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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2025-12-09 |
Endothelial LRRC8A mitigates pressure overload-induced cardiac hypertrophy by promoting coronary angiogenesis
2025-Dec-07, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-10021-9
PMID:41353685
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研究论文 | 本研究探讨了内皮细胞LRRC8A在压力超负荷诱导的心脏肥大中的作用,发现其通过促进冠状动脉血管生成来缓解病理变化 | 首次揭示内皮LRRC8A通过调节VEGF-VEGFR2轴和促进VEGFR2内吞作用来促进冠状动脉血管生成,从而缓解压力超负荷诱导的心脏肥大 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;机制细节如LRRC8A与VEGFR2互作的具体分子途径需进一步探索 | 研究内皮LRRC8A在压力超负荷诱导的病理性心脏肥大中的功能和机制 | 人类和小鼠的肥大心脏及心脏内皮细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及患者和小鼠样本,具体数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 382 | 2025-12-09 |
RBM8A confers oxaliplatin resistance in gastric cancer by maintaining EGFR mRNA stability
2025-Dec-07, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03655-y
PMID:41354714
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研究论文 | 本研究揭示了RBM8A通过稳定EGFR mRNA促进胃癌细胞对奥沙利铂化疗耐药的新机制 | 首次通过靶向siRNA筛选发现RBM8A在胃癌奥沙利铂耐药中的核心作用,并阐明其通过招募eIF4A3稳定EGFR mRNA、促进NHEJ介导的DNA修复的分子机制 | 研究主要基于细胞系和动物模型,临床验证仍需扩大样本量;EGFR抑制剂与奥沙利铂的联合疗法需进一步临床试验验证 | 探究RNA结合蛋白在胃癌化疗耐药中的作用机制 | 胃癌细胞系、异种移植模型、临床组织样本 | 癌症生物学 | 胃癌 | siRNA筛选、单细胞RNA测序、组织芯片分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质互作数据、临床生存数据 | 40个RBM家族成员的siRNA筛选、临床组织芯片样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 383 | 2025-12-09 |
Harnessing plasma transcriptomics for non-invasive cancer biomarker identification: a comprehensive review
2025-Dec-07, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-04232-1
PMID:41354890
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综述 | 本文全面综述了利用血浆转录组学进行非侵入性癌症生物标志物识别的技术、分析流程、挑战及未来趋势 | 系统性地评估了多种转录组学技术(如RNA-seq、scRNA-seq、空间转录组学)在血浆样本中的应用潜力,并强调了整合分析(如元分析和AI辅助多组学整合)等新兴趋势对增强生物标志物发现的推动作用 | 血浆转录组学目前存在技术局限性,包括RNA降解、低产量以及缺乏标准化流程,限制了其临床转化 | 旨在为癌症研究人员和临床医生提供血浆转录组学的基础知识和实用见解,推动其在精准肿瘤学和非侵入性癌症诊断中的应用 | 血浆样本中的转录组 | 自然语言处理 | 癌症 | 高通量测序(RNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 384 | 2025-12-09 |
A DSSM network for inferring and prioritizing cell-type-specific regulons using single-cell RNA-seq data
2025-Dec-07, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06329-4
PMID:41354912
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研究论文 | 本研究提出了一种名为DSSMReg的深度结构化语义模型,用于从单细胞RNA-seq数据中推断和优先排序细胞类型特异性调控子 | 开发了首个结合单细胞转录组数据和转录因子基序数据,通过深度结构化语义模型将转录因子和靶基因映射到低维语义空间,并利用余弦相似度评估调控强度以推断细胞类型特异性调控子的方法 | 未明确说明模型对数据质量和规模的敏感性,以及在不同组织或疾病类型中的泛化能力 | 开发一种能够准确推断和优先排序细胞类型特异性调控子的计算方法 | 转录因子、靶基因、调控子、单细胞RNA-seq数据 | 计算生物学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA-seq | 深度结构化语义模型(DSSM) | 单细胞转录组数据、转录因子基序数据 | 五个细胞系、三阴性乳腺癌样本、人骨髓造血干细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 385 | 2025-12-09 |
Organoid-derived photoreceptor precursors enriched by CD9⁻CD81mid sorting restore visual function in RCS rats
2025-Dec-07, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04848-8
PMID:41354961
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研究论文 | 本研究通过分析人视网膜类器官的单细胞RNA测序数据,鉴定出CD9⁻CD81mid表面标记物,用于富集光感受器前体细胞,并将其移植到RCS大鼠视网膜下腔,成功改善了视觉功能 | 开发了一种基于CD9⁻CD81mid表面标记物、无需基因标记的临床可转化策略,用于富集高纯度、低增殖活性的光感受器前体细胞 | 研究仅在RCS大鼠这一临床前模型中进行,尚未在人体中进行验证 | 开发一种安全、可临床转化的细胞疗法,用于治疗视网膜退行性疾病 | 人视网膜类器官来源的光感受器前体细胞和RCS大鼠模型 | 单细胞组学 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及人视网膜类器官和RCS大鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 386 | 2025-12-09 |
Fibroblast-driven MMP-9/TIMP-1 imbalance in bronchoalveolar lavage reflects fibrotic progression in interstitial lung disease
2025-Dec-07, European journal of clinical investigation
IF:4.4Q2
DOI:10.1111/eci.70162
PMID:41354972
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研究论文 | 本研究通过分析间质性肺病患者的支气管肺泡灌洗液,揭示了成纤维细胞驱动的MMP-9/TIMP-1失衡与纤维化进展的关系 | 首次在人类ILD患者中系统评估BAL液中MMP-9/TIMP-1比值与纤维化严重程度的关系,并利用单细胞RNA测序数据确认了成纤维细胞/肌成纤维细胞是TIMP-1的主要细胞来源 | 样本量较小(48例),为单中心研究,需要更大规模的多中心研究进行验证 | 评估ILD患者BAL液中MMP-9/TIMP-1比值,探究其与纤维化严重程度的关系及成纤维细胞/肌成纤维细胞的贡献 | 间质性肺病患者(包括非纤维化ILD、纤维化ILD和特发性肺纤维化) | 数字病理学 | 肺纤维化 | 酶联免疫吸附试验,明胶酶谱法,免疫荧光,单细胞RNA测序数据分析 | DESeq2模型 | 蛋白质浓度数据,酶活性数据,单细胞RNA测序数据 | 48例连续ILD患者的BAL样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 387 | 2025-12-09 |
MicroRNA-mediated neuronal detargeting alters astrocyte cell fate conversion trajectories in vivo
2025-Dec-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09169-3
PMID:41350397
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研究论文 | 本研究通过在GFAP微型启动子驱动的转录盒中引入microRNA-124靶序列,优化了体内星形胶质细胞向神经元重编程的特异性,并揭示了不同转录因子组合对细胞命运转换轨迹的调控作用 | 首次将microRNA-124靶序列整合到星形胶质细胞重编程系统中,有效避免了内源性神经元的脱靶转染,并通过单细胞转录组学揭示了重编程过程中细胞命运分叉的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类细胞或临床环境中验证;对长期重编程细胞的稳定性和功能整合评估有限 | 优化体内星形胶质细胞向神经元重编程的特异性,并探究细胞命运转换的分子机制 | 小鼠星形胶质细胞 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞转录组学、谱系追踪、假时间轨迹分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及谱系追踪和单细胞测序分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 388 | 2025-12-09 |
Genetic insights into drug targets for alzheimer's disease: integrative multi-omics analysis
2025-Dec-05, Alzheimer's research & therapy
DOI:10.1186/s13195-025-01901-9
PMID:41350740
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研究论文 | 本研究通过整合多组学孟德尔随机化分析,识别阿尔茨海默病的潜在药物靶点 | 克服了先前研究表型覆盖窄、多组学验证不足和机制探索不充分的限制,通过全面MR分析识别稳健治疗靶点 | NA | 识别阿尔茨海默病的遗传药物靶点 | 阿尔茨海默病及相关生物标志物、神经影像内表型、认知特征和风险因素 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 孟德尔随机化, 全基因组关联研究, 蛋白质组学, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组, 蛋白质组, 转录组 | 超过50个GWAS数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 389 | 2025-12-09 |
Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification
2025-Dec-04, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.108331
PMID:41342897
|
研究论文 | 本研究通过条件性敲除小鼠视网膜前体细胞中的Ptbp1基因,评估其在发育性神经发生中的作用,发现Ptbp1对视网膜细胞命运决定并非必需 | 首次在体内条件下系统评估Ptbp1在视网膜神经发生中的功能,挑战了Ptbp1作为神经发生核心抑制因子的传统观点 | 研究仅聚焦于视网膜发育,未在其他神经系统或成年神经发生中验证Ptbp1的功能 | 探究RNA结合蛋白Ptbp1在发育性神经发生中的具体作用机制 | 小鼠视网膜前体细胞和Müller胶质细胞 | 发育神经生物学 | NA | 条件性基因敲除、免疫染色、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据、剪接模式数据 | 突变型小鼠视网膜组织(具体数量未明确说明) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 390 | 2025-12-09 |
Altered somatostatin receptor 3 expression and functional dysregulation in tuberous sclerosis complex
2025-Dec-04, Progress in neurobiology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.pneurobio.2025.102864
PMID:41352576
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和电生理学方法,揭示了结节性硬化症中生长抑素信号通路的功能失调及其对抑制性网络的影响 | 首次在结节性硬化症中系统描述了生长抑素受体3的表达改变及其功能代偿作用,并揭示了该受体亚型在疾病中独特的调节机制 | 研究样本量有限,且主要基于体外电生理实验,体内验证和临床转化仍需进一步探索 | 探究结节性硬化症中生长抑素信号通路的表达变化和功能失调机制 | 人脑皮质样本(对照组和结节性硬化症组)及非洲爪蟾卵母细胞 | 神经科学 | 结节性硬化症 | 单细胞RNA测序,电生理记录,膜片钳技术 | NA | 单细胞转录组数据,电生理信号数据 | 未明确具体样本数量,涉及对照组和结节性硬化症组的人脑皮质样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 391 | 2025-12-09 |
Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals the Molecular Mechanisms of Neutrophil Dysfunction in Chronic Bone Infection
2025-Dec-04, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了慢性骨感染中中性粒细胞功能障碍的分子机制 | 首次在MRSA诱导的慢性骨感染大鼠模型中,通过单细胞RNA测序识别出7个中性粒细胞亚群,并发现NeuP2ry10亚群变化最显著,揭示了中性粒细胞向N2抗炎表型极化的分子特征 | 研究基于大鼠模型,结果向人类临床转化的有效性有待验证;单细胞测序样本量可能有限 | 探究慢性骨感染中中性粒细胞功能异常的分子机制 | MRSA诱导的慢性骨感染大鼠模型中的骨髓细胞 | 单细胞组学 | 骨感染 | 单细胞RNA测序,基因本体论分析,通路富集分析,免疫荧光染色,活性氧定量 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | MRSA诱导的慢性骨感染大鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 392 | 2025-12-09 |
Distinct roles of Atf3, Zfp711 and Bcl6b in early embryonic hematopoietic and endothelial lineage specification
2025-Dec-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204792
PMID:41200855
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术结合基因敲除,探讨了Atf3、Zfp711和Bcl6b这三个转录因子在小鼠胚胎干细胞早期造血和内皮谱系分化中的独特作用 | 首次在单细胞分辨率下系统研究了Atf3、Zfp711和Bcl6b这三个相对未被充分研究的转录因子在早期胚胎造血发育中的功能,揭示了它们在谱系分化中的不同调控机制 | 研究主要基于体外分化的小鼠胚胎干细胞模型,可能无法完全反映体内胚胎发育的复杂性;Bcl6b在早期造血中的作用未观察到明显效应,其具体功能仍需进一步探索 | 解析早期胚胎造血和内皮谱系分化中转录因子的调控网络 | 小鼠胚胎干细胞及其分化产生的造血和内皮谱系细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,流式细胞术,基因敲除 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞术数据 | 未明确指定具体样本数量,但涉及体外分化的小鼠胚胎干细胞及其衍生细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 393 | 2025-12-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals a putative lncRNA-associated ceRNA network in high-grade serous ovarian cancer
2025-Dec, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-025-01691-2
PMID:41099994
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了高级别浆液性卵巢癌中一个由长链非编码RNA MIR100HG、微小RNA mir-224-5p和EYA4基因组成的竞争性内源RNA网络,该网络可能通过调控Wnt信号通路促进肿瘤进展 | 首次在高级别浆液性卵巢癌中结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,识别出癌细胞特异性的竞争性内源RNA网络,并揭示了MIR100HG可能作为mir-224-5p的分子海绵调控EYA4表达的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析和公共数据库验证,缺乏直接的实验功能验证来证实ceRNA网络的具体调控机制 | 识别高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中活跃的长链非编码RNA相关竞争性内源RNA网络 | 高级别浆液性卵巢癌的癌细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 加权基因共表达网络分析 | RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量,但使用了单细胞RNA测序和批量RNA测序数据集,并利用癌症基因组图谱数据进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 394 | 2025-12-09 |
Spatial Transcriptomics of Patients With Kaposi Sarcoma Identifies Mechanisms of Immune Evasion
2025-Dec, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.70728
PMID:41342328
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析卡波西肉瘤(KS)皮肤病变,以识别KSHV感染的细胞类型和免疫相互作用 | 首次将空间转录组学与单细胞RNA测序参考数据集结合,对KS病变进行空间解析的细胞类型反卷积分析,并同时检测人类和KSHV基因表达 | 样本量较小(7个KS肿瘤和6个正常皮肤样本),且仅针对皮肤病变进行分析 | 阐明KSHV感染如何重塑皮肤组织、抑制免疫反应并导致抗癌治疗耐药的潜在机制 | 卡波西肉瘤(KS)患者的皮肤肿瘤组织 | 空间转录组学 | 卡波西肉瘤 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 空间解析的细胞类型反卷积方法 | 空间基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | 7个KS皮肤肿瘤样本,6个正常皮肤样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 395 | 2025-12-08 |
Neutrophil extracellular traps released by CD177+ neutrophils aggravated inflammation and neuronal impairment post-SCI
2025-Dec-07, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02553-w
PMID:41353336
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定脊髓损伤后三种不同的中性粒细胞亚群,并揭示CD177+中性粒细胞通过形成中性粒细胞胞外陷阱加剧炎症和神经元损伤 | 首次在脊髓损伤模型中系统鉴定中性粒细胞亚群,并阐明CD177+中性粒细胞通过PAD4和ROS依赖的NETs形成机制促进炎症和神经元凋亡 | 研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本,人类脊髓损伤的异质性可能未被完全涵盖 | 探究脊髓损伤后中性粒细胞的异质性及其在神经炎症和神经元损伤中的作用机制 | 脊髓损伤小鼠模型和患者样本中的中性粒细胞 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量,包括SCI小鼠模型和患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 396 | 2025-12-08 |
A mitochondria-related gene-based signature predicts pancreatic ductal adenocarcinoma clinical outcome and revealed CAMK2A/THEM4 regulates progression phenotypes and mitophagy in vivo and in vitro
2025-Dec-06, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07456-5
PMID:41353164
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研究论文 | 本研究开发了一个基于线粒体相关基因的12基因预后特征,用于预测胰腺导管腺癌(PDAC)的临床结局,并揭示了CAMK2A/THEM4在体内外调控进展表型和线粒体自噬的分子机制 | 首次在胰腺癌中开发了一个基于线粒体相关基因的预后特征,并深入研究了候选基因CAMK2A和THEM4的协同作用及其通过CAMK2A-THEM4-AKT轴调控PDAC进展的机制 | NA | 开发一个稳健的分子特征以改善PDAC的风险分层并识别潜在的治疗靶点 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者 | 机器学习 | 胰腺癌 | 机器学习、单细胞测序、免疫组织化学(IHC)微阵列、体内异种移植模型 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据、免疫组织化学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 397 | 2025-12-08 |
CSDE1 depletion inhibits tumor progression through enhancing B-cell infiltration in NSCLC
2025-Dec-06, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-08282-9
PMID:41353256
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研究论文 | 本研究探讨了CSDE1基因在非小细胞肺癌(NSCLC)进展中的作用及其对肿瘤免疫微环境的影响,发现CSDE1通过调节肿瘤浸润B淋巴细胞(TIL-Bs)促进肿瘤进展 | 首次揭示了CSDE1通过调节肿瘤浸润B淋巴细胞(TIL-Bs)来促进肺癌进展的新机制,并证明B细胞在此过程中的关键作用,为肿瘤免疫治疗提供了新的潜在靶点 | 研究主要基于小鼠模型,其在人体中的具体作用机制和临床转化潜力仍需进一步验证 | 探究CSDE1在肺癌进展中的作用及其对肿瘤免疫微环境的影响 | 非小细胞肺癌(NSCLC) | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光 | 小鼠肿瘤模型 | 单细胞RNA测序数据、流式细胞数据、免疫荧光图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 398 | 2025-12-08 |
Immune landscape-driven subtyping reveals distinct microenvironment and prognostic profiles in thymic epithelial tumors
2025-Dec-06, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01197-w
PMID:41353296
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研究论文 | 本研究通过整合公共数据集和内部验证队列的免疫相关基因表达数据,对胸腺上皮肿瘤进行了免疫亚型分类,并揭示了不同亚型在微环境特征和预后方面的显著差异 | 首次基于免疫相关基因表达谱对胸腺上皮肿瘤进行共识聚类,识别出淋巴细胞富集亚型和髓系/基质富集亚型这两种具有不同预后和微环境特征的亚型,并利用单细胞转录组学揭示了MIF介导的CD8+ T细胞功能抑制机制 | 研究样本量相对有限(总样本数119例),且验证队列主要依赖于单一机构(瑞金医院)的FFPE-RNA测序数据,未来需要在更大规模的多中心队列中进行验证 | 揭示胸腺上皮肿瘤的免疫异质性,建立与临床相关的免疫分类系统,为个性化治疗策略提供依据 | 胸腺上皮肿瘤患者样本 | 数字病理学 | 胸腺上皮肿瘤 | RNA测序,单细胞转录组学,多重免疫荧光 | 共识聚类,ROC曲线分析 | 基因表达数据,单细胞转录组数据,免疫荧光图像数据 | 119例(LRS亚型86例,MSRS亚型33例) | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 399 | 2025-12-08 |
From bulk RNA sequencing to spatial transcriptomics: a comparative review of differential gene expression analysis methods
2025-Dec-06, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-025-00884-w
PMID:41353326
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 400 | 2025-12-08 |
Plate-based 10X Genomics-compatible single-cell RNA-sequencing based on Smart-seq3xpress
2025-Dec-06, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-12286-2
PMID:41353535
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研究论文 | 本文开发了一种基于Smart-seq3xpress原理的平板式、与10X Genomics兼容的单细胞RNA测序策略,旨在解决10X技术在小规模细胞群体分析中的限制 | PB10X方法结合了平板式单细胞RNA测序的灵活性和10X测序库制备的稳健性,同时保持与下游Cell Ranger数据处理的完全兼容性,特别在免疫受体库测序中表现出色 | NA | 开发一种成本效益高、与10X兼容的平板式单细胞RNA测序方法,以支持小规模细胞群体的基因表达和免疫受体分析 | Jurkat淋巴母细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达和T细胞受体序列数据 | NA | 10X Genomics | 单细胞RNA-seq | 10X Single Cell 5' library construction kit, 5' V(D)J kit, 5' Gene Expression kit | 基于Smart-seq3xpress原理的平板式10X兼容策略,支持384孔板中的荧光激活细胞分选 |