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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-05-23 |
DISSyphilis and the Risk of HIV Infection: A Mendelian Randomization Study
2025-11, AIDS research and human retroviruses
IF:1.5Q4
DOI:10.1089/AID.2024.0005
PMID:39086230
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化分析评估梅毒对HIV感染的因果效应,并探讨RPAIN基因的作用 | 首次利用孟德尔随机化方法证明梅毒与HIV感染之间存在直接的因果关系,并发现rs138697742变异通过上调RPAIN基因表达促进HIV感染进程,提出RPAIN/GALECTIN作为潜在治疗靶点 | 未明确指出局限性,但可能包括GWAS数据的样本限制或MR方法的潜在混杂因素 | 评估梅毒对HIV感染的因果效应,并探索相关分子机制 | 梅毒与HIV感染的基因组关联研究数据及HIV感染者的单细胞RNA测序数据 | 机器学习和数字病理 | 性传播疾病及HIV感染 | GWAS、单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析 | 加权中位数、MR Egger、逆方差加权模型 | 基因表达数据和单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 42 | 2026-05-23 |
Role of long-chain acyl-CoA synthetases in MASH-driven hepatocellular carcinoma and ferroptosis
2025-11-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
DOI:10.1152/ajpgi.00096.2025
PMID:40875358
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research paper | 本研究描述了MASH相关肝细胞癌中的脂质代谢特征并阐明了长链酰基辅酶A合成酶在铁死亡中的作用 | 首次整合了人类MASH-HCC组织的批量RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学和免疫组化数据,揭示了ACSL4和ACSL5的差异表达及空间异质性,并发现ACSL4通过调节肿瘤免疫微环境影响铁死亡敏感性 | 体外实验仅使用人类肝细胞癌细胞系,缺乏体内铁死亡验证;小鼠模型可能无法完全模拟人类MASH-HCC的复杂性 | 研究MASH相关肝细胞癌中长链酰基辅酶A合成酶的表达异质性及其对铁死亡敏感性的影响 | 健康人类MASH和MASH相关肝细胞癌组织样本,人类肝细胞癌细胞系,以及饮食诱导的MASH-HCC实验小鼠模型 | machine learning, 数字病理学 | 肝细胞癌, 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组化, 铁死亡体外评估 | NA | 基因表达数据, 图像, 文本 | 人类MASH-HCC组织样本和小鼠MASH-HCC模型样本(具体数量未给出) | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 43 | 2026-05-22 |
Putative muscle stem cells promote Xenopus tail regeneration by modifying macrophage function via c1qtnf3
2025-Nov-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2504410122
PMID:41264239
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研究论文 | 研究发现假定的肌肉干细胞通过c1qtnf3调节巨噬细胞功能,促进非洲爪蟾尾部再生 | 首次揭示了肌肉干细胞通过c1qtnf3基因调控巨噬细胞功能以促进尾部再生的机制 | 研究主要基于非洲爪蟾模型,其结论在哺乳动物中的适用性尚未验证 | 探究尾部再生过程中组织干细胞的动态行为及其调控机制 | 非洲爪蟾蝌蚪的侧群细胞和假定肌肉干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9基因敲低 | NA | 基因表达数据 | 侧群细胞样本,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 44 | 2026-05-22 |
Engineering a spatiotemporal macrophage circuit via STING phase separation to override immune suppression in pancreatic cancer
2025-Nov-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2504718122
PMID:41264244
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研究论文 | 通过STING相分离工程化时空巨噬细胞回路以克服胰腺癌免疫抑制 | 首次利用STING相分离机制构建巨噬细胞重编程平台PMMB,通过时空顺序控制实现TAM从免疫抑制向抗肿瘤表型转化 | 目前仅在临床前模型验证,缺乏人体临床试验数据,且STING相分离的长期安全性待评估 | 开发克服胰腺导管腺癌免疫抑制微环境的巨噬细胞靶向免疫治疗新策略 | 胰腺导管腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)亚群及CD8+T细胞 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个单细胞RNA测序数据集,具体数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 测序平台 |
| 45 | 2026-05-22 |
Precise combination therapy of radiotherapy and immunotherapy guided by joint PD-L1 imaging and T-cell imaging
2025-Nov-19, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012300
PMID:41260899
|
研究论文 | 通过SPECT/CT成像技术联合监测肿瘤PD-L1表达和肿瘤浸润T细胞,指导放疗与PD-1/PD-L1阻断治疗的精准联合方案,提升疗效和安全性 | 首创利用SPECT/CT成像同时监测肿瘤PD-L1表达动态变化和T细胞浸润改变,实现联合治疗的时机指导与预后预测,提升个体化精准治疗水平 | 未明确提及研究局限,但可推断成像策略的临床转化仍需更大规模验证,且不同肿瘤模型间的疗效差异需进一步解析 | 探索利用PD-L1成像和T细胞成像联合指导放疗与免疫治疗精准组合的策略,以提高疗效和安全性,推动个体化精准癌症治疗 | 免疫热肿瘤和免疫冷肿瘤模型(小鼠) | 数字病理学 | 癌症 | SPECT/CT成像、单细胞RNA测序 | NA | 成像数据、单细胞转录组数据 | 免疫热和冷肿瘤小鼠模型,含多个时间点的成像和单细胞测序样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序用于分析肿瘤微环境变化 |
| 46 | 2026-05-22 |
Oligoclonal tumor-specific CD8 T-cell revival and IRE1α/XBP1-GDF15-mediated immunosuppressive niches determine neoadjuvant chemoimmunotherapy efficacy in cervical cancer
2025-Nov-19, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012630
PMID:41260902
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序、VDJ测序和空间转录组学分析,揭示了新辅助化学免疫治疗在局部晚期宫颈癌中疗效的决定因素,即寡克隆肿瘤特异性CD8+T细胞复苏和IRE1α/XBP1-GDF15介导的免疫抑制微环境 | 首次阐明了IRE1α/XBP1-GDF15轴在药物耐受持久细胞(DTP)中介导的ER应激信号如何形成免疫抑制微环境,并影响新辅助化学免疫治疗疗效 | NA | 探究新辅助化学免疫治疗在局部晚期宫颈癌中疗效差异的微环境动态决定因素 | 局部晚期宫颈癌患者的肿瘤微环境,包括肿瘤细胞、CD8+T细胞、髓系细胞等 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞VDJ测序, 空间转录组学, 多重免疫组化, 小鼠模型 | NA | RNA-seq数据,单细胞转录组数据,空间转录组数据,免疫组化图像 | 10例患者(5对治疗前后配对样本),另外23例患者用于验证,6例手术切除标本用于多重免疫组化分析 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA-seq, 单细胞VDJ-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium Single Cell 3'用于单细胞RNA-seq和VDJ-seq,空间转录组学平台用于空间分析 |
| 47 | 2026-05-22 |
USP2-mediated PPARγ stabilization promotes hepatocellular carcinoma progression and M2 macrophage polarization via oleic acid
2025-Nov-04, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012721
PMID:41193183
|
研究论文 | 本文发现USP2通过去泛素化稳定PPARγ,促进肝细胞癌进展和油酸介导的M2巨噬细胞极化 | 首次揭示USP2通过K48位去泛素化稳定PPARγ,促进脂肪酸合成和油酸分泌,进而诱导M2巨噬细胞极化并形成IL-10/STAT3/USP2正反馈环路 | NA | 探究去泛素化酶USP2在肝细胞癌进展和肿瘤微环境免疫调节中的作用机制 | 肝细胞癌患者来源类器官、HCC细胞系、动物模型及共培养系统 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、免疫共沉淀、CUT&RUN、ELISA、质谱分析 | NA | 单细胞转录组数据、免疫组化数据、代谢数据 | 肝细胞癌患者类器官、细胞系及动物模型样品 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'端测序平台 |
| 48 | 2026-05-22 |
TRIB3 promotes endometrial cancer progression through interacting with E2F1 and enhancing PKM2-mediated tumor glycolysis
2025-11, Gynecologic oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.ygyno.2025.09.008
PMID:40997650
|
研究论文 | 探究TRIB3通过与E2F1相互作用并增强PKM2介导的肿瘤糖酵解来促进子宫内膜癌进展的机制 | 首次揭示TRIB3通过稳定E2F1并增强PKM2转录来促进子宫内膜癌的恶性行为和糖酵解,并鉴定出吲达帕胺作为TRIB3的化合物抑制剂 | 未提及具体局限性 | 探究TRIB3在子宫内膜癌中的作用及其潜在机制 | 子宫内膜癌组织和细胞 | 机器学习 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 蛋白质印迹, 免疫共沉淀, 双荧光素酶报告实验, 免疫荧光双染, 泛素化实验, 染色质免疫沉淀 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 人类子宫内膜癌和癌旁非肿瘤组织,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 49 | 2026-05-21 |
Deciphering neutrophil dynamics in the focal lesion tumor microenvironment to overcome immunosuppression in multiple myeloma
2025-Nov-13, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025028963
PMID:40758944
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤局灶病变微环境中的中性粒细胞动态,揭示三种具有免疫抑制功能的中性粒细胞亚群,并发现CXCR2阻断可改善治疗效果 | 首次在多发性骨髓瘤局灶病变微环境中发现三种表达CXCR2的成熟中性粒细胞亚群,并揭示TREM1+CD10+亚群在局灶病变中的高免疫抑制活性,同时验证CXCR2阻断作为新治疗策略的潜力 | 未提及具体局限性,但可能涉及样本量有限、需要进一步验证临床转化可行性等 | 阐明中性粒细胞在多发性骨髓瘤免疫抑制微环境中的功能机制,并探索新的治疗靶点 | 多发性骨髓瘤患者的骨髓和局灶病变组织中的中性粒细胞 | 机器学习 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序、免疫荧光成像、功能分析 | NA | 单细胞转录组数据、免疫荧光图像 | 多发性骨髓瘤患者样本(具体数量未在摘要中说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序 |
| 50 | 2026-05-20 |
PHD-MS: Multiscale Domain Identification for Spatial Transcriptomics via Persistent Homology
2025-Nov-11, ArXiv
PMID:41293536
|
研究论文 | 该论文提出一种基于持续同调的多尺度空间结构识别方法PHD-MS,用于空间转录组学数据中不同形态尺度的组织结构解析 | 首次将拓扑数据分析中的持续同调方法应用于空间转录组学领域,实现跨形态尺度的空间结构识别,超越了传统单尺度聚类方法的局限性 | 对前沿区域等异质性区域的结构解析可能仍需进一步优化 | 开发一种能同时识别空间转录组数据中多尺度组织结构的新算法 | 多种组织类型的空间转录组数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 持续性同调 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 51 | 2026-05-19 |
High-resolution single-cell analyses reveal evolutionary constraints and evolvability of sexual circuits in Drosophila
2025-Nov-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2516083122
PMID:41248285
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研究论文 | 利用高分辨率单细胞转录组学分析揭示了Drosophila物种中性别决定基因标记的神经回路的进化约束和可进化性 | 首次在高分辨率水平上描绘了四种果蝇物种中由性别决定基因标记的84种分子独特的细胞类型,并揭示了神经肽信号通路的细胞类型特异性进化更替 | 研究未探讨这些进化变化在行为层面的直接功能影响,且样本仅限于Drosophila属的少数物种 | 理解神经细胞和分子组成如何进化以编码物种特异性行为,特别是雄性性行为的多样性 | Drosophila属(包括D. melanogaster、D. simulans、D. yakuba和D. erecta)中由性别决定基因标记的性回路神经元 | 机器学习, 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 四种果蝇物种的性回路细胞,具体数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 52 | 2026-05-16 |
Gene-metabolite interactions in aortic dissection: Insights from metabolic and single-cell analyses
2025-Nov-21, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000045846
PMID:41305697
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研究论文 | 该研究整合单细胞RNA测序、代谢组学、机器学习和孟德尔随机化方法,探讨主动脉夹层中平滑肌细胞变化及基因-代谢物相互作用 | 首次构建主动脉夹层的基因-代谢物网络,明确APOE和PLTP通过调节胆固醇酯和甘油三酯影响平滑肌细胞功能及疾病进展 | 样本量较小(9个代谢组学样本),且未提供功能验证实验 | 探索主动脉夹层的发病机制,寻找潜在治疗靶点 | 主动脉夹层组织样本中的平滑肌细胞及代谢物 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、代谢组学、机器学习、孟德尔随机化 | Seurat、Monocle2、机器学习模型 | 单细胞基因表达数据、代谢组学数据 | 9个样本(6个主动脉夹层,3个对照) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 53 | 2026-05-16 |
Pan-cancer NK cell-related immunotherapy signatures for predicting PD-1 treatment response
2025-Nov-21, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000045753
PMID:41305714
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研究论文 | 利用机器学习和单细胞RNA测序数据构建泛癌自然杀伤细胞免疫治疗预测模型(NKCIPM),用于预测PD-1治疗反应 | 首次通过整合多种癌症类型的单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据,结合机器学习算法,建立泛癌水平的NK细胞免疫治疗预测模型,并鉴定出APOE作为关键枢纽基因 | NK细胞在癌症中的全面研究仍有限,尤其是对免疫治疗反应的影响 | 建立泛癌NK细胞免疫治疗预测模型,评估免疫治疗反应并指导临床决策 | 自然杀伤细胞及其在肿瘤微环境中的特征基因 | 机器学习 | 泛癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据 | 164份样本(6种癌症类型) | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 54 | 2026-05-16 |
S100A12 as a key biomarker in a neutrophil-associated gene prediction model for sepsis diagnosis
2025-Nov-21, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000046140
PMID:41305822
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序和机器学习框架构建败血症诊断模型,并识别S100A12为关键生物标志物 | 通过113种机器学习框架结合SHAP分析,从单细胞数据中筛选出4个中性粒细胞相关基因构建最优诊断模型,并首次强调S100A12作为关键驱动基因和潜在治疗靶点 | 未提及具体局限性,可能包括样本来源单一、缺乏多中心验证或模型泛化性待评估 | 开发败血症诊断模型并识别关键驱动生物标志物 | 败血症患者和健康对照者的外周血样本 | 机器学习 | 败血症 | 单细胞RNA测序 | 随机森林(RF)模型 | 单细胞基因表达数据 | 来自GEO数据库的公开数据,具体规模未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 55 | 2026-05-16 |
Brain tumors induce widespread disruption of calvarial bone and alteration of skull marrow immune landscape
2025-Nov, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02064-4
PMID:41044343
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研究论文 | 脑肿瘤(胶质母细胞瘤)会导致颅骨异常和颅骨骨髓免疫景观改变 | 首次揭示胶质母细胞瘤对颅骨和颅骨骨髓免疫环境的影响,并发现抑制骨吸收会促进肿瘤进展并削弱免疫治疗效果 | 未在文中明确提及 | 探究脑肿瘤(胶质母细胞瘤)对颅骨和颅骨骨髓免疫景观的影响 | 小鼠模型和胶质母细胞瘤患者 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 小鼠模型和胶质母细胞瘤患者(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 56 | 2026-05-15 |
Single-Cell Analysis Reveals a Critical Role for Macrophage Epsins in Regulating the Origin of Foam Cells in Atherosclerosis
2025-Nov, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323288
PMID:40931837
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示巨噬细胞Epsin在调控动脉粥样硬化泡沫细胞起源中的关键作用 | 首次发现巨噬细胞特异性Epsin缺失可减少泡沫细胞形成,并揭示其对血管平滑肌细胞向巨噬细胞转化的抑制作用 | 未具体说明,但可能包括小鼠模型与人类的差异,需进一步在人体中验证 | 探究巨噬细胞Epsin在动脉粥样硬化中调控泡沫细胞起源的细胞与分子机制 | 巨噬细胞Epsin对动脉粥样硬化小鼠模型的泡沫细胞形成、血管平滑肌细胞和内皮细胞表型的影响 | 生物信息学 | 心血管疾病(动脉粥样硬化) | 单细胞RNA测序、代谢分析、qRT-PCR、免疫染色、共培养实验 | NA | 单细胞转录组数据 | WT/Apoe-/-和LysM-DKO/Apoe-/-小鼠(每组3只?具体数量未明确) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 57 | 2026-05-15 |
scRNA-seq of Penaeus japonicus hemocytes under environmentally-induced restriction of sand-diving behavior
2025-11, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111125
PMID:41038398
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析日本对虾血细胞在环境诱导的沙潜行为限制下的分子响应 | 首次利用单细胞转录组技术研究日本对虾血细胞在底质缺失条件下的分子变化,识别出与沙潜行为调控相关的关键候选基因 | 关键候选基因(如trpa1、trpm和cut蛋白家族)的具体功能有待进一步验证 | 探究日本对虾在沙潜行为受限时的分子响应机制 | 日本对虾(Penaeus japonicus)血细胞 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qRT-PCR、RNA原位杂交 | NA | 基因表达数据 | 日本对虾血细胞样品,涉及三种培养系统(沙组、无沙组、无沙应激组) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 58 | 2026-05-15 |
ScASplicer: An interactive shiny/R application for alternative splicing analysis of single-cell sequencing
2025-11, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111116
PMID:41038402
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研究论文 | 开发了一个名为ScASplicer的交互式Shiny/R应用程序,用于单细胞测序的可变剪接分析 | 通过开发Python包简化输入文件生成并扩展MARVEL至多细胞群体分析,首次提供无需编程的交互式单细胞可变剪接探索平台 | 未说明限制条件 | 为单细胞RNA测序的可变剪接分析提供一个通用且用户友好的网络应用程序 | 单细胞RNA测序数据中的可变剪接事件 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 59 | 2026-05-15 |
SerpinB2 promotes the proliferation of glioma cells by regulating the cell cycle through the Wnt/β-catenin signaling pathway
2025-11, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111148
PMID:41176096
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研究论文 | 本文结合转录组测序和单细胞转录组分析,揭示了SerpinB2通过Wnt/β-catenin信号通路调控细胞周期促进胶质瘤细胞增殖的分子机制 | 首次利用转录组与单细胞转录组联合分析阐明SerpinB2在胶质瘤中的促增殖机制,并通过Wnt/β-catenin通路调控细胞周期S期 | 未提及具体局限性,可能包括样本量有限及动物模型与人类肿瘤的差异 | 阐明SerpinB2在胶质瘤细胞增殖中的分子机制 | 胶质瘤细胞及荷瘤小鼠模型 | 机器学习和数字病理学 | 胶质瘤 | 转录组测序、单细胞测序 | NA | 转录组序列数据、单细胞转录组数据 | CGGA和TISCH数据库中的胶质瘤样本及荷瘤小鼠 | NA | 单细胞转录组学、批量RNA测序 | NA | NA |
| 60 | 2026-05-15 |
A bioinformatics pipeline for identifying homoplasmic and heteroplasmic mitochondrial DNA SNVs in single-cell RNA-Seq datasets
2025-11, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111122
PMID:41061772
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研究论文 | 开发了一个用于在单细胞RNA测序数据中鉴定同质和异质性线粒体DNA单核苷酸变异的生物信息学流程 | 该流程通过质控、比对到线粒体基因组、SNV识别和注释,并使用覆盖率阈值检测异质性,同时过滤测序错误和新颖的删除策略,包括链偏倚、RNA修饰错误和过度代表变异 | 未在本文中明确讨论,但可能依赖于scRNA-seq数据的质量和现有比对方法的准确性 | 提高从公共scRNA-seq数据中可靠检测mDNA SNV的能力,理解其机制和临床表现 | 单细胞RNA测序数据中的线粒体DNA同质和异质性单核苷酸变异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |