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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2026-04-21 |
Infusible Extracellular Matrix Biomaterial Enhances Cell-Specific Pro-Repair Responses Following Acute Myocardial Infarction
2025-Dec-18, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202503469
PMID:41414646
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研究论文 | 本研究开发了一种可血管内输注的脱细胞细胞外基质生物材料(iECM),并通过单细胞核RNA测序和空间转录组学技术,揭示了其在急性心肌梗死后促进多种细胞类型修复反应的分子机制 | 首次利用单细胞核RNA测序技术解析了iECM在心肌梗死修复过程中的细胞特异性作用机制,并发现了新的治疗通路 | 研究仅观察了输注后1、3、7天的急性期反应,缺乏长期效果评估 | 探究脱细胞细胞外基质生物材料在心肌梗死修复中的细胞与分子机制 | 心肌梗死模型中的心脏细胞类型(包括巨噬细胞、成纤维细胞、血管细胞等) | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞核RNA测序(snRNAseq)、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 急性时间点(输注后1、3、7天)的多细胞类型样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 262 | 2026-04-21 |
Alveolar Type II Cell-derived MMP1 high basal cells promote destructive microcysts in idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.08.693033
PMID:41573956
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研究论文 | 本研究探讨了特发性肺纤维化(IPF)中肺泡微囊肿的形成机制,重点关注肺泡II型细胞(AT2)衍生的MMP1高表达基底细胞的作用 | 使用HTII-280作为AT2衍生AT0和基底样细胞的短期谱系标记,结合类器官和空间转录组学(Xenium),揭示了IPF微囊肿中基底细胞扩增与MMP1表达的关联,并发现Frizzled 5 WNT激动剂抗体可逆转AT2衍生基底细胞的MMP1高表达状态 | 研究主要基于体外类器官和异种移植模型,可能无法完全模拟体内IPF的复杂微环境 | 探究IPF中肺泡微囊肿形成的细胞机制及潜在治疗靶点 | 特发性肺纤维化(IPF)患者的肺组织样本,包括肺泡II型细胞(AT2)、AT0细胞、基底样细胞和基底细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 空间转录组学,类器官培养,异种移植 | NA | 空间转录组数据,组织图像 | 未明确指定样本数量,但涉及IPF患者肺组织 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组学平台 |
| 263 | 2026-04-21 |
Single-cell and spatial detection of senescent cells using DeepScence
2025-Dec-10, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.101035
PMID:41061702
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研究论文 | 开发了一种基于深度神经网络的工具DeepScence,用于在单细胞和空间转录组数据中准确识别衰老细胞 | 提出了一个整合多个已发表基因集的衰老相关基因集CoreScence,并基于此构建了深度学习方法DeepScence,在多种数据类型的衰老细胞识别中显著优于现有方法 | NA | 开发一种能够准确识别衰老细胞的方法,以研究其空间和分子特征 | 衰老细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学 | 深度神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 264 | 2026-04-21 |
Anti-progestin therapy targets hallmarks of breast cancer risk
2025-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09684-7
PMID:41193807
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研究论文 | 本研究评估了使用醋酸乌利司他进行孕酮受体拮抗治疗12周,对24名绝经前女性乳腺癌风险替代标志物的影响 | 首次通过多组学分析和活细胞方法,揭示了醋酸乌利司他通过基质重塑和管腔祖细胞抑制来预防乳腺癌的机制,并发现了胶原VI与SOX9管腔祖细胞定位之间的空间关联 | 样本量较小(仅24名参与者),且为短期(12周)干预研究,长期效果和安全性尚需进一步验证 | 评估孕酮受体拮抗剂醋酸乌利司他是否能够降低绝经前女性的乳腺癌风险标志物 | 24名绝经前女性乳腺癌风险患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、组织学、原子力显微镜、MRI扫描 | NA | 图像、文本、视频 | 24名绝经前女性 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 265 | 2026-04-20 |
Distinct populations of lung capillary endothelial cells and their functional significance
2025-Dec-26, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09420-x
PMID:41449269
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学技术,揭示了肺毛细血管内皮细胞的五个新亚群及其在生理和病理中的功能意义 | 首次识别出五个具有不同分子特征和功能的肺毛细血管内皮细胞新亚群,包括表达Scn7a和Clic4离子转运蛋白的亚群、有丝分裂活跃的'根'细胞以及表达Lingo2的静脉-毛细血管内皮细胞 | 研究主要基于单细胞转录组学数据,可能未完全捕捉细胞的空间分布和动态相互作用,且缺氧模型可能无法完全模拟所有肺疾病的病理条件 | 探究肺毛细血管内皮细胞的异质性及其在正常生理和肺疾病病理生物学中的功能作用 | 肺毛细血管内皮细胞 | 数字病理学 | 肺疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 266 | 2026-04-19 |
A mouse organoid platform for modeling cerebral cortex development and cis-regulatory evolution in vitro
2025-Dec-15, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.08.001
PMID:40876454
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研究论文 | 本文开发了一种从小鼠外胚层干细胞生成大脑皮层类器官的可重复协议,用于模拟皮层发育和顺式调控进化 | 首次利用小鼠类器官平台结合单细胞RNA测序,全面绘制了发育中皮层细胞类型的顺式调控变异图谱,揭示了动态等位基因失衡 | 研究基于体外类器官模型,可能无法完全复制体内环境的复杂性 | 研究大脑皮层发育的基因调控网络和顺式调控进化机制 | 小鼠大脑皮层类器官,源自实验室小鼠和四种野生近交系杂交的F1代外胚层干细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 使用来自实验室小鼠(C57BL/6J)与四种野生近交系杂交的F1代外胚层干细胞生成的皮层类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 267 | 2026-04-18 |
Glycolysis maintains effector function of lung Th17 TRM cells in precision cut lung slices
2025-Dec-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.114051
PMID:41399496
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研究论文 | 本文研究了肺组织驻留记忆Th17细胞(TRM)的效应功能维持机制,发现糖酵解是其关键代谢途径 | 首次通过单细胞RNA测序和精确切割肺切片(PCLS)模型,揭示了糖酵解在维持肺CD4 Th17 TRM细胞效应功能中的持续性作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类肺组织TRM细胞的直接证据有限 | 探究肺CD4组织驻留记忆Th17细胞(TRM)长期维持效应功能的代谢机制 | 小鼠肺组织中的抗原特异性CD4 TRM细胞,特别是Th17亚型 | 免疫学 | 肺部感染 | 单细胞RNA测序,精确切割肺切片(PCLS)培养 | NA | RNA测序数据,细胞培养数据 | 在免疫后第30、90和184天进行连续单细胞RNA测序的小鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 268 | 2026-04-17 |
Histopathology and spatial transcriptomics jointly map myofiber-specific pathological programs in mTORC1-driven myopathy
2025-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.03.692123
PMID:41573854
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研究论文 | 本研究结合组织病理学和空间转录组学技术,在mTORC1过度激活的啮齿动物模型中,以单肌纤维分辨率揭示了肌纤维类型特异性的病理程序 | 首次将高分辨率Seq-Scope空间转录组学技术与组织病理学相结合,在单肌纤维水平上解析mTORC1驱动肌病的分子机制 | 研究基于啮齿动物模型,结果可能不完全适用于人类疾病;仅分析了两种特定肌肉(EDL和SOL),未涵盖所有肌肉类型 | 探究mTORC1过度激活如何通过不同代谢和结构途径破坏肌肉稳态,并将组织病理表型与分子状态直接关联 | mTORC1过度激活的啮齿动物模型中的骨骼肌组织,特别是趾长伸肌(EDL)和比目鱼肌(SOL) | 空间转录组学 | 肌病 | 空间转录组学,组织病理学分析 | NA | 空间转录组数据,组织病理图像 | 啮齿动物模型中的EDL和SOL肌肉组织样本 | NA | 空间转录组学 | Seq-Scope | 高分辨率Seq-Scope技术 |
| 269 | 2026-04-13 |
Mapping Plasmodium transitions and interactions in the Anopheles female
2025-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09653-0
PMID:41125888
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了疟原虫在按蚊中肠内的关键发育阶段转换和宿主-寄生虫相互作用 | 首次结合单细胞RNA测序和共聚焦显微镜技术,系统解析了疟原虫在按蚊中肠内的发育过程,并发现了PfSIP2转录因子在子孢子感染人肝细胞中的关键作用 | 研究主要基于实验室模型,尽管验证了野外来源的寄生虫,但实际自然环境中的复杂性可能未被完全覆盖 | 探究疟原虫在按蚊中肠内的发育机制和宿主-寄生虫相互作用,以寻找阻断传播的策略 | 恶性疟原虫和按蚊中肠细胞 | 单细胞组学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序,共聚焦显微镜 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 多个发育阶段和代谢条件下的寄生虫和蚊子细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 270 | 2026-04-12 |
Comparative analysis of human and mouse ovaries across age
2025-Dec-11, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx0659
PMID:41066539
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研究论文 | 本研究通过三维成像、单细胞转录组学和功能实验,比较了人类和小鼠卵巢在衰老过程中的差异 | 首次构建了跨物种卵巢衰老的比较图谱,揭示了物种特异性和年龄相关的转录与信号差异,并发现了卵巢交感神经在卵泡生成中的作用 | 研究可能未涵盖所有卵巢细胞类型或衰老阶段,且功能验证主要在小鼠中进行 | 比较人类和小鼠卵巢的生物学特征,特别是衰老过程中的变化 | 人类和小鼠的卵巢组织 | 单细胞生物学 | 生殖衰老 | 三维成像、单细胞转录组学、功能研究 | NA | 图像数据、转录组数据 | 未明确说明样本数量,但涉及人类和小鼠卵巢 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 271 | 2026-04-11 |
The cell-type-specific genetic architecture of chronic pain in brain and dorsal root ganglia
2025-Dec-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI197583
PMID:41055971
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研究论文 | 本研究通过整合慢性疼痛的GWAS数据与人类大脑、背根神经节的单细胞RNA-Seq数据,以及人类大脑和小鼠背角的单细胞染色质可及性数据,揭示了慢性疼痛在脑和外周神经系统中的细胞类型特异性遗传结构 | 首次系统性地整合了GWAS与单细胞多组学数据,识别了慢性疼痛相关遗传变异在特定神经元亚型(如谷氨酸能神经元和hPEP.TRPV1/A1.2神经元)中的富集,并揭示了中枢与外周神经系统中细胞类型特异性的遗传机制 | 研究主要基于关联分析,未进行功能验证实验;数据来源包括小鼠模型,可能不完全反映人类生物学;样本量在单细胞分析中可能有限 | 阐明慢性疼痛的细胞类型特异性遗传结构,为靶向转化研究提供基础 | 人类大脑、背根神经节(hDRG)、小鼠背角组织 | 生物信息学 | 慢性疼痛 | GWAS, 单细胞RNA-Seq, 单细胞染色质可及性分析 | NA | 基因组关联数据, 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 272 | 2026-04-10 |
Standardized metrics for assessment and reproducibility of imaging-based spatial transcriptomics datasets
2025-Dec-03, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02811-9
PMID:41339526
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研究论文 | 生成名为Spatial Touchstone (ST)的标准化数据集,包括来自多个全球地点的六种组织类型,在Xenium和CosMx平台上进行分析,并评估其可重复性和性能指标。 | 首次提出标准化操作流程(STSOPs)和开源软件SpatialQM,以及一个包含254个空间图谱的公共数据存储库,用于评估和比较成像类空间转录组学数据。 | 研究仅评估了Xenium和CosMx两个平台,可能未覆盖所有成像空间转录组学技术;样本来源和数量(254个空间谱)可能限制通用性 | 评估成像空间转录组学技术的标准化指标,提高数据可重复性和跨平台比较能力 | 六种组织类型的空间转录组学数据,使用Xenium和CosMx平台进行分析 | 空间转录组学 | NA | 成像空间转录组学,原位杂交技术 | NA | 空间转录组学数据,图像数据 | 254个空间谱,涵盖六种组织类型 | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学,单细胞分析 | Xenium, CosMx | Xenium和CosMx平台用于成像空间转录组学分析,具有不同的化学方法 |
| 273 | 2026-04-09 |
Selective Activation of Na V 1.3 Restores Lymphatic Contractility in Age and Injury
2025-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.15.694435
PMID:41446152
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研究论文 | 本文研究了NaV 1.3通道在成年淋巴肌肉中的选择性表达及其在恢复老龄和辐射损伤中淋巴收缩功能的作用 | 首次发现NaV 1.3在成年淋巴肌肉中特异性表达,并证明其选择性激活可恢复老龄和损伤后的淋巴泵功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据有限,且Tf2在辐射损伤中的恢复效果仅为部分 | 探索NaV 1.3在淋巴肌肉生理中的作用,并测试其激活是否可改善老龄和辐射损伤中的淋巴泵功能 | 小鼠和人类淋巴管、淋巴肌肉细胞 | 生物医学研究 | 淋巴功能障碍 | 单细胞RNA测序、免疫染色、体内荧光淋巴造影、生物发光测定 | NA | 基因表达数据、图像数据、生理测量数据 | 年轻、老龄和辐射损伤小鼠,以及人类淋巴管样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 274 | 2026-04-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies Accumulation of Fcgr2b + Virtual Memory-Like CD8 T Cells With Cytotoxic and Inflammatory Potential in Aged Mouse White Adipose Tissue
2025-Dec, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70278
PMID:41116748
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序,揭示了老年小鼠白色脂肪组织中Fcgr2b+虚拟记忆样CD8 T细胞的积累及其细胞毒性和炎症潜力 | 首次在老年小鼠白色脂肪组织中鉴定出Fcgr2b+CD49d-虚拟记忆样CD8 T细胞,并证明其具有细胞毒性和促炎功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性尚需验证;样本量相对有限 | 比较生理衰老与高脂饮食诱导肥胖对白色脂肪组织免疫细胞组成的影响,以识别不同的调控靶点 | 年轻和老年小鼠的性腺白色脂肪组织基质血管组分中的免疫细胞 | 单细胞组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,功能分析 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 来自年轻正常饮食、年轻高脂饮食和老年正常饮食小鼠的性腺白色脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 275 | 2026-04-04 |
Hybrid identity and distinct methylation profiles of incomplete intestinal metaplasia in the stomach
2025-Dec-05, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-335793
PMID:40691053
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学、DNA甲基化分析和单细胞RNA测序,揭示了胃不完全肠化生的分子特征及其与胃癌的关联 | 首次使用空间转录组学结合定制谱系富集面板,揭示了不完全肠化生的混合谱系特征及其与胃癌的分子相似性 | 样本量有限,且主要基于组织样本和类器官模型,需要进一步在更大队列中验证 | 阐明不完全肠化生的分子身份、分化潜能和致癌相关性 | 胃肠化生组织和胃癌组织 | 空间转录组学 | 胃癌 | 空间转录组学, DNA甲基化分析, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 甲基化数据, 染色质可及性数据 | 未明确指定样本数量,但包括GIM和GC组织样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 定制谱系富集面板用于空间转录组学分析 |
| 276 | 2026-04-04 |
NOTCH3 drives fatty acid oxidation and ferroptosis resistance in aggressive meningiomas
2025-Dec, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-025-05208-5
PMID:40924320
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研究论文 | 本研究揭示了NOTCH3在侵袭性脑膜瘤中通过驱动脂肪酸氧化和铁死亡抵抗来促进肿瘤恶性行为的机制 | 首次在脑膜瘤中探索了NOTCH3激活的代谢表型,并建立了NOTCH3信号传导、脂质代谢重编程和铁死亡逃逸之间的联系 | 研究主要基于细胞系模型,需要进一步在体内模型和临床样本中验证 | 探究NOTCH3在侵袭性脑膜瘤中的代谢作用及其与铁死亡抵抗的关系 | 人类脑膜瘤细胞系(包括CH157-MN细胞模型)和患者来源的原代脑膜瘤细胞系 | 单细胞组学 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序,非靶向代谢组学,脂质组学,bulk RNA测序,功能性代谢测定 | NA | 单细胞RNA测序数据,代谢组学数据,脂质组学数据,bulk RNA测序数据 | 未明确指定样本数量,但涉及NOTCH3+人类脑膜瘤细胞系和患者来源的原代脑膜瘤细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 277 | 2026-04-01 |
Lactylated histone H4K8 regulation of MFN2/Wnt signaling integrates glycolytic metabolism and Müller cell activation in the pathogenesis of glaucoma
2025-12, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.107178
PMID:41197676
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白H4K8乳酸化通过调控MFN2/Wnt信号通路,整合糖酵解代谢与Müller细胞活化,在青光眼发病机制中的作用 | 首次发现乳酸化组蛋白H4K8在青光眼视网膜中特异性富集于MFN2启动子区,并揭示了一个连接线粒体动力学与Wnt/β-catenin信号通路的乳酸响应性表观遗传回路 | 研究主要基于动物模型和体外实验,尚未在人类患者中进行验证;MFN2作为治疗靶点的具体干预策略和安全性有待进一步探索 | 探究青光眼发病过程中代谢压力、表观遗传调控与神经胶质-神经元相互作用的分子机制 | 青光眼视网膜组织、Müller胶质细胞、视网膜神经节细胞、光感受器细胞 | 表观遗传学与代谢神经科学 | 青光眼 | CUT&Tag全基因组分析、单细胞RNA测序、体内实验 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 278 | 2026-03-30 |
Microbiota shape the colon epithelium controlling inter-crypt absorptive goblet cells via butyrate-GP R109A signalling
2025-Dec-31, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2573045
PMID:41208257
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学等方法,揭示了肠道微生物通过丁酸-GPR109A信号通路调控结肠上皮中具有吸收和分泌特征的非常规杯状细胞,从而影响结肠上皮细胞组成和功能 | 首次发现微生物通过丁酸及其受体GPR109A调控结肠隐窝间吸收性杯状细胞,揭示了微生物驱动上皮可塑性的新机制 | NA | 探究微生物来源信号如何影响结肠上皮细胞身份和功能 | 结肠上皮细胞,特别是非常规隐窝间杯状细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学,抗生素介导的微生物耗竭,无菌小鼠,小鼠定植实验 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 279 | 2026-03-28 |
Protocol for decoding immune predictors of response to immunotherapy through pan-cancer multiomics analysis
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104183
PMID:41187056
|
研究论文 | 本文提出了一种通过单细胞RNA测序、单细胞免疫分析和质谱流式细胞术分析多种癌症中T细胞动态的方案 | 整合了单细胞多组学技术和基因调控网络分析,以识别与免疫检查点阻断反应相关的T细胞亚群和预测性生物标志物 | NA | 解码免疫治疗响应的免疫预测因子 | 多种癌症中的T细胞 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞免疫分析, 质谱流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 免疫分析数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 280 | 2026-03-28 |
Protocol for preparation of mouse synovium for flow cytometry and RNA-seq
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104207
PMID:41236928
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研究论文 | 本文介绍了一种从小鼠滑膜制备单细胞悬浮液用于流式细胞术和RNA-seq分析的实验方案 | 该方案整合了关节炎诱导、细胞收获和单细胞悬浮液制备,支持稳态或炎症状态下的分析,并可选血管内标记 | NA | 开发一种标准化的小鼠滑膜单细胞悬浮液制备方法,以模拟类风湿关节炎和骨关节炎中的无菌炎症 | 小鼠滑膜组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA-seq | NA | 单细胞悬浮液 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |