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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2026-01-01 |
Single-nucleus and spatial transcriptomics reveal the cell populations of intercalary meristems in bamboo
2025-Dec-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2511701122
PMID:41410774
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术,结合染色体水平基因组组装和高分辨率解剖图谱,揭示了竹子节间分生组织的细胞群体动态及其遗传基础 | 首次在竹子中整合单核RNA测序与空间转录组学,构建了节间分生组织的动态单核转录组连续体,并识别了关键的干细胞样亚群及其功能 | 研究主要基于毛竹,结果在其他单子叶植物中的普适性有待验证,且功能实验仅初步探索了特定基因的作用 | 理解单子叶植物节间分生组织的细胞群体动态、遗传基础及其在快速茎伸长中的作用 | 毛竹的节间分生组织及其相关细胞群体 | 植物发育生物学 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学, 原位杂交, 超微结构成像 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 涉及毛竹节间分生组织的三个关键发育阶段(初始细胞分裂期、快速细胞分裂期、快速细胞伸长期) | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 422 | 2026-01-01 |
Mapping Gene Impact on Single-cell Transcriptomic Networks via Perturbation Response Scanning
2025-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.15.694358
PMID:41473321
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研究论文 | 本文介绍了一种名为单细胞扰动影响指数(scPII)的数据驱动度量方法,用于量化基因扰动对系统层面的影响,无需依赖CRISPR筛选信息 | 将最初为蛋白质结构动力学开发的扰动响应框架应用于单细胞转录组网络,以识别最易受扰动的基因模块 | 未明确提及具体的技术或数据限制,但方法依赖于基因调控网络的准确性 | 开发一种量化基因扰动系统级影响的方法,以识别对细胞状态有最大全局影响的基因 | 单细胞转录组网络和基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 423 | 2026-01-01 |
CrebA regulation of secretory capacity: genome-wide transcription profiling coupled with in vivo DNA binding studies
2025-Dec-10, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyaf214
PMID:41052780
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研究论文 | 本研究通过DNA结合实验、表达分析和单细胞RNA测序,揭示了果蝇CrebA转录因子通过直接调控分泌途径组分基因来增强胚胎唾液腺的分泌能力,并探讨了其与哺乳动物同源蛋白的保守功能 | 首次结合全基因组转录谱分析和体内DNA结合研究,系统评估CrebA在调控分泌能力中的作用,并利用单细胞RNA测序技术比较突变体与野生型样本,深入探索CrebA结合与基因调控的关系 | CrebA结合大量基因但仅调控部分,功能结合与非功能结合的区分机制尚不明确;CrebA是否在所有果蝇胚胎组织中驱动分泌途径组分基因表达或调控其他组织特异性功能仍需进一步研究 | 探究果蝇CrebA转录因子在增强分泌能力中的调控机制及其与哺乳动物同源蛋白的保守性 | 果蝇胚胎唾液腺及多种组织中的分泌途径组分基因 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、DNA结合实验、表达分析、结合位点诱变 | NA | 基因表达数据、DNA结合数据 | CrebA缺失突变胚胎与现有野生型样本的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 424 | 2026-01-01 |
Stem cell-based approach to identify regulatory TFs during mammalian cell differentiation
2025-Dec-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102716
PMID:41270744
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研究论文 | 本文开发了一种结合多能干细胞分化、单细胞转录组学和CRISPR转录因子功能缺失筛选的方法,用于识别哺乳动物细胞分化过程中的关键转录因子 | 整合多能干细胞分化、单细胞转录组学和CRISPR筛选,系统性识别脊髓运动神经元分化中的关键转录因子,并揭示小鼠与人类之间的调控保守性 | 方法主要针对脊髓运动神经元分化,在其他分化途径中的普适性有待进一步验证 | 识别哺乳动物细胞分化过程中关键的转录因子 | 小鼠和人类的脊髓运动神经元分化过程 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学, CRISPR筛选 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 425 | 2026-01-01 |
Plasma metabolites, metabolic risk score and colorectal cancer risk: a prospective cohort study
2025-Dec, European journal of epidemiology
IF:7.7Q1
DOI:10.1007/s10654-025-01284-z
PMID:40906027
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研究论文 | 本研究通过前瞻性队列分析,探讨了血浆代谢物、代谢风险评分与结直肠癌风险之间的关联 | 首次结合LASSO-COX和随机森林方法筛选代谢物,并构建代谢风险评分,同时联合生活方式因素评估结直肠癌风险 | 研究基于英国生物银行数据,可能受人群特异性限制,且代谢物测量为单时间点,无法反映动态变化 | 评估代谢物、代谢风险评分及其与生活方式因素的联合效应对结直肠癌风险的影响 | 英国生物银行中的82,514名参与者 | 代谢组学与流行病学 | 结直肠癌 | 血浆代谢物分析、单细胞RNA测序 | LASSO-COX、随机森林、Cox回归 | 代谢组数据、临床随访数据、单细胞RNA测序数据 | 82,514名参与者,其中1,151例结直肠癌病例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 426 | 2026-01-01 |
Distinct roles of Atf3, Zfp711 and Bcl6b in early embryonic hematopoietic and endothelial lineage specification
2025-Dec-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204792
PMID:41200855
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术结合基因敲除,探讨了Atf3、Zfp711和Bcl6b三个转录因子在小鼠胚胎干细胞早期造血和内皮谱系分化中的不同作用 | 首次在单细胞分辨率下系统研究Atf3、Zfp711和Bcl6b在早期胚胎造血发育中的功能,揭示了它们对谱系分化的特异性调控机制 | 研究基于体外小鼠胚胎干细胞分化模型,可能无法完全模拟体内胚胎发育的复杂性;Bcl6b敲除未观察到明显表型,其功能需进一步探索 | 解析早期胚胎造血发育中转录因子的调控网络 | 小鼠胚胎干细胞及其分化产生的造血和内皮谱系细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,流式细胞术,基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 未明确样本数量,使用体外分化的小鼠胚胎干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 427 | 2026-01-01 |
Immunological dynamics in orthotopic compared with subcutaneous murine models of HPV-positive oropharyngeal cancer
2025-Dec-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.052311
PMID:40899264
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术比较了皮下与舌根原位小鼠模型在模拟HPV阳性口咽鳞状细胞癌免疫特征方面的差异 | 首次利用单细胞RNA测序系统比较了不同小鼠模型在模拟HPV阳性口咽癌免疫动态方面的准确性,并揭示了模型选择与免疫治疗反应预测的相关性 | 研究仅基于小鼠模型,未直接验证人类肿瘤样本的免疫特征,且样本量有限 | 评估不同小鼠模型在模拟HPV阳性口咽鳞状细胞癌免疫特征方面的适用性 | HPV阳性口咽鳞状细胞癌的小鼠模型(皮下和舌根原位模型) | 单细胞测序 | 口咽癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 428 | 2026-01-01 |
The mouse neonatal small intestine is regionally specialized for protein absorption and transepithelial transport
2025-Dec-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.205127
PMID:41208810
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研究论文 | 本研究揭示了小鼠新生儿小肠中空肠与回肠肠上皮细胞在蛋白质吸收与跨上皮转运方面的区域特异性功能分工 | 首次通过体内外转运实验结合转录组学方法,系统阐明了新生儿小肠不同区段(空肠与回肠)肠上皮细胞在完整蛋白质转运与降解方面的功能分化及其分子基础 | 研究主要基于小鼠模型,人类新生儿肠道是否存在完全相同的机制仍需验证;Dab2条件性敲除对蛋白质转运的影响机制尚未完全解析 | 探究新生儿肠道蛋白质吸收的区域特异性机制及其分子调控网络 | 新生小鼠小肠肠上皮细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序、转录组分析、遗传学方法、体内外转运实验 | NA | 转录组数据、遗传数据、功能实验数据 | 新生小鼠肠道组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 429 | 2026-01-01 |
ETV1 is a key regulator of enteroendocrine PYY production
2025-Dec-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.052610
PMID:41048045
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和类器官实验,揭示了ETV1作为肠道L细胞中PYY激素表达的关键转录调节因子 | 首次发现ETV1特异性调控PYY表达而不影响GLP-1,揭示了L细胞谱系中特定激素的转录调控机制 | 研究主要基于小鼠模型和类器官实验,尚未在人体中验证;ETV1对PYY的调控作用较为有限 | 探究肠道L细胞中激素GLP-1和PYY的转录调控机制 | 小鼠小肠和类器官培养中的L细胞 | 单细胞组学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 430 | 2026-01-01 |
NETosis-Like Response Triggered by Extracellular Vesicle (EV)-Delivered Viral Nucleic Acid, a Novel Cellular Immune Mechanism in Crustacean
2025-Dec, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.70210
PMID:41457043
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研究论文 | 本研究揭示了在甲壳动物中,细胞外囊泡递送病毒核酸触发NETosis样反应的新型细胞免疫机制 | 首次在甲壳动物中基于单细胞转录组学鉴定出中性粒细胞样细胞,并揭示了由EVs递送病毒核酸介导的新型NETosis诱导机制 | 研究主要聚焦于甲壳动物模型,机制在脊椎动物中的普适性尚未验证 | 探究甲壳动物中细胞外囊泡在病毒核酸递送和NETosis样免疫反应中的作用机制 | 泥蟹的血细胞(特别是中性粒细胞样细胞)和WSSV病毒 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 431 | 2026-01-01 |
High Shear Stress-Induced Endothelial Piezo1 Downregulation Promotes Intracranial Aneurysm Formation via the PDGF-BB/PDGFRβ Paracrine Signaling Pathway
2025-Dec, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1002/cns.70715
PMID:41457305
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研究论文 | 本研究揭示了高剪切应力通过下调内皮细胞Piezo1表达,进而激活YAP/β-catenin信号通路促进PDGF-BB分泌,最终通过PDGF-BB/PDGFRβ旁分泌信号通路诱导血管平滑肌细胞表型转化,从而促进颅内动脉瘤形成的机制 | 首次阐明了内皮细胞机械敏感离子通道Piezo1在高剪切应力诱导颅内动脉瘤形成中的关键作用,并发现了PDGF-BB/PDGFRβ旁分泌信号通路作为Piezo1下游效应器的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本验证相对有限;AAV2-BR1-Tie2-Cre介导的Piezo1条件性敲除可能存在脱靶效应 | 探究高剪切应力诱导颅内动脉瘤形成的分子机制,重点关注内皮细胞Piezo1通道在其中的作用 | 人类颅内动脉瘤样本、小鼠颅内动脉瘤模型、体外共培养的内皮细胞和血管平滑肌细胞 | 血管生物学与疾病机制研究 | 颅内动脉瘤 | 单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9基因编辑、平行板流动腔系统、AAV介导的基因敲除、细胞共培养、受体-配体对分析 | 小鼠颅内动脉瘤模型、体外细胞共培养模型 | 基因表达数据、单细胞转录组数据、组织病理学数据 | 未明确说明具体样本数量,但包括人类IA样本、Piezo1flox/flox转基因小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 432 | 2026-01-01 |
A novel computational analysis integrating social determinants information from EHR and literature with Alzheimer's disease biological knowledge through large language models and knowledge graphs
2025-Dec, Innovation in aging
IF:4.9Q1
DOI:10.1093/geroni/igaf102
PMID:41458885
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研究论文 | 本研究利用大型语言模型和知识图谱整合电子健康记录与文献中的社会健康决定因素信息,通过图深度学习预测阿尔茨海默病相关生物网络中的链接 | 首次将社会健康决定因素与阿尔茨海默病生物知识通过知识图谱和大型语言模型进行整合,并利用图深度学习进行链接预测 | 研究主要基于现有文献和电子健康记录数据,可能受数据质量和覆盖范围的限制 | 探索社会健康决定因素对阿尔茨海默病的影响,并整合生物知识以增强疾病理解 | 阿尔茨海默病及相关痴呆症 | 自然语言处理 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学 | 图深度学习 | 文本、多模态生物数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 433 | 2025-12-31 |
Nanoplastics in Duckweed: Single-Cell Responses and Recovery
2025-Dec-30, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.5c15989
PMID:41400345
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学、酶活性测定和铕掺杂纳米塑料示踪技术,全面探究了浮萍对聚苯乙烯纳米塑料在环境相关剂量和高剂量下的响应与恢复过程 | 首次在单细胞分辨率下揭示了浮萍对纳米塑料的细胞类型特异性响应机制,并整合纳米示踪技术量化了吸收与排泄过程 | 研究仅针对聚苯乙烯纳米塑料和浮萍模型,其他类型纳米塑料或水生植物的响应机制仍需进一步探究 | 阐明水生植物对纳米塑料污染的响应与恢复分子机制 | 浮萍(水生植物模型) | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学,酶活性测定,纳米示踪技术 | NA | 单细胞转录组数据,酶活性数据,示踪定量数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单核RNA测序(snRNA-seq) |
| 434 | 2025-12-31 |
Deciphering immune features and cellular heterogeneity in PRRSV infection via single-cell RNA sequencing
2025-Dec-30, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01828-25
PMID:41467841
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,分析了PRRSV感染猪肺组织中的免疫特征和细胞异质性 | 首次在单细胞水平上全面描绘了PRRSV感染期间肺组织的细胞异质性和免疫细胞动态变化,并识别出SPP1巨噬细胞亚群为PRRSV的主要靶细胞 | 研究仅基于转录组数据,未结合蛋白质组或功能验证实验,且样本来源单一(猪肺组织),可能限制了结果的普适性 | 揭示PRRSV感染如何扰乱肺免疫细胞群,探究病毒诱导免疫功能障碍的机制 | PRRSV感染的猪肺组织细胞 | 数字病理学 | 猪繁殖与呼吸综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 46,922个单细胞,涵盖15种主要细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 435 | 2025-12-31 |
Distinct Single-Cell Expression Pattern of the Soluble Epoxide Hydrolase and Cytochrome p450 Epoxygenases in Human and Mouse Small Intestinal Epithelia
2025-Dec-25, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society
DOI:10.1369/00221554251403631
PMID:41449646
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和原位杂交技术,首次绘制了人和小鼠小肠上皮细胞中参与多不饱和脂肪酸代谢的细胞色素P450环氧合酶和可溶性环氧化物水解酶的单细胞表达图谱 | 首次提供了小肠上皮细胞中CYP-sEH轴酶的高分辨率单细胞表达图谱,揭示了其在人和小鼠中的物种特异性表达模式,并观察到其在辐射损伤再生模型中的动态变化 | 研究主要基于转录组数据,酶蛋白的表达和活性需要进一步验证;功能研究尚不充分 | 阐明多不饱和脂肪酸代谢酶在小肠上皮中的细胞类型特异性表达模式及其在黏膜屏障稳态中的潜在功能 | 人和小鼠的小肠上皮细胞 | 单细胞组学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序,RNAscope原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据,原位杂交图像数据 | 未明确指定具体样本数量,使用了公开可用的单细胞RNA测序数据集和实验模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 436 | 2025-12-31 |
Spatial and single-cell transcriptomics reveal the reorganization of cerebellar microglia with aging
2025-Dec-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116624
PMID:41307999
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研究论文 | 本研究通过空间和单细胞转录组学技术,揭示了小脑小胶质细胞在衰老过程中的重组现象 | 结合单核RNA测序、小胶质细胞批量RNA测序和基于MERFISH的空间转录组学,首次系统揭示了小脑小胶质细胞在衰老中的区域特异性适应和与颗粒细胞的邻近关系 | 研究主要基于小鼠模型,人类小脑衰老的类似变化尚需进一步验证 | 探究小脑在衰老过程中的转录组变化及小胶质细胞的重组机制 | 小鼠小脑组织,特别是小胶质细胞和颗粒细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单核RNA-seq, 批量RNA-seq, MERFISH | NA | 转录组数据, 空间转录组数据 | 十五个小鼠脑区域 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 437 | 2025-12-31 |
Decoding muscle-resident Schwann cell dynamics during neuromuscular junction remodeling
2025-Dec-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.195917
PMID:41433107
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,通过比较稳定神经支配模型与部分或完全去神经支配后再神经支配模型,揭示了肌肉驻留雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的作用 | 发现了多个不同的雪旺细胞亚型,包括一种在去神经-再神经支配循环中起关键作用的新型终末雪旺细胞亚型,并确定了SPP1信号通路是调节神经肌肉接头动态的关键调控因子 | NA | 阐明肌肉驻留雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的贡献 | 肌肉驻留雪旺细胞 | 数字病理学 | 神经肌肉疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 438 | 2025-12-31 |
Stc1-expressing myofibroblasts are a developmentally distinct lineage cleared through apoptosis in the neonatal lung
2025-Dec-21, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116750
PMID:41428484
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研究论文 | 本研究利用Stc1小鼠模型,揭示了肺肌成纤维细胞中一个独特的发育谱系——次级嵴肌成纤维细胞的生命周期及其在肺泡发育中的作用 | 首次通过Stc1谱系示踪技术,在体内明确区分了次级嵴肌成纤维细胞和肺泡管肌成纤维细胞,并揭示了前者通过克隆增殖和凋亡被清除的独特发育命运 | 研究主要基于小鼠模型,其在人类肺发育中的直接相关性尚需验证;遗传工具的特异性可能不完全排除其他细胞类型的标记 | 阐明肺肌成纤维细胞不同谱系在肺泡发育过程中的独特贡献和命运 | 小鼠肺组织中的肌成纤维细胞谱系,特别是Stc1表达的次级嵴肌成纤维细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,胚胎谱系示踪,遗传激活实验 | NA | 基因表达数据,谱系追踪数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 439 | 2025-12-31 |
Single cell RNA-seq characterization of non-fibrotic stromal wound repopulation in the rabbit
2025-Dec-18, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110816
PMID:41421445
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,分析了兔子角膜冻伤模型中非纤维化伤口愈合过程中的转录变化,揭示了基质角质细胞向成纤维细胞的连续转化过程 | 首次在兔子角膜冻伤模型中,通过单细胞RNA测序揭示了非纤维化伤口愈合的转录动态,识别了保留角质细胞标记的成纤维细胞亚群,并发现了一种机械活跃但非纤维化的表型 | 研究仅基于兔子模型,可能无法完全反映人类角膜愈合过程;样本时间点有限(仅第7天和第28天),可能错过中间动态变化 | 探究角膜损伤后非纤维化伤口愈合的分子机制,以预防角膜手术或损伤后的瘢痕形成 | 兔子角膜基质细胞(包括角质细胞和成纤维细胞) | 单细胞转录组学 | 角膜疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但涉及对照和冻伤后第7天及第28天的兔子角膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 440 | 2025-12-31 |
Influenza A infection accelerates disease-associated microglia formation during physiological aging
2025-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.11.693336
PMID:41415465
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研究论文 | 本研究探讨了甲型流感病毒感染如何加速生理性衰老过程中疾病相关小胶质细胞的形成 | 首次揭示了非神经侵袭性流感肺炎可诱导大脑小胶质细胞的转录反应,驱动疾病相关小胶质细胞的过早扩增,并阐明了其代谢特征和空间分布模式 | 研究主要使用雄性小鼠模型,未考虑性别差异;人类样本分析仅限于中额回区域 | 探究流感感染对大脑免疫细胞(特别是小胶质细胞)在衰老过程中的影响机制 | 年轻、中年和老年雄性小鼠的大脑免疫细胞;正常老年人、超级老人和痴呆患者的中额回组织 | 神经免疫学 | 老年性疾病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 代谢组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 代谢组数据, 空间转录组数据 | 不同年龄段的雄性小鼠;人类中额回组织样本(包括正常老年人、超级老人和痴呆患者) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA测序 | NA | NA |