本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 701 | 2025-11-20 |
TNF Superfamily Member 14 Drives Post-Influenza Depletion of Alveolar Macrophages Enabling Secondary Pneumococcal Pneumonia
2025-Nov-18, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI185390
PMID:41252214
|
研究论文 | 本研究揭示了TNF超家族成员14(TNFSF14)在流感后肺泡巨噬细胞耗竭及继发肺炎链球菌肺炎中的关键作用机制 | 首次发现TNFSF14配体-受体轴是驱动流感后组织驻留肺泡巨噬细胞死亡的关键因素,并证明靶向该通路可减轻疾病严重程度 | 研究主要基于动物模型,人类患者数据有限 | 阐明流感后继发细菌性肺炎的分子机制并探索治疗靶点 | 流感病毒感染和流感/肺炎链球菌共感染的小鼠模型,以及病毒诱导ARDS患者的支气管肺泡灌洗液 | 免疫学 | 肺炎 | 单细胞转录组学,细胞特异性PCR分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | 动物模型和人类患者样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 702 | 2025-11-20 |
Cell-dependent contributions of thrombospondin-1 to the rupture of abdominal aortic aneurysm in mice
2025-Nov-18, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf243
PMID:41252281
|
研究论文 | 本研究通过细胞特异性基因敲除技术探讨了不同细胞来源的血栓反应蛋白-1对小鼠腹主动脉瘤破裂的影响 | 首次揭示髓系细胞来源的TSP1在抑制动脉瘤破裂中的关键保护作用,而传统认为TSP1主要促进动脉瘤形成 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中得到验证;使用的动脉瘤诱导方法可能不完全模拟人类疾病自然进程 | 研究不同细胞类型中TSP1缺失对腹主动脉瘤破裂的影响机制 | 高胆固醇血症小鼠模型及细胞特异性TSP1敲除小鼠 | 心血管疾病研究 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA测序,组织学分析,基因敲除技术 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,组织病理数据 | 多种基因修饰小鼠模型,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 703 | 2025-11-20 |
Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis Reveals Shared and Cancer-Type-Specific Cellular Interactions and Chemokine Signaling Associated With Tertiary Lymphoid Structures in Colorectal and Gastric Cancers
2025-Nov-18, Molecular carcinogenesis
IF:3.0Q2
DOI:10.1002/mc.70058
PMID:41252687
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学分析结直肠癌和胃癌中三级淋巴结构的细胞相互作用和趋化因子信号 | 首次在单细胞分辨率下揭示结直肠癌和胃癌中三级淋巴结构的空间分布特征和癌症类型特异性免疫招募回路 | 研究样本量有限,调控机制仍需进一步验证 | 阐明胃肠道恶性肿瘤中三级淋巴结构的空间分布和趋化因子信号调控机制 | 结直肠癌和胃癌组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌,胃癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 704 | 2025-11-20 |
Lactylation-Related Gene Signature and Immune Infiltration Crosstalk in Heart Failure: Insights from Bulk and Single-Cell Transcriptomics
2025-Nov-18, Journal of cardiovascular pharmacology
IF:2.6Q2
DOI:10.1097/FJC.0000000000001775
PMID:41252712
|
研究论文 | 本研究通过批量转录组和单细胞转录组分析,探讨了乳酰化相关基因特征与心力衰竭免疫浸润的相互作用 | 首次系统研究蛋白质乳酰化修饰在心力衰竭免疫微环境中的作用,并建立了14基因乳酰化相关基因诊断模型和鉴定出6个枢纽基因 | 需要进一步研究验证这些基因通过免疫微环境机制在心力衰竭中的调控作用 | 探索乳酰化修饰在心力衰竭免疫微环境中的作用机制 | 心力衰竭患者样本和心力衰竭小鼠模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | 基因特征模型 | 基因表达数据 | 200例心力衰竭样本和166例非心力衰竭对照样本 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 705 | 2025-11-20 |
T cell immune dysfunction and progression to severe COVID-19 in asthma revealed by single-cell RNA sequencing
2025-Nov-18, Tuberculosis and respiratory diseases
IF:2.5Q2
DOI:10.4046/trd.2025.0099
PMID:41253375
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究哮喘患者中T细胞免疫功能障碍与进展为重症COVID-19的关联 | 首次使用单细胞RNA测序揭示哮喘患者中T细胞比例减少和细胞毒性CD8+ T细胞扩增与重症COVID-19发展的关联 | 样本量较小(仅12名患者),特别是哮喘/重症COVID-19组仅有1名患者 | 评估哮喘患者免疫功能障碍与进展为重症COVID-19之间的关联 | 哮喘和非哮喘COVID-19患者的外周免疫细胞 | 单细胞组学 | COVID-19, 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 12名患者(4名哮喘,8名非哮喘),共155,565个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 706 | 2025-11-20 |
BM-MSC-derived migrasomes reverse stroke-induced thymic atrophy and immunosuppression via Pin1 delivery to thymic epithelial cells
2025-Nov-15, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03604-2
PMID:41241718
|
研究论文 | 本研究揭示骨髓间充质干细胞通过分泌迁移体递送Pin1蛋白,逆转中风诱导的胸腺萎缩和免疫抑制 | 首次发现BM-MSC来源的迁移体能够穿越血胸屏障,通过递送细胞周期调节蛋白Pin1特异性促进胸腺上皮细胞增殖 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中验证 | 解决中风后神经保护与免疫抑制之间的临床困境 | 骨髓间充质干细胞、迁移体、胸腺上皮细胞、T细胞 | 细胞生物学 | 中风 | 单细胞RNA测序、液相色谱-串联质谱、体外实验 | 动物模型 | 基因表达数据、蛋白质组数据 | 中风模型小鼠 | NA | 单细胞RNA测序、蛋白质组学 | NA | NA |
| 707 | 2025-11-20 |
Inferring pathway activity from single-cell and spatial transcriptomics data with PaaSc
2025-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013666
PMID:41212919
|
研究论文 | 开发了一种名为PaaSc的计算方法,用于从单细胞和空间转录组数据推断通路活性 | 使用多重对应分析将细胞和基因同时投影到共同潜在空间,并通过线性回归选择通路相关维度来推断通路活性得分 | NA | 将高维单细胞和空间转录组数据转化为功能性通路见解 | 单细胞和空间转录组数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,scATAC-seq | 多重对应分析,线性回归 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,scATAC-seq | NA | NA |
| 708 | 2025-11-20 |
Enhancing Spatial Transcriptomics via Spatially Constrained Matrix Decomposition with EDGES
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202508346
PMID:40842021
|
研究论文 | 本文开发了一种名为EDGES的空间约束矩阵分解框架,用于增强空间转录组数据的基因表达预测和去噪 | 通过图拉普拉斯正则化整合空间信息,同时协同整合细胞表示和基因特异性表示,确保预测基因表达与真实ST分布紧密对齐 | NA | 解决成像基空间转录组技术在基因检测能力和表达谱测量准确性方面的局限性 | 空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 非负矩阵分解 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 709 | 2025-11-20 |
stTrace: detecting spatial-temporal domains from spatial transcriptome to trace developmental path
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf606
PMID:41241818
|
研究论文 | 提出一种从空间转录组数据中检测时空域以追踪发育路径的算法stTrace | 整合细胞发育程度、基因表达和空间位置信息识别时空域,并揭示其层次发育关系 | NA | 开发从空间转录组数据追踪发育路径的算法 | 小鼠胚胎和人类乳腺癌数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | stTrace算法 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 710 | 2025-11-20 |
Characterization of tertiary lymphoid structure identifies competitive binding of CD40 and STING with TRAF2 driving IRF4-mediated B cell activation in esophageal squamous cell carcinoma
2025-Nov, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-025-00944-2
PMID:40855365
|
研究论文 | 本研究通过分析食管鳞状细胞癌中三级淋巴结构的特征,揭示了CD40和STING与TRAF2竞争性结合通过非经典NF-κB信号通路驱动IRF4介导的B细胞激活机制 | 首次发现CD40和STING与TRAF2的竞争性结合关系,阐明其通过调节IRF4表达促进B细胞激活的新机制 | 研究主要基于体外实验,需要进一步体内验证 | 探索三级淋巴结构在食管鳞状细胞癌中的临床意义及其抗肿瘤作用的生物学机制 | 食管鳞状细胞癌患者样本和体外培养的B细胞 | 癌症免疫学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析,体外实验 | NA | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 711 | 2025-11-19 |
Dihydroartemisinin inhibits histone lactylation through YAP1 to act as a 'hot' switch for 'cold' tumor in hepatocellular carcinoma
2025-Nov-25, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157307
PMID:41016295
|
研究论文 | 本研究揭示双氢青蒿素通过抑制YAP1降低组蛋白乳酸化,将肝细胞癌的肿瘤微环境从免疫冷状态转变为免疫热状态 | 首次发现双氢青蒿素通过YAP1抑制组蛋白乳酸化的新机制,并证实其与抗PD-1疗法的协同作用 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探索双氢青蒿素改变肝细胞癌免疫抑制微环境的具体机制 | 肝细胞癌小鼠模型、免疫细胞、YAP1信号通路 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫组化,Western blot,免疫荧光,代谢流分析,免疫共沉淀,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,细胞表型数据 | 多种基因工程小鼠模型(NCG小鼠、BALB/c裸鼠、CD8+T细胞缺失小鼠、肝脏特异性Yap1敲除小鼠) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 712 | 2025-11-19 |
Astragaloside VI attenuates mechanical stress-induced cardiac remodeling through piezo1-VDAC1 dependent endoplasmic reticulum unfolded protein response
2025-Nov-25, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157288
PMID:41027153
|
研究论文 | 本研究探讨黄芪甲苷VI通过Piezo1-VDAC1依赖的内质网未折叠蛋白反应缓解机械应力诱导的心脏重塑的机制 | 首次揭示Piezo1-VDAC1相互作用通过调节内质网未折叠蛋白反应介导机械应力诱导心脏重塑的病理机制,并发现黄芪甲苷VI的治疗潜力 | 研究主要基于动物模型和体外实验,尚未进行临床试验验证 | 探索Piezo1对心肌细胞缺氧应激后内质网未折叠蛋白反应的影响及其在心脏重塑治疗中的潜力 | 心肌细胞、Piezo1/VDAC1转基因小鼠和野生型小鼠 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞测序,网络药理学,宏基因组学,激光共聚焦显微镜,免疫荧光 | 动物模型 | 基因组数据,蛋白质数据,图像数据 | 转基因小鼠和野生型小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 713 | 2025-11-19 |
Crocin inhibits neutrophil migration and activation to treat hypoxic pulmonary hypertension through targeting HCK
2025-Nov-25, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157334
PMID:41043333
|
研究论文 | 本研究揭示藏红花素通过靶向HCK抑制中性粒细胞迁移和活化,从而治疗缺氧性肺动脉高压 | 首次发现藏红花素直接靶向HCK蛋白,阐明其通过抑制中性粒细胞迁移和活化来改善肺动脉高压的新机制 | 研究主要基于大鼠模型和体外实验,尚未进行人体临床试验验证 | 探究藏红花素治疗缺氧性肺动脉高压的药理机制 | 缺氧性肺动脉高压大鼠模型、中性粒细胞、肺动脉平滑肌细胞 | 单细胞测序 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序,分子对接,细胞热位移分析,药物亲和响应靶点稳定性 | 动物疾病模型 | 单细胞转录组数据 | 缺氧性肺动脉高压大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 714 | 2025-11-19 |
Targeting ICAM1/ITGB2 with plumbagin preserves intercellular adhesion and attenuates gastric precancerous lesions
2025-Nov-25, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157449
PMID:41175578
|
研究论文 | 本研究探讨了白花丹素通过靶向ICAM1/ITGB2相互作用维持细胞间粘附并减轻胃癌前病变的机制 | 首次发现白花丹素直接结合ICAM1蛋白的THR-85位点,阻断ICAM1/ITGB2相互作用,从而恢复细胞间粘附 | NA | 研究白花丹素对胃癌前病变的治疗效果及其分子机制 | 临床样本、人源胃类器官、胃癌前细胞(MC细胞)、ICAM1⁻/⁻细胞、GPL小鼠模型 | 分子生物学 | 胃癌前病变 | 单细胞测序、免疫荧光、Western blotting、MST、CETSA、DARTs、Co-IP | NA | 分子相互作用数据、基因表达数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 715 | 2025-11-19 |
Hydroxylsafflower yellow A modulates tumor vascularization in liver cancer through intercellular communication and extracellular matrix-receptor interactions
2025-Nov-25, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157455
PMID:41197344
|
研究论文 | 本研究探讨羟基红花黄色素A通过调控细胞间通讯和细胞外基质-受体相互作用对肝癌血管化的影响 | 首次揭示HSYA通过上调miR-29a-3p表达,抑制Col-IV/ITGB1/FAK和PI3K/AKT信号通路,从而调节肿瘤血管生成的新机制 | 研究主要关注miR-29a-3p通路,可能还存在其他未被发现的调控机制 | 研究HSYA在纤维化相关肝癌中的作用机制 | 肝星状细胞、肝癌细胞、纤维化相关肝癌小鼠模型 | 生物信息学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析,分子生物学技术,共培养实验,组织染色,免疫组化,蛋白质印迹,RT-qPCR,扫描电镜,荧光原位杂交 | NA | 单细胞RNA测序数据,分子生物学数据,组织学图像 | 肝癌患者样本和纤维化相关肝癌小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 716 | 2025-11-19 |
Astragaloside IV reduces hepatitis B surface antigen level via monocyte/macrophages in chronic HBV infection mice
2025-Nov-25, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157308
PMID:41046687
|
研究论文 | 本研究开发了黄芪甲苷IV纳米制剂并验证其通过单核/巨噬细胞降低慢性HBV感染小鼠HBsAg水平的疗效 | 首次开发Pluronic® F-127包封的黄芪甲苷IV纳米制剂解决其低水溶性问题,并揭示其通过单核/巨噬细胞依赖机制降低HBsAg | 研究仅使用AAV-HBV小鼠模型,未在人类临床试验中验证 | 开发黄芪甲苷IV纳米制剂并研究其对慢性HBV感染的治疗效果及机制 | 慢性AAV-HBV感染小鼠模型 | 免疫学 | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 马尔文激光粒度分析, 透射电子显微镜, 红外光谱 | AAV-HBV小鼠模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 717 | 2025-11-19 |
Spermidine enhances macrophages anti-inflammatory and regenerative functions by improving mitochondrial fitness
2025-Nov-25, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157349
PMID:41067199
|
研究论文 | 本研究探讨精胺通过改善线粒体功能增强巨噬细胞抗炎和再生能力及其在肝纤维化治疗中的潜力 | 首次揭示精胺通过PGC1α介导的线粒体适应性重塑巨噬细胞表型,并发现硬脂酰辅酶A去饱和酶1产生的油酸在这一过程中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 研究精胺对巨噬细胞功能的调控机制及其在肝纤维化治疗中的应用价值 | 肝巨噬细胞、CCl4诱导的肝纤维化小鼠模型、巨噬细胞特异性PGC1α敲除小鼠 | 细胞代谢研究 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序、细胞过继转移、基因敲除技术 | 动物模型 | 基因表达数据、代谢数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 718 | 2025-11-19 |
Fufang Danshen Pill improves mitochondrial homeostasis by regulating the S100a9/TLR4 axis to alleviate myocardial ischemia-reperfusion injury
2025-Nov-25, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157433
PMID:41166904
|
研究论文 | 本研究探讨复方丹参片通过调控S100a9/TLR4轴改善线粒体稳态缓解心肌缺血再灌注损伤的机制 | 首次结合单细胞转录组和空间转录组技术揭示巨噬细胞特异性S100a9在心肌缺血再灌注损伤中的线粒体调控机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 阐明复方丹参片通过调控S100a9/TLR4轴改善心肌缺血再灌注损伤的治疗机制 | 小鼠心肌缺血再灌注损伤模型及心肌组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组,腺相关病毒介导的基因过表达 | NA | 转录组数据,空间基因表达数据 | 假手术组、缺血再灌注组和复方丹参片治疗组的小鼠心肌组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 719 | 2025-11-19 |
Identification and Mechanisms of Osteocyte Subsets Involved in the Pathological Progression of Osteoporosis
2025-Nov-18, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202513427
PMID:41250977
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序识别骨质疏松小鼠骨组织中的六种骨细胞亚群,发现BHR-Ocys亚群通过Sema5a-Plxna1轴调控破骨细胞分化,揭示了骨质疏松病理进展的新机制 | 首次鉴定出Egfr+Il1r1+Sema5a+骨细胞亚群(BHR-Ocys)及其通过Sema5a-Plxna1轴激活PI3K/AKT/Myc信号通路调控骨稳态的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究骨细胞亚群异质性对骨质疏松病理过程的影响及潜在分子机制 | 小鼠骨组织中的骨细胞亚群 | 单细胞生物学 | 骨质疏松 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 720 | 2025-11-19 |
Neutrophil Extracellular Trap Reprograms Cancer Metabolism to Form a Metastatic Niche Promoting Non-Small Cell Lung Cancer Brain Metastasis
2025-Nov-18, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202508478
PMID:41250997
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了中性粒细胞胞外诱捕网通过代谢重编程促进非小细胞肺癌脑转移的机制 | 首次发现LOX Malig-5细胞作为转移起始细胞,并揭示了NET-KRT10信号轴和棕榈酸代谢在脑转移微环境形成中的关键作用 | 样本量相对有限(34例患者),需要在更大队列中验证发现 | 探索非小细胞肺癌脑转移的分子机制和潜在治疗策略 | 34例伴有或不伴有脑转移的非小细胞肺癌患者的肿瘤和血液样本 | 多组学分析 | 肺癌 | 空间转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序、蛋白质组学 | AI驱动的预测模型 | 多组学数据 | 34例患者(来自湘雅医院和玛丽医院队列) | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序,代谢组学,蛋白质组学 | NA | NA |