Protocol to investigate fibroblastic reticular cell-immune cell interaction in human lung cancer
2025-Dec-08, STAR protocols IF:1.3Q4
研究论文 本文提出了一种用于研究人肺癌中成纤维网状细胞与免疫细胞相互作用的详细实验与计算协议 开发了从肿瘤组织中富集稀有成纤维网状细胞进行单细胞RNA测序的步骤,并结合优化的免疫组化与高分辨率显微镜验证其与T细胞的物理相互作用 协议主要针对人肺癌,可能不直接适用于其他癌症类型,且依赖于特定技术平台 旨在建立一套标准化流程,以深入探究成纤维网状细胞在肺癌免疫微环境中的作用机制 人肺癌组织中的成纤维网状细胞及免疫细胞(如T细胞) 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序,免疫组化,高分辨率显微镜 NA 单细胞转录组数据,图像数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
465 2025-12-30
GatorSC: Multi-Scale Cell and Gene Graphs with Mixture-of-Experts Fusion for Single-Cell Transcriptomics
2025-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一个名为GatorSC的统一表示学习框架,通过构建多尺度细胞与基因图,并利用专家混合架构进行融合,以学习单细胞转录组数据的鲁棒低维表示 首次提出结合全局细胞-细胞图、全局基因-基因图以及基于邻域特定子图的局部基因-基因图的多尺度图建模方法,并采用专家混合架构进行自适应融合,同时将图重建与图对比学习结合在一个统一的自监督目标中 未明确说明模型在极高稀疏度或极端技术噪声下的性能极限,也未涉及计算效率与大规模数据扩展性的详细分析 开发一个能够有效利用单细胞RNA测序数据中多尺度互补结构、对噪声鲁棒且能保留数据结构的表示学习框架 单细胞RNA测序数据 机器学习 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序 图神经网络, 专家混合模型 基因表达矩阵 19个公开可用的scRNA-seq数据集,涵盖多种组织、物种和测序平台 NA 单细胞RNA-seq NA NA
466 2025-12-30
Immune System Alterations in Depression across Baseline and Flu Vaccine Challenge
2025-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析抑郁症患者与健康对照者在流感疫苗接种前后的外周血单个核细胞,揭示了抑郁症患者先天性和适应性免疫反应在转录组和细胞群体水平上的功能受损 首次在单细胞分辨率下结合基线状态和流感疫苗挑战,系统描绘了抑郁症患者外周免疫系统的转录组和细胞群体改变,并发现了与抑郁评分相关的特定免疫细胞基因表达谱变化 样本量较小(9名患者和5名对照),且未在疫苗接种后观察到细胞因子水平的显著差异,可能限制了统计功效和结论的普适性 探究抑郁症患者外周免疫系统的功能完整性,特别是在先天性和适应性免疫反应方面的潜在损伤 抑郁症患者和健康对照者的外周血单个核细胞 单细胞组学 抑郁症 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 9名抑郁症患者(6名女性)和5名健康对照(5名女性) NA 单细胞RNA-seq NA NA
467 2025-12-30
Basic Science and Pathogenesis
2025-Dec, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
研究论文 本研究利用来自不同祖先背景个体的iPSC衍生神经球,探究了阿尔茨海默病GWAS基因的祖先和细胞类型特异性调控景观 首次在iPSC衍生的三维神经球模型中,整合单细胞多组学数据,系统比较了非洲、美洲原住民和欧洲祖先背景对AD相关基因调控架构的影响 样本量较小(每个祖先背景仅6个iPSC系),且仅使用了外周血单核细胞来源的iPSC,可能无法完全代表其他细胞类型或组织中的调控差异 探究祖先依赖性的基因组调控架构差异如何影响阿尔茨海默病的遗传风险,特别是在不同脑细胞类型中的特异性 来自阿尔茨海默病患者和认知健康对照的外周血单核细胞(PBMCs)及其衍生的iPSC神经球 基因组学与神经科学 阿尔茨海默病 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 批量Hi-C, iPSC重编程, 神经球分化 iPSC衍生三维神经球模型 单细胞多组学数据(表观基因组与转录组) 18个iPSC细胞系(非洲、美洲原住民、欧洲祖先各6个),分化为包含星形胶质细胞、神经元、少突胶质前体细胞和少突胶质细胞的神经球 NA 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 批量Hi-C NA NA
468 2025-12-29
Multi-omics analysis reveals distinct spatial compartmentalization of lung repair niches in pediatric ARDS
2025-Dec-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过多组学分析,揭示了儿童急性呼吸窘迫综合征(PARDS)中与预后相关的、空间区隔化的肺修复生态位 首次在儿童流感相关PARDS中整合单细胞RNA测序、空间转录组学和血浆蛋白质组学,并结合人类肺细胞图谱(HLCA)和成人COVID-19数据进行跨年龄比较,识别出与生存相关的KRT17阳性上皮细胞等关键修复特征 本研究为试点性病例系列研究,样本量小,需要在更大的多中心队列中进行验证 探究儿童相较于成人在急性呼吸窘迫综合征中生存率更高、肺修复能力更强的潜在机制 儿童流感相关急性呼吸窘迫综合征(PARDS)患者的肺组织、支气管肺泡灌洗液(BALF)和血浆 数字病理学 肺病 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学, 血浆蛋白质组学 NA 基因表达数据, 空间定位数据, 蛋白质数据 试点性病例系列研究(具体样本数未明确说明), 结合了公共儿科PARDS气道scRNA-seq数据和成人致死性COVID-19肺数据 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
469 2025-12-27
Single-cell RNA sequencing defines prognostic subtypes and identifies AIF1L as a therapeutic target in colorectal cancer
2025-Dec-26, BMC cancer IF:3.4Q2
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
470 2025-12-29
Phospholipid scramblase 1 (PLSCR1) regulates interferon-lambda receptor 1 (IFN-λR1) and IFN-λ signaling in influenza A virus (IAV) infection
2025-Dec-24, eLife IF:6.4Q1
研究论文 本研究探讨了磷脂爬行酶1(PLSCR1)在甲型流感病毒感染中调控干扰素-λ受体1(IFN-λR1)和干扰素-λ信号通路的机制 揭示了PLSCR1通过结合Ifn-λr1启动子调控其表达,并在细胞表面与IFN-λR1相互作用以调节干扰素-λ信号,同时发现其脂质爬行酶活性在抗流感功能中非必需,并首次在纤毛气道上皮细胞中证实PLSCR1作为细胞内在防御因子的作用 动物模型研究有限,未完全探索PLSCR1表达区室和酶活性的机制 阐明PLSCR1在甲型流感病毒感染中的抗病毒机制,为靶向人类宿主因子如PLSCR1的新型抗流感药物开发提供基础 甲型流感病毒感染的细胞和小鼠模型 NA 甲型流感病毒感染 单细胞RNA测序,转录组分析 NA RNA测序数据,转录组数据 甲型流感病毒感染的小鼠 NA 单细胞RNA测序 NA NA
471 2025-12-29
Spatial multi-omics profiling uncovers metabolic heterogeneity in Sjögren's syndrome and identifies PS(36:1) as a potential therapeutic target
2025-Dec-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学技术,揭示了干燥综合征中唾液腺免疫微环境的细胞类型分布及代谢异质性,并识别出PS(36:1)作为潜在治疗靶点 首次从空间多组学角度全面解析干燥综合征的转录和代谢特征,结合单细胞分辨率数据识别出PS(36:1)在淋巴细胞灶中的异常富集及其与CD4+ T细胞的关联 样本量较小(仅8例人类唇腺样本),且主要基于小鼠模型验证,人类临床验证尚需进一步研究 探究干燥综合征的发病机制并寻找新的治疗靶点 干燥综合征患者的唇腺样本、健康对照样本及NOD/ShiLtj小鼠模型 数字病理学 干燥综合征 单细胞RNA测序、空间转录组学、空间代谢组学、免疫组化、HE染色、唾液流率检测、免疫荧光 NA 基因表达数据、代谢物数据、图像数据 8例人类唇腺样本(4例干燥综合征患者,4例健康对照)及NOD/ShiLtj小鼠 NA 单细胞RNA-seq、空间转录组学、空间代谢组学 NA NA
472 2025-12-29
Depletion of Fibrinogen Suppresses Growth of Primary Tumors and Metastasis of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-Dec-23, Gastroenterology IF:25.7Q1
研究论文 本研究通过消耗纤维蛋白原,评估了其在胰腺导管腺癌(PDAC)原发肿瘤生长和转移中的作用 首次使用临床测试中的技术平台(反义寡核苷酸或含小干扰RNA的脂质纳米颗粒)在PDAC患者来源的异种移植模型中消耗纤维蛋白原,并结合蛋白质组学和空间转录组学分析机制 纤维蛋白原消耗未影响晚期转移阶段(如肝定植),且研究主要基于异种移植模型,可能不完全反映人类疾病复杂性 探究纤维蛋白原在PDAC肿瘤进展和转移中的功能,并评估靶向纤维蛋白原作为临床治疗策略的潜力 胰腺导管腺癌(PDAC)患者来源的异种移植模型 肿瘤生物学 胰腺癌 反义寡核苷酸技术、小干扰RNA脂质纳米颗粒、蛋白质组学、空间转录组学 患者来源的异种移植模型 蛋白质组数据、空间转录组数据 3个PDAC患者来源的异种移植模型 NA 空间转录组学 NA NA
473 2025-12-29
Evolution of the Spatial transcriptomic landscape during the progression of high-grade pancreatic intraductal papillary mucinous neoplasms to invasive cancer
2025-Dec-18, Pancreatology : official journal of the International Association of Pancreatology (IAP) ... [et al.] IF:2.8Q2
研究论文 本研究利用空间转录组学技术,分析了同一患者从正常胰腺、高级别胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤到浸润性胰腺导管腺癌的演变过程 首次在单例患者中整合空间转录组学与多种计算分析方法,系统描绘了IPMN向PDAC恶性转化的空间分子景观演变,并识别出ELF3/MYC/KLF4扩增及7个功能异质性亚克隆 仅基于单个患者的三个组织样本,样本量小,需要更大队列验证发现 阐明高级别胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤向浸润性胰腺导管腺癌恶性转化的分子机制 同一患者的正常胰腺组织、高级别IPMN组织、浸润性PDAC组织 空间转录组学 胰腺癌 空间转录组学 Spatial inferCNV, SpaCET, CellChat 空间转录组数据 3例新鲜组织样本(来自同一患者) NA 空间转录组学 NA NA
474 2025-12-29
Sequential Inflammatory and Matrisome Programs Drive Remodeling of the Mouse Carotid-Jugular Arteriovenous Fistula
2025-Dec-16, Cells IF:5.1Q2
研究论文 本研究利用bulk和单细胞RNA测序技术,描绘了小鼠颈动脉-颈静脉动静脉瘘(AVF)术后颈静脉的转录组和细胞演化过程 首次通过单细胞分析揭示了小鼠AVF模型中炎症和细胞外基质重塑的时序性程序,并与人类数据进行比较验证了其转化相关性 未明确说明样本的具体数量,且模型与人类疾病的完全对应性仍存在不确定性 验证小鼠AVF模型在模拟人类静脉重塑过程中的细胞和分子机制方面的转化相关性 小鼠颈动脉-颈静脉动静脉瘘(AVF)模型中的颈静脉组织 单细胞组学 心血管疾病 bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
475 2025-12-29
RXR-Mediated Remodeling of Transcriptional and Chromatin Landscapes in APP Mouse Brain: Insights from Integrated Single-Cell RNA and ATAC Profiling
2025-Dec-11, Cells IF:5.1Q2
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和ChIP-seq技术,揭示了RXR激活在APP/PS1ΔE9小鼠大脑中介导的多层次转录级联反应和细胞类型特异性染色质重塑 首次在阿尔茨海默病小鼠模型中整合单细胞多组学技术(scRNA-seq、snATAC-seq和RXR ChIP-seq),系统解析了RXR信号通路如何通过现有调控支架(而非新建支架)重塑转录和染色质景观 研究基于小鼠模型,人类疾病中的RXR调控机制可能存在差异;Bexarotene治疗的具体临床转化潜力仍需进一步验证 探究RXR激活如何影响染色质结构和基因表达,以揭示神经退行性疾病的相关机制 Bexarotene处理的APP/PS1ΔE9转基因小鼠(阿尔茨海默病模型)的脑组织 单细胞多组学 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞ATAC测序(snATAC-seq)、染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)、转录因子足迹分析 NA 单细胞转录组数据、单细胞染色质可及性数据、ChIP-seq数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq NA NA
476 2025-12-29
PD-1 regulates CD4+ T cell-mediated CD8+ T cell responses in the brain to balance viral control and neuroinflammation
2025-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文探讨了PD-1在调节CD4+ T细胞介导的CD8+ T细胞反应中的作用,以平衡小鼠多瘤病毒脑炎中的病毒控制和神经炎症 揭示了PD-1在CD4+ T细胞中的内在信号传导如何调节CD8+ T细胞效应功能,从而平衡抗病毒防御与神经损伤,为理解PD-1阻断在PML患者中效果不一提供了机制解释 研究基于小鼠模型,可能无法完全模拟人类PML的复杂性;未涉及PD-1阻断治疗的具体临床应用或长期效果评估 探究PD-1在多瘤病毒中枢神经系统感染中如何调节T细胞反应以平衡病毒清除与神经炎症 小鼠多瘤病毒(MuPyV)感染模型中的脑浸润CD4+和CD8+ T细胞 免疫学 神经炎症性疾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
477 2025-12-29
Biomarkers
2025-Dec, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
研究论文 本研究结合血管和代谢脑成像与单细胞转录组学,探讨阿尔茨海默病小鼠模型中神经血管和代谢韧性的功能方面与细胞特异性分子通路的关系 整合多尺度成像(如qCBF和CEST MRI)与单细胞转录组学,构建性别特异性的健康与病理脑老化轨迹,揭示了血管和代谢变化的性别差异 研究仅使用小鼠模型,可能无法完全反映人类阿尔茨海默病的复杂性;样本量相对有限 研究阿尔茨海默病中神经血管和代谢韧性的功能方面及其与细胞特异性分子通路的关系 APP/PS1转基因小鼠和B6C3对照小鼠,包括雌性和雄性,年龄范围4-24个月 数字病理学 阿尔茨海默病 单细胞mRNA测序,定量脑血流成像,化学交换饱和转移MRI NA 图像,文本 100只小鼠(64只APP/PS1,33雌31雄;36只B6C3对照,17雌19雄) NA 单细胞RNA-seq NA NA
478 2025-12-29
Drug Development
2025-Dec, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
研究论文 本研究通过真实世界数据分析、患者iPSC衍生神经元模型和转基因小鼠模型,评估了西地那非在阿尔茨海默病中的潜在治疗作用 首次结合大规模真实世界患者数据、患者特异性iPSC衍生神经元模型和转基因小鼠模型,全面评估西地那非在阿尔茨海默病中的保护效应和机制 需要未来临床试验来验证西地那非在阿尔茨海默病预防和治疗中的因果关系 评估西地那非在阿尔茨海默病中的临床效应大小和作用机制 老年患者数据库(MarketScan和OPTUM)、AD患者iPSC衍生神经元和脑类器官、5xFAD转基因AD小鼠模型 数字病理学 阿尔茨海默病 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq、免疫荧光染色、行为测试 NA 患者数据库、细胞模型数据、小鼠模型数据 MarketScan数据库723万老年受试者,OPTUM数据库1152万老年受试者,AD患者iPSC衍生模型,5xFAD转基因小鼠 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
479 2025-12-29
Drug Development
2025-Dec, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术,探究了阿尔茨海默病中海马体细胞间通讯的变化,以及通过星形胶质细胞向神经元转化逆转这些变化的效果 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,系统分析了阿尔茨海默病中细胞间通讯网络的改变,并揭示了星形胶质细胞向神经元转化如何逆转疾病相关的信号通路 研究主要基于大鼠模型,人类样本数据可能有限,且病毒介导的基因治疗方法在临床转化中可能存在安全性和效率问题 探究阿尔茨海默病中海马体细胞间通讯的变化机制,以及星形胶质细胞向神经元转化对疾病病理的逆转作用 人类阿尔茨海默病患者和大鼠模型的海马体组织 数字病理学 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 人类阿尔茨海默病患者和大鼠模型样本(具体数量未明确) 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 Visium 10x Visium空间转录组平台
480 2025-12-28
Comparative analysis reveals distinct molecular heterogeneity in vaginal cells between recurrent and primary pelvic organ prolapse patients
2025-Dec-27, Frontiers of medicine IF:3.9Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序比较分析了复发性与原发性盆腔器官脱垂患者阴道细胞中的分子异质性 首次在单细胞分辨率上揭示了复发性与原发性盆腔器官脱垂之间的分子异质性差异,并识别出与复发相关的特异性成纤维细胞亚群和巨噬细胞表型变化 研究基于现有单细胞RNA测序数据集,样本量可能有限,且未进行功能验证实验 探究盆腔器官脱垂复发与原发性病例在阴道细胞分子层面的异质性差异 复发性与原发性盆腔器官脱垂患者的阴道成纤维细胞、平滑肌细胞和巨噬细胞 单细胞组学 盆腔器官脱垂 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
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