本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 881 | 2025-07-06 |
Combining spatial transcriptomics and AI to enhance brain tumour diagnosis
2025-Nov, Nature reviews. Cancer
DOI:10.1038/s41568-025-00851-6
PMID:40615732
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 882 | 2025-10-21 |
Wnt1's Differential Effects on Craniofacial Bone and Tooth Development
2025-Nov, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345251336191
PMID:40454459
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和转基因小鼠模型揭示了Wnt1在颅面骨和牙齿发育中的差异作用 | 首次系统揭示Wnt1对神经嵴来源和间充质来源颅面骨发育的差异影响,并发现其对破骨细胞生成的剂量依赖性抑制作用 | 研究主要基于小鼠模型,结果向人类转化的适用性需要进一步验证 | 探究Wnt1信号在颅面骨和牙齿发育中的具体作用机制 | 小鼠切牙及颅面骨组织 | 发育生物学 | 颅面发育异常 | 单细胞测序, bulk RNA测序, 显微CT, 体外实验 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据, 影像数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 883 | 2025-10-21 |
Cellular senescence and its association with aldose reductase promote cyst growth in autosomal dominant polycystic kidney disease
2025-Nov, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2025.05.027
PMID:40578685
|
研究论文 | 本研究探讨细胞衰老及其相关因子醛糖还原酶在常染色体显性多囊肾病囊肿生长中的作用 | 首次揭示细胞衰老通过SASP促进ADPKD囊肿生长,并鉴定AKR1B1为关键SASP因子 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 阐明细胞衰老在ADPKD发病机制中的作用 | Pkd1突变小鼠和人类ADPKD肾脏组织 | 病理生物学 | 常染色体显性多囊肾病 | 单细胞RNA测序,转基因小鼠模型 | INK-ATTAC转基因小鼠模型 | 基因表达数据,组织学数据 | Pkd1突变小鼠和人类ADPKD肾脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 884 | 2025-10-20 |
Spatially resolved transcriptomics reveals a unique disease signature and potential biomarkers for chronic traumatic encephalopathy
2025-Nov-01, Journal of neuropathology and experimental neurology
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/jnen/nlaf078
PMID:40680295
|
研究论文 | 利用空间转录组学技术揭示慢性创伤性脑病的独特疾病特征和潜在生物标志物 | 首次通过空间转录组学在CTE病灶中发现21个基因的共同特征,揭示星形胶质细胞激活和细胞外基质重塑等关键病理机制 | 研究样本仅限于死后组织,无法进行纵向动态观察 | 解析慢性创伤性脑病的分子病理机制并寻找潜在诊断生物标志物 | 慢性创伤性脑病患者病灶组织与匹配正常组织 | 数字病理学 | 慢性创伤性脑病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 来自同一患者个体的CTE病灶和匹配正常组织 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium空间转录组学平台 |
| 885 | 2025-10-20 |
Neoadjuvant immune checkpoint inhibition improves protection against hepatic melanoma metastasis
2025-Nov-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217950
PMID:40714065
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型证明新辅助免疫检查点抑制剂治疗对肝黑色素瘤转移具有更好的保护作用 | 首次比较新辅助与辅助免疫检查点抑制剂治疗在预防肝黑色素瘤转移中的效果差异 | 研究基于小鼠模型,需要进一步临床验证 | 评估新辅助免疫检查点抑制剂是否能预防肝黑色素瘤转移和治疗耐药性 | WT31和B16F10 luc2黑色素瘤细胞系的小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫荧光,原位杂交,多重细胞因子检测 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据,图像数据,细胞因子数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 886 | 2025-10-18 |
Single-cell transcriptomics reveals Sox6 positive interneurons enriched in the prefrontal cortex of female mice vulnerable to chronic social stress
2025-Nov, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-025-03088-9
PMID:40581656
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示雌性小鼠前额叶皮层中Sox6阳性中间神经元在慢性社交应激易感性中的富集现象 | 首次在雌性小鼠中发现Sox6中间神经元在应激诱导抑郁中的特异性作用,并揭示其与炎症反应和突触功能的关联 | 研究仅限于小鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 探究慢性社交应激下雌性小鼠前额叶皮层的细胞和分子变化机制 | 雌性小鼠的前额叶皮层细胞 | 神经科学 | 抑郁症 | 单核RNA测序,加权基因共表达网络分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 慢性社交挫败应激模型的雌性小鼠 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 887 | 2025-10-17 |
Advances in single-cell DNA sequencing enable insights into human somatic mosaicism
2025-Nov, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-025-00832-3
PMID:40281095
|
综述 | 本文综述了单细胞DNA测序技术在揭示人类体细胞嵌合现象方面的最新进展 | 突破了传统单细胞DNA测序的技术瓶颈,能够解析复杂克隆模式组织的遗传景观、稀缺样本和非循环细胞的遗传特征 | NA | 探讨单细胞DNA测序技术在理解体细胞嵌合机制和疾病诊断中的应用 | 人类体细胞和组织样本 | 基因组学 | 癌症和非癌性疾病 | 单细胞DNA测序、全基因组扩增、全基因组测序 | NA | DNA序列数据 | NA | NA | 单细胞DNA测序 | NA | NA |
| 888 | 2025-07-17 |
Mapping trait-associated cells with spatial transcriptomics
2025-Nov, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-025-00877-4
PMID:40664743
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 889 | 2025-10-15 |
Exploring the Epidemiology and Molecular Mechanisms of Riboflavin Against Chronic Kidney Disease Based on Data Mining, Single-Cell RNA Sequencing and Molecular Docking
2025 Nov-Dec, Journal of the American Nutrition Association
IF:6.8Q1
DOI:10.1080/27697061.2025.2509900
PMID:40435123
|
研究论文 | 本研究通过数据挖掘、单细胞RNA测序和分子对接探索核黄素与慢性肾脏病的流行病学关联及分子机制 | 首次结合流行病学调查、单细胞RNA测序和分子对接技术系统揭示核黄素通过调节炎症因子和信号通路预防慢性肾脏病的机制 | 研究主要基于公共数据库和回顾性数据,需要进一步实验验证 | 探索核黄素与慢性肾脏病的流行病学关联及其分子作用机制 | 慢性肾脏病患者及核黄素作用靶点 | 生物信息学 | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序, 分子对接, 数据挖掘, 逻辑回归模型, 限制性立方样条 | 逻辑回归模型, 中介分析模型 | 流行病学调查数据, 基因表达数据, 蛋白质结构数据 | 美国国家健康与营养调查数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 890 | 2025-10-11 |
Reduced Availability of Essential Amino Acids Disrupts Differentiation of Anorexigenic POMC Neurons in the Fetal Rat Hypothalamus
2025-Nov, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-025-05201-z
PMID:40681826
|
研究论文 | 本研究探讨妊娠期蛋白质限制对胎儿下丘脑发育的影响,特别是对调节食欲和能量平衡的神经元群体形成的影响 | 首次揭示必需氨基酸减少通过mTOR信号通路和表观遗传机制选择性破坏ISL1前体细胞向POMC神经元分化 | 仅研究了特定发育窗口期,需要进一步研究其他发育阶段 | 探究宫内生长受限与长期代谢紊乱风险的机制联系 | 妊娠期蛋白质限制的大鼠模型及其胎儿下丘脑发育 | 发育生物学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序, EdU标记, 免疫组织化学, RNAscope, mTOR信号分析, DNA甲基化分析 | NA | 基因表达数据, 组织图像, 甲基化数据 | 妊娠15天和17天的大鼠胎儿下丘脑组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 891 | 2025-10-05 |
Multi-pronged analysis of pediatric low-grade glioma and ganglioglioma reveals a unique tumor microenvironment associated with BRAF alterations
2025-Nov, Brain pathology (Zurich, Switzerland)
DOI:10.1111/bpa.70023
PMID:40588233
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序、空间转录组学和细胞因子分析研究儿童低级别胶质瘤和神经节胶质瘤的肿瘤微环境特征 | 首次采用多组学方法揭示不同BRAF突变类型肿瘤的免疫微环境差异 | 需要进一步研究免疫细胞浸润和肿瘤-免疫相互作用的机制 | 深入理解儿童低级别胶质瘤生物学特征以开发更有效的治疗方法 | 毛细胞星形细胞瘤(PA)和神经节胶质瘤(GG) | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 细胞因子分析 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 892 | 2025-10-05 |
Prognostic model for predicting recurrence-free survival in hepatocellular carcinoma using integrated analysis of single-cell RNA-sequencing and bulk RNA-sequencing
2025-Nov, Oncology letters
IF:2.5Q3
DOI:10.3892/ol.2025.15283
PMID:41040911
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据,构建了预测肝细胞癌患者无复发生存期的预后模型 | 首次整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据构建肝细胞癌预后模型,识别出6个与无复发生存相关的关键基因 | 未明确说明样本来源和具体数量,缺乏多中心验证 | 开发可靠的肝细胞癌复发预测模型以满足临床需求 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, RT-qPCR | LASSO Cox惩罚回归模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 893 | 2025-10-05 |
Fueling fibrosis: metabolic dysregulation in systemic sclerosis
2025-Nov-01, Current opinion in rheumatology
IF:5.2Q1
DOI:10.1097/BOR.0000000000001123
PMID:40916994
|
综述 | 本综述探讨代谢重编程如何驱动系统性硬化症的纤维化和免疫失调 | 系统阐明系统性硬化症中从分解代谢向合成代谢转变的分子机制,揭示代谢通路与纤维化信号的新型关联 | NA | 研究代谢重编程在系统性硬化症发病机制中的作用 | 系统性硬化症患者的代谢通路和纤维化过程 | NA | 系统性硬化症 | 代谢组学分析、单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 894 | 2025-10-05 |
TargetPair: A Single Cell-omics Resource of Clinical Trials-derived Therapeutical Target Combinations for Cancer Therapy
2025-Nov-01, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.169399
PMID:40840587
|
研究论文 | 建立TargetPair数据库,提供临床试验来源的癌症治疗靶点组合及其单细胞组学特征 | 首次系统整合临床相关癌症靶点组合并计算其单细胞水平组学特征 | 数据来源依赖于已发表的临床试验和文献,可能存在选择偏差 | 开发癌症多靶点治疗的理性设计资源 | 癌症治疗靶点组合及其单细胞组学特征 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞组学数据 | 3,022,556个单细胞,588名患者,16种癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 895 | 2025-10-05 |
Illuminating lymphoid tissue HIV reservoirs: advanced assays and their relevance to achieving an HIV cure
2025-Nov-01, Current opinion in HIV and AIDS
IF:4.5Q1
DOI:10.1097/COH.0000000000000974
PMID:40891589
|
综述 | 本综述探讨了用于可视化和表征淋巴组织中HIV病毒库的先进检测方法及其在实现HIV治愈中的意义 | 整合了活体显微镜、空间转录组学、新一代测序和多重单细胞分析等创新技术,揭示病毒库的异质性和病毒持久性机制 | NA | 评估当前和新兴检测方法在表征淋巴组织HIV病毒库中的应用价值 | 淋巴组织中的HIV病毒库 | NA | HIV/艾滋病 | 活体显微镜、空间转录组学、新一代测序、单细胞分析 | NA | 图像、序列数据、单细胞数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞分析 | NA | NA |
| 896 | 2025-10-05 |
Integrated Analysis of Single-cell and Bulk RNA-Sequencing Identifies a Signature Based on Cancer-related Fibroblast Marker Genes to Predict Prognosis and Therapy Response in Lung Adenocarcinoma
2025 Nov-Dec 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997)
DOI:10.1097/CJI.0000000000000577
PMID:40831319
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,基于癌症相关成纤维细胞标志基因构建了一个预测肺腺癌预后和治疗反应的签名 | 首次基于癌症相关成纤维细胞标志基因构建肺腺癌预后签名,整合单细胞和bulk RNA测序数据进行综合分析 | 研究样本量相对有限,需要更多独立队列验证签名的普适性 | 分析肺腺癌中癌症相关成纤维细胞标志基因表达并构建预后预测模型 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,qRT-PCR | 预后签名模型,列线图 | 基因表达数据 | 716例肺腺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 897 | 2025-10-05 |
Glycoprotein Ib-CD11b + monocyte-derived macrophages mediate atherosclerosis-exacerbated psoriatic inflammation
2025-Nov-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.123960
PMID:40945652
|
研究论文 | 本研究揭示了糖蛋白Ib-CD11b+单核细胞来源的巨噬细胞通过GPIb-CD11b轴介导动脉粥样硬化加剧银屑病炎症的机制 | 首次发现CD11b+单核细胞来源的巨噬细胞在动脉粥样硬化合并银屑病病变中显著增加,并阐明血小板来源的GPIb通过GPIb-CD11b轴促进巨噬细胞M1极化的新机制 | 研究样本量有限,主要基于初治患者,需要更大规模研究验证 | 阐明动脉粥样硬化与银屑病之间的炎症相互作用机制 | 银屑病合并动脉粥样硬化患者的皮肤活检组织、分离的巨噬细胞和血小板、咪喹莫特诱导的银屑病小鼠模型 | 单细胞生物学 | 银屑病, 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 免疫荧光, 体外功能实验, 动物模型 | NA | 单细胞RNA测序数据, 图像数据, 实验数据 | 初治银屑病合并动脉粥样硬化患者的皮肤活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 898 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals early cell dynamics of MSC-based therapy in long bone critical-size defects in mice
2025-Nov, Journal of orthopaedic translation
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.jot.2025.08.007
PMID:40995603
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究MSC疗法在小鼠长骨临界尺寸缺损早期愈合过程中的细胞动态变化 | 首次在临界尺寸骨缺损模型中应用单细胞RNA测序技术揭示MSC治疗早期免疫微环境变化和细胞间通讯网络 | 研究仅观察了治疗后1周时间点,样本量有限,且仅在雄性小鼠中进行 | 阐明MSC在骨缺损愈合早期如何调节局部骨微环境并与其他细胞相互作用 | 10-12周龄BALB/c雄性小鼠的股骨临界尺寸缺损模型 | 单细胞组学 | 骨缺损 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 三组小鼠(空组、支架组、支架+MSC组),每组具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 899 | 2025-10-05 |
Integrated multi-omics profiling identifies Cmpk1 as a monocyte-specific therapeutic target for renal ischemia-reperfusion injury
2025-Nov-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.123924
PMID:40848967
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学分析鉴定Cmpk1作为肾脏缺血再灌注损伤中单核细胞特异性治疗靶点 | 首次揭示单核细胞特异性核苷酸代谢重编程在肾脏缺血再灌注损伤中的关键作用,并确定Cmpk1为核心调控基因 | 研究主要聚焦于单核细胞,其他肾细胞类型的作用可能未被充分探索 | 解析肾脏缺血再灌注损伤中细胞特异性代谢重编程机制并识别治疗靶点 | 肾脏缺血再灌注损伤模型中的单核细胞及其他肾细胞类型 | 多组学整合分析 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,代谢组学,转录组学 | 机器学习 | 基因表达数据,代谢物数据,空间转录数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量转录组学,代谢组学 | NA | NA |
| 900 | 2025-10-05 |
Hyperactivation of the m6A demethylase FTO to down-regulate SLC7A11/xCT-mediated redox homeostasis and epigenetic remodeling in facial infiltrating lipomatosis
2025-Nov, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 本研究揭示了m6A去甲基化酶FTO通过下调SLC7A11破坏氧化还原稳态和表观遗传重编程,从而促进面部浸润性脂肪瘤病发病的分子机制 | 首次发现FTO通过m6A依赖方式抑制SLC7A11,扰乱氧化还原平衡,并通过SIRT6-H3K9ac介导的表观遗传重编程促进脂肪生成的新机制 | 研究聚焦于罕见疾病面部浸润性脂肪瘤病,样本量可能有限,且机制研究主要在细胞和动物模型中进行 | 探究FTO介导的m6A去甲基化在面部浸润性脂肪瘤病发病机制中的作用 | 面部浸润性脂肪瘤病患者组织、脂肪干细胞和祖细胞(ASPCs)、异种移植模型 | 分子生物学 | 面部浸润性脂肪瘤病 | Western blotting, qPCR, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序, MeRIP-seq, RIP-qPCR, 荧光素酶报告基因检测, ATAC-seq, ChIP-qPCR, 酶活性检测 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |