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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 881 | 2025-11-07 |
Adipocyte death promotes hepatic infiltration of S100A8+ macrophages and steatotic liver disease progression in mice
2025-Nov-03, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI190635
PMID:41178716
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研究论文 | 本研究揭示脂肪细胞死亡通过诱导S100A8+巨噬细胞肝脏浸润促进肝细胞脂质积累和代谢功能障碍相关脂肪性肝病进展的机制 | 首次发现脂肪细胞死亡通过S100A8+巨噬细胞-CCN3-CD36轴驱动肝脏脂肪变性的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探究脂肪细胞死亡如何促进肝脏脂肪积累和MASLD进展 | 基因修饰小鼠模型 | 分子生物学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | bulk RNA-Seq, single-cell RNA-Seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 882 | 2025-11-07 |
Elucidating the role of SIRT2 in hepatocellular carcinoma through multi-omics and deep learning
2025-Nov-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03879-0
PMID:41182638
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和深度学习探讨SIRT2在肝细胞癌中的作用机制 | 首次结合铜死亡机制、单细胞测序、空间转录组和深度学习生存神经网络构建肝细胞癌预后模型 | 未明确说明样本量大小,机制研究仍需实验验证 | 阐明SIRT2在肝细胞癌发生发展中的作用机制 | 肝细胞癌组织样本和相关的基因表达数据 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, RNA测序, 深度学习 | DeepSurv神经网络 | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 883 | 2025-11-07 |
Loss of 18q Alters TGFβ Signalling Affecting Anteroposterior Neuroectodermal Fate in Human Embryonic Stem Cells
2025-Nov, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13813
PMID:39908990
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研究论文 | 本研究探讨了18q染色体缺失如何通过改变TGFβ信号通路影响人胚胎干细胞中前后神经外胚层命运决定 | 首次揭示了18q缺失通过干扰TGFβ信号通路导致前后神经外胚层命运决定失衡的具体机制 | 研究仅针对体外培养的干细胞模型,未验证在体内环境中的表现 | 探究染色体异常对人多能干细胞分化潜能的影响机制 | 人胚胎干细胞(hESCs)及其分化产物 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,基因表达时序分析 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 具有复杂核型的人胚胎干细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 884 | 2025-11-07 |
Long-read RNA sequencing of transposable elements from single cells using CELLO-seq
2025-Nov, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01203-2
PMID:40670609
|
研究论文 | 开发了一种名为CELLO-seq的单细胞长读长RNA测序协议,用于精确映射转座元件的表达 | 通过整合50个核苷酸的独特分子标识符和高PCR重复数,实现了长读长的错误校正,能够将表达数据高保真地映射到高度序列相似的年轻转座元件 | 需要用户具备分子生物学和转录组分析经验 | 开发能够精确映射转座元件表达的单细胞测序方法 | 哺乳动物转座元件 | 单细胞测序 | NA | 长读长RNA测序,单细胞测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | CELLO-seq | 整合50个核苷酸独特分子标识符和高PCR重复数的单细胞长读长RNA测序协议 |
| 885 | 2025-11-07 |
Retrospective transcriptomic analysis indicates temporal dysregulation of mitochondrial genes and metabolic pathways after volumetric muscle loss injury
2025-Nov, Physiological reports
IF:2.2Q3
DOI:10.14814/phy2.70612
PMID:41178047
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研究论文 | 通过回顾性转录组分析研究体积性肌肉损失损伤后线粒体基因和代谢通路的时序性失调 | 首次利用现有RNA-seq数据集系统分析VML损伤后不同时间点的线粒体基因表达和代谢通路变化 | 研究为回顾性分析,依赖公开数据集,缺乏实验验证 | 探究体积性肌肉损失损伤后线粒体和代谢转录组的变化规律 | 大鼠和小鼠的肌肉组织 | 转录组学 | 肌肉损伤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 基因集富集分析 | NA | 转录组数据 | 包含bulk RNA-seq数据集(大鼠)和单细胞RNA-seq数据集(小鼠) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 886 | 2025-11-07 |
Exploring the Therapeutic Potential of MIR-140-3p in Osteoarthritis: Targeting CILP and Ferroptosis for Novel Treatment Strategies
2025-Nov, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.70018
PMID:40044625
|
研究论文 | 本研究探讨miR-140-3p通过靶向CILP调控铁死亡、炎症和氧化应激在骨关节炎中的作用机制 | 首次发现miR-140-3p/CILP轴通过调控铁死亡参与骨关节炎发病机制 | 铁死亡在OA中的具体作用和机制仍需进一步研究 | 探索骨关节炎的新型治疗策略 | C28/I2细胞、miR-140-3p、CILP蛋白、铁死亡相关基因 | 分子生物学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,hdWGCNA分析,生物信息学分析,qRT-PCR,双荧光素酶实验 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 细胞系研究 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 887 | 2025-11-07 |
Current trends in single-cell RNA sequencing applications in diabetes mellitus
2025-Nov, FEBS open bio
IF:2.8Q3
DOI:10.1002/2211-5463.70061
PMID:40537978
|
综述 | 总结单细胞RNA测序技术在糖尿病研究中的最新进展和应用 | 聚焦单细胞RNA测序技术在糖尿病研究中的最新应用趋势 | NA | 探索糖尿病发病机制并寻求新的诊断和治疗方法 | 人类胰岛细胞和免疫细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 888 | 2025-11-07 |
SLGCA: spatial cross-level graph contrastive autoencoder for multislice spatial domain identification and microenvironment exploration
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf574
PMID:41182757
|
研究论文 | 提出一种基于跨层级图对比学习的空间转录组数据分析方法SLGCA,用于多切片空间域识别和微环境探索 | 采用双通道学习机制,结合基于空间邻域信息的局部层级对比学习和跨视图的全局信息对比学习 | NA | 提高空间转录组数据中空间域识别的准确性 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌,肝癌 | 空间转录组技术 | 图对比自编码器 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 889 | 2025-11-07 |
Cell Type-Specific Expression of Long Noncoding RNAs in Human Diabetic Kidneys Identifies TARID as a Key Regulator of Podocyte Function
2025-Nov-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db25-0272
PMID:40902080
|
研究论文 | 通过单核RNA测序技术识别人类糖尿病肾脏中细胞类型特异性的长链非编码RNA,并发现TARID是调控足细胞功能的关键因子 | 首次在单细胞水平系统研究肾脏中lncRNA的细胞类型特异性表达,并发现TARID在足细胞中的关键功能 | 样本量较小(5名健康个体和6名DKD患者),需要在更大队列中验证发现 | 探索长链非编码RNA在糖尿病肾病中的细胞类型特异性表达和功能 | 人类肾脏样本(健康个体和糖尿病肾病患者) | 单细胞基因组学 | 糖尿病肾病 | 单核RNA测序,eQTL分析,GWAS,基因调控网络分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 11个肾脏样本(5健康+6糖尿病肾病) | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 890 | 2025-11-07 |
The transcription factor LbYABBY1 of Limonium bicolor raises salt sensitivity by repressing the LbSAD2 pathway
2025-Nov, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70560
PMID:41196280
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研究论文 | 本研究揭示了二色补血草转录因子LbYABBY1通过抑制LbSAD2通路负调控盐腺发育和盐敏感性的分子机制 | 首次发现LbYABBY1转录因子通过与LbKNAT7互作增强对LbSAD2的转录抑制,从而负调控盐腺发育 | NA | 探究LbYABBY1转录因子在盐腺发育和盐敏感性调控中的功能 | 二色补血草(Limonium bicolor)和拟南芥(Arabidopsis thaliana) | 植物分子生物学 | NA | RNA原位杂交, 启动子驱动GUS组织染色, 酵母双杂交, 分裂荧光素酶互补, GST pull-down | NA | 基因表达数据, 蛋白互作数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 891 | 2025-11-06 |
Single-cell characterization of trophoblast-epithelial interactions at the human maternal-fetal interface during early implantation
2025-Nov-04, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf246
PMID:41189328
|
研究论文 | 本研究利用输卵管异位妊娠模型通过单细胞RNA测序技术探索人早期胚胎植入过程中母胎界面滋养细胞与上皮细胞的相互作用机制 | 首次利用输卵管异位妊娠模型作为研究工具,通过单细胞转录组分析揭示母胎界面细胞间通讯网络 | 研究基于异位妊娠模型,与正常宫内妊娠存在生理环境差异 | 阐明人类早期胚胎植入过程中母胎界面的分子机制 | 输卵管异位妊娠和正常宫内妊娠的母胎界面组织 | 单细胞生物学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色 | CellPhoneDB,CellChat | 单细胞转录组数据 | 输卵管异位妊娠患者植入部位样本及公共数据库正常宫内妊娠数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 892 | 2025-11-06 |
Mouse cortical cellular diversification through lineage progression of radial glia
2025-Nov-03, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.352826.125
PMID:40774817
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研究论文 | 通过时间序列单细胞测序技术研究小鼠皮层放射状胶质细胞的谱系进展与细胞多样化机制 | 首次构建了皮层细胞谱系进展的全面分子图谱,揭示染色质可及性通过限制转录因子表达时序驱动细胞多样化的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,人类皮层发育可能存在物种特异性差异 | 探索皮层细胞多样化的细胞内在程序机制 | 小鼠皮层放射状胶质细胞及其衍生细胞类型 | 发育生物学 | NA | scRNA-seq, snATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据,单细胞染色质可及性数据 | 胚胎期和出生后多个发育阶段的小鼠皮层祖细胞 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 893 | 2025-11-06 |
Neoadjuvant Immunotherapy Promotes the Formation of Mature Tertiary Lymphoid Structures in a Remodeled Pancreatic Tumor Microenvironment
2025-Nov-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-0387
PMID:40815230
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研究论文 | 本研究通过构建胰腺导管腺癌的空间多组学图谱,揭示了新辅助免疫治疗促进成熟三级淋巴结构形成及其在肿瘤微环境重塑中的作用 | 首次报道了新辅助免疫治疗在胰腺癌中促进成熟三级淋巴结构形成的空间特征,并发现了与患者生存改善相关的TLS特异性空间基因表达特征 | 研究样本量有限,且主要关注特定免疫治疗方案下的反应机制 | 探究三级淋巴结构在胰腺导管腺癌免疫治疗中的作用及其空间分布特征 | 接受新辅助免疫治疗联合治疗的胰腺导管腺癌患者肿瘤组织及肿瘤邻近淋巴结 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 成像质谱流式技术,空间转录组学,无监督基因表达矩阵分解 | 机器学习分类模型,无监督学习 | 图像,基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学,成像质谱流式 | NA | NA |
| 894 | 2025-11-06 |
Highly accurate reference and method selection for universal cross-data set cell type annotation with CAMUS
2025-Nov-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280821.125
PMID:41034048
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研究论文 | 提出一种通用参考数据和方法选择策略CAMUS,用于跨数据集细胞类型注释 | 开发了首个通用参考数据和方法选择策略,显著提升细胞类型注释准确性 | NA | 提高单细胞数据中细胞类型注释的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据和单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞测序数据 | 672对跨物种scRNA-seq数据集,80个scST数据集,5个scATAC-seq数据集 | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
| 895 | 2025-11-06 |
Evaluation of Proton Minibeam Radiotherapy on Antitumor Immune Responses in a Rat Model of Glioblastoma
2025-Nov-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0902
PMID:40833465
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研究论文 | 评估质子微束放疗在胶质母细胞瘤大鼠模型中对抗肿瘤免疫反应的影响 | 首次在临床前胶质母细胞瘤模型中系统研究质子微束放疗的免疫调节作用,发现其优于传统质子疗法的免疫激活特性 | 研究仅限于大鼠模型,尚未在人体验证;单细胞转录组学分析可能未完全捕捉所有免疫细胞亚群 | 探索质子微束放疗对胶质母细胞瘤免疫反应的调节机制 | 胶质母细胞瘤原位大鼠模型 | 放射肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组学,质子微束放疗 | NA | 基因表达数据,免疫细胞密度数据 | 胶质母细胞瘤大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 896 | 2025-11-06 |
Transcriptomic profiling of individual bacteria by MATQ-seq
2025-Nov, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01157-5
PMID:40204970
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研究论文 | 开发了一种基于MATQ-seq的细菌单细胞转录组测序方法,能够高效分析单个细菌的基因表达谱 | 将真核生物MATQ-seq方法成功应用于细菌单细胞转录组分析,实现了95%的细胞保留率,显著优于现有方法 | NA | 建立高效可靠的细菌单细胞转录组测序方法 | 单个细菌细胞,以鼠伤寒沙门氏菌为模型生物 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序,荧光激活细胞分选,rRNA去除 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | MATQ-seq | 基于多重退火和dC加尾的定量单细胞RNA测序方法 |
| 897 | 2025-11-06 |
Improving predictive accuracy in multiple myeloma using a plasma cell profile derived from single-cell RNA sequencing
2025-Nov-01, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2025.287586
PMID:40438979
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤肿瘤细胞异质性,发现了一个侵袭性细胞亚群并建立了七基因标志物的整合风险分层模型 | 首次在单细胞分辨率下识别出多发性骨髓瘤中具有染色体不稳定性和高耐药性的侵袭性细胞亚群,并开发了基于七基因标志物的新型风险分层模型 | 样本量相对较小(12例新诊断患者),需要在更大队列中进一步验证 | 改善多发性骨髓瘤的风险分层和预后预测准确性 | 多发性骨髓瘤患者的肿瘤细胞 | 单细胞测序分析 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,数字PCR | Cox比例风险模型,整合风险分层模型 | 单细胞转录组数据 | 12例新诊断多发性骨髓瘤患者,并在5个独立数据集中验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 898 | 2025-11-06 |
Integrative Transcriptomic Analysis Decodes the Interplay Between Aging, Senescence, and Cancer
2025-Nov, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70178
PMID:40899323
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研究论文 | 通过整合基因组学、表观基因组学及单细胞转录组学分析,揭示细胞衰老与肿瘤发生之间的反向转录特征 | 首次在单细胞分辨率下系统比较正常衰老、细胞衰老和癌症的特征,发现648个衰老依赖性衰老相关共调控模块 | 研究主要关注17种组织,可能未覆盖所有组织类型;机制研究仍需进一步实验验证 | 解析衰老、细胞衰老与癌症之间的相互作用机制 | 17种人体组织中的内皮细胞、T细胞、上皮细胞、巨噬细胞和成纤维细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 基因组学、表观基因组学、单细胞转录组学 | NA | 基因组数据、表观基因组数据、转录组数据 | 17种组织类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 899 | 2025-11-06 |
Increased AIF-1-mediated p38 MAPK phosphorylation in the mid-secretory endometrium impairs endometrial receptivity in women with recurrent implantation failure
2025-Nov-01, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deaf174
PMID:41003697
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研究论文 | 本研究探讨了同种异体移植炎症因子-1(AIF-1)通过p38 MAPK磷酸化途径损害复发性种植失败患者子宫内膜容受性的机制 | 首次揭示AIF-1在子宫内膜基质细胞中通过p38 MAPK磷酸化途径抑制细胞增殖和蜕膜化,从而降低子宫内膜容受性的新机制 | AIF-1在子宫内膜巨噬细胞在胚胎植入过程中的作用尚不明确 | 研究AIF-1对复发性种植失败患者子宫内膜容受性的影响机制 | 复发性种植失败患者和生育能力正常女性的子宫内膜组织、人子宫内膜基质细胞、子宫内膜基质细胞系、CD-1小鼠 | 生殖医学 | 复发性种植失败 | 单细胞RNA测序、定量PCR、Western blot、免疫组织化学、免疫荧光分析、RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、组织图像数据 | 18例RIF患者、18例对照患者、30例不同月经周期阶段的额外对照患者、CD-1小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 900 | 2025-11-06 |
Identifying candidate genes for spermatogenic failure and predicting ICSI outcomes using single-cell RNA sequencing and protein-protein interaction networks
2025-Nov-01, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deaf186
PMID:41033661
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和蛋白质-蛋白质相互作用网络,通过机器学习框架识别精子发生障碍候选基因并预测ICSI治疗结局 | 首次将单细胞转录组数据与PPI网络结合,利用机器学习算法同时实现基因优先排序和临床结局预测 | 训练数据依赖文献整理和数据库标注,可能存在错误分类或注释偏差;缺乏实验验证;外部队列样本量有限且多样性不足 | 改进精子发生障碍的基因优先排序方法并预测ICSI治疗结局 | 精子发生障碍患者(包括无精子症、弱精子症、畸形精子症) | 机器学习 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序, 全外显子组测序, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | 随机森林, Node2Vec | 单细胞转录组数据, 蛋白质相互作用数据, 临床数据 | 34名精子发生障碍亚型患者 | NA | 单细胞RNA测序, 全外显子组测序 | NA | NA |