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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 441 | 2025-12-31 |
Multimodal analysis defines GNG4 as a distinguishing feature of germinal center-positioned CD4 T follicular helper cells in humans
2025-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.10.693235
PMID:41427421
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研究论文 | 本文通过多模态单细胞测序和空间转录组学,揭示了人类生发中心定位的CD4 T滤泡辅助细胞中GNG4作为区分特征的关键作用 | 首次结合trimodal单细胞测序和空间转录组学,将GNG4鉴定为人类生发中心内活化Tfh细胞的标志性特征,其特异性优于传统GC相关标记 | 研究主要基于扁桃体和外周血样本,可能未涵盖其他淋巴组织或疾病状态下的Tfh细胞异质性 | 阐明人类Tfh细胞的功能异质性及其在生发中心微环境中的分子特征 | 人类扁桃体和外周血中的CD4 T滤泡辅助细胞 | 单细胞组学 | 免疫相关疾病 | trimodal单细胞测序、光谱流式细胞术、空间转录组学 | NA | 单细胞多组学数据(表观基因组、转录组、蛋白质组)及空间转录组数据 | 未明确样本数量,但涉及人类扁桃体和外周血样本 | NA | 单细胞多组学测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 442 | 2025-12-31 |
Building dynamical models of multi-step state transitions from single cell gene expression trajectories
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.08.693064
PMID:41415381
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研究论文 | 本文介绍了一种名为NetDes的计算方法,用于从单细胞基因表达轨迹中推断核心转录因子调控网络并构建基于ODE的动态模型 | NetDes整合了自上而下和自下而上的系统生物学方法,能够在一个动态模型中捕获顺序状态转换,相比现有方法具有优势 | 未在摘要中明确说明 | 研究多步细胞状态转换(如细胞分化和疾病进展)的调控机制 | 单细胞基因表达轨迹,包括人类iPSC分化过程中的时间序列scRNA-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | ODE-based dynamical models | 基因表达数据 | 未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 443 | 2025-12-31 |
Heat-shock pathway activation by TRC051384 protects spiral ganglion neurons from noise-induced hearing loss
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.08.693048
PMID:41415422
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和空间转录组学发现噪声暴露会诱导螺旋神经元及其支持细胞内质网伴侣和蛋白酶体亚基的短暂上调,并证实小分子化合物TRC051384可通过激活热休克转录因子Hsf1来保护螺旋神经元免受噪声性听力损失 | 首次在噪声性听力损失模型中揭示螺旋神经元的蛋白毒性应激是关键驱动因素,并发现激活HSF1是一种有前景的治疗策略 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人体验证;TRC051384的长期安全性和疗效需进一步评估 | 探究噪声性听力损失的分子机制并开发保护螺旋神经元的治疗策略 | 小鼠耳蜗螺旋神经元及其支持细胞 | 空间转录组学 | 噪声性听力损失 | RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, RNA测序 | NA | NA |
| 444 | 2025-12-31 |
Plasma cell identity escape drives resistance to anti-BCMA T-cell-redirecting therapy in multiple myeloma
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.08.692978
PMID:41415462
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研究论文 | 本文通过全基因组测序和单细胞RNA测序,揭示了多发性骨髓瘤患者对靶向BCMA的T细胞重定向疗法产生原发性耐药的细胞和分子机制,包括基因组复杂性和浆细胞身份逃逸现象 | 首次提出“浆细胞身份逃逸”概念,并发现其与高增殖特征、BCMA表达降低及CD8 T细胞免疫失调相关,通过临床队列和临床前模型验证了这些机制 | 研究样本量相对有限(102例复发患者),且主要关注原发性耐药,对继发性耐药机制探讨不足,临床前模型可能无法完全模拟人类疾病复杂性 | 探究多发性骨髓瘤患者对靶向BCMA的CAR-T和T细胞衔接子疗法产生原发性耐药的机制 | 接受抗BCMA CAR-T或T细胞衔接子治疗的复发多发性骨髓瘤患者的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 全基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 102例复发多发性骨髓瘤患者 | NA | 全基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 445 | 2025-12-31 |
OddSNP: a predictive framework for optimizing multiplexed single-cell RNA-seq experiments
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.08.692882
PMID:41415468
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研究论文 | 开发了一个名为OddSNP的预测框架,用于优化多重单细胞RNA测序实验的设计 | 提出了SNP-信息含量(SNP-IC)这一可量化的新指标,能够基于简单的未混合先导数据准确预测基于基因型的分型成功率 | 未明确说明该框架在不同组织类型或疾病模型中的普适性验证情况 | 为单细胞RNA测序中的供体多重实验提供可靠的实验设计指导 | 干细胞和类器官模型 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 预测模型 | 基因型数据、测序数据 | 多个大规模数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 446 | 2025-12-31 |
Early skin seeding regulatory T cells modulate PPARγ-dependent skin pigmentation
2025-Dec-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66229-2
PMID:41365874
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研究论文 | 本文探讨了早期皮肤定居调节性T细胞(ETregs)在新生儿皮肤中通过调控PPARγ信号通路,促进毛囊黑素干细胞介导的皮肤色素沉着的作用 | 首次揭示了ETregs在出生后第一周内对皮肤色素沉着的关键调控作用,并明确了PPARγ信号通路在此过程中的核心地位 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据仅来源于对白癜风患者的单细胞转录组分析,需要进一步验证ETregs在人类皮肤发育中的具体机制 | 探究早期皮肤定居调节性T细胞(ETregs)在新生儿皮肤发育中对色素沉着的调控机制 | 小鼠新生儿皮肤组织、人类白癜风患者皮肤组织 | 免疫学与皮肤生物学 | 白癜风 | 单细胞转录组分析、转录组学分析 | NA | 转录组数据、单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 447 | 2025-12-31 |
Copula modeling of gene coexpression in single-cell RNA sequencing data
2025-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.04.692380
PMID:41415412
|
研究论文 | 本文评估了六种Copula模型在单细胞RNA测序数据中模拟基因共表达的能力,发现高斯Copula在准确性和速度之间提供了最佳平衡 | 首次系统评估Copula模型在scRNA-seq数据中模拟基因共表达的应用,比较了不同模型的准确性和效率 | Vine Copula虽具高准确性潜力,但当前实现无法扩展到典型scRNA-seq数据集的大规模 | 开发准确的统计模型来模拟单细胞RNA测序数据中的基因共表达模式 | 单细胞RNA测序数据中的基因共表达 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Copula模型(包括高斯Copula、Vine Copula等) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 448 | 2025-12-31 |
Phenotypic and functional characterization of tumor-reactive T cells in malignant pleural effusions
2025-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.05.692662
PMID:41415427
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研究论文 | 本研究通过高维流式细胞术、单细胞RNA测序和T细胞受体测序,对恶性胸腔积液(MPE)中的肿瘤反应性T细胞进行了表型和功能表征,并与肺转移瘤和血液中的T细胞进行比较 | 首次系统比较了MPE、肿瘤和血液中T细胞的组成、转录组和功能特性,发现MPE富含肿瘤反应性T细胞且具有较低的终末耗竭特征和较高的细胞毒性潜力 | 研究仅基于一名黑色素瘤患者的样本,样本量小,结果可能需要更大规模研究验证 | 表征恶性胸腔积液中肿瘤反应性T细胞的表型和功能特性,评估其作为过继性细胞疗法来源的潜力 | 恶性胸腔积液、肺转移瘤和血液中的T细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 高维流式细胞术、单细胞RNA测序、T细胞受体测序、体外激活和细胞毒性实验 | NA | 流式细胞数据、单细胞转录组数据、T细胞受体序列数据 | 一名转移性黑色素瘤患者的同步采集的MPE、肺转移瘤和血液样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 | NA | NA |
| 449 | 2025-12-31 |
From features to slice: parameter-cloud modeling of spatial transcriptomics for simulation and 3D interpolatory augmentation
2025-Dec-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.04.692251
PMID:41415403
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研究论文 | 本文介绍了FEAST,一个用于空间转录组学数据计算模拟和三维插值增强的计算基础设施 | 提出了参数云建模方法,能够灵活控制空间和转录异质性,捕获高阶基因依赖性,并扩展到三维或对齐感知的上下文 | 未在摘要中明确提及 | 开发一个用于空间转录组学数据模拟、增强和三维重建的计算平台 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 参数云建模 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 450 | 2025-12-31 |
C3a-C3aR1-Mediated Interactions Between Fibroblast-Like Synoviocytes and Macrophages Promote the Progression of Rheumatoid Arthritis
2025-Dec, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.43319
PMID:40654154
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研究论文 | 本研究揭示了类风湿关节炎滑膜中成纤维样滑膜细胞与巨噬细胞通过C3a-C3aR1信号介导的相互作用,促进疾病进展的机制 | 首次结合成像质谱流式细胞术和单细胞RNA测序解析RA滑膜细胞邻域,并发现FLS与巨噬细胞间通过C3a-C3aR1信号形成正反馈环路驱动炎症 | 研究主要基于胶原诱导关节炎小鼠模型,人体内的验证和临床转化仍需进一步探索 | 探究类风湿关节炎滑膜炎症微环境中细胞间相互作用机制及潜在治疗靶点 | 类风湿关节炎患者滑膜组织、胶原诱导关节炎小鼠模型 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 成像质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,涉及RA患者滑膜组织与CIA小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 451 | 2025-12-31 |
Mature tertiary lymphoid structures support B cell-mediated antitumour immunity and are disrupted by neoadjuvant therapy in rectal cancer: a multicentre, retrospective study
2025-Dec, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.106030
PMID:41265130
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研究论文 | 本研究探讨了成熟三级淋巴结构(mTLS)在直肠癌中的抗肿瘤免疫作用及其受新辅助治疗的影响 | 首次在直肠癌中系统评估mTLS与B细胞介导的免疫特征及预后的关联,并揭示新辅助治疗对TLS的破坏作用 | 回顾性研究设计可能引入选择偏倚,样本量有限且需进一步验证 | 阐明mTLS在直肠癌肿瘤免疫微环境中的作用及新辅助治疗的免疫调节效应 | 直肠癌患者组织样本 | 数字病理学 | 直肠癌 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, scBCR-seq, 免疫组化, 多重免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据, 组织图像 | 队列1:bulk RNA-seq 123例,免疫组化/多重免疫荧光161例,scRNA-seq/scBCR-seq 10例;队列2:bulk RNA-seq 19例,免疫组化125例 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞BCR测序, 空间转录组学相关技术 | NA | NA |
| 452 | 2025-12-31 |
Subpopulation-specific apoptotic responses of hemocytes to decapod iridescent virus 1 in Macrobrachium rosenbergii
2025-Dec, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2025.110685
PMID:40865745
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研究论文 | 本研究整合流式细胞术和单细胞RNA测序,揭示了罗氏沼虾血细胞亚群对虹彩病毒1型感染的凋亡反应差异 | 首次结合流式细胞术和单细胞RNA测序技术,系统解析了罗氏沼虾血细胞亚群在DIV1感染下的凋亡动态和分化轨迹,揭示了透明细胞的凋亡激活和补偿性分化机制 | 研究主要关注早期感染阶段(24小时),长期感染动态和具体凋亡信号通路的功能验证有待进一步探索 | 探究罗氏沼虾血细胞亚群对虹彩病毒1型感染的凋亡反应差异和免疫机制 | 罗氏沼虾的血细胞亚群,包括无颗粒细胞(透明细胞和前血细胞)、半颗粒细胞和颗粒细胞 | 单细胞组学 | 病毒感染 | 流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 453 | 2025-12-30 |
ADME Profiling of Quantum Dots and Immune Responses: Impact of Dynamic Inflammatory Mediator Changes on the Nervous System
2025-Dec-29, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202510266
PMID:41457817
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研究论文 | 本研究系统评估了碲化镉量子点的体内分布、神经行为效应及细胞反应,揭示了其诱发持续性神经炎症并损害学习记忆功能的多细胞机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术解析量子点诱导神经毒性的多细胞协调响应机制,明确了小胶质细胞、少突胶质前体细胞和内皮细胞在炎症、氧化及细胞应激通路中的关键作用 | 研究仅使用小鼠模型,未验证其他物种;量子点类型和表面修饰单一;长期神经毒性效应需进一步追踪 | 评估量子点的神经安全性并阐明其神经毒性机制 | 注射巯基丙酸修饰碲化镉量子点的小鼠模型 | 单细胞组学 | 神经毒性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠海马组织单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 454 | 2025-12-30 |
Xiangpi Shengji Ointment Accelerates Anal Fistula Healing by Regulating Macrophage-Fibroblast Crosstalk Through the Nuclear Factor Kappa B/Hypoxia-Inducible Factor Alpha/Vascular Endothelial Growth Factor Signaling Axis
2025-Dec-29, Molecular and cellular biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1080/10985549.2025.2597464
PMID:41457935
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研究论文 | 本研究揭示了象皮生肌膏通过调控NF-κB/HIF-α/VEGF信号轴促进巨噬细胞-成纤维细胞交互作用,从而加速肛瘘愈合的分子机制 | 首次结合网络药理学、转录组学及单细胞RNA测序技术,系统阐明了象皮生肌膏通过NF-κB/HIF-α/VEGF轴调控巨噬细胞M1极化和成纤维细胞功能的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化效果需进一步验证;NF-κB抑制剂的反转实验仅部分验证通路参与 | 探究象皮生肌膏促进肛瘘伤口愈合的分子作用机制 | 肛瘘伤口愈合过程、巨噬细胞与成纤维细胞的交互作用 | 生物信息学与分子生物学 | 肛瘘 | 网络药理学、转录组分析、单细胞RNA测序、CCK-8、ELISA、WB、RT-qPCR | NA | 基因表达数据、测序数据、体外实验数据、体内实验数据 | 转录组数据集(GSE28914, GSE203244)、小鼠肛瘘模型 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | NA | NA |
| 455 | 2025-12-30 |
Targeting SPP1-CD44-Hedgehog Axis Elicits Therapeutic Effects in Hepatocellular Carcinoma by Suppressing Intratumoral Fibrosis
2025-Dec-28, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70296
PMID:41456866
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研究论文 | 本研究通过转录组学、免疫组化和单细胞RNA测序分析,揭示了SPP1通过SPP1-CD44-GLI1轴促进肝细胞癌(HCC)内肿瘤纤维化和进展的机制,并评估了靶向该轴的潜在治疗价值 | 首次将SPP1与HCC内肿瘤纤维化直接关联,并阐明其通过SPP1-CD44信号激活Hedgehog通路和GLI1来驱动肝星状细胞活化的新机制 | 研究主要基于体外和动物模型,缺乏直接的人类临床试验验证;样本量相对有限,且未涵盖所有HCC亚型 | 探索HCC中内肿瘤纤维化的关键介导因子及其治疗靶点 | 肝细胞癌(HCC)组织、肝星状细胞(HSCs)和xenograft模型 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 转录组学分析、免疫组化、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞共培养、基因集富集分析、差异基因表达分析、细胞间相互作用预测 | xenograft模型 | RNA-seq数据、单细胞RNA-seq数据、组织图像数据 | 372个HCC样本(公开数据集)、103个HCC组织样本、228,564个活细胞(单细胞分析) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 456 | 2025-12-30 |
Multi-modal molecular and spatial profiling reveals NNT as a prognostic biomarker in obesity-associated colorectal cancer
2025-Dec-28, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-025-02339-4
PMID:41457181
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研究论文 | 本研究通过多模态分子和空间分析,识别出NNT作为肥胖相关结直肠癌的潜在预后生物标志物 | 结合转录组数据、临床验证和空间转录组分析,首次在肥胖相关结直肠癌中揭示NNT的预后价值及其在肿瘤微环境中的作用 | 研究依赖于公共数据集和独立队列的验证,可能受样本异质性限制,且空间分析仅针对候选基因 | 识别反映肥胖相关肿瘤特征的分子生物标志物并分层患者预后 | 结直肠癌患者,包括正常、健康体重和肥胖样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 转录组分析、免疫组织化学、空间转录组分析 | NA | 转录组数据、蛋白质表达数据、空间转录组数据 | 基于TCGA-COADREAD数据集和独立验证队列,具体样本数未明确 | NA | 空间转录组学 | GeoMx DSP | NA |
| 457 | 2025-12-30 |
Identification of novel fibroblast subsets in diffuse cutaneous systemic sclerosis
2025-Dec-27, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.11.027
PMID:41457004
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别了弥漫性皮肤系统性硬化症中新的成纤维细胞亚群,并探讨了CD9和FHL1的功能作用 | 首次在系统性硬化症中识别出以CD9和FHL1上调为特征的新型成纤维细胞亚群,并揭示了FHL1在细胞外基质产生调控中的功能角色及其与VGLL3的机制联系 | 研究基于培养的皮肤成纤维细胞,可能无法完全反映体内微环境;样本量未明确说明,可能限制统计效力 | 识别系统性硬化症中的新型成纤维细胞亚群并确定其功能作用 | 来自健康供体和弥漫性皮肤系统性硬化症患者的皮肤成纤维细胞 | 单细胞组学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序,siRNA敲低实验,蛋白水平验证 | NA | RNA测序数据,蛋白表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 458 | 2025-12-30 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal the interaction between PRRX2-driven epithelial cells and SPP1+ macrophages in mediating gemcitabine resistance in pancreatic ductal adenocarcinoma
2025-Dec-26, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003966
PMID:41456929
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研究论文 | 本研究通过整合分析单细胞RNA测序和空间转录组学数据,揭示了PRRX2+上皮细胞与SPP1+巨噬细胞之间的相互作用在介导胰腺导管腺癌吉西他滨耐药中的关键机制 | 首次通过整合单细胞和空间转录组学技术,系统揭示了PRRX2驱动的上皮细胞与SPP1+巨噬细胞通过TGFB1/TGFBR2轴相互作用,促进EMT和ECM重塑,从而介导吉西他滨耐药的新机制 | 研究结论主要基于细胞系和临床样本的体外验证,缺乏体内动物模型的进一步验证,且临床队列样本量可能有限 | 阐明胰腺导管腺癌对吉西他滨产生耐药的分子和细胞机制,以优化治疗策略并改善患者预后 | 胰腺导管腺癌患者样本、PDAC细胞系 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,RNA-seq,免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据,图像数据 | 临床队列样本及PDAC细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 459 | 2025-12-30 |
Integrating single-cell and bulk RNA-Seq to unravel the molecular mechanisms of airway stenosis
2025-Dec-23, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01794-9
PMID:41432785
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA-Seq数据,揭示了气道狭窄的分子机制,并识别出四个关键基因及其调控通路 | 首次整合单细胞和bulk转录组数据系统研究气道狭窄的分子机制,识别出FAM118A、RCN3、PCSK7和REEP3四个关键促狭窄基因,并阐明了其通过KRAS→PI3K-AKT通路激活成纤维细胞的机制 | NA | 阐明气道狭窄的潜在分子机制 | 气道狭窄组织 | 数字病理学 | 气道狭窄 | 单细胞RNA测序, bulk RNA-Seq, 分子生物学实验 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 460 | 2025-12-30 |
Activation of the Cerebrospinal Fluid-Contacting Nucleus Mitigates Systemic Inflammation Induced by Sepsis
2025-Dec-23, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002665
PMID:41457044
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研究论文 | 本研究揭示了脑脊液接触核在脓毒症中通过调节免疫反应发挥保护作用 | 首次证明脑脊液接触核在脓毒症中具有保护作用,并通过单细胞RNA测序技术识别了其调控全身炎症的关键组分 | 研究机制尚未完全阐明,且主要基于小鼠模型,人类中的适用性需进一步验证 | 探究中枢神经系统如何调节免疫功能,特别是在脓毒症中的神经-免疫相互作用 | 脓毒症小鼠模型中的脑脊液接触核 | 神经免疫学 | 脓毒症 | 免疫荧光检测、化学遗传学激活、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞成像数据 | 脓毒症小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |