单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 1109 篇文献,本页显示第 401 - 420 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
401 2026-01-24
SEPAR enables spatial metagene discovery and associated molecular pattern characterization in spatial transcriptomics and multi-omics datasets
2025-Dec-10, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 本文提出了一种名为SEPAR的无监督框架,用于分析空间转录组学数据,通过整合基因活性和空间邻域关系来发现空间元基因并进行多种下游分析 SEPAR框架能够识别由特定基因子集驱动的局部空间结构,而现有方法多关注全局空间域;它还能在空间多组学数据中揭示共定位的分子相关性 NA 开发一种计算框架以更好地解析空间转录组学数据中的空间细胞和分子组织 空间转录组学及空间多组学数据集 空间转录组学 NA 空间转录组学,空间多组学 无监督框架 空间基因表达数据 NA NA 空间转录组学,空间CITE-seq,MISAR-seq NA NA
402 2026-01-24
An α-specific PI3K inhibitor improves chemotherapy efficacy by inhibiting hepatic stellate cell activation in liver cancer
2025-Dec-08, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 本研究探讨了铂类化疗在肝癌中激活肝星状细胞的作用,并发现α特异性PI3K抑制剂阿培利司可抑制这种激活,从而提高化疗疗效 揭示了铂类化疗通过肿瘤细胞产生的过量活性氧激活肝星状细胞的机制,并首次提出使用α特异性PI3K抑制剂作为抑制化疗诱导的肝星状细胞激活的新策略 研究主要基于体外实验和小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证,且未详细探讨其他信号通路可能的影响 研究化疗对肝癌中肝星状细胞激活的影响,并探索通过调节肝星状细胞活性来提高治疗效果的策略 肝星状细胞、癌症相关成纤维细胞、肝细胞癌和胆道癌肿瘤细胞 数字病理学 肝癌 单细胞RNA测序、免疫组化染色、RNA测序、流式细胞术 NA 单细胞RNA测序数据、免疫组化图像、RNA测序数据、流式细胞术数据 患者样本和小鼠模型,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
403 2026-01-24
Gut microbe-derived short-chain fatty acids regulate joint inflammation and activation of infiltrating and resident myeloid cells after alphavirus infection
2025-Dec-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究探讨了肠道微生物产生的短链脂肪酸在调节甲病毒感染后关节炎症及免疫细胞活化中的作用 首次揭示了抗生素诱导的肠道菌群失调通过影响关节组织中浸润和驻留免疫细胞的炎症表型,加剧甲病毒性关节炎的机制 研究基于小鼠模型,人类相关性需进一步验证 探究肠道共生菌、代谢物及宿主免疫机制在促进肌肉骨骼炎症中的作用 甲病毒(如基孔肯雅病毒和Mayaro病毒)感染的小鼠模型 微生物组学与免疫学 关节炎 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
404 2026-01-24
BioLACE: unifying spatial geometry and marker priors for cohesive cell-type clustering in spatial transcriptomics
2025-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一个名为BioLACE的可扩展框架,用于空间转录组学中的细胞类型聚类,该框架统一了空间结构、转录组变异和标记基因信息 BioLACE首次在共享的变分自编码器潜在空间中统一了空间几何结构、转录组变异和生物标记基因先验,通过联合优化三个互补目标实现了更优的聚类性能 未在摘要中明确说明 开发一个能够整合空间结构和生物标记基因先验的空间转录组学细胞类型聚类框架 空间转录组学数据 空间转录组学 NA 空间转录组学 变分自编码器 基因表达谱和空间坐标 MERFISH下丘脑、小鼠脊髓和Slide-seq小鼠小脑数据集 NA 空间转录组学 NA NA
405 2026-01-24
SpatialProp: tissue perturbation modeling with spatially resolved single-cell transcriptomics
2025-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为SpatialProp的计算框架,利用图神经网络预测多基因、多细胞类型扰动对完整组织切片中细胞的影响 首次提出利用空间分辨单细胞转录组学数据,通过图神经网络建模组织微环境中的扰动传播,填补了传统方法仅限于解离细胞的空白 方法依赖于现有空间转录组学数据的自然异质性,可能受数据质量和覆盖范围的限制,且因果推理基准仍需进一步验证 开发一个计算框架以预测遗传扰动在完整组织中的空间效应,促进空间模式组织生物学的研究 空间分辨单细胞转录组学数据集中的组织微环境和细胞 计算生物学 NA 空间分辨单细胞转录组学 图神经网络 空间转录组学数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
406 2026-01-24
Enhancer-directed gene delivery for digit regeneration based on conserved epidermal factors
2025-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究基于跨物种保守的表皮因子,开发了一种增强子导向的基因递送平台,用于促进小鼠指端再生 利用斑马鱼、蝾螈和小鼠的再生数据,识别出SP转录因子家族作为保守的表皮表达介质,并设计基于增强子的基因疗法来靶向递送FGF8,以部分挽救SP敲除小鼠的指端再生缺陷并加速野生型小鼠的再生过程 研究主要基于小鼠指端再生模型,可能不完全适用于更广泛的肢体再生或人类临床转化,且基因递送平台的长期安全性和效率需进一步验证 探索基于保守表皮因子的增强子导向基因递送策略,以促进哺乳动物指端再生,为肢体再生医学提供新方法 斑马鱼尾鳍、蝾螈肢体和小鼠指端的再生过程,聚焦于SP转录因子家族及其靶基因FGF8 再生医学 肢体缺失 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、条件性基因敲除、腺相关病毒(AAV)载体介导的基因递送 NA 基因表达数据、单细胞转录组数据 涉及斑马鱼、蝾螈和小鼠的再生组织样本,具体数量未在摘要中明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
407 2026-01-24
Single-cell RNA sequencing reveals genes relevant to periodontal therapy and periodontitis
2025-Dec-01, Physiological genomics IF:2.5Q2
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了健康与牙周炎状态下口腔黏膜和牙龈的基因表达差异及细胞间相互作用 首次通过单细胞RNA测序对健康与牙周炎状态下的人类口腔组织进行无偏分子表征,揭示了牙周炎中连接上皮细胞的基因表达变化,包括炎症和抗氧化基因,并预测了牙周炎成纤维细胞中普遍存在的自分泌信号 NA 探究口腔黏膜与牙龈的分子差异以及牙周感染对组织间相互作用的影响 人类口腔黏膜和牙龈组织,包括健康状态和牙周炎状态 数字病理学 牙周炎 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
408 2026-01-23
Transcriptome-wide Mendelian randomization and single-cell analysis during CD4+ T cell activation deciphers immunotherapeutic targets for colorectal cancer
2025-Dec-29, NPJ precision oncology IF:6.8Q1
研究论文 本研究通过转录组范围孟德尔随机化与单细胞分析,揭示了CD4+ T细胞活化在结直肠癌进展中的关键作用,并识别出潜在的免疫治疗靶点 首次结合转录组范围孟德尔随机化、单细胞RNA测序与多组学验证,系统解析CD4+ T细胞活化相关基因与结直肠癌的因果关系,识别出PARP14和ORMDL3等关键免疫治疗靶点 研究主要基于遗传学与转录组数据,需进一步实验验证靶点的功能机制与临床转化潜力 识别结直肠癌免疫治疗的潜在靶点 CD4+ T细胞活化相关基因与结直肠癌的因果关系 生物信息学 结直肠癌 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 多组学分析 孟德尔随机化模型, 单细胞转录组分析 遗传学数据, 转录组数据, 单细胞表达数据 未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
409 2026-01-23
The Distinct Monocyte Subsets and Intercellular Communication in Primary Sjögren's Syndrome Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Dec-27, Journal of clinical immunology IF:7.2Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了原发性干燥综合征患者中单核细胞亚群、亚群间通讯的异常变化及其在疾病发病机制中的作用 首次在pSS患者中利用scRNA-seq全面表征单核细胞亚群和亚群的异质性,识别出新的亚群变化和潜在生物标志物 样本量有限,未进行功能验证实验,且研究仅关注单核细胞,未全面评估其他免疫细胞类型 探究原发性干燥综合征患者单核细胞亚群和亚群的变异及其功能角色 原发性干燥综合征患者和健康对照者的单核细胞样本 单细胞组学 自身免疫性疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 未明确指定具体样本数量,涉及pSS患者和健康对照 NA 单细胞RNA-seq NA NA
410 2026-01-23
FlashDeconv enables atlas-scale, multi-resolution spatial deconvolution via structure-preserving sketching
2025-Dec-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为FlashDeconv的框架,用于图谱规模的空间转录组学解卷积,通过结构保持的随机草图技术,在保持计算效率的同时保留稀有生物信号 采用杠杆得分重要性采样来优先处理转录组学上独特的标记,保留标准特征选择丢弃的稀有细胞类型信号,相比基于方差的方法能更准确地解卷积 未明确提及具体局限性,但可能依赖于特定数据质量或算法假设 开发一个可扩展的数学框架,用于图谱规模的空间转录组学解卷积,以快速进行患者分层和生物结构发现 人类卵巢癌队列数据,包括细胞共定位信号和Tuft细胞微环境 空间转录组学 卵巢癌 空间转录组学解卷积 结构保持随机草图框架 空间转录组学数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
411 2026-01-23
Integrative bulk and single-cell transcriptomic profiling identifies core gene networks and potential therapeutic targets in glioma
2025-Dec-13, BMC cancer IF:3.4Q2
研究论文 本研究通过整合多个队列的转录组数据和单细胞分析,系统性地识别了胶质瘤的核心基因网络和潜在治疗靶点 结合多队列批量转录组数据与单细胞RNA测序分析,识别出六个在胶质瘤中一致下调的枢纽基因,并揭示了它们与免疫微环境和肿瘤细胞谱系的关联 研究主要基于公共数据集和有限的临床样本验证,未来需要更大规模的独立队列和功能实验进一步验证 识别胶质瘤的核心基因网络和潜在诊断生物标志物及治疗靶点 胶质瘤组织样本 生物信息学 胶质瘤 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR WGCNA, LASSO, SVM-RFE, 随机森林 基因表达数据 504个批量转录组样本(来自5个GEO数据集)和69个临床样本用于qRT-PCR验证,外加三个单细胞RNA-seq数据集 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
412 2026-01-23
CD9-positive tumor-associated macrophages promote renal cell carcinoma progression by activating the orphan nuclear receptor Nor1/Nr4a3
2025-Dec-12, Cancer cell international IF:5.3Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析发现CD9阳性肿瘤相关巨噬细胞通过激活孤儿核受体Nor1/Nr4a3促进肾细胞癌进展 首次在肾细胞癌肿瘤组织中鉴定出CD9巨噬细胞亚群,并揭示其通过激活Nor1/Nr4a3促进肿瘤发展的新机制 样本量较小(仅3例患者),机制研究仍需进一步验证 探究肾细胞癌肿瘤微环境中巨噬细胞的作用机制 肾细胞癌患者肿瘤组织、外周血免疫细胞及体外细胞模型 单细胞组学 肾细胞癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 3例肾细胞癌患者的肿瘤组织及匹配的外周血样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
413 2026-01-23
Nuclear PD-L1 drives IFN-γ-promoted lung metastasis of triple-negative breast cancer via POLR2A-mediated transcriptional activation of LY6E
2025-Dec-12, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1
研究论文 本文揭示了IFN-γ通过促进PD-L1核转位并与POLR2A形成转录复合体激活LY6E表达,从而驱动三阴性乳腺癌肺转移的新机制 发现了PD-L1在免疫检查点功能之外的新角色,即核内PD-L1与POLR2A结合直接激活LY6E转录,驱动TNBC肺转移 研究主要基于细胞系和动物模型,临床样本验证有限,且机制在人体中的普适性需进一步确认 探究PD-L1在TNBC肺转移中的非免疫检查点依赖性功能及IFN-γ的作用机制 三阴性乳腺癌细胞系、小鼠模型及TNBC患者样本 癌症生物学 三阴性乳腺癌 单细胞RNA测序、RNA测序、染色质免疫沉淀测序、CRISPR/Cas9基因编辑、共免疫沉淀 NA 基因表达数据、测序数据 未明确具体样本数量,涉及TNBC肺转移的scRNA-seq数据、细胞系及小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
414 2026-01-23
Multimodal analysis reveals potential association of CDH13 with endothelial cells and its overexpression in hepatocellular carcinoma
2025-Dec-12, European journal of medical research IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过多组学策略系统探索了CDH13在肝细胞癌中的表达、调控机制及潜在功能 首次整合空间转录组学、单细胞RNA测序和CRISPR/Cas9基因编辑等多模态技术,揭示了CDH13在HCC肿瘤微环境中与内皮细胞的关联及其通过FOXA1-CDH13轴促进血管生成、免疫逃逸和代谢重编程的新机制 研究主要基于回顾性队列和体外细胞系实验,缺乏前瞻性临床验证和体内动物模型的功能性研究 系统探索CDH13在肝细胞癌中的表达模式、调控机制及其在肿瘤进展中的功能 肝细胞癌组织样本、HCC细胞系(如SNU182、SNU739、HUH7等) 数字病理学 肝细胞癌 转录组学、蛋白质组学、空间转录组学、单细胞RNA测序、免疫组织化学、CRISPR/Cas9基因编辑、ChIP-seq、WGCNA、GSVA、分子对接 NA 基因表达数据、蛋白质表达数据、空间转录组数据、单细胞测序数据、临床病理数据 转录组分析5145例HCC样本,蛋白质组分析165例公共样本和476例临床配对样本(361例来自广西医科大学,115例来自玉林红十字会医院) NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
415 2026-01-23
A B cell-IgA-epithelial axis enhances antitumor immunity and improves outcome in HPV-associated penile squamous cell carcinoma
2025-Dec-11, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析了阴茎鳞状细胞癌(PSCC)肿瘤微环境,揭示了HPV阳性肿瘤中B细胞-IgA-PIGR轴在抗肿瘤免疫和临床预后中的关键作用 首次在HPV相关PSCC中构建单细胞图谱,发现恶性上皮细胞表达PIGR介导IgA转运并诱导抗肿瘤反应,确立了B细胞-IgA-PIGR轴作为新的免疫治疗靶点 样本量相对有限(23例单细胞测序),且主要聚焦于HPV阳性病例,缺乏对HPV阴性PSCC的深入比较 探究HPV相关阴茎鳞状细胞癌肿瘤微环境的免疫特征及其对临床预后的影响 23例初治PSCC患者的肿瘤微环境细胞(含11例既往报道病例)及85例患者的验证队列 数字病理学 阴茎癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 23例患者进行单细胞RNA测序,85例患者进行验证 NA 单细胞RNA-seq NA NA
416 2026-01-23
Integrated proteomics and metabolomics analysis revealed that macrophage-related signals may be potential biomarkers for oral squamous cell carcinoma
2025-Dec-10, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究通过整合蛋白质组学、代谢组学、空间转录组学和单细胞RNA测序数据,系统比较了口腔鳞状细胞癌(OSCC)肿瘤与匹配的邻近非肿瘤组织,揭示了免疫相关蛋白ARPC4的上调与患者不良生存相关,并发现C1QC阳性巨噬细胞是这些失调蛋白的主要来源,可作为独立的预后标志物 首次整合多组学分析(蛋白质组学、代谢组学、空间转录组学和单细胞RNA测序)系统揭示OSCC中免疫相关蛋白ARPC4的上调及其与巨噬细胞的关联,并发现色氨酸代谢通路失调可能通过重编程巨噬细胞表型促进OSCC进展 NA 探究口腔鳞状细胞癌(OSCC)在蛋白质水平和代谢层面的改变,以识别潜在的生物标志物 口腔鳞状细胞癌(OSCC)肿瘤组织与匹配的邻近非肿瘤组织 数字病理学 口腔鳞状细胞癌 蛋白质组学, 代谢组学, 空间转录组学, 单细胞RNA测序 NA 蛋白质组数据, 代谢组数据, 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
417 2026-01-23
Microbial production of short-chain fatty acids attenuates long-term neurologic impairment after traumatic brain injury
2025-Dec-09, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1
研究论文 本研究探讨了通过饮食促进微生物产生短链脂肪酸(SCFAs)如何减轻创伤性脑损伤(TBI)后的长期神经功能缺损 在TBI模型中,首次结合高产量SCFA饮食、纵向肠道微生物组分析和单细胞转录组学,系统揭示了SCFAs通过重塑肠道菌群、促进神经发生和诱导抗炎表型来发挥神经保护作用的机制 研究基于小鼠模型,结果向人类转化需进一步验证;观察期为6个月,更长时期的效应尚不清楚 探究SCFAs在TBI后长期神经功能缺损中的保护作用及其机制 C57BL6/J小鼠 数字病理学 创伤性脑损伤 16S rRNA扩增子测序,宏基因组测序,单细胞RNA测序 NA 序列数据,基因表达数据 使用C57BL6/J小鼠,具体数量未在摘要中明确说明 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Genomics 遵循10x Genomics协议进行单细胞RNA测序
418 2026-01-20
Hypoxia-induced USP13 expression drives ferroptosis resistance and tumor immune evasion in hepatocellular carcinoma through the stabilization of ACLY
2025-Dec-02, Cell death discovery IF:6.1Q1
研究论文 本研究揭示了缺氧诱导的USP13通过稳定ACLY蛋白,驱动肝细胞癌的铁死亡抵抗和肿瘤免疫逃逸,并验证了靶向USP13的治疗潜力 首次阐明了缺氧/HIF-1α/USP13/ACLY轴在肝细胞癌中介导铁死亡抵抗和免疫逃逸的分子机制,并发现USP13抑制剂2-Methoxyestradiol具有抗肿瘤疗效 研究主要基于临床前模型(细胞系、动物模型、PDOs),尚未进行人体临床试验;USP13抑制剂的特异性和潜在脱靶效应需进一步评估 探索USP13在肝细胞癌进展中的作用,并评估其作为诱导铁死亡和增强免疫反应的治疗靶点的潜力 肝细胞癌患者来源的类器官、肝细胞癌细胞系和动物模型 癌症生物学 肝细胞癌 单细胞RNA测序、流式细胞术分析、蛋白质稳定性分析 NA 基因表达数据、蛋白质互作数据、细胞表型数据 未明确具体样本数量,但使用了患者来源的类器官、多种细胞系和动物模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
419 2026-01-20
Folic acid prevents inner hair cell degeneration via genomic stability
2025-Dec-02, Cell death discovery IF:6.1Q1
研究论文 本研究揭示了钙稳态破坏在内毛细胞损伤中的作用,并发现叶酸可能是一种有前景的保护毛细胞的治疗剂 首次揭示了低频率与高频率内毛细胞在钙清除率上的差异与PMCA1表达相关,并利用特异性敲除小鼠模型结合单细胞RNA-seq分析,发现叶酸通过降低DNA损伤标志物γ-H2A.X水平来保护内毛细胞 研究主要基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需进一步验证,且具体分子机制细节有待深入探索 探究内毛细胞损伤的机制及预防策略 内毛细胞,特别是Pmca1特异性敲除小鼠模型中的内毛细胞 NA 听力损失 单细胞RNA-seq NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
420 2026-01-19
Single-Cell Transcriptomic Profiling of GL261 Glioblastoma Cells Reveals Gene Expression Signatures Underlying Tumorigenicity
2025-Dec-16, Cellular and molecular neurobiology IF:3.6Q2
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术,对GL261胶质母细胞瘤细胞进行转录组分析,揭示了与肿瘤发生相关的基因表达特征 首次在GL261胶质母细胞瘤模型中应用单细胞RNA测序技术,全面解析了贴壁和神经球培养条件下细胞的转录组差异,并识别了与肿瘤发生相关的关键基因表达模式 研究仅基于GL261细胞系,未涉及患者样本或体内模型,可能无法完全反映临床胶质母细胞瘤的异质性 探究GL261胶质母细胞瘤细胞的转录组特征,以理解肿瘤生物学和潜在治疗靶点 GL261胶质母细胞瘤细胞系,包括贴壁培养和神经球培养的细胞 数字病理学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序 PCA, UMAP 单细胞转录组数据 10715个细胞(5764个贴壁细胞和4951个神经球细胞) NA 单细胞RNA-seq NA NA
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