单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 923 篇文献，本页显示第 621 - 640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 621 | 2025-11-23 |
Comprehensive profiling of migratory primordial germ cells reveals niche-specific differences in non-canonical Wnt and Nodal-Lefty signaling in anterior vs posterior migrants
2025-Nov-19, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.103074
PMID:41259237
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠迁移原始生殖细胞及其周围体细胞，揭示前后位置差异对细胞信号通路的影响 | 首次系统比较前后位置迁移原始生殖细胞的转录组差异，发现非经典Wnt信号和Nodal-Lefty信号通路的区域特异性表达模式 | 研究仅基于小鼠模型，人类数据为重新分析已发表数据集，需要进一步实验验证 | 阐明原始生殖细胞迁移过程中与不同体细胞微环境相互作用的分子机制 | 小鼠原始生殖细胞和周围体细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序，全胚胎免疫荧光染色 | 轨迹推断方法 | 单细胞转录组数据，图像数据 | 13,262个小鼠原始生殖细胞和7,868个周围体细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 622 | 2025-11-23 |
Inference of cell-type composition and single-cell spatial maps from spatial transcriptomics data with SWOT
2025-Nov-19, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09001-y
PMID:41261170
|
研究论文 | 提出一种名为SWOT的空间加权最优传输方法，可从基于spot的空间转录组数据推断细胞类型组成和单细胞空间图谱 | 首次通过细胞到spot的映射方法同时推断细胞类型比例和单细胞空间位置，能够重建单细胞空间图谱 | 方法依赖于spot分辨率的空间转录组数据，在单细胞定位精度方面可能存在限制 | 开发从空间转录组数据重建单细胞分辨率空间图谱的计算方法 | 空间转录组数据中的细胞类型和空间位置 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，最优传输算法 | 空间加权最优传输模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 基于spot的空间转录组数据 |
| 623 | 2025-11-23 |
Single-cell RNA sequencing in osteosarcoma: applications in diagnosis, prognosis, and treatment
2025-Nov-13, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-03121-5
PMID:41231422
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综述 | 本文通过文献综述探讨单细胞RNA测序技术在骨肉瘤诊断、预后和治疗中的应用 | 系统评估单细胞RNA测序在揭示骨肉瘤肿瘤微环境异质性、识别治疗靶点和发现新型治疗策略方面的创新贡献 | 存在单细胞方案的技术偏倚和非英语文献排除的问题，可能影响结果的普适性 | 评估单细胞RNA测序对骨肉瘤发生发展的贡献 | 骨肉瘤肿瘤微环境中的细胞亚群 | 单细胞测序 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 基于107项研究的分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 624 | 2025-11-23 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing identifies GSTM4 as a tumor suppressor and prognostic biomarker in breast cancer
2025-Nov-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03850-z
PMID:41182420
|
研究论文 | 通过整合单细胞和批量RNA测序分析，鉴定GSTM4作为乳腺癌的肿瘤抑制因子和预后生物标志物 | 首次通过整合单细胞和批量RNA测序方法系统揭示GSTM4在乳腺癌中的肿瘤抑制功能及其与肿瘤免疫微环境的关联 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限，需要更多功能实验确认机制 | 探索乳腺癌的新型生物标志物和治疗靶点 | 乳腺癌组织和细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,TWAS,WGCNA,ssGSEA,PPI网络分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质相互作用数据,表观遗传数据 | 来自GSE148673数据库的单细胞RNA测序数据及多个公共数据库的乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 625 | 2025-11-23 |
ScRDAVis: An R shiny application for single-cell transcriptome data analysis and visualization
2025-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013721
PMID:41231930
|
研究论文 | 开发了一个基于R Shiny的单细胞转录组数据分析和可视化网络应用程序 | 首个提供hdWGCNA用于共表达网络和转录因子调控网络分析的GUI平台 | NA | 为无编程经验的生物学家提供单细胞RNA测序数据分析工具 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 626 | 2025-11-23 |
CD24 is a promising immunotherapeutic target for enhancing efficacy of third-generation EGFR-TKIs on EGFR-mutated lung cancer
2025-Nov, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.70068
PMID:41084191
|
研究论文 | 本研究探讨CD24作为免疫治疗靶点增强第三代EGFR-TKIs对EGFR突变肺癌疗效的潜力 | 首次揭示CD24在EGFR-TKI治疗后的表达上调机制及其通过YY1 S247磷酸化调控的分子通路 | NA | 探索增强第三代EGFR-TKIs对EGFR突变肺癌疗效的免疫治疗策略 | EGFR突变肺癌细胞、临床残留肿瘤样本、异种移植模型和自发肺癌小鼠模型 | 癌症免疫治疗 | 肺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,单核RNA测序,免疫组化,CRISPR/Cas9,染色质免疫沉淀测序,质谱分析,磷酸化蛋白质组学 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,细胞表型数据 | 29例肺癌标本的scRNA-seq数据+TKI治疗后临床残留肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
| 627 | 2025-11-22 |
Unveiling macrophage-fibroblast-driven inflammatory networks mediated pan-cancer immune features by integrated single-cell and bulk RNA sequencing
2025-Nov-20, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000004102
PMID:41263399
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据，揭示了巨噬细胞-成纤维细胞驱动的炎症网络在泛癌免疫特征中的作用，并开发了用于预测免疫检查点抑制剂反应和生存预后的基因标记 | 首次在单细胞分辨率下识别巨噬细胞和成纤维细胞亚型中的炎症相关基因特征，构建了少于10个基因的预测模型，并在体内模型中验证了靶向这些特征可增强PD-1抑制剂疗效 | 研究主要基于回顾性数据分析，体内验证仅针对卵巢癌这一种冷肿瘤类型 | 构建能够预测泛癌生存和免疫检查点抑制剂反应的基因标记模型 | 17种癌症类型的单细胞和bulk RNA测序数据，卵巢癌体内模型 | 生物信息学 | 泛癌研究 | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序，机器学习，多重免疫组织化学，体内模型 | 机器学习模型 | RNA测序数据，图像数据 | 17种癌症类型，34个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 628 | 2025-11-22 |
Denoising single-cell RNA-seq data with a deep learning-embedded statistical framework
2025-Nov-19, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06296-w
PMID:41257571
|
研究论文 | 提出一种结合深度学习和统计框架的ZILLNB方法，用于单细胞RNA测序数据的去噪和插补 | 将零膨胀负二项回归与深度生成模型集成，通过变分自编码器和生成对抗网络学习细胞和基因层面的潜在表示 | 在样本量有限的情况下可能存在过拟合风险，方法缺乏机制可解释性 | 解决单细胞RNA测序数据中的技术噪声和零计数问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | InfoVAE, GAN, ZINB回归 | 基因表达数据 | 多个数据集（小鼠皮层、人类PBMC、IPF数据集） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 629 | 2025-11-22 |
Nitidine chloride inhibits colorectal cancer by targeting BUB1: mechanistic insights from molecular dynamics simulation, spatial transcriptomics, and single-cell RNA sequencing
2025-Nov-19, BMC gastroenterology
IF:2.5Q2
DOI:10.1186/s12876-025-04423-8
PMID:41257608
|
研究论文 | 研究白屈菜红碱通过靶向BUB1抑制结直肠癌的作用机制 | 结合分子动力学模拟、空间转录组学和单细胞RNA测序多组学技术揭示NC-BUB1-RAD21轴在结直肠癌中的调控机制 | 研究主要基于细胞系和动物模型，临床样本验证有限 | 探究白屈菜红碱在结直肠癌中的抗肿瘤作用机制 | 结直肠癌细胞系HCT116和异种移植小鼠模型 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,分子动力学模拟,RNA测序 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据,单细胞测序数据 | 1293个结直肠癌样本与2299个对照样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 630 | 2025-11-20 |
Single-cell transcriptomics uncovering a critical AKT-LONP1-STAR axis in ovarian hyperandrogenism of PCOS
2025-Nov-19, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-025-01837-6
PMID:41257877
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 631 | 2025-11-22 |
Decoding intratumoral cyclooxygenase-2 signaling through multi-omics: insights from esophageal cancer and beyond
2025-Nov-18, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01919-1
PMID:41249574
|
研究论文 | 通过多组学方法研究环氧合酶-2在食管癌等肿瘤中的信号传导机制及其治疗潜力 | 整合单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质对接分析和实验验证，系统揭示COX-2在肿瘤微环境中的调控作用 | NA | 探究COX-2在癌症进展中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 食管癌及其他多种癌症类型 | 多组学分析 | 食管癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 蛋白质对接分析, 功能验证实验 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 632 | 2025-11-22 |
Single-cell transcriptomics identifies SOCS3+ exhausted T cells as a biomarker facilitating clear cell renal cell carcinoma progression
2025-Nov-18, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01894-7
PMID:41249578
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学分析鉴定SOCS3+耗竭T细胞作为促进透明细胞肾细胞癌进展的生物标志物 | 首次发现SOCS3+耗竭T细胞在ccRCC中的关键作用，并构建了包含SOCS3和N4BP1的预后预测模型 | 基于现有数据集的重新分析，需要进一步实验验证 | 研究耗竭T细胞如何驱动透明细胞肾细胞癌进展 | 透明细胞肾细胞癌患者样本 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | Cox回归分析, Kaplan-Meier生存分析 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 633 | 2025-11-22 |
Integrated bulk and single-cell transcriptomic profiling reveals NECTIN-TIGIT interaction underlies T cell exhaustion in papillary thyroid carcinoma
2025-Nov-18, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01937-z
PMID:41249602
|
研究论文 | 通过整合bulk和单细胞转录组数据，揭示NECTIN-TIGIT相互作用是甲状腺乳头状癌中T细胞耗竭的潜在驱动机制 | 首次在甲状腺乳头状癌中系统阐明NECTIN-TIGIT轴通过抑制CD226共刺激信号促进T细胞耗竭的免疫调控机制 | 需要未来湿实验室验证和临床研究来确认该轴在甲状腺癌管理中的转化相关性 | 阐明甲状腺乳头状癌中T细胞耗竭的免疫学机制 | 甲状腺乳头状癌肿瘤微环境中的免疫细胞 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序 | 差异基因表达分析,细胞类型注释,配体-受体相互作用分析 | 转录组数据 | 来自GEO数据库的公共数据集 | NA | bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 634 | 2025-11-22 |
Comprehensive analysis reveals prognostic gene set that could impacts the response to chemotherapy and immunotherapy outcomes in malignant pleural mesothelioma
2025-Nov-18, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01949-9
PMID:41249691
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据开发了一个恶性胸膜间皮瘤的预后基因集模型，用于预测患者生存和治疗反应 | 首次整合转录组、DNA甲基化和SNP数据构建MPM预后模型，并验证其在化疗、放疗和免疫治疗反应预测中的价值 | 研究基于公共数据库数据，需要进一步的前瞻性临床验证 | 开发可靠的恶性胸膜间皮瘤预后评估工具，改善临床治疗效果 | 恶性胸膜间皮瘤患者 | 生物信息学 | 恶性胸膜间皮瘤 | 多组学整合分析，LASSO-Cox回归，单细胞RNA-seq | LASSO-Cox回归模型 | 转录组数据，DNA甲基化数据，SNP数据，单细胞RNA-seq数据 | TCGA和GEO数据库中的恶性胸膜间皮瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 635 | 2025-11-22 |
CDKN1A and cellular senescence are associated with immune resistance in advanced lung adenocarcinoma
2025-Nov-18, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01926-2
PMID:41249682
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研究论文 | 本研究探讨CDKN1A和细胞衰老在晚期肺腺癌免疫治疗耐药中的作用机制 | 首次在晚期肺腺癌中系统揭示CDKN1A通过促进细胞衰老和免疫抑制微环境导致免疫治疗耐药的机制 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证 | 探究CDKN1A在晚期肺腺癌免疫治疗疗效中的影响和作用机制 | 晚期肺腺癌患者和肿瘤微环境 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | 多变量Cox回归模型 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA和SU2C-MARK队列的晚期肺腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | GSE148071数据集 |
| 636 | 2025-11-22 |
Integrated machine learning and single-cell analysis identify chromatin-remodeling gene signature for diagnosis and prognosis in nasopharyngeal carcinoma
2025-Nov-18, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01953-z
PMID:41249704
|
研究论文 | 本研究通过整合机器学习和单细胞分析，识别染色质重塑基因特征用于鼻咽癌的诊断和预后 | 首次整合机器学习与单细胞RNA测序分析染色质重塑基因在鼻咽癌中的作用，并开发了六基因诊断预后特征 | 研究依赖于公共数据集，需要进一步实验验证和临床前瞻性研究 | 探索染色质重塑基因在鼻咽癌中的诊断和预后价值 | 鼻咽癌患者基因表达数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序，差异表达分析，加权基因共表达网络分析，功能富集分析 | 机器学习模型 | 基因表达数据，单细胞RNA测序数据 | 多个数据集(GSE12452, GSE53819, GSE61218, GSE102349)的样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 637 | 2025-11-22 |
Adenylosuccinate lyase (ADSL) is a pan-cancer prognostic and immune biomarker with distinct roles in hepatocellular carcinoma
2025-Nov-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03749-9
PMID:41251948
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研究论文 | 本研究通过泛癌分析探讨ADSL基因作为预后和免疫生物标志物的潜力，特别聚焦于肝细胞癌 | 首次全面揭示ADSL在多种癌症中的过表达特征及其与预后的关联，并在单细胞水平分析ADSL高表达对细胞通讯网络的影响 | 需要进一步研究验证这些发现并阐明ADSL影响癌症发展的具体机制 | 探索ADSL基因在恶性肿瘤中的生物学作用及其作为广谱预测标志物的可行性 | 多种癌症类型，特别关注肝细胞癌(HCC) | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组分析，甲基化评估，免疫浸润评估，细胞通讯分析，诺莫图建模 | 诺莫图模型 | 转录组数据，甲基化数据，单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 638 | 2025-11-22 |
Utilizing a novel mitochondrial-related gene signature for predicting the prognosis and immunological impact in bladder cancer
2025-Nov-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03927-9
PMID:41252049
|
研究论文 | 本研究构建并验证了一个基于线粒体相关基因的膀胱癌预后特征模型 | 首次将线粒体相关基因特征与膀胱癌预后和免疫治疗疗效进行系统性关联分析 | 研究基于公共数据库的回顾性数据，需要前瞻性临床研究进一步验证 | 探索线粒体相关基因在膀胱癌中的作用并构建预后预测模型 | 膀胱癌患者 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 转录组分析,单细胞RNA测序 | LASSO回归,Cox回归,非负矩阵分解 | 基因表达数据,临床数据 | TCGA-BLCA队列和GEO数据集的多中心膀胱癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序,转录组测序 | NA | NA |
| 639 | 2025-11-22 |
Transcription factor 4 regulates the interhemispheric midline remodeling through neuron-astroglia communications during corpus callosum formation
2025-Nov-18, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-025-03696-7
PMID:41253748
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研究论文 | 本研究揭示了转录因子TCF4通过神经元-星形胶质细胞通讯调控大脑半球间中线重塑及胼胝体形成的关键机制 | 首次发现TCF4介导的神经元-星形胶质细胞通讯对胼胝体形成的调控作用，并鉴定Sema7a为关键介质 | NA | 探究TCF4在胼胝体形成过程中的分子机制 | 小鼠大脑半球间中线组织 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序，体外移植实验 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 640 | 2025-11-22 |
UHRF1 restricts HCoV-229E infection through epigenetic silencing of the viral receptor APN
2025-Nov-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64977-9
PMID:41253770
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研究论文 | 本研究通过全基因组CRISPR筛选发现UHRF1通过表观遗传沉默病毒受体APN抑制HCoV-229E感染 | 首次揭示UHRF1通过启动子超甲基化下调APN表达限制冠状病毒感染的年龄相关宿主防御机制 | 研究主要聚焦HCoV-229E，未验证其他冠状病毒的普适性 | 探索冠状病毒与宿主相互作用机制及年龄相关易感性因素 | HCoV-229E冠状病毒及其宿主细胞 | 病毒学 | 冠状病毒感染 | 全基因组CRISPR敲除筛选，CRISPR激活筛选，转录组测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，单细胞RNA测序数据 | 来自年轻和老年个体的原代肺泡巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |