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当前共找到 1109 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2026-03-28 |
Protocol to analyze changes in hippocampal neural stem cell quiescence from single-cell RNA sequencing data
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104226
PMID:41289073
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研究论文 | 本文介绍了一种通过计算分析单细胞RNA测序数据来分离小鼠海马神经干细胞并评估扰动对静息深度影响的协议 | 提出了一种计算协议，通过顺序重聚类、伪时间轨迹分析和统计检验来区分静息神经干细胞与星形胶质细胞，以及增殖神经干细胞与祖细胞，解决了现有挑战 | 协议依赖于单细胞RNA测序数据，可能受数据质量和测序深度限制，且仅针对小鼠海马神经干细胞，未验证于其他组织或物种 | 开发一种计算协议来分析小鼠海马神经干细胞静息状态的变化 | 小鼠海马神经干细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 282 | 2026-03-28 |
Transformer and graph variational autoencoder to identify microenvironments: A deep learning protocol for spatial transcriptomics
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104206
PMID:41313684
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研究论文 | 本文提出了一个结合Transformer和图变分自编码器的计算框架TG-ME，用于通过空间转录组学和形态学图像识别微环境 | 创新性地整合了Transformer和图变分自编码器，以深度学习方式解析空间生态位，适用于健康、肿瘤和感染组织 | NA | 开发一个计算框架来识别和分析组织中的微环境 | 空间转录组学和形态学图像数据 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | Transformer, 图变分自编码器 | 空间转录组数据, 形态学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 283 | 2026-03-28 |
Protocol for quantifying hepatitis B virus transcript abundance and genomic segment distribution from single-cell RNA-seq
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104230
PMID:41313688
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研究论文 | 本文介绍了一种从HBV感染的肝脏组织中测序单细胞的协议，用于量化每个细胞的HBV转录本丰度和基因组片段分布 | 开发了一种单细胞RNA测序协议，能够同时定量HBV转录本丰度并绘制全基因组读取分布图，为病毒表达模式和HBV-宿主相互作用提供单细胞分辨率分析 | NA | 建立一种协议以详细分析HBV感染的肝脏组织中病毒表达模式和HBV-宿主相互作用 | HBV感染的肝脏组织 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 284 | 2026-03-28 |
Protocol to track single-cell-derived clones using DNA barcoding combined with single-cell RNA sequencing
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104229
PMID:41317321
|
研究论文 | 本文介绍了一种结合DNA条形码与单细胞RNA测序技术来追踪单细胞来源克隆的实验方案 | 通过构建和验证慢病毒DNA条形码文库，结合单细胞RNA测序，实现了对克隆生长活动与转录组谱的关联分析，为永久性细胞标记和克隆动态追踪提供了新方法 | NA | 开发一种追踪单细胞来源克隆的实验方案，以研究克隆适应性和可塑性在肿瘤异质性中的作用 | 单细胞来源的克隆 | 数字病理学 | 肿瘤 | DNA条形码技术，单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 285 | 2026-03-28 |
Protocol to investigate fibroblastic reticular cell-immune cell interaction in human lung cancer
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104256
PMID:41364557
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于研究人类肺癌中成纤维网状细胞与免疫细胞相互作用的详细实验方案 | 开发了从肿瘤组织中富集稀有成纤维网状细胞进行单细胞RNA测序的步骤，并提供了分析细胞间通讯的计算框架 | NA | 研究肺癌中成纤维网状细胞与免疫细胞的相互作用机制 | 人类肺癌组织中的成纤维网状细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学，高分辨率显微镜 | NA | 单细胞RNA测序数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 286 | 2026-03-28 |
Protocol for reconstructing spatially aware receptor-TF-target signaling cascades using spatial transcriptomics
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104237
PMID:41385380
|
研究论文 | 本文介绍了一种使用SpaGRN框架从空间转录组学数据重建空间感知的受体-转录因子-靶标调控级联的协议 | 该协议整合了细胞外信号和空间依赖性，克服了传统方法忽略空间约束的局限 | NA | 旨在系统性地绘制复杂组织（如发育胚胎和肿瘤）中的信号通路 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | 统计框架（SpaGRN） | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 287 | 2026-03-25 |
CellPhoneDB v5: inferring cell-cell communication from single-cell multiomics data
2025-12, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01137-1
PMID:40133495
|
研究论文 | 本文介绍了CellPhoneDB v5，一个用于从单细胞多组学数据推断细胞间通信的生物信息学工具包 | 扩展了配体-受体相互作用库，新增约1000个非肽类配体介导的相互作用；引入了新的数据库查询方式，允许用户根据实验设计定制查询；整合了新的策略，利用空间转录组学或单细胞ATAC-seq数据优先考虑特定细胞间相互作用；新增了CellPhoneDBViz模块用于交互式可视化和结果共享 | 需要基本的Python知识，且协议执行时间约为15分钟，可能对非专业用户有一定门槛 | 开发并优化一个生物信息学工具包，以从单细胞多组学数据中推断细胞间通信 | 单细胞多组学数据，包括配体-受体相互作用、空间转录组学和单细胞ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞多组学分析、空间转录组学、单细胞ATAC-seq | NA | 单细胞多组学数据、空间转录组学数据、单细胞ATAC-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 288 | 2026-03-25 |
Microplastic exposure elicits sex-specific atherosclerosis development in lean low-density lipoprotein receptor-deficient mice
2025-Dec, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2025.109938
PMID:41275764
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研究论文 | 本研究探讨了环境相关剂量微塑料暴露对低密度脂蛋白受体缺陷小鼠动脉粥样硬化发展的性别特异性影响 | 揭示了微塑料暴露在瘦小鼠中诱导性别特异性动脉粥样硬化发展的新现象，并通过单细胞RNA测序提供了机制性见解 | 研究仅使用小鼠模型，且暴露剂量和持续时间可能无法完全模拟人类长期低剂量暴露情况 | 评估微塑料暴露对心血管系统的影响，特别是动脉粥样硬化的发展 | 低密度脂蛋白受体缺陷小鼠（雄性和雌性）以及原代内皮细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 动物模型（小鼠） | 基因表达数据 | 低密度脂蛋白受体缺陷小鼠群体（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 289 | 2026-03-21 |
Single-cell transcriptome profiling reveals immunological fitness of HIV long-term non-progressors
2025-12-23, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01597-25
PMID:41277843
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序，揭示了HIV长期不进展者（LTNPs）相较于典型进展者（TPs）具有更平衡和有利的免疫学特征 | 首次在单细胞分辨率下系统比较了LTNPs、TPs和健康供体的免疫细胞转录组特征，并应用高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）揭示了LTNPs特有的先天免疫/髓系相关模块高表达及B细胞/细胞毒性相关模块低表达模式 | 样本量较小（仅12名个体），且为横断面研究，无法确定观察到的转录组差异是HIV不进展的原因还是结果 | 探究与HIV慢性感染中疾病不进展相关的免疫学特征 | HIV长期不进展者（LTNPs）、典型进展者（TPs）和健康供体（HDs）的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | 高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA） | 单细胞转录组数据 | 12名个体（4名LTNPs、4名TPs、4名HDs） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 290 | 2026-03-21 |
Cmss1 limits FMDV infection by enhancing antigen presentation and CD8+ T cell responses
2025-12-23, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01249-25
PMID:41277842
|
研究论文 | 本研究通过构建小鼠感染模型和单细胞RNA测序，揭示了FMDV感染如何改变树突状细胞亚群比例并抑制抗原呈递过程，并鉴定出Cmss1作为拮抗该抑制、限制FMDV致病性的新型宿主因子 | 首次在缺乏I型干扰素受体的小鼠模型中，利用单细胞RNA测序绘制了FMDV感染后脾脏树突状细胞的高分辨率图谱，并鉴定出Cmss1作为调控抗原呈递过程、限制FMDV感染的新型宿主因子 | 研究主要基于小鼠模型，其在免疫应答方面与猪（FMDV的自然宿主）存在差异；单细胞测序仅针对脾脏组织，未涵盖其他免疫器官 | 探究树突状细胞在FMDV感染中的作用机制，寻找限制病毒感染的新型宿主因子 | 缺乏I型干扰素受体的C57BL/6小鼠、FMDV病毒、树突状细胞 | 免疫学 | 口蹄疫 | 单细胞RNA测序、基因编辑、抗原呈递能力评估系统 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，使用基因编辑小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 291 | 2026-03-19 |
SOX11 modulates BCR signaling through the PAX5/CD19 axis for therapeutic targeting in BTK-resistant mantle cell lymphoma
2025-Dec-23, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2025016801
PMID:40845256
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研究论文 | 本研究揭示了转录因子SOX11通过激活PAX5/CD19轴驱动B细胞受体信号传导，从而促进套细胞淋巴瘤对BTK抑制剂的耐药性，并证明了靶向SOX11的治疗潜力 | 首次发现SOX11通过转录激活PAX5/CD19轴调控BCR信号通路，为BTK抑制剂耐药的套细胞淋巴瘤提供了新的上游治疗靶点 | 研究主要基于细胞系和异种移植模型，尚未在人体临床试验中得到验证 | 探索套细胞淋巴瘤中BTK抑制剂耐药的分子机制并寻找新的治疗策略 | 套细胞淋巴瘤细胞系、患者来源的异种移植模型 | 肿瘤生物学 | 套细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确具体样本数量，涉及ibrutinib敏感和耐药细胞系及患者来源模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 292 | 2026-03-19 |
Transcriptional and temporal heterogeneity of developing α cells revealed by single-cell RNA sequencing
2025-12-15, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152996
PMID:41242298
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了发育中α细胞的转录和时间异质性 | 利用时间分辨报告小鼠系“Gcg-Timer”进行单细胞转录组学分析，首次展示了α细胞生成过程中的转录动态和细胞异质性，并发现线粒体转录本在α细胞中比在发育中的β细胞中表达更强烈 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类α细胞发育，且单细胞测序技术本身存在技术噪音和批次效应等局限性 | 探索胰腺α细胞在发育过程中的转录动态和细胞异质性 | 发育中的小鼠胰腺α细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 使用“Gcg-Timer”胚胎进行单细胞转录组学分析，具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 293 | 2026-03-19 |
Tumor-derived CCL5 recruits CCR1+ macrophages to suppress apoptosis and drive proliferation in duodenal adenocarcinoma
2025-Dec-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.218064
PMID:41015267
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了十二指肠腺癌肿瘤微环境中恶性上皮细胞的异质性，并发现CCL5/CCR1轴在招募巨噬细胞、抑制肿瘤细胞凋亡和促进增殖中的关键作用 | 首次在十二指肠腺癌中利用单细胞RNA测序识别出具有免疫相关转录特征的恶性细胞亚群，并阐明CCL5/CCR1轴通过调控巨噬细胞介导的凋亡抑制来驱动肿瘤进展和化疗抵抗 | 研究样本量较小且为罕见肿瘤，可能限制结果的普适性；机制验证主要基于体外实验，需进一步体内模型验证 | 阐明十二指肠腺癌肿瘤微环境中肿瘤细胞与巨噬细胞互作的分子机制，探索新的治疗靶点 | 原发性十二指肠腺癌肿瘤组织、匹配的癌旁正常组织、患者来源的类器官 | 数字病理学 | 十二指肠腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 未明确具体数量，但涉及原发性肿瘤和匹配正常组织的单细胞测序 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 294 | 2026-03-17 |
Single cell and spatial transcriptomic profiling of the type 2 diabetic coronary microcirculation and myocardium
2025-12, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-025-01144-7
PMID:41203872
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了2型糖尿病小鼠冠状动脉微循环和心肌中与脂肪生成、脂肪酸代谢和氧化磷酸化相关的基因表达上调，为冠状动脉微血管疾病的机制提供了新见解 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面分析2型糖尿病小鼠冠状动脉微循环和心肌的转录组差异，识别出新的基因表达特征和关键调控因子 | 研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本，且未进行功能验证实验以确认这些基因表达变化在疾病进展中的具体作用 | 探究2型糖尿病中冠状动脉微血管疾病的转录组差异，识别潜在的治疗靶点 | 2型糖尿病小鼠的冠状动脉微循环和心肌组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA序列数据, 空间转录组数据 | 未明确指定样本数量，但涉及2型糖尿病小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 295 | 2026-03-16 |
Single-Cell RNA Sequencing Study on Two Synovial Derived Tumors in the Temporomandibular Joint
2025-Dec, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.70003
PMID:40495754
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了颞下颌关节滑膜软骨瘤病和弥漫性腱鞘巨细胞肿瘤的细胞组成、分化轨迹及细胞间通讯 | 首次在颞下颌关节滑膜来源肿瘤中应用单细胞RNA测序技术，揭示了滑膜成纤维样细胞作为共同起源，并通过COMP/TGFβ/SMAD信号通路促进软骨分化的新机制 | 样本量较小，仅针对颞下颌关节特定肿瘤，可能限制了结果的普适性 | 研究颞下颌关节滑膜软骨瘤病和弥漫性腱鞘巨细胞肿瘤的细胞组成与分化轨迹 | 颞下颌关节滑膜软骨瘤病和弥漫性腱鞘巨细胞肿瘤的组织样本 | 单细胞测序 | 滑膜来源肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确指定样本数量，但涉及两种颞下颌关节肿瘤的组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 296 | 2026-03-16 |
Early-life gut microbiome maturity regulates blood-brain barrier and cognitive development
2025-Dec, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2551879
PMID:40886152
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研究论文 | 本研究探讨了早期肠道微生物组的成熟度如何通过影响血脑屏障完整性和大脑转录程序来调节认知发育 | 首次通过将无菌孕鼠定植人类足月或早产婴儿肠道微生物，建立了微生物组成熟度与血脑屏障完整性及认知功能发育的直接因果关系 | 研究基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证；微生物组影响的具体分子机制尚未完全阐明 | 探究早期肠道微生物组成熟度对血脑屏障发育和认知功能的影响机制 | 无菌孕鼠及其后代（定植人类足月或早产婴儿肠道微生物） | 微生物组学与神经发育 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序、宏基因组学、代谢组学 | 动物模型（小鼠） | 基因表达数据、微生物组数据、代谢物数据 | 无菌孕鼠及其后代（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序、宏基因组学、代谢组学 | NA | NA |
| 297 | 2026-03-06 |
Chronic alcohol consumption drives inflammaging and transposon derepression in hematopoietic stem and progenitor cells
2025-Dec-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.25.696246
PMID:41497601
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研究论文 | 本研究探讨了慢性酒精摄入如何通过单细胞转录组和表观基因组分析，揭示其在人类和小鼠造血干细胞祖细胞中引发炎症衰老和转座子去抑制的机制 | 首次在单细胞水平上结合RNA-seq和ATAC-seq，揭示了慢性酒精暴露导致造血干细胞祖细胞中炎症反应增强、转座子去抑制及年龄依赖性表观遗传失调 | 研究主要基于动物模型和异种移植实验，人类样本的直接验证有限，且长期酒精戒断后的恢复机制需进一步探究 | 探究慢性酒精摄入对造血干细胞祖细胞炎症衰老和表观遗传调控的影响 | 人类和小鼠的造血干细胞祖细胞 | 单细胞组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 人类和小鼠造血干细胞祖细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 298 | 2026-03-06 |
Multimodal mass spectrometry imaging for plaque- and region-specific neurolipidomics in Alzheimer's disease mouse models
2025-Dec-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65956-w
PMID:41365882
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研究论文 | 本研究开发了一种多模态质谱成像框架，用于在阿尔茨海默病小鼠模型中绘制斑块和区域特异性的神经脂质组图谱 | 整合了MALDI-2质谱成像、离子淌度质谱和荧光显微镜的多模态成像框架，提高了检测灵敏度和空间化学分辨率，并建立了多模态图像配准与斑块相关脂质发现的计算流程 | 研究仅使用雌性小鼠模型，未涉及人类样本，且机制验证主要基于与现有空间转录组数据的关联分析 | 探究阿尔茨海默病中淀粉样斑块形成相关的脂质组学变化及其生化机制 | 雌性5xFAD和APP转基因阿尔茨海默病小鼠模型 | 质谱成像与神经科学 | 阿尔茨海默病 | 基质辅助激光解吸/电离后电离质谱成像、离子淌度质谱、荧光显微镜成像 | 多模态图像配准与数据分析流程 | 质谱成像数据、离子淌度数据、荧光图像数据 | 未明确说明样本数量，使用两种转基因小鼠模型 | NA | 质谱成像、空间转录组学 | NA | MALDI-2质谱成像系统与离子淌度质谱联用平台 |
| 299 | 2026-03-06 |
DTCFinder: a bench-to-bits toolkit for label-free, whole-spectrum analysis of disseminated and circulating tumor cells in liquid biopsies
2025-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.27.690914
PMID:41409151
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DTCFinder的无标记、全谱分析方法，用于液体活检中播散性和循环肿瘤细胞的检测与分子特征分析 | 整合高通量单细胞RNA测序与机器学习，实现无偏检测、深度分子表征和精确组织来源追踪，即使在外周血中肿瘤细胞极稀少且测序深度低的情况下也能工作 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 开发一种用于液体活检中播散性和循环肿瘤细胞检测与分析的稳健且多功能工具包，以提升癌症转移的理解 | 播散性肿瘤细胞和循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 300 | 2026-03-05 |
Tumor-infiltrating B cells produce tumor-specific antibodies and may contribute to suppressing tumor in head and neck squamous cell carcinoma
2025-Dec, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2025.2543019
PMID:40778950
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序等多组学技术，首次揭示了头颈部鳞状细胞癌中肿瘤浸润B细胞通过产生肿瘤特异性抗体并激活免疫细胞来抑制肿瘤的机制 | 首次在头颈部鳞状细胞癌中系统性地证明了肿瘤浸润B细胞能够产生肿瘤特异性抗体，并揭示了其通过激活巨噬细胞和NK细胞来增强抗肿瘤免疫的新机制 | 研究主要基于手术切除的肿瘤样本，缺乏对治疗过程中B细胞动态变化的纵向观察，且抗体功能验证主要在体外进行 | 阐明肿瘤浸润B细胞在头颈部鳞状细胞癌肿瘤免疫中的作用 | 头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序，B细胞受体谱分析，多重免疫荧光染色，空间转录组学分析，蛋白质微阵列 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据，蛋白质表达数据，免疫组化图像 | 68例头颈部鳞状细胞癌手术切除标本 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |