单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 923 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-09-19 |
Colorectal cancer relies on an immunosuppressive cellular topography and genomic adaptations for establishing brain metastases
2025-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.14.688538
PMID:41292744
|
研究论文 | 利用空间转录组学分析51例结直肠癌脑转移样本，揭示其免疫抑制性细胞空间结构及基因组适应机制 | 首次通过空间转录组学系统解析结直肠癌脑转移的细胞空间组织特征，发现成纤维细胞-巨噬细胞微环境促进血管生成和免疫抑制，揭示肿瘤细胞在内皮富集区和巨噬细胞富集区的区域性适应差异，并鉴定SPP1等关键配体-受体互作在转移生态位中的作用 | 样本量有限（51例），仅部分样本具有配对原发肿瘤及放疗前后纵向配对转移切除标本，SPP1功能验证仅限于体外共培养模型，缺乏体内实验验证 | 探究结直肠癌肿瘤细胞适应脑部微环境并建立支持性肿瘤微环境的分子和细胞机制 | 51例结直肠癌脑转移样本，其中部分具有配对的原发结肠肿瘤及放疗前后纵向配对的转移切除标本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | 51例结直肠癌脑转移样本，部分具有配对原发结肠肿瘤及放疗前后纵向配对转移切除标本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 62 | 2026-09-19 |
Genetic Convergence Analysis of CRISPR Perturbations Deciphers Gene Functional Similarity
2025-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.688060
PMID:41292726
|
研究论文 | 本文提出了XConTest，一种用于评估CRISPR扰动之间遗传汇聚的两步交叉验证方法，并应用于自闭症基因和免疫反应基因的研究 | 提出了XConTest，一种两步交叉验证程序，用于评估遗传汇聚问题，其检验统计量在两种扰动对细胞表达谱具有正交影响时近似服从标准正态分布 | 未明确提及 | 量化CRISPR扰动之间的相似性，确定具有共同功能的基因集 | CRISPR扰动，具体包括一组自闭症基因和与免疫反应相关的大规模基因研究 | 机器学习 | 自闭症、免疫相关疾病 | Perturb-seq（结合pooled CRISPR筛选和单细胞RNA测序） | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 63 | 2026-09-19 |
Antiviral Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia
2025-Nov-14, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiaf367
PMID:40628395
|
研究论文 | 该研究通过血浆蛋白质组学和单细胞转录组学比较了HIV-1治疗中断前后外周血单个核细胞的免疫反应，发现病毒反弹前CD16++单核细胞及其抗病毒基因表达显著增加 | 首次在可检测到HIV-1病毒反弹之前发现独特的转录特征，即CD16++单核细胞增加并伴有抗病毒基因表达上调，揭示了病毒反弹的早期免疫信号 | 样本量有限，未明确具体样本数量，且研究仅关注外周血，可能未完全反映组织中的病毒储存库动态 | 表征HIV-1治疗中断后病毒反弹过程中的免疫反应，识别病毒反弹的早期信号，为延长病毒反弹时间和治愈HIV-1提供策略 | HIV-1感染者治疗中断前后的外周血单个核细胞和血浆 | 单细胞转录组学 | HIV-1感染 | 单细胞转录组学，血浆蛋白质组学 | NA | 单细胞转录组数据，蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，血浆蛋白质组学 | NA | NA |
| 64 | 2026-09-19 |
S3R: Modeling spatially varying associations with Spatially Smooth Sparse Regression
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.06.674629
PMID:40964272
|
研究论文 | 提出一种空间平滑稀疏回归（S3R）的统计框架，用于建模空间转录组学数据中随空间变化的关联关系，能够估计位置特异性系数并处理高维预测变量 | 将结构化稀疏性与最小生成树引导的平滑度惩罚相结合，生成在邻域内连贯但允许清晰边界的系数场；能够将spot水平的基因表达混合物转换为细胞类型归因的表达场，并构建跨细胞类型、跨基因的共变张量 | 摘要中未明确提及 | 开发一个通用的统计框架，用于估计连接响应特征与高维空间预测变量的位置特异性系数，以建模空间转录组学数据中随空间变化的关联关系 | 空间转录组学数据，包括人类背外侧前额叶皮层、急性皮肤感染、胰腺导管腺癌和乳腺癌数据集 | 空间转录组学 | 胰腺导管腺癌, 乳腺癌, 皮肤感染 | 空间转录组学 | 空间平滑稀疏回归（S3R） | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | NA |
| 65 | 2026-09-19 |
Antibody feedback establishes an affinity brake in the germinal center
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.688298
PMID:41292746
|
研究论文 | 该研究通过向具有不同亲和力B细胞受体的敲入小鼠模型递送编码三种保守HIV-1包膜表位的mRNA-LNP膜结合免疫原，探究了表位特异性竞争如何塑造生发中心反应，并揭示了抗体反馈对高亲和力B细胞的抑制机制 | 首次利用mRNA-LNP编码膜结合免疫原在定义亲和力的敲入小鼠模型中研究表位特异性竞争对生发中心反应的塑造，发现了BCR亲和力与生发中心驻留时间之间的显著负相关关系，并揭示了局部抗体反馈环路作为高亲和力B细胞亲和力增强的刹车机制 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证；仅针对HIV-1 Env表位，结论是否适用于其他抗原尚不明确；mRNA-LNP递送系统的长期效应未评估 | 探究B细胞如何识别和响应mRNA-LNP编码的膜结合免疫原，以及表位特异性竞争如何影响生发中心反应 | 具有定义亲和力B细胞受体的敲入小鼠模型 | 免疫学 | HIV感染 | mRNA-LNP疫苗递送，空间转录组学 | NA | 图像，文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 66 | 2026-09-19 |
Brain-wide Genome Editing via STEP-RNPs for Treatment of Angelman Syndrome
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.684643
PMID:41292800
|
研究论文 | 本文报道了一种基于化学修饰的非病毒、非纳米颗粒的刺激响应无痕工程平台（STEP），通过STEP-核糖核蛋白（RNPs）实现小鼠全脑神经元高效基因组编辑，并在天使综合征（AS）小鼠模型中实现功能性遗传挽救和行为改善 | 提出了一种非病毒、非纳米颗粒的化学修饰递送平台STEP，利用胆固醇修饰实现全脑神经元高效基因组编辑；单次给药即可实现功能性遗传挽救，未观察到显著脱靶或毒性；在人类神经元和AS患者iPSC来源的脑类器官中同样高效 | 摘要中未明确提及局限性，如长期安全性、递送效率的定量比较、不同脑区的编辑均匀性等需进一步研究 | 开发一种能够实现全脑基因组编辑的非病毒递送平台，用于治疗天使综合征等神经遗传性疾病 | 天使综合征小鼠模型、人类神经元、AS患者来源iPSC分化的皮质脑类器官 | 机器学习, 数字病理学 | 天使综合征 | 基因组编辑, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 67 | 2026-09-19 |
Clustering of Omic Data Using Semi-Supervised Transfer Learning for Gaussian Mixture Models via Natural-Gradient Variational Inference: Method and Applications to Bulk and Single-Cell Transcriptomics
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.688299
PMID:41292835
|
研究论文 | 提出了一种名为Praxis-BGM的自然梯度变分推断框架，用于高斯混合模型，通过半监督迁移学习利用大规模参考数据的先验信息，实现高维组学数据的聚类分析 | 提出了基于自然梯度变分推断的高斯混合模型框架Praxis-BGM，能够整合大规模参考数据中已知聚类标签的先验信息（聚类特异性均值、协方差和结构连接性）实现半监督迁移学习，并利用变分在线牛顿算法推导自然梯度更新，同时使用贝叶斯因子进行特征选择 | 当先验信息与目标数据部分不匹配时，方法性能可能受到影响；仅在两个真实世界应用中进行了验证 | 解决高维组学数据在小样本条件下基于模型的聚类方法（如高斯混合模型）面临的模型不稳定和泛化能力差的问题 | 高维组学数据，包括批量转录组数据和单细胞转录组数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 批量RNA-seq，单细胞RNA-seq | 高斯混合模型，变分推断 | 文本 | 癌症基因组图谱乳腺浸润性癌数据集和乳腺癌国际联盟分子分类数据集（批量转录组数据），以及人类胰腺研究中不同单细胞RNA-seq技术产生的单细胞转录组数据集 | NA | 批量RNA-seq，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 68 | 2026-09-19 |
Denoising image-based spatial transcriptomics data with DenoIST
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.688387
PMID:41292857
|
研究论文 | 本文提出了一种名为DenoIST的计算工具，通过泊松混合模型识别并去除图像型空间转录组数据中的污染转录本 | 首次针对图像型空间转录组数据中因细胞分割不完美导致的转录本污染问题，提出基于泊松混合模型的计算去噪工具DenoIST，能够显式建模局部邻域污染 | 摘要中未明确提及该方法的局限性 | 开发计算工具以去除图像型空间转录组数据中因细胞分割不完美而引入的污染转录本，提高数据质量和生物学可解释性 | 图像型空间转录组数据集中的转录本计数数据 | 空间转录组学 | NA | 图像型空间转录组学 | 泊松混合模型 | 图像、基因表达计数数据 | 多个不同细胞密度的真实图像型空间转录组数据集 | NA | 图像型空间转录组学 | NA | NA |
| 69 | 2026-09-19 |
Integrating bulk and single-cell RNA sequencing analysis to reveal characterization of mechanical stimulus-related genes and prognostic signatures in breast cancer
2025-Nov-13, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-025-02130-6
PMID:41233852
|
研究论文 | 该研究整合 bulk 和单细胞 RNA 测序分析，识别乳腺癌中机械刺激相关基因的分子分型并构建预后评分模型 | 首次基于机械刺激相关基因构建乳腺癌预后特征模型，结合单细胞分辨率揭示机械刺激对肿瘤免疫微环境的影响，并通过体内外实验验证 TEX19 的功能 | 研究主要基于公共数据库（TCGA）数据，缺乏前瞻性临床队列验证；预后模型的临床应用价值仍需进一步验证 | 识别机械刺激相关基因的分子簇并建立评分模型，用于预测乳腺癌患者预后并理解机械刺激在乳腺肿瘤微环境中的作用 | 乳腺癌患者及其肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | LASSO-Cox, SCISSOR算法 | 文本, 图像 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2026-09-19 |
GPU-accelerated, self-optimizing processing for 3D multiplexed iterative RNA-FISH experiments
2025-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.10.681751
PMID:41279966
|
研究论文 | 介绍了一个GPU加速的计算框架merfish3d-analysis，用于加速基于成像的空间转录组学的计算处理，并分析了模拟和真实MERFISH实验数据 | 开发了GPU加速的自优化计算框架merfish3d-analysis，设计了针对原位成像空间转录组策略的多步自发荧光淬灭协议 | 摘要中未明确提及研究限制 | 加速基于成像的空间转录组学的计算处理，并改进样本制备协议 | 模拟的成像空间转录组实验数据、公开的MERFISH数据集、以及死后人类嗅球样本的新MERFISH实验数据 | 空间转录组学 | NA | MERFISH，多重错误鲁棒荧光原位杂交 | NA | 图像 | 公开的MERFISH数据集、新的死后人类嗅球样本MERFISH实验数据以及模拟数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 71 | 2026-09-19 |
Enrichment of a CD4-CD8- NK-like cytotoxic Vδ1/3 T cell subset in tuberculosis disease
2025-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.12.688134
PMID:41292844
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对健康未致敏、健康致敏以及结核病治疗前后人群外周血中的CD4-CD8- γδ T细胞进行了高分辨率表征 | 揭示了结核病患者中一类此前未被充分认识的NK样细胞毒性Vδ1/3 T细胞亚群的富集，并发现这些转录组差异在结核病诊断后一年（即抗结核治疗完成后六个月）仍然持续存在 | 摘要中未明确说明研究局限性 | 表征健康与结核病人群之间γδ T细胞区室的定量和定性差异 | 健康未致敏人群、健康致敏人群以及结核病治疗前后患者的外周血CD4-CD8- γδ T细胞 | 机器学习 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 72 | 2026-09-19 |
Multi-omics analysis reveals the crosstalk of epigenetic regulatory networks in cutaneous squamous cell carcinoma progression
2025-11-13, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07262-z
PMID:41233828
|
研究论文 | 本文通过平行RNA m6A测序、850K DNA甲基化芯片、全转录组测序和ATAC-seq染色质可及性分析，对正常皮肤、光化性角化病和皮肤鳞状细胞癌样本进行多组学整合分析，揭示表观遗传调控网络在cSCC进展中的交互作用 | 首次在cSCC进展的多阶段样本中平行开展RNA m6A测序、850K DNA甲基化芯片、全转录组测序和ATAC-seq多维度表观遗传分析，系统揭示了DNA甲基化与m6A修饰通过独立和协同方式共同调控基因表达，并结合单细胞RNA-seq数据鉴定出表观遗传上调的候选基因IDO1、IFI6和OAS2 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 系统揭示多维表观遗传调控网络如何重塑cSCC的表观遗传景观并导致基因表达失调，为cSCC个性化治疗策略提供理论依据 | 正常皮肤、光化性角化病（AK）和皮肤鳞状细胞癌（cSCC）样本 | 多组学分析 | 皮肤鳞状细胞癌 | RNA m6A测序, 850K DNA甲基化芯片, 全转录组测序, ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 图像 | NA | Illumina | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 甲基化芯片, ATAC-seq | Illumina 850K甲基化芯片 | Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip (850K) |
| 73 | 2026-09-19 |
Integrative analysis of single-cell and bulk transcriptome data reveals age-related immune cell alterations in primary glioblastoma associated with prognosis
2025-Nov-12, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04206-w
PMID:41222641
|
研究论文 | 整合单细胞和批量转录组数据分析原发性胶质母细胞瘤中与年龄相关的免疫细胞变化及其与预后的关联 | 首次揭示微胶质细胞衰老在原发性胶质母细胞瘤中的关键作用，发现HSPB1高表达与老年患者不良预后相关，并通过小鼠模型实验验证 | 未明确说明研究的局限性 | 探究衰老如何影响胶质母细胞瘤的进展，特别是免疫细胞在肿瘤微环境中的年龄相关变化 | 胶质母细胞瘤患者（TCGA和CGGA数据库）、13例原发性GBM和12例复发性GBM患者的88,908个细胞、年轻和年老小鼠的同源原位模型 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序、批量转录组测序 | NA | 图像、文本 | 88,908个细胞来自25例患者（13例原发性GBM和12例复发性GBM），以及TCGA和CGGA数据库中的临床和基因组数据 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 74 | 2026-09-19 |
Identification of plasma cell infiltration-related gene signatures as a novel prognostic model for clear cell renal cell carcinoma
2025-Nov-11, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01907-5
PMID:41217528
|
研究论文 | 该研究通过机器学习识别调控肾透明细胞癌中浆细胞浸润的关键基因，构建并验证了一个新的预后模型PC score | 首次系统识别调控浆细胞浸润的关键基因并构建PC score预后模型，整合年龄、分期和PC score的列线图预测价值显著优于单独分期 | 需要更多前瞻性队列验证模型的临床适用性，单细胞测序样本量有限 | 识别调控肾透明细胞癌中浆细胞浸润的关键基因并构建新的预后模型 | 肾透明细胞癌患者 | 机器学习 | 肾细胞癌 | 机器学习，单细胞测序，转录组分析 | 机器学习预后模型，列线图 | 基因表达数据，单细胞测序数据 | TCGA和ArrayExpress数据及外部验证队列，具体样本量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序，转录组测序 | NA | NA |
| 75 | 2026-09-19 |
Platelet CKB as a potential contributor to serum creatine kinase abnormalities and metastasis in cancer patients
2025-Nov-11, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01912-8
PMID:41217562
|
研究论文 | 该研究通过整合大型回顾性癌症队列、血清CK同工酶电泳、血小板qRT-PCR及公共RNA测序数据分析，揭示了癌症患者中血清CK-MB大于CK异常的分子基础及其与肿瘤转移的潜在关联 | 首次提出血小板来源的CKB可能是癌症患者血清肌酸激酶异常的重要贡献者，揭示了血小板在肿瘤生物学中的非经典角色，并开发了整合CK-BB和线粒体CK的复合指标CK-Sub用于评估肿瘤进展 | CKB与肿瘤转移的因果关系尚未通过功能实验验证，血小板CKB释放至循环的具体机制不明确，研究主要基于相关性分析而非机制性验证 | 探究癌症患者中血清CK-MB大于CK这一异常临床实验室现象的分子起源及其与肿瘤生物学的关联 | 癌症患者（主要为结直肠癌和肺癌）、血小板样本、肿瘤组织及公共RNA测序数据集 | 数字病理学 | 肺癌 | qRT-PCR, RNA-seq, 血清CK同工酶电泳 | NA | 文本, 图像 | 1,651例回顾性癌症队列患者，配对血清和血小板样本，公共RNA-seq数据集（包含肿瘤教育血小板和肺癌转移单细胞数据） | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 76 | 2026-09-19 |
Single-cell multi-omics of ribosome biogenesis-related genes reveals immune microenvironment in psoriasis and constructs a diagnostic model
2025-Nov-11, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01916-4
PMID:41217566
|
研究论文 | 该研究整合批量测序和单细胞测序转录组数据，系统分析银屑病中核糖体生物发生相关基因的分子网络，构建了6基因诊断模型并揭示其与免疫微环境的相互作用 | 首次系统整合批量测序和单细胞测序转录组数据，全面刻画核糖体生物发生相关基因在银屑病中的分子网络，构建了具有稳健预测性能的6基因诊断模型，并揭示了Tregs失衡和STAT1介导的炎症极化的机制基础 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 阐明核糖体生物发生相关基因在银屑病中的分子网络，构建高精度诊断模型，并探究其与免疫微环境的相互作用 | 银屑病患者的多中心转录组数据集及单细胞测序数据 | 机器学习 | 银屑病 | 批量RNA测序，单细胞RNA测序 | 机器学习 | 转录组数据，图像 | NA | NA | bulk RNA-seq，single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 77 | 2026-09-19 |
Identification and external validation of a prognostic signature based on MAPK-related genes to evaluate survival prognosis and treatment efficacy in lung adenocarcinoma
2025-Nov-11, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01925-3
PMID:41217578
|
研究论文 | 该研究通过整合多组学数据构建了一个基于MAPK相关基因的预后模型，用于评估肺腺癌的生存预后和治疗效果 | 首次将孟德尔随机化分析与随机生存森林算法相结合构建MAPK相关基因预后模型，并通过三个独立GEO队列进行外部验证，同时结合单细胞RNA测序揭示其生物学机制 | 未明确提及 | 构建一个稳健的MAPK相关基因预后特征模型，以增强肺腺癌的风险分层和治疗指导 | 肺腺癌（LUAD）患者 | 机器学习 | 肺癌 | 转录组测序，单细胞RNA测序，孟德尔随机化分析，RT-qPCR | 随机生存森林（RSF） | 转录组数据，基因表达数据，单细胞数据 | TCGA-LUAD转录组数据及三个独立GEO队列 | NA | bulk RNA-seq，single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2026-09-19 |
Tertiary lymphoid organ-associated transcriptomic features predict rejection and outcome in kidney transplantation: integrative analysis and experimental validation
2025-Nov-11, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01899-2
PMID:41217598
|
研究论文 | 本研究通过整合多个肾移植队列的转录组数据，结合单细胞测序和大鼠模型验证，系统刻画了三级淋巴器官（TLO）相关转录组特征，并构建了预测移植排斥和预后的诊断与预后模型。 | 首次构建了连接TLO特征与临床结局的综合多组学框架，识别出具有诊断和预后价值的TLO相关基因（TRG）生物标志物（CXCL9、CXCL11、CD40、SH2D1A），并在大鼠移植排斥模型中进行了体内验证。 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 刻画TLO相关免疫景观，并探究其与肾移植排斥及结局的关联 | 肾移植患者队列的移植肾活检组织及大鼠同种异体移植排斥模型 | 数字病理学, 机器学习 | 肾移植排斥, 肾脏疾病 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, ssGSEA, 非负矩阵分解（NMF） | 机器学习（多种算法整合）, 非负矩阵分解（NMF） | 转录组数据（bulk RNA-seq）, 单细胞转录组数据, 图像/组织病理数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2026-09-19 |
Cell-type-resolved NRXN1 isoforms across human brain tissues and hiPSC organoids
2025-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.11.687875
PMID:41293024
|
研究论文 | 该研究开发了一种结合单细胞转录组学、目标转录本富集和长读长测序的整合测序策略，揭示了成人及胎儿脑组织与hiPSC皮层类器官中细胞类型特异性的NRXN1异构体多样性 | 开发了整合单细胞转录组学、NRXN1转录本靶向富集和长读长测序的策略，克服了NRXN1低表达导致单细胞Iso-seq覆盖不足的问题，首次在多种人脑细胞类型和hiPSC类器官中系统解析了NRXN1的异构体多样性 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 解析NRXN1在成人脑组织不同细胞类型及hiPSC衍生模型中的可变剪接景观和异构体多样性 | 成人及胎儿死后脑组织（前额叶皮层、小脑）、hiPSC来源的皮层类器官、自闭症病例小脑组织、精神分裂症患者来源的类器官 | 自然语言处理, 机器学习 | 精神分裂症, 自闭症 | 单细胞转录组学, 长读长测序, 靶向富集测序, Iso-seq RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 长读长测序 | NA | NA |
| 80 | 2026-09-19 |
PHD-MS: Multiscale Domain Identification for Spatial Transcriptomics via Persistent Homology
2025-Nov-11, ArXiv
PMID:41293536
|
研究论文 | 该文章提出了一种基于持久同调的多尺度空间域识别方法PHD-MS，用于空间转录组数据中跨形态尺度的组织域识别 | 将拓扑数据分析中的持久同调引入空间转录组分析，实现多尺度空间域的同时识别，克服了传统方法仅关注单一形态尺度的局限性 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 利用持久同调方法识别空间转录组数据中跨多个形态尺度的空间域，以揭示组织中的多尺度结构 | 空间转录组数据中的空间域和组织结构 | 空间转录组学、计算生物学 | NA | 空间转录组学 | 持久同调 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |