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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2025-12-12 |
Chronic viral infections impaired the growth process of splenic B cells by upregulating Bbc3 and Atf3 in LCMV-CL13 infected mouse model
2025-Dec, Virulence
IF:5.5Q1
DOI:10.1080/21505594.2025.2598932
PMID:41329555
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研究论文 | 本研究利用LCMV慢性感染模型,揭示了慢性病毒感染通过上调Bbc3和Atf3基因表达,破坏脾脏B细胞发育并削弱体液免疫应答的机制 | 首次在LCMV-CL13慢性感染模型中,结合单细胞RNA测序和免疫组库分析,系统阐明了Bbc3和Atf3基因上调导致脾脏B细胞发育受阻的具体分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,其在人体中的适用性仍需进一步验证;且未深入探讨其他潜在调控基因或信号通路的影响 | 探究慢性病毒感染导致脾脏损伤及体液免疫应答减弱的分子机制 | 感染LCMV-CL13病毒的小鼠模型及其脾脏B细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 免疫组库分析 | NA | 基因表达数据, 序列数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 302 | 2025-12-12 |
TMEM106A as a Macrophage-Associated Biomarker of Prognosis in IDH-Wildtype Glioma: Integrative Multi-Omics and Spatial Analyses
2025-Dec, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71454
PMID:41354084
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研究论文 | 本研究通过整合多组学和空间分析,探讨了TMEM106A作为IDH野生型胶质瘤中与巨噬细胞相关的预后生物标志物的作用 | 首次将TMEM106A与IDH野生型胶质瘤的预后及肿瘤微环境中的髓系细胞浸润联系起来,并利用单细胞和空间转录组学技术验证其表达模式 | 所有发现均为相关性研究,需要前瞻性研究来验证其临床适用性 | 探索TMEM106A在胶质瘤中的表达模式、预后价值及其与肿瘤微环境的关系 | IDH野生型胶质瘤患者样本 | 数字病理学 | 胶质瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 免疫组织化学 | limma, Kaplan-Meier, Cox模型, CIBERSORT, GSEA, pRRophetic | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据, 免疫组化图像 | TCGA和CGGA数据库的批量RNA-seq数据、单细胞数据集(GSE131928, GSE89567)、空间数据集(Ivy Atlas, Visium)以及79例免疫组化样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 303 | 2025-12-12 |
A Macrophage-Derived 7-Gene Signature Predicts Prognosis and Therapeutic Response in Hepatocellular Carcinoma
2025-Dec, IUBMB life
IF:3.7Q2
DOI:10.1002/iub.70079
PMID:41355397
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研究论文 | 本研究基于EGFR-TKI耐药巨噬细胞亚群,鉴定了一个7基因预后特征,用于预测肝细胞癌患者的生存和治疗反应 | 首次从EGFR-TKI耐药巨噬细胞亚群中推导出7基因预后特征,并验证其在预测生存、免疫治疗反应和靶向药物敏感性方面的价值 | 研究基于回顾性队列数据,需要前瞻性临床研究进一步验证该特征的临床应用价值 | 识别肝细胞癌的新型预后生物标志物并评估其临床和治疗相关性 | 肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,多组学分析 | 预后风险模型,临床列线图 | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | TCGA-LIHC队列和独立验证队列GSE76427 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 304 | 2025-12-12 |
ER Stress Ire1-Xbp1s Pathway Maintains Youthful Epidermal Basal Layer Through the Regulation of Cell Proliferation
2025-Dec, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70258
PMID:41077712
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研究论文 | 本研究揭示了内质网应激反应通路Ire1-Xbp1s在维持年轻表皮基底细胞增殖及皮肤衰老过程中的新作用 | 首次在超短寿命脊椎动物Nothobranchius furzeri中引入Ire1-Xbp1s通路报告系统,结合光隔离化学空间转录组学技术,发现该通路通过激活细胞周期调控因子Vcp维持年轻表皮细胞增殖,并阐明葡萄糖代谢下降导致通路活性降低的衰老机制 | 研究主要基于N. furzeri模型,在哺乳动物中的保守性需要进一步验证;空间转录组学分析范围局限于表皮组织 | 探究内质网应激反应在衰老过程中的时空调控机制及其在组织稳态维持中的作用 | Nothobranchius furzeri(非洲鳉鱼)的表皮组织及内质网应激反应通路 | 空间转录组学 | 皮肤衰老 | 光隔离化学空间转录组学、功能验证实验 | NA | 空间转录组数据、细胞增殖数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 305 | 2025-12-12 |
The BCG in situ study - novel techniques applied to a 100-year-old vaccine
2025-Dec, MethodsX
IF:1.6Q2
DOI:10.1016/j.mex.2025.103712
PMID:41362666
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研究论文 | 本研究应用空间转录组学和液体活检等先进技术,深入解析了皮内接种BCG疫苗后局部皮肤和全身免疫反应 | 首次将空间转录组学应用于BCG疫苗接种后的皮肤组织研究,结合液体活检技术全面表征局部和系统免疫反应 | 研究样本量有限,且主要关注短期反应,长期保护效果和成人肺结核预防仍需进一步验证 | 阐明BCG疫苗接种后局部皮肤和全身免疫反应的细胞与分子机制,以加速改进或新疫苗的开发 | BCG疫苗接种后的皮肤组织活检样本和血液样本 | 数字病理学 | 结核病 | 空间转录组学、细胞游离血浆转录组学、全血转录组学、表观遗传分析、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 组织图像、转录组数据、蛋白质数据、代谢物数据 | NA | NA | 空间转录组学, 液体活检 | NA | NA |
| 306 | 2025-12-12 |
Characterizing epithelial-mesenchymal transition-linked heterogeneity in breast cancer circulating tumor cells at a single-cell level
2025-Dec, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70132
PMID:41046340
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研究论文 | 本研究在单细胞水平上表征了乳腺癌循环肿瘤细胞中与上皮-间质转化相关的异质性 | 首次在早期乳腺癌患者中,结合免疫磁珠去除、多标记免疫荧光和单细胞转录组学,系统检测并量化了不同EMT状态的循环肿瘤细胞及其异质性,并揭示了间质特征CTC中核糖体基因下调及mTORC1信号相关的翻译抑制 | 样本量相对有限(107例),且为观察性研究,需要进一步的功能实验验证发现的分子机制 | 检测并表征乳腺癌患者循环肿瘤细胞中与上皮-间质转化相关的异质性,以理解血行播散的机制 | 乳腺癌患者的循环肿瘤细胞 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,免疫磁珠去除,多标记免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,免疫荧光图像数据 | 107例乳腺癌患者的血液样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 307 | 2025-12-12 |
The mouse neonatal small intestine is regionally specialized for protein absorption and transepithelial transport
2025-Dec-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.205127
PMID:41208810
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研究论文 | 本研究揭示了新生小鼠小肠中空肠和回肠上皮细胞在蛋白质吸收和跨上皮运输方面的区域和功能特化 | 首次揭示了新生小鼠小肠中空肠和回肠上皮细胞在蛋白质吸收和运输方面的区域特化,并发现了Dab2在营养性蛋白质跨细胞运输中的特异性作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类新生儿中的类似机制需要进一步验证 | 探究新生小鼠小肠不同区域在蛋白质吸收和运输中的功能特化及其分子机制 | 新生小鼠的小肠上皮细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序、转录组分析、遗传学方法、体内和体外货物运输实验 | NA | 转录组数据、遗传数据、功能实验数据 | 新生小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 308 | 2025-12-12 |
Novae: a graph-based foundation model for spatial transcriptomics data
2025-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02899-6
PMID:41372623
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Novae的基于图的基础模型,用于处理空间转录组学数据,以提取细胞在空间背景下的表征 | Novae是一种基于图的基础模型,能够在多个切片上执行零样本域推断,并原生校正批次效应,同时构建空间域的嵌套层次结构 | NA | 改进当前模型在多个切片上的局限性,以促进空间转录组学在生物医学研究中的应用 | 空间转录组学数据中的细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 基于图的模型 | 空间转录组学数据 | 近3000万个细胞,覆盖18种组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 309 | 2025-12-12 |
Effect of acupuncture on brain microenvironment in rats with post-stroke limb spasticity based on single-cell transcriptome sequencing technology
2025-Dec, Journal of traditional Chinese medicine = Chung i tsa chih ying wen pan
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术探讨了针灸对脑卒中后肢体痉挛大鼠脑微环境的影响及其可能机制 | 首次结合单细胞转录组测序技术分析针灸对脑卒中后肢体痉挛大鼠脑缺血半暗带细胞类型比例及基因表达的影响 | 研究仅基于大鼠模型,样本量较小(32只),且未涉及长期疗效评估 | 探究针灸改善脑卒中后肢体痉挛的可能机制 | 脑卒中后肢体痉挛大鼠模型 | 数字病理学 | 脑卒中 | 单细胞转录组测序,Western blot,实时定量PCR,酶联免疫吸附试验 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据,基因表达数据 | 32只大鼠,分为对照组、假手术组、模型组和针灸组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 310 | 2025-12-12 |
Detection of serotonin and serotonin related gene reveals unique roles in human intestinal epithelial development
2025-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.27.690965
PMID:41377494
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和组织学验证,揭示了血清素及其相关基因在人类肠道发育中的时空表达图谱 | 首次生成了从妊娠早期到成年晚期的血清素及其相关基因在人类肠道中的时空表达图谱,揭示了其动态、细胞类型特异性的调控模式 | 研究主要基于转录组数据,缺乏功能实验验证血清素在肠道发育中的具体作用机制 | 探究血清素在人类早期肠道发育中的作用 | 人类肠道组织样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 从妊娠早期到成年晚期的多个时间点的人类肠道样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 311 | 2025-12-11 |
Natural killer cell infiltration elicits gender-dependent dichotomous clinical outcomes in urothelial carcinoma
2025-Dec-15, Cancer
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/cncr.70196
PMID:41368948
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研究论文 | 本研究通过多队列回顾性分析,揭示了自然杀伤细胞在尿路上皮癌中的浸润水平与临床结局存在显著的性别依赖性差异 | 首次系统性地揭示了NK细胞在尿路上皮癌肿瘤免疫微环境中的性别二态性,并阐明了其导致男性患者生存获益而女性患者无益的分子机制 | 研究为回顾性设计,需前瞻性队列验证;样本量中女性患者相对较少;机制研究主要基于转录组和流式分析,缺乏体内功能验证 | 探究自然杀伤细胞在尿路上皮癌性别差异中的具体作用及其临床意义 | 885名尿路上皮癌患者(男性671名,女性214名)的肿瘤组织及免疫微环境 | 肿瘤免疫学 | 尿路上皮癌 | 免疫组织化学、转录组测序、单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 图像数据、转录组数据、单细胞测序数据、流式细胞数据 | 885名患者(671名男性,214名女性) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 312 | 2025-12-11 |
IL-1β-mediated suppression of CIITA attenuates IFN-γ-induced MHC-II expression on Fibroblasts
2025-Dec-10, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02575-4
PMID:41366425
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研究论文 | 本研究揭示了IL-1β通过抑制CIITA表达来减弱IFN-γ诱导的成纤维细胞MHC-II表达的分子机制 | 首次在成纤维细胞中确定了IFN-γ/STAT1/CIITA轴是MHC-II表达的核心调控通路,并发现IL-1β是该通路的新型抑制剂 | 研究主要在体外细胞模型中进行,体内肿瘤微环境的复杂性可能影响机制的普适性 | 探究肿瘤相关成纤维细胞中MHC-II表达的上游细胞因子调控机制 | 癌症相关成纤维细胞 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 流式细胞术、转录组分析、qRT-PCR、慢病毒转导、CRISPR/Cas9基因编辑、scRNA-seq、ATAC-seq、ChIP-seq | NA | 流式细胞数据、转录组数据、表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、ATAC测序、ChIP测序 | NA | NA |
| 313 | 2025-12-11 |
Exploring the pathogenic mechanism of RNH1 in colorectal cancer based on eQTL, Multi-omics and deep learning
2025-Dec-10, Journal of applied genetics
IF:2.0Q3
DOI:10.1007/s13353-025-01029-4
PMID:41366589
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研究论文 | 本研究基于eQTL、多组学和深度学习探索RNH1在结直肠癌中的致病机制 | 首次结合SMR、单细胞RNA测序、空间转录组测序和深度学习生存神经网络(DeepSurv)系统研究RNH1在结直肠癌中的作用,并关联新发现的细胞死亡方式——双硫死亡 | 研究主要基于生物信息学分析和体外验证,缺乏体内实验验证RNH1的具体分子机制 | 探索RNH1在结直肠癌中的致病机制及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 结直肠癌组织样本、RNH1基因 | 机器学习 | 结直肠癌 | eQTL分析、多组学分析、深度学习、单细胞RNA测序、空间转录组测序、RNA测序、qPCR | DeepSurv(深度学习生存神经网络) | 基因组数据、转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据 | 未明确具体样本数量,但包括结直肠癌患者癌组织和正常组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, RNA测序 | NA | NA |
| 314 | 2025-12-11 |
Identification of Crohn's disease subtypes in single cell RNA sequencing signatures of treatment naïve samples across the paediatric gastrointestinal tract
2025-Dec-10, Journal of Crohn's & colitis
DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaf225
PMID:41369126
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,在未接受治疗的儿科克罗恩病患者中,识别了疾病亚型并揭示了跨胃肠道区域的转录组特征 | 开发了聚类稳定性评估工作流程以确保结果稳健性,并首次在未治疗儿科患者中应用张量分解技术,将供体分层为临床有意义的组别 | 研究样本量有限,且疾病异质性可能影响细胞比例分析的准确性 | 研究克罗恩病发病初期的单细胞转录组特征,以识别疾病亚型和潜在治疗靶点 | 未接受治疗的儿科克罗恩病患者的回肠、结肠和直肠活检组织 | 单细胞转录组学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | 张量分解 | 单细胞转录组数据 | 未明确具体数量,但为儿科克罗恩病队列的活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 315 | 2025-12-11 |
Turkey oviduct epithelial organoids express region-associated markers and avian influenza virus receptor†
2025-Dec-10, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf274
PMID:41369270
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光染色验证了火鸡输卵管上皮类器官的区域特异性标记物和禽流感病毒受体表达 | 首次构建了火鸡生殖道的单细胞图谱框架,并验证了类器官模型在保留区域分子特征和病毒受体表达方面的适用性 | 样本量较小(仅涉及两只性成熟母鸡),且为探索性研究,需要进一步验证和扩展 | 验证火鸡输卵管上皮类器官模型的区域特异性标记物和禽流感病毒受体表达,以支持其作为体外模型的应用 | 火鸡(Meleagris gallopavo)的输卵管六个区域(漏斗部、膨大部、峡部、子宫、子宫阴道连接部和阴道)的组织及衍生类器官 | 单细胞组学 | 禽流感 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、免疫荧光染色 | 类器官模型 | RNA序列数据、图像数据 | 两只性成熟母鸡的输卵管组织,衍生类器官样本(n=2用于批量RNA测序,n=4用于免疫荧光染色) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 316 | 2025-12-11 |
Microglia Display Heterogeneous Initial Responses to Disseminated Tumor Cells
2025-Dec-10, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-3425
PMID:41369553
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研究论文 | 本研究通过体内命运图谱成像、单细胞RNA测序和全息光转换技术,揭示了小胶质细胞在脑转移早期对播散肿瘤细胞的异质性反应 | 首次结合多种技术追踪同一动物体内肿瘤命运和小胶质细胞早期动态反应,发现小胶质细胞表型可通过抑制TGF-β信号或删除肿瘤抗原CD24a/CD47进行调控 | 研究主要聚焦早期转移阶段,未全面探讨晚期转移中系统免疫抑制的影响 | 探究脑转移早期小胶质细胞的异质性反应及其调控机制 | 小鼠模型中的播散肿瘤细胞和脑内小胶质细胞 | 数字病理学 | 脑转移癌 | 单细胞RNA测序, 全息光转换技术 | NA | 图像, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 317 | 2025-12-11 |
Clusterin Drives Fiber Endocytosis by Mesothelial Cells to Resolve Liver Fibrosis
2025-Dec-10, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2025.08.022
PMID:41369634
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研究论文 | 本研究揭示了簇集蛋白(CLU)通过其受体LRP2驱动间皮细胞纤维内吞以缓解肝纤维化的新机制,并设计了一种模拟CLU的肽段CLUtide,展示了其治疗潜力 | 首次发现CLU由中央静脉周围衰老肝细胞分泌,并通过LRP2受体特异性作用于肝间皮细胞,诱导其增殖、迁移并内吞纤维,从而缓解肝纤维化;并成功设计出具有治疗潜力的模拟肽CLUtide | 研究主要在动物模型中进行,CLUtide的临床疗效和安全性尚未在人体中得到验证 | 探究簇集蛋白(CLU)在肝纤维化中的作用机制及治疗潜力 | 肝纤维化患者和小鼠模型、CLU基因敲除小鼠、间皮细胞特异性LRP2敲除小鼠 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序、免疫荧光 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、图像数据 | 患者和小鼠的肝组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 318 | 2025-12-11 |
Exploring the role of PANoptosis in idiopathic pulmonary fibrosis based on scRNA-seq and bulk-seq
2025-Dec-10, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01990-8
PMID:41369928
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和转录组数据,探索PANoptosis在特发性肺纤维化发病机制中的作用 | 首次将PANoptosis(一种整合了细胞焦亡、凋亡和坏死性凋亡的新型程序性细胞死亡形式)的概念引入特发性肺纤维化研究,并基于此构建了诊断预测模型 | 研究主要基于公共数据集和动物模型,需要在更大规模的人类临床样本中进行验证 | 阐明PANoptosis在特发性肺纤维化发病机制中的作用,并开发基于相关基因的诊断预测模型 | 特发性肺纤维化患者及动物模型的肺组织 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序,转录组测序,qRT-PCR | 加权基因共表达网络分析,机器学习方法 | 基因表达数据 | 基于公共数据集GSE227136(具体样本数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 319 | 2025-12-11 |
Vinculin influences essential processes in enteric nervous system development and Hirschsprung disease pathogenesis
2025-Dec-09, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI198531
PMID:41364504
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研究论文 | 本研究探讨了Vinculin在肠神经系统发育及先天性巨结肠症发病机制中的作用 | 首次将Vinculin突变与先天性巨结肠症关联,并通过单细胞和空间转录组学揭示了其在细胞间互作和信号通路中的枢纽作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限,且未深入探讨VCL在其他神经系统疾病中的潜在作用 | 阐明Vinculin在肠神经系统发育和先天性巨结肠症中的功能机制 | Vinculin基因突变、小鼠模型(Vcl条件敲除和Ptn敲除)、肠神经系统细胞 | 生物医学研究 | 先天性巨结肠症 | 全基因组测序、单细胞转录组学、空间RNA测序、体外实验 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 320 | 2025-12-11 |
CD8+ T cells in the tumor microenvironment modulate response to endocrine therapy in breast cancer
2025-Dec-09, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI188458
PMID:41364532
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤免疫微环境(TIME)中CD8+ T细胞通过分泌CXCL11调控激素受体阳性(HR+)乳腺癌对内分泌治疗(如来曲唑)的反应 | 首次揭示了CD8+ T细胞通过CXCL11-CXCR3/CXCR7轴促进HR+乳腺癌细胞在雌激素剥夺条件下的生长,从而介导内分泌治疗耐药 | 研究主要基于体外细胞系实验和有限的患者活检样本,缺乏大规模临床队列验证,且体内机制和临床转化潜力需进一步探索 | 阐明肿瘤免疫微环境如何影响激素受体阳性乳腺癌对内分泌治疗的反应 | 激素受体阳性乳腺癌患者活检组织、HR+乳腺癌细胞系(MCF7、T47D)及CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | RNA测序、循环免疫荧光、空间转录组学、细胞共培养 | NA | 组织切片图像、基因表达数据、空间转录组数据 | 接受来曲唑治疗的HR+乳腺癌患者治疗前后活检样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |