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当前共找到 1237 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2026-01-06 |
scCotag: Diagonal integration of single-cell multi-omics data via prior-informed co-optimal transport and regularized barycentric mapping
2025-Dec-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.11.693589
PMID:41446270
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scCotag的深度学习框架，用于单细胞多组学数据的对角线整合，通过先验信息引导的协同最优传输和正则化重心映射来解决现有方法的局限性 | 提出了一种基于协同最优传输的深度学习框架，能够迭代推断细胞对齐和特征对应关系，并利用先验信息，同时通过正则化重心映射和图重加权联合学习细胞和特征嵌入，特别擅长处理并非所有细胞都可对齐的模拟不平衡场景 | 未明确提及 | 开发一种更稳健的单细胞多组学数据对角线整合方法，以促进更精细的生物学解释和调控机制推断 | 单细胞多组学数据（RNA-seq和ATAC-seq） | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 深度学习框架（基于协同最优传输） | 单细胞多组学数据 | 涉及人脑、骨髓和血液数据集，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 322 | 2026-01-06 |
Considerations for Spatial Omics, Metabolite Analyses, and Tissue-Harvesting Artifacts
2025-Dec, Journal of neurochemistry
IF:4.2Q2
DOI:10.1111/jnc.70315
PMID:41347273
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评论 | 本文讨论了空间组学、代谢物分析及组织采集过程中可能产生的伪影问题 | 强调了在空间生物学新兴技术背景下，组织采集和酶失活方法对保持神经化学物质完整性和避免伪影生成的重要性 | 本文为社论性质，未提供具体实验数据或案例研究 | 探讨空间分子分析技术应用中组织准备的关键考虑因素 | 空间组学和代谢物分析技术 | 空间生物学 | NA | 空间质谱成像、空间转录组学、激光显微切割、单细胞类型分析、下一代RNA测序 | NA | 空间分子数据、代谢物数据 | NA | NA | 空间质谱成像、空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 323 | 2026-01-05 |
Plasma apolipoprotein E protein attenuates pulmonary fibrosis through LRP1 and PLAU dual receptor-mediated TGF-β/Smad inhibition
2025-Dec-29, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.12.045
PMID:41475664
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研究论文 | 本研究揭示了血浆载脂蛋白E（apoE）通过双重受体LRP1和PLAU抑制TGF-β/Smad信号通路，从而减轻肺纤维化的新机制，并提出了LXR激动剂RGX-104作为潜在治疗策略 | 首次发现血浆apoE是肺纤维化的因果性保护因子，并阐明其通过LRP1和PLAU双重受体协同作用抑制TGF-β/Smad信号通路的新机制；利用CRISPR工程APOE缺陷犬模型和单细胞转录组学等技术进行跨物种验证和机制解析 | 研究主要基于动物模型和体外实验，其临床转化效果和长期安全性仍需进一步的人体临床试验验证 | 识别肺纤维化的新治疗靶点并阐明血浆apoE减轻该疾病的机制 | 特发性肺纤维化（IPF） | NA | 肺纤维化 | 整合荟萃分析、双样本孟德尔随机化、CRISPR基因编辑、单细胞转录组学、SPIDER技术、表面等离子体共振（SPR） | NA | 血浆队列数据、基因数据、转录组数据、蛋白质相互作用数据 | 七个血浆队列（具体样本数未明确）、APOE缺陷犬、Apoe‒/‒小鼠、人精准切割肺切片 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 324 | 2026-01-05 |
Expression patterns and clinical implications of chaperonin subunit 3 mRNA and protein in laryngeal squamous cell carcinoma
2025-Dec-24, World journal of clinical oncology
IF:2.6Q3
DOI:10.5306/wjco.v16.i12.112161
PMID:41480162
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研究论文 | 本研究探讨了伴侣蛋白亚基3（CCT3）在喉鳞状细胞癌（LSCC）中的表达模式、临床意义及其对癌细胞生长的影响 | 首次通过整合多数据库mRNA表达数据、单细胞RNA-seq验证、免疫组化分析及CRISPR基因敲除功能实验，系统揭示了CCT3在LSCC中的致癌作用及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 临床样本量相对有限（88例免疫组化样本），且临床参数亚组分析未发现显著差异，需更大规模队列验证 | 探究CCT3在喉鳞状细胞癌中的表达特征、临床相关性及其对癌细胞生长的调控机制 | 喉鳞状细胞癌（LSCC）组织样本（269例mRNA数据、88例蛋白数据）及LSCC细胞系 | 数字病理学 | 喉癌 | 单细胞RNA-seq, 免疫组化, CRISPR基因敲除, 基因集富集分析, 蛋白质相互作用网络构建 | NA | mRNA表达数据, 单细胞RNA-seq数据, 免疫组化图像数据 | 269例LSCC组织（mRNA数据）, 88例临床样本（30例LSCC vs 58例非LSCC，蛋白数据） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 325 | 2026-01-05 |
Predictive markers for the efficacy of CAR T-cell therapy: the interplay between CAR T-cell fitness and systemic immunity
2025-Dec-23, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2025017873
PMID:41061151
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综述 | 本文探讨了CAR T细胞疗法疗效的预测标志物，重点关注CAR T细胞适应性与系统性免疫之间的相互作用 | 整合了单细胞转录组学、蛋白质组学分析和细胞因子多功能性检测等新兴技术，结合机器学习方法，用于识别预测性生物标志物并优化治疗策略 | NA | 识别和优化CAR T细胞疗法的预测性生物标志物，以改善患者分层和治疗效果 | CAR T细胞疗法在复发或难治性淋巴恶性肿瘤患者中的应用 | 机器学习 | 淋巴恶性肿瘤 | 单细胞转录组学、蛋白质组学分析、细胞因子多功能性检测 | 机器学习 | 转录组、蛋白质组、细胞因子数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 326 | 2026-01-05 |
Guardians within: Cross-talk between the gut microbiome and host immune system
2025-Dec-22, World journal of gastrointestinal pathophysiology
DOI:10.4291/wjgp.v16.i4.111245
PMID:41479870
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综述 | 本文综述了肠道微生物群与宿主免疫系统之间的复杂互作，探讨了微生物如何影响免疫细胞分化、调节炎症反应并维持免疫稳态 | 整合了宏基因组学、代谢组学和单细胞测序等最新技术进展，深入揭示了微生物-免疫轴的作用机制，为基于微生物组的治疗策略开辟了新途径 | 作为综述文章，未涉及原始实验数据，且微生物-免疫互作的因果机制仍需进一步实验验证 | 探讨肠道微生物群与宿主免疫系统之间的互作关系及其在健康和疾病中的作用 | 肠道微生物群、宿主免疫细胞（如巨噬细胞、树突状细胞、自然杀伤细胞、先天淋巴细胞、T细胞、B细胞）及其代谢产物（如短链脂肪酸） | NA | 自身免疫性疾病、炎症性疾病、癌症 | 宏基因组学、代谢组学、单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 327 | 2026-01-05 |
Protocol for reconstructing spatially aware receptor-TF-target signaling cascades using spatial transcriptomics
2025-Dec-10, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104237
PMID:41385380
|
研究论文 | 本文介绍了一种使用SpaGRN框架从空间转录组学数据重建空间感知的受体-转录因子-靶点信号级联的协议 | 通过整合细胞外信号和空间依赖性，克服了传统方法忽视空间约束的局限，实现了信号通路的系统映射 | NA | 开发一种从空间转录组学数据推断基因调控网络的协议 | 复杂组织如发育胚胎和肿瘤中的信号通路 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | 统计框架（SpaGRN） | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 328 | 2026-01-04 |
Identifying vascular stiffening-sensitive macrophages through integration of single-cell transcriptomics and imaging flow cytometry
2025-Dec-31, Biophysics reports
DOI:10.52601/bpr.2025.240063
PMID:41477484
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和成像流式细胞术，识别了在血管硬化过程中对细胞外基质刚度敏感的SPP1+巨噬细胞亚群 | 首次结合单细胞转录组学与成像流式细胞术，在动脉硬化模型中系统性地识别并验证了SPP1+巨噬细胞是对细胞外基质刚度敏感的特定免疫细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型和体外培养系统，在人体样本中的验证尚不充分，且未深入探讨SPP1+巨噬细胞促进血管硬化的具体分子机制 | 旨在识别在心血管疾病中响应动脉硬化的特定免疫细胞成分和关键因子 | 硬化颈动脉斑块中的免疫细胞、不同刚度聚丙烯酰胺凝胶上培养的巨噬细胞、急性钙化小鼠模型中的血管组织 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，成像流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据，流式细胞图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 329 | 2026-01-04 |
A competition model of multilineage priming and cell-fate decisions
2025-Dec-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116690
PMID:41481416
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综述 | 本文综述了多谱系启动和细胞命运决策的竞争模型，探讨了祖细胞如何通过基因表达程序的竞争产生多样化的细胞命运 | 提出了集体多能性作为群体自我调节以平衡胚胎发育中所有下游命运产生的新兴状态，并整合了诱导性发育与自主性命运选择模式 | NA | 探讨祖细胞和干细胞如何通过多谱系启动和基因表达程序的竞争性相互作用产生多样化的细胞命运 | 祖细胞、干细胞及其在胚胎发育中的命运决策过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学、克隆谱系追踪、多组学整合 | 竞争模型 | 转录组数据、谱系数据、多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 330 | 2026-01-04 |
Epidermal resident memory T cell fitness requires antigen encounter in the skin
2025-Dec-30, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.107096
PMID:41468295
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研究论文 | 本文研究了表皮驻留记忆T细胞（T）的适应性，发现其在皮肤中遭遇抗原的经历能增强其持久性和增殖能力 | 揭示了抗原在表皮中的遭遇如何通过TGFβ信号通路增强T细胞的持久性和增殖能力，并识别了TGFβRIII的关键作用 | NA | 探讨表皮驻留记忆T细胞适应性的机制，特别是抗原遭遇对其持久性和功能的影响 | 表皮驻留记忆T细胞（T） | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 331 | 2026-01-04 |
Quantum Generative Modeling of Single-Cell transcriptomes: Capturing Gene-Gene and Cell-Cell Interactions
2025-Dec-19, ArXiv
PMID:41281198
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研究论文 | 本文提出了一种基于量子计算的单细胞转录组模拟器qSimCells，利用量子纠缠同时建模基因-基因和细胞-细胞相互作用 | 首次引入量子计算框架，通过参数化量子电路和CNOT门编码非线性基因调控网络和具有明确因果方向的细胞间通讯拓扑，克服了经典方法仅依赖线性相关的局限 | 未明确说明模拟数据规模与真实数据的定量对比指标，且量子计算硬件依赖可能限制实际应用 | 开发能够捕获单细胞转录组数据中非线性依赖关系的高保真模拟方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 量子生成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 332 | 2026-01-04 |
Temporal single-cell analysis reveals age-associated delay in immune resolution after respiratory viral infection
2025-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.15.694321
PMID:41446064
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和高维流式细胞术，比较了年轻和老年小鼠在流感病毒感染后的肺部免疫反应，揭示了老年宿主中干扰素信号通路异常导致免疫细胞持续存在和慢性免疫病理的机制 | 首次在老年宿主中系统性地结合时间序列单细胞分析，识别出干扰素α/γ信号通路在单核细胞来源巨噬细胞和间质巨噬细胞亚群中的关键作用，并证明抑制该通路可改善长期呼吸结局 | 研究基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类；且主要关注肺部免疫，未全面评估全身性免疫反应 | 阐明老年宿主在急性呼吸道病毒感染后免疫病理增强和肺修复延迟的免疫决定因素 | 年轻和老年小鼠的肺部组织 | 数字病理学 | 呼吸道病毒感染 | 单细胞RNA测序, 高维流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 年轻和老年小鼠的肺部样本（具体数量未在摘要中明确） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 333 | 2026-01-04 |
Host Genetic Architecture between Epstein-Barr Virus Activity and Multiple Sclerosis Reveals Shared Pathways
2025-Dec-15, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2025.12.11.25342083
PMID:41445616
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研究论文 | 本研究通过开发从全基因组测序数据量化EBV DNA的流程，进行了跨祖先的EBV DNA阳性全基因组关联研究，揭示了EBV活动与多发性硬化症风险之间的遗传和细胞联系 | 开发了从全基因组测序数据量化EBV DNA的新流程，并首次在人群规模队列中进行了跨祖先的EBV DNA阳性GWAS，同时建立了优化的单细胞RNA-seq方法用于EBV检测 | 未明确说明样本的具体临床特征或随访时间，且独立验证队列样本量较小（n=94） | 阐明EBV活动与多发性硬化症之间的宿主遗传机制和细胞通路 | EBV感染、多发性硬化症、宿主遗传变异、B细胞 | 基因组学 | 多发性硬化症 | 全基因组测序、GWAS、qPCR、单细胞RNA-seq、孟德尔随机化分析 | 多基因风险评分、孟德尔随机化 | 基因组数据、单细胞转录组数据 | 617,186名个体（GWAS），94名个体（独立验证队列），以及MS患者和健康个体的单细胞样本 | NA | 全基因组测序，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 334 | 2026-01-04 |
MisTIC: Missegmented Transcript Inference Correction for Improved Spatial Transcriptomics Analysis
2025-Dec-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.11.693759
PMID:41446065
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MisTIC的变分贝叶斯模型，用于校正空间转录组学数据中的转录本错误分配问题，以提高分析准确性 | MisTIC模型无需重新分割细胞，即可有效校正转录本错误分配，从而提升下游分析的精度并支持新的研究视角 | NA | 开发一种校正空间转录组学数据中转录本错误分配的方法，以改善细胞类型识别、差异表达分析和细胞间通讯检测 | 空间转录组学数据中的转录本分配错误 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 变分贝叶斯模型 | 空间转录组学数据 | NA | 10x Genomics, Vizgen, NanoString | 空间转录组学 | 10X Xenium, MERSCOPE, CosMx | NA |
| 335 | 2026-01-04 |
SEEK-VEC: Robust Latent Structure Discovery via Ensemble Topic Modeling
2025-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.12.693799
PMID:41427368
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研究论文 | 本文提出了一种名为SEEK-VEC的集成框架，用于通过主题建模发现计数数据中的潜在结构 | SEEK-VEC通过集成多个候选主题模型，利用谱集成程序自动强化信号并减轻噪声，生成数据的共识低维嵌入，从而在信号弱时优于现有方法 | NA | 开发一个鲁棒的集成框架，用于在计数数据中检测潜在结构，以克服标准主题建模方法的限制 | 计数数据，包括自报告的心理病理症状数据、食物偏好问卷和单细胞转录组学数据 | 机器学习 | NA | 主题建模 | 集成主题模型 | 计数数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 336 | 2026-01-04 |
Spatiotemporal Atlas of Heart Development Reveals Blood-Flow-Dependent Cellular, Structural, Metabolic, and Spatial Remodeling
2025-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.09.693024
PMID:41427371
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研究论文 | 本研究通过扰动鸡胚胎心脏血流，结合单细胞和空间转录组学，构建了血流依赖的心脏发育时空图谱，揭示了血流力学如何重塑心脏组织的细胞、结构和代谢特征 | 首次在胚胎心脏发育中系统整合血流力学扰动与高分辨率空间转录组学，揭示了血流依赖的跨尺度（分子、细胞、结构）重塑机制，并识别了LOX表达心肌细胞等新的血流敏感细胞状态 | 研究基于鸡胚胎模型，其结论在哺乳动物或人类中的普适性需进一步验证；空间转录组分辨率虽高但仍存在技术限制 | 探究血流力学如何调控胚胎心脏的细胞程序、组织结构和代谢适应，阐明血流依赖的发育重塑机制 | 鸡胚胎心脏组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 空间转录组数据，单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 337 | 2026-01-04 |
Riemannian Metric Learning for Alignment of Spatial Multiomics
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.09.693237
PMID:41427348
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研究论文 | 本文提出了一种名为Manifold Gromov-Wasserstein (MGW)的度量学习框架，用于对齐空间多组学数据中的异构模态 | MGW框架利用神经场推断模态特定的黎曼度量，并通过Gromov-Wasserstein最优传输对齐这些度量，实现了无需超参数的成本计算，并具有理论不变性 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种能够对齐空间多组学数据中不同模态的方法 | 空间多组学数据，包括转录组、表观基因组、蛋白质组和代谢组等 | 机器学习 | 结直肠癌、肾癌 | 空间转录组学、空间代谢组学 | 神经场 | 空间多模态数据 | 数千个细胞 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | NA |
| 338 | 2026-01-03 |
Endometrial immune profile: A predictor of pregnancy success
2025-Dec-31, Reproductive biology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.repbio.2025.101174
PMID:41478129
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综述 | 本文综述了子宫内膜免疫谱作为妊娠成功预测因子的作用，探讨了免疫细胞在健康与病理状态下的组成和功能，以及诊断和治疗策略 | 整合了从传统免疫组织化学到高分辨率单细胞转录组学等新兴诊断方法，并评估了子宫内膜微生物组对免疫谱的影响，为个性化诊断和靶向免疫治疗提供了临床导向框架 | 作为综述文章，未涉及原始研究数据，可能受限于现有文献的覆盖范围和证据质量 | 评估子宫内膜免疫谱在预测妊娠成功中的作用，并探讨免疫失调如何影响不孕相关疾病 | 子宫内膜免疫细胞（如巨噬细胞、树突状细胞、子宫自然杀伤细胞、调节性T细胞）及其在健康与病理条件下的动态变化 | 生殖医学 | 不孕症（包括反复植入失败、反复妊娠丢失、子宫内膜异位症、多囊卵巢综合征） | 免疫组织化学、流式细胞术、单细胞转录组学 | NA | 文本综述 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 339 | 2026-01-03 |
Single-cell transcriptome analysis reveals the association between ketone body synthesis and morphogenic profile of intestinal epithelia in neonatal mice
2025-Dec-30, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2025.12.005
PMID:41478463
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了新生小鼠肠道上皮细胞中酮体合成与细胞形态发生特征之间的关联 | 首次在新生小鼠肠道上皮细胞中发现酮体合成相关基因的上调与细胞形态发生基因的高表达相关，而非主要作为能量来源，这为理解早期肠道上皮成熟提供了新视角 | 研究仅针对小鼠模型，且样本年龄范围有限（仅10天和21天），微生物条件的影响可能未完全阐明 | 探究新生期肠道上皮细胞的成熟特征及其与微生物定植的关系 | 新生（10天）和幼年（21天）小鼠的肠道上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 新生和幼年小鼠的肠道上皮细胞（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 340 | 2026-01-03 |
Single-cell RNA-seq analysis of longitudinal CD4+ T cell samples reveals cell-type-specific changes during early stages of type 1 diabetes
2025-Dec-29, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01574-x
PMID:41462339
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了1型糖尿病早期阶段CD4+ T细胞中细胞类型特异性的转录变化和基因调控网络 | 首次对1型糖尿病早期阶段的CD4+ T细胞进行纵向单细胞转录组分析，识别了与疾病进展相关的细胞类型特异性基因表达模式和调控网络变化 | 样本量相对较小（N=22），且仅关注CD4+ T细胞，未涵盖其他免疫细胞类型 | 探究1型糖尿病早期阶段CD4+ T细胞的转录组变化和基因调控网络，以理解早期免疫失调机制 | 来自后续发展为1型糖尿病的儿童（N=11）及其匹配对照（N=11）的纵向CD4+ T细胞样本 | 单细胞转录组学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 73个纵向CD4+ T细胞样本，来自22名儿童（11名病例，11名对照），分析超过99,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |