单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 1144 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
41	2025-12-16	Empirical Evaluation of Single-Cell Foundation Models for Predicting Cancer Outcomes 2025-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.10.31.685892 PMID:41279698	研究论文	本文系统评估了九种单细胞基础模型和三种基线方法在六项癌症相关任务中的表现，以探索其在预测癌症临床结果方面的实用性	首次对多种单细胞基础模型在癌症患者临床结果预测任务上进行系统性评估，并比较了零样本学习、持续训练和微调等不同条件下的性能	当前单细胞基础模型在预测癌症患者临床和生物学结果方面相比简单基线模型优势有限，且需要更多癌症单细胞队列数据支持	评估单细胞基础模型在癌症临床相关任务中的表现，推动其在精准肿瘤学中的应用	单细胞RNA测序数据，癌症患者样本	机器学习	癌症	单细胞RNA测序	基础模型，基线模型	单细胞RNA测序数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
42	2025-12-16	Spatial Transcriptomics Identify T Cell-Driven Mechanisms of Kidney Damage in Immune Checkpoint Inhibitor-Associated Acute Interstitial Nephritis 2025-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.10.31.685702 PMID:41280053	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了免疫检查点抑制剂相关急性间质性肾炎（ICI-AIN）中T细胞驱动的肾脏损伤机制	首次应用亚细胞分辨率空间转录组学平台（Xenium Prime 5K）比较ICI-AIN与ICI-ATN的肾脏组织细胞组成，识别出独特的炎症微环境及CD8+ T细胞通过IFN-γ驱动髓系细胞炎症程序的空间交互机制	样本量较小（仅8例活检标本），且为观察性研究，需更大规模验证	阐明免疫检查点抑制剂相关急性间质性肾炎（ICI-AIN）的炎症发生机制	接受免疫检查点抑制剂治疗患者的肾脏活检组织（4例ICI-AIN，4例ICI-ATN）	空间转录组学	肾脏疾病	空间转录组学	NA	空间转录组数据	8例肾脏活检标本（4例ICI-AIN，4例ICI-ATN），共分析332,000个细胞	10x Genomics	空间转录组学	Xenium Prime 5K	Xenium Prime 5K空间转录组学平台（亚细胞分辨率）
43	2025-12-16	Acetoacetate suppresses colon cancer via an MR1-MAIT axis 2025-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.10.29.685375 PMID:41279095	研究论文	本研究揭示了外源性酮体乙酰乙酸通过MR1-MAIT细胞轴抑制结肠癌生长的机制	首次阐明乙酰乙酸通过转化为甲基乙二醛，与微生物衍生的5-A-RU结合生成强效MR1配体5-OP-RU，从而选择性扩增并激活细胞毒性MAIT细胞的抗肿瘤机制	研究主要基于临床前模型，人类细胞培养实验的体内转化效果仍需验证，且未涉及长期安全性评估	探索乙酰乙酸在结直肠癌治疗中的免疫调节作用及分子机制	结直肠癌临床前模型、肿瘤单核细胞、MAIT细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、遗传学敲除、抗体介导的细胞耗竭	NA	基因表达数据、细胞表型数据	多个临床前结直肠癌模型	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
44	2025-12-16	A molecular map of the human spinal dorsal and ventral horn defines arrangement of neuronal types and glial sex differences 2025-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.10.31.685953 PMID:41279941	研究论文	本研究通过深度单核测序和空间转录组学技术，绘制了人类脊髓背角和腹角的分子图谱，揭示了神经元类型的空间排列和胶质细胞的性别差异	首次结合单核测序和单分子空间转录组学，系统解析了人类脊髓背角和腹角的细胞多样性空间特性，并发现了胶质细胞在转录组水平的性别特异性类型和状态	研究基于死后器官捐赠者组织，样本量相对较小（11例），且可能无法完全反映活体生理状态	理解人类脊髓的细胞多样性空间特性和性别差异，以促进脊髓生理学和神经系统疾病（特别是疼痛）药物靶点的研究	人类腰椎脊髓背角和腹角组织样本	数字病理学	神经系统疾病	单核测序, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	11例器官捐赠者（6名女性，5名男性）的腰椎脊髓样本	10x Genomics	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	10x Xenium	10x Xenium 单分子空间转录组学平台
45	2025-12-16	SpaTM: topic models for inferring spatially informed transcriptional programs 2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf657 PMID:41359801	研究论文	本文提出了一种名为SpaTM的空间主题模型框架，用于从注释引导和无注释角度联合分析空间转录组数据，以推断空间信息化的转录程序	SpaTM能够同时进行注释引导和无注释的空间转录组分析，学习基于组织学的基因程序，并在手动注释有限或嘈杂时推断空间域，提供了一个统一且可解释的分析框架	NA	开发一个统一的框架来分析和解释空间转录组数据，以增强对组织结构和疾病的理解	空间转录组数据，具体应用于背外侧前额叶皮层和导管癌样本，以及人类大脑中的大规模单核RNA测序图谱	空间转录组学	抑郁症	空间转录组学	主题模型	空间转录组数据	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
46	2025-12-15	Integrating Functional Genomic Screens and Multi-Omics Data to Construct a Prognostic Model for Lung Adenocarcinoma and Validating SPC25 2025-Nov-29, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17233844 PMID:41375045	研究论文	本研究通过整合功能基因组筛选和多组学数据，构建了一个用于肺腺癌的预后风险评分模型，并验证了核心基因SPC25的致癌作用	整合了CRISPR-Cas9功能基因组筛选数据与患者多组学数据来构建预后模型，并通过体内外实验和单细胞RNA-seq分析验证了核心基因SPC25的生物学功能	模型验证主要依赖于公共数据集（如TCGA和GEO），未来需要在更大规模的前瞻性临床队列中进一步验证	开发可靠的肺腺癌预后生物标志物和发现新的治疗靶点	肺腺癌细胞系、患者肿瘤样本（来自TCGA和GEO数据库）以及小鼠异种移植模型	生物信息学与计算生物学	肺腺癌	CRISPR-Cas9筛选、转录组学分析、单细胞RNA-seq	LASSO回归、多变量Cox回归模型	基因组筛选数据、转录组数据、单细胞RNA-seq数据	TCGA-LUAD队列患者数据、独立GEO数据集、真实世界免疫治疗队列以及体内外实验样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
47	2025-12-15	Single-Cell Omics in Legumes: Research Trends and Applications 2025-Nov-27, Plants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/plants14233615 PMID:41375325	综述	本文综述了单细胞组学在豆科植物中的应用进展，重点关注其在植物发育、病原体响应、应激可塑性及根瘤共生建立中的作用	强调了从批量组学到单细胞多组学的转变，并展望了构建整合豆科植物细胞图谱的未来方向	当前单细胞组学技术在豆科植物研究中仍存在局限性，如技术整合不足和样本覆盖有限	探讨单细胞组学在豆科植物研究中的应用趋势，以支持转化研究和作物改良	豆科植物，包括特定物种如Medicago truncatula、Lotus japonicus、Glycine max和Phaseolus vulgaris	植物生物学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学、单细胞表观基因组学	NA	基因表达数据、表观遗传数据	NA	NA	单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、空间转录组学	NA	NA
48	2025-12-15	A spatially informed matrix normal model for gene co-expression analysis in spatial transcriptomics studies 2025-Nov-26, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf1264 PMID:41370198	研究论文	本文提出了一种名为spMOCA的统计框架，用于在空间转录组学研究中推断基因共表达网络，同时显式建模空间依赖性	引入矩阵正态模型，联合考虑基因-基因和空间协方差，将内在共表达关系与空间诱导效应分离，相比现有方法能更准确、无偏地估计基因间相关性	未明确提及具体局限性，但可能依赖于模拟和现有数据集的验证，未涉及所有潜在空间转录组学技术或组织类型	开发一种统计方法以改进空间转录组学数据中的基因共表达分析，捕捉基因相互作用和空间依赖性的联合影响	基因共表达网络、空间转录组学数据	空间转录组学	肿瘤、神经退行性疾病	空间转录组学技术	矩阵正态模型	空间转录组学数据	九个空间转录组学数据集，涵盖不同技术、组织和物种	NA	空间转录组学	NA	NA
49	2025-12-15	Single-Cell Sequencing Reveals Novel Tumor Populations and Their Interplay with the Immune Microenvironment in a Pleomorphic Rhabdomyosarcoma 2025-Nov-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms262311420 PMID:41373578	研究论文	本研究利用单细胞转录组学揭示了多形性横纹肌肉瘤中肿瘤细胞群的异质性及其与免疫微环境的相互作用	首次通过单细胞测序识别出pRMS中肌源性和非肌源性肿瘤细胞群，并发现非肌源性群与免疫细胞有更多通讯联系，揭示了MIF-CD74等关键免疫抑制通路	研究为单病例分析，缺乏多患者队列验证，且需蛋白质水平验证和体内外实验确认临床可行性	探究多形性横纹肌肉瘤的肿瘤异质性和免疫微环境特征	多形性横纹肌肉瘤肿瘤组织	数字病理学	横纹肌肉瘤	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	单病例样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
50	2025-12-15	De Novo Detection of Clonal Structure and Evolution in Single-Cell and Spatial Transcriptomes 2025-Nov-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms262311428 PMID:41373592	研究论文	本文介绍了一种名为scClone的计算工具包，用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中检测克隆结构和进化	开发了scClone工具包，整合变异检测和基因型推断，解决了scRNA-seq数据中的表达丢失和等位基因不平衡问题，并支持空间转录组数据的克隆结构分析	未明确提及具体局限性，但可能受限于单细胞测序的成本和数据质量	揭示肿瘤的克隆结构和动态进化，建立基因型与表型的关联	肿瘤细胞，包括骨髓瘤、肝细胞癌、胰腺癌、卵巢癌和皮肤鳞状细胞癌	数字病理学	多种癌症	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	多个数据集，涉及多种癌症类型	NA	单细胞RNA-seq，空间转录组学	NA	NA
51	2025-12-15	A Comprehensive Analysis of Novel Variations Associated with Bile Duct Cancer: Insights into Expression, Methylation, and 3D Protein Structure 2025-Nov-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms262311244 PMID:41373405	研究论文	本研究通过整合基因组、转录组、单细胞、甲基化和分子动力学数据，全面分析胆管癌中的新变异，揭示其表达、甲基化和3D蛋白质结构变化	首次将多组学数据（包括单细胞RNA-seq、甲基化阵列和分子动力学模拟）与公共数据集结合，系统识别胆管癌的致病性变异及其功能影响	研究主要依赖公共数据集，样本量有限（如23个肿瘤样本），且未进行实验验证	识别胆管癌的致病性变异，为诊断和治疗策略提供新见解	胆管癌（胆道上皮癌）	生物信息学	胆管癌	基因组学、转录组学、单细胞RNA-seq、甲基化分析、分子动力学模拟	DESeq2、limma、DMRcate、AlphaFold3、GROMACS、FoldX5	基因组变异数据、RNA-seq数据、单细胞RNA-seq数据、甲基化阵列数据、蛋白质结构数据	23个肿瘤样本（TCGA）、52个肿瘤和12个正常肝脏样本（甲基化数据）、23,782个细胞（单细胞RNA-seq）	Illumina	单细胞RNA-seq、甲基化分析	Illumina 450 K甲基化阵列	Illumina 450 K甲基化阵列用于分析52个肿瘤和12个正常肝脏样本的甲基化模式
52	2025-12-15	Bioinformatics frameworks for single-cell long-read sequencing: unlocking isoform-level resolution 2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf655 PMID:41378880	综述	本文综述了单细胞长读长测序技术及其生物信息学框架在解锁异构体水平分辨率方面的应用	探讨了单细胞长读长测序技术如何结合单细胞分辨率与第三代测序技术，以解决传统短读长测序在重构全长转录本异构体方面的限制	NA	探索单细胞长读长测序技术在理解异构体调控和异常剪接在人类疾病中的作用，并揭示其诊断和治疗潜力	单细胞长读长测序数据及其生物信息学分析工具	生物信息学	癌症	单细胞长读长RNA测序	NA	RNA测序数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 长读长RNA-seq	NA	NA
53	2025-12-14	Single-cell and spatial transcriptome landscapes reveal the spatial immune defense pattern shared by primary and brain metastatic lung adenocarcinoma 2025-Nov-30, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-2025-1224 PMID:41376899	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了原发性与脑转移性肺腺癌共有的空间免疫防御模式	首次通过整合单细胞和空间转录组数据，识别出原发性与脑转移性肺腺癌共有的、具有空间富集特征的肿瘤免疫防御模式（TIDP），并发现其与髓系相关的免疫抑制特征及不良预后显著相关	研究主要基于转录组数据，功能验证和临床转化潜力仍需进一步实验和临床试验证实	阐明原发性与脑转移性肺腺癌共有的免疫防御机制，识别导致免疫逃逸和治疗抵抗的空间组织化程序及分子相互作用	肺腺癌（LUAD）的原发性肿瘤和脑转移性肿瘤	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	非负矩阵分解（NMF）	单细胞转录组数据，空间转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq，空间转录组学	NA	NA
54	2025-12-14	Identification of the key gene for hepatocellular carcinoma based on bioinformatics and machine learning and experimental verification 2025-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-2025-1067 PMID:41378005	研究论文	本研究结合生物信息学与机器学习方法，筛选并验证了肝细胞癌的关键基因FAM83D	整合多个GEO数据集，应用SVM-RFE和LASSO机器学习算法筛选诊断基因，并通过单细胞和空间转录组学分析验证FAM83D在恶性细胞中的上调及其与免疫治疗反应的关联	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，实验验证部分可能受样本量限制，且未深入探讨FAM83D的具体分子机制	识别肝细胞癌的关键驱动基因，以辅助早期诊断和预后评估	肝细胞癌患者与非癌肝组织	机器学习	肝细胞癌	生物信息学分析、机器学习算法（SVM-RFE、LASSO）、免疫组化、单细胞转录组学、空间转录组学	SVM-RFE、LASSO	基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据	三个GEO数据集（GSE78737、GSE98383、GSE121248），具体样本数未明确说明	NA	单细胞RNA-seq、空间转录组学	NA	NA
55	2025-12-14	MCRS1 is associated with immunosuppressive microenvironments in pan-cancer and promotes hepatocellular carcinoma malignant phenotypes 2025-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-2025-1463 PMID:41378029	研究论文	本研究通过泛癌分析揭示了微球蛋白1（MCRS1）在肿瘤免疫抑制微环境中的关键作用，并重点阐明了其在肝细胞癌（HCC）恶性表型中的表观遗传驱动机制	首次报道了MCRS1在泛癌水平上的免疫学意义和治疗潜力，并发现其启动子低甲基化驱动的过表达与M2巨噬细胞极化的免疫抵抗微环境相关	研究主要基于公共数据库和体外功能验证，缺乏体内动物模型的深入机制验证	阐明MCRS1在泛癌中的免疫学意义和治疗潜力，并揭示其在肝细胞癌进展中的表观遗传驱动机制	多种癌症类型（泛癌分析），重点关注肝细胞癌（HCC）	生物信息学，癌症免疫学	肝细胞癌，泛癌	批量转录组学，单细胞RNA测序（scRNA-seq），表观遗传分析，功能验证	NA	转录组数据，单细胞RNA测序数据，表观遗传数据，蛋白质表达数据	来自TCGA、GTEx、HPA等公共数据库的大量样本（具体数量未明确说明），包括24种恶性肿瘤	NA	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	NA
56	2025-12-14	NK cells undergo transcriptional and functional reprogramming following Streptococcus pneumoniae infection 2025-Nov-28, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.11.012 PMID:41320160	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了自然杀伤细胞在肺炎链球菌感染后经历转录和功能重编程，并形成具有增强活性的记忆亚群	首次在细菌感染背景下系统揭示NK细胞的转录重编程和记忆形成机制，为先天免疫记忆在细菌感染中的作用提供了新见解	研究主要基于小鼠模型，人类NK细胞的类似机制仍需验证；单细胞测序数据的功能验证有待进一步深入	探究NK细胞在肺炎链球菌感染中的应答机制和记忆形成过程	自然杀伤细胞	单细胞组学	细菌感染	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
57	2025-12-14	Alterations in Resident Immune Cells in Prenatal Trisomy 21 Lungs 2025-Nov-26, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14231866 PMID:41369355	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间表型分析，揭示了唐氏综合征胎儿肺部免疫细胞的变化，特别是B细胞减少，这可能解释其呼吸道感染易感性增加	首次在产前唐氏综合征肺部中系统表征免疫细胞变化，结合单细胞测序与空间技术揭示B细胞减少的分子机制	样本量较小（T21组5例，非T21组4例），且仅关注产前阶段，未追踪出生后免疫发育变化	探究唐氏综合征胎儿肺部免疫细胞异常，以解释其呼吸道感染易感性增加的潜在原因	产前唐氏综合征（T21）和非唐氏综合征（非T21）胎儿肺部组织	单细胞组学	唐氏综合征	单细胞RNA测序，荧光原位杂交，免疫荧光染色，qRT-PCR	NA	单细胞RNA测序数据，空间组织切片图像，基因表达数据	T21组5例，非T21组4例产前肺部样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
58	2025-12-14	Functional Division of Insect Blood Cells by Single-Cell RNA-Sequencing and Cell-Type-Specific FISH Markers 2025-Nov-22, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14231842 PMID:41369332	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和细胞类型特异性FISH标记，揭示了昆虫血细胞的功能分化与动态变化	首次在鳞翅目昆虫中应用单细胞RNA测序技术解析血细胞功能分化，发现了24个功能簇和7个功能组，并开发了特异性FISH标记识别新细胞群	研究仅针对一种鳞翅目昆虫幼虫，结果可能不适用于其他昆虫种类或发育阶段	探究昆虫血细胞的功能分化类型及其在免疫应答中的动态变化	鳞翅目昆虫（烟草天蛾）幼虫的血细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），荧光原位杂交（FISH）	NA	单细胞转录组数据，图像数据	未明确样本数量，使用烟草天蛾幼虫血细胞	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
59	2025-12-14	Inferring the regulation dynamics of oscillatory networks from scRNA-seq data 2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.11.08.687360 PMID:41292720	研究论文	本文提出了一种通过整合细胞周期位置信息来改进单细胞RNA测序数据中基因调控网络推断的方法	将振荡过程（如细胞周期）的周期性约束纳入基因调控网络推断，相比传统基于基因相关性或时间进程的方法，能更准确地解析细胞周期调控动力学	仅在小鼠视网膜祖细胞单细胞基因表达数据集上进行了验证，尚未在其他细胞类型或生物系统中广泛测试	提高从单细胞RNA测序数据中推断振荡网络（如细胞周期）调控动力学的准确性	小鼠视网膜祖细胞的单细胞基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	基因调控网络推断方法（包括Tricycle等八种代表性方法）	单细胞基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
60	2025-12-14	GPR68, A Proton-sensing GPCR, Mediates Acid-induced Visceral Nociception 2025-Nov-04, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101671 PMID:41197770	研究论文	本研究探讨了质子感应G蛋白偶联受体GPR68在酸诱导的结肠痛觉中的作用	首次通过单细胞RNA测序分析揭示GPR68在结肠感觉神经元中的表达，并证实其在酸诱导的结肠痛觉中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，且未深入探讨GPR68在其他类型疼痛中的作用	研究GPR68在酸诱导的结肠痛觉中的介导作用及其作为治疗靶点的潜力	结肠感觉神经元、小鼠模型（野生型和GPR68-/-）、人类炎症性肠病组织样本	生物医学研究	炎症性肠病	单细胞RNA测序、钙成像、药理学研究	NA	RNA测序数据、钙成像数据	小鼠模型（野生型和GPR68-/-）、人类炎症性肠病组织样本	NA	单细胞RNA测序	NA	NA