本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 941 | 2025-11-10 |
3D-generation of high-purity midbrain dopaminergic progenitors and lineage-guided refinement of grafts supports Parkinson's disease cell therapy
2025-Nov-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.10.001
PMID:41151578
|
研究论文 | 开发了一种三维分化方法SphereDiff,用于生成高纯度中脑多巴胺能祖细胞,并通过谱系引导优化提高帕金森病细胞治疗的安全性和有效性 | 开发了SphereDiff三维分化方法生成高纯度mDA祖细胞;利用单细胞空间转录组学揭示移植后细胞分布模式;采用交叉移植单细胞分裂条形码技术解析供体细胞克隆谱系命运 | 研究主要在PD模型小鼠中进行,尚未进行人体临床试验 | 提高帕金森病细胞治疗中中脑多巴胺能神经元的分化效率和移植后存活率 | 人类多能干细胞、中脑多巴胺能祖细胞、PD模型小鼠 | 再生医学 | 帕金森病 | 三维分化、单细胞空间转录组学、交叉移植单细胞分裂条形码 | NA | 转录组数据、空间分布数据 | PD模型小鼠 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 942 | 2025-11-10 |
Venetoclax plus gilteritinib is effective in preclinical models of FLT3-mutant BCL11B-a lineage-ambiguous leukemia
2025-Nov-06, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025028985
PMID:40811853
|
研究论文 | 本研究评估维奈托克联合吉列替尼在BCL11B-a谱系不明白血病临床前模型中的疗效 | 首次证明BCL-2抑制剂维奈托克与FLT3抑制剂吉列替尼联合治疗对BCL11B-a谱系不明白血病具有协同作用 | 研究仅限于临床前模型,尚未进行临床试验验证 | 探索BCL11B-a谱系不明白血病的靶向治疗策略 | BCL11B-a谱系不明白血病临床前模型 | 血液肿瘤学 | 白血病 | 单细胞RNA测序,BH3分析 | 临床前疾病模型 | 基因表达数据 | 多个临床前模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 943 | 2025-11-10 |
Mapping CMV-related immune signatures in blood, aorta and perivascular mediastinal adipose tissue
2025-Nov-06, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0401
PMID:41194668
|
研究论文 | 本研究通过分析心脏手术患者的血液、主动脉和血管周围纵隔脂肪组织,揭示了巨细胞病毒感染对免疫特征的系统性影响 | 首次在人类主动脉组织中揭示CMV感染导致HLA-C表达下降和干扰素-α信号通路抑制,同时发现表达CD57、GPR56和CX3CR1的CD8 T细胞在血液中增加 | 样本量较小(仅11名参与者),属于初步研究,需要更大规模研究验证 | 探究巨细胞病毒感染如何驱动系统性和组织特异性免疫变化,及其与心血管疾病的潜在关联 | 心脏手术患者的血液、主动脉组织和血管周围纵隔脂肪组织 | 免疫学 | 心血管疾病 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、ELISA、MiloR分析、差异基因表达分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据、血清学数据 | 11名心脏手术患者(4名CMV阴性,7名CMV阳性) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 944 | 2025-11-10 |
Molecular profiling of ex vivo prostate cancer CAF models captures stromal heterogeneity and drug vulnerabilities
2025-Nov-06, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02792-3
PMID:41198614
|
研究论文 | 通过对前列腺癌相关成纤维细胞进行多组学分析,揭示其转录异质性并识别药物敏感性靶点 | 首次对初治前列腺癌患者来源的原代CAFs进行整合性单细胞多组学分析,发现SOX/FOX/STAT3转录因子网络调控促肿瘤CAF状态,并通过高通量药物筛选鉴定出靶向基质细胞的候选药物 | 仅纳入7例初治患者样本,样本量有限;研究局限于体外模型,未进行体内验证 | 探索前列腺癌相关成纤维细胞的表型异质性和药物敏感性 | 7例初治前列腺癌患者来源的原代癌症相关成纤维细胞 | 单细胞组学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,高通量药物敏感性检测 | NA | 单细胞转录组数据,药物筛选数据 | 7例初治前列腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 945 | 2025-11-10 |
Integration of Single-cell and bulk RNA sequencing data uncovers lymphatic metastasis-related prognostic genes and a predictive model in bladder cancer
2025-Nov-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-22803-8
PMID:41198839
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,揭示了膀胱癌淋巴转移相关的预后基因并建立了预测模型 | 首次结合单细胞和bulk RNA测序数据识别膀胱癌淋巴转移关键基因亚群,并构建了九基因预后模型 | NA | 识别膀胱癌关键预后基因和免疫微环境因子以提升临床评估能力 | 膀胱癌患者的原发肿瘤和淋巴结转移样本 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | 风险预测模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 946 | 2025-11-10 |
Suppression of 6-pyruvoyl-tetrahydropterin synthase promotes remyelination in multiple sclerosis
2025-Nov-06, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-04351-0
PMID:41199250
|
研究论文 | 本研究揭示6-丙酮酰四氢蝶呤合酶(PTS)通过抑制少突胶质前体细胞增殖阻碍多发性硬化症髓鞘再生 | 首次发现PTS是少突胶质前体细胞增殖的负调控因子,并阐明其通过胆固醇生物合成途径影响髓鞘再生的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床转化价值需进一步验证 | 探究PTS在多发性硬化症髓鞘再生障碍中的作用机制 | 少突胶质前体细胞和多发性硬化症小鼠模型 | 神经科学 | 多发性硬化症 | 单细胞测序、条件性基因敲除、转录组分析 | 实验性自身免疫性脑脊髓炎小鼠模型 | 单细胞测序数据、组织染色图像、转录组数据 | 人类和小鼠少突胶质细胞谱系细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 947 | 2025-11-10 |
Trypanosoma brucei cattle infections contain cryptic transmission-adapted bloodstream forms at low parasitaemia
2025-Nov-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64750-y
PMID:41193429
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和显微镜技术发现牛感染布氏锥虫时存在具有传播适应性的隐秘血液形式 | 在低寄生虫血症的牛感染中发现具有锥虫传播适应性的隐秘血液形式,挑战了基于啮齿动物模型的现有假设 | 研究主要基于实验室观察,需要进一步验证这些发现在自然传播环境中的重要性 | 研究布氏锥虫在自然宿主(牛)中的发育和传播机制 | 布氏锥虫在牛和鼠类感染中的发育形式 | 寄生虫学 | 非洲动物锥虫病 | 单细胞RNA测序,显微镜观察 | NA | 转录组数据,显微镜图像 | 牛和鼠类感染样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 948 | 2025-11-10 |
Research on the expression, prognostic value, and regulatory effects on immune microenvironment of NETO2 in oral squamous cell carcinoma
2025-Nov-05, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-15164-y
PMID:41193984
|
研究论文 | 本研究探讨NETO2基因在口腔鳞状细胞癌中的表达、预后价值及其对肿瘤免疫微环境的调控作用 | 首次系统研究NETO2在OSCC中的表达特征,结合单细胞RNA测序分析其在免疫细胞中的表达模式,并探索其与免疫治疗反应和药物敏感性的关联 | 研究主要基于公共数据库分析,实验验证部分有限,需要更多临床样本验证 | 阐明NETO2在口腔鳞状细胞癌中的生物学功能和临床意义 | 口腔鳞状细胞癌组织和细胞 | 生物信息学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, Kaplan-Meier生存分析, 分子对接, 细胞功能实验 | 列线图预测模型 | 基因表达数据, 临床数据, 单细胞测序数据 | TCGA和GEO队列数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 949 | 2025-11-10 |
MaskGraphene: an advanced framework for interpretable joint representation for multi-slice, multi-condition spatial transcriptomics
2025-Nov-05, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03850-w
PMID:41194133
|
研究论文 | 提出MaskGraphene框架,通过图神经网络和自监督学习实现多切片空间转录组数据的可解释联合表征 | 结合掩码自监督学习、三元组损失和聚类级局部对齐,通过软链接和硬链接建立跨切片连接,生成具有高几何保真度的联合嵌入 | NA | 开发能够保持空间几何结构并校正批次效应的空间转录组数据整合方法 | 多切片、多条件的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络(GNN) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 950 | 2025-11-10 |
Ascorbic acid attenuates immunosenescence and cognitive decline via MYH9-Mediated CD8⁺ T cell differentiation
2025-Nov-05, Immunity & ageing : I & A
IF:5.2Q1
DOI:10.1186/s12979-025-00538-4
PMID:41194177
|
研究论文 | 本研究揭示抗坏血酸通过MYH9介导的CD8⁺ T细胞分化减轻免疫衰老并改善认知功能 | 首次发现抗坏血酸通过结合MYH9蛋白调节细胞骨架通路,特异性促进CD8⁺ T细胞分化,从而改善年龄相关的免疫衰老和认知衰退 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类临床试验验证;MYH9抑制实验使用blebbistatin可能存在脱靶效应 | 探究抗坏血酸在缓解免疫衰老和认知衰退中的作用机制 | 16月龄C57BL/6老年小鼠、造血干细胞、外周血单个核细胞、CD8⁺ T细胞 | 免疫学 | 老年性疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、体外分化实验 | 动物模型 | 基因表达数据、细胞计数数据、行为学数据 | 老年C57BL/6小鼠(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 951 | 2025-11-10 |
Prognostic evaluation and experimental validation of cuproptosis-related hub genes identified through weighted gene co-expression network analysis in uveal melanoma
2025-Nov-05, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03978-6
PMID:41194198
|
研究论文 | 本研究通过加权基因共表达网络分析识别铜死亡相关基因,构建了能够准确预测葡萄膜黑色素瘤预后的CRG_score模型 | 首次在葡萄膜黑色素瘤中系统研究铜死亡相关基因,构建了具有高预测准确性的预后模型,并验证了铜死亡诱导剂对肿瘤细胞的抑制作用 | 研究样本量相对有限,需要更多临床样本验证模型的普适性 | 探索铜死亡相关基因在葡萄膜黑色素瘤预后评估和治疗中的作用 | 葡萄膜黑色素瘤患者样本和肿瘤细胞 | 生物信息学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 加权基因共表达网络分析,转录组相关性分析,差异分析,LASSO Cox回归,单细胞RNA测序,细胞实验 | CRG_score预后模型 | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 221例葡萄膜黑色素瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 952 | 2025-11-10 |
Oral Multi-Enzymatic Manganese-Carbon Dots Alleviate Sepsis-Associated Lung Injury via the Gut-Lung Axis
2025-Nov-04, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.5c10625
PMID:41128412
|
研究论文 | 本研究开发口服锰掺杂碳点通过调节肠道菌群稳态和靶向肠肺轴缓解脓毒症相关肺损伤 | 首次设计具有多酶模拟活性的锰掺杂碳点,通过肠肺轴机制调控巨噬细胞胞葬作用和抗炎极化 | 研究主要基于小鼠模型,人体应用效果尚需验证 | 探索通过肠肺轴干预脓毒症相关肺损伤的新策略 | 脓毒症相关肺损伤小鼠模型和巨噬细胞 | 生物医学工程 | 脓毒症相关肺损伤 | 单细胞测序,宏基因组学,代谢组学,粪便微生物移植 | NA | 基因组数据,代谢组数据,转录组数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞测序,宏基因组学,代谢组学 | NA | NA |
| 953 | 2025-11-10 |
Decoding melanoma's cellular mosaic to unlock immunotherapy potential
2025-Nov, Trends in cell biology
IF:13.0Q1
DOI:10.1016/j.tcb.2025.01.009
PMID:40023663
|
综述 | 本文综述了单细胞多组学技术如何揭示皮肤黑色素瘤的细胞异质性及其对免疫治疗耐药机制的理解 | 将单细胞多组学技术应用于解析黑色素瘤的细胞异质性,类比庞贝城马赛克解读来阐释癌症研究的突破性视角 | NA | 探讨单细胞多组学技术对黑色素瘤生物学特性及免疫治疗耐药机制的研究进展 | 皮肤黑色素瘤的肿瘤细胞异质性及肿瘤微环境 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞测序, 空间多组学 | NA | 单细胞多组学数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 954 | 2025-11-10 |
Branch-specific gene discovery in cell differentiation using multi-omics graph attention
2025-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013664
PMID:41183107
|
研究论文 | 提出基于异构图注意力机制的BranchKGN框架,用于识别细胞分化轨迹中的分支特异性关键基因 | 开发了基于异构图变换器的多组学整合方法,能够识别细胞分化分支点及其后代谱系中持续提供信息的关键基因 | NA | 解析细胞分化过程中的基因调控机制 | 细胞分化轨迹中的分支特异性关键基因 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 图变换器, 注意力机制 | 单细胞多组学数据 | 三个独立数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 955 | 2025-11-10 |
A comprehensive molecular atlas of the mesenchymal cell types in the mouse liver
2025-Nov, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-025-00580-9
PMID:40954217
|
研究论文 | 通过深度单细胞RNA测序构建了成年小鼠肝脏主要细胞类型的全面分子图谱 | 首次系统揭示肝脏内皮细胞和间充质细胞的多样性,发现门静脉区具有混合动静脉表型,识别出纤维化疾病中扩张的先前未知的被膜肝星状细胞群 | 研究仅限于小鼠模型,人类肝脏的适用性需要进一步验证 | 解析肝脏细胞分子结构,为肝病治疗提供理论基础 | 成年小鼠肝脏细胞 | 单细胞组学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 成年小鼠肝脏细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 956 | 2025-11-10 |
Cationic nanoparticle targets cGAS-STING axis to drive functional orofacial muscle regeneration
2025-Nov-01, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 本研究开发了阳离子纳米颗粒MSN-PEI用于清除细胞游离DNA,通过调控cGAS-STING轴促进口面部肌肉功能性再生 | 首次利用阳离子纳米颗粒靶向清除cfDNA调控肌肉再生微环境,揭示cfDNA通过TLR9和cGAS-STING信号通路影响巨噬细胞-肌肉卫星细胞交互作用的新机制 | 研究仅使用小鼠冷冻损伤模型,尚未在更大型动物或临床环境中验证 | 探究cfDNA清除如何促进口面部肌肉再生及影响微环境与肌肉卫星细胞的相互作用 | 小鼠口面部肌肉(咬肌)损伤模型 | 再生医学 | 肌肉纤维化 | 单细胞RNA测序,组织学分析,功能分析,分子分析,转录组分析 | NA | 基因表达数据,组织图像数据,功能测量数据 | 小鼠肌肉损伤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 957 | 2025-11-09 |
Integrative single-cell and bulk RNA-seq analysis identifies glycosyltransferases-related signature in triple negative breast cancer
2025-Nov-08, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01729-4
PMID:41203941
|
研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA-seq分析识别三阴性乳腺癌中糖基转移酶相关特征 | 首次结合单细胞和bulk RNA-seq数据构建糖基转移酶相关基因特征,并验证其在肿瘤微环境中的作用 | 使用公开数据集,缺乏独立验证队列 | 识别三阴性乳腺癌中糖基转移酶的分子靶点,提高预后准确性和免疫治疗效果 | 三阴性乳腺癌患者和细胞系 | 生物信息学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,CCK-8细胞活力检测,划痕愈合实验,Transwell迁移侵袭实验 | 风险模型,基因特征模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 958 | 2025-11-09 |
Interplay of Molecular Subtypes Associated with Butyrate Metabolism Elucidates Clinical Characteristics and Tumor Microenvironment in Prostate Cancer
2025-Nov-08, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-025-05476-x
PMID:41205043
|
研究论文 | 本研究通过分析前列腺癌患者的分子亚型与丁酸盐代谢的相互作用,揭示了其与临床特征和肿瘤微环境的关联 | 首次基于丁酸盐代谢相关基因将前列腺癌分为两个分子亚型,并发现FOS-miR-27b轴在肿瘤进展中的关键作用 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 阐明丁酸盐代谢在前列腺癌发生发展中的分子机制及其临床意义 | 前列腺癌患者组织和细胞系 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组分析,机器学习,荧光素酶报告实验,qRT-PCR,FISH | RSF+GBM集成学习模型 | 转录组数据,临床数据 | TCGA和GEO数据库中的前列腺癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 959 | 2025-11-09 |
Vascular Niches Are the Primary Hotspots in Cardiac Aging
2025-Nov-07, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.327060
PMID:41090219
|
研究论文 | 本研究通过整合单核RNA测序和空间转录组学技术,揭示了血管微环境是心脏衰老过程中的主要热点区域 | 首次通过整合单核RNA测序和空间转录组学技术系统描绘了心脏衰老过程中的微环境变化,并识别出血管相关细胞生态位作为衰老的关键热点 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类心脏组织中验证 | 探究心脏组织中驱动年龄相关变化的微环境特征 | 3月龄和18月龄小鼠的心脏组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学, 衰老细胞清除治疗 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 不同年龄阶段的小鼠心脏组织 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 960 | 2025-11-09 |
Smoking-Induced STC2+ Tumor Cells Drive Tumor-Vascular Crosstalk in Laryngeal Squamous Cell Carcinoma via Spatial and Single-Cell Transcriptomics
2025-Nov-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202511932
PMID:41203580
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学揭示吸烟相关喉鳞状细胞癌中STC2+肿瘤细胞通过调控血管通透性促进肿瘤进展的机制 | 首次发现STC2在吸烟相关LSCC中的双峰分化特征及其通过TGFBI-ITGA5轴介导肿瘤-血管相互作用的新机制 | 研究样本量有限,机制验证主要依赖体外实验,需要更多临床样本验证 | 探索吸烟相关喉鳞状细胞癌的肿瘤微环境异质性及肿瘤-血管相互作用机制 | 吸烟相关喉鳞状细胞癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 喉癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |