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当前共找到 923 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-09-20 |
CBKMR: A Copula-based Bayesian Kernel Machine Regression Framework for Optimal Marker Detection in Omics Data
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.18.689140
PMID:41332520
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研究论文 | 提出基于Copula的贝叶斯核机器回归框架（CBKMR）及其最近邻GP变体NNCBKMR，用于从组学数据中识别紧凑且可解释的标志物集合 | 首次将Copula方法引入贝叶斯核机器回归框架，使用适合离散结果变量的边际分布，同时用高斯Copula捕捉核诱导的观测间依赖性，解决了传统BKMR对离散结果变量推断有偏和变量选择不稳定的问题；并提出基于最近邻GP的变体NNCBKMR，将计算复杂度从O(n³)降至近线性 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 开发一种能够捕捉基因间非线性关系和高阶交互作用、同时提供原则性特征选择和不确定性量化的多元标志物检测方法，用于区分细胞类型、条件或疾病状态 | 单细胞RNA测序数据集、高通量bulk组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯核机器回归（BKMR）、Copula模型、高斯过程（GP）、最近邻高斯过程 | 组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 42 | 2026-09-20 |
sc4D: spatio-temporal single-cell transcriptomics analysis through embedded optimal transport identifies joint glial response to Alzheimer's disease pathology
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.19.689166
PMID:41332677
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研究论文 | 该文章提出了sc4D，一种基于自编码器嵌入和最优传输的时空单细胞转录组学分析框架，用于阿尔茨海默病小鼠模型的空间转录组数据 | 创新性地将自编码器嵌入与最优传输结合，实现疾病研究中单细胞转录组的时空（4D）联合建模，并预测干预措施 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 精确理解疾病相关的时空转录动态，以提名驱动期望扰动响应的治疗干预措施 | 阿尔茨海默病小鼠模型的纵向空间转录组样本 | 空间转录组学, 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | 自编码器, 最优传输 | 空间转录组数据 | 未在摘要中明确说明样本量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 43 | 2026-09-20 |
Single-Cell RNA Sequencing Uncovers Neutrophil Clusters Associated with Autoimmune Neuroinflammation
2025-Nov-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8012709/v1
PMID:41333423
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序揭示了与自身免疫性神经炎症相关的中性粒细胞亚群，并发现Saa3/SAA1可作为潜在生物标志物和治疗靶点 | 首次在中性粒细胞特异性SOCS3缺失小鼠模型中，通过单细胞RNA测序鉴定出中枢神经系统炎症中的五个中性粒细胞亚群，发现Neu2和Neu4亚群在EAE中扩增，并揭示Saa3/SAA1作为多发性硬化症的潜在生物标志物和治疗靶点 | 研究主要基于小鼠EAE模型，人类多发性硬化症中的验证仅限于血浆SAA1水平的检测，尚未在人类中枢神经系统中验证中性粒细胞亚群的存在及其功能 | 探究中性粒细胞在自身免疫性神经炎症中的特异性作用，并通过单细胞RNA测序揭示中枢神经系统炎症中的中性粒细胞异质性 | 中性粒细胞特异性SOCS3敲除小鼠的EAE模型中的小脑和脊髓中性粒细胞，以及多发性硬化症患者的血浆样本 | 单细胞组学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、图像 | 来自naive和EAE小鼠的小脑和脊髓中性粒细胞，以及多发性硬化症患者和健康对照的血浆样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 44 | 2026-09-20 |
Oncolytic virus-induced IL-1β+ monocyte-IL-6+ CAF axis suppresses dendritic cell-mediated antitumor immunity in pancreatic cancer
2025-Nov-18, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013175
PMID:41253490
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研究论文 | 本研究揭示了溶瘤病毒治疗后胰腺癌中单核细胞-癌症相关成纤维细胞-树突状细胞免疫抑制轴，并开发了工程化溶瘤病毒与CD40激动剂联合治疗策略 | 首次发现溶瘤病毒感染肿瘤细胞后，单核细胞感知损伤相关分子模式和病原体相关分子模式分泌IL-1β，进而诱导CAF产生IL-6，形成IL-6富集微环境抑制DC成熟和共刺激信号，从而削弱T细胞介导的抗肿瘤免疫；同时开发了表达FLT3配体、OX40配体和IL-12的新一代工程化溶瘤单纯疱疹病毒联合CD40激动剂抗体恢复DC功能的治疗策略 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究胰腺导管腺癌中基质成分如何调控溶瘤病毒疗效的机制，并开发克服基质免疫抑制的联合治疗策略 | 小鼠肿瘤模型和患者来源的胰腺导管腺癌肿瘤模型 | 肿瘤免疫学、单细胞转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 文本、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 45 | 2026-09-20 |
Single-cell transcriptomics identifies altered neutrophil dynamics and accentuated T-cell cytotoxicity in tobacco flavored e-cigarette exposed mouse lungs
2025-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.638715
PMID:40027777
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析烟草味电子烟气溶胶暴露小鼠肺部的免疫细胞变化 | 首次在急性鼻暴露模型中揭示不同口味电子烟对小鼠肺部髓系和淋系细胞免疫反应的口味依赖性变化，并发现中性粒细胞动态改变 | 样本量较小（每组每性别2只），仅研究急性暴露，未探讨长期影响 | 确定接触调味电子烟气溶胶后小鼠肺部的细胞特异性免疫变化 | C57BL/6J小鼠肺部细胞 | 单细胞转录组学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、图像数据（免疫荧光） | 71,725个细胞，来自对照组和处理组（每组每性别2只小鼠） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 46 | 2026-09-20 |
CD301b lectin expression in the breast tumor microenvironment augments tumor growth
2025-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.13.584829
PMID:41332518
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研究论文 | 本文研究了C型凝集素受体CD301b在乳腺肿瘤微环境中通过髓系细胞促进肿瘤生长的作用 | 首次发现CD301b凝集素受体通过介导髓系细胞与肿瘤的相互作用促进肿瘤生长，揭示了肿瘤糖基化与凝集素信号之间的联系，并提出CD301b作为重编程乳腺肿瘤免疫微环境的潜在靶点 | 研究主要基于小鼠三阴性乳腺癌模型，人类乳腺癌中CD301b（CLEC10A）的功能验证尚不充分 | 探究肿瘤糖基化与凝集素信号在乳腺肿瘤微环境中的相互作用及其对肿瘤进展的影响 | 小鼠三阴性乳腺癌模型及人类乳腺癌单细胞RNA测序数据 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析 | NA | 基因表达数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 47 | 2026-09-20 |
Comparative Single-Cell Transcriptomics Uncovers Shared and Distinct Molecular Signatures in Cystic Fibrosis and Primary Ciliary Dyskinesia
2025-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.17.688876
PMID:41332697
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研究论文 | 通过比较性单细胞转录组分析，揭示了囊性纤维化（CF）与原发性纤毛运动障碍（PCD）在细胞异质性、分子通路和基因调控网络上的共享与差异特征 | 首次对CF和PCD进行系统的比较性单细胞转录组分析，并结合预训练Transformer模型scGPT进行基因调控网络分析和差异注意力分析，发现PCD中NRF2通路的显著富集以及CF分泌细胞中更强的炎症反应和UPR通路激活 | 使用了公开数据和本组数据的整合分析，样本来源和数量可能有限；scGPT模型的注意力分析结果仍需进一步实验验证；未进行功能实验验证关键通路 | 比较CF与PCD的细胞异质性、分子通路和基因调控网络差异，以揭示两种疾病不同的分子机制并为差异化治疗提供依据 | CF和PCD患者的呼吸道单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 囊性纤维化与原发性纤毛运动障碍 | 单细胞转录组测序 | Transformer | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 48 | 2026-09-20 |
Analysis of clinical, single cell, and spatial data from the Human Tumor Atlas Network (HTAN) with massively distributed cloud-based queries
2025-Nov-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7769205/v1
PMID:41333415
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研究论文 | 本文介绍了人类肿瘤图谱网络（HTAN）开发的基于云的基础设施，将临床和检测元数据转化为Google BigQuery聚合表，以支持大规模多模态肿瘤数据的整合与分析 | 提出了两个关键创新：一是基于溯源信息的HTAN ID表，简化了队列构建和跨检测整合；二是新颖地改编BigQuery的地理空间函数用于空间生物学，实现了肿瘤微环境的邻域和相关性分析 | 摘要中未明确提及该基础设施的具体局限性 | 降低技术和计算门槛，为研究人员提供一个经济高效且直观的入口，以整合、探索和分析大规模多模态肿瘤数据集，加速癌症发现 | HTAN生成的临床数据、单细胞转录组学数据、蛋白质组学数据和多路成像数据 | 数字病理学 | 泛癌种 | 单细胞转录组学, 蛋白质组学, 多重成像 | NA | 图像, 文本, 组学数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Google BigQuery | 通过系统生物学研究所癌症云网关（ISB-CGC）托管的Google BigQuery聚合表基础设施 | |
| 49 | 2026-09-20 |
The Spatial Atlas of Human Anatomy (SAHA): A Multimodal Subcellular-Resolution Reference Across Human Organs
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.16.658716
PMID:40611896
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研究论文 | 该研究构建了人类解剖空间图谱（SAHA），整合空间转录组学、蛋白质组学和组织学特征，覆盖多个器官系统，绘制了健康成人组织的亚细胞分辨率多模态参考图谱 | 首个覆盖多个器官系统的多模态亚细胞分辨率健康成人组织参考图谱，整合了CosMx SMI、10x Xenium、RNAscope、GeoMx DSP和单核RNA-seq等多种平台，涵盖超过1500万个细胞和100多个供体 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 构建健康成人组织的多模态亚细胞分辨率空间参考图谱，为空间诊断和下一代精准医学提供基础框架 | 健康成人胃肠道和免疫组织，以及结直肠癌和炎症性肠病样本 | 空间转录组学 | 结直肠癌, 炎症性肠病 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 单核RNA-seq, 组织学成像 | NA | 图像, 文本 | 超过100个供体，超过1500万个细胞 | Bruker, 10x Genomics, Bio-Techne, NanoString | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 单细胞RNA-seq, 多重免疫荧光 | CosMx SMI, 10x Xenium, RNAscope, GeoMx DSP | CosMx空间分子成像仪（SMI）, 10x Xenium空间基因表达平台, RNAscope原位杂交技术, GeoMx数字空间分析仪（DSP） |
| 50 | 2026-09-20 |
Single-Cell Analysis Reveals a Critical Role for Macrophage Epsins in Regulating the Origin of Foam Cells in Atherosclerosis
2025-11, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323288
PMID:40931837
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示巨噬细胞epsin蛋白在动脉粥样硬化泡沫细胞形成中的关键调控作用，并发现巨噬细胞epsin缺失可抑制泡沫细胞形成并保护血管平滑肌细胞和内皮细胞功能 | 首次报道巨噬细胞特异性epsin表达通过调控血管平滑肌细胞向巨噬细胞转化及内皮功能障碍加速动脉粥样硬化，揭示了epsin作为动脉粥样硬化治疗新靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证epsin调控机制；单细胞RNA测序分析到的细胞亚群功能需进一步实验验证 | 探究巨噬细胞epsin在动脉粥样硬化泡沫细胞形成中的调控作用及其细胞和分子机制 | WT/Apoe-/-小鼠与LysM-DKO/Apoe-/-小鼠（髓系特异性epsin 1/2双敲除） | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 免疫染色, 代谢谱分析, 共培养实验 | NA | 单细胞转录组数据, 图像, 文本 | 19种主要细胞类型，包括6种血管平滑肌细胞亚群和5种巨噬细胞亚群 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 51 | 2026-09-20 |
SpaTM: topic models for inferring spatially informed transcriptional programs
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf657
PMID:41359801
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研究论文 | 该论文提出了SpaTM（空间主题模型），一个用于空间转录组分析的主题建模框架，支持有注释引导和无注释的空间域推断，并能识别具有生物学意义的基因程序 | 提出了统一的空间主题建模框架SpaTM，能够同时支持有注释引导和无注释的空间转录组分析；可以学习代表组织学注释的基因程序，同时在注释有限或嘈杂时推断空间域；将有注释和无注释分析集成到统一框架中，具有高可解释性 | 摘要中未明确说明研究的局限性 | 开发一个统一且可解释的空间转录组分析框架，能够联合进行有注释引导和无注释的空间数据分析，推断具有空间信息的转录程序 | 空间转录组数据，包括背外侧前额叶皮层样本、导管癌样本，以及人类大脑重度抑郁症的大规模snRNA-seq图谱 | 空间转录组学 | 重度抑郁症，导管癌 | 空间转录组学，snRNA-seq | 主题模型（Topic Model） | 空间转录组数据，图像，文本计数矩阵 | NA | NA | 空间转录组学，单核RNA测序 | NA | NA |
| 52 | 2026-09-20 |
Age-Related Changes in Myeloid Cells and Their Impact on Subcutaneous Melanoma Growth in Mice
2025-Nov, Aging and cancer
DOI:10.1002/aac2.70006
PMID:41409350
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研究论文 | 本研究探究了衰老如何改变Gr-1+髓系细胞功能及其对小鼠皮下黑色素瘤生长和免疫治疗反应的影响 | 揭示了衰老对黑色素瘤生长和免疫治疗反应的影响具有情境依赖性，并非普遍存在；发现髓过氧化物酶部分驱动了Gr-1+髓系细胞介导的免疫抑制，髓过氧化物酶缺陷可消除年龄依赖性肿瘤生长差异并改善免疫治疗反应 | 研究仅使用YUMM黑色素瘤细胞系和野生型及髓过氧化物酶缺陷小鼠模型，可能无法完全反映人类黑色素瘤的复杂性；仅评估了2、6和12月龄小鼠，年龄跨度有限 | 表征衰老如何改变Gr-1+髓系细胞功能及其对黑色素瘤生长和免疫治疗反应的影响 | 2、6和12月龄野生型小鼠及同系髓过氧化物酶缺陷小鼠，YUMM黑色素瘤细胞系 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 图像，文本 | 多个年龄组（2、6、12月龄）的野生型和髓过氧化物酶缺陷小鼠，多种YUMM黑色素瘤细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 53 | 2026-09-19 |
CRATER tumor niches facilitate CD8+ T cell engagement and correspond with immunotherapy success
2025-Nov-26, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.09.021
PMID:41109214
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研究论文 | 该研究通过斑马鱼黑色素瘤的长期活体成像和高分辨率空间转录组学以及人类黑色素瘤的多重成像，鉴定出位于基质-黑色素细胞边界的CRATER区域，该区域富含抗原呈递分子和CD8+ T细胞，是免疫治疗中T细胞激活和肿瘤杀伤的主要场所 | 首次鉴定出CRATER（抗原呈递和T细胞参与及滞留的癌症区域）这一位于基质-黑色素细胞边界的特殊结构，揭示了其在免疫治疗中作为CD8+ T细胞激活和肿瘤杀伤主要场所的功能，并发现CRATER密度升高与免疫检查点阻断治疗的临床应答相关 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 鉴定免疫治疗过程中促进免疫应答的肿瘤区域结构，并探索其与免疫治疗成功的关联 | 斑马鱼内源性黑色素瘤和人类黑色素瘤 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | 长期活体成像、高分辨率空间转录组学、多重成像 | NA | 图像 | 斑马鱼内源性黑色素瘤模型及人类黑色素瘤活检样本（具体数量未提及） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 54 | 2026-09-19 |
LETM2 regulates mitochondrial function and autophagy in diabetic foot ulcers: implications for oxidative stress and therapeutic targeting
2025-Nov-22, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01748-1
PMID:41272316
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研究论文 | 该研究通过分析糖尿病足溃疡的RNA测序数据，鉴定出LETM2基因在调节线粒体功能和自噬中的关键作用，并探讨其作为治疗靶点的潜力 | 首次发现LETM2在糖尿病足溃疡中与线粒体功能障碍相关，并通过单细胞RNA测序验证其在内皮细胞中的表达增加，揭示了LETM2在氧化应激下维持线粒体功能的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证和临床治疗试验 | 探索糖尿病足溃疡中与线粒体功能障碍和氧化应激相关的关键基因，并验证其作为治疗靶点的可能性 | 糖尿病足溃疡患者样本、对照样本、人脐静脉内皮细胞 | 数字病理学 | 糖尿病足溃疡 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | LASSO, SVM-RFE | RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据 | 使用GSE134431和GSE80178数据集，以及GSE245703单细胞RNA测序数据，并验证了本机构的DFU样本和对照 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 55 | 2026-09-19 |
Selective AMPKβ1 activation induces fetal hemoglobin in human erythroid cells and sickle cell mice via the noncanonical NRF2 pathway
2025-11-21, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adx1144
PMID:41259521
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研究论文 | 本研究发现选择性AMPKβ1激活剂通过非经典NRF2通路诱导红细胞中胎儿血红蛋白表达，并在镰状细胞病小鼠模型中验证了其治疗效果 | 首次揭示AMPKβ1亚型在红系谱系中占主导地位，并证明选择性AMPKβ1激活可通过非经典NRF2通路（ULK1和SQSTM1磷酸化）诱导胎儿血红蛋白，独立于直接的KEAP1抑制 | 研究主要基于体外细胞实验和Townes镰状细胞病小鼠模型，尚未进行人体临床试验，长期安全性和有效性有待进一步验证 | 探索选择性AMPKβ1激活诱导胎儿血红蛋白治疗镰状细胞病的可行性及其分子机制 | 人红系细胞（来自镰状细胞病供者）和Townes镰状细胞病小鼠 | 机器学习 | 镰状细胞病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 骨髓细胞（单细胞RNA测序）及镰状细胞病供者红系细胞和Townes镰状细胞病小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 56 | 2026-09-19 |
Gene-metabolite interactions in aortic dissection: Insights from metabolic and single-cell analyses
2025-Nov-21, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000045846
PMID:41305697
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研究论文 | 该研究整合单细胞RNA测序、代谢组学、机器学习和孟德尔随机化，揭示主动脉夹层中平滑肌细胞变化及基因-代谢物相互作用网络 | 首次整合单细胞RNA测序、代谢组学、机器学习和孟德尔随机化多组学方法，构建APOE和PLTP调控胆固醇酯和甘油三酯影响平滑肌细胞功能及主动脉夹层进展的基因-代谢物网络 | 代谢组学样本量较小（仅9例：6例主动脉夹层，3例对照），可能影响代谢物分析的统计效力 | 探索主动脉夹层的发病机制，重点研究平滑肌细胞变化及基因-代谢物相互作用 | 主动脉夹层患者与对照的主动脉组织单细胞及代谢组学样本 | 机器学习 | 主动脉夹层 | 单细胞RNA测序, 代谢组学, 孟德尔随机化 | 机器学习 | 图像, 文本 | 单细胞RNA测序数据集GSE213740和GSE155468，代谢组学9例样本（6例主动脉夹层，3例对照） | NA | 单细胞RNA测序, 代谢组学 | NA | NA |
| 57 | 2026-09-19 |
Pan-cancer NK cell-related immunotherapy signatures for predicting PD-1 treatment response
2025-Nov-21, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000045753
PMID:41305714
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研究论文 | 该研究结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，利用机器学习算法构建了泛癌自然杀伤细胞免疫治疗预测模型（NKCIPM），用于预测PD-1治疗反应 | 构建了泛癌NK细胞免疫治疗预测模型（NKCIPM），整合了6种癌症类型164个样本的单细胞RNA测序数据与批量RNA测序数据，鉴定出7个关键枢纽基因，并发现APOE是最具影响力的枢纽基因 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 建立泛癌NK细胞免疫治疗预测模型，预测免疫检查点抑制剂治疗反应，为临床决策提供依据 | 6种癌症类型的肿瘤样本，涉及NK细胞及肿瘤微环境中的免疫细胞 | 机器学习 | 泛癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA-seq | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 164个样本，涵盖6种癌症类型 | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 58 | 2026-09-19 |
S100A12 as a key biomarker in a neutrophil-associated gene prediction model for sepsis diagnosis
2025-Nov-21, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000046140
PMID:41305822
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研究论文 | 该研究利用单细胞RNA测序数据和113种机器学习框架构建了脓毒症诊断模型，并鉴定出S100A12为关键驱动生物标志物 | 结合113种机器学习框架与SHAP分析构建脓毒症诊断模型，并首次鉴定S100A12作为脓毒症关键驱动生物标志物 | 未提及 | 开发脓毒症诊断模型并鉴定关键驱动生物标志物 | 脓毒症患者与健康对照者的外周血样本 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | 随机森林（RF） | 基因表达数据 | 未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 59 | 2026-09-19 |
CONCERT predicts niche-aware perturbation responses in spatial transcriptomics
2025-Nov-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.08.686890
PMID:41292874
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研究论文 | 提出CONCERT，一种基于生态位感知的生成模型，利用高斯过程变分自编码器预测空间转录组学中的扰动响应，并在肺部Perturb-map数据集和两种疾病案例中进行验证 | 提出生态位感知的生成模型CONCERT，将扰动上下文嵌入并通过高斯过程变分自编码器学习空间核函数；形式化定义三种预测任务（patch、border、niche）；能够重建未测量时间点的空间基因表达并实现跨非配对小鼠的纵向比较 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 预测空间转录组学中遗传或化学编辑对基因表达的影响，并建模扰动效应在组织微环境中的传播 | Perturb-map肺部数据集、DSS诱导结肠炎模型、缺血性卒中模型 | 空间转录组学 | 肺癌, 结肠炎, 缺血性卒中 | 空间扰动转录组学 | 高斯过程变分自编码器, 生成模型 | 空间转录组数据, 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 60 | 2026-09-19 |
Constructing a novel MPT-driven necrosis-associated gene set for predicting prognosis and immune status in skin cutaneous melanoma
2025-Nov-18, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-025-06370-z
PMID:41254408
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研究论文 | 该研究基于39个MPT驱动坏死相关基因，利用TCGA和GEO等数据集构建了一个五基因预后模型，用于预测皮肤黑色素瘤患者的预后和免疫状态 | 首次构建了MPT驱动坏死相关基因集（MPTDNRGS）用于皮肤黑色素瘤预后预测，并结合单细胞RNA测序揭示了BIRC3在T细胞功能耗竭中的潜在调控作用 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床验证和实验功能验证 | 构建并验证MPT驱动坏死相关基因预后模型，评估其在皮肤黑色素瘤预后和免疫状态预测中的价值 | 皮肤黑色素瘤患者样本及公共数据库中的基因表达数据 | 机器学习 | 皮肤黑色素瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Cox回归, LASSO回归 | 基因表达数据, 文本 | TCGA-SKCM和GTEx数据集，以及GEO队列GSE19234和GSE65904 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |