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当前共找到 923 篇文献,本页显示第 101 - 120 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
101 2026-09-19
Atacformer: A transformer-based foundation model for analysis and interpretation of ATAC-seq data
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种基于Transformer的基础模型Atacformer,用于单细胞ATAC-seq数据的分析,能够生成顺式调控元件的嵌入表示,并在细胞类型预测、批次校正和跨模态RNA插补等任务中表现优异 Atacformer不同于仅产生细胞水平表示的其他模型,它能生成单个顺式调控元件的嵌入表示,并预训练于大规模scATAC-seq图谱,学习基因组调控区域的鲁棒表示,还整合了RNA-seq数据构建了CRAFT模型用于跨模态对齐和RNA插补 文章未明确提及研究的局限性 开发一个基于Transformer的基础模型,用于统一和分析大规模scATAC-seq数据,解决现有工具在聚类、细胞类型注释和参考映射等任务中的挑战 单细胞ATAC-seq数据、染色质可及性图谱、顺式调控元件、基因组调控区域 机器学习 NA scATAC-seq, RNA-seq Transformer 片段文件、BED文件、基因组序列数据 近10,000个scATAC-seq实验 NA single-cell ATAC-seq, bulk RNA-seq NA NA
102 2026-09-19
CeDNe: A multi-scale computational framework for modeling structure-function relationships in the C. elegans nervous system
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该文章介绍了CeDNe,一个开源的多尺度计算框架,用于整合秀丽隐杆线虫神经系统的解剖、分子和成像数据,建立结构-功能关系的模型 CeDNe是首个能够将秀丽隐杆线虫的完整连接组、单细胞转录组、神经肽-受体分布以及脑-wide神经活动和行为数据整合到统一的图表示中的开源计算框架,支持多模态数据分析和神经网络动力学模拟 摘要中未明确提及该研究的局限性 建立连接网络结构与功能之间的桥梁,实现神经系统的数据驱动建模 秀丽隐杆线虫(C. elegans)的神经系统,包括其连接组、基因可识别神经元、单细胞转录组、神经肽-受体分布以及脑-wide神经活动 计算神经科学 NA 连接组学、单细胞转录组、神经肽-受体分布分析、神经活动成像 图神经网络、动力学网络模型 图像、文本、网络图数据 NA NA NA NA NA
103 2026-09-19
MERFISH+, a large-scale, multi-omics spatial technology resolves the molecular holograms of the 3D human developing heart
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种增强型MERFISH技术MERFISH+,结合化学探针锚定水凝胶与高通量微流控和显微成像,实现了厘米级组织样本中超过1800个基因及染色质位点和表观基因组标记的同时三维检测,并利用Spateo-VI框架重建了发育中人心脏的3D空间多组学图谱 将化学探针锚定于保护性水凝胶中,结合高通量微流控和显微成像,支持在厘米级组织样本上进行稳健且可重复的杂交循环,实现了超过1800个基因与染色质位点及表观基因组标记的同时检测,并开发了Spateo-VI生成式整合框架用于空间多模态数据整合 摘要中未明确提及该技术的局限性 开发一种大规模、多组学的空间转录组技术,以高分辨率和多模态兼容性解析复杂三维器官的分子图谱 发育中的人心脏组织 空间转录组学, 空间多组学 NA MERFISH+, 空间转录组学, 空间表观基因组学, 染色质构象检测 Spateo-VI生成式整合框架 图像, 空间转录组数据, 空间表观基因组数据 310万个细胞,34个不同细胞群体,来自厘米级发育中人心脏组织样本 NA 单细胞空间转录组学, 单细胞空间多组学 MERFISH+ 整合化学探针锚定保护性水凝胶、高通量微流控和显微成像的增强型MERFISH平台,支持厘米级组织样本的重复杂交循环
104 2026-09-19
Characterization of Early Metastatic Subpopulations in Uveal Melanoma: Single-Cell Insights Into SPP1+ Cells and Their Interactions With Macrophages
2025-11-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序技术,鉴定了葡萄膜黑色素瘤中与早期转移相关的高侵袭性SPP1+肿瘤细胞亚群,并分析了其与CCL3+巨噬细胞的相互作用 首次在单细胞水平上鉴定了葡萄膜黑色素瘤中与早期转移相关的SPP1+高侵袭性肿瘤细胞亚群,揭示了SPP1+黑色素瘤细胞与CCL3+巨噬细胞之间的相互作用,并提出了HMGB1/TIM-3轴作为潜在的免疫检查点靶点 样本量较小(11例单细胞测序样本),随访时间仅为3年,需要更大规模和更长随访时间的研究来验证这些发现 在单细胞水平上鉴定可能导致葡萄膜黑色素瘤早期转移的高侵袭性肿瘤细胞亚群,并分析其与免疫细胞的相互作用 11例接受原发性眼球摘除术的葡萄膜黑色素瘤患者的肿瘤样本 数字病理学 葡萄膜黑色素瘤 单细胞RNA测序、转录组测序、免疫荧光、RT-qPCR NA 单细胞转录组数据、图像 11例单细胞RNA测序样本,133例转录组测序样本(本队列53例,TCGA数据库80例) 10x Genomics 单细胞RNA测序、转录组测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
105 2026-09-19
Dynamics of local B cell migration during affinity maturation in the human tonsil
2025-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过重新分析人类扁桃体的空间转录组数据,揭示了B细胞在亲和力成熟过程中局部迁移的动力学特征 首次发现B细胞在人类扁桃体中的局部迁移遵循类似时钟的过程,迁移率约为每50次细胞分裂发生1次,且在不同谱系和时间上保持一致;揭示了最大的谱系通常起源于其他生发中心 研究基于对已有空间转录组数据的重新分析,可能受限于原始数据的分辨率和覆盖范围;未通过实验直接验证迁移机制 探究人类扁桃体生发中心中B细胞局部迁移的来源、速率及其对亲和力成熟的影响 人类扁桃体中的B细胞 空间转录组学 NA 空间转录组学 进化分析模型 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
106 2026-09-19
A chromosome-level assembly and functional genomic resources for the model annelid Capitella teleta
2025-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究结合长读长和短读长测序以及Hi-C染色质构象捕获数据,组装了实验室品系Capitella teleta的染色体水平核基因组和线粒体基因组,并利用多组学数据集进行分析 提供了C. teleta实验室品系的染色体水平核基因组和线粒体基因组组装,发现核基因组和线粒体基因组存在大量重排,表明基因家族库与染色体进化之间的解耦,并构建了公开可用的基因组浏览器 摘要中未明确提及研究局限性 为多毛类模式生物C. teleta提供最先进的基因组资源,以满足社区迫切需求,并开启动动物和基因组进化研究的新机遇 Capitella teleta(多毛类环节动物)实验室品系 基因组学 NA 长读长测序,短读长测序,Hi-C染色质构象捕获,bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq,ATAC-seq,EM-seq NA 基因组序列,转录组数据,表观遗传数据 NA NA single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq, methylation sequencing NA NA
107 2026-09-19
Empirical Evaluation of Single-Cell Foundation Models for Predicting Cancer Outcomes
2025-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 系统评估了九种单细胞基础模型在六项癌症相关任务中的表现,涵盖亚型分类和治疗反应预测 首次对多个单细胞基础模型在临床相关任务上进行系统性实证评估,包括零样本、持续训练和微调三种条件 当前单细胞基础模型在预测癌症患者临床和生物学结局方面相比简单基线模型优势有限 评估单细胞基础模型在临床相关单细胞分析中的实用性,推动精准肿瘤学应用 九种单细胞基础模型和三种基线方法,涉及六种癌症相关任务 机器学习 癌症 单细胞RNA测序 基础模型 单细胞RNA测序数据 1,170项监督实验和130项无监督实验 NA 单细胞RNA-seq NA NA
108 2026-09-19
Spatial Transcriptomics Identify T Cell-Driven Mechanisms of Kidney Damage in Immune Checkpoint Inhibitor-Associated Acute Interstitial Nephritis
2025-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究利用亚细胞空间转录组学平台比较了免疫检查点抑制剂相关急性间质性肾炎(ICI-AIN)与ICI相关急性肾小管坏死(ICI-ATN)患者肾活检组织的细胞组成和空间微环境特征 首次应用亚细胞分辨率空间转录组学平台(Xenium Prime 5K)在ICI-AIN中揭示CD8+ T细胞来源的IFN-γ通过诱导髓系细胞产生CXCL9/10/11趋化因子驱动炎症的机制,并发现IFN-γ信号与肾小管氧化磷酸化降低相关 样本量较小(仅8例肾活检标本,其中ICI-AIN 4例、ICI-ATN 4例),需要在更大队列中进一步验证 阐明ICI-AIN与ICI-ATN在病理生理学上的关键差异,探索ICI-AIN炎症发生的机制 接受免疫检查点抑制剂治疗的患者的肾活检组织,包括ICI-AIN患者和ICI-ATN患者 数字病理学 肾脏疾病 空间转录组学 NA 图像 8例肾活检标本(4例ICI-AIN,4例ICI-ATN),共分析332,000个细胞 10x Genomics 空间转录组学 Xenium Prime 5K Xenium Prime 5K亚细胞空间转录组学平台
109 2026-09-19
Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity
2025-11, Nature IF:50.5Q1
研究论文 本研究使用BARseq高通量原位测序技术,在九个完整小鼠前脑半球中对104个细胞类型标记基因进行检测,分析了包括4,194,658个皮层神经元在内的1030万个细胞,揭示了皮层区域身份与转录组特征之间的关系 首次利用BARseq高通量原位测序技术在全皮层尺度上对单细胞分辨率下数百万个细胞的104个基因进行原位检测,发现转录组类型组成可高度预测皮层区域身份,并定义了皮层模块概念,揭示了转录组特征与连接性反映相同的模块化组织,同时通过新生期双眼摘除实验证明了外周输入对皮层模块内区域转录组身份的塑造作用 研究仅基于104个细胞类型标记基因的表达,基因覆盖范围有限;实验仅在小鼠模型中进行,结论是否适用于其他物种尚不清楚;双眼摘除实验仅针对视觉区域,对其他感觉皮层区域的适用性有待验证 探究大脑皮层空间组织是否反映在神经元转录组特征中,以及这些特征在发育过程中如何建立 小鼠前脑皮层神经元 空间转录组学, 神经科学 NA 原位测序 (in situ sequencing), BARseq NA 基因表达图像数据 1030万个细胞,包括4,194,658个皮层神经元,来自9个小鼠前脑半球 NA 空间转录组学, 原位测序 BARseq BARseq高通量原位测序技术,检测104个细胞类型标记基因
110 2026-09-19
Glycans on non-structural protein 1 prevent premature T-cell mediated dengue virus clearance
2025-11, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1
研究论文 本研究利用重症登革热小鼠模型,发现登革病毒非结构蛋白1(NS1)第207位N-糖基化缺失可减弱病毒毒力,通过降低早期炎症反应和PD-L1/PD-1介导的T细胞凋亡,加速病毒清除。 首次揭示NS1蛋白N207位糖基化在登革病毒免疫逃逸中的关键作用,并阐明PD-L1/PD-1轴介导的T细胞过早凋亡是登革热免疫发病的新机制。 研究基于小鼠模型,其结论是否适用于人类登革热感染仍需进一步验证。 探究登革病毒NS1蛋白N-糖基化位点130和207的生物学功能及其在病毒致病和免疫逃逸中的作用。 登革病毒NS1蛋白N207位去糖基化突变株及野生型登革病毒,以及感染这些病毒的小鼠模型。 免疫学、病毒学 登革热 bulk RNA测序、single-cell RNA测序、细胞因子检测、免疫表型分析 NA RNA测序数据、细胞因子测量数据、免疫表型数据 NA NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
111 2026-09-19
Brain tumors induce widespread disruption of calvarial bone and alteration of skull marrow immune landscape
2025-Nov, Nature neuroscience IF:21.2Q1
研究论文 本研究揭示了胶质母细胞瘤可诱导颅骨骨质异常和颅骨骨髓免疫景观改变,并探讨了骨吸收抑制对肿瘤进展及免疫治疗的影响 首次揭示胶质母细胞瘤可诱导颅骨骨质异常,包括改变破骨细胞活性和增加颅骨通道数量,并系统阐明了脑肿瘤对颅骨骨髓与股骨骨髓免疫景观的不同影响 研究主要基于小鼠模型,人体样本验证有限;骨吸收抑制在不同分子亚型肿瘤中效果相反,机制尚未完全阐明 探究脑肿瘤(胶质母细胞瘤)对颅骨骨结构和颅骨骨髓免疫微环境的影响及其与疾病进展的关系 胶质母细胞瘤小鼠模型及胶质母细胞瘤患者 数字病理学 脑肿瘤 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 图像,文本 NA 10x Genomics single-cell RNA-seq 10x Chromium NA
112 2026-09-19
Effect of the mitophagy inducer urolithin A on age-related immune decline: a randomized, placebo-controlled trial
2025-Nov, Nature aging IF:17.0Q1
研究论文 一项随机、双盲、安慰剂对照试验,评估线粒体自噬诱导剂尿石素A对健康中年人免疫衰老的调节作用 首次在随机对照临床试验中证明短期口服尿石素A可重塑人类外周免疫细胞组成与代谢功能,扩展幼稚样CD8 T细胞并增强其脂肪酸氧化能力,同时通过单细胞RNA测序揭示其转录组层面的免疫调节机制 样本量较小(50人),干预时间较短(4周),仅纳入健康中年人,缺乏长期随访和老年人群数据,临床功能结局尚未验证 探究线粒体自噬诱导剂尿石素A能否改善与年龄相关的免疫衰退 50名健康中年人 免疫学 衰老相关免疫衰退 流式细胞术, 单细胞RNA测序 NA 临床数据, 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 50名健康中年人(尿石素A组与安慰剂组),分析时间点为基线和第28天 NA single-cell RNA-seq NA NA
113 2026-09-19
Distinct stromal cell populations define the B-cell acute lymphoblastic leukemia microenvironment
2025-11, Leukemia IF:12.8Q1
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析了儿童B细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL)患者骨髓中的基质细胞异质性,并揭示了不同基质细胞亚群对白血病细胞的支持作用 首次在B-ALL骨髓微环境中鉴定出早期间充质祖细胞和脂肪源性祖细胞两种不同的间充质基质细胞群体,并发现骨源性谱系细胞仅存在于骨活检中;揭示了脂肪源性祖细胞通过IL-7和VCAM1信号特异性支持白血病细胞,且B-ALL细胞可通过细胞接触依赖机制诱导健康MSC向脂肪方向分化 摘要中未明确提及研究局限性 解析B-ALL骨髓微环境中基质细胞的异质性及其与白血病细胞的相互作用 儿童B-ALL患者的骨髓穿刺样本及健康对照的间充质基质细胞 单细胞组学、空间转录组学 B细胞急性淋巴细胞白血病 单细胞RNA测序、空间转录组学、体外功能实验、共培养实验 NA 单细胞转录组数据、空间转录组数据、图像 NA NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
114 2026-09-19
Continuous cell-type diversification in mouse visual cortex development
2025-11, Nature IF:50.5Q1
研究论文 该研究构建了小鼠视觉皮层发育过程中高分辨率的转录组和表观基因组细胞类型图谱,并重建了发育轨迹图 整合了568654个单细胞转录组和200061个单核多组学数据,覆盖胚胎期至出生后发育阶段,揭示了细胞类型持续多样化的动态分子图谱 研究仅限于小鼠视觉皮层,未涉及其他皮层区域或物种,且计算重建的发育轨迹需要实验验证 系统研究小鼠视觉皮层发育过程中细胞类型的多样化及其分子调控机制 小鼠视觉皮层发育过程中的细胞 单细胞转录组学, 表观基因组学, 发育生物学 NA 单细胞RNA测序, 单核多组学测序 NA 转录组数据, 表观基因组数据 568654个高质量单细胞转录组和200061个高质量单核多组学数据,覆盖胚胎第11.5天至出生后第56天 10x Genomics 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'转录组和单核多组学分析
115 2026-09-19
A comprehensive molecular atlas of the mesenchymal cell types in the mouse liver
2025-11, EMBO reports IF:6.5Q1
研究论文 该研究通过深度单细胞RNA测序构建了成年小鼠肝脏主要细胞类型的全面分子图谱。 揭示了肝脏内皮细胞和间充质细胞的多样性,包括门脉周围微血管、肝窦和门静脉细胞的异质性,鉴定出肝星状细胞、成纤维细胞和血管壁细胞的区域特异性亚群,并发现了一种在纤维化疾病中扩增的被膜下肝星状细胞新群体。 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类肝脏中验证,且单细胞RNA测序可能丢失空间信息。 构建成年小鼠肝脏主要细胞类型的全面分子图谱,深入理解肝脏细胞结构和功能。 成年小鼠肝脏中的主要细胞类型,包括内皮细胞和间充质细胞。 单细胞转录组学 肝纤维化 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 NA NA scRNA-seq NA NA
116 2026-09-19
A machine learning framework using urinary biomarkers for pancreatic ductal adenocarcinoma prediction with post hoc validation via single-cell transcriptomics
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 本研究提出了一种利用尿液生物标志物结合人口统计学数据的机器学习框架来预测胰腺导管腺癌(PDAC),并通过单细胞转录组学进行了事后验证 将尿液生物标志物与人口统计学数据相结合,采用多种预处理技术、归一化方法和机器学习/深度学习技术进行综合预测建模,并利用单细胞RNA测序分析验证生物标志物的基因表达意义 研究仅使用了有限的数据集,未来需要在不同数据集上验证该框架,并整合额外的组学数据和探索更先进的深度学习架构 开发一个基于尿液生物标志物和人口统计学数据的机器学习框架,用于胰腺导管腺癌的早期准确诊断预测 胰腺导管腺癌(PDAC)患者 机器学习 胰腺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq) CNN 文本,图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
117 2026-09-19
Single-cell RNA-sequencing reveals adventitial fibroblast alterations during mouse atherosclerosis
2025-11, Atherosclerosis IF:4.9Q1
研究论文 该研究通过对小鼠主动脉外膜进行单细胞RNA测序,揭示了动脉粥样硬化过程中外膜成纤维细胞的动态变化,并鉴定出SERPINH1为ASCVD相关的关键调控因子 首次在动脉粥样硬化发生过程中对主动脉外膜进行单细胞RNA测序,鉴定出四种外膜成纤维细胞亚群,并将scRNA-seq数据与人类ASCVD GWAS交叉参照,发现SERPINH1在动脉粥样硬化过程中差异表达并影响成纤维细胞功能 研究仅使用了雄性Ldlr-/-小鼠模型,未涉及雌性小鼠或其他人种模型,且每组仅两个样本,样本量较小,体外验证仅限于人外膜成纤维细胞 探究外膜细胞在动脉粥样硬化中的作用,并利用单细胞转录组数据结合人类GWAS鉴定ASCVD的血管壁调控因子 雄性Ldlr-/-小鼠的主动脉外膜组织及人类外膜成纤维细胞 单细胞转录组学 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 每组两个样本,每个样本由三只小鼠混合组成,共四种外膜成纤维细胞亚群 NA 单细胞RNA测序 NA NA
118 2026-09-19
White and brown adipose tissue share a convergent fibro-adipogenic progenitor population
2025-11, EMBO reports IF:6.5Q1
研究论文 该研究对体外培养的白色和棕色前脂肪细胞进行单细胞RNA测序,揭示了两者共享一个趋同的纤维-脂肪祖细胞群体 发现棕色脂肪组织中存在纤维-脂肪祖细胞样细胞(FAPLs),并证明白色和棕色FAPLs具有相似的促纤维化和应激反应特征,且在早期即与增殖性祖细胞状态分离 研究基于体外培养的原代前脂肪细胞,可能无法完全反映体内微环境对祖细胞身份的调控 评估体外培养条件如何影响白色和棕色脂肪祖细胞的身份,并研究脂肪组织异质性 体外培养的白色和棕色前脂肪细胞 单细胞转录组学 代谢疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
119 2026-09-19
Acetoacetate suppresses colon cancer via an MR1-MAIT axis
2025-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文研究表明口服乙酰乙酸乙酯(EAA)可通过MR1-MAIT细胞轴抑制结直肠癌肿瘤生长 首次揭示乙酰乙酸(AcAc)通过代谢转化为甲基乙二醛,与微生物来源的5-A-RU结合生成强效MR1配体5-OP-RU,从而以MR1依赖性方式选择性扩增和激活黏膜相关恒定T(MAIT)细胞来抑制结直肠癌 研究主要基于临床前结直肠癌模型,尚未进行人体临床试验验证其安全性和有效性 探索乙酰乙酸(AcAc)对结直肠癌的抗肿瘤效果及其免疫学机制 临床前结直肠癌模型及人类细胞培养物 肿瘤免疫学 结直肠癌 单细胞RNA测序、流式细胞术、遗传学和抗体介导的耗竭研究 NA 单细胞转录组数据、流式细胞数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
120 2026-09-19
A molecular map of the human spinal dorsal and ventral horn defines arrangement of neuronal types and glial sex differences
2025-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究对11位器官捐献者的腰段脊髓背侧和腹侧样本进行了深度单核测序,并结合10X Xenium空间转录组学技术,构建了人类脊髓背侧和腹侧角的分子图谱,揭示了神经元类型的空间排列及胶质细胞的性别差异 首次在成人人类脊髓中结合单核测序和空间转录组学技术,系统性地定义了34种具有空间和遗传特征的神经元类别,并发现了多种胶质细胞类型中的性别特异性细胞类型和状态,证明了成年人类脊髓在转录组细胞类型水平上存在性别二态性 样本量相对有限(11位器官捐献者),仅针对腰段脊髓,可能无法完全代表整个脊髓的细胞多样性;未深入探讨性别差异的功能意义 构建人类脊髓背侧和腹侧角的分子图谱,定义神经元类型的空间排列和胶质细胞的性别差异,以更好地理解人类脊髓生理学并为影响脊髓的神经系统疾病(特别是疼痛)确定药物靶点 人类腰段脊髓背侧和腹侧样本,来自11位器官捐献者(6名女性和5名男性) 数字病理学, 机器学习 疼痛, 神经系统疾病 单核RNA测序, 空间转录组学 NA 图像, 文本 11位器官捐献者的腰段脊髓背侧和腹侧样本(6名女性,5名男性) 10x Genomics 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 10X Xenium 10X Xenium单分子空间转录组学, 深度单核测序
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