单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-12	Deciphering distinct pathogenic mechanisms of ankylosing spondylitis and systemic sclerosis via shared biomarkers ZSWIM6 and CCL3L3: Insights from an integrative bioinformatics approach 2025-12, Autoimmunity IF:3.3Q3 DOI:10.1080/08916934.2024.2445557 PMID:39727004	研究论文	通过共享生物标志物ZSWIM6和CCL3L3，揭示强直性脊柱炎和系统性硬化症的不同致病机制	利用整合生物信息学方法识别ZSWIM6和CCL3L3作为强直性脊柱炎和系统性硬化症的潜在生物标志物，并探索其与特定免疫细胞类型的关联	研究主要基于RNA-seq数据，未进行实验验证	探索强直性脊柱炎和系统性硬化症的不同炎症致病机制，以提供新的治疗见解	强直性脊柱炎和系统性硬化症患者的外周血单核细胞和骨髓血样本	生物信息学	自身免疫性疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, CIBERSORT, GSEA	SVM	RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据	GSE73754和GSE19617数据集中的PBMCs样本，以及GSE194315数据集中的单细胞RNA测序数据
2	2025-07-12	Mature tertiary lymphoid structures linked to HPV status and anti-PD-1 based chemoimmunotherapy response in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2528109 PMID:40621740	研究论文	该研究探讨了成熟三级淋巴结构（TLSs）在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中对基于抗PD-1的化学免疫治疗反应的关联及其与HPV状态的关系	首次揭示了TLS成熟度与HPV状态及抗PD-1化学免疫治疗反应的相关性，并通过单细胞和空间转录组学分析了TLS的组成差异	研究主要基于TCGA-HNSC转录组数据和病理切片，可能受限于样本量和数据来源的多样性	探索TLSs在HNSCC中对化学免疫治疗反应的影响及其与HPV状态的关联	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、多光谱免疫组化、流式细胞术、ELISA	NA	转录组数据、病理切片图像	TCGA-HNSC数据集中的样本及病理切片
3	2025-07-10	Gut microbial Nordihydroguaiaretic acid suppresses macrophage pyroptosis to regulate epithelial homeostasis and inflammation 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2518338 PMID:40596758	研究论文	研究探讨了衰老相关的肠道菌群失调如何通过减少Nordihydroguaiaretic acid (NDGA)的产生加剧炎症性肠病(IBD)，并发现NDGA通过下调GSDMD/NR4A1/NLRP3轴介导的巨噬细胞焦亡来缓解结肠炎	揭示了肠道微生物NDGA在调节巨噬细胞焦亡中的新作用，并提出了其作为老年相关IBD治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据有限，需要进一步验证NDGA在人类IBD中的治疗效果	探究衰老相关肠道菌群失调对结肠炎发展的影响及其机制	野生型和IL-10缺陷小鼠、IBD患者和老年人	肠道微生物组学	炎症性肠病(IBD)	粪便微生物移植(FMT)、16S rDNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠结肠炎模型	微生物组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型、IBD患者和老年人样本
4	2025-07-05	Uncovering common transcriptional features shared by mature peripheral blood PMN-MDSCs and tumor-infiltrating neutrophils in humans 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2521396 PMID:40590753	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类外周血中的成熟PMN-MDSCs与肿瘤浸润中性粒细胞在转录特征上的相似性	首次通过scRNA-seq技术鉴定了PMN-MDSCs和TANs共有的转录特征，揭示了它们在免疫抑制和促肿瘤特性上的相似性	研究样本主要来自非小细胞肺癌患者和G-CSF治疗供体，可能限制了结果的普适性	探索人类循环系统中的mPMN-MDSCs与肿瘤相关中性粒细胞之间的转录相似性	人类外周血中的成熟PMN-MDSCs和肿瘤相关中性粒细胞(TANs)	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	来自NSCLC患者和G-CSF治疗供体的mPMN-MDSCs样本
5	2025-07-01	PIK3R1 and G0S2 are human placenta-specific imprinted genes associated with germline-inherited maternal DNA methylation 2025-Dec, Epigenetics IF:2.9Q2 DOI:10.1080/15592294.2025.2523191 PMID:40568952	研究论文	本研究发现了两个人类胎盘特异性印记基因PIK3R1和G0S2，它们与种系遗传的母源DNA甲基化相关	发现了两个新的胎盘特异性印记基因，并揭示了它们与种系遗传的母源DNA甲基化的关联	未能发现这些基因在宫内生长受限或先兆子痫样本与对照组之间的差异	扩展胎盘特异性印记基因的列表并研究其特性	人类胎盘特异性印记基因PIK3R1和G0S2	基因组学	NA	全基因组筛查、单细胞RNA测序、甲基化分析	NA	甲基化数据、RNA-seq数据	多种体细胞组织、胎盘样本
6	2025-06-24	Kidney diseases and single-cell sequencing research: a bibliometric analysis from 2015 to 2024 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2521457 PMID:40545992	研究论文	本文通过文献计量学方法分析了2015年至2024年间单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肾脏疾病研究中的应用	揭示了scRNA-seq技术在肾脏疾病研究中的快速发展和应用趋势，包括疾病进展机制、基因调控表达等新兴研究方向	研究仅基于Web of Science Core Collection数据库，可能未涵盖所有相关文献	评估scRNA-seq在肾脏疾病研究中的应用现状和未来趋势	2015年至2024年间发表的关于scRNA-seq在肾脏疾病研究中应用的文献	数字病理学	肾脏疾病	scRNA-seq	NA	文本	1,210篇出版物
7	2025-06-07	Identification of macrophage-associated diagnostic biomarkers and molecular subtypes in gestational diabetes mellitus based on machine learning 2025-Dec, Artificial cells, nanomedicine, and biotechnology DOI:10.1080/21691401.2025.2513893 PMID:40476676	research paper	该研究通过整合scRNA-seq和RNA-seq数据，探索了与巨噬细胞相关的妊娠期糖尿病(GDM)诊断基因和亚型	提出了CB-DSNMF算法用于识别GDM亚型，并构建了基于内皮细胞转录组的高精度诊断模型	未提及样本量是否足够大以验证模型的普适性	探索GDM的分子机制并开发诊断工具	妊娠期糖尿病(GDM)患者	machine learning	gestational diabetes mellitus	scRNA-seq, RNA-seq	ensemble machine learning algorithms, CB-DSNMF	gene expression data	NA
8	2025-06-06	Human microbiota influence the immune cell composition and gene expression in the tumor environment of a murine model of glioma 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2508432 PMID:40443227	研究论文	研究人类微生物群对小鼠胶质瘤模型中肿瘤环境免疫细胞组成和基因表达的影响	首次揭示人类微生物群通过影响免疫细胞浸润和基因表达调控小鼠胶质瘤对抗PD-1治疗的反应	研究仅基于两种人源化微生物群小鼠模型，样本多样性有限	探究肠道微生物群在胶质瘤免疫治疗中的作用机制	人源化微生物群小鼠模型和胶质瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	胶质瘤	16S rRNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠胶质瘤模型(GL261)	基因表达数据	两种人源化微生物群小鼠模型(HuM1和HuM2)
9	2025-06-05	Cross-disease integration of single-cell RNA sequencing data from lung myeloid cells reveals TAM signature in in vitro model 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2502278 PMID:40448976	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，整合跨疾病的肺髓系细胞数据，揭示了体外模型中肿瘤相关巨噬细胞（TAM）的特征	研究验证了3D人类细胞培养模型作为更接近体内环境的模型，可用于临床前测试靶向巨噬细胞的新药	研究受限于缺乏已验证的人类临床前模型	探索肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在癌症治疗中的潜在作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	3D人类细胞培养模型	RNA测序数据	NA
10	2025-05-18	Faecalibacterium prausnitzii prevents age-related heart failure by suppressing ferroptosis in cardiomyocytes through butyrate-mediated LCN2 regulation 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2505119 PMID:40364435	研究论文	本研究探讨了老年肠道微生物群变化与心力衰竭（HF）之间的潜在联系，发现Faecalibacterium prausnitzii及其代谢产物丁酸盐通过抑制心肌细胞铁死亡来预防老年相关心力衰竭	首次揭示了老年肠道微生物群通过铁死亡机制影响心力衰竭，并提出Faecalibacterium prausnitzii和丁酸盐作为潜在治疗靶点	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	探索老年肠道微生物群变化与心力衰竭之间的关系及其潜在机制	老年心力衰竭患者、大鼠模型、心肌细胞	微生物组学与心血管疾病	心血管疾病	16S rRNA测序、PCR定量、单细胞测序、基因编辑技术	动物模型（大鼠）	测序数据、PCR数据、单细胞数据	老年心力衰竭患者和健康老年人的肠道微生物样本、大鼠模型
11	2025-05-17	Comprehensive characterization of the molecular feature of T cells in laryngeal cancer: evidence from integrated single-cell and bulk RNA sequencing data using multiple machine learning approaches 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2477287 PMID:40179028	research paper	该研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，结合多种机器学习方法，全面表征了喉癌中T细胞的分子特征	首次在单细胞分辨率下阐明了喉癌中T细胞相关分子的临床相关性，并开发了TCRG分类器用于预后预测和免疫治疗反应评估	样本量较小（仅3例喉癌组织），需要更大规模的研究验证	探究喉癌中T细胞相关分子的临床意义及其在肿瘤微环境中的作用	喉癌组织及匹配的邻近正常组织中的T细胞	digital pathology	laryngeal cancer	10X single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing	multiple machine learning approaches	RNA-seq data	3例喉癌组织及匹配的邻近正常组织
12	2025-05-17	CD8+ T cells in breast cancer tumors and draining lymph nodes: PD-1 levels, effector functions and prognostic relevance 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2502354 PMID:40351118	研究论文	研究评估了乳腺癌患者中表达不同PD-1水平的CD8 T细胞的功能状态及其在不同组织中的分布	首次在乳腺癌患者的肿瘤、肿瘤旁组织和肿瘤引流淋巴结中详细描述了CD8 T细胞的耗竭阶段和功能状态	研究主要针对luminal型乳腺癌患者，结果可能不适用于其他亚型	评估CD8 T细胞在乳腺癌免疫反应中的作用及其预后相关性	乳腺癌患者的CD8 T细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	TCR-β测序、scRNA-seq	NA	基因表达数据、测序数据	乳腺癌患者的肿瘤、肿瘤旁组织和肿瘤引流淋巴结样本
13	2025-05-15	Integrated bioinformatics analysis identifies neutrophils and villous cytotrophoblasts infiltration characterized by BLC6 upregulation as associated with the co-occurrence of gestational diabetes mellitus and pre-eclampsia 2025-Dec, Hypertension in pregnancy IF:1.5Q4 DOI:10.1080/10641955.2025.2475814 PMID:40122115	研究论文	通过整合生物信息学分析，发现中性粒细胞和绒毛细胞滋养层细胞浸润以及BLC6上调与妊娠期糖尿病和先兆子痫的共现相关	首次鉴定出BCL6、DNAH9和SCG2作为妊娠期糖尿病和先兆子痫的共同枢纽基因，并发现BCL6在中性粒细胞和绒毛细胞滋养层细胞中的高表达	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	探究妊娠期糖尿病和先兆子痫共现的枢纽基因和通路	妊娠期糖尿病和先兆子痫患者	生物信息学	妊娠期糖尿病和先兆子痫	生物信息学分析、单细胞测序数据分析	回归模型、ROC分析	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集
14	2025-05-12	Comprehensive profiling of cell type-specific expression and distribution of complement genes in mouse and human kidneys: insights into normal physiology and response to kidney transplantations 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2471568 PMID:40015727	研究论文	通过分析小鼠和人类肾脏的单细胞RNA测序数据，全面描绘了补体基因在细胞类型特异性表达和分布中的特征，并探讨了其在肾脏移植反应中的作用	首次在肾脏细胞动态变化的背景下，全面分析了补体基因的表达模式，并比较了小鼠和人类肾脏之间的相似性及其在肾脏损伤中的响应性	研究仅基于单细胞RNA测序数据，未进行功能验证实验	研究补体基因在肾脏中的表达分布及其在生理功能和病理条件下的作用	健康人类、C57BL/6小鼠及肾脏移植排斥小鼠的肾脏细胞	生物信息学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	健康人类、C57BL/6小鼠及肾脏移植排斥小鼠的肾脏单细胞RNA测序数据
15	2025-05-12	Reading of human acute immune dynamics in omicron SARS-CoV-2 breakthrough infection 2025-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2025.2494705 PMID:40231451	研究论文	本研究通过纵向前瞻性队列研究，探讨了人类对SARS-CoV-2突破性感染的急性免疫动态反应	揭示了突破性感染期间外周血从2型细胞因子反应向1型细胞因子反应的转变，并发现S100A8/A9在轻度病例早期显著增加	样本量较小，仅包含13名参与者	解析SARS-CoV-2突破性感染的免疫反应动态	13名SARS-CoV-2突破性感染参与者	免疫学	COVID-19	转录组测序、单细胞测序、TCR测序、BCR测序、Olink蛋白质组学、抗原-抗体结合实验	NA	血液样本、转录组数据、蛋白质组数据	13名参与者
16	2025-05-11	Novel therapeutic targets uncovered by genome-wide integrative analysis in bronchopulmonary dysplasia 2025-Dec, The journal of maternal-fetal & neonatal medicine : the official journal of the European Association of Perinatal Medicine, the Federation of Asia and Oceania Perinatal Societies, the International Society of Perinatal Obstetricians DOI:10.1080/14767058.2025.2469837 PMID:39988826	研究论文	通过整合基因组关联研究、单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，揭示了支气管肺发育不良的遗传机制和潜在治疗靶点	首次整合GWAS、scRNA-seq和MR分析，识别出与BPD相关的关键基因和药物相互作用	研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源可能有限	识别BPD的基因表达失调并探索相关分子通路	支气管肺发育不良(BPD)患者	基因组学	支气管肺发育不良	GWAS, scRNA-seq, MR	NA	基因组数据、转录组数据	NA
17	2025-05-11	The Role of Autophagy and Cell Communication in COPD Progression: Insights from Bioinformatics and scRNA-seq 2025-Dec, COPD IF:2.2Q3 DOI:10.1080/15412555.2024.2444663 PMID:39991824	research paper	研究通过生物信息学和单细胞RNA测序技术探讨自噬和细胞通讯在慢性阻塞性肺疾病（COPD）进展中的作用	利用生物信息学工具识别吸烟激活的自噬相关基因，并通过scRNA-seq数据分析细胞通讯模式，揭示COPD的免疫景观	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探讨自噬和细胞通讯在COPD进展中的作用	COPD患者中的自噬相关基因和细胞通讯模式	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
18	2025-05-09	The pancreatic tumor microenvironment of treatment-naïve patients causes a functional shift in γδ T cells, impairing their anti-tumoral defense 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2466301 PMID:39945298	研究论文	本研究探讨了胰腺导管腺癌（PDAC）微环境如何通过阻断细胞毒性功能阻碍γδ T细胞的抗肿瘤能力	揭示了PDAC微环境对γδ T细胞功能的抑制作用，并利用患者来源的类器官条件培养基验证了这一现象	研究仅针对未接受治疗的PDAC患者，可能无法反映治疗后的微环境变化	探索PDAC微环境对γδ T细胞抗肿瘤功能的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）患者和健康个体的γδ T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	流式细胞术、scRNA-seq分析	NA	流式细胞数据、scRNA-seq数据	未接受治疗的PDAC患者和健康个体的γδ T细胞
19	2025-05-09	Key RNA-binding proteins in renal fibrosis: a comprehensive bioinformatics and machine learning framework for diagnostic and therapeutic insights 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2463560 PMID:39957043	研究论文	本研究通过生物信息学和机器学习方法识别并验证了与肾纤维化相关的关键RNA结合蛋白，为诊断和治疗提供了新的生物标志物和治疗靶点	首次整合生物信息学和机器学习方法识别肾纤维化中的关键RNA结合蛋白，并通过单细胞RNA测序和动物模型验证其功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于小鼠模型，需要进一步临床验证	探索肾纤维化的诊断和治疗新靶点	肾纤维化患者和小鼠模型	生物信息学	慢性肾病	RNA测序、单细胞RNA测序	lasso回归、logistic回归	基因表达数据	175例肾纤维化样本和99例正常肾脏样本
20	2025-05-08	The secretomes of bovine mammary epithelial cell subpopulations differentially modulate macrophage function 2025-Dec, The veterinary quarterly DOI:10.1080/01652176.2025.2463338 PMID:39921381	研究论文	研究牛乳腺上皮细胞亚群分泌组对巨噬细胞功能的不同调节作用	首次发现不表达CD73的牛MDEC亚群分泌组能显著增强巨噬细胞的吞噬作用和ROS积累	研究仅针对体外培养的巨噬细胞，未进行体内实验验证	优化牛MDEC分泌组作为乳腺炎治疗方案的生成	牛乳腺上皮细胞亚群分泌组和巨噬细胞	细胞生物学	乳腺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、荧光激活细胞分选(FACS)	NA	基因表达数据、细胞功能数据	NA