本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2026-07-10 |
Structural and functional characteristics of local immune memory formation in SARS-CoV-2-infected cynomolgus macaques
2025-Dec, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2025.110589
PMID:40882689
|
研究论文 | 使用单细胞RNA测序、空间转录组学和免疫检测技术,研究SARS-CoV-2奥密克戎感染的非人灵长类动物模型中局部免疫记忆的形成机制 | 首次在非人灵长类动物模型中揭示iBALT形成功能性三级淋巴结构及其在SARS-CoV-2感染后局部免疫记忆中的作用 | 样本量有限,且仅针对奥密克戎变种,未涵盖其他SARS-CoV-2变种 | 探究SARS-CoV-2感染后肺部局部免疫记忆的结构和功能特征 | SARS-CoV-2奥密克戎感染的食蟹猴 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫检测 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据,免疫检测数据 | 非人灵长类动物(食蟹猴)样本,具体数量未提供 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium,10x Visium | 10x Chromium 单细胞RNA测序,10x Visium 空间转录组学 |
| 182 | 2026-07-10 |
Exploring the toxicological impact of 6PPDQ exposure on psoriasis through network toxicology, machine learning, and multidimensional bioinformatics analysis
2025-Dec-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
DOI:10.1016/j.envpol.2025.127291
PMID:41120051
|
研究论文 | 通过网络毒理学、机器学习和多维生物信息学分析,探究轮胎抗氧化剂衍生物6PPDQ暴露对银屑病的毒性影响 | 首次结合网络毒理学框架、机器学习(LASSO和SVM-RFE)及单细胞RNA测序数据,系统揭示6PPDQ通过核心基因(如NR3C1)调控免疫炎症通路(如IL-23/Th17轴)加重银屑病的机制,并建立了不良结局通路模型 | 研究基于计算预测和公开数据集,缺乏体内外实验验证;分子对接和动力学模拟未考虑代谢物或实际环境暴露浓度的影响 | 探索环境污染物6PPDQ暴露与银屑病发病之间的潜在关联及分子机制 | 6PPDQ与银屑病重叠的290个靶点基因,以及通过机器学习筛选的四个核心基因(CD3D、IRF7、NR3C1、HDAC1) | 机器学习和生物信息学 | 银屑病 | 网络毒理学、机器学习(LASSO和SVM-RFE)、基因本体论和KEGG通路分析、免疫浸润分析、单细胞RNA-seq、分子对接、分子动力学模拟 | LASSO回归和SVM-RFE模型 | 基因表达数据和单细胞RNA-seq数据 | 使用公开数据集GSE13355(银屑病转录组样本),具体样本量未在标题和摘要中明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 183 | 2026-07-04 |
Identification of sepsis pyroptosis-related genes based on single-cell sequencing technology and experimental verification
2025-12-05, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-025-00785-6
PMID:41350624
|
研究论文 | 基于单细胞测序技术鉴定脓毒症焦亡相关基因并进行实验验证 | 结合单细胞测序技术与多种机器学习方法(随机森林、SVM、Lasso回归)联合识别核心基因,并通过孟德尔随机化分析探讨基因表达与疾病风险的因果关系 | 未提及研究的具体局限性 | 筛选脓毒症的新型生物标志物 | 脓毒症患者和健康志愿者的外周血样本 | 机器学习 | 脓毒症 | RNA-seq, 单细胞测序 | 随机森林, SVM, Lasso回归 | 基因表达数据 | 23名脓毒症患者和10名健康志愿者 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 184 | 2026-07-03 |
Beyond FoxP3-Identification of a Chicken Regulatory T Cell Signature
2025-12, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.70106
PMID:41416935
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序分析鸡脾细胞中的CD4+亚群,定义了一种新的鸡调节性T细胞标志组合 | 首次描述了鸡特异性CTLA-4抗体,该抗体仅能在细胞内区室中染色CTLA-4,与哺乳动物中的定位方式不同 | CTLA-4的细胞内表达限制了其在功能实验中的可用性 | 定义可靠标志物以鉴定和表征鸡调节性T细胞 | 鸡脾细胞中的CD4+ T细胞亚群 | 机器学习 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 未明确提及样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 185 | 2026-07-01 |
A Large-Scale Single-Cell Atlas Reveals the Peripheral Immune Panorama of Bacterial Pneumonia
2025-12, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202501-0217OC
PMID:40758632
|
research paper | 通过大规模单细胞转录组图谱揭示了细菌性肺炎的外周免疫全景 | 首次构建了涵盖不同严重程度细菌性肺炎患者外周血免疫细胞的单细胞转录组图谱,并系统揭示了疾病严重程度相关的免疫细胞重塑机制,如经典单核细胞对细胞因子风暴的调控、CD8 T细胞衰竭及体液免疫的作用 | 未提及具体局限性 | 解析细菌性肺炎发病和免疫应答机制中驱动疾病严重程度的关键细胞和分子因素,为免疫调节治疗提供潜在靶点 | 100名个体的外周血免疫细胞,包括39名重症、31名轻度和30名健康对照 | single-cell genomics | bacterial pneumonia | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 100份外周血样本(39名重症、31名轻症、30名健康对照) | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 186 | 2026-06-30 |
Multi-omics characterization of autophagy-related molecular features in intrahepatic cholestasis of pregnancy†
2025-12-16, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf184
PMID:40796229
|
研究论文 | 通过多组学方法系统表征妊娠期肝内胆汁淤积症中与自噬相关的分子特征 | 首次结合非靶向脂质组学、单细胞RNA测序和RNA测序数据,系统揭示自噬在ICP胎盘中的脂质改变、细胞和基因表达,并发现自噬基因TNFSF10可作为潜在治疗靶点 | NA | 阐明自噬在妊娠期肝内胆汁淤积症发病机制中的作用 | 妊娠期肝内胆汁淤积症患者的胎盘组织、细胞及动物模型 | 机器学习 | 妊娠期肝内胆汁淤积症 | 非靶向脂质组学、单细胞RNA测序、RNA测序 | NA | 测序数据、脂质组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 187 | 2026-06-29 |
Integrated single-cell and machine learning analysis identifies PMAIP1 as a novel biomarker for predicting prognosis and immunotherapy response in colorectal cancer
2025-Dec-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-32933-8
PMID:41436831
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序与机器学习分析,鉴定PMAIP1作为结直肠癌预后和免疫治疗反应的新型生物标志物 | 首次揭示凋亡相关基因PMAIP1作为连接细胞凋亡与免疫微环境重塑的关键调控节点,并发现其具有招募免疫细胞与上调免疫检查点分子的双重矛盾功能 | 未提及具体局限性 | 利用多维计算生物学方法识别结直肠癌中调控凋亡与免疫互作的核心基因,并探索其作为预后标志物和潜在治疗靶点的临床价值 | 结直肠癌原发性肿瘤和肝转移组织 | 机器学习, 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 实时定量PCR(RT-qPCR) | LASSO, 随机森林, XGBoost | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据 | 来自TCGA数据库的批量转录组数据和临床样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 188 | 2026-06-26 |
Immunological dynamics in orthotopic compared with subcutaneous murine models of HPV-positive oropharyngeal cancer
2025-12-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.052311
PMID:40899264
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术,比较HPV阳性口咽鳞癌原位与皮下小鼠模型的免疫动态,揭示不同模型反映人类肿瘤免疫阶段的准确性 | 首次系统比较了HPV阳性口咽鳞癌皮下与原位小鼠模型在免疫特征和药物反应方面的差异,发现皮下模型更准确反映早期免疫原性阶段,原位模型更匹配晚期免疫排斥阶段 | 未提及具体局限性 | 评估HPV阳性口咽鳞癌小鼠模型在免疫治疗临床前研究中的可靠性 | HPV阳性口咽鳞癌的皮下和原位(舌根)小鼠模型 | 单细胞生物学 | HPV阳性口咽鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒 |
| 189 | 2026-06-20 |
Molecular glue degrader function of SPOP inhibitors enhances STING-dependent immunotherapy efficacy in melanoma models
2025-12-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI191772
PMID:41148213
|
研究论文 | 揭示SPOP抑制剂通过分子胶降解STING和CBX4增强黑色素瘤免疫治疗疗效的机制 | 首次发现SPOP抑制剂具有分子胶降解剂功能,可重定向SPOP降解新底物CBX4,激活STING依赖的先天免疫 | 研究主要基于小鼠模型,需在人类样本中验证SPOP抑制剂的临床转化潜力 | 探索SPOP E3连接酶在肿瘤免疫中的角色及其抑制剂作为免疫治疗增敏剂的潜力 | 黑色素瘤细胞系、B16小鼠肿瘤模型、CAR.CD19-T细胞治疗模型 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | B16肿瘤模型小鼠(具体数量未明确) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 平台用于单细胞RNA-seq分析 |
| 190 | 2026-06-20 |
Integrated bulk and single-cell RNA sequencing identifies oxidative stress signatures of radiation-induced lung injury in mice through machine learning
2025-12, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2025.106863
PMID:40967560
|
研究论文 | 整合批量RNA测序和单细胞RNA测序,通过机器学习识别小鼠放射性肺损伤的氧化应激标志 | 首次结合批量与单细胞RNA测序及多种机器学习算法(随机森林、支持向量机),系统筛选出放射性肺损伤中与氧化应激相关的五个关键基因(Stk4、Aaas、Ets1、Sesn2、Kit),并构建了高准确率的诊断模型 | 研究基于小鼠模型,结果需进一步在人类样本中验证;未探讨五个关键基因在临床样本中的表达及功能 | 系统分析放射性肺损伤中与氧化应激相关的分子特征,筛选可用于早期诊断和靶向干预的生物标志物及分子机制 | 放射性肺损伤小鼠模型 | 机器学习 | 放射性肺损伤 | RNA测序、单细胞RNA测序、RT-PCR、免疫组化 | 随机森林、支持向量机、LASSO回归 | 基因表达数据 | 未明确样本数量,涉及小鼠批量与单细胞样本 | 未提供 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | 未提供 | 未提供 |
| 191 | 2026-06-20 |
Irf4 participates in benzene-induced hematopoietic senescence through mitochondrial ROS-dependent BCAA catabolism
2025-12, Toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.tox.2025.154271
PMID:40885242
|
研究论文 | 该研究揭示了Irf4通过线粒体ROS依赖的支链氨基酸分解代谢参与苯诱导的造血衰老 | 首次从代谢和衰老角度揭示环境剂量苯通过Irf4介导的支链氨基酸代谢异常导致造血干细胞损伤的分子机制 | NA | 探究苯暴露是否通过诱导细胞衰老造成造血损伤,以及其分子机制 | 雄性C57BL/6J小鼠和FDC-P1小鼠造血祖细胞系 | NA | 造血损伤、苯中毒 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 小鼠暴露于0、10、50 ppm苯蒸气12周;细胞暴露于0、5、10 μM 1,4-BQ 24小时 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 192 | 2025-12-23 |
Correction to "Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal a Novel Mechanism of Oligodendrocyte-Neuron Interaction in Cognitive Decline After High-Altitude Cerebral Edema"
2025-Dec, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1002/cns.70723
PMID:41424021
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 193 | 2026-06-19 |
Mitochondrial complex II orchestrates divergent effects in CD4+ and CD8+ T cells
2025-12-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI194134
PMID:41392980
|
研究论文 | 探究线粒体复合体II在CD4+和CD8+ T细胞中发挥的差异性调控作用 | 首次揭示线粒体复合体II在CD4+和CD8+ T细胞中产生截然相反的效果,为代谢调控T细胞功能提供了新见解 | 未提及 | 阐明线粒体复合体II在T细胞亚群中的特异性作用及其机制 | T细胞特异性SDHA缺陷小鼠的CD4+和CD8+ T细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 194 | 2026-06-19 |
Lipid-laden macrophages in atherosclerosis and cancer
2025-12, Seminars in cancer biology
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.semcancer.2025.09.007
PMID:41005549
|
综述 | 综述了脂质负载巨噬细胞在动脉粥样硬化和癌症中的双重作用,强调其在生理和病理条件下的共有和相异功能 | 比较了动脉粥样硬化和癌症中脂质负载巨噬细胞的分子机制和基因表达谱,并评估了脂质调节策略在癌症治疗中的潜力 | NA | 探讨脂质负载巨噬细胞在动脉粥样硬化和癌症中的功能与潜在治疗策略 | 脂质负载巨噬细胞 | 机器学习 | 动脉粥样硬化, 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 195 | 2026-06-18 |
Untangling the fusion of spatial omics and mechanobiology
2025-12-12, Progress in biomedical engineering (Bristol, England)
DOI:10.1088/2516-1091/ae16f2
PMID:41130259
|
研究论文 | 本文探讨了空间力学转录组学这一整合平台的出现,它结合了空间转录组学和机械生物学数据,用于预测疾病状态 | 首次提出空间力学转录组学这一整合方法,将空间转录组学与细胞力学特性相结合,在诊断时间窗口内从相同细胞中获取两种数据 | 未提及具体实验验证或定量评估该方法的性能 | 探索空间组学与机械生物学融合的潜力,以推动精准诊断和新型治疗发展 | 细胞(关注其转录谱和机械特性) | 数字病理学 | 肌肉萎缩症、癌症、青光眼 | 空间转录组学、机械生物学 | NA | 空间转录组数据、细胞力学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 196 | 2026-06-18 |
Stem cell-based approach to identify regulatory TFs during mammalian cell differentiation
2025-12-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102716
PMID:41270744
|
研究论文 | 结合多能干细胞分化、单细胞转录组学和CRISPR基因功能缺失筛选,识别哺乳动物细胞分化过程中关键转录因子的方法 | 首次将CRISPR全基因组筛选与单细胞转录组学结合,应用于脊髓运动神经元分化,发现了116个新转录因子及非差异表达基因的关键调控作用 | 小鼠与人源筛选存在交叉物种验证差异,部分靶点的功能保守性需进一步确认 | 系统识别哺乳动物细胞分化中的调控性转录因子 | 小鼠和人类脊髓运动神经元分化过程中的转录因子 | 机器学习 | NA | CRISPR基因功能缺失筛选、单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠运动神经元分化模型、人类干细胞分化模型(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 197 | 2026-06-18 |
Endothelial protective effects of ferulic acid in preeclampsia treatment
2025-12-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00495.2025
PMID:41165539
|
研究论文 | 本研究探讨阿魏酸通过STAT3/VEGF信号轴改善先兆子痫小鼠内皮功能及减轻炎症的治疗效果 | 首次揭示阿魏酸通过抑制STAT3磷酸化增强内皮屏障功能、稳定血管完整性及改善胎儿发育结局的分子机制 | 未提供明确的局限性描述 | 评估阿魏酸在先兆子痫治疗中对内皮功能障碍的改善作用及分子机制 | 先兆子痫小鼠模型(N-硝基-L-精氨酸甲酯诱导) | 数字病理学 | 先兆子痫 | 单细胞RNA测序、分子检测 | NA | 基因表达数据 | 先兆子痫小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 198 | 2026-06-15 |
Decoding anoikis-related genes in lung adenocarcinoma brainmetastasis via single-cell RNA sequencing: CD44-mediated functions
2025-Dec-26, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-15485-y
PMID:41454310
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术解码肺腺癌脑转移中失巢凋亡相关基因(特别是CD44)的功能 | 首次利用单细胞RNA测序数据系统分析失巢凋亡相关基因在肺腺癌脑转移中的作用机制,并构建基于CD44等基因的预后模型 | 未明确说明 | 探究失巢凋亡相关基因在肺腺癌脑转移进展中的作用及预后意义 | 肺腺癌患者原发肿瘤组织及脑转移组织样本 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据、批量RNA测序数据、生存数据 | 6例肺癌样本和6例脑转移样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 199 | 2026-06-11 |
[Research Advances on the Immune Evasion Mechanisms of Disseminated Tumor Cells and Their Roles in Cancer Metastasis]
2025-Dec-20, Zhongguo fei ai za zhi = Chinese journal of lung cancer
|
综述 | 系统性回顾了播散肿瘤细胞免疫逃逸机制的最新进展,重点关注抗原呈递缺陷、免疫抑制微环境形成和代谢重编程介导的免疫抑制三大方面 | 创新性地结合中医‘伏毒因虚’与‘转移态’理论,从整体角度阐释机体正气状态与播散肿瘤细胞休眠-苏醒开关的动态致病关系 | NA | 阐明播散肿瘤细胞免疫逃逸机制,为开发抗转移策略提供理论基础 | 播散肿瘤细胞及其免疫逃逸机制 | NA | 癌症 | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 200 | 2026-06-06 |
Revealing the Best Strategies for Rare Cell Type Detection in Multi-Sample Single-Cell Datasets
2025-Dec-29, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17010031
PMID:41595450
|
研究论文 | 系统评估多样本单细胞数据中稀有细胞类型检测的最佳分析策略 | 首次在多样本场景下系统比较不同检测策略(单样本、合并样本、批次校正合并样本)和多种工具的性能,并基于批次校正的合并检测策略取得最优效果 | 研究仅提供策略层面的比较,未深入探讨各方法在不同技术平台或更大规模数据集上的适用性 | 评估多样本单细胞RNA测序数据中稀有细胞检测方法的性能,确定最有效的分析策略 | 五款稀有细胞检测工具(CellSIUS、GapClust、GiniClust、scCAD、SCISSORS)以及基于scGPT和Isolation Forest的稀有细胞检测方法 | 自然语言处理、机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Isolation Forest, scGPT | 基因表达数据 | 多个公开可用的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |