本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 821 | 2025-11-15 |
Composition and functional state of T and NK cells in the extramedullary myeloma tumor microenvironment
2025-Nov-14, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-25-0170
PMID:41236394
|
研究论文 | 本研究通过单细胞技术揭示了髓外多发性骨髓瘤肿瘤微环境中T细胞和NK细胞的组成与功能状态 | 首次系统描述EMM肿瘤微环境中T细胞和NK细胞的组成特征和功能状态,并与骨髓微环境进行比较 | 样本量有限,仅在一半的EMM肿瘤中观察到特定现象 | 探究髓外多发性骨髓瘤肿瘤微环境中免疫细胞的组成和功能状态 | 髓外多发性骨髓瘤患者的肿瘤微环境免疫细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 822 | 2025-11-15 |
The aberrant migration and differentiation of neural crest cells are associated with the production of HVP in bearded chicken
2025-Nov-14, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01726-7
PMID:41236583
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了胡须鸡内脏腹膜黑变病的细胞起源和分子机制 | 首次发现HVP黑色素细胞与雪旺细胞具有共同神经嵴细胞起源,并鉴定出SEMA3C-PLXND1和TNC-SDC1轴在黑色素细胞异常迁移和黏附中的关键作用 | 研究样本仅来自胡须鸡,结果在其他鸡种中的普适性需要进一步验证 | 探究内脏腹膜黑变病的细胞起源和分子机制 | 胡须鸡的黑色、褪色和正常腹膜组织 | 单细胞转录组学 | 内脏腹膜黑变病 | 单细胞RNA测序 | UMAP, CellChat | 单细胞转录组数据 | 40日和120日龄胡须鸡的腹膜组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 823 | 2025-11-15 |
Deciphering neutrophil dynamics in the focal lesion tumor microenvironment to overcome immunosuppression in multiple myeloma
2025-Nov-13, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025028963
PMID:40758944
|
研究论文 | 通过分析多发性骨髓瘤病灶微环境中的中性粒细胞动态,揭示其免疫抑制机制并探索治疗新策略 | 首次在多发性骨髓瘤中鉴定出三个独特的CXCR2+成熟中性粒细胞亚群,并证实TREM1+CD10+亚群与患者预后不良相关 | 临床前模型研究,需进一步临床验证 | 解析多发性骨髓瘤肿瘤微环境中中性粒细胞的免疫抑制功能 | 多发性骨髓瘤患者的病灶和骨髓样本中的髓系细胞 | 单细胞生物学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,免疫荧光成像,功能分析 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 多发性骨髓瘤患者配对病灶和骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 824 | 2025-11-15 |
Genetic and embryonic transcriptome analyses reveal the molecular and developmental basis of Mayer-Rokitansky-Küster-Hauser syndrome
2025-Nov-13, Journal of medical genetics
IF:3.5Q2
DOI:10.1136/jmg-2025-110805
PMID:41233206
|
研究论文 | 本研究通过基因负荷分析和单细胞转录组测序揭示了Mayer-Rokitansky-Küster-Hauser综合征的遗传基础和发育机制 | 整合遗传负荷分析与胚胎单细胞转录组数据,首次系统识别MRKHS的新候选基因并揭示潜在的双基因遗传模式 | MRKHS的遗传病因仍未完全阐明,需要进一步功能验证 | 阐明MRKHS的分子遗传机制和胚胎发育基础 | 727名MRKHS先证者和2504名女性对照个体,人类和小鼠胚胎后肾组织 | 遗传学 | 生殖系统发育异常 | 外显子组测序,基因组测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,转录组数据 | 727例患者和2504例对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 825 | 2025-11-15 |
Macrophage retrotransposon expression is associated with lupus
2025-Nov-13, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00369-9
PMID:41233567
|
研究论文 | 本研究揭示了活性氧缺陷通过促进小鼠转录本D家族逆转录转座子表达驱动狼疮早期发病的机制 | 首次发现MTD逆转录转座子在组织驻留巨噬细胞中的异常表达与狼疮发病相关,并证明其可作为治疗靶点 | 研究主要基于ROS缺陷的lpr小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 阐明NCF1基因变异导致狼疮的免疫失调机制 | 活性氧缺陷的狼疮易感lpr小鼠的组织驻留巨噬细胞 | 免疫学 | 狼疮 | bulk RNA测序, 流式细胞术, 空间分辨单细胞转录组成像 | NA | RNA测序数据, 流式细胞数据, 空间转录组数据 | 狼疮易感lpr小鼠的脾脏、肾脏和颅骨硬脑膜组织 | NA | 单细胞转录组, 空间转录组 | NA | NA |
| 826 | 2025-11-15 |
Exploring the mediating role of potential therapeutic genes in the pathogenesis of hypopituitarism through the metabolites from a genomic perspective
2025-Nov-13, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10169-1
PMID:41233666
|
研究论文 | 通过整合基因组数据与代谢物信息,探索潜在治疗基因在垂体功能减退症发病机制中的中介作用 | 首次采用孟德尔随机化方法系统分析基因-代谢物-垂体功能减退症的因果路径,发现UBAC1基因通过1-Methyl-4-imidazoleacetate代谢物介导疾病风险的机制 | 研究主要基于公共数据库的汇总数据,缺乏实验验证;中介效应仅解释4.35%的总效应,可能存在其他未发现的机制 | 识别垂体功能减退症的潜在药物靶点并阐明其发病机制 | 垂体功能减退症相关基因和血清/脑脊液代谢物 | 基因组学 | 垂体功能减退症 | 表达数量性状位点分析、全基因组关联研究、孟德尔随机化、贝叶斯共定位 | 两样本孟德尔随机化、两步孟德尔随机化 | 基因组数据、代谢组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 827 | 2025-11-15 |
Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization and colocalization reveal cell-specific mechanisms in systemic lupus erythematosus
2025-Nov-13, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keaf606
PMID:41233983
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞表达数量性状位点数据与孟德尔随机化和共定位分析,揭示了系统性红斑狼疮中免疫细胞特异性的致病基因 | 首次在14种人类免疫细胞类型中整合sc-eQTL数据与MR和贝叶斯共定位分析,识别细胞特异性致病机制 | 研究主要关注遗传调控机制,未涉及环境因素和其他非遗传因素的影响 | 识别系统性红斑狼疮中细胞特异性的因果基因和潜在治疗靶点 | 14种人类免疫细胞类型的单细胞表达数据 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析, 孟德尔随机化, 贝叶斯共定位分析 | 孟德尔随机化模型, 贝叶斯共定位模型 | 单细胞转录组数据, 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 828 | 2025-11-15 |
A TLR4-dependent fibroblast-monocyte axis in tumor-draining lymph nodes contributes to metastasis in triple-negative breast cancer
2025-Nov-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.08.015
PMID:40957419
|
研究论文 | 本研究揭示了三阴性乳腺癌中肿瘤引流淋巴结通过TLR4依赖的成纤维细胞-单核细胞轴促进转移的机制 | 首次发现TNBC中TLR4依赖的FRC-单核细胞轴在TDLNs中形成免疫抑制微环境并促进转移 | 主要基于小鼠模型研究,人类样本验证相对有限 | 探究三阴性乳腺癌肿瘤引流淋巴结中细胞网络重组对转移的影响 | 三阴性乳腺癌小鼠模型和人类TNBC样本 | 肿瘤免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 空间转录组学,体外抑制实验 | NA | 转录组数据,空间定位数据 | 小鼠肿瘤模型和人类TNBC样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 829 | 2025-11-15 |
Characterizing hypoxia-orchestrated post-stroke changes in oligodendrocyte precursor cells for optimized cell therapy
2025-Nov-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102687
PMID:41173004
|
研究论文 | 本研究通过整合小鼠单细胞RNA测序数据与体外实验,揭示了缺氧程度调控少突胶质前体细胞在脑卒中后的动态适应性变化 | 首次发现缺氧程度差异可诱导少突胶质前体细胞分化为不同功能亚型(血管生成型和少突胶质生成型),并提出“氧张力”作为关键调控因子 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类细胞或临床环境中验证 | 探索少突胶质前体细胞在缺血性脑卒中后的功能适应性及其在细胞治疗中的应用潜力 | 小鼠少突胶质前体细胞及短暂性大脑中动脉闭塞模型 | 单细胞生物学 | 脑卒中 | 单细胞RNA测序,细胞培养,细胞移植 | NA | 单细胞转录组数据 | 整合多个小鼠单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 830 | 2025-11-15 |
Tracing the enteric neural crest cell pathway from origin to colonization: insights into Hirschsprung's disease
2025-Nov-11, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-025-11211-w
PMID:41217573
|
综述 | 本文系统综述了肠道神经系统发育过程中肠神经嵴细胞的迁移路径及其在先天性巨结肠症中的作用机制 | 整合单细胞RNA测序和空间转录组学新技术,揭示ENS发育过程中的时空异质性和谱系多样化 | 肠道组织的固有复杂性(包括多样细胞类型、微环境相互作用和多尺度调控网络)仍阻碍机制洞察和精准治疗 | 阐明肠道神经系统发育的分子机制,重点关注肠神经嵴细胞的迁移过程 | 肠神经嵴细胞及其形成的肠道神经系统 | 发育生物学 | 先天性巨结肠症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 831 | 2025-11-15 |
Single-cell hdWGCNA identifies ICI-related-colitis key CD8 + T cells linked to immunotherapy response and prognosis in colon cancer
2025-Nov-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03891-4
PMID:41217618
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和hdWGCNA分析鉴定与免疫检查点抑制剂相关结肠炎(CIC)相关的关键CD8+T细胞,并探讨其对结肠癌预后和免疫治疗疗效的影响 | 首次使用高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA)识别CIC相关基因模块,发现CIC关键CD8+T细胞在免疫治疗反应中的重要作用 | 研究样本量有限,需要更大规模验证;机制研究仍需进一步实验证实 | 探索免疫检查点抑制剂相关结肠炎的免疫学机制及其对结肠癌预后的影响 | PD-1抑制剂诱导结肠炎患者和未发生结肠炎患者的单细胞RNA测序数据 | 单细胞转录组学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序, 细胞间通讯分析, 伪时间分析, hdWGCNA | 预后评分模型 | 单细胞RNA测序数据 | PD-1抑制剂诱导结肠炎患者和对照患者的单细胞数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 832 | 2025-11-15 |
Deciphering cell-type-and temporally specific matrisome expression signatures in human cortical development and neurodevelopmental disorders via scRNA-seq meta-analysis
2025-Nov-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64381-3
PMID:41219193
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序荟萃分析揭示人类皮质发育过程中细胞类型特异性和时间特异性的基质组表达特征及其与神经发育障碍的关联 | 首次通过大规模scRNA-seq荟萃分析系统描绘人类皮质发育过程中细胞类型特异性和时间特异性的基质组表达动态,并揭示其与神经发育障碍的关联 | 研究仅基于转录组数据,缺乏蛋白质水平验证;样本时间窗口限于孕8-26周;数据来源于不同研究的整合 | 阐明人类皮质发育过程中细胞类型特异性基质组基因表达特征及其在神经发育障碍中的潜在作用 | 人类皮质发育过程中的各种细胞类型及其基质组基因表达 | 单细胞转录组学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序 | 荟萃分析 | 单细胞转录组数据 | 37个供体,孕8-26周,来自6项独立研究 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 833 | 2025-11-15 |
In-silico discovery of druggable molecular signatures that drive dengue fever to severe dengue fever highlighting common pathogenesis through single-cell RNA-Seq analysis
2025-Nov-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-23000-3
PMID:41219276
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析发现登革热向重症登革热转变的关键分子特征和候选药物 | 整合多个单细胞RNA测序数据集,识别出与登革热疾病进展相关的关键细胞类型和宿主基因,并通过计算药物筛选推荐候选治疗药物 | 研究基于计算分析,需要实验验证;样本来源和数量可能存在限制 | 探索登革热向重症登革热发展的分子机制并发现潜在治疗靶点 | 登革热和重症登革热患者样本 | 生物信息学 | 登革热 | 单细胞RNA测序, 细胞间通讯分析, 差异表达分析, 蛋白质相互作用网络分析, 分子对接, ADME/T分析 | PPI网络分析, 分子对接模型 | 单细胞RNA测序数据 | 两个数据集(GSE220969和GSE154386),具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 834 | 2025-11-15 |
Exploring drug resistance via intercellular crosstalk using spatial transcriptomics in high-grade serous ovarian carcinoma
2025-Nov-11, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01122-1
PMID:41219363
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学探索高级别浆液性卵巢癌中细胞间通讯与PARP抑制剂耐药性的关系 | 首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序数据,发现midkine信号通路在PARP抑制剂耐药中的作用,并鉴定出SDC4受体表达与患者生存期的关联 | 样本量较小(仅8个肿瘤样本),需要在更大队列中验证发现 | 探索高级别浆液性卵巢癌中PARP抑制剂耐药机制 | 高级别浆液性卵巢癌患者的肿瘤样本 | 空间转录组学 | 卵巢癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 | 8个高级别浆液性卵巢癌肿瘤样本 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 10x Visium | Visium空间转录组平台 |
| 835 | 2025-11-15 |
Molecular mechanisms and genetic predisposition to osteoarthritis and osteosarcoma through Mendelian inheritance patterns
2025-Nov-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03917-x
PMID:41219646
|
研究论文 | 通过孟德尔遗传方法系统分析骨关节炎和骨肉瘤的遗传变异特征和细胞分子网络 | 首次结合GWAS和单细胞RNA测序系统阐明两种骨科疾病的遗传易感机制和细胞异质性特征 | NA | 探究骨关节炎和骨肉瘤的遗传易感性和分子机制 | 骨关节炎和骨肉瘤的遗传变异及细胞分子网络 | 生物信息学 | 骨科疾病 | GWAS, 单细胞RNA测序, t-SNE降维分析, 蛋白互作网络分析 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 836 | 2025-11-15 |
Integrated bulk and single-cell transcriptomics identifies shared and specific immune signatures in Takayasu Arteritis
2025-Nov-11, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-025-03673-x
PMID:41219777
|
研究论文 | 通过整合外周血T细胞亚群的bulk RNA测序和主动脉组织的单细胞RNA测序,揭示高安动脉炎中CD4⁺和CD8⁺ T细胞的共享和特异性免疫特征 | 首次整合外周血T细胞亚群的bulk转录组和主动脉组织的单细胞转录组分析,发现EGR1作为跨区室一致上调的关键转录调节因子 | 样本量较小(8例初治TAK患者外周血,3例TAK患者主动脉组织),需更大规模验证 | 寻找高安动脉炎的机制性生物标志物和治疗靶点 | 高安动脉炎患者的外周血CD4⁺和CD8⁺ T细胞及主动脉组织 | 生物信息学 | 高安动脉炎 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 基因富集分析, 蛋白质相互作用网络分析, 细胞间通讯分析 | NA | 转录组数据 | 8例初治TAK患者外周血+3例健康对照,3例TAK患者主动脉组织+3例动脉粥样硬化对照 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 837 | 2025-11-15 |
Delineating transcriptomic signatures of in vitro human skeletal muscle models in comparison to in vivo references
2025-Nov-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102684
PMID:41135530
|
研究论文 | 通过大规模转录组数据分析比较体外人类骨骼肌模型与体内参考组织的转录组特征差异 | 首次对39项研究中400多个样本进行大规模转录组比较分析,系统评估体外骨骼肌模型的保真度 | 研究基于现有公开数据集,可能受原始实验设计差异影响 | 评估体外骨骼肌模型在转录组水平上对体内组织的再现程度 | 人类骨骼肌体外模型(2D和3D)及体内参考组织 | 转录组学 | NA | RNA测序,包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 超过400个样本,涵盖39项研究 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 838 | 2025-11-15 |
Extracellular vesicle-induced lipid dysregulation drives liver premetastatic niche formation in colorectal cancer
2025-Nov-10, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-334851
PMID:40562522
|
研究论文 | 本研究揭示了结直肠癌细胞来源的细胞外囊泡通过诱导肝脏脂质积累促进肝转移前微环境形成的机制 | 首次发现高转移性结直肠癌细胞通过细胞外囊泡传递促脂肪生成脂质驱动肝脏转移前微环境形成 | NA | 阐明结直肠癌细胞来源的细胞外囊泡促进肝转移前微环境形成的分子机制 | 结直肠癌细胞、肝转移前微环境、细胞外囊泡、库普弗细胞 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 脂质组学、单细胞测序、类器官培养 | NA | 脂质组数据、单细胞测序数据、临床样本数据 | 小鼠模型和结直肠癌患者肿瘤样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 839 | 2025-11-15 |
Investigating prognostic features in high-grade serous ovarian cancer through gene regulatory network inference with single-cell transcriptomic profiles
2025-Nov-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-22937-9
PMID:41214061
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据推断基因调控网络,识别高级别浆液性卵巢癌的预后特征 | 开发了结合单细胞RNA测序分析、元细胞构建、基因调控网络推断和预后预测的分类流程,证明基于调控子的特征比差异表达特征更有效 | 需要同时具备用于GRN推断的单细胞数据和具有临床结果的大块RNA-seq数据才能推广到其他癌症类型 | 识别高级别浆液性卵巢癌的预后特征 | 高级别浆液性卵巢癌患者 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,大块RNA测序,基因调控网络推断 | 二元分类模型 | 单细胞转录组数据,大块RNA测序数据 | 118,173个细胞(来自HGSOC患者),1,211个元细胞,342名TCGA HGSOC患者 | NA | 单细胞RNA-seq,大块RNA-seq | NA | NA |
| 840 | 2025-11-15 |
Sex-specific associations between phthalate exposure and stroke risk: a cross-sectional study integrating molecular mechanisms of vascular dysfunction
2025-Nov-10, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003762
PMID:41235807
|
研究论文 | 本研究通过横断面分析探讨了邻苯二甲酸盐暴露与中风风险之间的性别特异性关联,并揭示了潜在的分子机制 | 首次发现邻苯二甲酸盐暴露与女性中风风险的特异性关联,并通过网络毒理学和分子对接分析揭示了内皮细胞特异性KDR-AKT1-MAPK8信号通路的作用机制 | 横断面研究设计无法确定因果关系,研究依赖自我报告的中风诊断 | 评估邻苯二甲酸盐暴露与中风风险之间的关联,特别关注性别特异性差异 | 8,184名美国国家健康与营养调查(NHANES)参与者(4,140名女性和4,044名男性) | 环境流行病学 | 中风 | 加权分位数和(WQS)回归,网络毒理学,蛋白质-蛋白质相互作用映射,Friends算法,分子对接分析,单细胞RNA测序 | WQS回归模型 | 尿液代谢物浓度数据,分子对接数据,单细胞RNA测序数据 | 8,184名参与者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |