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当前共找到 1119 篇文献,本页显示第 361 - 380 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
361 2026-01-10
Spatial transcriptomic profiling of decalcified murine musculoskeletal samples via Xenium Prime 5K
2025-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文详细介绍了针对小鼠肌肉骨骼组织样本的全面处理流程,旨在通过10x Genomics的Xenium Prime 5K平台实现高质量的空间转录组学数据生成 开发了一种综合样本处理流程,包括经心灌注、固定、脱钙、石蜡处理及样本共包埋策略,成功解决了在脱钙肌肉骨骼组织中保持RNA完整性的挑战 NA 旨在实现从小鼠肌肉骨骼组织中生成高质量的空间转录组学数据 小鼠的完整膝关节、胫骨和腰椎等肌肉骨骼组织样本 空间转录组学 NA 空间转录组学 NA 空间转录组学数据 涉及成年小鼠的多种组织类型,包括滑膜、半月板、髌腱、关节软骨、软骨下骨、皮质骨、骨髓、肌肉、骨折骨痂和背根神经节 10x Genomics 空间转录组学 Xenium Prime 5K Xenium Prime 5K平台,用于基于成像的空间转录组学分析
362 2026-01-10
Single-Cell Dissection of Fibroblast Heterogeneity in Diabetic Ulcers: Platelet-Rich Plasma (PRP) Therapy Activates Core Regenerative Programs via PLAGL1/RUNX2/ZKSCAN7 Networks
2025-Dec-18, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和多组学方法,揭示了糖尿病溃疡中成纤维细胞的异质性,并评估了富血小板血浆(PRP)疗法通过激活PLAGL1/RUNX2/ZKSCAN7网络促进愈合的机制 首次在糖尿病溃疡中系统表征成纤维细胞异质性,并鉴定出PRP疗法通过PLAGL1/RUNX2/ZKSCAN7转录因子网络激活核心再生程序的新机制 研究样本量相对较小(人类样本n=14,动物模型验证),且主要基于观察性数据,需要进一步功能实验验证机制 表征糖尿病溃疡中成纤维细胞的异质性,并评估PRP疗法的疗效及分子机制 糖尿病足溃疡患者(愈合n=9,未愈合n=5)的皮肤组织,以及链脲佐菌素诱导的糖尿病溃疡大鼠模型 数字病理学 糖尿病溃疡 单细胞RNA测序(scRNA-seq),细胞间通讯分析,转录因子分析,伪时间轨迹重建,动物模型验证 NA 单细胞RNA测序数据,转录组数据 人类样本:14例(愈合9例,未愈合5例);动物模型:糖尿病溃疡大鼠 NA 单细胞RNA-seq NA NA
363 2026-01-10
Comprehensive Multi-Omics Analysis Identifies Lactylation-Related Gene RAN as a Novel Prognostic Biomarker and Therapeutic Target in Glioma
2025-Dec-18, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
研究论文 本研究通过整合多组学数据与机器学习方法,鉴定出乳酸化修饰相关基因RAN是胶质瘤的新型预后生物标志物和治疗靶点 首次系统性地将乳酸化修饰与胶质瘤进展联系起来,并通过创新的多步骤分析流程(结合scRNA-seq、空间转录组学和101种机器学习组合策略)鉴定出RAN这一关键基因,揭示了其通过PI3K/AKT通路促进肿瘤恶性表型的新机制 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,功能验证仅在有限的胶质瘤细胞系(LN229, U87, U251)中进行,缺乏体内动物模型实验和临床样本的进一步验证 系统鉴定胶质瘤中关键的乳酸化修饰相关基因,阐明其功能和作用通路,并探索其作为新型治疗靶点的潜力 胶质瘤(中枢神经系统原发性恶性肿瘤) 生物信息学, 计算生物学 胶质瘤 RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 机器学习特征选择, shRNA敲低, 细胞功能实验(CCK-8, 克隆形成, EdU, 伤口愈合, Transwell), 蛋白质印迹 多种机器学习算法(共10种)及其组合策略(共101种), 包括弹性网络(ENet, α = 0.4) 基因表达数据(RNA-seq, scRNA-seq), 空间转录组数据, 临床预后数据 来自TCGA、GEO和CGGA数据库的多个数据集, 具体样本数量未在摘要中明确说明;功能验证使用了LN229、U87和U251三种胶质瘤细胞系 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq NA NA
364 2026-01-10
Cancer-Associated Fibroblast-Centric Risk Model Predicts Immunotherapy Resistance in Pancreatic Cancer and Reveals PLOD2 as a Key Stromal Therapeutic Target
2025-Dec-17, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
研究论文 本研究通过整合多组学数据与实验验证,构建了以癌症相关成纤维细胞为中心的风险模型,用于预测胰腺癌免疫治疗耐药性,并揭示PLOD2作为关键基质治疗靶点 首次系统性结合加权基因共表达网络和蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,识别出CAF相关核心基因,并通过单细胞RNA测序验证其在CAF中的表达,建立风险模型预测免疫治疗反应 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏大规模临床队列验证,且未深入探讨所有核心基因的具体作用机制 探究癌症相关成纤维细胞在胰腺腺癌中的作用机制,并开发靶向CAF的治疗策略 胰腺腺癌患者的多组学数据、肿瘤细胞行为及癌症相关成纤维细胞 数字病理学 胰腺癌 单细胞RNA测序、多组学数据分析、加权基因共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 风险预测模型 多组学数据、基因表达数据、单细胞RNA测序数据 未明确指定样本数量,但基于多数据库分析 NA 单细胞RNA-seq NA NA
365 2026-01-10
Hypoxia-Activated PERK Promotes Epithelial-Mesenchymal Transition in Gliomas: A Single-Cell and Spatial Transcriptomic Study With Therapeutic Implications
2025-Dec-17, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
研究论文 本研究通过单细胞和空间转录组学分析,揭示了缺氧激活的PERK通路在胶质瘤中促进上皮-间质转化(EMT)的关键作用及其治疗意义 首次结合单细胞测序和空间转录组学技术,系统阐明了缺氧环境下PERK通路通过SPP1-CD44相互作用驱动胶质瘤EMT和侵袭的新机制 研究主要基于公共数据库数据,实验验证部分在细胞系和动物模型中进行,临床样本验证有限 探究内质网应激(ERS)特别是PERK通路在胶质瘤EMT和恶性进展中的作用 胶质瘤细胞系、裸鼠模型、公共单细胞和空间转录组数据 数字病理学 胶质瘤 单细胞RNA测序、空间转录组学、伪时间分析、细胞通讯分析 NA 转录组数据、空间转录组数据、细胞实验数据 公共数据库中的胶质瘤样本、PERK沉默的胶质瘤细胞系、裸鼠模型 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
366 2026-01-10
Cross-Study Meta-Analysis of Blood Transcriptomes in Type 2 Diabetes
2025-Dec-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本研究通过整合自身和公开的血液RNA-seq数据,进行跨研究荟萃分析,探索2型糖尿病的转录组变化和潜在生物标志物 首次通过跨研究荟萃分析整合多个血液转录组数据集,识别出2065个差异表达基因,其中包括713个在原始研究中未发现的新基因,并揭示了中性粒细胞活化和增殖在2型糖尿病中的潜在作用 不同研究间的基因表达变化一致性较低,仅少数差异表达基因在所有数据集中被一致识别,样本量相对较小,可能影响结果的普遍性 阐明2型糖尿病的致病机制并识别潜在的生物标志物 2型糖尿病患者和对照受试者的全血样本 自然语言处理 2型糖尿病 bulk RNA-seq NA 转录组数据 9名T2D患者和9名对照受试者(自身研究),加上七个公开数据集 NA bulk RNA-seq NA NA
367 2026-01-10
Multi-dimensional omics integrated machine learning framework identifies macrophage-fibroblast-tumor co-infiltration patterns to predict prognosis in gastric cancer
2025-Dec-09, NPJ digital medicine IF:12.4Q1
研究论文 本研究通过整合空间转录组学、单细胞RNA测序和机器学习技术,识别并验证了胃癌中巨噬细胞-成纤维细胞-肿瘤细胞共浸润的空间模式,并开发了一个基于迁移学习的预测模型 首次在胃癌中系统性地识别了巨噬细胞-成纤维细胞-肿瘤细胞的空间共浸润模式,并利用迁移学习构建了能够识别该模式的机器学习框架 研究主要基于回顾性数据,需要在前瞻性队列中进一步验证模型的临床适用性 揭示胃癌肿瘤微环境的空间异质性,开发预后预测工具 胃癌组织样本 数字病理学 胃癌 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光, 机器学习 ResNet-50, 迁移学习 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 图像数据 NA NA 空间转录组学, 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
368 2026-01-10
Immune landscape-driven subtyping reveals distinct microenvironment and prognostic profiles in thymic epithelial tumors
2025-Dec-06, NPJ precision oncology IF:6.8Q1
研究论文 本研究通过整合公共数据集和内部验证队列的免疫相关基因表达数据,对胸腺上皮肿瘤进行免疫亚型分型,揭示了两种具有不同微环境特征和预后的亚型 首次基于免疫景观对胸腺上皮肿瘤进行亚型分型,并揭示了髓系/基质富集亚型通过MIF介导的机制抑制CD8+ T细胞功能 研究依赖于公共数据集和单中心验证队列,样本量有限,需要更大规模的多中心研究进行验证 建立胸腺上皮肿瘤的临床相关免疫分类系统,以整合分子、免疫学和临床特征 胸腺上皮肿瘤患者 数字病理学 胸腺上皮肿瘤 RNA测序,单细胞转录组学,多重免疫荧光 共识聚类 基因表达数据,单细胞转录组数据,图像数据 公共数据集和内部验证队列共119例样本(LRS亚型86例,MSRS亚型33例),以及瑞金队列的FFPE-RNA测序验证 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
369 2026-01-10
Single-cell transcriptomic profiling reveals aberrant CD4⁺ naive T cell differentiation driving immune activation in Behçet's uveitis
2025-Dec-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组测序揭示了白塞病葡萄膜炎中CD4⁺初始T细胞异常分化驱动免疫激活的机制 首次整合外周血和房水样本的单细胞转录组数据,系统描绘了BU中T细胞从循环到眼内炎症部位的动态分化轨迹,并识别出IL-32和CXCR4作为关键调控因子 样本量有限,功能验证主要在体外进行,缺乏体内干预实验证实靶向治疗潜力 阐明白塞病葡萄膜炎中T细胞功能障碍和局部免疫激活的精确机制 白塞病葡萄膜炎患者和健康对照者的外周血单个核细胞及公开的房水样本 单细胞组学 白塞病葡萄膜炎 单细胞RNA测序 伪时间轨迹分析 单细胞转录组数据 BU患者和健康对照者的PBMCs样本(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
370 2026-01-10
Sex-dimorphic reprogramming of fetal mouse brain development by maternal estradiol excess
2025-Dec-02, Biology of sex differences IF:4.9Q1
研究论文 本研究利用空间转录组学技术,系统分析了母体高雌激素暴露对小鼠胎儿大脑发育的性别二态性影响 首次结合空间转录组学与细胞类型鉴定,揭示了母体高雌激素暴露导致胎儿大脑基因表达、信号通路和调控子活性的性别特异性变化,并发现了雄性大脑皮层神经祖细胞增殖-分化平衡的特定破坏 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证;空间转录组学分辨率可能有限,未能捕捉所有细胞亚型的细微变化 探究母体高雌激素暴露如何导致胎儿大脑发育的性别二态性重编程,以理解神经发育障碍的机制 小鼠胎儿大脑组织 空间转录组学 神经发育障碍 空间转录组学,免疫荧光 NA 空间转录组数据,图像数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
371 2026-01-10
HCMV immediate-early protein IE2 induces neurotoxicity and hearing loss by disrupting TSC2-mTOR signaling and metabolic homeostasis
2025-Dec-02, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1
研究论文 本研究揭示了人巨细胞病毒(HCMV)立即早期蛋白IE2通过破坏TSC2-mTOR信号通路和代谢稳态,导致神经毒性和听力损失的机制 首次发现HCMV IE2蛋白通过直接与TSC2相互作用,导致mTOR信号过度激活、代谢失调和线粒体功能障碍,从而引起听力损失,并证明mTOR抑制剂可缓解这些缺陷 研究主要基于转基因小鼠模型,其在人类HCMV感染中的直接相关性仍需进一步验证 探究HCMV立即早期蛋白IE1和IE2在感觉神经性听力损失(SNHL)中的作用及机制 表达HCMV IE1和IE2蛋白的转基因小鼠模型 数字病理学 感觉神经性听力损失 scRNA-seq, 透射电子显微镜 转基因小鼠模型 基因表达数据, 图像数据 转基因小鼠模型(具体数量未在摘要中说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
372 2026-01-10
A mannitol-based buffer improves single-cell RNA sequencing of high-salt marine cells
2025-Dec-01, BMC genomics IF:3.5Q2
研究论文 本文介绍了一种基于甘露醇的缓冲液(PBS-M),用于改善高盐度海洋生物细胞的单细胞RNA测序质量 开发了一种低盐度磷酸盐缓冲液(PBS-M),通过添加D-甘露醇来维持高盐度海洋细胞的活力,从而提高scRNA-seq的数据质量和细胞代表性 研究仅在海鞘类物种中进行了验证,尚未在其他海洋生物中广泛测试 优化单细胞RNA测序技术,以更好地应用于高盐度海洋生物的研究 海鞘Ciona robusta的血液细胞以及第二种海鞘物种 单细胞测序 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA RNA测序数据 未明确指定样本数量,但涉及海鞘的血液细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
373 2026-01-10
Leveraging two novel droplet-based single-cell RNA Sequencing platforms: a comparative study with 10x genomics
2025-Dec-01, BMC genomics IF:3.5Q2
研究论文 本文对两种新型液滴式单细胞RNA测序平台(SeekOne和MobiDrop)与广泛使用的10x Genomics平台进行了比较研究 首次独立比较了SeekOne和MobiDrop这两种新兴液滴式单细胞RNA测序平台与行业标准10x Genomics的性能差异 研究仅基于特定样本类型进行,可能未涵盖所有生物对象或实验条件,且比较范围有限 评估不同单细胞RNA测序平台的性能,以帮助研究者选择最适合其研究需求的平台 不同复杂度和质量的细胞悬浮液样本 单细胞测序技术 NA 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 未明确指定具体样本数量,但涉及多种样本类型 10x Genomics, SeekOne, MobiDrop 单细胞RNA-seq 10x Chromium, SeekOne平台, MobiDrop平台 液滴式高通量单细胞RNA测序平台,包括10x Chromium系统及两种新型替代平台
374 2026-01-10
ASPEN: Robust detection of allelic dynamics in single cell RNA-seq
2025-Dec, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 本文介绍了一种名为ASPEN的统计方法,用于在单细胞转录组数据中建模等位基因均值和方差,以提高等位基因动态检测的灵敏度 ASPEN结合了敏感映射流程、调节贝塔二项式模型和自适应收缩技术,能有效区分单细胞中的等位基因失衡和等位基因方差变化,相比现有方法灵敏度提升约30% 未在摘要中明确提及 开发一种统计方法以在单细胞RNA-seq数据中稳健检测等位基因动态,特别是等位基因失衡和方差变化 F1杂交小鼠的脑类器官和T细胞 自然语言处理 NA 单细胞RNA-seq 调节贝塔二项式模型 单细胞转录组数据 未在摘要中明确提及 NA 单细胞RNA-seq NA NA
375 2026-01-10
[Molecular targets of Shenyan Fangshuai Liquid in treating diabetic kidney disease based on transcriptomics]
2025-Dec, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
研究论文 本研究基于肾脏组织转录组学,探讨了肾炎防衰液治疗糖尿病肾病的分子靶点 结合转录组测序、WGCNA分析和单细胞测序数据,首次系统鉴定了肾炎防衰液干预糖尿病肾病的关键枢纽基因及其在细胞类型中的特异性表达模式 研究基于小鼠模型,结果需在人类临床样本中进一步验证;机制研究主要依赖生物信息学分析,缺乏深入的实验功能验证 阐明肾炎防衰液治疗糖尿病肾病的分子作用机制 C57BL/6J小鼠的糖尿病肾病模型 转录组学 糖尿病肾病 RNA-Seq测序、RT-qPCR、单细胞测序数据分析 NA 转录组测序数据、单细胞测序数据 72只C57BL/6J小鼠(分为6组,每组12只) NA RNA-seq, 单细胞测序 NA NA
376 2026-01-09
Whole-heart 3D reconstruction of mouse CVB3 myocarditis reveals spatial and transcriptomic heterogeneity of immune foci
2025-Dec-31, Cardiovascular research IF:10.2Q1
研究论文 本研究通过一种名为CODA的新型大组织学重建工作流程,生成了小鼠CVB3心肌炎的全心脏3D重建,并结合免疫组化染色和空间RNA测序,揭示了心肌炎炎症灶在空间、形态、免疫和转录组学上的异质性 开发了CODA工作流程,首次实现了急性小鼠CVB3心肌炎在单细胞分辨率下的全心脏3D重建,并整合了空间转录组学分析,揭示了免疫灶的空间和转录组异质性 研究主要基于小鼠模型,虽然展示了与人类扩张型心肌病的可转化性,但直接应用于临床仍需进一步验证 研究心肌炎炎症灶的空间、形态、免疫和转录组学异质性 小鼠CVB3心肌炎模型 数字病理学 心血管疾病 空间RNA测序、免疫组化染色、流式细胞术、qRT-PCR NA 图像、转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
377 2026-01-09
Transcription factor activity-based stratification reveals prognostic subtypes and immune landscape in neuroblastoma
2025-Dec-31, Translational pediatrics IF:1.5Q2
研究论文 本研究通过转录因子活性分析,揭示了神经母细胞瘤的预后亚型及其与肿瘤免疫微环境的关联 首次系统性地基于转录因子活性对神经母细胞瘤进行分层,开发了TF_score预后评分,并整合了免疫微环境分析 研究依赖于公共数据集,样本量有限,且未进行实验验证 开发并验证基于转录因子活性的神经母细胞瘤预后评分系统,并探讨其与免疫微环境的关系 498例原发性神经母细胞瘤肿瘤样本 生物信息学 神经母细胞瘤 RNA-seq, 单细胞RNA-seq Cox回归, 共识聚类, Boruta引导的主成分分析 基因表达数据 498例原发性神经母细胞瘤肿瘤样本(GSE49710),外加223例外部验证样本(E-MTAB-8248) NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
378 2026-01-09
A complete spatial map of mouse retinal ganglion cells reveals density and gene expression specializations
2025-Dec-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究利用空间转录组学和机器学习技术,绘制了小鼠视网膜神经节细胞(RGCs)的完整空间分布图,揭示了其密度和基因表达的特化模式 首次整合en-face冷冻切片、空间转录组学和机器学习方法,全面映射所有已知RGC类型的空间分布,并发现基因表达在特定区域(如ART)内的独立变异 研究主要基于小鼠模型,与灵长类中央视觉特化的比较显示有限相关性,可能限制跨物种推论的普适性 探究小鼠视网膜神经节细胞的空间分布特化及其与视觉功能的关系 小鼠视网膜神经节细胞(RGCs) 空间转录组学 NA 空间转录组学,机器学习 机器学习 空间转录组数据,图像数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
379 2026-01-09
Overcoming impaired antigen presentation in tumor-draining lymph nodes facilitates immunotherapy
2025-Dec-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 本研究揭示了乳腺癌如何通过降低引流淋巴结中的IL-1β细胞因子来损害树突状细胞的抗原呈递功能,并提出通过向远离肿瘤的淋巴结递送免疫佐剂或恢复IL-1β水平来克服这一障碍,从而增强抗肿瘤免疫反应 首次系统阐明了肿瘤通过改变引流淋巴结的细胞因子环境(特别是IL-1β减少)来损害抗原呈递的具体机制,并创新性地提出并验证了两种靶向性治疗策略:向肿瘤远端淋巴结递送免疫佐剂,以及通过瘤内注射恢复IL-1β 研究主要基于小鼠乳腺癌模型,其结论在人类癌症中的普适性有待验证;所提出的治疗策略(如向特定淋巴结递送佐剂)的临床转化路径和可行性尚需进一步探索 探究肿瘤如何损害引流淋巴结的抗原呈递功能,并寻找克服此障碍以增强免疫治疗效果的方法 小鼠乳腺癌模型、肿瘤引流淋巴结、树突状细胞、抗原特异性T细胞 肿瘤免疫学 乳腺癌 流式细胞术、免疫荧光、共聚焦成像、单细胞RNA测序 NA 单细胞基因表达数据、细胞表型数据、成像数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
380 2026-01-09
Single-Cell Transcriptome Analysis of the Retina During the Development of Normal Tension Glaucoma in Mice
2025-Dec-28, Inflammation IF:4.5Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析OPTN E50K突变小鼠视网膜,揭示了正常眼压性青光眼发展过程中视网膜神经节细胞和胶质细胞的转录特征及相互作用 首次在单细胞水平系统分析正常眼压性青光眼小鼠模型中视网膜细胞的基因表达谱,并识别了CD74-MIF通路在疾病进展中的关键作用 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类疾病;样本量相对有限;未涉及所有视网膜细胞类型 探究正常眼压性青光眼发展过程中视网膜神经节细胞退行性变的分子机制和细胞间相互作用 OPTN E50K突变小鼠的视网膜细胞 数字病理学 青光眼 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 不同年龄的OPTN E50K突变小鼠视网膜样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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