单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-15	The multifaceted role of SQSTM1/p62 in disc degeneration: A master regulator of cellular stress responses 2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102222 PMID:40933658	综述	本文综述SQSTM1/p62在椎间盘退变中通过调控自噬、氧化应激、炎症和程序性细胞死亡等多方面的作用	系统总结SQSTM1作为细胞应激反应核心调控因子在椎间盘退变中的多重功能，并提出其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	精确调控SQSTM1活性及将研究发现转化为临床疗法仍面临挑战	阐明SQSTM1在椎间盘退变病理机制中的多功能作用	SQSTM1/p62蛋白及其在椎间盘退变中的分子机制	分子病理学	椎间盘退行性疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、类器官模型	NA	文献证据	NA
2	2025-09-15	Structural and temporal dynamics analysis of PD-1/PD-L1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma: History, research hotspots, and emerging trends 2025-Dec, Human vaccines & immunotherapeutics IF:4.1Q2 DOI:10.1080/21645515.2025.2540143 PMID:40820303	综述	通过文献计量学方法分析过去二十年PD-1/PD-L1免疫疗法在肝细胞癌领域的研究演进、热点及新兴趋势	首次运用CiteSpace和HistCite工具对该领域进行结构性与时序动态分析，识别出五个新兴子领域和经典/新兴主题演变	数据仅来源于Web of Science核心合集，可能存在文献覆盖不全的偏差	探索PD-1/PD-L1免疫疗法在肝细胞癌研究中的历史发展、核心热点与前沿趋势	2804篇相关学术论文及其作者、机构、关键词等文献计量特征	文献计量学	肝细胞癌	文献计量分析（CiteSpace, HistCite）	NA	文本元数据	2804篇论文（含541篇综述），13,796位作者，2,659个机构
3	2025-09-15	Biomaterial-mediated Cell Atlas: an insight from single-cell and spatial transcriptomics 2025-Dec, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.07.047 PMID:40821937	综述	本文介绍‘生物材料介导的细胞图谱’概念，并总结单细胞与空间转录组学在生物材料研究中的最新进展	提出将人类细胞图谱框架扩展至生物材料介导的细胞响应，整合单细胞和空间技术解析材料-细胞互作机制	当前方法存在技术挑战，跨学科领域仍处于新兴阶段	解析生物材料与细胞相互作用的分子机制并指导材料设计	生物材料介导的细胞响应与通信通路	生物信息学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据、空间分布数据	NA
4	2025-09-15	CRCs-CAFs crosstalk-targeted nano-delivery system reprograms tumor microenvironment for oxaliplatin resistance reversing and liver metastasis inhibition in colorectal cancer 2025-Dec, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.08.002 PMID:40837498	研究论文	开发了一种靶向CRCs-CAFs串扰的纳米递送系统，用于逆转结直肠癌奥沙利铂耐药并抑制肝转移	创新性构建了透明质酸修饰的MIL-100纳米颗粒共载OXA和EGCG，通过CD44受体靶向CRCs-CAFs串扰，实现代谢和微环境双重重编程	NA	突破结直肠癌肝转移的治疗瓶颈，逆转化疗耐药并抑制转移	结直肠癌细胞（CRCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	纳米医学	结直肠癌	RNA测序、单细胞测序、纳米技术	NA	测序数据、实验数据	临床样本和小鼠模型
5	2025-09-15	Tanshinone IIA suppresses fibro-adipogenic progenitor differentiation and attenuates fat infiltration in rotator cuff injury via Wnt/β-catenin pathway 2025-Dec, Regenerative therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.reth.2025.08.004 PMID:40837862	研究论文	本研究探讨丹参酮IIA通过激活Wnt/β-catenin通路抑制纤维脂肪祖细胞分化，减轻肩袖损伤后的脂肪浸润	首次揭示丹参酮IIA通过Wnt/β-catenin通路特异性抑制FAPs脂肪生成，并证实其在体内外改善肩袖损伤的功能恢复	研究主要基于细胞和动物模型，尚未进行临床验证	探究丹参酮IIA对肩袖损伤后脂肪浸润的抑制作用及分子机制	人源纤维脂肪祖细胞（FAPs）和肩袖损伤大鼠模型	分子病理学	肌肉骨骼疾病	FACS、RT-qPCR、单细胞RNA测序、Western blot、组织染色	NA	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	人源FAP细胞及大鼠肩袖损伤模型
6	2025-09-12	Early-life gut microbiome maturity regulates blood-brain barrier and cognitive development 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2551879 PMID:40886152	研究论文	本研究探讨了早期肠道微生物组的成熟度如何通过调节血脑屏障影响认知发育	首次揭示人类早产与足月婴儿肠道微生物组通过调控血脑屏障通透性和突触信号基因表达影响认知功能的机制	研究基于小鼠模型，人类直接适用性需进一步验证	探究早期肠道微生物组成熟度对血脑屏障和神经发育的影响	无菌孕鼠及其后代（移植人类早产/足月婴儿肠道微生物组）	微生物组与神经发育交叉研究	神经发育障碍	宏基因组学、代谢组学、全脑单细胞RNA测序	NA	基因组数据、代谢物数据、RNA表达数据	无菌小鼠模型（具体数量未明确说明）
7	2025-09-12	Completing spatial transcriptomics data for gene expression prediction benchmarking 2025-Dec, Medical image analysis IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.media.2025.103754 PMID:40885036	研究论文	本文介绍了一个标准化的空间转录组学数据库SpaRED和一个基于Transformer的基因表达补全模型SpaCKLE，用于改进基因表达预测的基准测试	提出了首个系统整理的包含26个公共数据集的标准化数据库SpaRED，并开发了基于Transformer的SpaCKLE模型，将均方误差降低了82.5%	NA	解决空间转录组学数据获取成本高、基因丢失严重以及模型评估缺乏标准化基准的问题	空间转录组学数据，特别是Visium技术产生的组织学图像和基因表达数据	数字病理学	NA	空间转录组学，Visium技术	Transformer	图像，基因表达数据	26个公共数据集
8	2025-09-11	Construction of a gene-metabolite-microbiome regulatory network reveals novel therapeutic targets in bladder cancer through multi-omics analysis 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2553220 PMID:40908816	研究论文	通过多组学分析构建膀胱癌中基因-代谢物-微生物调控网络，揭示新的治疗靶点	整合转录组、外显子组、代谢组和微生物组数据，首次构建基因-代谢物-微生物调控网络并鉴定关键分子	NA	阐明膀胱癌的潜在机制并识别治疗靶点	膀胱癌患者的肿瘤及癌旁组织	多组学分析	膀胱癌	转录组测序、全外显子组测序、代谢组分析、微生物组分析、单细胞测序	NA	基因组、转录组、代谢组、微生物组数据	膀胱癌患者组织样本（未明确数量）及公共数据集
9	2025-09-09	TCGAimmunosurv: An R package to identify genes associated with patient survival and immune cell state transitions using TCGA and single-cell RNA-seq data 2025-Dec, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108568 PMID:40623343	研究论文	开发了一个名为TCGAimmunosurv的R包，用于整合TCGA大块RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，识别与患者生存和免疫细胞状态转换相关的基因	开发了首个整合大块和单细胞RNA-seq数据的系统性计算框架，能够进行突变特异性免疫动态分析并连接两种数据分析方法	NA	识别与癌症进展相关的驱动基因，并研究突变特异性免疫动力学	癌症患者基因组数据和免疫细胞状态	生物信息学	癌症	RNA-seq，单细胞RNA-seq，假时间轨迹分析	NA	基因组测序数据，单细胞测序数据	基于TCGA数据库的泛癌种样本和用户提供的单细胞数据集
10	2025-09-05	Emerging molecular targets in deep vein thrombosis: from inflammation to coagulation 2025-Dec, Hematology (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1080/16078454.2025.2548735 PMID:40898418	综述	本文综述了深静脉血栓形成中连接炎症与凝血途径的新兴分子靶点	聚焦于免疫血栓形成机制，系统整合了NETs、PAD4、P-selectin等新型分子靶点及其交叉调控网络	临床转化面临物种差异、脱靶效应及免疫防御平衡等挑战	探索深静脉血栓的新型治疗靶点以开发出血风险更低的疗法	中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）、PAD4、P-选择素等分子靶点	分子病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、CRISPR筛选	NA	文献数据	NA
11	2025-08-09	Tumor-infiltrating B cells produce tumor-specific antibodies and may contribute to suppressing tumor in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2543019 PMID:40778950	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，揭示了头颈部鳞状细胞癌中肿瘤浸润B细胞的作用及其产生的肿瘤特异性抗体在抗肿瘤免疫中的潜在贡献	首次证明扩增的肿瘤浸润B细胞能产生抗体，并通过激活肿瘤免疫参与头颈部鳞状细胞癌组织的肿瘤清除	研究主要基于68例样本，样本量相对有限，且机制研究仍需进一步验证	阐明肿瘤浸润B细胞在头颈部鳞状细胞癌中的免疫作用	头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤组织和肿瘤浸润B细胞	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、B细胞受体库分析、多重免疫荧光染色、空间转录组学分析	NA	单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像、蛋白质微阵列数据	68例头颈部鳞状细胞癌切除标本
12	2025-08-06	Multi-omics profiling of acute Pseudomonas aeruginosa pneumonia unmasks conventional NK cell depletion and stage-specific therapeutic targets 2025-12, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2025.2490206 PMID:40216004	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了急性铜绿假单胞菌肺炎中常规自然杀伤细胞（cNK）的耗竭及其阶段特异性治疗靶点	揭示了cNK细胞在感染早期阶段的耗竭现象，并提出了针对cNK细胞的免疫治疗概念	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需进一步验证	阐明吸入性铜绿假单胞菌感染后宿主先天免疫反应的特征	铜绿假单胞菌感染的小鼠模型	免疫学	肺炎	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠感染模型	蛋白质组数据、细胞数据、基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠模型和公共数据库中的scRNA-seq数据集
13	2025-07-31	Characterization of stem cell landscape and identification of stemness-related gene ENY2 in colorectal cancer by intergrated transcriptomic analysis 2025-Dec, Global medical genetics IF:1.2Q4 DOI:10.1016/j.gmg.2025.100067 PMID:40735504	研究论文	通过整合转录组分析，研究结直肠癌中的干细胞景观并鉴定与干性相关的基因ENY2	首次通过单细胞转录组数据整合分析，鉴定出ENY2作为结直肠癌干细胞的关键标志物，并探索其在肿瘤发生和转移中的潜在作用	研究样本量较小（9个原发性结直肠癌样本），且ENY2在结直肠癌中的具体作用机制仍需进一步实验验证	阐明结直肠癌干细胞的异质性及其潜在机制，为开发有效的治疗方法提供依据	结直肠癌干细胞	数字病理	结直肠癌	scRNA-seq, 生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据	9个原发性结直肠癌样本
14	2025-07-30	Characteristics and significance of γδ T cells in colorectal cancer 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2532231 PMID:40726078	研究论文	探讨γδ T细胞在结直肠癌中的特征及其预后意义	首次在两项独立队列中通过多重免疫组化和单细胞RNA测序分析γδ T细胞在结直肠癌中的分布特征及其与患者生存期的关联	研究结果在第二队列中的HR置信区间较宽(0.50-1.33)，可能影响统计效力	阐明γδ T细胞在结直肠癌免疫微环境中的作用机制	结直肠癌患者组织样本中的γδ T细胞和αβ T细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	多重免疫组化、单细胞RNA测序	NA	组织样本、基因表达数据	1687例结直肠癌患者(两个队列) + 62例单细胞RNA测序样本
15	2025-07-30	Inhibition of FAK promotes pancreatic cancer immunotherapy by mediating CXCL10 secretion to enhance CD8+ T cell infiltration 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2539442 PMID:40726089	研究论文	本研究探讨了FAK在胰腺癌免疫治疗中的作用及其通过促进CXCL10分泌增强CD8+ T细胞浸润的机制	揭示了FAK在胰腺癌免疫抑制微环境中的具体作用及其抑制剂与免疫检查点抑制剂的协同抗肿瘤效应	FAK在胰腺癌发展和进展中的具体作用及其对肿瘤免疫微环境的调控机制尚未完全阐明	探索FAK作为胰腺癌免疫治疗靶点的潜力及其调控肿瘤免疫微环境的机制	胰腺癌患者来源的类器官、免疫细胞、小鼠胰腺癌模型及双人源化模型	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	单细胞测序、患者来源类器官(PDO)与免疫细胞的共培养系统	小鼠胰腺癌模型、双人源化模型	单细胞测序数据、临床标本数据	未明确提及具体样本数量，涉及患者来源类器官、小鼠模型及临床标本
16	2025-07-29	Exploring the comorbidity mechanisms of ITGB2 in rheumatoid arthritis and membranous nephropathy through integrated bioinformatics analysis 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2536730 PMID:40697036	研究论文	通过整合生物信息学分析探索ITGB2在类风湿性关节炎和膜性肾病中的共病机制	首次发现ITGB2是RA和MN的共同致病基因，并揭示了其在M1巨噬细胞极化和B细胞成熟分化中的作用	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索类风湿性关节炎和膜性肾病的共同发病机制	类风湿性关节炎和膜性肾病患者	生物信息学	类风湿性关节炎, 膜性肾病	RNA测序, 单细胞RNA测序, 分子对接	随机森林算法, Monocle3, CellChat	基因表达数据	从Gene Expression Omnibus和ImmPort数据库获取的批量及单细胞RNA测序数据集
17	2025-07-25	A novel immunocompetent transgenic mouse model of DHF reveals Syk-mediated Th2-polarized cytokine storm as a key driver of vascular leakage 2025-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2025.2531178 PMID:40623122	研究论文	该研究建立了一种新型免疫活性转基因小鼠模型，用于研究登革热出血热（DHF）的发病机制	首次建立了具有完整先天/适应性免疫的免疫活性小鼠模型，揭示了Syk介导的Th2极化细胞因子风暴是血管渗漏的关键驱动因素	NA	研究登革热出血热（DHF）的发病机制	hTim4转基因C57BL/6J小鼠和人类DHF组织	免疫病理学	登革热出血热	单细胞RNA测序和空间转录组学分析	转基因小鼠模型	RNA测序数据和转录组数据	NA
18	2025-07-20	Secretory IgA dysfunction underlies poor prognosis in Fusobacterium-infected colorectal cancer 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2528428 PMID:40667611	研究论文	本研究探讨了具核梭杆菌(Fn)如何通过影响IgA浆细胞发育和分泌型IgA(sIgA)的产生，从而破坏结直肠癌(CRC)肿瘤微环境	揭示了Fn通过破坏与肿瘤相关巨噬细胞的通讯，损害sIgA产生的新机制，并鉴定了一个与Fn阳性患者相关的IgA成熟(IGAM)模块异常	研究样本量相对有限(42例CRC患者组织)，且机制研究主要依赖小鼠模型	阐明具核梭杆菌感染导致结直肠癌预后不良的免疫机制	42例CRC患者组织样本和两种小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞转录组分析	NA	单细胞RNA测序数据	42例CRC患者组织样本和两种小鼠模型
19	2025-07-12	Deciphering distinct pathogenic mechanisms of ankylosing spondylitis and systemic sclerosis via shared biomarkers ZSWIM6 and CCL3L3: Insights from an integrative bioinformatics approach 2025-12, Autoimmunity IF:3.3Q3 DOI:10.1080/08916934.2024.2445557 PMID:39727004	研究论文	通过共享生物标志物ZSWIM6和CCL3L3，揭示强直性脊柱炎和系统性硬化症的不同致病机制	利用整合生物信息学方法识别ZSWIM6和CCL3L3作为强直性脊柱炎和系统性硬化症的潜在生物标志物，并探索其与特定免疫细胞类型的关联	研究主要基于RNA-seq数据，未进行实验验证	探索强直性脊柱炎和系统性硬化症的不同炎症致病机制，以提供新的治疗见解	强直性脊柱炎和系统性硬化症患者的外周血单核细胞和骨髓血样本	生物信息学	自身免疫性疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, CIBERSORT, GSEA	SVM	RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据	GSE73754和GSE19617数据集中的PBMCs样本，以及GSE194315数据集中的单细胞RNA测序数据
20	2025-07-12	Mature tertiary lymphoid structures linked to HPV status and anti-PD-1 based chemoimmunotherapy response in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2528109 PMID:40621740	研究论文	该研究探讨了成熟三级淋巴结构（TLSs）在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中对基于抗PD-1的化学免疫治疗反应的关联及其与HPV状态的关系	首次揭示了TLS成熟度与HPV状态及抗PD-1化学免疫治疗反应的相关性，并通过单细胞和空间转录组学分析了TLS的组成差异	研究主要基于TCGA-HNSC转录组数据和病理切片，可能受限于样本量和数据来源的多样性	探索TLSs在HNSCC中对化学免疫治疗反应的影响及其与HPV状态的关联	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、多光谱免疫组化、流式细胞术、ELISA	NA	转录组数据、病理切片图像	TCGA-HNSC数据集中的样本及病理切片