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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2025-12-10 |
Targeting Treg-fibroblast interaction to enhance immunotherapy in steatotic liver disease-related hepatocellular carcinoma
2025-Dec-05, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-335084
PMID:40695620
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学、飞行时间质谱流式细胞术和空间转录组学技术,揭示了脂肪性肝病相关肝细胞癌中Treg-CAF相互作用驱动的免疫抑制和免疫治疗抵抗机制,并验证了靶向TNFSF14-TNFRSF14信号轴的治疗潜力 | 首次在SLD-HCC中系统揭示了Treg-CAF空间聚集形成的免疫抑制微环境,并鉴定出TNFSF14-TNFRSF14信号轴作为驱动免疫治疗抵抗的关键机制 | 样本量相对有限(22例SLD-HCC和31例非SLD-HCC),且主要基于观察性研究和动物模型验证,需要更大规模的临床研究进一步确认 | 研究SLD-HCC的免疫微环境特征,探索其免疫治疗抵抗机制并寻找新的治疗靶点 | 脂肪性肝病相关肝细胞癌(SLD-HCC)患者的肿瘤组织、HCC动物模型以及接受免疫治疗的患者队列 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组学、飞行时间质谱流式细胞术(CyTOF)、空间转录组学、多重免疫组织化学 | NA | 转录组数据、蛋白质表达数据、空间转录组数据、组织图像数据 | 22例SLD-HCC和31例非SLD-HCC病例用于主要分析,103例患者独立队列用于验证,另包括HCC模型和免疫治疗患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 362 | 2025-12-10 |
Hematopoietic EphA4 deficiency alters microglial heterogeneity and improves chronic spatial memory after brain injury
2025-Dec-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-30648-4
PMID:41350381
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研究论文 | 本研究通过构建造血细胞特异性EphA4敲除的骨髓嵌合小鼠模型,探究了外周免疫来源的EphA4信号在脑损伤后对小胶质细胞异质性及长期功能恢复的调控作用 | 首次揭示了造血细胞来源的EphA4信号通过调节小胶质细胞形态、增殖与凋亡,影响其异质性,进而调控脑损伤后的长期神经免疫重塑与空间记忆功能恢复 | 研究主要基于小鼠模型,其结论在人类中的适用性仍需进一步验证;单细胞测序仅针对90天后的海马组织,未能全面反映动态变化过程 | 探究外周免疫来源的EphA4信号在创伤性脑损伤后对小胶质细胞动态及功能恢复的影响机制 | 造血细胞特异性EphA4敲除的骨髓嵌合小鼠 | 神经免疫学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序,骨髓嵌合小鼠模型,控制性皮质撞击损伤模型 | 动物模型(小鼠) | 单细胞转录组数据,行为学数据,形态学数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及多时间点(3、60、90天)的骨髓嵌合小鼠实验组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 363 | 2025-12-10 |
CXCL12 deficiency promotes colorectal cancer progression and reduces anti-PD-L1 immunotherapy efficacy through MDSC regulation
2025-Dec-05, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07309-1
PMID:41351014
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研究论文 | 本研究探讨了CXCL12缺乏如何通过调控髓源性抑制细胞(MDSC)促进结直肠癌进展并降低抗PD-L1免疫疗法的疗效 | 首次将CXCL12缺乏与MDSC调控及抗PD-L1耐药性联系起来,并识别了CPEB3、DDX39B和SIDT2作为结直肠癌的新型生物标志物 | 研究机制仍需进一步深入探索,且临床转化策略有待优化 | 阐明CXCL12缺乏在结直肠癌进展及抗PD-L1免疫疗法耐药性中的作用机制 | 结直肠癌细胞、动物模型以及单细胞转录组数据 | 生物信息学与肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序、体外细胞实验、体内动物实验 | 机器学习方法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 364 | 2025-12-10 |
KRAS Withdrawal in Cholangiocarcinoma Leads to Immune Infiltration and Tumor Regression
2025-Dec-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202511312
PMID:41332325
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研究论文 | 本文通过构建条件性TRE.Kras/Trp53敲除小鼠模型,研究了KRAS抑制在胆管癌中的作用,发现KRAS撤除导致肿瘤显著消退并伴随免疫细胞浸润 | 首次利用条件性动物模型证明KRAS抑制能诱导胆管癌肿瘤消退,并揭示其通过激活CD8 T细胞和促炎因子如IL-15和CCL17介导的免疫机制 | 研究基于小鼠模型,结果在人类胆管癌中的直接适用性尚需进一步验证,且未详细探讨长期治疗效应或耐药性 | 探究KRAS抑制在胆管癌治疗中的潜力及其免疫调节机制 | 胆管癌小鼠模型和细胞系 | 癌症研究 | 胆管癌 | CRISPR-Cas9、单细胞RNA-Seq、bulk RNA-Seq、细胞因子阵列、免疫组织化学、共免疫荧光染色 | 条件性敲除小鼠模型 | 基因表达数据、免疫染色图像 | 未明确指定样本数量,但涉及小鼠模型和细胞系实验 | NA | 单细胞RNA-Seq, bulk RNA-Seq | NA | NA |
| 365 | 2025-12-10 |
Spatial transcriptomics analysis uncovers ER stress in MANF-deficient Purkinje cells underlying alcohol-induced cerebellar neurodegeneration in mice
2025-Dec-03, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02162-1
PMID:41339935
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学分析,揭示了MANF缺陷的浦肯野细胞在酒精诱导的小鼠小脑神经退行性变中ER应激的作用 | 首次结合PC特异性MANF敲除小鼠模型、空间转录组学和高通量原位分析,揭示了MANF在酒精诱导的ER应激和神经退行性变中的性别特异性保护作用 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类中的直接适用性尚需验证;性别差异的机制未完全阐明 | 探究MANF在保护浦肯野细胞免受酒精诱导的ER应激和神经退行性变中的作用 | PC特异性MANF敲除小鼠模型,成年动物 | 空间转录组学 | 酒精使用障碍 | 空间转录组学,高通量原位分析,Xenium原位分析 | PC特异性MANF敲除小鼠模型 | 基因表达数据,行为数据,分子和细胞数据 | 未明确指定样本数量,但涉及成年小鼠动物模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 366 | 2025-12-10 |
Single cell and spatial transcriptomic profiling of the type 2 diabetic coronary microcirculation and myocardium
2025-Dec, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-025-01144-7
PMID:41203872
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术,探究了2型糖尿病小鼠冠状动脉微循环和心肌的转录组差异,揭示了与脂肪生成、脂肪酸代谢和氧化磷酸化相关的基因上调 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,全面解析2型糖尿病中冠状动脉微血管疾病的转录组特征,并识别出关键调控基因如Angplt4、Ephx2、Hmgcs2、Acot2、Pdk4和Ech1 | 研究仅基于小鼠模型,未涉及人类样本,且样本规模有限,可能无法完全反映人类疾病的复杂性 | 探究2型糖尿病中冠状动脉微血管疾病的转录组差异,识别新的治疗靶点通路 | 2型糖尿病小鼠的冠状动脉微循环和周围心肌组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 367 | 2025-12-10 |
distQTL: distribution quantitative trait loci identification by population-scale single-cell data
2025-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf155
PMID:41323105
|
研究论文 | 本文提出了一种名为distQTL的新方法,利用Fréchet回归和群体规模单细胞RNA测序数据来识别分布定量性状位点 | 该方法首次将Fréchet回归应用于单细胞eQTL分析,使用完整的经验分布作为响应对象,而非简单的汇总统计量如均值,从而能更精细地解析转录调控异质性 | NA | 研究遗传变异如何影响基因表达,特别是通过识别分布定量性状位点来揭示细胞类型特异性调控 | 来自982名供者的外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | Fréchet回归 | 单细胞RNA测序数据 | 982名供者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 368 | 2025-12-10 |
Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto
2025-Dec, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013692
PMID:41325434
|
研究论文 | 本文介绍了lr-kallisto,一种用于长读长测序数据的转录本定量方法,旨在解决转录异构体准确量化的问题 | 开发了lr-kallisto,将kallisto方法适配于长读长技术,并证明外显子捕获能提高定量准确性 | 未明确提及具体样本量或实验验证范围,可能受限于长读长数据特性和遗传变异复杂性 | 实现长读长测序数据中转录异构体的快速准确定量 | RNA转录本,特别是全长转录异构体 | 自然语言处理 | NA | ONT长读长测序,外显子捕获 | kallisto适配模型 | 长读长RNA测序数据 | NA | Oxford Nanopore Technologies | 长读长RNA测序 | ONT平台 | Oxford Nanopore长读长测序技术,结合外显子捕获 |
| 369 | 2025-12-10 |
A mannitol-based buffer improves single-cell RNA sequencing of high-salt marine cells
2025-Dec-01, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-12370-7
PMID:41326993
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研究论文 | 本文介绍了一种基于甘露醇的缓冲液(PBS-M),用于改善高盐度海洋生物细胞的单细胞RNA测序质量 | 提出了一种低盐度磷酸盐缓冲液补充D-甘露醇(PBS-M)的新方法,有效减少细胞死亡和环境mRNA,从而在高盐度海洋生物中实现更高质量的单细胞RNA测序 | NA | 提高高盐度海洋生物细胞的单细胞RNA测序数据质量和细胞代表性 | 海鞘(Ciona robusta)的血细胞,并在第二种海鞘物种中进行了验证 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 370 | 2025-12-09 |
CD33 drives cutaneous melanoma: mendelian randomization confirms causality, multi-omics and in vitro experiments reveal M2 macrophage polarization-mediated progression
2025-Dec-08, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000004100
PMID:41346267
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研究论文 | 本研究通过整合孟德尔随机化、多组学分析和体外实验,揭示了CD33通过促进M2巨噬细胞极化驱动皮肤黑色素瘤发展的因果机制 | 首次综合运用孟德尔随机化、多组学转录组分析和体外实验验证,系统证实了CD33与皮肤黑色素瘤之间的因果关系,并阐明了其通过M2巨噬细胞极化介导肿瘤进展的具体机制 | 研究主要基于公共数据库的汇总数据和体外实验,缺乏体内模型或临床样本的直接验证,且对CD33调控M2极化的具体信号通路尚未完全阐明 | 探索皮肤黑色素瘤的新型治疗靶点并阐明其作用机制 | 皮肤黑色素瘤及其肿瘤微环境中的免疫细胞(特别是巨噬细胞/树突状细胞) | 生物信息学与计算生物学 | 皮肤黑色素瘤 | 孟德尔随机化、基于汇总数据的孟德尔随机化、共定位分析、批量转录组测序、单细胞转录组测序、体外细胞实验 | NA | 基因组关联研究汇总数据、蛋白质数量性状位点数据、批量转录组数据、单细胞转录组数据 | FinnGen队列(皮肤黑色素瘤:3194病例/314193对照;原位黑色素瘤:980病例/313899对照;葡萄膜黑色素瘤:293病例/345118对照)、731个免疫细胞特征(N=3757)、TCGA/GTEx/GENT2数据库转录组数据、GEO单细胞数据集 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 371 | 2025-12-09 |
Tfh2 and a subset of Tfh1 cells associate with antibody-mediated immunity to malaria
2025-Dec-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.196828
PMID:41118256
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA-Seq和VDJ-Seq技术,揭示了人类外周血Tfh细胞在疟疾感染期间的异质性,并识别出与抗体介导免疫相关的特定Tfh亚群 | 发现基于CCR7表达可将pTfh1细胞进一步分为两个功能不同的亚群,并证明只有Tfh1-CCR7+和Tfh2细胞与保护性抗体产生正相关 | 研究样本量有限,且仅在控制性人类疟疾感染模型中进行,未涵盖自然感染或长期免疫反应 | 探究人类Tfh细胞在疟疾感染期间的异质性及其与抗体介导免疫的关联 | 健康个体在控制性人类疟疾感染前后的外周血Tfh细胞 | 免疫学 | 疟疾 | 单细胞RNA-Seq, VDJ-Seq | NA | 单细胞转录组数据, VDJ序列数据 | 健康个体在感染前后的外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 372 | 2025-12-09 |
[Novel progress in exploring drug resistance mechanisms of breast cancer by single-cell sequencing technology]
2025-Dec-08, Zhonghua bing li xue za zhi = Chinese journal of pathology
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 373 | 2025-12-09 |
[Fibroblast heterogeneity and functional roles in interstitial lung diseases: insights from histopathology and single-cell transcriptomics analyses]
2025-Dec-08, Zhonghua bing li xue za zhi = Chinese journal of pathology
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 374 | 2025-12-09 |
Glioblastoma-associated fibroblasts enhance vascular stiffness and confer to poor prognosis
2025-Dec-08, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000004114
PMID:41355159
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析,在胶质母细胞瘤中鉴定出一种独特的COL6A3+胶质瘤相关成纤维细胞亚群,并揭示了其通过COL6A3-ITGA1信号通路导致血管功能障碍和缺氧,从而促进肿瘤进展的机制 | 首次在胶质母细胞瘤中鉴定出COL6A3+胶质瘤相关成纤维细胞亚群,并阐明其通过介导内皮细胞硬度增加来驱动血管功能障碍和缺氧的新机制 | 未明确说明样本量大小及具体来源,且GAFs来源于髓系细胞的机制仍需进一步验证 | 探究胶质母细胞瘤中癌症相关成纤维细胞的功能及其在肿瘤微环境中的作用机制 | 胶质母细胞瘤组织、COL6A3+胶质瘤相关成纤维细胞、血管内皮细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学分析、CRISPR-Cas9基因敲除 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 375 | 2025-12-09 |
Targeting Itga8 Mitigates Neurogenic Bladder Fibrosis Driven by Trem2⁺ Macrophage-Derived Fn1 via FAK/RhoA/ROCK Signaling
2025-Dec-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202510631
PMID:41355531
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了神经源性膀胱纤维化中Itga8⁺成纤维细胞的作用,并发现Trem2⁺巨噬细胞通过分泌Fn1激活Itga8介导的FAK/RhoA/ROCK信号通路,促进纤维化进程 | 首次在神经源性膀胱纤维化中鉴定出Itga8⁺成纤维细胞亚群,并阐明其通过FAK/RhoA/ROCK信号通路协调细胞骨架重塑,同时揭示了Trem2⁺巨噬细胞通过Fn1-Itga8相互作用驱动纤维化的新机制 | 研究主要基于动物模型,人类样本验证不足;Itga8靶向治疗的具体临床转化路径尚未明确 | 探究神经源性膀胱纤维化的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 神经源性膀胱纤维化模型中的成纤维细胞和巨噬细胞 | 单细胞组学 | 神经源性膀胱疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 376 | 2025-12-09 |
Metformin Restores Mitochondrial Function and Neurogenesis in POLG Patient-Derived Brain Organoids
2025-Dec-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202417721
PMID:41355579
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研究论文 | 本研究利用患者来源的诱导多能干细胞(iPSC)构建的皮质类器官模型,探究了二甲双胍对POLG相关线粒体功能障碍和神经发生障碍的治疗潜力 | 首次在POLG患者来源的脑类器官模型中,通过单细胞RNA-seq揭示不同神经元亚型的特异性脆弱性,并证明二甲双胍能恢复线粒体功能和神经发生 | 研究基于体外类器官模型,可能无法完全模拟体内复杂环境;治疗剂量和时间窗口需进一步优化 | 评估二甲双胍对POLG相关线粒体功能障碍和神经退行性疾病的治疗潜力 | POLG患者来源的诱导多能干细胞(iPSC)构建的皮质类器官 | NA | POLG相关线粒体疾病 | 单细胞RNA-seq,非靶向代谢组学,功能测定(线粒体膜电位、质量、氧化应激、钙测量) | NA | 单细胞转录组数据,代谢组数据,功能测定数据 | 患者来源的iPSC皮质类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 377 | 2025-12-09 |
Targeting NRP1 in Endothelial Cells Facilitates the Normalization of Scar Vessels and Prevents Fibrotic Scarring
2025-Dec-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202510545
PMID:41355602
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序等技术揭示了瘢痕血管的结构和内皮细胞异质性,发现NRP1在瘢痕内皮细胞中高表达并促进EndMT,抑制NRP1可恢复血管正常化并预防瘢痕形成 | 首次构建瘢痕患者内皮细胞图谱,识别出高表达NRP1的内皮细胞亚群具有间充质特征,并开发了靶向NRP1的功能性水凝胶喷雾以促进血管正常化 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化效果需进一步验证 | 探究瘢痕血管结构和内皮细胞功能变化,寻找预防瘢痕形成的新治疗策略 | 瘢痕患者组织样本和小鼠模型 | 数字病理学 | 皮肤瘢痕 | 单细胞测序, 皮肤镜检查, 扫描电子显微镜, 免疫荧光染色 | NA | 图像, 测序数据 | 瘢痕患者组织样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 378 | 2025-12-09 |
Modifying Glucose Metabolism Reverses Memory Defects of Alzheimer's Disease Model at Late Stages
2025-Dec-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202506695
PMID:41355756
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研究论文 | 本研究报道了一种新型化合物SL能够逆转晚期阿尔茨海默病模型小鼠的记忆缺陷并减少Aβ斑块 | 首次发现靶向脑微血管、氧化磷酸化和ATP生成的新型衍生物SL可在疾病晚期阶段逆转记忆缺陷,并通过空间转录组学鉴定出Aging-AD-Rescue(AAR)基因表达模式 | 研究仅使用APP/PS1转基因小鼠模型,尚未在人类患者中进行验证;长期疗效和潜在副作用需进一步评估 | 探索通过调节葡萄糖代谢逆转晚期阿尔茨海默病病理进程的治疗策略 | APP/PS1转基因阿尔茨海默病模型小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学、免疫印迹、免疫荧光 | 动物模型(转基因小鼠) | 基因表达数据、蛋白质数据、影像数据 | 未明确说明具体数量,使用APP/PS1转基因小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 379 | 2025-12-09 |
Targeting the pentose phosphate pathway mitigates graft-versus-host disease by rewiring alloreactive T cell metabolism
2025-Dec-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.192774
PMID:41355795
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研究论文 | 本研究揭示了磷酸戊糖途径在急性移植物抗宿主病中的关键作用,并发现靶向该途径的限速酶6PGD可减轻疾病严重程度同时保留抗肿瘤效应 | 首次系统阐明磷酸戊糖途径在调控同种异体T细胞代谢重编程和aGvHD发病中的核心作用,并验证6PGD抑制剂6AN的治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证;长期抑制PPP对免疫系统的潜在影响尚未明确 | 探索葡萄糖代谢替代途径在减轻急性移植物抗宿主病中的作用机制 | 同种异体造血细胞移植中的供体T细胞 | 单细胞组学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型中的同种异体和异种移植T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 380 | 2025-12-09 |
scSemiPLC: a semi-supervised learning framework for annotating single-cell RNA-Seq data by generating pseudo-labels through clustering
2025-Dec-08, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/msystems.00223-25
PMID:41358754
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研究论文 | 本文提出了一种名为scSemiPLC的单细胞半监督注释训练框架,通过聚类和一致性正则化生成伪标签,以提高单细胞RNA测序数据的注释效率和准确性 | scSemiPLC利用现有标签信息指导未标记数据的聚类,并通过扰动数据预测与伪标签的一致性约束,解决了传统高阈值伪标签范式对未标记数据利用率低的问题,为半监督学习领域的细胞注释提供了新方法 | NA | 开发一种高效且便捷的自动化单细胞RNA测序数据注释方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 半监督学习框架 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |