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当前共找到 1144 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-12-10 |
GPC3-based circular RNA vaccine suppresses hepatocellular carcinoma progression by activating adaptive immune responses
2025-Nov-07, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001605
PMID:41201153
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研究论文 | 本研究开发了一种基于环状RNA（circRNA）的靶向GPC3的肝癌疫苗，并通过结合TLR4激动剂佐剂，在小鼠模型中验证了其抑制肿瘤进展、激活适应性免疫应答的疗效和机制 | 首次开发了靶向GPC3的circRNA癌症疫苗，克服了传统mRNA疫苗的不稳定性和递送效率问题，并通过结合TLR4佐剂增强了抗肿瘤免疫应答 | 研究主要基于小鼠模型，其疗效和安全性在人体中尚未验证；机制研究虽深入，但临床转化路径仍需探索 | 开发一种更稳定、高效的circRNA癌症疫苗，用于治疗肝细胞癌（HCC） | 肝细胞癌（HCC）及其肿瘤微环境（TME） | 免疫治疗，癌症疫苗 | 肝细胞癌 | 环状RNA疫苗设计，TLR4激动剂佐剂，多重免疫荧光，单细胞测序，空间转录组学，质谱流式细胞术 | NA | 测序数据，成像数据，流式细胞数据 | 小鼠模型（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 102 | 2025-12-10 |
Heterogeneous generation and expansion of epidermal-resident memory T cells in individuals allergic to nickel
2025-Nov-06, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf427
PMID:41206452
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研究论文 | 本研究探讨了镍过敏个体在反复暴露于镍后，表皮驻留记忆T细胞的异质性生成和扩增机制 | 首次通过重复斑贴试验结合单细胞RNA测序，揭示了镍过敏个体表皮中CD4+和CD8+ TRM细胞的克隆扩增、分化异质性及耗竭样群体的存在 | 无法将特定T细胞亚型与临床反应严重程度相关联，样本量较小（仅12名参与者） | 研究反复镍暴露如何影响镍过敏个体的临床反应及表皮TRM细胞的积累和分化 | 镍过敏个体的表皮T细胞 | 免疫学 | 过敏性接触性皮炎 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 12名镍过敏参与者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 103 | 2025-12-10 |
Atomistic TCR-ligand interactions instruct memory T-cell differentiation
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.05.686789
PMID:41279151
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组测序、TCR-pMHC相互作用的生物物理测量和结构分析，揭示了T细胞受体（TCR）与配体之间的原子水平相互作用如何指导记忆T细胞的分化命运 | 首次在分子水平上系统地将TCR的机械转导特性（如力依赖性结合）与记忆T细胞亚群（TCM与TEM）的分化联系起来，并提出了“双极性”克隆型的概念 | 研究基于小鼠模型和单一的流感病毒表位（NP），其在人类其他病原体或癌症抗原中的普适性仍需验证 | 阐明初始CD8 T细胞在抗原刺激后分化为不同记忆T细胞亚群（中央记忆TCM与效应记忆TEM）的分子机制 | 242个小鼠CD8 TCRαβ克隆型，这些克隆特异性识别由H-2D呈递的流感A病毒（IAV）免疫显性表位NP | 免疫学 | 传染病（流感病毒感染） | 单细胞转录组测序、TCR测序、生物物理测量（力依赖性相互作用）、结构分析 | NA | 转录组数据、序列数据、生物物理测量数据、结构数据 | 242个小鼠CD8 TCRαβ克隆型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 104 | 2025-12-10 |
scFPC-DE: Robust Differential Expression Analysis Along Single Cell Trajectories via Functional Principal Component Analysis
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.686374
PMID:41279951
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研究论文 | 本文提出了一种基于功能数据分析的单细胞轨迹差异表达分析方法scFPC-DE，用于识别沿伪时间轨迹的时间差异表达基因 | 通过功能主成分分析建模基因表达作为伪时间函数，有效捕捉共享的基因表达变异和伪时间结构，同时缓解零膨胀问题 | 未明确说明方法在复杂轨迹或多分支轨迹中的适用性，以及计算效率方面的潜在限制 | 开发一种稳健的单细胞轨迹差异表达分析方法，以更准确地识别时间差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达沿伪时间轨迹的变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 功能主成分分析 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 105 | 2025-12-10 |
Atacformer: A transformer-based foundation model for analysis and interpretation of ATAC-seq data
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.685753
PMID:41279458
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研究论文 | 本文介绍了Atacformer，一种基于Transformer的基础模型，用于分析和解释ATAC-seq数据 | Atacformer是首个为scATAC-seq数据设计的基于Transformer的基础模型，能够生成单个顺式调控元件的嵌入表示，并支持跨模态对齐和RNA数据推算 | 模型在scATAC-seq数据上的迁移学习潜力尚未充分探索，且现有工具在处理大规模复杂数据集时存在限制 | 开发一个基础模型以解决scATAC-seq数据统一分析和下游任务（如聚类、细胞类型注释和参考映射）的挑战 | scATAC-seq实验数据，包括公共存储库中的近10,000个实验 | 机器学习 | NA | ATAC-seq, scATAC-seq, RNA-seq | Transformer | 基因组数据（原始片段文件、BED文件） | 近10,000个scATAC-seq实验 | NA | single-cell ATAC-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 106 | 2025-12-10 |
CeDNe: A multi-scale computational framework for modeling structure-function relationships in the C. elegans nervous system
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.683805
PMID:41279576
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研究论文 | 本文介绍了一个名为CeDNe的开源计算框架，用于整合秀丽隐杆线虫神经系统的多尺度数据并建模其结构-功能关系 | 开发了首个统一的开源计算框架，能够将解剖学、分子和成像数据集整合到基于图的表示中，并在单一计算环境中实现跨组学层的多模态数据分析 | 框架目前主要针对秀丽隐杆线虫开发，在其他生物神经网络中的通用性需要进一步验证 | 建立神经回路结构与功能之间的联系，实现多尺度神经回路分析 | 秀丽隐杆线虫的神经系统 | 计算神经科学 | NA | 计算建模、网络分析、神经动力学模拟 | 图神经网络、动力学网络模型 | 连接组数据、单细胞转录组数据、神经肽-受体分布数据、全脑神经活动成像数据、行为数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 107 | 2025-12-10 |
COL8A1 regulates endothelial phenotype in inflammatory endothelial-to-mesenchymal transition
2025-Nov-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00339.2025
PMID:41042748
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研究论文 | 本研究探讨了胶原蛋白VIII的α1链（COL8A1）在炎症诱导的内皮-间质转化（EndMT）中的作用及其机制 | 揭示了COL8A1在炎症性EndMT中的双相调控作用，并阐明其通过NF-κB/Snail信号通路调节内皮稳定性的新机制 | 研究主要基于体外细胞模型（HAECs），体内功能验证和临床相关性需要进一步研究 | 探究COL8A1在炎症性血管病理（如动脉粥样硬化）中内皮-间质转化过程中的调控作用 | 小鼠和人类内皮细胞，特别是人主动脉内皮细胞（HAECs） | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，免疫荧光分析，基因敲低，过表达 | NA | RNA-seq数据，图像数据 | 未明确指定具体样本数量，涉及小鼠和人类内皮细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 108 | 2025-12-10 |
The evolving nosology of myeloid neoplasms: the semi-centennial of the 1976 French-American-British classification
2025-Nov, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02746-9
PMID:40858808
|
综述 | 本文回顾了髓系肿瘤分类系统自1976年FAB分类以来的50年演变历程，重点探讨了二代测序技术对分类的影响以及未来单细胞测序和多组学技术的整合前景 | 从历史视角系统分析髓系肿瘤分类学的演变，并首次提出基于克隆造血不确定潜能（CHIP）的细胞水平达尔文主义概念框架 | 作为历史回顾性分析，缺乏原始实验数据支持；未涉及具体临床验证研究 | 追溯髓系肿瘤分类系统的发展历史，探讨新技术对疾病定义和治疗策略的影响 | 髓系肿瘤分类系统（特别是FAB分类及其后续演进） | 血液病理学 | 髓系肿瘤 | 二代测序技术，单细胞测序，多组学技术 | NA | 文献与分类标准文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 109 | 2025-12-10 |
Injury-induced connexin 43 expression regulates endothelial wound healing
2025-Nov-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00153.2025
PMID:41060772
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研究论文 | 本研究探讨了损伤诱导的连接蛋白43（Cx43）表达在调节内皮伤口愈合中的作用 | 首次证明大动脉内皮机械损伤会诱导间隙连接蛋白Cx43的表达，并揭示了Cx43磷酸化对内皮细胞迁移和增殖能力的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中得到验证；单细胞RNA-seq分析仅针对18小时损伤时间点 | 阐明Cx43在内皮损伤后伤口愈合中的分子机制 | 小鼠颈动脉内皮细胞 | 血管生物学 | 血管疾病 | RNA-seq，单细胞RNA-seq | 基因敲除小鼠模型（EC-Cx43 KO），磷酸化位点突变模型 | 基因表达数据，单细胞转录组数据 | 10829个细胞（来自野生型和EC-Cx43 KO小鼠颈动脉） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 110 | 2025-12-10 |
Decoding heart failure subtypes with neural networks via differential explanation analysis
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf581
PMID:41222558
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于神经网络和可解释AI的新方法，用于识别心力衰竭亚型特异性基因，以解码心力衰竭亚型 | 提出了一种基于自定义神经网络重要性评分的新方法，用于识别差异解释基因，优于传统方法，能更有效地揭示心力衰竭亚型特异性通路 | 方法可能依赖于神经网络模型的特定架构和参数，且在实际应用中需验证其泛化能力 | 解码心力衰竭亚型，通过识别差异基因签名来理解分子机制 | 单细胞转录组数据中的细胞，特别是与心力衰竭相关的细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq | 深度神经网络 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 111 | 2025-12-09 |
Phylogenomic Analysis of Deep-Branching Telonemid
2025-Nov-28, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evaf202
PMID:41157959
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序和系统基因组学分析，研究了来自太平洋远洋的TEL2亚群Telonemid对Telonemia与SAR超群及其他稀疏采样或不稳定超群（如Hemimastigophora、Provora和Haptista）关系的影响 | 首次从TEL2亚群中分离并测序单细胞Telonemid，为Telonemia的系统发育提供了新数据，并探讨了其在超群关系中的不稳定性 | 贝叶斯分析未能收敛于特定拓扑结构，且不同数据子集（如基因采样、比对修剪和位点移除）导致超群关系不稳定，表明结果可能受采样偏差影响 | 通过系统基因组学分析，探究Telonemia与SAR超群及其他稀疏采样超群（Hemimastigophora、Provora和Haptista）的进化关系 | 来自太平洋远洋的TEL2亚群Telonemid单细胞 | 系统基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | 最大似然法（ML）、贝叶斯分析 | 转录组数据 | 一个单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 112 | 2025-12-09 |
Molecular signatures and lineage diversification of neurogenic and gliogenic radial glia in the gyrencephalic ferret cortex
2025-Nov-28, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8062841/v1
PMID:41356342
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研究论文 | 本研究利用具有脑回结构的雪貂模型，系统表征了皮质放射状胶质细胞的分子特征和谱系动力学，揭示了调控哺乳动物皮质神经发生和胶质发生的保守程序及信号网络 | 首次在雪貂模型中整合单细胞RNA测序、BrdU标记和免疫组化方法，系统揭示了ERK/PKA信号通路在促进外层放射状胶质细胞自我更新和神经发生中的协同作用，并发现了皮质胶质生成放射状胶质细胞的区域特异性分化机制 | 研究主要基于雪貂模型，虽然与人类皮质具有相似性，但直接推论至人类仍需进一步验证；信号通路的相互作用机制仍需更深入的分子层面解析 | 探究哺乳动物大脑皮质神经发生和胶质发生的分子调控机制及进化适应性 | 雪貂和人类大脑皮质的放射状胶质细胞 | 神经科学 | NA | scRNA-Seq, BrdU标记, 免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 雪貂和人类皮质组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 113 | 2025-12-09 |
Retinoic Acid Reprograms Mast Cells Toward a Proinflammatory State to Enhance Antitumor Immunity
2025-Nov-27, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509340
PMID:41309490
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，全面绘制了十种癌症类型中肥大细胞的转录和空间异质性，揭示了视黄酸信号在驱动肥大细胞向促炎状态重编程中的关键作用 | 识别出一种独特的促炎肥大细胞（PMC）群体，并揭示了视黄酸-RARα-CIITA信号通路在肥大细胞重编程中的新机制，为增强抗肿瘤免疫提供了潜在治疗靶点 | 研究主要基于转录组学数据，功能验证和临床转化仍需进一步实验支持 | 探究肥大细胞在肿瘤微环境中的分子特征和功能多样性，以增强抗肿瘤免疫 | 十种癌症类型中的肥大细胞 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间数据 | 十种癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 114 | 2025-12-09 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals metabolic reprogramming and tumor microenvironment remodeling in aldosterone-producing adenoma
2025-Nov-27, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111164
PMID:41317749
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了醛固酮瘤的代谢重编程和肿瘤微环境重塑机制 | 首次构建了醛固酮瘤的单细胞图谱，系统揭示了肿瘤细胞的代谢重编程（脂质生成、氧化磷酸化、mTOR信号上调）、分化轨迹紊乱以及肿瘤微环境中免疫浸润、血管生成和基质重塑的特征 | 样本量较小（仅3例患者和3例对照），且为观察性研究，需进一步功能验证 | 阐明醛固酮瘤的细胞异质性、肿瘤发生机制及微环境特征 | 醛固酮瘤患者的肾上腺组织 | 数字病理学 | 肾上腺肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 3例醛固酮瘤患者和3例对照的肾上腺组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 115 | 2025-12-09 |
Airway Delivery of Encapsulated Cytokine-Secreting Cells for Local Immunomodulation in Inflammatory Lung Diseases
2025-Nov-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8051602/v1
PMID:41356371
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研究论文 | 本文开发了一种基于细胞的微胶囊平台，可通过气道给药，在肺部实现局部、持久且可调控的免疫调节蛋白递送，用于治疗炎症性肺病 | 开发了一种模块化的细胞基微胶囊平台，可通过气道进行局部给药，实现持久且可调控的免疫调节蛋白递送，避免了全身给药的脱靶效应 | 研究主要在动物模型中进行，尚未进行人体临床试验 | 开发一种局部免疫调节疗法，用于治疗炎症性肺病，如急性呼吸窘迫综合征和肺纤维化 | 炎症性肺病（如急性呼吸窘迫综合征和肺纤维化） | 生物医学工程 | 急性呼吸窘迫综合征, 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 啮齿动物模型（ARDS和肺纤维化模型）及大型动物模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 116 | 2025-12-09 |
Spatial Transcriptomics Reveals CXCL12 ⁺ Fibroblasts as Central Immune Organizers through CXCR4 Signaling in Abdominal Aortic Aneurysm
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690328
PMID:41357983
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示了腹主动脉瘤中CXCL12⁺成纤维细胞通过CXCR4信号作为中心免疫组织者的作用 | 首次生成了人类腹主动脉瘤的亚细胞分辨率空间转录组图谱，识别了CXCL12⁺成纤维细胞作为通过CXCR4介导的B细胞和T细胞交互组织适应性免疫微环境的中心基质枢纽 | 观察性横断面研究设计限制了因果推断，样本量较小（11例AAA患者和12例对照） | 阐明腹主动脉瘤中免疫-基质相互作用的分子机制和空间组织 | 人类腹主动脉瘤组织样本（来自11例患者）和对照主动脉组织样本（来自12例个体） | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 23个样本（11例AAA患者，12例对照） | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组学平台，用于分析福尔马林固定石蜡包埋组织 |
| 117 | 2025-12-09 |
Amaranth: Enhanced Single-Cell Transcript Assembly via Discriminative Modeling of UMI Reads and Internal Reads
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690228
PMID:41357981
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研究论文 | 本文提出了一种名为Amaranth的新型单细胞转录本组装工具，通过区分建模UMI reads和internal reads，显著提高了单细胞RNA测序中全长转录本重建的准确性 | 首次识别并系统建模了UMI reads和internal reads在链特异性、5'/3'覆盖偏差和局部分布上的显著差异，并基于此开发了专门针对这两种reads不同偏好的新启发式算法 | 目前主要针对Smart-seq3协议进行优化，在其他单细胞测序协议上的性能尚未验证 | 提高单细胞RNA测序中全长转录本重建的准确性，实现细胞分辨率的异构体水平表达分析 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 判别式模型 | 测序reads | 人类和小鼠的Smart-seq3数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq3 | Smart-seq3协议（结合UMI-linked reads和internal reads） |
| 118 | 2025-12-09 |
Deciphering HTLV-1-associated Lung Pathology through Integrated in vitro and Multi-cohort Multi-omics Analysis: Inflammation, Monocyte Recruitment and Differentiation Triggered by HTLV-1-exposed Alveolar Epithelial Cells
2025-Nov-24, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8051355/v1
PMID:41356367
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研究论文 | 通过体外共培养模型和多组学分析，揭示了HTLV-1感染如何通过肺泡上皮细胞触发炎症、单核细胞招募和分化，导致肺部病理 | 结合体外共培养模型与多队列多组学分析，首次系统阐明HTLV-1通过NF-κB信号通路驱动肺部炎症的机制，并验证了模型在人类数据中的相关性 | 研究主要基于体外细胞模型，可能无法完全模拟体内复杂环境；多组学分析虽广泛，但样本来源和队列异质性可能影响结果普适性 | 探究HTLV-1感染对肺部炎症的影响及其分子机制 | A549肺泡上皮细胞、HTLV-1感染的MT-2细胞、THP-1细胞、原代单核细胞以及多队列人类样本 | 生物信息学 | HTLV-1相关肺部疾病 | RNA-seq、RT-qPCR、CRISPR/Cas9基因敲除、系统生物学分析、多组学整合分析（包括转录组学、病毒互作组学和全基因组关联分析） | 共培养模型 | 转录组数据、单细胞数据、基因组数据 | 涉及多队列人类样本，具体数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞转录组学、批量转录组学 | NA | NA |
| 119 | 2025-12-09 |
Loss of Intestinal Endosome-associated Protein Sorting Nexin 27 Disrupts Epithelial Barrier and Promotes Inflammation
2025-Nov-17, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101682
PMID:41260570
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研究论文 | 本研究探讨了SNX27蛋白在肠道稳态、上皮屏障完整性和炎症反应中的未知作用 | 首次揭示了SNX27在肠道中的关键功能，包括维持上皮屏障和防止炎症，并开发了肠道上皮细胞特异性SNX27敲除小鼠模型 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据来自现有数据库，缺乏直接的人类样本验证 | 确定SNX27在调节肠道稳态、上皮屏障完整性和炎症反应中的作用 | 人类炎症性肠病（IBD）患者数据和肠道上皮细胞特异性SNX27敲除小鼠 | 分子生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 120 | 2025-12-09 |
Enhancing RNA Capture Efficiency in Spatial Transcriptomics: A Review of Innovative Technologies and Strategies
2025-Nov-16, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262211076
PMID:41303559
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综述 | 本文系统回顾了近年来提升空间转录组学RNA捕获效率的创新技术与策略 | 通过比较分析Decoder-seq、Stereo-seq V2、MAGIC-seq和MSN-seq等前沿技术，总结了在解决RNA扩散、探针密度和组织处理等挑战方面的进展，并特别强调了针对FFPE临床样本的优化方法以及整合人工智能的计算预测方法 | NA | 为研究人员提供如何提升空间转录组捕获效率的全面理解，并推动该技术在基础研究和临床应用中的效用 | 空间转录组学技术及其RNA捕获效率提升策略 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |