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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 801 | 2025-11-09 |
Harnessing multi-omics approaches to decipher tumor evolution and improve diagnosis and therapy in lung cancer
2025-Nov-05, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-025-00859-y
PMID:41194170
|
综述 | 本文综述了多组学方法在解析肺癌肿瘤进化及改善诊疗中的应用前景 | 系统阐述多组学方法在构建肺癌生态系统全景中的整合应用价值 | NA | 探讨多组学方法在肺癌研究中的潜力与应用 | 肺癌肿瘤异质性与肿瘤微环境 | 生物信息学 | 肺癌 | 全基因组测序,单细胞测序,空间转录组学 | 多组学整合模型 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 802 | 2025-11-09 |
In vitro derivation of midbrain dopaminergic neurons from porcine embryonic stem cells in multi-dimensional conditions
2025-Nov-05, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04693-9
PMID:41194288
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研究论文 | 本研究建立了从猪胚胎干细胞在二维和三维条件下高效分化中脑多巴胺能神经元的物种优化方案 | 首次建立了从猪干细胞生成功能验证的中脑多巴胺能神经元和中脑类器官的稳健平台,揭示了物种特异性信号动态 | 仅使用猪胚胎干细胞进行研究,未与其他物种进行直接比较 | 建立物种优化的条件,从猪胚胎干细胞在二维和三维环境中衍生功能性中脑多巴胺能神经元 | 体外受精和孤雌生殖激活来源的猪胚胎干细胞 | 干细胞生物学 | 神经系统疾病 | 免疫荧光、膜片钳电生理学、微电极阵列记录、多巴胺ELISA、RNA测序 | NA | 基因表达数据、电生理数据、蛋白质数据 | 猪胚胎干细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 803 | 2025-11-09 |
The molecular complexity of deep vein thrombosis was preliminarily explored based on the ceRNA network, scRNA-seq and AlphaFold 2
2025-Nov-04, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-025-02239-9
PMID:41188916
|
研究论文 | 本研究通过ceRNA网络、单细胞RNA测序和AlphaFold 2技术初步探索深静脉血栓形成的分子复杂性 | 首次结合ceRNA网络构建、多种PPI网络算法、AlphaFold 2结构预测和单细胞RNA测序技术系统研究深静脉血栓的分子机制 | 样本量较小(内部测试集10例,外部验证集14例,单细胞测序6例),需要更大规模研究验证 | 识别与深静脉血栓相关的高度特异性基因并研究其复杂性 | 深静脉血栓患者和健康对照者的血液样本 | 生物信息学 | 深静脉血栓 | 单细胞RNA测序, 全转录组分析, 蛋白质结构预测 | ceRNA网络模型, PPI网络分析 | RNA测序数据, 基因表达数据 | 内部测试集10例(4例患者+6例对照),外部验证集14例,单细胞测序6例(3例患者+3例对照) | NA | 单细胞RNA测序, 全转录组测序 | NA | NA |
| 804 | 2025-11-09 |
USP2-mediated PPARγ stabilization promotes hepatocellular carcinoma progression and M2 macrophage polarization via oleic acid
2025-Nov-04, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012721
PMID:41193183
|
研究论文 | 本研究揭示USP2通过稳定PPARγ促进肝癌进展和M2巨噬细胞极化的分子机制 | 首次发现USP2通过去泛素化稳定PPARγ,促进脂肪酸合成和油酸产生,进而驱动M2巨噬细胞极化的新机制 | 研究主要基于体外模型和动物实验,需要进一步临床验证 | 探索USP2在肝细胞癌进展和肿瘤微环境调控中的作用机制 | 肝癌患者来源类器官、肝癌细胞系、动物模型和巨噬细胞 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫共沉淀、CUT&RUN、ELISA、质谱分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 805 | 2025-11-09 |
Emodin Alleviates Sepsis-Induced Multiorgan Damage by Inhibiting NETosis through Targeting Neutrophils BCL-10
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202417129
PMID:40779122
|
研究论文 | 本研究揭示大黄素通过靶向中性粒细胞BCL-10抑制NETosis,缓解脓毒症引起的多器官损伤 | 首次发现大黄素可直接靶向BCL-10蛋白,通过调节BCL-10/MALT1复合物抑制NF-κB信号通路和NETs形成 | NA | 探究大黄素在脓毒症中对多器官保护作用的分子机制 | 中性粒细胞及其NETs形成过程 | 分子生物学 | 脓毒症 | 蛋白质微阵列,表面等离子共振,分子对接,单细胞测序 | NA | 体外实验数据,体内实验数据,蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 806 | 2025-11-09 |
HLA-A*02:01 Presents Penicillin-Modified Cysteinylated Peptides for T Cell Recognition
2025-Nov, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.70025
PMID:40906332
|
研究论文 | 本研究揭示HLA-A*02:01通过半胱氨酸修饰呈递青霉素修饰肽段激活T细胞反应的分子机制 | 首次发现青霉素优先修饰HLA肽段中的半胱氨酸残基,并证实通过二硫键介导的肽段修饰机制可诱导T细胞识别 | 研究仅聚焦于HLA-A*02:01单倍型和青霉素特异性反应,未涵盖其他HLA类型或β-内酰胺类药物 | 阐明青霉素诱导T细胞介导过敏反应的分子机制 | HLA-A*02:01呈递的青霉素修饰肽段及患者来源的青霉素特异性T细胞 | 免疫学 | 药物过敏 | 免疫肽组学、单细胞测序、报告细胞系检测 | NA | 蛋白质组数据、单细胞TCR序列数据 | 过敏患者来源的CD8+ T细胞 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 807 | 2025-11-09 |
Globotriaosylceramide Gb3 Influences Wound Healing and Scar Formation by Orchestrating Fibroblast Heterogeneity
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509733
PMID:40810720
|
研究论文 | 本研究系统探讨了globotriaosylceramide (Gb3)通过调控成纤维细胞异质性影响伤口愈合和瘢痕形成的机制 | 发现了HEXB-Gb3-FGF2调控轴在成纤维细胞表型可塑性中的新作用机制 | 研究主要基于特定烧伤模型,在其他类型伤口中的适用性需进一步验证 | 阐明Gb3在皮肤再生过程中的功能作用及其调控机制 | 皮肤成纤维细胞、浅二度烧伤和深二度烧伤临床标本 | 单细胞组学 | 皮肤烧伤 | 单细胞RNA测序, 空间组学, 脂质组学, 组织学评估 | NA | 单细胞转录组数据, 空间组学数据, 脂质组学数据, 组织学图像 | 临床烧伤标本(浅二度和深二度烧伤) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 脂质组学 | NA | NA |
| 808 | 2025-11-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Redefines Macrophage Heterogeneity and Function in Wound Healing
2025 Nov-Dec, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society
IF:3.8Q1
DOI:10.1111/wrr.70107
PMID:41204881
|
综述 | 本文综述单细胞测序技术在皮肤伤口愈合研究中揭示巨噬细胞异质性和功能多样性的进展 | 通过单细胞测序技术系统揭示巨噬细胞在伤口愈合过程中的异质性、功能多样性及动态变化特征 | NA | 阐明巨噬细胞在皮肤伤口愈合过程中的细胞异质性和功能作用 | 皮肤伤口愈合过程中的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 皮肤伤口愈合 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 809 | 2025-11-08 |
Elucidating cardiomyocyte state transitions in zebrafish heart development using transcriptome dynamics
2025-Nov-08, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152736
PMID:41110187
|
研究论文 | 本研究通过斑马鱼模型分析心脏发育过程中的转录组动态,揭示了心肌细胞状态转变的关键机制 | 首次通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq分析,识别出M5模块在心肌细胞状态转变中的关键作用,并发现smtnl1作为枢纽基因 | 研究仅聚焦于斑马鱼胚胎发育早期阶段(24-48 hpf),未验证在哺乳动物或人类中的保守性 | 阐明心脏发育过程中心肌细胞状态转变的分子机制,为先天性心脏病发病机制提供新见解 | 斑马鱼胚胎心脏发育过程 | 发育生物学 | 先天性心脏病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 加权基因共表达网络分析, 伪时间分析 | NA | 转录组数据 | 斑马鱼胚胎心脏在24、30、36、48 hpf四个时间点的样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 810 | 2025-11-08 |
Sox9 prevents retinal degeneration and is required for limbal stem cell differentiation in the adult mouse eye
2025-Nov-05, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.102337
PMID:41190718
|
研究论文 | 本研究揭示了Sox9转录因子在成年小鼠眼睛中维持视网膜完整性和促进角膜缘干细胞分化的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术证明Sox9在基底角膜缘干细胞群体中的表达及其在形成两种长寿细胞克隆中的功能 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 揭示Sox9转录因子在成年眼睛不同细胞类型中的功能 | 成年小鼠的眼睛组织,特别是视网膜色素上皮细胞、Müller胶质细胞和角膜缘基底上皮细胞 | 发育生物学 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序, 谱系追踪, 基因敲除 | NA | 基因表达数据, 细胞谱系数据 | 成年基因敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 811 | 2025-11-08 |
Single-nuclei sequencing of Moricandia arvensis reveals bundle sheath cell function in the photorespiratory shuttle of C3-C4 intermediate Brassicaceae
2025-Nov-04, Journal of experimental botany
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/jxb/eraf245
PMID:40590299
|
研究论文 | 本研究通过单核RNA测序技术揭示了Moricandia arvensis中维管束鞘细胞在C3-C4中间型光合作用中的功能 | 首次在十字花科C3-C4中间型植物中应用单核RNA测序技术,揭示了光呼吸相关基因在维管束鞘细胞中的特异性表达模式 | 研究仅限于十字花科中的一种C3-C4中间型植物,需要更多物种验证 | 探究C3-C4中间型植物中细胞特异性对光呼吸途径的影响 | Moricandia arvensis(十字花科C3-C4中间型植物)和拟南芥(C3植物)的叶片组织 | 植物生物学 | NA | 单核RNA测序,电子显微镜,免疫金标记 | NA | 单细胞转录组数据,显微镜图像 | Moricandia arvensis单核RNA测序数据集和拟南芥公开单细胞转录组数据 | NA | 单核RNA测序,单细胞转录组测序 | NA | NA |
| 812 | 2025-11-08 |
RANBP1 promotes immune evasion in triple-negative breast cancer by suppressing T cell infiltration via the miR-769-5p/PRUNE2 axis
2025-Nov-04, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03872-7
PMID:41186818
|
研究论文 | 本研究揭示RANBP1通过miR-769-5p/PRUNE2轴抑制T细胞浸润,促进三阴性乳腺癌免疫逃避的分子机制 | 首次发现RANBP1通过调控miR-769-5p/PRUNE2通路影响T细胞浸润,揭示了三阴性乳腺癌免疫逃避的新机制 | 研究样本量有限(87例TNBC组织),机制研究仍需进一步验证 | 探究RANBP1在三阴性乳腺癌中调控T细胞浸润和肿瘤进展的作用机制 | 三阴性乳腺癌细胞、肿瘤微环境中的免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、免疫组织化学、Kaplan-Meier分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、临床生存数据 | 87对三阴性乳腺癌肿瘤及癌旁组织,TCGA和GSE65194数据库 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 813 | 2025-11-08 |
Integrating single-cell transcriptomics and machine learning reveals 4-aminobiphenyl exposure signatures and novel diagnostic biomarkers in bladder cancer
2025-Nov-04, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03819-y
PMID:41186865
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和机器学习方法,揭示了4-氨基联苯暴露特征并识别了膀胱癌的新型诊断生物标志物 | 首次在单细胞分辨率下系统阐明4-氨基联苯的致癌机制,并通过机器学习识别出由六个核心基因组成的诊断面板 | 研究具有回顾性性质,依赖公共测序数据,缺乏详细临床元数据,无法对识别亚型进行生存分析 | 研究环境致癌物4-氨基联苯在膀胱癌发生中的分子机制并识别诊断生物标志物 | 膀胱癌组织样本 | 生物信息学, 机器学习 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 分子对接模拟, ssGSEA | LASSO, SVM, 随机森林 | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据 | 95,136个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 814 | 2025-11-08 |
Heterogeneity in an adeno-associated virus transfection-based production process limits the production efficiency
2025-Nov-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-26261-0
PMID:41188389
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了基于腺相关病毒转染的生产过程中细胞异质性对生产效率的限制 | 首次在单细胞水平上揭示了rAAV生产过程中细胞转染异质性的关键瓶颈,发现仅不到5%的细胞实际产生病毒颗粒 | 研究仅针对rAAV9血清型和HEK293T细胞系,结果可能不适用于其他AAV血清型或生产细胞系 | 提高基于瞬时转染的rAAV生产效率和产量 | HEK293T细胞系和rAAV9病毒载体 | 生物技术 | 基因治疗 | 单细胞转录组学,流式细胞术,qPCR | NA | 转录组数据,流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 815 | 2025-11-08 |
Single-cell multi-omics analysis revealed the expansion of age-associated B cells in the pancreas of type 1 autoimmune pancreatitis patients
2025-Nov-04, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01567-w
PMID:41188893
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研究论文 | 通过单细胞多组学分析揭示了1型自身免疫性胰腺炎患者胰腺中年龄相关B细胞的扩增现象 | 首次在AIP胰腺中发现IgD-年龄相关B细胞(ABCs)的扩增,并揭示了CXCL9+巨噬细胞通过CXCL9-CXCR3轴招募ABCs以及Tfh细胞通过IL-21与ABCs相互作用的新机制 | 样本量有限,仅基于活检样本分析,需要更大规模研究验证 | 表征1型自身免疫性胰腺炎患者胰腺的局部免疫特征 | 1型自身免疫性胰腺炎患者的胰腺活检组织 | 单细胞组学 | 自身免疫性胰腺炎 | 单细胞RNA测序,免疫受体组库测序,空间转录组测序,流式细胞术,多色免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,免疫受体序列数据 | AIP患者胰腺活检样本 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞免疫受体组库测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 816 | 2025-11-08 |
PA2G4 in CAFs promotes biochemical recurrence of prostate cancer via H3K18la
2025-Nov-04, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01485-9
PMID:41189032
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研究论文 | 本研究通过多组学分析鉴定前列腺癌相关成纤维细胞乳酸代谢特征并建立预后指数 | 首次发现CAFs通过乳酸代谢影响前列腺癌进展,建立新型乳酸代谢相关临床预后指数LMCAFCPI,并揭示PA2G4通过抑制H3K18la调控前列腺癌增殖转移的新机制 | NA | 探索前列腺癌相关成纤维细胞通过乳酸代谢影响前列腺癌进展的机制并开发预后工具 | 前列腺癌相关成纤维细胞和前列腺癌组织样本 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,多组学分析,机器学习,CUT-TAG测序 | 机器学习模型 | 转录组数据,表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 817 | 2025-11-08 |
Neutrophil extracellular traps regulate LDHA expression to promote colorectal cancer liver metastasis
2025-Nov-03, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07174-y
PMID:41184884
|
研究论文 | 本研究揭示了中性粒细胞胞外诱捕网通过调控LDHA表达促进结直肠癌肝转移的机制 | 首次发现NETs通过PI3K/AKT通路调控糖代谢关键酶LDHA表达促进结直肠癌转移 | NA | 探索中性粒细胞胞外诱捕网在结直肠癌肝转移中的作用机制 | 结直肠癌细胞、裸鼠肝脏异种移植模型 | 肿瘤生物学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 818 | 2025-11-08 |
Fragile X mental retardation 1 gene FMR1 promotes proliferation, migration, and invasion of gastric cancer cells via c-MYC
2025-Nov-03, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07140-8
PMID:41184982
|
研究论文 | 本研究探讨FMR1基因通过c-MYC信号通路促进胃癌细胞增殖、迁移和侵袭的机制 | 首次揭示FMR1在胃癌中通过稳定c-MYC蛋白促进肿瘤恶性表型的新机制 | 研究主要基于体外实验和数据库分析,需要更多体内实验验证 | 阐明FMR1基因在胃癌发生发展中的作用机制 | 胃癌细胞系和临床胃癌组织样本 | 癌症生物学 | 胃癌 | qRT-PCR, Western blotting, 免疫组化, 单细胞转录组学, 免疫共沉淀, ELISA | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞测序数据 | TCGA队列和临床样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | TIMER2.0平台, TISIDB数据库, inferCNV分析工具 |
| 819 | 2025-11-08 |
GCNLA: Inferring Cell-Cell Interactions From Spatial Transcriptomics With Long Short-Term Memory and Graph Convolutional Networks
2025-Nov, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3572383
PMID:40402695
|
研究论文 | 提出一种基于图卷积网络和长短期记忆注意力模块的GCNLA网络架构,用于从空间转录组数据推断细胞间相互作用 | GCNLA不仅能学习细胞的空间结构,还能捕获远端细胞间的相互作用信息,注意力模块进一步提取和增强与细胞间相互作用相关的特征 | NA | 从空间转录组数据推断细胞间相互作用 | 细胞间相互作用 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 图卷积网络(GCN), 长短期记忆网络(LSTM) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | seqFISH, MERFISH | NA |
| 820 | 2025-11-08 |
Spatially informed phenotyping by cyclic-in-situ-hybridisation identifies novel fibroblast populations and their pathogenic niches in systemic sclerosis
2025-Nov, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.06.002
PMID:40603206
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研究论文 | 本研究通过循环原位杂交技术结合空间转录组学,在系统性硬化症皮肤中发现并表征了新型成纤维细胞亚群及其致病作用 | 首次在单细胞分辨率下实现原位深度转录谱分析,发现SFRP2+网状真皮成纤维细胞和CCL19+非血管周成纤维细胞两个新型亚群 | 研究样本量有限,需要更大规模的验证研究 | 通过空间转录组学技术研究系统性硬化症皮肤中成纤维细胞亚群的分布特征和致病机制 | 系统性硬化症患者和健康个体的皮肤组织 | 空间转录组学 | 系统性硬化症 | 循环原位杂交,单细胞RNA测序 | BANKSY聚类算法 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 系统性硬化症患者和健康对照的皮肤样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |