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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-07-01 |
A Large-Scale Single-Cell Atlas Reveals the Peripheral Immune Panorama of Bacterial Pneumonia
2025-12, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202501-0217OC
PMID:40758632
|
research paper | 通过大规模单细胞转录组图谱揭示了细菌性肺炎的外周免疫全景 | 首次构建了涵盖不同严重程度细菌性肺炎患者外周血免疫细胞的单细胞转录组图谱,并系统揭示了疾病严重程度相关的免疫细胞重塑机制,如经典单核细胞对细胞因子风暴的调控、CD8 T细胞衰竭及体液免疫的作用 | 未提及具体局限性 | 解析细菌性肺炎发病和免疫应答机制中驱动疾病严重程度的关键细胞和分子因素,为免疫调节治疗提供潜在靶点 | 100名个体的外周血免疫细胞,包括39名重症、31名轻度和30名健康对照 | single-cell genomics | bacterial pneumonia | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 100份外周血样本(39名重症、31名轻症、30名健康对照) | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2026-06-30 |
VEGF/ERK activation and PI3K inhibition together drive a vein-to-artery transition in an in vitro model of human angiogenesis
2025-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.17.694993
PMID:41446158
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研究论文 | 开发了一种人类多能干细胞分化方案,模拟静脉-动脉内皮细胞转化,并揭示VEGF激活与PI3K抑制共同驱动该过程 | 首次建立人类静脉-动脉转化的体外模型,并确定VEGF激活与PI3K抑制是静脉内皮细胞获得动脉身份的最小信号组合 | 还原论系统可能无法完全模拟体内复杂微环境 | 阐明人类静脉-动脉转化的分子机制以改善血运重建疗法 | 人类多能干细胞来源的内皮细胞 | 数字病理学 | 血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人类胚胎公开单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2026-06-30 |
Multi-omics characterization of autophagy-related molecular features in intrahepatic cholestasis of pregnancy†
2025-12-16, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf184
PMID:40796229
|
研究论文 | 通过多组学方法系统表征妊娠期肝内胆汁淤积症中与自噬相关的分子特征 | 首次结合非靶向脂质组学、单细胞RNA测序和RNA测序数据,系统揭示自噬在ICP胎盘中的脂质改变、细胞和基因表达,并发现自噬基因TNFSF10可作为潜在治疗靶点 | NA | 阐明自噬在妊娠期肝内胆汁淤积症发病机制中的作用 | 妊娠期肝内胆汁淤积症患者的胎盘组织、细胞及动物模型 | 机器学习 | 妊娠期肝内胆汁淤积症 | 非靶向脂质组学、单细胞RNA测序、RNA测序 | NA | 测序数据、脂质组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 24 | 2026-06-29 |
Integrated single-cell and machine learning analysis identifies PMAIP1 as a novel biomarker for predicting prognosis and immunotherapy response in colorectal cancer
2025-Dec-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-32933-8
PMID:41436831
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序与机器学习分析,鉴定PMAIP1作为结直肠癌预后和免疫治疗反应的新型生物标志物 | 首次揭示凋亡相关基因PMAIP1作为连接细胞凋亡与免疫微环境重塑的关键调控节点,并发现其具有招募免疫细胞与上调免疫检查点分子的双重矛盾功能 | 未提及具体局限性 | 利用多维计算生物学方法识别结直肠癌中调控凋亡与免疫互作的核心基因,并探索其作为预后标志物和潜在治疗靶点的临床价值 | 结直肠癌原发性肿瘤和肝转移组织 | 机器学习, 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 实时定量PCR(RT-qPCR) | LASSO, 随机森林, XGBoost | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据 | 来自TCGA数据库的批量转录组数据和临床样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 25 | 2026-06-29 |
Overexpression of Meis factors in late-stage retinal progenitors yields complex effects on temporal patterning and neurogenesis
2025-Dec-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-31061-7
PMID:41331083
|
研究论文 | 研究Meis1和Meis2在晚期视网膜祖细胞中的过表达对时间模式形成和神经发生的复杂影响 | 首次系统探讨Meis1和Meis2在出生后小鼠视网膜祖细胞中过表达对时间身份和早期细胞类型诱导的作用,并揭示二者调控时间身份和神经发生能力的非重叠方面 | Meis过表达不足以完全重编程晚期视网膜祖细胞;未涉及体内功能性评估或长期追踪 | 探究Meis1和Meis2过表达是否改变晚期视网膜祖细胞的时间身份并诱导早期细胞类型 | 出生后小鼠视网膜祖细胞 | 自然语言处理 | NA | 电穿孔, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 26 | 2026-06-26 |
Immunological dynamics in orthotopic compared with subcutaneous murine models of HPV-positive oropharyngeal cancer
2025-12-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.052311
PMID:40899264
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术,比较HPV阳性口咽鳞癌原位与皮下小鼠模型的免疫动态,揭示不同模型反映人类肿瘤免疫阶段的准确性 | 首次系统比较了HPV阳性口咽鳞癌皮下与原位小鼠模型在免疫特征和药物反应方面的差异,发现皮下模型更准确反映早期免疫原性阶段,原位模型更匹配晚期免疫排斥阶段 | 未提及具体局限性 | 评估HPV阳性口咽鳞癌小鼠模型在免疫治疗临床前研究中的可靠性 | HPV阳性口咽鳞癌的皮下和原位(舌根)小鼠模型 | 单细胞生物学 | HPV阳性口咽鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒 |
| 27 | 2026-06-23 |
JADE: Joint Alignment and Deep Embedding for Multi-Slice Spatial Transcriptomics
2025-Dec, Advances in neural information processing systems
PMID:42326616
|
研究论文 | 提出一种名为JADE的统一计算框架,用于同时学习多切片空间转录组数据的空间位置对齐和共享低维嵌入 | 首次在共享潜在空间中联合优化对齐和表示学习,采用往返框架交替进行对齐和嵌入细化,利用注意力机制动态评估嵌入维度的重要性 | 主要依赖两个数据集(10x Visium人DLPFC和Stereo-seq蝾螈脑数据集)进行验证,未提及在更多样化或更大规模数据集上的泛化能力评估 | 解决多切片空间转录组学分析中物理畸变、技术变异和批次效应带来的对齐与特征整合挑战 | 10x Visium人背外侧前额叶皮层和Stereo-seq蝾螈脑多切片空间转录组数据 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 空间转录组学 | 注意力机制 | 基因表达数据 | 两个多切片空间转录组数据集:10x Visium人DLPFC和Stereo-seq蝾螈脑 | 10x Genomics, BGI | 空间转录组学 | 10x Visium, Stereo-seq | 10x Visium适用于组织切片空间基因表达分析,Stereo-seq用于高分辨率空间转录组学 |
| 28 | 2026-06-20 |
Molecular glue degrader function of SPOP inhibitors enhances STING-dependent immunotherapy efficacy in melanoma models
2025-12-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI191772
PMID:41148213
|
研究论文 | 揭示SPOP抑制剂通过分子胶降解STING和CBX4增强黑色素瘤免疫治疗疗效的机制 | 首次发现SPOP抑制剂具有分子胶降解剂功能,可重定向SPOP降解新底物CBX4,激活STING依赖的先天免疫 | 研究主要基于小鼠模型,需在人类样本中验证SPOP抑制剂的临床转化潜力 | 探索SPOP E3连接酶在肿瘤免疫中的角色及其抑制剂作为免疫治疗增敏剂的潜力 | 黑色素瘤细胞系、B16小鼠肿瘤模型、CAR.CD19-T细胞治疗模型 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | B16肿瘤模型小鼠(具体数量未明确) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 平台用于单细胞RNA-seq分析 |
| 29 | 2026-06-20 |
Integrated bulk and single-cell RNA sequencing identifies oxidative stress signatures of radiation-induced lung injury in mice through machine learning
2025-12, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2025.106863
PMID:40967560
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研究论文 | 整合批量RNA测序和单细胞RNA测序,通过机器学习识别小鼠放射性肺损伤的氧化应激标志 | 首次结合批量与单细胞RNA测序及多种机器学习算法(随机森林、支持向量机),系统筛选出放射性肺损伤中与氧化应激相关的五个关键基因(Stk4、Aaas、Ets1、Sesn2、Kit),并构建了高准确率的诊断模型 | 研究基于小鼠模型,结果需进一步在人类样本中验证;未探讨五个关键基因在临床样本中的表达及功能 | 系统分析放射性肺损伤中与氧化应激相关的分子特征,筛选可用于早期诊断和靶向干预的生物标志物及分子机制 | 放射性肺损伤小鼠模型 | 机器学习 | 放射性肺损伤 | RNA测序、单细胞RNA测序、RT-PCR、免疫组化 | 随机森林、支持向量机、LASSO回归 | 基因表达数据 | 未明确样本数量,涉及小鼠批量与单细胞样本 | 未提供 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | 未提供 | 未提供 |
| 30 | 2026-06-20 |
Irf4 participates in benzene-induced hematopoietic senescence through mitochondrial ROS-dependent BCAA catabolism
2025-12, Toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.tox.2025.154271
PMID:40885242
|
研究论文 | 该研究揭示了Irf4通过线粒体ROS依赖的支链氨基酸分解代谢参与苯诱导的造血衰老 | 首次从代谢和衰老角度揭示环境剂量苯通过Irf4介导的支链氨基酸代谢异常导致造血干细胞损伤的分子机制 | NA | 探究苯暴露是否通过诱导细胞衰老造成造血损伤,以及其分子机制 | 雄性C57BL/6J小鼠和FDC-P1小鼠造血祖细胞系 | NA | 造血损伤、苯中毒 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 小鼠暴露于0、10、50 ppm苯蒸气12周;细胞暴露于0、5、10 μM 1,4-BQ 24小时 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 31 | 2025-12-23 |
Correction to "Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal a Novel Mechanism of Oligodendrocyte-Neuron Interaction in Cognitive Decline After High-Altitude Cerebral Edema"
2025-Dec, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1002/cns.70723
PMID:41424021
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2026-06-19 |
Mitochondrial complex II orchestrates divergent effects in CD4+ and CD8+ T cells
2025-12-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI194134
PMID:41392980
|
研究论文 | 探究线粒体复合体II在CD4+和CD8+ T细胞中发挥的差异性调控作用 | 首次揭示线粒体复合体II在CD4+和CD8+ T细胞中产生截然相反的效果,为代谢调控T细胞功能提供了新见解 | 未提及 | 阐明线粒体复合体II在T细胞亚群中的特异性作用及其机制 | T细胞特异性SDHA缺陷小鼠的CD4+和CD8+ T细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 33 | 2026-06-19 |
MicroRNA-mediated neuronal detargeting alters astrocyte cell fate conversion trajectories in vivo
2025-Dec-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09169-3
PMID:41350397
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研究论文 | 本文通过引入microRNA-124靶序列,提高了星形胶质细胞向神经元重编程的特异性,并揭示了重编程轨迹的分子机制 | 创新点在于利用microRNA-124靶序列实现神经元去靶向,提高了AAV介导的星形胶质细胞重编程的特异性,并通过单细胞转录组学揭示了不同的重编程轨迹 | 目前仅在小鼠体内验证,尚未在人类细胞中验证;重编程效率仍需进一步优化 | 提高星形胶质细胞向神经元重编程的特异性,并解析重编程轨迹的分子机制 | 小鼠大脑中的星形胶质细胞和神经元 | 机器学习 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学, AAV介导的基因传递, 谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 34 | 2026-06-19 |
STING agonists drive recruitment and intrinsic type I interferon responses in monocytic lineage cells for optimal anti-tumor immunity
2025-Dec-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf131
PMID:40633091
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research paper | 研究STING激动剂通过募集单核细胞系细胞并诱导其内在I型干扰素反应以实现最佳抗肿瘤免疫的机制 | 发现STING激动剂治疗通过CCR5依赖性方式将携带肿瘤抗原的单核细胞从肿瘤迁移至淋巴结,并揭示了IL-18-IL-18R1相互作用在CD8+ T细胞和自然杀伤细胞与单核细胞系细胞之间的关键作用 | 未明确提及局限性 | 探究单核细胞系细胞在STING激动剂诱导的I型干扰素信号传导中的作用及其对肿瘤治疗效率的影响 | 小鼠(MC38和B16F10肿瘤模型)及其单核细胞系细胞 | machine learning | melanoma | single-cell RNA sequencing | NA | gene expression data | 小鼠模型,包括Ccr2缺陷小鼠和Lyz2-Cre-IFNAR1fl/fl小鼠 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序 |
| 35 | 2026-06-19 |
Lipid-laden macrophages in atherosclerosis and cancer
2025-12, Seminars in cancer biology
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.semcancer.2025.09.007
PMID:41005549
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综述 | 综述了脂质负载巨噬细胞在动脉粥样硬化和癌症中的双重作用,强调其在生理和病理条件下的共有和相异功能 | 比较了动脉粥样硬化和癌症中脂质负载巨噬细胞的分子机制和基因表达谱,并评估了脂质调节策略在癌症治疗中的潜力 | NA | 探讨脂质负载巨噬细胞在动脉粥样硬化和癌症中的功能与潜在治疗策略 | 脂质负载巨噬细胞 | 机器学习 | 动脉粥样硬化, 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2026-06-18 |
Untangling the fusion of spatial omics and mechanobiology
2025-12-12, Progress in biomedical engineering (Bristol, England)
DOI:10.1088/2516-1091/ae16f2
PMID:41130259
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研究论文 | 本文探讨了空间力学转录组学这一整合平台的出现,它结合了空间转录组学和机械生物学数据,用于预测疾病状态 | 首次提出空间力学转录组学这一整合方法,将空间转录组学与细胞力学特性相结合,在诊断时间窗口内从相同细胞中获取两种数据 | 未提及具体实验验证或定量评估该方法的性能 | 探索空间组学与机械生物学融合的潜力,以推动精准诊断和新型治疗发展 | 细胞(关注其转录谱和机械特性) | 数字病理学 | 肌肉萎缩症、癌症、青光眼 | 空间转录组学、机械生物学 | NA | 空间转录组数据、细胞力学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 37 | 2026-06-18 |
Stem cell-based approach to identify regulatory TFs during mammalian cell differentiation
2025-12-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102716
PMID:41270744
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研究论文 | 结合多能干细胞分化、单细胞转录组学和CRISPR基因功能缺失筛选,识别哺乳动物细胞分化过程中关键转录因子的方法 | 首次将CRISPR全基因组筛选与单细胞转录组学结合,应用于脊髓运动神经元分化,发现了116个新转录因子及非差异表达基因的关键调控作用 | 小鼠与人源筛选存在交叉物种验证差异,部分靶点的功能保守性需进一步确认 | 系统识别哺乳动物细胞分化中的调控性转录因子 | 小鼠和人类脊髓运动神经元分化过程中的转录因子 | 机器学习 | NA | CRISPR基因功能缺失筛选、单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠运动神经元分化模型、人类干细胞分化模型(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 38 | 2026-06-18 |
Endothelial protective effects of ferulic acid in preeclampsia treatment
2025-12-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00495.2025
PMID:41165539
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研究论文 | 本研究探讨阿魏酸通过STAT3/VEGF信号轴改善先兆子痫小鼠内皮功能及减轻炎症的治疗效果 | 首次揭示阿魏酸通过抑制STAT3磷酸化增强内皮屏障功能、稳定血管完整性及改善胎儿发育结局的分子机制 | 未提供明确的局限性描述 | 评估阿魏酸在先兆子痫治疗中对内皮功能障碍的改善作用及分子机制 | 先兆子痫小鼠模型(N-硝基-L-精氨酸甲酯诱导) | 数字病理学 | 先兆子痫 | 单细胞RNA测序、分子检测 | NA | 基因表达数据 | 先兆子痫小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 39 | 2026-06-17 |
Optimized protocol for processing murine tumor-bearing lung tissue for flow cytometry and single cell RNA-sequencing
2025-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690629
PMID:41394615
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研究论文 | 提出一种从荷瘤小鼠肺组织中处理样本用于流式细胞术和单细胞RNA测序的优化流程 | 针对纤维化和异质性强的荷瘤肺组织,开发了减少处理应激并获取>85%活细胞的详细分步操作方案 | 未明确说明局限,但可能包括对特定小鼠模型(Kras; tdTomato)的依赖和需验证的通用性 | 优化从健康及荷瘤小鼠肺组织中分离高质量单细胞悬液的方法 | Kras; tdTomato报告基因小鼠的荷瘤肺组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,涉及健康及荷瘤小鼠肺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2026-06-15 |
Decoding anoikis-related genes in lung adenocarcinoma brainmetastasis via single-cell RNA sequencing: CD44-mediated functions
2025-Dec-26, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-15485-y
PMID:41454310
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术解码肺腺癌脑转移中失巢凋亡相关基因(特别是CD44)的功能 | 首次利用单细胞RNA测序数据系统分析失巢凋亡相关基因在肺腺癌脑转移中的作用机制,并构建基于CD44等基因的预后模型 | 未明确说明 | 探究失巢凋亡相关基因在肺腺癌脑转移进展中的作用及预后意义 | 肺腺癌患者原发肿瘤组织及脑转移组织样本 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据、批量RNA测序数据、生存数据 | 6例肺癌样本和6例脑转移样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |