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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 621 | 2025-11-23 |
Precision T cell correction platform for inborn errors of immunity
2025-Nov-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.018
PMID:40808259
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研究论文 | 开发了一种基于CRISPR-Cas9和同源定向修复的精确T细胞单核苷酸变异校正平台 | 首次建立了基于HDR的T细胞SNV精确校正平台,可实现高达80%的校正效率且未检测到基因组、转录组或蛋白质组异常 | 不适用于晚期疾病、炎症或急性感染患者 | 开发精确基因编辑平台治疗先天性免疫缺陷病 | T细胞和四种先天性免疫缺陷病模型(STAT1功能获得性突变、软骨毛发发育不全、ADA2缺乏症、自身免疫性多内分泌病-念珠菌病-外胚层营养不良) | 基因治疗 | 先天性免疫缺陷病 | CRISPR-Cas9基因编辑、同源定向修复、GUIDE-seq、单细胞RNA测序、长读长基因组测序、蛋白质组学分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 622 | 2025-11-23 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing identifies GSTM4 as a tumor suppressor and prognostic biomarker in breast cancer
2025-Nov-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03850-z
PMID:41182420
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量RNA测序分析,鉴定GSTM4作为乳腺癌的肿瘤抑制因子和预后生物标志物 | 首次通过整合单细胞和批量RNA测序方法系统揭示GSTM4在乳腺癌中的肿瘤抑制功能及其与肿瘤免疫微环境的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限,需要更多功能实验确认机制 | 探索乳腺癌的新型生物标志物和治疗靶点 | 乳腺癌组织和细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,TWAS,WGCNA,ssGSEA,PPI网络分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质相互作用数据,表观遗传数据 | 来自GSE148673数据库的单细胞RNA测序数据及多个公共数据库的乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 623 | 2025-11-23 |
A machine learning framework using urinary biomarkers for pancreatic ductal adenocarcinoma prediction with post hoc validation via single-cell transcriptomics
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf583
PMID:41212589
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研究论文 | 开发基于尿液生物标志物和人口统计学数据的机器学习框架用于胰腺导管腺癌预测,并通过单细胞转录组学进行验证 | 首次结合尿液生物标志物与人口统计学数据构建PDAC预测模型,并利用单细胞RNA测序验证生物标志物的表达显著性 | 需要在不同数据集上进一步验证框架性能,尚未整合其他组学数据 | 开发早期准确诊断胰腺导管腺癌的预测工具 | 胰腺导管腺癌患者尿液生物标志物和人口统计学数据 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,机器学习,深度学习 | 深度学习,机器学习 | 生物标志物数据,人口统计学数据,基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 624 | 2025-11-23 |
ScRDAVis: An R shiny application for single-cell transcriptome data analysis and visualization
2025-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013721
PMID:41231930
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研究论文 | 开发了一个基于R Shiny的单细胞转录组数据分析和可视化网络应用程序 | 首个提供hdWGCNA用于共表达网络和转录因子调控网络分析的GUI平台 | NA | 为无编程经验的生物学家提供单细胞RNA测序数据分析工具 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 625 | 2025-11-23 |
CD24 is a promising immunotherapeutic target for enhancing efficacy of third-generation EGFR-TKIs on EGFR-mutated lung cancer
2025-Nov, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.70068
PMID:41084191
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研究论文 | 本研究探讨CD24作为免疫治疗靶点增强第三代EGFR-TKIs对EGFR突变肺癌疗效的潜力 | 首次揭示CD24在EGFR-TKI治疗后的表达上调机制及其通过YY1 S247磷酸化调控的分子通路 | NA | 探索增强第三代EGFR-TKIs对EGFR突变肺癌疗效的免疫治疗策略 | EGFR突变肺癌细胞、临床残留肿瘤样本、异种移植模型和自发肺癌小鼠模型 | 癌症免疫治疗 | 肺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,单核RNA测序,免疫组化,CRISPR/Cas9,染色质免疫沉淀测序,质谱分析,磷酸化蛋白质组学 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,细胞表型数据 | 29例肺癌标本的scRNA-seq数据+TKI治疗后临床残留肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
| 626 | 2025-11-22 |
Integrating Bulk RNA-Seq and Spatial Transcriptomics Data to Reveal Distinct Immune Escape Mechanism and Immunotherapy Based on Post-Translational Modification in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2025-Nov-24, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997)
DOI:10.1097/CJI.0000000000000588
PMID:41268854
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研究论文 | 本研究通过整合批量RNA测序和空间转录组学数据,开发了基于翻译后修饰的预后评分系统,用于评估头颈部鳞状细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次系统研究21种翻译后修饰在头颈部鳞癌中的预后意义,开发了PTM评分系统,并通过空间转录组学验证了其在肿瘤细胞中的特异性表达 | 研究基于多个公共数据库的整合分析,需要进一步实验验证PTM评分的生物学机制 | 探索翻译后修饰在头颈部鳞状细胞癌中的预后价值并开发免疫治疗反应预测工具 | 头颈部鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 批量RNA测序, 空间转录组学, 机器学习, WGCNA | 机器学习, 共识聚类 | 基因表达数据, 空间转录组数据 | TCGA-HNSCC、GSE41613、GSE42743、GSE65858等多个队列的整合数据及内部验证队列 | NA | 批量RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 627 | 2025-11-22 |
Spatial transcriptomics: challenges and future directions in musculoskeletal diseases
2025-Nov-21, Current opinion in rheumatology
IF:5.2Q1
DOI:10.1097/BOR.0000000000001140
PMID:41263435
|
综述 | 探讨空间转录组学在肌肉骨骼疾病研究中的最新进展、挑战和未来发展方向 | 总结了空间转录组学在揭示肌肉骨骼疾病分子机制方面的革命性作用,并分析了阻碍其广泛应用的挑战及解决方案 | 讨论了空间转录组学在肌肉骨骼组织应用中面临的技术挑战和限制因素 | 推进空间转录组学在肌肉骨骼疾病研究中的应用,为未来治疗发展铺平道路 | 肌肉骨骼系统和相关疾病 | 空间转录组学 | 肌肉骨骼疾病 | 空间转录组学,下一代测序 | NA | 基因表达数据,组织切片 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 628 | 2025-11-22 |
Sabotaged Integral HSC Heterogeneity Underlies Essential Thrombocythemia Development
2025-Nov-21, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202505249
PMID:41268701
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究原发性血小板增多症中不同驱动突变对造血干细胞异质性的影响 | 首次在单细胞水平揭示不同ET驱动突变亚型的HSC分子特征,发现TN ET中存在转录特征类似驱动突变HSC的亚群,并鉴定CXCR4 HSC亚群在ET发病中的关键作用 | NA | 阐明特定驱动突变如何影响造血干细胞异质性及其与ET发病机制的关系 | 原发性血小板增多症患者的造血干细胞 | 单细胞组学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 629 | 2025-11-22 |
Single-cell RNA sequencing analysis combined with bulk RNA sequencing revealed changes in the micro-environment of bone marrow aging
2025-Nov-21, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences
DOI:10.1093/gerona/glaf261
PMID:41269108
|
研究论文 | 通过单细胞和bulk RNA测序分析骨髓微环境在衰老过程中的变化 | 结合单细胞和bulk RNA测序技术系统分析骨髓衰老微环境,并筛选出关键抗衰老药物 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 阐明骨髓微环境在衰老过程中的变化机制 | 年轻和年老小鼠的骨髓细胞 | 生物信息学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,分子对接 | 机器学习 | RNA测序数据 | 年轻和年老小鼠骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 630 | 2025-11-22 |
Upregulation of TNFR2 Precedes TOX Expression by Exhausted T cells and Restricts Antitumor and Antiviral Immunity
2025-Nov-21, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3455
PMID:41269210
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研究论文 | 本研究揭示了TNFR2上调在T细胞耗竭过程中先于TOX表达,并限制抗肿瘤和抗病毒免疫的机制 | 首次发现TNFR2信号是TOX表达的上游调控因子,并提出TNFR2拮抗作为新型免疫治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 探索T细胞耗竭过程中TNFR2的作用机制及其免疫治疗潜力 | 人和小鼠肿瘤浸润CD8+ T细胞 | 免疫学 | 肿瘤和病毒感染 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,bulk RNA测序 | TNFR2 KO小鼠模型 | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 631 | 2025-11-22 |
Unveiling macrophage-fibroblast-driven inflammatory networks mediated pan-cancer immune features by integrated single-cell and bulk RNA sequencing
2025-Nov-20, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000004102
PMID:41263399
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,揭示了巨噬细胞-成纤维细胞驱动的炎症网络在泛癌免疫特征中的作用,并开发了用于预测免疫检查点抑制剂反应和生存预后的基因标记 | 首次在单细胞分辨率下识别巨噬细胞和成纤维细胞亚型中的炎症相关基因特征,构建了少于10个基因的预测模型,并在体内模型中验证了靶向这些特征可增强PD-1抑制剂疗效 | 研究主要基于回顾性数据分析,体内验证仅针对卵巢癌这一种冷肿瘤类型 | 构建能够预测泛癌生存和免疫检查点抑制剂反应的基因标记模型 | 17种癌症类型的单细胞和bulk RNA测序数据,卵巢癌体内模型 | 生物信息学 | 泛癌研究 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,机器学习,多重免疫组织化学,体内模型 | 机器学习模型 | RNA测序数据,图像数据 | 17种癌症类型,34个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 632 | 2025-11-22 |
Bioinformatics analysis of macrophage-associated genes reveals prognostic signatures and immune landscape in gastric cancer
2025-Nov-20, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-04019-4
PMID:41264178
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研究论文 | 通过生物信息学分析鉴定胃癌中巨噬细胞相关预后基因并构建风险预测模型 | 首次整合多组学数据识别GPX3、SERPINE1和SPARC三个巨噬细胞相关基因构建胃癌预后模型 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证和前瞻性研究确认 | 探索巨噬细胞相关基因在胃癌预后预测和免疫调控中的作用 | 胃癌患者肿瘤样本和正常对照组织 | 生物信息学 | 胃癌 | 转录组测序,单细胞RNA测序,差异表达分析,加权基因共表达网络分析 | Cox-LASSO回归模型,风险评分模型,诺莫图 | 基因表达数据,临床数据 | TCGA数据库350例肿瘤和31例对照,GEO数据库483例样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 633 | 2025-11-22 |
Integrated bioinformatics analysis to elucidate cellular communication in the microenvironment of breast cancer
2025-Nov-20, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03859-4
PMID:41264182
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研究论文 | 通过整合生物信息学分析揭示乳腺癌微环境中细胞通讯机制 | 首次结合单细胞mRNA测序和批量mRNA测序系统分析乳腺癌微环境中的细胞通讯,并发现CXCL12-CXCR4和FGF7-FGFR1是最重要的细胞通讯对 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 阐明乳腺癌肿瘤微环境中的细胞通讯机制 | 乳腺癌肿瘤微环境中的细胞通讯 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞mRNA测序, 批量mRNA测序, qPCR | 相关性分析 | 基因表达数据 | 临床样本(未指定具体数量) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 634 | 2025-11-22 |
Periostin promotes sarcoma growth by promoting tumor-associated macrophage migration and differentiation
2025-Nov-20, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0301
PMID:41264337
|
研究论文 | 本研究揭示了细胞外基质蛋白Periostin通过促进肿瘤相关巨噬细胞的迁移和分化来驱动肉瘤生长的机制 | 首次在肉瘤中系统阐明Periostin通过调控肿瘤免疫微环境促进肿瘤进展的非细胞自主机制 | POSTN治疗性中和作为单一疗法不足以减轻肿瘤负荷 | 探究Periostin在肉瘤进展和肿瘤免疫微环境调控中的功能作用 | 软组织肉瘤、肿瘤相关巨噬细胞、单核细胞 | 肿瘤免疫学 | 软组织肉瘤 | 单细胞RNA测序、基因沉默、体外迁移实验 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 人类肉瘤数据集、小鼠遗传模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 635 | 2025-11-22 |
Advances in single-cell transcriptomics: unraveling the pathogenesis of calcific aortic valve disease
2025-Nov-20, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf255
PMID:41264422
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综述 | 本文综述单细胞RNA测序技术在钙化性主动脉瓣疾病研究中的应用进展 | 首次系统总结单细胞转录组学在揭示CAVD细胞异质性、谱系分化和细胞间通讯方面的新视角 | 未涉及具体实验数据,主要基于现有文献的归纳分析 | 探讨单细胞转录组技术在CAVD发病机制研究和治疗靶点发现中的应用 | 钙化性主动脉瓣疾病相关的瓣膜细胞群体 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 636 | 2025-11-22 |
ChemR23 prevents phenotypic switching of vascular smooth muscle cells into macrophage like foam cells in atherosclerosis
2025-Nov-20, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf258
PMID:41264461
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研究论文 | 本研究探讨ChemR23在血管平滑肌细胞表型转换和动脉粥样硬化中的作用机制 | 首次揭示ChemR23通过调控VSMC表型转换影响动脉粥样硬化进程,并发现其配体C9和抑制剂α-NETA的不同治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,人类样本验证相对有限 | 研究ChemR23在血管平滑肌细胞中对动脉粥样硬化的特异性作用 | 小鼠模型、人类主动脉平滑肌细胞、人类动脉粥样硬化斑块样本 | 心血管疾病研究 | 动脉粥样硬化 | 骨髓移植、bulk RNA测序、单细胞转录组测序、细胞培养 | 动物疾病模型 | 基因表达数据、转录组数据、细胞功能数据 | Apoe-/-小鼠模型、人类动脉粥样硬化斑块单细胞数据、人类主动脉平滑肌细胞体外实验 | NA | bulk RNA测序,单细胞转录组测序 | NA | NA |
| 637 | 2025-11-22 |
A global screen for magnetically induced neuronal activity in the pigeon brain
2025-Nov-20, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aea6425
PMID:41264677
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研究论文 | 通过全脑活动图谱和单细胞RNA测序技术研究鸽子大脑中对磁刺激产生反应的神经元群体 | 首次在全脑范围内系统筛选磁刺激激活的神经元,并发现前庭-中脑皮层回路参与磁感应 | 研究仅针对鸽子特定脑区,磁感应机制在其他物种中的普适性仍需验证 | 探索动物感知地球磁场的神经环路和分子机制 | 鸽子大脑神经元和前庭器官毛细胞 | 神经科学 | NA | 全脑活动图谱,组织透明化,光片显微镜,单细胞RNA测序 | NA | 图像,基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 638 | 2025-11-22 |
Claudin 18.2 as a Biomarker for Imaging and Radiopharmaceutical Therapy in Gastric and Pancreatic Tumors
2025-Nov-20, Journal of nuclear medicine : official publication, Society of Nuclear Medicine
IF:9.1Q1
DOI:10.2967/jnumed.125.270568
PMID:41266253
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研究论文 | 本研究探索了Claudin 18.2作为胃癌和胰腺癌分子成像及靶向放射性药物治疗生物标志物的潜力 | 首次系统评估CLDN18.2作为放射性诊疗生物标志物在胃癌和胰腺癌模型中的应用价值 | 研究基于动物模型,临床转化效果需进一步验证 | 开发针对CLDN182阳性肿瘤的精准成像和治疗方法 | 胃癌和胰腺导管腺癌模型 | 分子影像学 | 胃癌,胰腺癌 | RNA测序,PET成像,生物分布分析 | NA | 基因表达数据,影像数据,生物分布数据 | 31例PDAC患者样本,多种癌细胞系移植瘤小鼠模型 | NA | bulk RNA-seq,single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 639 | 2025-11-22 |
A pan-cancer analysis of CTSC as a candidate prognostic and immune-related biomarker
2025-Nov-20, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-04124-4
PMID:41266623
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研究论文 | 通过多组学分析揭示CTSC在泛癌中的预后价值和免疫相关功能 | 首次对CTSC进行系统性泛癌分析,整合多组学数据揭示其与肿瘤免疫微环境的复杂关联 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证和前瞻性临床研究 | 评估CTSC作为泛癌预后生物标志物和免疫相关靶点的潜力 | 多种癌症类型的肿瘤样本和公共数据库数据 | 生物信息学 | 泛癌分析 | 多组学分析,单细胞测序,生存分析,功能富集分析 | NA | 基因组数据,转录组数据,表观遗传数据,临床数据 | 来自TCGA、GTEx、CPTAC等多个公共数据库的多种癌症样本 | NA | 单细胞RNA-seq,多组学分析 | NA | NA |
| 640 | 2025-11-22 |
Denoising single-cell RNA-seq data with a deep learning-embedded statistical framework
2025-Nov-19, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06296-w
PMID:41257571
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研究论文 | 提出一种结合深度学习和统计框架的ZILLNB方法,用于单细胞RNA测序数据的去噪和插补 | 将零膨胀负二项回归与深度生成模型集成,通过变分自编码器和生成对抗网络学习细胞和基因层面的潜在表示 | 在样本量有限的情况下可能存在过拟合风险,方法缺乏机制可解释性 | 解决单细胞RNA测序数据中的技术噪声和零计数问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | InfoVAE, GAN, ZINB回归 | 基因表达数据 | 多个数据集(小鼠皮层、人类PBMC、IPF数据集) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |