本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 801 | 2025-11-16 |
Age-impaired remyelination is associated with dysregulated microglial transitions
2025-Nov-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64906-w
PMID:41224757
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析脱髓鞘小鼠模型中微胶质细胞在髓鞘再生过程中的反应 | 发现髓鞘再生早期存在多种不同的微胶质细胞状态,这些状态最终汇聚为包含髓鞘转录物的解决状态,且该状态也存在于多发性硬化症患者大脑中 | 研究基于小鼠模型,结果向人类应用的转化需要进一步验证 | 探究年龄相关的髓鞘再生障碍与微胶质细胞状态转变失调的关联 | 小鼠模型中的微胶质细胞 | 单细胞基因组学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 802 | 2025-11-16 |
HPCAL1 as a novel prognostic biomarker in acute myeloid leukemia and its correlation with immune infiltrates
2025-Nov-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-23386-0
PMID:41224963
|
研究论文 | 本研究探讨HPCAL1作为急性髓系白血病新型预后生物标志物的潜力及其与免疫浸润的关联 | 首次将钙结合蛋白HPCAL1确立为AML的新型预后指标,并揭示其通过免疫微环境调节和单核细胞群体动态介导不良预后的机制 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步的实验验证来阐明HPCAL1在AML发病机制中的具体作用 | 探索HPCAL1在急性髓系白血病中的预后价值及其与肿瘤免疫微环境的相互作用 | 急性髓系白血病患者样本和多个独立队列数据集 | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | RNA测序,单细胞RNA测序,ESTIMATE分析,GSEA/GSVA分析 | 共表达网络分析,蛋白质相互作用分析 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | 多个独立队列(GSE13159,GSE34184,GSE24395,机构数据和GSE130756单细胞数据集) | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 803 | 2025-11-16 |
The landscape of dynamic tumor immunophenotyping on neoadjuvant chemotherapy combined with trastuzumab for the treatment of HER2-positive breast cancer
2025-Nov-12, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02483-8
PMID:41225463
|
研究论文 | 本研究通过空间表达谱分析探索HER2阳性乳腺癌新辅助化疗联合曲妥珠单抗治疗期间肿瘤微环境的动态免疫表型变化 | 首次在HER2阳性乳腺癌中建立与治疗疗效相关的动态免疫表型分类系统,并验证其在多个数据集中的可重复性 | 样本量相对有限(28例患者),需要更大规模研究验证 | 探索HER2阳性乳腺癌新辅助化疗联合靶向治疗期间肿瘤微环境动态变化与病理完全缓解的关系 | 28例HER2阳性乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间表达谱分析,DSP技术 | NA | 空间转录组数据,单细胞数据 | 28例患者的94个感兴趣区域 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 804 | 2025-11-16 |
THBS1high macrophages promote aortic aneurysm formation by orchestrating an inflammatory and smooth muscle cell phenotypic transition program in vascular Behçet's disease
2025-Nov-12, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-04434-y
PMID:41225543
|
研究论文 | 本研究揭示了THBS1高表达巨噬细胞通过协调炎症反应和平滑肌细胞表型转换促进白塞病血管动脉瘤形成的机制 | 首次鉴定出THBS1高表达巨噬细胞在血管白塞病中的关键作用,并阐明其通过ETS2和TNF-α介导的机制促进动脉瘤形成 | 研究样本量有限,动物模型为CaCl2诱导的人源化模型,与真实疾病环境存在差异 | 阐明血管白塞病动脉瘤形成的细胞分子机制 | 血管白塞病患者主动脉组织、巨噬细胞、平滑肌细胞 | 单细胞组学 | 血管白塞病 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 免疫荧光染色, 批量RNA测序, 共培养系统 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据, 基因表达数据 | 血管白塞病患者主动脉样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 805 | 2025-11-16 |
DAPK1 identified as a novel biomarker for colorectal cancer liver metastasis
2025-Nov-12, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-04037-w
PMID:41225570
|
研究论文 | 本研究通过机器学习与多组学分析鉴定DAPK1作为结直肠癌肝转移的新型生物标志物 | 首次通过整合机器学习算法与单细胞多组学技术系统鉴定DAPK1在结直肠癌肝转移中的关键作用 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内动物模型验证 | 发现结直肠癌肝转移的新型生物标志物和治疗靶点 | 结直肠癌肝转移组织和LoVo细胞系 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, CRISPR/Cas9基因编辑 | Lasso回归, SVM, 随机森林 | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 806 | 2025-11-16 |
Single-cell RNA sequencing and in vitro validation reveal risankizumab induces anti-inflammatory macrophage polarization in psoriasis
2025-Nov-12, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-03346-0
PMID:41225578
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和体外实验验证瑞莎珠单抗在银屑病中诱导抗炎巨噬细胞极化的机制 | 首次结合单细胞RNA测序和体外实验系统揭示瑞莎珠单抗通过调控巨噬细胞极化发挥治疗作用 | 研究主要基于公共数据库数据和体外细胞实验,缺乏体内实验验证 | 探索瑞莎珠单抗治疗银屑病的潜在治疗机制 | 银屑病患者单细胞测序数据和THP-1单核细胞分化的巨噬细胞 | 单细胞组学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序, ELISA, CCK-8检测 | Seurat, Harmony, Monocle2 | 单细胞RNA测序数据, 实验数据 | 97,434个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 807 | 2025-11-16 |
Neurogenic inducers inhibit the proliferation of pancreatic cancer by promoting tumor cell transdifferentiation
2025-Nov-12, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03563-9
PMID:41225636
|
研究论文 | 本研究通过诱导胰腺癌细胞转分化来降低其恶性程度 | 发现NeuroD1转录因子可促进胰腺癌细胞向神经元转分化并抑制增殖,鉴定出神经诱导剂Neuropathiazol通过MET-PI3K/Akt通路上调NeuroD1 | NA | 研究诱导胰腺癌细胞转分化是否能降低恶性肿瘤性 | 胰腺导管腺癌(PDAC)细胞 | 单细胞测序分析 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,RNA测序,免疫共沉淀,质谱分析,分子对接 | NA | 单细胞RNA-seq数据,RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 808 | 2025-11-16 |
Unveiling tissue heterogeneity through genomic interaction-encoded image representation of RNA-sequencing data
2025-Nov-06, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.08.021
PMID:40967222
|
研究论文 | 提出一种基于基因组交互编码图像表示的RNA测序数据分析框架,用于改进组织异质性分析 | 利用基因组交互编码的图像表示方法,结合样本特异性基因表达变异性,通过卷积变分自编码器和高斯混合模型推导特征模式 | 未明确说明方法在特定组织类型或疾病中的适用性限制 | 开发改进的细胞组分分析方法,用于组织异质性研究和下游生物医学应用 | RNA测序数据,特别是批量RNA测序样本 | 生物信息学 | 癌症 | RNA测序,单细胞RNA测序,批量RNA测序 | 卷积变分自编码器,高斯混合模型 | 基因表达数据,图像表示 | NA | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 809 | 2025-11-16 |
Single-cell RNA sequencing revealed the role of the Th17 pathway in the development of anti- human leukocyte antigen antibodies in a highly sensitized mouse model
2025-Nov, Kidney research and clinical practice
IF:2.9Q1
DOI:10.23876/j.krcp.23.317
PMID:38934039
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了Th17通路在高度致敏小鼠模型中抗人类白细胞抗原抗体发展中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序技术和HLA转基因小鼠模型,系统揭示了Th17细胞及其细胞因子IL-17在HLA致敏过程中的关键作用 | 研究仅使用小鼠模型,结果向人类临床应用的转化需要进一步验证 | 探究人类白细胞抗原致敏过程中的特异性信号通路 | HLA.A2转基因小鼠和野生型C57BL/6小鼠的脾细胞 | 单细胞组学 | 免疫排斥反应 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | ALLO组9,190个细胞,SYN组8,890个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 810 | 2025-11-16 |
Single-cell transcriptomic atlas of human retina from Chinese donors reveals population-specific cellular diversity
2025-Nov, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110623
PMID:40914339
|
研究论文 | 构建了首个来自中国供体的人类视网膜单细胞转录组图谱,揭示了种群特异性细胞多样性 | 首次针对中国人群构建全面的人类视网膜单细胞转录组图谱,填补了亚洲人群视网膜转录组数据的空白 | 样本量相对有限(18个视网膜标本),仅代表中国人群特征 | 揭示中国人群视网膜细胞多样性及种群特异性生物学特征 | 人类视网膜组织 | 单细胞转录组学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约290,000个活细胞,来自18个新鲜视网膜标本(包括活体供体和死后标本) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 高通量单细胞RNA测序 |
| 811 | 2025-11-16 |
Brain tumors induce widespread disruption of calvarial bone and alteration of skull marrow immune landscape
2025-Nov, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02064-4
PMID:41044343
|
研究论文 | 本研究揭示了胶质母细胞瘤如何导致颅骨骨异常并改变颅骨骨髓免疫景观 | 首次发现脑肿瘤会诱导颅骨骨异常并改变颅骨骨髓免疫环境,揭示了骨吸收抑制对肿瘤进展和免疫治疗效果的复杂影响 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;骨吸收抑制治疗在不同肿瘤亚型中效果存在差异 | 探究脑肿瘤对颅骨骨结构和骨髓免疫环境的影响机制 | 胶质母细胞瘤小鼠模型和胶质母细胞瘤患者 | 癌症生物学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 812 | 2025-11-16 |
Integrating multi-modal omics to identify therapeutic atherosclerosis pathways for coronary heart disease
2025-Nov, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105966
PMID:41101252
|
研究论文 | 通过整合尿液代谢产物、血浆蛋白、动脉粥样斑块组织和单细胞表达数据,识别冠状动脉心脏病的可靶向代谢通路 | 首次将多组学数据(尿液代谢产物、血浆蛋白、斑块组织、单细胞表达)整合用于识别冠状动脉心脏病的治疗靶点 | 研究主要基于欧洲人群数据,可能限制结果的普适性 | 识别冠状动脉心脏病的可靶向代谢通路和潜在治疗靶点 | 冠状动脉心脏病患者及相关生物样本 | 生物信息学 | 冠状动脉心脏病 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析 | NA | 基因组数据, 蛋白质组数据, 代谢组数据, 单细胞表达数据 | 181,522例冠状动脉心脏病病例,954种尿液代谢产物,1,562种独特蛋白质 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 813 | 2025-11-16 |
Pancreatic hypersecretion of amyloid-forming human amylin dysregulates the neuro-immune axis and B cell development in a model of type-2 diabetes
2025-Nov, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.107153
PMID:41135632
|
研究论文 | 本研究探讨2型糖尿病中胰腺人胰淀素过度分泌如何通过CXCL12/CXCR4信号轴导致外周和神经免疫失调及B细胞发育缺陷 | 首次揭示胰腺人胰淀素沉积通过调控CXCL12/CXCR4信号轴导致B细胞发育缺陷和神经免疫失调的新机制 | 动物模型与人类疾病存在差异,慢性暴露效应的具体机制仍需进一步验证 | 阐明2型糖尿病中胰腺人胰淀素过度分泌对免疫系统和神经系统的影响机制 | 转基因大鼠和小鼠模型、野生型大鼠、2型糖尿病患者单细胞测序数据 | 免疫学 | 2型糖尿病 | 单细胞测序 | 转基因动物模型 | 基因表达数据、免疫细胞计数数据 | 转基因大鼠和小鼠、野生型大鼠、2型糖尿病患者单细胞数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 814 | 2025-11-16 |
Spatiotemporal dynamics of the cardioimmune niche during lesion repair
2025-Nov, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00739-6
PMID:41184578
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和高分辨率空间转录组学,重建小鼠心脏损伤后纤维化微环境的时空动态 | 首次揭示Trem2巨噬细胞通过沉默成纤维细胞增殖来防止过度纤维化的复杂多细胞网络,并发现损伤后罕见的祖细胞样心肌细胞群 | 研究仅限于小鼠模型,人类心脏组织的验证仍需进一步研究 | 理解心脏伤口愈合过程中的细胞和分子过程,以改善心肌组织损伤后的心脏功能 | 成年小鼠心脏组织、人类心脏组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 815 | 2025-11-16 |
SpaMWGDA: Identifying spatial domains of spatial transcriptomes using multi-view weighted fusion graph convolutional network and data augmentation
2025-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013667
PMID:41223185
|
研究论文 | 提出一种基于多视图加权融合图卷积网络和数据增强的空间转录组空间域识别方法 | 使用多视图加权融合图卷积网络自适应整合空间信息和基因特征,结合数据增强和对比学习提取关键基因表达 | NA | 提高空间转录组数据中空间域识别的准确性和效率 | 空间转录组数据中的细胞空间域 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 图卷积网络(GCN), 多视图学习, 对比学习 | 基因表达数据, 空间位置数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 816 | 2025-11-16 |
Determining a Stability Prognostic Panel for 636 Patients With Melanoma Using a Machine Learning Computational Framework
2025-Nov, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.70174
PMID:41229385
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于机器学习的14基因预后特征模型,用于黑色素瘤患者的精准预后评估 | 首次系统整合101种机器学习算法开发共识预后特征,并在多个独立队列中验证其优于现有19种预后模型 | 研究样本量相对有限,且主要基于公共数据库数据 | 建立黑色素瘤精准预后评估框架并识别关键生物标志物 | 636例黑色素瘤患者的基因表达数据 | 机器学习 | 黑色素瘤 | RNA-seq, scRNA-seq | LASSO, RSF | 基因表达数据 | 636例黑色素瘤患者 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 817 | 2025-11-16 |
D-dimer drives immune dysregulation in COVID-19 via chemokine modulation and inflammatory signaling
2025-Nov, Virus research
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.virusres.2025.199641
PMID:41083108
|
研究论文 | 本研究探讨了D-二聚体通过调节趋化因子和炎症信号通路在COVID-19中驱动免疫失调的机制 | 首次揭示D-二聚体不仅是血栓形成的生物标志物,还能通过调节趋化因子介导的细胞募集和炎症信号通路直接参与免疫调节 | 体外实验未能在THP-1细胞中诱导IL-6表达,机制研究仍需深入 | 探究D-二聚体在COVID-19免疫调节中的作用机制 | COVID-19患者和SARS-CoV-2阴性对照人群 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 体外细胞刺激实验 | NA | 临床数据, 转录组数据, 单细胞测序数据 | 356名来自上海的参与者,包括轻度和重度COVID-19患者及阴性对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 818 | 2025-11-16 |
Brain abundant membrane attached signal protein 1 regulates macrophage polarization through EGFR/PI3K/AKT signaling in renal cell carcinoma
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148268
PMID:41093214
|
研究论文 | 本研究揭示了BASP1通过激活EGFR/PI3K/AKT信号通路促进巨噬细胞向M2表型极化,从而推动肾细胞癌进展的机制 | 首次发现BASP1在肾癌巨噬细胞中的特异性表达及其通过EGFR/PI3K/AKT通路调控巨噬细胞极化的新机制 | 研究主要基于数据库分析和动物模型,缺乏临床样本验证 | 探究BASP1在肾细胞癌免疫微环境中调控巨噬细胞极化的分子机制 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)及其肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 肾细胞癌 | 单细胞转录组测序,WB,qRT-PCR,流式细胞术,AAV基因沉默 | NA | 转录组数据,蛋白质表达数据,细胞表型数据 | TCGA数据库样本,小鼠颅内同种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 819 | 2025-11-16 |
Mixed Molecular Subtypes Coexist in Estrogen Receptor Heterogeneous Primary Breast Cancers
2025-Nov, JCO precision oncology
IF:5.3Q1
DOI:10.1200/PO-25-00529
PMID:41237360
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析雌激素受体异质性乳腺癌,揭示不同分子亚型在肿瘤内共存的现象 | 首次在ER中等阳性乳腺癌中发现Luminal A和Luminal B分子亚型混合共存,并揭示ER阴性区域具有内分泌耐药但化疗敏感的表型特征 | 样本量较小(20例),仅针对ER中等阳性乳腺癌,未包含其他分子亚型 | 理解乳腺癌中雌激素受体表达的肿瘤内异质性,探索不同分子亚型在同一肿瘤中共存的可能性 | 20例原发性乳腺癌(10例ER异质性,10例ER高表达) | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 数字空间分析,空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 20例原发性乳腺癌样本 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx平台 | NanoString GeoMx平台配合人类全转录组图谱探针组 |
| 820 | 2025-11-15 |
Evolution and Co-occurrence of PI3K Pathway Gene Mutations in Endometrial Carcinoma Molecular Subtypes at the Single-Cell Level
2025-Nov-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-1237
PMID:40833784
|
研究论文 | 通过单细胞测序研究子宫内膜癌分子亚型中PI3K通路基因突变的进化模式和共存情况 | 首次在单细胞水平揭示不同分子亚型子宫内膜癌中PI3K通路基因突变的进化模式差异 | 样本量较小,属于探索性研究,需要进一步验证 | 探究PI3K通路基因突变在子宫内膜癌不同分子亚型中的进化模式 | 子宫内膜样子宫内膜癌组织样本 | 单细胞基因组学 | 子宫内膜癌 | 单核DNA测序 | NA | 基因组DNA序列数据 | 11个肿瘤样本(NSMP=5,MMRd=3,POLE=3),共50,009个细胞 | NA | 单细胞DNA测序 | NA | 针对64个癌症相关基因热点变异及PTEN、PIK3R1、PIK3CA编码序列的测序 |