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当前共找到 1001 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2026-01-02 |
Single-cell analysis reveals cellular heterogeneity and molecular features during postnatal pig testis development
2025-Nov-21, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-12280-8
PMID:41272432
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了猪出生后睾丸发育过程中的细胞异质性和分子特征 | 首次在猪模型中系统揭示了睾丸发育的细胞动态和转录调控网络，并进行了跨物种比较分析 | 样本数量有限（8头猪），且仅分析了特定时间点，未覆盖所有发育阶段 | 探究猪出生后睾丸发育的细胞组成和分子机制 | 猪睾丸细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 115,248个睾丸细胞，来自8头猪（0、2、5、24、48月龄） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 122 | 2026-01-02 |
Bioinformatics analysis of macrophage-associated genes reveals prognostic signatures and immune landscape in gastric cancer
2025-Nov-20, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-04019-4
PMID:41264178
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析，识别了与巨噬细胞相关的胃癌预后基因，并构建了一个预测风险模型 | 整合了多组学数据（TCGA、GEO）和多种分析方法（差异表达、WGCNA、单细胞RNA测序、Cox-LASSO回归），首次构建了基于巨噬细胞相关基因（GPX3、SERPINE1、SPARC）的胃癌预后风险模型，并揭示了其与肿瘤免疫微环境及药物敏感性的关联 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏独立的前瞻性队列验证；生物信息学分析结果需要进一步的实验验证来阐明其生物学机制 | 识别胃癌中与巨噬细胞相关的预后生物标志物，并构建一个预测患者预后的风险模型 | 胃癌患者 | 生物信息学 | 胃癌 | 转录组测序，单细胞RNA测序 | Cox-LASSO回归模型，风险评分模型，列线图 | 基因表达数据（RNA-seq），临床数据 | TCGA数据集：350个肿瘤样本，31个对照样本；GEO数据集：GSE84437（n=483），GSE183904 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 123 | 2026-01-02 |
Integrated bioinformatics analysis to elucidate cellular communication in the microenvironment of breast cancer
2025-Nov-20, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03859-4
PMID:41264182
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学分析，结合临床样本验证，揭示了乳腺癌肿瘤微环境中细胞间通讯的关键机制 | 整合单细胞和批量mRNA测序数据，识别出乳腺癌肿瘤微环境中最重要的细胞通讯配体-受体对，并验证了相关差异表达基因在免疫细胞浸润中的作用 | 研究主要基于公共数据集和有限临床样本验证，需要进一步实验验证功能机制 | 阐明乳腺癌肿瘤微环境中的细胞间通讯机制及其对肿瘤发展的影响 | 乳腺癌肿瘤微环境中的细胞通讯配体-受体对及相关差异表达基因 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, qPCR | NA | mRNA测序数据, 临床样本数据 | 基于公共数据集GSE176078的单细胞数据及临床样本验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 124 | 2026-01-02 |
A pan-cancer analysis of CTSC as a candidate prognostic and immune-related biomarker
2025-Nov-20, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-04124-4
PMID:41266623
|
研究论文 | 本文通过整合多组学数据，对CTSC在泛癌中的表达模式、预后价值、免疫相关功能及临床相关性进行了全面分析 | 首次在泛癌水平系统评估CTSC作为预后和免疫相关生物标志物的潜力，揭示了其与免疫检查点基因、癌症相关成纤维细胞浸润及γδ T细胞的关联 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏实验验证和前瞻性临床队列的确认 | 评估CTSC在多种癌症中的预后价值和免疫相关功能，探索其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 多种癌症类型中的CTSC基因表达、突变、甲基化及免疫浸润数据 | 生物信息学 | 泛癌分析 | 多组学分析、单细胞测序、生存分析、功能富集分析 | NA | 基因组、转录组、表观基因组、临床数据 | 基于TCGA、GTEx、CPTAC等多个公共数据库的样本 | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 125 | 2026-01-02 |
[Molecular and Genetic Analysis of a Rare Primary Culture of Head and Neck Paraganglioma]
2025 Nov-Dec, Molekuliarnaia biologiia
DOI:10.7868/S3034555325060091
PMID:41477719
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和外显子测序，分析了头颈部副神经节瘤（HNPGL）原代培养物的分子遗传特征 | 首次对HNPGL原代培养物进行单细胞RNA测序分析，揭示了细胞分群、分化程度及遗传异常，包括特定基因突变和染色体畸变 | 研究基于单一原代培养物，样本量有限，且未进行功能验证或临床前研究 | 探究HNPGL的分子遗传特征，以促进对其发病机制的理解和治疗方法的开发 | 头颈部副神经节瘤（HNPGL）的原代培养细胞 | 数字病理学 | 头颈部副神经节瘤 | 单细胞RNA测序，外显子测序 | NA | 基因表达数据，遗传变异数据 | 一个HNPGL原代培养物 | NA | 单细胞RNA-seq，外显子测序 | NA | NA |
| 126 | 2026-01-01 |
Exploration of the Prognostic Value of PANoptosis-Related Genes in Bladder Cancer
2025 Nov-Dec, American journal of men's health
DOI:10.1177/15579883251404985
PMID:41451445
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研究论文 | 本研究系统探讨了PANoptosis相关基因在膀胱癌中的预后价值及临床意义 | 首次在膀胱癌中识别出两种具有显著生存差异的PANoptosis分子亚型，并构建了一个包含九个关键基因的预后模型，该模型在训练集和验证集中均表现出强大的风险分层能力，同时通过单细胞测序分析揭示了这些基因在肿瘤微环境中的细胞类型特异性表达模式 | 研究主要基于公共数据库（TCGA和GEO）的回顾性数据，需要前瞻性临床队列进行进一步验证，实验验证仅针对KCNJ15、FASN和ADAMTS12三个基因在组织中的过表达，未涵盖模型中的所有基因 | 探索PANoptosis相关基因在膀胱癌中的预后价值，并构建一个用于患者风险分层的预后模型 | 膀胱癌患者及其相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞测序，生物信息学分析 | 预后风险模型 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的膀胱癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 127 | 2025-12-30 |
LARIS enables accurate and efficient ligand and receptor interaction analysis in spatial transcriptomics
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.26.690796
PMID:41394607
|
研究论文 | 本文提出了一种名为LARIS的方法，用于在空间转录组学中准确高效地分析配体与受体相互作用 | LARIS是首个能够兼容所有空间转录组技术、在单细胞或珠粒分辨率下识别细胞类型特异性和空间受限的配体-受体相互作用的方法，并引入了模拟框架进行性能验证 | NA | 开发一种能够整合空间信息进行细胞间通信推断的稳健且计算高效的方法 | 人类扁桃体和小鼠发育皮层空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 数十万细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 128 | 2025-12-30 |
TissueNarrator: Generative Modeling of Spatial Transcriptomics with Large Language Models
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690325
PMID:41394628
|
研究论文 | 本文提出了一种名为TissueNarrator的生成式建模框架，利用大型语言模型分析空间转录组数据，以模拟细胞行为、预测细胞间相互作用并进行扰动分析 | 首次将空间组学分析重新定义为语言建模问题，通过将组织切片表示为空间句子，并利用预训练的大型语言模型学习空间条件化的基因表达模式，实现了对组织系统的生成式建模与推理 | 未明确说明模型在处理超大规模数据集时的计算效率，以及在不同组织类型或疾病状态下的泛化能力 | 开发一个能够生成真实细胞图谱、预测细胞间相互作用并进行自然语言查询的生成式空间转录组分析框架 | 空间转录组数据 | 自然语言处理 | NA | 空间转录组学 | 大型语言模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | MERFISH, Perturb-FISH, CosMx SMI | NA |
| 129 | 2025-12-30 |
Spatiotemporal dynamics of RERE in schizophrenia pathogenesis: insights from multi-omics and single-cell sequencing
2025-Nov-26, Schizophrenia (Heidelberg, Germany)
DOI:10.1038/s41537-025-00705-y
PMID:41298505
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学和单细胞测序数据，揭示了精神分裂症风险基因RERE的时空动态调控机制及其在疾病发病中的作用 | 首次系统整合GWAS数据、多组学分析和单细胞测序，识别出RERE作为核心风险基因，并揭示其通过表观遗传-神经发育轴影响精神分裂症风险的机制 | 需要未来使用类器官模型进行验证，并探索临床转化应用 | 解析精神分裂症的遗传结构和神经发育机制，识别细胞类型特异性和时间动态调控特征 | 精神分裂症风险基因，特别是RERE，以及其在遗传变异和转录调控层面的作用 | 数字病理学 | 精神分裂症 | GWAS, 多组学分析, 单细胞测序, CUT&Tag | NA | 基因组关联数据, 单细胞测序数据, 表观遗传数据 | 欧洲人群130,644例，东亚人群30,761例 | NA | 单细胞RNA-seq, 表观遗传分析 | NA | NA |
| 130 | 2025-12-30 |
Periostin promotes sarcoma growth by promoting tumor-associated macrophage migration and differentiation
2025-Nov-20, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0301
PMID:41264337
|
研究论文 | 本文探讨了细胞外基质蛋白Periostin在软组织肉瘤生长中的作用，特别是通过促进肿瘤相关巨噬细胞的迁移和分化来调节肿瘤免疫微环境 | 首次在软组织肉瘤中识别Periostin作为肿瘤进展和免疫微环境的关键调节因子，揭示了其通过非细胞自主机制影响肿瘤生长 | POSTN治疗性中和作为单一疗法不足以减少肿瘤负担，表明可能需要联合治疗策略 | 研究特定细胞外基质成分在软组织肉瘤进展和肿瘤免疫微环境中的功能贡献 | 人类软组织肉瘤数据集、小鼠肉瘤遗传模型、肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 软组织肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 131 | 2025-12-30 |
Enrichment of a CD4-CD8- NK-like cytotoxic Vδ1/3 T cell subset in tuberculosis disease
2025-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.12.688134
PMID:41292844
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了结核病（TB）患者与健康个体中CD4-CD8- γδ T细胞的高分辨率特征，揭示了TB疾病中NK样细胞毒性Vδ1/3 T细胞亚群的富集及其持久性变化 | 首次通过单细胞RNA测序在TB疾病中识别并富集了NK样细胞毒性Vδ1和Vδ3 T细胞亚群，特别是强调了先前未被充分重视的Vδ3细胞在TB免疫反应中的潜在重要性 | 研究主要基于外周血样本，可能未全面反映肺部或其他组织中的γδ T细胞动态；样本队列规模未明确说明，可能限制统计效力；长期变化仅追踪至诊断后一年，更长期影响未知 | 探究结核病（TB）中γδ T细胞的定量和定性差异，以阐明其在TB免疫反应中的作用 | 健康未致敏个体、健康致敏个体以及TB疾病治疗前/后的外周血CD4-CD8- γδ T细胞 | 单细胞组学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 132 | 2025-12-30 |
CELLetter: leveraging large language model and dual-stream network to identify context-specific ligand-receptor interactions for cell-cell communication analysis
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf693
PMID:41451540
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CELLetter的深度学习框架，用于识别细胞间通讯中的配体-受体相互作用并解码细胞信号传导 | 利用蛋白质大语言模型ProstT5进行特征嵌入，采用双流架构进行特征提取和降维，结合动态权重调整的门机制进行特征融合，并整合下游转录因子活性来量化通讯强度 | 未明确说明模型在处理大规模数据集时的计算效率或对特定细胞类型的泛化能力限制 | 开发一个深度学习框架以识别细胞间通讯中的潜在配体-受体相互作用并解码细胞信号传导 | 人类心脏、远端肺上皮组织以及头颈部鳞状细胞癌的细胞 | 机器学习 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 双流网络，结合大语言模型 | 单细胞RNA测序数据，空间转录组学数据 | 未明确指定具体样本数量，但涉及人类心脏、远端肺上皮组织和头颈部鳞状细胞癌的数据 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 133 | 2025-12-29 |
Comparing great apes reveals human-specific ZEB2 roles in neural development
2025-Nov-28, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msaf318
PMID:41340546
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研究论文 | 本研究通过比较人类、黑猩猩和猩猩的ZEB2转录因子调控差异，揭示了人类特异性在神经发育中的独特作用 | 首次在可控细胞系统中检测并验证了ZEB2在人类与其他大猿之间的调控差异，特别是在神经发育相关基因中的特异性作用 | 研究主要基于B淋巴母细胞系作为模型系统，可能无法完全反映体内神经发育的复杂性 | 探究ZEB2转录因子在人类与其他大猿之间的调控差异，以理解人类特异性神经发育的进化机制 | 人类、黑猩猩和猩猩的B淋巴母细胞系及脑类器官数据 | 基因组学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 三种大猿物种的B淋巴母细胞系生物重复样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 134 | 2025-12-29 |
MIMYR: Generative modeling of missing tissue in spatial transcriptomics
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690239
PMID:41394599
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研究论文 | 提出了一种名为MIMYR的生成框架，用于重建空间转录组学数据中未测量组织区域的缺失组织 | 通过结合引导扩散预测细胞位置、监督分类分配细胞类型以及基于空间和细胞上下文的Transformer生成基因表达谱，首次实现了对空间转录组学数据中缺失组织的高保真重建 | 需要有限训练数据进行微调，且可能受实验条件如基因面板和切片方向变化的影响 | 解决空间转录组学中因组织损伤或切片分配导致的缺失数据问题，以扩展下游分析能力 | 小鼠大脑数据和阿尔茨海默病相关的大脑组织 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 生成模型、引导扩散模型、Transformer | 空间转录组学数据 | 涉及小鼠大脑数据和有限阿尔茨海默病数据，具体样本数量未明确说明 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 135 | 2025-12-29 |
Identification of Distinct Topological Structures From High-Dimensional Data
2025-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672446
PMID:41394587
|
研究论文 | 本文提出了一种名为ID的新方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别控制不同生物过程的基因集，以解卷积共存的生物过程 | ID方法通过构建高维系统的替代低维参数化、施加有限扰动并寻找响应相似的基因，能够识别数据中其他方法可能遗漏的拓扑结构 | NA | 解卷积单细胞RNA测序数据中共存的生物过程，如分化或细胞周期 | 单细胞RNA测序数据中的基因集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 136 | 2025-12-29 |
A Reference Atlas of the Human Dorsal Root Ganglion
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.05.686654
PMID:41279342
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研究论文 | 本研究构建了人类背根神经节（DRG）的参考细胞图谱，通过单细胞转录组测序揭示了其细胞和分子组成 | 首次构建了大规模、跨区域的人类DRG单细胞转录组参考图谱，识别了22种神经元亚型和10种非神经元细胞类型，并通过跨物种整合、空间转录组学和微神经图技术进行了功能比较 | 研究主要基于转录组数据，蛋白质水平和功能验证有待进一步深入；样本来自已故捐赠者，可能无法完全反映活体状态 | 解析人类背根神经节的细胞和分子组成，为理解感觉感知、慢性疼痛和外周神经系统疾病提供基础 | 人类背根神经节（DRG）细胞 | 单细胞组学 | 慢性疼痛 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，微神经图技术 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | 来自126名捐赠者的颈、胸、腰段背根神经节样本 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 137 | 2025-12-27 |
Tumor microenvironment-mediated immune evasion and resistance in prostate cancer: mechanisms, cross-talk, and therapeutic opportunities
2025-Nov-26, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01944-0
PMID:41296089
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综述 | 本文全面分析了前列腺癌中免疫抑制性肿瘤微环境（TME）的组成、功能及其在免疫逃逸和治疗抵抗中的作用，并探讨了基于TME重塑的精准治疗策略 | 利用单细胞RNA测序、空间多组学和高维成像技术等前沿方法，重新定义了对肿瘤-免疫-基质相互作用的理解，并提出了整合多组学技术与生物标志物驱动临床试验设计的个体化精准干预新方向 | NA | 探讨前列腺癌中免疫抑制性肿瘤微环境介导的免疫逃逸和耐药机制，并寻找相应的治疗机会 | 前列腺癌及其肿瘤微环境中的细胞、基质和分子成分 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间多组学、高维成像技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间多组学 | NA | NA |
| 138 | 2025-12-27 |
Developmental and transcriptional programs that define the initiation of the forelimb
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.23.689776
PMID:41394637
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研究论文 | 本研究通过高通量测序方法定义了小鼠胚胎前肢起始的时间点，并识别了体侧板中胚层中区分新生前肢的转录特征基因 | 首次系统性地定义了前肢起始的四个阶段，并识别出富含TBX5结合位点的早期转录靶基因，为TBX5驱动的肢体起始机制提供了新模型 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类或其他脊椎动物中的普适性有待验证，且功能验证实验可能不足 | 阐明脊椎动物前肢起始的分子机制，特别是TBX5依赖的转录程序 | 小鼠胚胎的体侧板中胚层及前肢起始区域 | 发育生物学 | NA | RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, Ribo-ITP | NA | 转录组数据、单细胞转录组数据、染色质免疫沉淀数据 | 未明确指定样本数量，但基于小鼠胚胎阶段 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 染色质免疫沉淀测序 | NA | NA |
| 139 | 2025-12-27 |
Mapping embryonic mouse lung development using enhanced spatial transcriptomics
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.22.688293
PMID:41394655
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研究论文 | 本研究通过优化DBiT-seq工作流程，对小鼠胚胎早期肺组织切片进行高灵敏度空间转录组学分析，揭示了肺发育过程中上皮细胞和间充质细胞的空间分布动态 | 优化了基于确定性条形码测序（DBiT-seq）的工作流程，实现了对早期胚胎肺组织的高灵敏度空间图谱绘制，并发现了一个先前未被识别的、表达高水平细胞外基质蛋白并促进肺神经支配的间充质细胞群 | 研究聚焦于小鼠胚胎早期肺发育，结果向其他物种或发育后期的外推性尚不明确 | 探究哺乳动物肺发育过程中细胞空间分布模式的建立机制 | 胚胎小鼠肺组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，测序 | NA | 空间转录组数据，组织切片图像 | 胚胎小鼠肺组织切片 | NA | 空间转录组学 | DBiT-seq | 基于微流控和确定性条形码测序（DBiT-seq）优化的空间转录组学工作流程 |
| 140 | 2025-12-27 |
A spatiotemporal atlas of orchiectomy-induced androgen deprivation-mediated modulation of cellular composition and gene expression in the mouse prostate
2025-Nov, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2025.101230
PMID:40974890
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研究论文 | 本研究通过时空分析，揭示了小鼠前列腺在去势诱导的雄激素剥夺后细胞组成和基因表达的动态变化，重点关注非上皮成分 | 整合空间转录组学和单细胞RNA测序，首次发现并描述了一种新的成纤维细胞亚型——ORX诱导的成纤维细胞（OIF），并绘制了高分辨率的时空图谱 | 研究基于小鼠模型，可能无法完全模拟人类前列腺癌的ADT反应；未涉及长期耐药机制 | 解析雄激素剥夺疗法（ADT）在小鼠前列腺中引起的细胞和转录组动态变化，为前列腺癌临床前模型提供基础资源 | 小鼠前列腺（包括背侧、腹侧、外侧和前叶）在去势后的非上皮细胞成分 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达数据，空间定位数据 | 小鼠前列腺多个叶的样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |