本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 581 | 2025-11-24 |
SemiLT: A Multianchor Transfer Learning Method for Cross-Modality Cell Label Annotation from scRNA-seq to scATAC-seq
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202507846
PMID:40898317
|
研究论文 | 提出一种多锚点迁移学习方法SemiLT,用于从scRNA-seq到scATAC-seq的跨模态细胞标签注释 | 首次考虑scRNA-seq和scATAC-seq之间的时序差异,通过多锚点迁移学习方法解决模态间批次效应问题 | NA | 提高从scRNA-seq到scATAC-seq的细胞类型注释准确性 | 单细胞测序数据,包括人类骨髓造血数据集和外周血单个核细胞(PBMC)数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞ATAC测序(scATAC-seq) | 迁移学习, 多锚点学习 | 单细胞测序数据 | 多个数据集(包括人类骨髓造血数据集和PBMC数据集) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 582 | 2025-11-24 |
Tracking clonal evolution during treatment in ovarian cancer using cell-free DNA
2025-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09580-0
PMID:41034582
|
研究论文 | 本研究开发了CloneSeq-SV方法,通过追踪克隆特异性基因组结构变异监测卵巢癌治疗过程中的克隆演化 | 结合单细胞全基因组测序和时间序列cfDNA靶向测序,利用肿瘤克隆特异性结构变异作为高灵敏度内源性标志物 | 样本量相对有限(18例患者),需要进一步验证 | 研究高级别浆液性卵巢癌治疗过程中药物耐药性的克隆演化机制 | 18例高级别浆液性卵巢癌患者从诊断到复发的多年期样本 | 癌症基因组学 | 卵巢癌 | 单细胞全基因组测序,靶向深度测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因组测序数据,转录组数据,细胞游离DNA | 18例HGSOC患者 | NA | 单细胞全基因组测序,靶向测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 583 | 2025-11-19 |
Single-cell transcriptomics reveal circulating skin-homing CLA+ CTSW+ cytotoxic CD4+ T cells contribute to relapse of psoriasis
2025-Nov, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70518
PMID:41249858
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 584 | 2025-11-24 |
Spatiotemporal mapping reveals Ccl8hi macrophages as key drivers of testicular inflammaging
2025-Nov, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70527
PMID:41251087
|
研究论文 | 本研究通过时空多组学方法揭示了Ccl8hi巨噬细胞是睾丸炎性衰老的关键驱动因子 | 首次通过空间转录组学和FACS富集的单细胞RNA测序系统解析睾丸巨噬细胞在衰老过程中的异质性,并鉴定出CCL8作为保守的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究睾丸巨噬细胞在睾丸衰老过程中的异质性及其在炎性衰老中的作用机制 | 小鼠和人类睾丸组织中的巨噬细胞 | 空间转录组学 | 男性生殖系统衰老 | 空间转录组学,单细胞RNA测序,免疫荧光分析,器官型培养 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据,图像数据 | 3月龄小鼠及老年小鼠睾丸组织,包含人类睾丸样本验证 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 585 | 2025-11-24 |
A parabrachial hub for need-state control of enduring pain
2025-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09602-x
PMID:41062698
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学等技术发现臂旁核Y1R神经元群是控制持续性疼痛的内源性镇痛枢纽 | 首次揭示臂旁核中表达神经肽Y受体的Y1R神经元群作为疼痛调控枢纽,并发现饥饿、口渴等生理需求状态可通过NPY抑制这些神经元来缓解持续性疼痛 | NA | 探索持续性疼痛的中枢调控机制 | 臂旁核Y1R神经元 | 神经科学 | 慢性疼痛 | 空间转录组学, 神经操作, 活动记录, 计算建模 | NA | 基因表达数据, 神经活动数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 586 | 2025-11-24 |
NK Cell-Derived Small Extracellular Vesicles Armed With CLDN4-Targeting Peptides Potentiate Radiotherapy in Gastric Cancer
2025-Nov, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.70200
PMID:41252335
|
研究论文 | 本研究开发了一种靶向CLDN4的NK细胞来源小细胞外囊泡纳米治疗平台,可增强胃癌放疗效果 | 首次将NK细胞来源的小细胞外囊泡与CLDN4靶向肽结合,创建具有放射增敏作用的新型纳米治疗平台 | 研究主要基于患者来源类器官模型,尚未进行大规模临床验证 | 开发针对胃癌的靶向治疗系统以增强放疗效果 | 胃癌细胞、患者来源类器官模型和类器官来源异种移植模型 | 癌症治疗 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学分析、多模态成像 | NA | 单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据、影像数据 | 多个单细胞RNA测序数据集和患者来源类器官模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 587 | 2025-11-24 |
SURF: A Self-Supervised Deep Learning Method for Reference-Free Deconvolution in Spatial Transcriptomics
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202505456
PMID:40859416
|
研究论文 | 提出一种名为SURF的无参考解卷积工具,通过自监督深度学习整合高维基因数据分析,用于空间转录组学的细胞类型解析 | 首次将自监督深度学习与高维基因数据分析相结合,无需匹配单细胞参考数据即可有效建模非线性基因相互作用和利用spot关系 | 未明确说明计算资源需求和运行时间,也未讨论对极稀疏数据的处理能力 | 开发无需参考数据的空间转录组解卷积方法,实现细胞水平的组织微环境分析 | 空间转录组数据,包括合成数据集、真实数据集以及人类结直肠肝转移瘤数据 | 空间转录组学 | 结直肠癌肝转移 | 空间转录组学,自监督深度学习 | 深度学习 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 588 | 2025-11-24 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals That Hmga2 Regulates Neuroinflammation and Retinal Function by Modulating Müller Cell Autophagy Through PI3K/AKT Signaling Following MCAO-Induced Retinal Ischemia
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202502534
PMID:40884260
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了Hmga2通过PI3K/AKT信号通路调节Müller细胞自噬在视网膜缺血中的神经炎症和视网膜功能调控机制 | 发现了一个新的表达Hmga2的Müller细胞亚群,并开发了基于Müller细胞膜和脂质体的混合纳米颗粒递送系统siRNA-Hmga2@LMM | MCAO诱导的视网膜缺血模型中Müller细胞的具体作用机制仍不完全清楚 | 探究视网膜缺血中Müller细胞的作用机制及治疗靶点 | 视网膜细胞,特别是Müller细胞 | 单细胞组学 | 视网膜缺血 | 单细胞核RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 589 | 2025-11-24 |
BACE2-Induced Aberrant Lymphatic Network Aggravates the Local Inflammation in Arteriovenous Fistulas With Hyperphosphatemia
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509632
PMID:40884245
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术,揭示了高磷血症通过BACE2介导的VEGFR3裂解破坏动静脉瘘淋巴网络,从而加剧局部炎症的机制 | 首次发现动静脉瘘中存在由Pi16Vegfc纤维祖细胞促进的淋巴网络作为炎症外排通道,并阐明高磷血症通过SP1/BACE2/VEGFR3裂解途径破坏该网络的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,在人类患者中的验证仍需进一步研究 | 探究慢性肾脏病条件下动静脉瘘局部炎症加剧的机制 | 人类和小鼠的动静脉瘘组织 | 空间转录组学 | 慢性肾脏病 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5/6肾切除C57BL/6小鼠模型 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 590 | 2025-11-24 |
Succinic Acid-Induced Macrophage Endocytosis Promotes Extracellular Vesicle-Based Integrin Beta1 Transfer Accelerating Fibroblast Activation and Sepsis-Associated Pulmonary Fibrosis
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202507411
PMID:40898357
|
研究论文 | 本研究揭示了琥珀酸通过促进巨噬细胞内吞作用释放促纤维化细胞外囊泡,并通过转移整合素β1激活成纤维细胞,从而加速脓毒症相关肺纤维化的新机制 | 首次发现琥珀酸诱导的巨噬细胞内吞作用促进细胞外囊泡介导的整合素β1转移,揭示了巨噬细胞-成纤维细胞通讯的新机制 | NA | 探究脓毒症相关肺纤维化的发病机制 | 巨噬细胞和成纤维细胞 | 细胞生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 免疫荧光, 电子显微镜 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 591 | 2025-11-24 |
SciSt: single-cell reference-informed spatial gene expression prediction from pathological images
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf613
PMID:41263940
|
研究论文 | 开发了一种从病理图像预测空间基因表达的深度学习框架SciSt | 通过整合病理特征与生物学信息初始基因表达,采用结合细胞分割和单细胞参考数据的加权策略 | NA | 从组织病理图像预测空间基因表达,实现形态学与基因表达的跨模态转换 | 临床H&E染色图像和空间转录组数据 | 数字病理学 | 乳腺癌,肝癌 | 深度学习 | 深度学习框架 | 图像,基因表达数据 | 三个基准数据集和TCGA-BRCA、TCGA-LIHC队列 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 592 | 2025-11-23 |
Gαi1/3 Regulates Wnt/β-Catenin Signaling to Promote Osteogenesis and Bone Formation
2025-Nov-22, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf143
PMID:41273070
|
研究论文 | 本研究揭示Gαi1/3通过调控Wnt/β-catenin信号通路促进成骨分化和骨形成的新机制 | 首次发现Gαi1/3而非Gαi2介导Wnt/β-catenin信号通路,阐明其通过与Axin1相互作用破坏β-catenin降解复合物的分子机制 | 研究主要使用小鼠胚胎成骨前体细胞系,人体组织验证不足 | 探究Gαi1/3蛋白在Wnt/β-catenin信号通路和骨形成中的作用机制 | 小鼠胚胎成骨前体细胞MC3T3-E1和小鼠模型 | 分子生物学 | 骨质疏松症 | 单细胞测序分析、病毒转染、基因编辑、免疫共沉淀、共聚焦显微镜、Western blot、ALP染色、茜素红染色、micro-CT | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、影像数据 | 细胞系实验和小鼠模型,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 593 | 2025-11-23 |
TrajLens: Visual Analysis for Constructing Cell Developmental Trajectories in Cross-Sample Exploration
2025-Nov-21, IEEE transactions on visualization and computer graphics
IF:4.7Q1
DOI:10.1109/TVCG.2025.3634875
PMID:41269813
|
研究论文 | 开发了一个名为TrajLens的可视分析系统,用于构建跨样本细胞发育轨迹 | 提出了基于GNN的跨样本细胞发育轨迹预测模型,并开发了集成细胞分布和发育方向特征的可视分析系统 | 需要人工参与轨迹精炼过程,系统性能仅通过两个案例研究和专家访谈验证 | 解决单细胞RNA测序分析中跨样本细胞发育轨迹构建的挑战 | 单细胞RNA测序数据中的细胞发育轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | GNN | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 594 | 2025-11-23 |
Can LLMs Bridge Domain and Visualization? A Case Study on High-Dimension Data Visualization in Single-Cell Transcriptomics
2025-Nov-21, IEEE transactions on visualization and computer graphics
IF:4.7Q1
DOI:10.1109/TVCG.2025.3633869
PMID:41269823
|
研究论文 | 本研究探索使用大型语言模型分析单细胞转录组学领域文献中高维数据可视化的应用情况 | 提出了一种人机协作的LLM工作流程,能够分析大量专业文献并将领域特定术语转化为标准化的数据和任务抽象 | 研究依赖于LLM的分析能力,可能受到模型理解专业术语准确性的限制 | 探索LLM在弥合可视化设计与领域特定应用之间差距的潜力 | 单细胞转录组学领域文献中的高维数据可视化 | 自然语言处理 | NA | 大型语言模型、图像处理、传统NLP方法 | LLM | 文本、图像 | 1,203篇论文,包含2,056个高维可视化 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 595 | 2025-11-23 |
BMAL1 insufficiency increases the risk of thoracic aortic aneurysm and dissection
2025-Nov-21, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf259
PMID:41270048
|
研究论文 | 本研究探讨BMAL1表达不足通过诱导血管平滑肌细胞凋亡增加胸主动脉瘤和夹层风险的机制 | 首次揭示BMAL1/REV-ERBα/c-MYC信号轴在TAAD发病中的关键作用,并发现BMAL1激活剂ISX-9和REV-ERBα激动剂SR9009的治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 阐明BMAL1在胸主动脉瘤和夹层发病机制中的作用 | TAAD患者组织样本、BAPN诱导的TAAD小鼠模型、血管平滑肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 转录组分析、空间转录组学、分子检测、组织学分析 | NA | 基因表达数据、组织学图像、分子互作数据 | TAAD患者和BAPN诱导的小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 596 | 2025-11-23 |
Cancer-Associated Fibroblasts Promote Imatinib Resistance in Gastrointestinal Stromal Tumors through PGK1-Mediated Metabolic Reprogramming
2025-Nov-21, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-1404
PMID:41270149
|
研究论文 | 本研究揭示了癌症相关成纤维细胞通过PGK1介导的代谢重编程促进胃肠道间质瘤对伊马替尼耐药的新机制 | 首次发现CAF通过TGF-β1/CCN2/Rack1/PGK1信号轴介导代谢重编程驱动伊马替尼耐药,突破了既往主要关注遗传驱动因素的研究局限 | 研究主要基于共培养模型和单细胞测序,尚未在更大规模的临床队列中验证该机制 | 探索胃肠道间质瘤中肿瘤微环境介导的伊马替尼耐药机制 | 胃肠道间质瘤细胞和癌症相关成纤维细胞 | 肿瘤生物学 | 胃肠道间质瘤 | 单细胞RNA测序, 共培养模型 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 597 | 2025-11-23 |
GPR25 promotes the formation of lung and liver tissue-resident memory CD8 T cells
2025-Nov-21, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adu2089
PMID:41270189
|
研究论文 | 本研究鉴定GPR25作为TGF-β信号诱导的G蛋白偶联受体,调控组织驻留记忆CD8 T细胞的形成 | 首次发现GPR25通过增强TGF-β信号通路促进组织驻留记忆CD8 T细胞发育的新机制 | 未明确GPR25在人类免疫系统中的具体作用机制 | 探索组织驻留记忆CD8 T细胞发育的分子调控通路 | 小鼠模型中的CD8 T细胞 | 免疫学 | 病毒感染和肿瘤 | 单细胞转录组测序,过继转移,肿瘤攻击模型 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 598 | 2025-11-23 |
Realgar-Induced CNS Toxicity: Exploring OTC-Mediated Ornithine Regulation of ZBTB7A Inhibits Astrocyte Glycolysis Based on the Liver-Brain Axis
2025-Nov-21, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202502591
PMID:41270212
|
研究论文 | 本研究通过肝脑轴探讨OTC介导的鸟氨酸调控ZBTB7A抑制星形胶质细胞糖酵解在雄黄诱导中枢神经系统毒性中的作用机制 | 首次揭示雄黄通过肝脑轴调控星形胶质细胞能量代谢的新机制,发现OTC-鸟氨酸-ZBTB7A信号通路在雄黄神经毒性中的关键作用 | 研究主要基于动物模型和细胞系实验,临床转化价值需进一步验证 | 阐明雄黄诱导中枢神经系统毒性的分子机制 | 条件干预动物模型(Zbtb7a敲低/Otc过表达/大黄酚干预)和C8-D1A星形胶质细胞系 | 神经毒理学 | 神经系统毒性 | 单细胞转录组测序,代谢组学分析,神经行为学实验,分子生物学实验,组织病理学实验 | 动物模型,细胞模型 | 基因表达数据,代谢物数据,行为数据,病理数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 599 | 2025-11-23 |
Targeting the SOX9/TIMP1 Axis with iRGD-Conjugated Nanoplatform Enhances Dendritic Cell Function and Photodynamic Immunotherapy in Gastric Cancer
2025-Nov-21, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202510500
PMID:41270217
|
研究论文 | 本研究开发了一种iRGD偶联的纳米平台,通过靶向SOX9/TIMP1轴增强树突状细胞功能并改善胃癌的光动力免疫治疗效果 | 首次揭示SOX9/TIMP1/FAK/PI3K轴在胃癌免疫抑制中的作用,并开发了能够同时实现基因沉默和光动力治疗的多功能纳米颗粒 | 研究主要基于临床前模型,尚未在人体中进行验证 | 开发针对胃癌免疫抑制微环境的联合治疗策略 | 胃癌细胞、树突状细胞、CD8⁺ T细胞 | 生物医学工程 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,光动力治疗,纳米技术 | NA | 基因表达数据,细胞功能数据,动物模型数据 | 胃癌异种移植模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 600 | 2025-11-23 |
Phenotypic characterization and prognostic impact of CD103+ tissue-resident memory T cells in diffuse large B cell lymphoma
2025-Nov-21, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-0445
PMID:41270222
|
研究论文 | 本研究通过免疫荧光、流式细胞术和单细胞RNA测序揭示了弥漫性大B细胞淋巴瘤中CD103+组织驻留记忆T细胞的表型特征及其与良好预后的关联 | 首次在DLBCL中系统表征CD103+ TRM细胞的表型、转录组特征和功能活性,并证实其预后价值 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证结果 | 探究CD103+组织驻留记忆T细胞在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的表型特征和预后意义 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者组织样本 | 免疫肿瘤学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 免疫荧光染色, 流式细胞术, 单细胞RNA测序, CITEseq, 共培养实验 | NA | 组织图像, 流式细胞数据, 单细胞转录组数据 | 两个患者队列的DLBCL样本 | NA | 单细胞RNA测序, CITEseq | NA | NA |