单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1157 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-03-29 |
Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models
2025-12-31, Biostatistics (Oxford, England)
DOI:10.1093/biostatistics/kxaf024
PMID:40795862
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研究论文 | 本文提出了一种名为scGBM的新方法，用于单细胞RNA测序数据的模型降维，通过泊松双线性模型改进标准降维方法 | 开发了scGBM方法，使用泊松双线性模型直接建模计数数据，引入快速估计算法以扩展到百万级细胞数据集，并量化细胞潜在位置的不确定性 | 未明确提及具体局限性，但可能涉及模型假设或计算效率的进一步验证 | 解决单细胞RNA测序数据降维中的问题，如虚假异质性和生物变异性掩盖 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 泊松双线性模型 | 计数矩阵 | 数百万细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-03-28 |
Protocol for decoding immune predictors of response to immunotherapy through pan-cancer multiomics analysis
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104183
PMID:41187056
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研究论文 | 本文提出了一种通过单细胞RNA测序、单细胞免疫分析和质谱流式细胞术分析多种癌症中T细胞动态的方案 | 整合了单细胞多组学技术和基因调控网络分析，以识别与免疫检查点阻断反应相关的T细胞亚群和预测性生物标志物 | NA | 解码免疫治疗响应的免疫预测因子 | 多种癌症中的T细胞 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞免疫分析, 质谱流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 免疫分析数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 3 | 2026-03-28 |
Protocol for preparation of mouse synovium for flow cytometry and RNA-seq
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104207
PMID:41236928
|
研究论文 | 本文介绍了一种从小鼠滑膜制备单细胞悬浮液用于流式细胞术和RNA-seq分析的实验方案 | 该方案整合了关节炎诱导、细胞收获和单细胞悬浮液制备，支持稳态或炎症状态下的分析，并可选血管内标记 | NA | 开发一种标准化的小鼠滑膜单细胞悬浮液制备方法，以模拟类风湿关节炎和骨关节炎中的无菌炎症 | 小鼠滑膜组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA-seq | NA | 单细胞悬浮液 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-03-28 |
Protocol to analyze changes in hippocampal neural stem cell quiescence from single-cell RNA sequencing data
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104226
PMID:41289073
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研究论文 | 本文介绍了一种通过计算分析单细胞RNA测序数据来分离小鼠海马神经干细胞并评估扰动对静息深度影响的协议 | 提出了一种计算协议，通过顺序重聚类、伪时间轨迹分析和统计检验来区分静息神经干细胞与星形胶质细胞，以及增殖神经干细胞与祖细胞，解决了现有挑战 | 协议依赖于单细胞RNA测序数据，可能受数据质量和测序深度限制，且仅针对小鼠海马神经干细胞，未验证于其他组织或物种 | 开发一种计算协议来分析小鼠海马神经干细胞静息状态的变化 | 小鼠海马神经干细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2026-03-28 |
Transformer and graph variational autoencoder to identify microenvironments: A deep learning protocol for spatial transcriptomics
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104206
PMID:41313684
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研究论文 | 本文提出了一个结合Transformer和图变分自编码器的计算框架TG-ME，用于通过空间转录组学和形态学图像识别微环境 | 创新性地整合了Transformer和图变分自编码器，以深度学习方式解析空间生态位，适用于健康、肿瘤和感染组织 | NA | 开发一个计算框架来识别和分析组织中的微环境 | 空间转录组学和形态学图像数据 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | Transformer, 图变分自编码器 | 空间转录组数据, 形态学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6 | 2026-03-28 |
Protocol for quantifying hepatitis B virus transcript abundance and genomic segment distribution from single-cell RNA-seq
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104230
PMID:41313688
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研究论文 | 本文介绍了一种从HBV感染的肝脏组织中测序单细胞的协议，用于量化每个细胞的HBV转录本丰度和基因组片段分布 | 开发了一种单细胞RNA测序协议，能够同时定量HBV转录本丰度并绘制全基因组读取分布图，为病毒表达模式和HBV-宿主相互作用提供单细胞分辨率分析 | NA | 建立一种协议以详细分析HBV感染的肝脏组织中病毒表达模式和HBV-宿主相互作用 | HBV感染的肝脏组织 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-03-28 |
Protocol to track single-cell-derived clones using DNA barcoding combined with single-cell RNA sequencing
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104229
PMID:41317321
|
研究论文 | 本文介绍了一种结合DNA条形码与单细胞RNA测序技术来追踪单细胞来源克隆的实验方案 | 通过构建和验证慢病毒DNA条形码文库，结合单细胞RNA测序，实现了对克隆生长活动与转录组谱的关联分析，为永久性细胞标记和克隆动态追踪提供了新方法 | NA | 开发一种追踪单细胞来源克隆的实验方案，以研究克隆适应性和可塑性在肿瘤异质性中的作用 | 单细胞来源的克隆 | 数字病理学 | 肿瘤 | DNA条形码技术，单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2026-03-28 |
Protocol to investigate fibroblastic reticular cell-immune cell interaction in human lung cancer
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104256
PMID:41364557
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研究论文 | 本文介绍了一种用于研究人类肺癌中成纤维网状细胞与免疫细胞相互作用的详细实验方案 | 开发了从肿瘤组织中富集稀有成纤维网状细胞进行单细胞RNA测序的步骤，并提供了分析细胞间通讯的计算框架 | NA | 研究肺癌中成纤维网状细胞与免疫细胞的相互作用机制 | 人类肺癌组织中的成纤维网状细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学，高分辨率显微镜 | NA | 单细胞RNA测序数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2026-03-28 |
Protocol for reconstructing spatially aware receptor-TF-target signaling cascades using spatial transcriptomics
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104237
PMID:41385380
|
研究论文 | 本文介绍了一种使用SpaGRN框架从空间转录组学数据重建空间感知的受体-转录因子-靶标调控级联的协议 | 该协议整合了细胞外信号和空间依赖性，克服了传统方法忽略空间约束的局限 | NA | 旨在系统性地绘制复杂组织（如发育胚胎和肿瘤）中的信号通路 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | 统计框架（SpaGRN） | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10 | 2026-03-28 |
Endothelial LRRC8A mitigates pressure overload-induced cardiac hypertrophy by promoting coronary angiogenesis
2025-Dec-07, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-10021-9
PMID:41353685
|
研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞LRRC8A通过促进冠状动脉血管生成来减轻压力超负荷诱导的心脏肥大的作用和机制 | 首次发现内皮LRRC8A在压力超负荷诱导的病理性心脏肥大中的关键作用，并阐明其通过调控VEGF-VEGFR2轴和VEGFR2内吞作用促进冠状动脉血管生成的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型，临床转化潜力需进一步验证；基因治疗的长效性和安全性尚未评估 | 探究内皮LRRC8A在压力超负荷诱导的病理性心脏肥大中的作用和分子机制 | 心脏肥大患者和小鼠的心脏组织、心脏内皮细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、基因敲除、AAV9基因治疗 | NA | 基因表达数据、组织学图像、细胞功能数据 | 患者和小鼠心脏组织样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2026-03-28 |
Quantum annealing for enhanced feature selection in single-cell RNA sequencing data analysis
2025-Dec, Quantum machine intelligence
IF:4.1Q2
DOI:10.1007/s42484-025-00312-1
PMID:41884061
|
研究论文 | 本研究将量子退火赋能的二次无约束二进制优化（QUBO）方法应用于单细胞RNA测序数据的特征选择，以识别与细胞分化及抗癌药物耐药性相关的关键基因 | 首次将量子退火赋能的QUBO方法应用于scRNA-seq数据的特征选择，能够揭示传统方法可能遗漏的复杂基因表达模式 | 未明确说明量子退火硬件平台的具体配置及与传统方法的量化比较结果 | 开发增强单细胞RNA测序数据特征选择的新方法 | 人类细胞分化系统和抗癌药物耐药性研究中的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 量子退火赋能的QUBO模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-03-25 |
CellPhoneDB v5: inferring cell-cell communication from single-cell multiomics data
2025-12, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01137-1
PMID:40133495
|
研究论文 | 本文介绍了CellPhoneDB v5，一个用于从单细胞多组学数据推断细胞间通信的生物信息学工具包 | 扩展了配体-受体相互作用库，新增约1000个非肽类配体介导的相互作用；引入了新的数据库查询方式，允许用户根据实验设计定制查询；整合了新的策略，利用空间转录组学或单细胞ATAC-seq数据优先考虑特定细胞间相互作用；新增了CellPhoneDBViz模块用于交互式可视化和结果共享 | 需要基本的Python知识，且协议执行时间约为15分钟，可能对非专业用户有一定门槛 | 开发并优化一个生物信息学工具包，以从单细胞多组学数据中推断细胞间通信 | 单细胞多组学数据，包括配体-受体相互作用、空间转录组学和单细胞ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞多组学分析、空间转录组学、单细胞ATAC-seq | NA | 单细胞多组学数据、空间转录组学数据、单细胞ATAC-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 13 | 2026-03-25 |
Epidermal Loss of PRMT5 Leads to the Emergence of an Atypical Basal Keratinocyte-Like Cell Population and Defective Epidermal Stratification
2025-Dec, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.04.008
PMID:40339790
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研究论文 | 本研究通过条件性敲除小鼠模型，探讨了PRMT5在表皮发育中的作用，揭示了其通过抑制Cdkn1a防止基底角质形成细胞衰老的机制 | 首次在体内模型中证明PRMT5通过表观遗传调控防止基底角质形成细胞衰老，并鉴定出一类非典型的基底角质形成细胞样细胞群 | 研究主要基于小鼠模型，人类皮肤疾病中的直接应用仍需进一步验证 | 探究PRMT5在表皮发育和分层过程中的功能及其在先天性皮肤疾病中的作用 | 条件性敲除Prmt5的小鼠表皮细胞 | 表观遗传学 | 先天性皮肤疾病 | 单细胞RNA测序，ATAC-seq | 条件性敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据，染色质可及性数据 | 条件性敲除小鼠表皮组织 | NA | 单细胞RNA-seq，ATAC-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-03-25 |
Microplastic exposure elicits sex-specific atherosclerosis development in lean low-density lipoprotein receptor-deficient mice
2025-Dec, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2025.109938
PMID:41275764
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研究论文 | 本研究探讨了环境相关剂量微塑料暴露对低密度脂蛋白受体缺陷小鼠动脉粥样硬化发展的性别特异性影响 | 揭示了微塑料暴露在瘦小鼠中诱导性别特异性动脉粥样硬化发展的新现象，并通过单细胞RNA测序提供了机制性见解 | 研究仅使用小鼠模型，且暴露剂量和持续时间可能无法完全模拟人类长期低剂量暴露情况 | 评估微塑料暴露对心血管系统的影响，特别是动脉粥样硬化的发展 | 低密度脂蛋白受体缺陷小鼠（雄性和雌性）以及原代内皮细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 动物模型（小鼠） | 基因表达数据 | 低密度脂蛋白受体缺陷小鼠群体（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2026-03-25 |
Identification of intestinal enteroendocrine cell subtypes and their associated hormones in zebrafish
2025-Dec, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003522
PMID:41411332
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和质谱分析，鉴定了斑马鱼肠道内分泌细胞的亚型及其相关激素，并揭示了其分化谱系 | 首次在斑马鱼中系统鉴定出六种肠道内分泌细胞亚型及其激素谱，发现神经发生素3（neurog3）在斑马鱼中的作用与哺乳动物不同，并揭示了ghrelin+细胞作为特定亚型前体的新功能 | 研究主要基于斑马鱼模型，结果向哺乳动物外推需谨慎；部分激素编码基因（23个中的4个）未检测到相应成熟肽 | 阐明斑马鱼肠道内分泌细胞亚型的分化机制及其激素产生 | 斑马鱼肠道内分泌细胞及其前体细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序，质谱分析 | NA | 单细胞转录组数据，质谱数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-03-24 |
Mechanosensitive genomic enhancers potentiate the cellular response to matrix stiffness
2025-Dec-11, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adl1988
PMID:40997217
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研究论文 | 本研究通过全基因组表观基因组分析、表观基因组编辑及单细胞RNA测序CRISPR筛选，发现并验证了一类响应机械微环境的基因组增强子（mechanoenhancers），它们调控细胞功能并与纤维化等疾病相关 | 首次系统性地识别并功能验证了响应细胞外基质硬度的基因组增强子，揭示了机械信号通过表观遗传机制调控基因表达的新途径 | 研究主要基于体外细胞模型，体内验证及临床转化潜力尚需进一步探索 | 探究机械微环境如何通过表观遗传机制调控基因表达和细胞功能 | 健康与纤维化供体的肺成纤维细胞 | 表观遗传学 | 肺纤维化 | 全基因组表观基因组分析、表观基因组编辑、单细胞RNA测序CRISPR筛选 | CRISPR筛选 | 基因组、表观基因组、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2026-03-23 |
Resistance of endothelial cells to SARS-CoV-2 infection in vitro
2025-12-23, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01205-25
PMID:41347787
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研究论文 | 本研究通过体外实验和人类肺组织切片分析，证明内皮细胞对SARS-CoV-2感染具有抵抗性 | 首次结合体外培养的内皮细胞和活体人肺组织切片中的原生内皮细胞，并使用单细胞RNA测序追踪病毒存在，系统性地证明了内皮细胞对SARS-CoV-2的直接感染性很低 | 研究主要基于体外实验和肺组织切片，可能无法完全模拟体内复杂的微环境 | 探究内皮细胞对SARS-CoV-2感染的易感性，以理解COVID-19血管炎症和血栓形成的机制 | 体外培养的内皮细胞（来自肺、主动脉和内皮祖细胞）以及人肺组织切片中的原生内皮细胞 | 细胞生物学与病毒学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序、荧光成像、ELISA、RT-qPCR | NA | 基因表达数据、图像数据、蛋白质浓度数据 | 多种来源的内皮细胞（肺、主动脉、内皮祖细胞）及人肺组织切片 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2026-03-21 |
Distinct populations of lung capillary endothelial cells and their functional significance
2025-Dec-26, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09420-x
PMID:41449269
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学技术揭示了肺毛细血管内皮细胞的分子异质性，识别出五个新的gCaps亚群及其功能角色 | 首次在肺毛细血管中识别出五个新的gCaps亚群，包括表达Scn7a和Clic4离子转运蛋白的两种主要亚群、有丝分裂活跃的'根'细胞以及表达Lingo2的静脉-毛细血管内皮，并阐明了它们在血管表型转换、再生修复和血管生成调节中的作用 | 研究主要基于单细胞转录组学数据，功能验证可能有限，且缺氧模型可能无法完全模拟所有肺疾病的病理条件 | 探究肺毛细血管内皮细胞的分子异质性及其在正常生理和肺疾病病理生物学中的功能意义 | 肺毛细血管内皮细胞 | 数字病理学 | 肺疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2026-03-21 |
Single-cell transcriptome profiling reveals immunological fitness of HIV long-term non-progressors
2025-12-23, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01597-25
PMID:41277843
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序，揭示了HIV长期不进展者（LTNPs）相较于典型进展者（TPs）具有更平衡和有利的免疫学特征 | 首次在单细胞分辨率下系统比较了LTNPs、TPs和健康供体的免疫细胞转录组特征，并应用高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）揭示了LTNPs特有的先天免疫/髓系相关模块高表达及B细胞/细胞毒性相关模块低表达模式 | 样本量较小（仅12名个体），且为横断面研究，无法确定观察到的转录组差异是HIV不进展的原因还是结果 | 探究与HIV慢性感染中疾病不进展相关的免疫学特征 | HIV长期不进展者（LTNPs）、典型进展者（TPs）和健康供体（HDs）的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | 高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA） | 单细胞转录组数据 | 12名个体（4名LTNPs、4名TPs、4名HDs） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2026-03-21 |
Cmss1 limits FMDV infection by enhancing antigen presentation and CD8+ T cell responses
2025-12-23, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01249-25
PMID:41277842
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研究论文 | 本研究通过构建小鼠感染模型和单细胞RNA测序，揭示了FMDV感染如何改变树突状细胞亚群比例并抑制抗原呈递过程，并鉴定出Cmss1作为拮抗该抑制、限制FMDV致病性的新型宿主因子 | 首次在缺乏I型干扰素受体的小鼠模型中，利用单细胞RNA测序绘制了FMDV感染后脾脏树突状细胞的高分辨率图谱，并鉴定出Cmss1作为调控抗原呈递过程、限制FMDV感染的新型宿主因子 | 研究主要基于小鼠模型，其在免疫应答方面与猪（FMDV的自然宿主）存在差异；单细胞测序仅针对脾脏组织，未涵盖其他免疫器官 | 探究树突状细胞在FMDV感染中的作用机制，寻找限制病毒感染的新型宿主因子 | 缺乏I型干扰素受体的C57BL/6小鼠、FMDV病毒、树突状细胞 | 免疫学 | 口蹄疫 | 单细胞RNA测序、基因编辑、抗原呈递能力评估系统 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，使用基因编辑小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |