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当前共找到 923 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-09-19 |
Inferring the regulation dynamics of oscillatory networks from scRNA-seq data
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.08.687360
PMID:41292720
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研究论文 | 该论文提出将细胞周期位置信息整合到基因调控网络推断中，以提高振荡网络调控动态的推断准确性 | 首次假设并验证了将细胞周期的连续相对位置排序作为约束条件能够显著提高基因调控网络推断的准确性，特别是对于早期祖细胞 | 仅评估了八种代表性方法中的三种应用于小鼠视网膜祖细胞数据集，未在更多数据集和生物系统中验证 | 研究如何从单细胞RNA测序数据中推断振荡网络（如细胞周期）的调控动态 | 小鼠视网膜祖细胞单细胞基因表达数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 82 | 2026-09-19 |
Heimdall: A Modular Framework for Tokenization in Single-Cell Foundation Models
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.09.687403
PMID:41292913
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研究论文 | 提出Heimdall框架，系统评估单细胞基础模型中的标记化策略，并在多种分布偏移下测试其效果 | 将单细胞基础模型分解为基因身份编码器、表达编码器和细胞句子构造器（含顺序、序列、归约子模块），实现细粒度控制与归因，并系统评估标记化策略 | 仅使用从头训练的Transformer模型，未在更多真实基础模型上验证；评估任务限于细胞类型分类和反向扰动预测 | 系统评估单细胞基础模型中的标记化策略，并建立可复现的标准化评估框架 | 单细胞RNA测序数据中的细胞标记化策略及单细胞基础模型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 83 | 2026-09-19 |
Infusible Extracellular Matrix Biomaterial Enhances Cell-Specific Pro-Repair Responses Following Acute Myocardial Infarction
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.08.687255
PMID:41292930
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研究论文 | 本文通过单核RNA测序和空间转录组学研究了可注射细胞外基质生物材料在急性心肌梗死后促进细胞特异性修复反应的机制 | 首次利用单核RNA测序和空间转录组学揭示可注射细胞外基质生物材料在急性心肌梗死后介导修复的细胞和分子机制，发现了促修复巨噬细胞活化、成纤维细胞重塑、血管发育增加、淋巴管生成、心脏保护和神经发生等新治疗途径 | 研究仅涵盖急性时间点（输注后1、3、7天），未涉及长期效果；机制研究主要基于动物模型，尚未在人体中验证 | 探究可注射细胞外基质生物材料在急性心肌梗死后介导修复的细胞和分子机制 | 急性心肌梗死后的心脏细胞类型 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | NA |
| 84 | 2026-09-19 |
A human forebrain organoid model phenocopies dysregulated RNA and protein homeostasis in ALS/FTD-associated TDP-43 proteinopathies
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.09.687455
PMID:41292965
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研究论文 | 该研究利用携带TDP-43 K181E突变的iPSC构建前脑类器官模型，自发重现ALS/FTD相关的TDP-43蛋白病变及RNA和蛋白质稳态失调 | 首次利用患者突变iPSC来源的前脑类器官在无外部应激或TDP-43过表达的条件下自发重现TDP-43蛋白病变，包括细胞质p-TDP-43积聚、RNA失调和隐蔽外显子包含 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 建立一种由ALS相关TDP-43突变驱动、能自发表现TDP-43病理的人类iPSC来源前脑类器官系统，以研究TDP-43介导的神经退行性变机制 | 携带TDP-43 K181E患者突变的iPSC来源前脑三维类器官 | 数字病理学 | 肌萎缩侧索硬化症和额颞叶痴呆 | 单细胞RNA测序, eCLIP, 免疫染色, RT-PCR, 生化分析 | iPSC来源前脑类器官模型 | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, eCLIP | NA | NA |
| 85 | 2026-09-19 |
Dissecting mammalian cortical circuit development at single-cell resolution using inducible barcoded rabies virus
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.07.687321
PMID:41292979
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研究论文 | 该研究开发了一种可诱导条形码狂犬病病毒（ibRV），用于在单细胞分辨率下对小鼠皮层神经环路进行时间可控的标记，并结合单细胞基因组学与空间转录组学解析其发育过程 | 开发了可诱导条形码狂犬病病毒（ibRV），克服了传统单突触狂犬病示踪的细胞毒性、低通量、标记时间不可控以及无法获取单个神经元分子图谱等局限，实现了时间可控的突触环路标记与高通量单细胞基因组学读出 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类或其他哺乳动物中验证；ibRV的长期毒性、标记效率及对复杂环路的覆盖度仍需进一步评估 | 开发新型环路示踪工具，并解析哺乳动物皮层神经环路在产前晚期和出生后的发育过程及其分子机制 | 小鼠皮层神经环路 | 单细胞基因组学, 空间转录组学, 神经科学, 机器学习 | 神经发育障碍 | 单细胞基因组学, 空间转录组学, 单突触狂犬病病毒示踪 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞基因组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 86 | 2026-09-19 |
Genetic and Cellular Architecture of Breast Cancer Risk in Multi-Ancestry Studies of 159,297 Cases and 212,102 Controls
2025-Nov-07, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.08.20.25334075
PMID:40909829
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研究论文 | 该研究利用涵盖非洲、东亚、欧洲和西班牙裔/拉丁裔人群的全基因组关联分析（GWAS）汇总数据，系统解析了乳腺癌的跨种族遗传与细胞架构 | 迄今规模最大的乳腺癌多种族GWAS研究，整合了四个种族群体的汇总统计数据，并首次将GWAS结果与Tabula Sapiens单细胞RNA测序图谱整合，识别跨种族共享的细胞类型关联 | 摘要中未明确提及研究局限性，但GWAS汇总统计数据的分析可能受限于原始研究的样本特征和表型定义差异 | 解析乳腺癌在不同种族群体中的遗传架构，包括遗传力、易感标记数量、跨样本遗传相关性以及细胞类型特异性关联 | 乳腺癌病例和对照人群，涵盖非洲、东亚、欧洲和西班牙裔/拉丁裔四个种族群体 | 机器学习, 数字病理学 | 乳腺癌 | GWAS, 单细胞RNA测序 | 稀疏正态混合效应模型 | 基因型数据, 文本, 图像 | 159,297例病例和212,102例对照，共计371,399个样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | NA | Tabula Sapiens单细胞RNA测序图谱 |
| 87 | 2026-09-19 |
Circuit-specific gene editing for precision modulation of neuronal activity with CRISPR-rabies virus
2025-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.686433
PMID:41278687
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研究论文 | 本文开发了一种结合狂犬病毒跨突触传播与CRISPR基因编辑的技术（CRV），用于在特定神经回路中实现精准基因编辑，并调控神经元活动 | 利用狂犬病毒的跨突触传播特性，结合细胞类型特异性Cas9表达，实现了在解剖学定义的神经回路中进行靶向基因编辑，并兼容3'捕获单细胞RNA测序，可同时进行回路扰动和分子谱分析 | 未明确提及 | 开发一种能够在特定神经回路中实现精准基因编辑的平台，以研究神经回路中的基因功能并为脑部疾病开发新的基因疗法 | 小鼠海马CA3区的parvalbumin中间神经元和锥体神经元 | 神经科学, 基因编辑, 单细胞组学 | 脑部疾病 | CRISPR基因编辑, 狂犬病毒跨突触传播, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 电生理数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 3'捕获单细胞RNA测序 |
| 88 | 2026-09-19 |
Exploring the prognostic value of T cell exhaustion and mitochondrial dysfunction related genes in breast cancer through bioinformatics analysis and RT-qPCR validation
2025-Nov-06, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01888-5
PMID:41193924
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研究论文 | 通过生物信息学分析和RT-qPCR验证，探索T细胞耗竭和线粒体功能障碍相关基因在乳腺癌中的预后价值并构建预后模型 | 首次将T细胞耗竭和线粒体功能障碍相关基因结合，构建乳腺癌预后风险模型，并通过单细胞转录组学揭示MIF-(CD74+CD44)串扰机制 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，需要更多前瞻性临床队列验证预后模型的普适性 | 识别乳腺癌中与T细胞耗竭和线粒体功能障碍相关的预后基因，并构建预后模型 | 乳腺癌患者的肿瘤和正常样本转录组及临床数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 转录组测序，RT-qPCR | 回归分析 | 转录组数据，临床数据，图像 | 5041个差异表达基因，7个预后基因 | NA | bulk RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2026-09-19 |
Atomistic TCR-ligand interactions instruct memory T-cell differentiation
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.05.686789
PMID:41279151
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研究论文 | 本文通过整合单细胞转录组与TCR测序、生物物理力学测量和结构分析，揭示了TCR与pMHC的原子级相互作用如何决定CD8记忆T细胞向TCM或TEM亚群分化的命运。 | 首次系统地将242个鼠源CD8 TCR克隆型的单细胞转录组、力学依赖性TCR-pMHC结合测量、记忆发育和结构分析整合，发现TCRα/β驱动偏向与TCM/TEM命运相关，并揭示双极克隆型具有最广的异亚型交叉反应性，提出了TCR多样性预测病原演化和信号极性决定记忆命运的新机制。 | 研究基于小鼠模型和特定流感病毒表位，结论是否适用于人类和其他病原体尚需验证；样本量有限，且未全面探讨其他共刺激信号和细胞因子环境对记忆分化的影响。 | 在分子水平上阐明 naive CD8 T 细胞在抗原 encounters 后如何分化为长寿命中央记忆（TCM）与效应记忆（TEM）亚群，并揭示TCR-配体相互作用的原子细节如何指导这一命运决定。 | 242个针对流感A病毒NP表位（H-2D^b限制）的鼠源CD8 TCRαβ克隆型及其对应的记忆T细胞亚群。 | 免疫学、单细胞组学、结构生物学 | 流感病毒感染、癌症 | 单细胞转录组测序、TCR测序、力依赖性生物物理测量、结构分析 | NA | 单细胞转录组数据、TCR序列、生物物理力学数据、结构数据 | 242个鼠源CD8 TCRαβ克隆型 | NA | 单细胞RNA-seq、TCR-seq | NA | NA |
| 90 | 2026-09-19 |
A Reference Atlas of the Human Dorsal Root Ganglion
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.05.686654
PMID:41279342
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研究论文 | 构建了涵盖126名供体、覆盖颈胸腰段背根神经节的人类背根神经节参考细胞图谱，解析了22种神经元亚型和10种非神经元细胞类型 | 首次构建大规模人类背根神经节参考细胞图谱，结合跨物种整合、空间转录组学和微神经造影技术，发现人类背根神经节胞体比小鼠更大且传导速度更快，揭示了已知和先前未识别的与痛觉、机械感觉、温度感觉和本体感觉相关的神经元亚型 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 构建人类背根神经节的参考细胞图谱，深入理解人类背根根神经节神经元的细胞和分子特征，为慢性疼痛及周围神经系统疾病的治疗提供新策略 | 126名供体的颈段、胸段和腰段背根神经节细胞和细胞核 | 单细胞转录组学 | 慢性疼痛 | 单细胞转录组测序, 单核转录组测序, 空间转录组学, 微神经造影 | NA | 转录组数据, 图像 | 126名供体的颈段、胸段和腰段背根神经节样本 | NA | single-cell RNA-seq, single-nucleus RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 91 | 2026-09-19 |
Base editing and nanoparticle transfection of airway cell types essential for treatment of cystic fibrosis
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.06.687048
PMID:41279346
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研究论文 | 该研究利用碱基编辑器和聚合物纳米颗粒转染技术，在原发性囊性纤维化（CF）气道细胞中纠正致病性剪接位点变异，并通过单细胞RNA测序揭示CFTR转录本在多种气道上皮细胞类型中的显著增加，验证了非病毒递送平台的治疗潜力 | 首次将碱基编辑RNA与聚合物纳米颗粒（PNP）递送系统结合用于CF气道上皮细胞的基因纠正，通过单细胞RNA测序揭示了离子细胞和分泌型杯状细胞中CFTR表达的显著富集，并发现玻连蛋白是PNP在体内形成蛋白冠的主要成分 | PNP在完全分化的气道培养物中仅能将报告RNA递送至祖基底细胞，且预孵育玻连蛋白并未增强递送效率；研究主要在永生化细胞和原代细胞中进行，体内递送效率和长期治疗效果仍需进一步验证 | 开发一种可扩展的非病毒平台，通过碱基编辑和纳米颗粒递送技术纠正CF气道细胞中的致病性变异，为对CFTR调节剂无响应的约10%患者提供持久治疗策略 | 原发性囊性纤维化（CF）气道细胞、永生化气道细胞、完全分化的气道培养物 | 基因编辑、纳米医学、呼吸系统疾病治疗 | 囊性纤维化（CF） | 碱基编辑（base editing）、单细胞RNA测序、纳米颗粒递送 | 碱基编辑器（base editor）、聚合物纳米颗粒（PNP） | RNA测序数据、图像、文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 92 | 2026-09-19 |
HTRA1-AS1, an ARMS2-region long non-coding RNA, is downregulated in retinas of age-related macular degeneration patients
2025-Nov-06, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.10.29.25338834
PMID:41282784
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研究论文 | 该文章通过视网膜RNA-seq数据鉴定并验证了位于ARMS2区域的lncRNA HTRA1-AS1，并发现其在年龄相关性黄斑变性（AMD）患者视网膜中表达下调，且在氧化应激条件下表达上调 | 首次鉴定并验证了ARMS2区域内的一条反义lncRNA HTRA1-AS1，揭示了其在AMD视网膜中的差异性表达以及在香烟烟雾提取物诱导的氧化应激下的显著上调，提示其可能作为非编码调控元件参与AMD的转录失调 | 研究主要基于相关性分析，缺乏对HTRA1-AS1具体分子机制和功能验证的深入实验；样本来源为死后视网膜组织，可能存在RNA降解等混杂因素；iPSC-RPE模型仅涉及两种氧化应激源 | 探究10q26位点ARMS2-HTRA1区域内长非编码RNA在年龄相关性黄斑变性（AMD）发病中的潜在作用 | 人死后视网膜组织（AMD患者与对照）、人iPSC来源的视网膜色素上皮（RPE）细胞 | 数字病理学, 机器学习 | 年龄相关性黄斑变性 | RNA-seq, RT-PCR, Sanger测序, 单细胞RNA-seq | NA | RNA-seq数据, 文本, 图像 | 43例AMD供体视网膜和44例对照供体视网膜；iPSC来源的RPE细胞（数量未明确） | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 93 | 2026-09-19 |
Biallelic BRF2 mutations disrupt redox homeostasis as etiological factors in syndromic immunodeficiency and developmental disorders
2025-Nov-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.006
PMID:40781771
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研究论文 | 该研究通过全外显子测序和单细胞RNA测序，在一个表现为多系统异常、恶性肿瘤和原发性免疫缺陷的家族性病例中鉴定并表征了新的双等位基因BRF2变异，揭示了BRF2功能障碍与氧化还原稳态紊乱之间的致病联系 | 首次鉴定并表征了导致RNA聚合酶III活性受损的新型双等位基因BRF2变异，建立了BRF2功能障碍与氧化还原稳态紊乱之间的致病联系，揭示了GPX1和GPX4为BRF2依赖性RNA聚合酶III转录的氧化还原调控基因 | 仅基于单个家族性病例，样本量有限，缺乏更大规模的队列验证和动物模型实验来进一步确认致病机制 | 鉴定与BRF2突变相关的遗传性疾病及其分子发病机制 | 一个表现为多系统异常、恶性肿瘤和原发性免疫缺陷的家族性病例患者 | 医学遗传学 | 原发性免疫缺陷 | 全外显子测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因序列, 文本 | 1例家族性病例患者的外周血细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 全外显子测序 | NA | NA |
| 94 | 2026-09-19 |
Galectin-9 inhibition of the MIF-CD74/CD44 pathway suppresses chronic arthritis
2025-Nov-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.016
PMID:40798883
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序鉴定出类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞中一个具有线粒体和内质网功能障碍的MIF亚群，并发现重组半乳糖凝集素-9（sGal-9）通过阻断MIF-CD44通路抑制RA-FLS的侵袭性表型 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定出具有线粒体和内质网功能障碍的MIF亚群，并发现sGal-9作为新型抗MIF制剂可通过阻断CD44（包括CD44v6亚型）有效抑制RA-FLS的破坏性表型 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探索靶向RA-FLS的治疗策略，研究sGal-9通过抑制MIF-CD44/CD44v6通路调控RA-FLS侵袭性表型的机制及治疗效果 | 类风湿关节炎患者的成纤维样滑膜细胞（RA-FLSs）、异种移植关节炎模型及胶原诱导性关节炎小鼠模型 | 单细胞组学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本（基因表达数据） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 95 | 2026-09-19 |
Enhanced hematopoietic stem cell self-renewal and engraftment through human lung exosomal communication
2025-Nov-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.020
PMID:40798884
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研究论文 | 该研究通过单细胞外泌体追踪和体内移植实验，揭示肺细胞来源外泌体通过通讯调控造血干细胞自我更新和植入能力 | 首次发现肺细胞通过外泌体通讯调控长期造血干细胞稳态，突破了传统认为仅由骨髓微环境调控的认知，并开发了单细胞外泌体追踪流程 | 摘要中未明确说明研究的局限性 | 探究肺细胞来源外泌体对造血干细胞自我更新和植入能力的调控作用及其分子机制 | 人造血干细胞、人原代小气道上皮细胞来源外泌体 | 单细胞组学 | 镰状细胞病、骨髓衰竭 | 单细胞RNA测序、外泌体microRNA分析、蛋白质组学、单细胞外泌体追踪 | NA | 基因表达数据、microRNA数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 96 | 2026-09-19 |
Precision T cell correction platform for inborn errors of immunity
2025-Nov-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.018
PMID:40808259
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研究论文 | 本文介绍了一种基于同源定向修复（HDR）的T细胞单核苷酸变异（SNV）精准校正平台，用于治疗先天性免疫错误（IEI），并在多种IEI模型中验证了其有效性和安全性 | 建立了一种高效、可移植的T细胞SNV校正平台，最高可达80%的校正效率，并通过GUIDE-seq、单细胞RNA测序、长读长基因组测序和蛋白质组学分析进行了全面的安全性评估，未检测到基因组、转录组或蛋白质组异常 | 摘要中未明确提及研究限制，可能包括HDR效率在不同类型细胞或不同位点间的差异、脱靶效应的长期风险评估、以及临床转化的可行性和成本等问题 | 开发一种精准的T细胞基因校正平台，用于治疗先天性免疫错误（IEI），作为造血干细胞移植的替代治疗方案 | 先天性免疫错误（IEI）患者，包括STAT1功能获得性突变、软骨毛发发育不全、ADA2缺乏症和自身免疫性多内分泌病-念珠菌病-外胚层营养不良等疾病模型 | 基因编辑、免疫治疗 | 先天性免疫错误（IEI），包括STAT1功能获得性突变、软骨毛发发育不全、ADA2缺乏症、自身免疫性多内分泌病-念珠菌病-外胚层营养不良 | CRISPR-Cas9基因编辑、同源定向修复（HDR） | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据 | NA | Illumina, Oxford Nanopore Technologies | 单细胞RNA测序, 长读长基因组测序 | NA | NA |
| 97 | 2026-09-19 |
Adaptive resampling for improved machine learning in imbalanced single-cell datasets
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.04.686583
PMID:41279118
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研究论文 | 本文提出一种自适应重采样（AR）方法，通过在线自适应地基于学习的潜在结构重采样数据，改善不平衡单细胞转录组数据上的机器学习模型性能 | 提出自适应重采样（AR）方法，基于模型学习到的潜在结构在线自适应地重采样数据，与模型训练同时进行，以解决现有工具难以有效建模代表性不足和分布外细胞特征或状态的问题 | 摘要中未明确说明研究局限性 | 改善不平衡单细胞转录组数据上的机器学习模型表示学习和预测性能 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 98 | 2026-09-19 |
Single Cell Analysis of pBMCs of Psoriasis patients reveals distinct CD4+ T cell phenotypes associated with response to IL-23 blockade
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.04.686122
PMID:41279198
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序分析了银屑病患者的pBMCs，揭示了与IL-23阻断治疗反应相关的不同CD4+ T细胞表型 | 首次通过单细胞RNA测序在MINIMA临床试验框架下，鉴定了与IL-23阻断治疗良好反应相关的循环CD4+ T细胞亚群，并发现Th1样细胞特征与更好的皮肤改善相关 | 样本量相对较小（27例患者），需要更大规模的验证研究来确认这些细胞特征作为生物标志物的临床实用性 | 识别与IL-23阻断治疗反应相关的循环免疫细胞特征，以预测银屑病患者对IL-23抑制剂的临床反应 | 27名银屑病或银屑病关节炎患者的治疗前外周血单个核细胞（pBMCs） | 单细胞组学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 27名银屑病或银屑病关节炎患者的pBMCs | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 99 | 2026-09-19 |
scFPC-DE: Robust Differential Expression Analysis Along Single Cell Trajectories via Functional Principal Component Analysis
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.686374
PMID:41279951
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研究论文 | 该文章提出了scFPC-DE，一种基于功能数据分析（FDA）的轨迹差异表达分析方法，用于沿单细胞轨迹识别时序差异表达基因 | 将基因表达建模为伪时间在L2空间中的函数，并通过功能主成分分析（FPC）导出的特征函数表示协方差结构，有效捕获轨迹上的信息性基因表达模式，同时减轻零膨胀的影响 | 仅基于模拟数据和B细胞亚型的scRNA-seq数据集进行验证，尚未在更多样化的生物学系统和更大规模的数据集中广泛评估 | 识别沿伪时间轨迹的时序差异表达基因（TDEGs），以表征细胞发育动态过程 | scRNA-seq数据中的基因表达沿伪时间轨迹的变化 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 功能主成分分析（FPC） | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 100 | 2026-09-19 |
FADVI: disentangled representation learning for robust integration of single-cell and spatial omics data
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.683998
PMID:41278629
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研究论文 | 提出FADVI，一种变分自编码器框架，通过将潜在空间划分为批次特异、标签相关和残差子空间，实现单细胞和空间组学数据的稳健整合 | 通过结合监督分类、对抗训练和交叉协方差惩罚，强制表示独立，从而在纠正批次效应的同时保留生物变异，并能进行特征归因揭示与细胞类型身份和批次变异相关的基因 | 未明确提及 | 解决单细胞和空间组学数据整合中由于实验和平台间的强批次效应带来的挑战，实现稳健且可解释的整合 | scRNA-seq、scATAC-seq和高分辨率空间转录组学数据集 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, 高分辨率空间转录组学 | 变分自编码器 | 单细胞和空间组学数据 | 多个数据集（具体数量未指定） | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |