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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 781 | 2025-11-17 |
Integrated Multi-Omics Analysis Uncovers Immune-Metabolic Interplay in Hepatocellular Carcinoma Tumor Microenvironment
2025-Nov-03, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17213565
PMID:41228357
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研究论文 | 通过整合多组学分析揭示肝细胞癌肿瘤微环境中免疫与代谢的相互作用 | 首次通过整合基因组学、表观基因组学和单细胞转录组学系统解析HCC肿瘤微环境中免疫代谢互作机制,发现启动子低甲基化驱动的关键基因表达与患者预后相关 | 样本量相对有限(60例患者),需要更大队列验证发现 | 解析肝细胞癌肿瘤微环境的免疫和代谢特征及其临床意义 | 60例肝细胞癌患者的肿瘤样本 | 多组学整合分析 | 肝细胞癌 | 多组学分析, 单细胞RNA测序, DNA甲基化分析 | NA | 基因组数据, 表观基因组数据, 单细胞转录组数据 | 60例HCC患者肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
| 782 | 2025-11-17 |
Mechanical confinement governs phenotypic plasticity in melanoma
2025-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09445-6
PMID:40866703
|
研究论文 | 本研究揭示了机械限制通过染色质重塑介导黑色素瘤表型可塑性的机制 | 首次证明机械限制通过HMGB2介导的染色质构象变化驱动表型转换 | 研究主要基于斑马鱼模型,人类样本验证有限 | 探究黑色素瘤表型可塑性的外部触发机制 | 黑色素瘤细胞与肿瘤微环境界面 | 癌症生物学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学,单细胞转录组学,定量建模 | 斑马鱼模型 | 转录组数据,形态学数据 | 斑马鱼模型和人类样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 783 | 2025-11-17 |
CoCo-ST detects global and local biological structures in spatial transcriptomics datasets
2025-Nov, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-025-01781-z
PMID:41083603
|
研究论文 | 提出一种名为CoCo-ST的图对比特征表示框架,用于检测空间转录组数据中的全局和局部生物结构 | 通过比较目标样本与背景样本,能够同时检测高方差和低方差的空间结构,解决了现有方法忽略低方差结构的问题 | NA | 开发能够检测空间转录组数据中高方差和低方差生物结构的计算方法 | 小鼠肺前癌样本 | 空间转录组学 | 肺癌 | 图对比学习 | 图对比特征表示框架 | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium, Xenium Prime 5K, Visium HD | spot-level Visium数据, 单细胞Xenium Prime 5K数据, 亚细胞Visium HD数据 |
| 784 | 2025-11-17 |
Integration of Transcriptome Profiling and Single-Cell Sequencing Analysis to Establish a CD8+ T Cell-Related Prognostic Model for Patients With NSCLC: From Assessment to Therapy
2025-Nov, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71337
PMID:41223031
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研究论文 | 本研究通过整合转录组分析和单细胞测序技术,建立了基于CD8+ T细胞的非小细胞肺癌预后模型 | 首次结合转录组分析和单细胞测序构建CD8+ T细胞相关预后模型,并开发了临床预后列线图 | 研究基于三个公共数据集,需要进一步前瞻性临床验证 | 开发CD8+ T细胞相关预后模型以改善NSCLC患者的预后评估和免疫治疗决策 | 非小细胞肺癌患者 | 生物信息学 | 肺癌 | 转录组分析,单细胞测序,加权基因共表达网络分析 | LASSO回归,Cox回归,风险模型,列线图 | 基因表达数据,单细胞数据,临床数据 | 三个数据集(TCGA-NSCLC, GSE183219, GSE42127) | NA | 单细胞RNA-seq,转录组分析 | NA | NA |
| 785 | 2025-11-17 |
Identification of Disulfidptosis-Associated Hub Genes in Psoriasis via Integrated Transcriptomic and Experimental Validation Approaches
2025-Nov, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70945
PMID:41224720
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研究论文 | 通过整合转录组学和实验验证方法鉴定银屑病中与二硫死亡相关的枢纽基因 | 首次将新型细胞死亡方式二硫死亡与银屑病发病机制联系起来,并通过多组学整合分析识别关键基因 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于小鼠模型,需要进一步临床验证 | 探索二硫死亡在银屑病发病机制中的作用并识别相关生物标志物 | 银屑病患者皮肤组织和imiquimod诱导的银屑病样小鼠模型 | 生物信息学 | 银屑病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, Western blotting | LASSO回归, 随机森林, WGCNA | 转录组数据, 单细胞数据 | 多个数据集(GSE106992, GSE11239, GSE162183)和小鼠模型 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 786 | 2025-11-17 |
Ubiquitous dysregulation of the Wnt pathway in immune thrombocytopenia genetic susceptibility
2025-Nov, Blood vessels, thrombosis & hemostasis
DOI:10.1016/j.bvth.2025.100107
PMID:41235340
|
研究论文 | 本研究通过功能基因组学和单细胞RNA测序分析,揭示了Wnt信号通路在免疫性血小板减少症中的广泛失调 | 首次在ITP中系统性地证明了Wnt信号通路的多基因、多细胞类型特异性失调模式 | 研究主要基于遗传关联和基因表达分析,缺乏直接的机制验证实验 | 探究Wnt信号通路在免疫性血小板减少症发病机制中的作用 | 免疫性血小板减少症患者和健康对照的遗传及单细胞转录组数据 | 基因组学 | 免疫性血小板减少症 | 全基因组关联研究, 单细胞RNA测序, 功能基因组学分析 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 787 | 2025-11-17 |
Mechanistic study of ANXA3-mediated endoplasmic reticulum stress promoting M1 macrophage polarization in pulmonary arterial hypertension based on bioinformatics and nine machine learning algorithms
2025-Nov, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.111215
PMID:41110296
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学和九种机器学习算法揭示了ANXA3通过内质网应激促进M1巨噬细胞极化在肺动脉高压中的作用机制 | 首次系统整合多种机器学习算法识别肺动脉高压中内质网应激相关关键基因,并通过实验验证ANXA3在调控M1巨噬细胞极化和肺动脉平滑肌细胞功能中的核心作用 | 样本量相对有限(100例患者和61例对照),且主要基于动物模型验证,需要进一步临床研究确认 | 阐明内质网应激在肺动脉高压免疫调节中的分子机制,识别关键调控基因 | 肺动脉高压患者外周血单核细胞、特发性肺动脉高压患者样本、两种肺动脉高压大鼠模型(MCT诱导和SuHx诱导) | 生物信息学 | 肺动脉高压 | 转录组分析、机器学习算法、qRT-PCR、单细胞RNA测序、免疫荧光、功能实验 | LASSO回归等九种机器学习算法 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 161例人类样本(100例患者+61例对照)和20例特发性肺动脉高压患者,两种大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 788 | 2025-11-16 |
Clinical characteristics and target exploration via scRNA-seq and high-throughput drug screening of FOXO1 fusion positive rhabdomyosarcoma
2025-Nov-15, Pediatric surgery international
IF:1.5Q3
DOI:10.1007/s00383-025-06241-1
PMID:41240117
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和高通量药物筛选探索FOXO1融合阳性横纹肌肉瘤的临床特征和治疗靶点 | 首次结合单细胞RNA测序与高通量药物筛选系统研究FOXO1融合状态对横纹肌肉瘤的影响,并发现MET作为潜在治疗靶点 | 样本量相对有限(65例患者),且包含罕见病例类型 | 研究FOXO1融合状态对横纹肌肉瘤临床特征和治疗靶点的影响 | 65例儿童横纹肌肉瘤患者及其肿瘤组织 | 数字病理学 | 横纹肌肉瘤 | 单细胞RNA测序,高通量药物筛选,患者来源异种移植模型 | Cox回归分析,Kaplan-Meier估计 | 临床数据,单细胞转录组数据 | 65例儿童横纹肌肉瘤患者(36例胚胎型,15例腺泡型,14例其他类型) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 789 | 2025-11-16 |
Targeting the HMGB1-IL32 pathway to alleviate T cell exhaustion in epithelial ovarian cancer
2025-Nov-15, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01963-5
PMID:41240232
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了卵巢癌细胞通过HMGB1-IL32信号通路影响终末耗竭CD8+T细胞的机制 | 首次发现HMGB1-HAVCR2配体-受体对介导卵巢癌细胞与终末耗竭CD8+T细胞的通讯,并阐明HMGB1通过NFKB1和TP53调控IL32表达的新信号通路 | NA | 解析卵巢癌微环境中细胞间通讯对终末耗竭CD8+T细胞的影响机制 | 卵巢癌微环境中的癌细胞和CD8+T细胞 | 单细胞基因组学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 790 | 2025-11-16 |
Single-cell analysis of adult mouse testes exposed to cigarette smoke
2025-Nov-15, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03703-2
PMID:41240254
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析香烟烟雾暴露对成年小鼠睾丸的影响 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示香烟烟雾暴露导致睾丸细胞类型比例变化及多细胞类型的转录组改变 | 研究仅使用小鼠模型,样本量相对有限 | 探究香烟烟雾暴露对睾丸组织结构和精子发生过程的影响机制 | 成年小鼠睾丸组织 | 单细胞组学 | 男性生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因本体分析(GO分析), 基因集富集分析(GSEA) | NA | 单细胞转录组数据, 病理学数据 | 成年小鼠睾丸组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 791 | 2025-11-16 |
Identification of key diagnostic and prognostic biomarkers for aortic valve stenosis with coronary artery disease through immunological profiling integrating proteomics, single-cell sequencing, and machine learning
2025-Nov-14, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152855
PMID:41151411
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研究论文 | 通过整合蛋白质组学、单细胞测序和机器学习的免疫学分析,识别主动脉瓣狭窄合并冠状动脉疾病的关键诊断和预后生物标志物 | 首次系统整合多组学数据和机器学习方法识别AS-CAD特异性生物标志物FGL1,并验证其诊断和预后价值 | 样本量有限,需要更大规模的多中心研究验证 | 系统识别AS-CAD的分子生物标志物并评估其临床预后相关性 | 主动脉瓣狭窄合并冠状动脉疾病患者组织样本、ApoE-/-小鼠动脉粥样硬化模型、RAW264.7巨噬细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 蛋白质组学分析、单细胞RNA测序、机器学习、LASSO回归、ELISA、免疫组化、Western blotting | LASSO回归 | 蛋白质组数据、单细胞转录组数据、临床数据 | AS-CAD患者组织样本、独立临床队列、多中心前瞻性TAVI患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 792 | 2025-11-16 |
Immunosuppression of HMOX1 contributes to metastasis and poor prognosis in glioma
2025-Nov-14, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152848
PMID:41151408
|
研究论文 | 本研究探讨HMOX1在胶质瘤免疫抑制和转移中的作用机制 | 首次系统揭示HMOX1通过促进M2巨噬细胞极化介导胶质瘤免疫抑制和转移的分子机制 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,需要更多临床样本验证 | 阐明HMOX1与胶质瘤免疫抑制和转移的关系 | 胶质瘤患者样本和细胞系 | 肿瘤免疫学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 细胞实验, 异种移植模型 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | CGGA数据库693例患者, TCGA数据库702例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 793 | 2025-11-16 |
Fibroblast-Mediated MMP2 Contribution to Nonresponse in Anti-TNFα Therapy for Crohn's Disease
2025-Nov-14, Inflammatory bowel diseases
IF:4.5Q1
DOI:10.1093/ibd/izaf263
PMID:41236836
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研究论文 | 本研究探讨了克罗恩病患者对抗TNFα疗法无应答的机制,重点关注成纤维细胞介导的细胞外基质重塑作用 | 首次通过单细胞分析识别CD81+成纤维细胞亚群是ECM重塑的主要贡献者,并发现MMP2在成纤维细胞-巨噬细胞串扰中的关键作用 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,需要进一步体内验证 | 探索抗TNFα疗法耐药性的潜在机制 | 克罗恩病患者样本和原代细胞 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞转录组测序, 批量转录组测序, 多重免疫荧光, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 图像数据 | 公共数据库中的克罗恩病患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 794 | 2025-11-16 |
Spider: a flexible and unified framework for simulating spatial transcriptomics data
2025-Nov-14, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf562
PMID:41237053
|
研究论文 | 提出了一种无需真实数据参考的灵活空间转录组学数据模拟框架 | 通过细胞类型比例和相邻细胞间转移矩阵表征空间模式,提供比现有方法更真实多样的模拟数据和建模灵活性 | 未明确说明框架在特定生物场景或技术平台下的验证局限性 | 解决空间转录组学分析工具基准测试中标准数据集多样性和准确性不足的问题 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据模拟 | Python框架 | 空间转录组学模拟数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 795 | 2025-11-16 |
An islet-resident macrophage antioxidant program preserves β cell physiology
2025-Nov-14, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adz5181
PMID:41237222
|
研究论文 | 本研究揭示了胰岛驻留巨噬细胞的抗氧化程序如何保护β细胞生理功能 | 首次发现SLC7A11驱动的转录程序在CD9阳性胰岛巨噬细胞中增强抗氧化防御,并确定这些巨噬细胞作为内分泌胰腺中专化免疫哨兵的功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类胰岛巨噬细胞的功能验证仍需进一步研究 | 探究胰岛驻留巨噬细胞的起源、异质性和功能作用 | 小鼠和人类胰岛中的驻留巨噬细胞 | 免疫学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序,命运图谱系统 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 796 | 2025-11-16 |
Lipidomics and single-cell transcriptomics uncover aberrant lipid metabolism in metaplasia lesions during gastric carcinogenesis
2025-Nov-14, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-025-02315-y
PMID:41239006
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研究论文 | 本研究通过脂质组学和单细胞转录组学揭示了胃癌发生过程中化生病变的异常脂质代谢特征 | 首次结合脂质组学和单细胞转录组学技术系统揭示胃肠化生病变中甘油三酯和脂滴积累的独特脂质特征,并验证脂质代谢抑制剂的治疗潜力 | 研究主要基于动物模型和有限的人类样本,需要更大规模的人类队列研究验证 | 明确胃癌发生过程中化生病变的脂质特征及其在恶性转化中的作用 | 幽门螺杆菌感染的Ddit4缺陷小鼠、人类胃肠化生组织、慢性非萎缩性胃炎组织、患者来源的胃癌类器官 | 单细胞组学 | 胃癌 | 脂质组学分析, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 免疫荧光, BODIPY染色 | NA | 脂质组数据, 单细胞转录组数据, 图像数据 | 小鼠模型和人类组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 脂质组学 | NA | NA |
| 797 | 2025-11-16 |
Hepatocyte metabolic adaptations during pregnancy and lactation
2025-Nov-13, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.08.007
PMID:40882627
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序系统揭示了小鼠在妊娠和哺乳期间肝细胞的代谢适应机制 | 发现了控制妊娠代谢变化的'妊娠时钟'周期性轨迹,并揭示了哺乳期独特的脂质合成分支轨迹 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 阐明妊娠和哺乳期间肝细胞代谢适应的精确过程和调控机制 | 小鼠肝细胞,绵羊肝细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠妊娠和产后多个阶段的肝细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 高分辨率单细胞RNA测序 |
| 798 | 2025-11-16 |
Stereo-seq V2: Spatial mapping of total RNA on FFPE sections with high resolution
2025-Nov-13, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.08.008
PMID:40882628
|
研究论文 | 介绍Stereo-seq V2技术,能够在FFPE组织切片上实现高分辨率全RNA空间图谱分析 | 采用随机引物策略在FFPE切片上实现原位RNA捕获测序,提供单细胞分辨率,具有无偏转录本捕获和均匀基因覆盖特性 | NA | 开发适用于FFPE样本的空间转录组技术,提升临床样本的RNA分析能力 | 三阴性乳腺癌组织切片、结核分枝杆菌感染小鼠模型、人类结核肺样本 | 空间转录组学 | 乳腺癌, 结核病 | 空间转录组测序 | NA | 空间RNA表达数据 | 临床FFPE样本、小鼠感染模型、人类结核样本 | 华大基因(BGI) | 空间转录组学 | Stereo-seq V2 | 基于随机引物的FFPE切片空间全RNA分析技术 |
| 799 | 2025-11-16 |
Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell-type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides
2025-Nov-12, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.02121-25
PMID:41081505
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析人类气道上皮细胞对两种真菌病原体的细胞类型特异性反应 | 首次报道了使用单细胞转录组分析人类气道上皮细胞对曲霉菌和球孢子菌感染的反应 | 动物模型不能完全重现人类疾病,需要更先进的模型来研究人类-真菌病原体相互作用 | 研究人类气道上皮细胞对不同真菌病原体的早期发病机制 | 原代人类气道上皮细胞 | 单细胞测序 | 呼吸道真菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 800 | 2025-11-16 |
Anti-diuretic hormone ITP signals via a guanylate cyclase receptor to modulate systemic homeostasis in Drosophila
2025-Nov-12, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97043
PMID:41222455
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研究论文 | 本研究系统表征了果蝇中离子转运肽(ITP)信号系统及其通过鸟苷酸环化酶受体Gyc76C调节全身稳态的机制 | 首次鉴定Gyc76C为ITP的专一性受体,揭示了ITP信号系统在渗透调节和代谢稳态中的双重功能 | 研究主要基于果蝇模型,在哺乳动物中的保守性需要进一步验证 | 阐明果蝇中抗利尿激素ITP信号系统在维持全身稳态中的作用机制 | 果蝇(Drosophila)的神经系统、肾小管、直肠和脂肪体等组织 | 分子生物学 | 代谢性疾病 | RNA干扰、外分泌测定、异源哺乳动物细胞测定、连接组学、单细胞转录组学 | 基因敲低、过表达 | 基因表达数据、生理功能数据、行为数据 | 果蝇幼虫和成虫组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |