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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2025-12-11 |
Nectin-4 reduces T cell effector function and is a therapeutic target in pancreatic cancer
2025-Dec-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.194290
PMID:41364531
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研究论文 | 本研究通过多色流式细胞术、免疫组化和单细胞RNA测序分析,揭示了Nectin-4在胰腺癌中抑制T细胞效应功能,并作为治疗靶点,使用抗体药物偶联物enfortumab vedotin在患者来源的PDAC类器官中抑制肿瘤生长 | 首次发现Nectin-4(而非CD155)与胰腺癌不良预后相关,并证明其能抑制T细胞效应细胞因子产生,为PDAC提供了新的治疗靶点 | 研究主要基于体外实验和患者样本分析,缺乏体内动物模型验证,且临床疗效需进一步在患者中测试 | 探索胰腺导管腺癌(PDAC)中TIGIT轴配体和受体的作用,并评估Nectin-4作为治疗靶点的潜力 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者肿瘤和血液样本、患者来源的PDAC类器官 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 多色流式细胞术、免疫组化、单细胞RNA测序 | NA | 图像、文本(基因表达数据) | 来自不同阶段PDAC患者的肿瘤和血液样本,以及患者来源的PDAC类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 322 | 2025-12-11 |
Longitudinal profiling of tumor and immune compartments uncovers patterns of dysregulation and associations with response in multiple myeloma
2025-Dec-09, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-25-0205
PMID:41364805
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研究论文 | 本研究通过多组学分析,揭示了多发性骨髓瘤中肿瘤与免疫微环境的动态相互作用,并识别了与治疗反应相关的生物标志物 | 首次在纵向研究中结合单细胞RNA测序和批量测序,全面剖析了多发性骨髓瘤的免疫微环境变化,并发现了幼稚B细胞重建作为持久反应的新生物标志物 | 样本量相对有限(102名患者),且主要基于骨髓样本,可能无法完全代表全身性免疫状态 | 探究多发性骨髓瘤治疗反应和疾病进展的免疫相关因素 | 多发性骨髓瘤患者及其骨髓样本中的肿瘤细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 全基因组测序 | NA | 基因表达数据, 基因组数据 | 243个骨髓样本(来自102名患者,共631,226个细胞)和209个样本的批量测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 全基因组测序 | NA | NA |
| 323 | 2025-12-11 |
RAB25 modulates pit cell commitment by coordinating transforming growth factor-alpha secretion from gastric epithelial cells
2025-Dec-09, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-08316-2
PMID:41365858
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研究论文 | 本文探讨了RAB25通过协调胃上皮细胞分泌转化生长因子-α来调控胃小凹细胞分化的生理作用 | 首次揭示了RAB25在胃环境中通过调节TGFA分泌来维持正常细胞谱系分化的生理机制,并关联了人类Ménétrier's疾病 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类疾病关联性证据尚需进一步验证 | 探究胃中EGFR信号调控细胞谱系分化的分子机制 | 胃上皮细胞、小鼠模型、人类Ménétrier's疾病样本 | 单细胞组学 | 胃疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 324 | 2025-12-11 |
Early skin seeding regulatory T cells modulate PPARγ-dependent skin pigmentation
2025-Dec-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66229-2
PMID:41365874
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研究论文 | 本文研究了新生儿皮肤中早期定居的调节性T细胞(ETregs)如何通过调控PPARγ信号通路影响皮肤色素沉着 | 首次揭示了ETregs在出生后第一周对皮肤色素沉着的关键作用,并发现其通过PPARγ信号通路调控毛囊黑色素干细胞 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据仅来自白癜风患者的单细胞转录组分析,样本量有限 | 探究早期皮肤定居Tregs在皮肤发育和色素沉着中的功能机制 | 小鼠新生儿皮肤调节性T细胞、毛囊黑色素干细胞、PPARγ信号通路 | 免疫学与皮肤生物学 | 白癜风 | 单细胞转录组分析、基因表达谱分析、免疫细胞耗竭 | NA | 单细胞转录组数据、基因表达数据 | 小鼠新生儿皮肤样本,人类白癜风患者和健康对照的皮肤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 325 | 2025-12-11 |
Functional KCC2 expression marks an evolutionarily conserved population of early-maturing interneurons in the perinatal cortex
2025-Dec-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67270-x
PMID:41365903
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研究论文 | 本研究通过识别和表征小鼠皮层中一类表达KCC2的早期成熟中间神经元,揭示了GABA能功能成熟在中间神经元亚群中的异质性,并证明了该群体在人类中的进化保守性 | 首次在小鼠皮层中识别出一类在胚胎期就表达KCC2、出生时即具有超极化GABA反应的早期成熟中间神经元亚群,并证明其在人类中存在进化保守性 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据的验证仍需进一步扩展;对早期成熟中间神经元的具体功能回路贡献尚未完全阐明 | 探究皮层中间神经元GABA能反应功能成熟的时间模式异质性,并寻找早期成熟中间神经元的分子标记 | 小鼠及人类皮层中间神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,差异基因表达分析 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据,电生理记录数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 326 | 2025-12-11 |
AUTOENCODIX: a generalized and versatile framework to train and evaluate autoencoders for biological representation learning and beyond
2025-Dec-09, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00916-4
PMID:41366150
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为AUTOENCODIX的开源框架,用于标准化、灵活地预处理、训练和评估自编码器架构,以促进生物表示学习 | 提出了一个标准化且通用的框架,支持包括基于本体和跨模态自编码器在内的多种架构,增强了表示学习的可解释性和跨模态转换能力 | 未明确提及具体的技术限制或框架在特定数据集上的性能瓶颈 | 开发一个通用框架以标准化自编码器的训练和评估,推动生物医学数据表示学习的研究 | 自编码器架构及其在生物医学数据中的应用 | 机器学习 | 泛癌研究 | 自编码器、深度学习 | 自编码器(包括基于本体和跨模态变体) | 多模态数据(如单细胞测序数据、影像数据) | NA | NA | NA | NA | NA |
| 327 | 2025-12-11 |
A single-cell transcriptomic dataset of enterocyte-specific HHEX knockdown in the Drosophila larval midgut
2025-Dec-09, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-06290-0
PMID:41366252
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序,构建了果蝇幼虫中肠的细胞图谱,并分析了HHEX基因敲低对肠上皮细胞分化的影响 | 首次在果蝇中开发了肠上皮细胞特异性HHEX敲低品系,并利用单细胞转录组学精确解析了HHEX在肠道上皮成熟中的调控作用 | 研究局限于果蝇模型,未直接验证在哺乳动物系统中的保守性 | 探究HHEX基因在肠道上皮细胞分化中的调控机制 | 果蝇三龄幼虫中肠细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 果蝇幼虫中肠细胞图谱 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 328 | 2025-12-11 |
Unveiling the role of angiogenesis-related biomarkers in diabetic nephropathy via transcriptomics
2025-Dec-09, Diabetology & metabolic syndrome
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s13098-025-02044-5
PMID:41366482
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组学数据、孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序,识别了与糖尿病肾病相关的血管生成生物标志物,并探讨了它们在疾病中的作用 | 结合孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序,首次将CD44、HSPG2、LPAR1和PTGES确定为糖尿病肾病的新型生物标志物和风险因素 | 研究主要依赖公共数据库数据,样本来源可能有限,且实验验证仅通过qRT-PCR和Western blot进行,需要进一步功能研究 | 探索糖尿病肾病中血管生成相关生物标志物,为临床诊断和治疗提供理论依据 | 糖尿病肾病患者的转录组学数据、免疫微环境及细胞类型 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 转录组学分析、孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blotting | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 329 | 2025-12-11 |
REL overexpression and sustained NF-κB signaling associated with 2p gain induce resistance to BTK inhibitors in Chronic Lymphocytic Leukemia
2025-Dec-09, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02818-w
PMID:41366531
|
研究论文 | 本研究揭示了慢性淋巴细胞白血病中2号染色体短臂增益通过导致REL过表达和持续NF-κB信号传导,从而介导对BTK抑制剂耐药的机制 | 首次在单细胞水平上发现2p增益导致REL过表达和NF-κB通路富集,并证实这是除BTK和PLCG2突变外的一种新型BTK抑制剂耐药机制 | 研究主要基于体外实验和细胞系模型,临床样本验证的队列规模可能有限,且未详细探讨其他可能共存的耐药机制 | 探究慢性淋巴细胞白血病中2号染色体短臂增益介导BTK抑制剂耐药的分子机制 | 慢性淋巴细胞白血病患者样本(包括2p增益和非2p增益)及B淋巴样细胞系 | 数字病理学 | 慢性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序,CRISPR/Cas9基因编辑,体外功能分析 | NA | 单细胞转录组数据,DNA结合活性数据,临床治疗反应数据 | 大量原发性CLL样本队列(具体数量未明确说明)及B淋巴样细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 330 | 2025-12-11 |
Aire-dependent interferon signalling shapes thymocyte maturation and central tolerance in mice
2025-Dec-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09317-9
PMID:41366551
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了Aire缺陷如何通过干扰素信号通路影响胸腺细胞成熟和中枢免疫耐受 | 首次在单细胞水平系统揭示Aire通过调控I型干扰素信号影响胸腺微环境中多种免疫细胞的转录组特征 | 研究仅在小鼠模型中进行,未验证人类对应机制;未阐明干扰素信号下游的具体分子通路 | 探究Aire缺陷如何通过干扰素信号通路影响免疫细胞发育和中枢耐受建立 | Aire缺陷型和野生型小鼠的胸腺、骨髓和淋巴结免疫细胞 | 单细胞组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | Aire缺陷型和野生型小鼠的多组织免疫细胞(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 331 | 2025-12-11 |
ALKBH5-Mediated ITGB1 m6A Modification in Ovarian Cancer Progression and Immune Evasion
2025-Dec-09, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01127-w
PMID:41366552
|
研究论文 | 本研究揭示了m6A去甲基化酶ALKBH5通过调控ITGB1表达促进卵巢癌进展和免疫逃逸 | 首次发现ALKBH5通过调节ITGB1的m6A修饰在卵巢癌进展和免疫逃逸中的关键作用 | 未明确说明样本量或实验模型的局限性 | 探究ALKBH5在卵巢癌进展和免疫逃逸中的分子机制 | 卵巢癌细胞和T细胞 | 机器学习 | 卵巢癌 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 深度学习, 共表达网络分析 | 深度学习模型 | RNA-seq数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 332 | 2025-12-11 |
LINC01116, a hypoxia-lncRNA marker of pathological lymphangiogenesis and poor prognosis in lung adenocarcinoma
2025-Dec-09, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70175
PMID:41367062
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研究论文 | 本研究鉴定出长链非编码RNA LINC01116作为肺腺癌中缺氧诱导的病理淋巴管生成标志物,并与不良预后相关 | 首次发现LINC01116在淋巴内皮细胞中特异性高表达,并揭示其在缺氧微环境下调控淋巴管生成的作用机制 | 在肿瘤细胞系中的功能实验未发现LINC01116的明确调控作用,其具体分子机制仍需进一步研究 | 探索肺腺癌中缺氧诱导的淋巴管生成机制及其预后标志物 | 肺腺癌患者队列、肺腺癌细胞系、淋巴内皮细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交、CRISPRi、RNA干扰 | NA | 转录组数据、单细胞测序数据、图像数据 | 多个肺腺癌患者队列(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 333 | 2025-12-11 |
Protocol to investigate fibroblastic reticular cell-immune cell interaction in human lung cancer
2025-Dec-08, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104256
PMID:41364557
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研究论文 | 本文介绍了一种用于研究人肺癌中成纤维网状细胞与免疫细胞相互作用的详细实验协议 | 开发了从肿瘤组织中富集稀有成纤维网状细胞进行单细胞RNA测序的步骤,并提供了分析细胞间通讯的详细计算框架 | 协议主要针对人肺癌组织,可能不直接适用于其他癌症类型或物种 | 研究成纤维网状细胞在肺癌免疫反应中的作用及其与免疫细胞的相互作用 | 人肺癌组织中的成纤维网状细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,高分辨率显微镜 | NA | 单细胞RNA测序数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 334 | 2025-12-11 |
Integrative epidemiological and spatial multi-omics analyses reveal SPP1⁺ macrophages with senescence-like features as key mediators linking NO₂ exposure to coronary heart disease
2025-Dec-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.140429
PMID:41232188
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研究论文 | 本研究通过整合流行病学数据、因果推断方法和多组学分析,揭示了环境污染物二氧化氮(NO₂)通过加速生物衰老(特别是PhenoAge)增加冠心病风险的机制,并识别出SPP1⁺巨噬细胞作为关键介导细胞 | 首次将大规模流行病学数据、因果推断方法(倾向评分匹配和孟德尔随机化)与多组学分析(包括单细胞和空间转录组学)相结合,系统阐明了NO₂暴露通过生物衰老途径影响冠心病风险的完整证据链,并识别出具有衰老样特征的SPP1⁺巨噬细胞作为关键介导细胞 | 研究主要基于中国人群数据,结论在其他种族/人群中的普适性有待验证;多组学分析样本量相对较小;环境暴露评估可能存在测量误差 | 探究环境污染物NO₂暴露通过生物衰老途径影响冠心病风险的因果机制 | 冠心病患者及对照人群(来自天津队列和CHARLS队列)、人类动脉粥样硬化斑块组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学, 批量转录组测序, 孟德尔随机化, 倾向评分匹配 | NA | 流行病学数据, 基因组数据, 转录组数据, 空间数据 | 流行病学队列:17,412人(13,886例患者,3,526例对照);多组学分析:人类动脉粥样硬化斑块样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 335 | 2025-12-11 |
Identification of Neurotrophic Factor Related Biomarkers and Mechanistic Insights into Neuropathic Pain via Integrated Bioinformatics Analysis
2025-Dec-02, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.5c07765
PMID:41358093
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学方法,识别了与神经病理性疼痛相关的五个关键生物标志物,并探讨了其潜在机制 | 结合单细胞RNA测序、差异表达分析、孟德尔随机化及细胞通讯分析,首次系统性地识别了神经病理性疼痛中与神经营养因子相关的生物标志物及其在细胞相互作用和分化轨迹中的作用 | 研究主要基于公共数据库和小鼠背根神经节数据,人类样本验证不足,且机制探索仍处于初步阶段 | 识别神经病理性疼痛的关键生物标志物并探索其潜在机制 | 小鼠背根神经节细胞及公共数据库中的神经病理性疼痛数据集 | 生物信息学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序, 差异表达分析, 孟德尔随机化, 细胞通讯分析, 伪时间分析 | NA | RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 336 | 2025-12-11 |
Lipid-laden macrophages in atherosclerosis and cancer
2025-Dec, Seminars in cancer biology
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.semcancer.2025.09.007
PMID:41005549
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综述 | 本文综述了脂质负载巨噬细胞在炎症、动脉粥样硬化和癌症中的双重作用,比较了其在生理和病理条件下的异同 | 系统比较了脂质负载巨噬细胞在动脉粥样硬化和癌症这两种不同疾病背景下的共同和独特功能,并探讨了基于脂质代谢调节的治疗策略在癌症治疗中的潜力 | 作为综述文章,主要基于现有文献进行总结,未提出新的实验数据或验证 | 探讨脂质负载巨噬细胞在不同疾病(动脉粥样硬化和癌症)中的作用机制及治疗靶点 | 脂质负载巨噬细胞 | 自然语言处理 | 动脉粥样硬化,癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 337 | 2025-12-11 |
Lactylated histone H4K8 regulation of MFN2/Wnt signaling integrates glycolytic metabolism and Müller cell activation in the pathogenesis of glaucoma
2025-Dec, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.107178
PMID:41197676
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研究论文 | 本研究揭示了在青光眼发病过程中,组蛋白H4K8乳酰化通过调控MFN2/Wnt信号通路,将糖酵解代谢与Müller细胞激活联系起来,并最终导致视网膜神经节细胞凋亡的分子机制 | 首次发现组蛋白H4K8乳酰化在青光眼视网膜中显著增加,并作为乳酸响应的表观遗传检查点,通过调控MFN2基因表达,将线粒体动力学与Wnt/β-catenin信号通路激活相耦合 | 研究主要基于动物模型和体外实验,在人类青光眼患者中的直接验证尚不充分;MFN2作为治疗靶点的具体干预策略和潜在副作用有待进一步探索 | 阐明青光眼发病过程中代谢应激、表观遗传调控与神经胶质细胞-神经元相互作用之间的分子机制 | 青光眼模型中的视网膜组织、Müller胶质细胞、视网膜神经节细胞、光感受器细胞 | 分子生物学与表观遗传学 | 青光眼 | CUT&Tag(靶向切割与标签化)、单细胞RNA测序、基因组学分析、体内实验 | NA | 基因组学数据、表观遗传学数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 338 | 2025-12-11 |
QuiCAT: a scalable and flexible framework for mapping synthetic sequences
2025-Dec-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf607
PMID:41217759
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研究论文 | 本文介绍了一个名为QuiCAT的Python包,用于从测序数据中高效提取、聚类和分析合成标签,以支持细胞命运和谱系追踪研究 | QuiCAT是一个端到端的、可扩展的软件框架,在速度和准确性上优于现有方法,并提供参考无和参考两种工作流程,适用于大规模单细胞和空间转录组学应用 | 未在摘要中明确提及 | 开发一个可扩展且灵活的软件框架,用于分析合成细胞标记技术的数据,以支持细胞命运和谱系追踪研究 | 合成序列标签,包括来自群体水平数据、单细胞和空间分辨转录组学的数据集 | 生物信息学 | NA | 合成细胞标记技术,单细胞和空间转录组学测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 339 | 2025-12-11 |
FastSCODE: an accelerated SCODE algorithm for inferring gene regulatory networks on manycore processors
2025-Dec-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf624
PMID:41237047
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研究论文 | 本文介绍了FastSCODE,一种针对多核处理器优化的加速版SCODE算法,用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 开发了FastSCODE,通过批处理计算和GPU加速,显著提升了SCODE算法的计算性能,处理大型数据集时速度提升高达6000倍 | 未在摘要中明确提及具体限制,但可能依赖于GPU硬件和大型数据集的有效性 | 优化基因调控网络推断算法的计算性能,以处理大规模单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据,包括小鼠、人类和植物细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 线性ODE模型 | 基因表达谱数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 340 | 2025-12-11 |
Microplastic exposure elicits sex-specific atherosclerosis development in lean low-density lipoprotein receptor-deficient mice
2025-Dec, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2025.109938
PMID:41275764
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研究论文 | 本研究探讨了环境相关剂量微塑料暴露对低密度脂蛋白受体缺陷小鼠动脉粥样硬化发展的性别特异性影响 | 揭示了微塑料暴露在非肥胖小鼠模型中导致动脉粥样硬化发展的性别差异,并通过单细胞RNA测序提供了细胞机制见解 | 研究仅使用小鼠模型,结果向人类外推需谨慎;暴露剂量和持续时间可能无法完全模拟人类长期低剂量暴露 | 评估微塑料暴露对心血管系统的影响,特别是动脉粥样硬化的发展 | 低密度脂蛋白受体缺陷小鼠(LDLR小鼠)的动脉组织及原代内皮细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,体外细胞培养 | 动物模型(小鼠),细胞模型 | 基因表达数据,组织病理学数据 | 未明确具体数量,但涉及雄性和雌性LDLR小鼠分组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |