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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 661 | 2025-11-19 |
Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity
2025-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07221-6
PMID:38658747
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研究论文 | 通过BARseq高通量原位测序技术研究小鼠大脑皮层神经元转录组特征与区域身份的关系 | 首次使用BARseq技术在完整大脑皮层范围内进行原位测序,揭示了输入依赖性皮层区域身份的形成机制 | 研究仅针对小鼠模型,尚未在其它物种验证;仅检测了104个细胞类型标记基因 | 探索大脑皮层空间组织是否反映在神经元转录组特征中及其发育机制 | 小鼠前脑半球皮层神经元 | 神经科学 | NA | 原位测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | 1030万细胞,其中4,194,658个皮层神经元,覆盖9个小鼠前脑半球 | NA | 原位测序,单细胞RNA测序 | BARseq | 高通量原位测序技术,能够实现细胞分辨率的大规模基因表达分析 |
| 662 | 2025-11-19 |
Improved reconstruction of single-cell developmental potential with CytoTRACE 2
2025-Nov, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02857-2
PMID:41145665
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研究论文 | 本研究开发了CytoTRACE 2深度学习框架,用于从单细胞RNA测序数据预测细胞发育潜能 | 提出了可解释的深度学习框架CytoTRACE 2,在预测发育层次结构方面优于现有方法 | NA | 预测细胞的绝对发育潜能和分化能力 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 663 | 2025-11-19 |
Continuous cell-type diversification in mouse visual cortex development
2025-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09644-1
PMID:41193844
|
研究论文 | 本研究构建了小鼠视觉皮层发育的高分辨率转录组和表观基因组细胞类型图谱 | 通过密集采样构建了胚胎期到出生后发育阶段的单细胞转录组和Multiome数据集,重建了所有兴奋性、抑制性和非神经元细胞类型的发育轨迹图 | 研究仅限于小鼠视觉皮层,未涉及其他脑区或其他物种 | 揭示哺乳动物皮层细胞类型多样化的发育机制 | 小鼠视觉皮层发育过程中的细胞类型 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,单核Multiome测序 | 发育轨迹重建分析 | 单细胞转录组数据,表观基因组数据 | 568,654个高质量单细胞转录组和200,061个高质量细胞核 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq,单细胞多组学 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序和单核Multiome测序平台 |
| 664 | 2025-11-19 |
Single-cell RNA-sequencing reveals adventitial fibroblast alterations during mouse atherosclerosis
2025-Nov, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示小鼠动脉粥样硬化过程中外膜成纤维细胞的动态变化 | 首次在动脉粥样硬化发生过程中对外膜细胞进行单细胞RNA测序分析,并发现SERPINH1基因在成纤维细胞中的差异表达及其功能影响 | 研究仅使用雄性Ldlr-/-小鼠模型,样本量较小(每组两个样本,每样本三只小鼠混合) | 探究外膜细胞在动脉粥样硬化中的作用机制 | 小鼠主动脉外膜细胞和人类外膜成纤维细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,GWAS分析,体外基因敲低实验 | NA | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | 雄性Ldlr-/-小鼠,每组两个样本(每样本三只小鼠混合) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 665 | 2025-11-19 |
Three-dimensional cell spheroid technology: Recent advances and emerging strategies in cartilage regeneration
2025-Nov, Acta biomaterialia
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.actbio.2025.10.001
PMID:41046113
|
综述 | 本文综述了三维细胞球体技术在软骨再生领域的最新进展、工程策略和临床应用 | 整合材料科学、机器学习和单细胞RNA测序技术推动个性化与标准化的3D细胞球体生物制造 | 细胞球体长期稳定性有限、大规模生产困难以及体内植入后的免疫排斥问题 | 探讨3D细胞球体技术在软骨再生医学中的转化潜力 | 软骨细胞、软骨组织工程模型 | 组织工程与再生医学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 机器学习(ML) | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 666 | 2025-11-19 |
PseudotimeDE-fast: fast testing of differential gene expression along cell pseudotime
2025-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf573
PMID:41117775
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为PseudotimeDE-fast的可扩展方法,用于在细胞伪时间轴上检测差异表达基因,并提供校准良好的P值 | 该方法解决了现有方法在伪时间推断中忽略不确定性导致无效P值或难以扩展至大规模数据集的问题,在计算效率上有显著提升 | 未在摘要中明确说明 | 开发一种快速且统计有效的差异基因表达检测方法,用于单细胞RNA测序数据中的动态生物过程分析 | 沿细胞伪时间轴的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 667 | 2025-11-19 |
Mitochondrial and Glucose Metabolic Patterns in Pre-Granulosa Cells and Oocytes and Their Dysfunctions Induce Impaired Primordial Follicle Formation in Mice
2025-Nov, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.70110
PMID:41251108
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了小鼠卵巢组织中前颗粒细胞和卵母细胞的线粒体与葡萄糖代谢模式及其在原始卵泡形成中的关键作用 | 首次在单细胞水平系统揭示原始卵泡形成过程中前颗粒细胞和卵母细胞的糖酵解和氧化磷酸化信号动态变化规律 | 研究仅限于小鼠模型,人类卵巢组织的适用性需要进一步验证 | 探究原始卵泡形成过程中能量代谢的供应与需求机制 | 小鼠卵巢组织中的前颗粒细胞和卵母细胞 | 单细胞组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠卵巢组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 668 | 2025-11-18 |
Biological and Therapeutic Potentials of MXenes in Tumor Microenvironment-Driven Oncology
2025-Nov-17, ACS applied bio materials
IF:4.6Q2
DOI:10.1021/acsabm.5c00982
PMID:41200882
|
综述 | 探讨MXenes二维纳米材料在肿瘤微环境驱动肿瘤学中的生物学和治疗潜力 | 首次系统阐述MXenes在直接肿瘤消融和肿瘤免疫微环境调控中的双重作用机制 | NA | 探索MXenes在精准肿瘤学中的治疗应用潜力 | MXenes二维纳米材料及其在肿瘤治疗中的应用 | 纳米医学 | 肿瘤 | 单细胞测序, 高维免疫分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 669 | 2025-11-18 |
Mechanistic Insights Into Recurrent Implantation Failure: The Lactate-H3K18la-SLC7A11 Axis Explored via Endometrial Organoid and Blastoid-Endometrial Cell Implantation Models
2025-Nov-16, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.70147
PMID:41242872
|
研究论文 | 本研究通过子宫内膜类器官和胚泡-子宫内膜细胞植入模型,揭示了乳酸-H3K18la-SLC7A11轴在调控子宫内膜容受性中的新机制 | 首次发现乳酸通过H3K18la表观遗传修饰调控SLC7A11表达,进而促进上皮-间质转化和胚胎植入的新机制 | NA | 探索复发性植入失败的分子机制 | 人类子宫内膜类器官和胚泡-子宫内膜细胞植入模型 | 生殖医学 | 复发性植入失败 | 蛋白质组学分析,单细胞RNA测序,多组学分析 | NA | 蛋白质组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 670 | 2025-11-18 |
Deciphering the nexus of aging and pan-cancer: Single-cell sequencing reveals microenvironmental remodeling and cellular drivers
2025-Nov-15, Bioscience trends
IF:5.7Q1
DOI:10.5582/bst.2025.01307
PMID:41139485
|
综述 | 通过单细胞测序技术解析衰老与泛癌发展的关联机制及肿瘤微环境重塑 | 整合单细胞测序数据揭示衰老细胞通过分泌SASP因子重塑肿瘤微环境的具体机制 | 单细胞测序数据存在批次效应,衰老细胞丰度低(<5%)影响分析灵敏度 | 探讨衰老作为泛癌发展风险因素的生物学机制 | 衰老细胞亚群(如CDKN2A/LMNB1细胞)及肿瘤微环境组成细胞 | 生物信息学 | 泛癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),多组学整合分析 | 深度学习 | 单细胞转录组数据 | 基于TCGA和GEO等公共数据库的泛癌分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 671 | 2025-11-18 |
PIEZO1 gain-of-function mutation drives cardiomyopathy by disrupting myocardial lipid homeostasis besides iron overload
2025-Nov-14, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ady9242
PMID:41237237
|
研究论文 | 本研究揭示了PIEZO1功能获得性突变通过破坏心肌脂质代谢导致心肌病的机制 | 首次发现PIEZO1功能获得性突变除铁超载外,还通过钙信号-CaMKII-FOXO3轴破坏脂质代谢导致心肌病 | 研究样本量有限,仅基于一名患者和动物模型数据 | 探究PIEZO1突变与心肌病发展的关系及其分子机制 | 31岁男性先证者、PIEZO1 D674Y突变小鼠模型、心肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心肌病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1名患者和转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 672 | 2025-11-18 |
Integrating machine learning and experimental validation identifies a post-translational modification gene signature for prognosis and treatment response in breast cancer
2025-Nov-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-23772-8
PMID:41238648
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研究论文 | 本研究通过整合机器学习与实验验证,开发了乳腺癌预后和治疗响应的翻译后修饰基因特征 | 首次系统整合多种翻译后修饰(PTM)信息,从117个机器学习模型中筛选最优组合构建PTM相关基因特征(PTMRS),并在单细胞和空间转录组水平验证基因表达模式 | 研究样本量未明确说明,验证主要依赖公共数据集和有限实验验证 | 阐明多种翻译后修饰与乳腺癌预后的关联,开发预后预测模型 | 乳腺癌患者和肿瘤组织 | 机器学习 | 乳腺癌 | GSVA、PCR、单细胞RNA-seq、空间转录组 | 机器学习集成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |
| 673 | 2025-11-18 |
Exploring mitochondrial ribosomal protein S12 as a novel target for non-small cell lung cancer
2025-Nov-14, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01128-9
PMID:41238733
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研究论文 | 本研究探讨线粒体核糖体蛋白S12(MRPS12)在非小细胞肺癌发病机制中的表达和功能意义 | 首次将MRPS12确定为非小细胞肺癌的新型治疗靶点,并系统验证其通过调控线粒体功能促进肿瘤恶性进展的机制 | 未涉及MRPS12靶向治疗的临床转化研究,缺乏在更广泛肺癌亚型中的验证 | 探索MRPS12作为非小细胞肺癌新型治疗靶点的潜力 | 非小细胞肺癌细胞系、患者组织样本和裸鼠移植瘤模型 | 癌症生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, shRNA基因沉默, CRISPR-Cas9基因敲除, 线粒体功能分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据, 功能实验数据 | 癌症基因组图谱数据集, 多种NSCLC细胞类型, 裸鼠移植瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 674 | 2025-11-18 |
STPath: a generative foundation model for integrating spatial transcriptomics and whole-slide images
2025-Nov-14, NPJ digital medicine
IF:12.4Q1
DOI:10.1038/s41746-025-02020-3
PMID:41238784
|
研究论文 | 提出STPath生成式基础模型,通过整合空间转录组学和全切片图像来预测基因表达 | 首次开发能够直接预测38,984个基因在17个器官中表达的基础模型,无需下游微调 | NA | 开发可扩展的空间转录组学病理应用 | 空间转录组数据和全切片图像 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学,全切片图像分析 | 几何感知Transformer | 图像,基因表达数据 | 23个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 675 | 2025-11-18 |
Comprehensive analysis of single-cell and bulk RNA sequencing uncover tumor microenvironment diversity in invasive Retinoblastoma
2025-Nov-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-23779-1
PMID:41238845
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序分析揭示了侵袭性视网膜母细胞瘤肿瘤微环境的异质性特征 | 首次在视网膜母细胞瘤中发现锥体前体细胞亚群的功能多样性,并鉴定出DOK7作为侵袭关键基因 | 样本量较小(仅10例患者),且使用公开数据可能限制实验设计的灵活性 | 探索视网膜母细胞瘤肿瘤微环境异质性及其与肿瘤侵袭的关系 | 10例视网膜母细胞瘤患者的原发肿瘤组织 | 单细胞测序分析 | 视网膜母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 10例视网膜母细胞瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 676 | 2025-11-18 |
Exploration of the roles of CAFs in melanoma based on single-cell transcriptomics and spatial transcriptomics
2025-Nov-14, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03868-3
PMID:41238964
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研究论文 | 基于单细胞转录组学和空间转录组学探索癌症相关成纤维细胞在黑色素瘤中的作用 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和bulk RNA-seq数据系统解析黑色素瘤中CAF的分子程序,并构建CAF中心的免疫排斥网络 | NA | 探索癌症相关成纤维细胞在黑色素瘤中的功能异质性和空间生态作用 | 黑色素瘤中的癌症相关成纤维细胞及其与免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,bulk RNA-seq,WGCNA,CellChat分析 | 风险评分模型 | 转录组数据,空间分布数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 677 | 2025-11-18 |
Integrative Mendelian randomization and spatial transcriptomics analysis reveals causal links between plasma lipidome and non-small cell lung cancer
2025-Nov-14, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03823-2
PMID:41239138
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研究论文 | 本研究通过整合孟德尔随机化和空间转录组学分析,揭示血浆脂质组与非小细胞肺癌之间的因果关系 | 首次结合双向孟德尔随机化与空间转录组学,发现PVT1作为脂质相关关键基因在肿瘤密集区域高表达 | 基于汇总级GWAS数据,无法完全排除多效性偏倚 | 探讨血浆脂质组与非小细胞肺癌之间的潜在因果关系 | 非小细胞肺癌患者和健康人群 | 生物信息学 | 肺癌 | 孟德尔随机化, 空间转录组学, 机器学习基因优先排序 | 逆方差加权, MR-Egger, 加权中位数, MR-PRESSO | 基因组关联研究汇总数据, 空间转录组数据 | 基于GeneRISK和FinnGen GWAS的大规模样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 678 | 2025-11-16 |
Correction: Single-cell RNA sequencing unveils Lrg1's role in cerebral ischemia‒reperfusion injury by modulating various cells
2025-Nov-14, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03610-4
PMID:41239358
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 679 | 2025-11-18 |
Aldolase a in pan-cancer and lung squamous cell carcinoma: prognostic value and macrophage-driven immune suppression unveiled by multi-omics and cohort validation
2025-Nov-14, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-04043-y
PMID:41239433
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和队列验证揭示了醛缩酶A在泛癌和肺鳞癌中的预后价值及其通过巨噬细胞驱动的免疫抑制机制 | 首次系统评估ALDOA在肺鳞癌中的预后价值,并通过空间转录组学和免疫荧光证实其与肿瘤相关巨噬细胞的共定位关系 | 机制研究仍需进一步深入,治疗干预策略需要更多实验验证 | 探究ALDOA在肺鳞癌中的预后价值和其在巨噬细胞介导的免疫抑制中的作用 | 泛癌数据集和肺鳞癌患者组织样本 | 生物信息学 | 肺鳞癌 | 免疫组织化学染色,单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫荧光染色 | 生物信息学算法 | 基因组数据,转录组数据,蛋白质组数据,临床数据 | 多个独立患者队列 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | TISCH2数据库 |
| 680 | 2025-11-18 |
Pan-cancer analysis identifies LMBR1L as a prognostic and immunological biomarker with validation in colorectal cancer
2025-Nov-14, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-03404-7
PMID:41239456
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研究论文 | 通过泛癌分析鉴定LMBR1L作为预后和免疫生物标志物,并在结直肠癌中进行实验验证 | 首次系统揭示LMBR1L在肿瘤免疫微环境中的作用及其作为免疫治疗预测标志物的潜力 | 研究主要基于公共数据库和结直肠癌模型,需要在更多癌种中进一步验证 | 探索LMBR1L在肿瘤免疫微环境中的功能及其临床意义 | 多种癌症组织和结直肠癌细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞测序,生存分析,GSEA,GSVA,免疫浸润分析,体外实验,体内实验 | NA | 基因表达数据,临床样本数据 | 公共数据库中的多种癌症数据及结直肠癌临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |