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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 561 | 2025-11-24 |
NK Cell-Derived Small Extracellular Vesicles Armed With CLDN4-Targeting Peptides Potentiate Radiotherapy in Gastric Cancer
2025-Nov, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.70200
PMID:41252335
|
研究论文 | 本研究开发了一种靶向CLDN4的NK细胞来源小细胞外囊泡纳米治疗平台,可增强胃癌放疗效果 | 首次将NK细胞来源的小细胞外囊泡与CLDN4靶向肽结合,创建具有放射增敏作用的新型纳米治疗平台 | 研究主要基于患者来源类器官模型,尚未进行大规模临床验证 | 开发针对胃癌的靶向治疗系统以增强放疗效果 | 胃癌细胞、患者来源类器官模型和类器官来源异种移植模型 | 癌症治疗 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学分析、多模态成像 | NA | 单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据、影像数据 | 多个单细胞RNA测序数据集和患者来源类器官模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 562 | 2025-11-24 |
SURF: A Self-Supervised Deep Learning Method for Reference-Free Deconvolution in Spatial Transcriptomics
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202505456
PMID:40859416
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研究论文 | 提出一种名为SURF的无参考解卷积工具,通过自监督深度学习整合高维基因数据分析,用于空间转录组学的细胞类型解析 | 首次将自监督深度学习与高维基因数据分析相结合,无需匹配单细胞参考数据即可有效建模非线性基因相互作用和利用spot关系 | 未明确说明计算资源需求和运行时间,也未讨论对极稀疏数据的处理能力 | 开发无需参考数据的空间转录组解卷积方法,实现细胞水平的组织微环境分析 | 空间转录组数据,包括合成数据集、真实数据集以及人类结直肠肝转移瘤数据 | 空间转录组学 | 结直肠癌肝转移 | 空间转录组学,自监督深度学习 | 深度学习 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 563 | 2025-11-24 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals That Hmga2 Regulates Neuroinflammation and Retinal Function by Modulating Müller Cell Autophagy Through PI3K/AKT Signaling Following MCAO-Induced Retinal Ischemia
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202502534
PMID:40884260
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了Hmga2通过PI3K/AKT信号通路调节Müller细胞自噬在视网膜缺血中的神经炎症和视网膜功能调控机制 | 发现了一个新的表达Hmga2的Müller细胞亚群,并开发了基于Müller细胞膜和脂质体的混合纳米颗粒递送系统siRNA-Hmga2@LMM | MCAO诱导的视网膜缺血模型中Müller细胞的具体作用机制仍不完全清楚 | 探究视网膜缺血中Müller细胞的作用机制及治疗靶点 | 视网膜细胞,特别是Müller细胞 | 单细胞组学 | 视网膜缺血 | 单细胞核RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 564 | 2025-11-24 |
BACE2-Induced Aberrant Lymphatic Network Aggravates the Local Inflammation in Arteriovenous Fistulas With Hyperphosphatemia
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509632
PMID:40884245
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术,揭示了高磷血症通过BACE2介导的VEGFR3裂解破坏动静脉瘘淋巴网络,从而加剧局部炎症的机制 | 首次发现动静脉瘘中存在由Pi16Vegfc纤维祖细胞促进的淋巴网络作为炎症外排通道,并阐明高磷血症通过SP1/BACE2/VEGFR3裂解途径破坏该网络的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,在人类患者中的验证仍需进一步研究 | 探究慢性肾脏病条件下动静脉瘘局部炎症加剧的机制 | 人类和小鼠的动静脉瘘组织 | 空间转录组学 | 慢性肾脏病 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5/6肾切除C57BL/6小鼠模型 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 565 | 2025-11-24 |
Succinic Acid-Induced Macrophage Endocytosis Promotes Extracellular Vesicle-Based Integrin Beta1 Transfer Accelerating Fibroblast Activation and Sepsis-Associated Pulmonary Fibrosis
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202507411
PMID:40898357
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研究论文 | 本研究揭示了琥珀酸通过促进巨噬细胞内吞作用释放促纤维化细胞外囊泡,并通过转移整合素β1激活成纤维细胞,从而加速脓毒症相关肺纤维化的新机制 | 首次发现琥珀酸诱导的巨噬细胞内吞作用促进细胞外囊泡介导的整合素β1转移,揭示了巨噬细胞-成纤维细胞通讯的新机制 | NA | 探究脓毒症相关肺纤维化的发病机制 | 巨噬细胞和成纤维细胞 | 细胞生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 免疫荧光, 电子显微镜 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 566 | 2025-11-24 |
SciSt: single-cell reference-informed spatial gene expression prediction from pathological images
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf613
PMID:41263940
|
研究论文 | 开发了一种从病理图像预测空间基因表达的深度学习框架SciSt | 通过整合病理特征与生物学信息初始基因表达,采用结合细胞分割和单细胞参考数据的加权策略 | NA | 从组织病理图像预测空间基因表达,实现形态学与基因表达的跨模态转换 | 临床H&E染色图像和空间转录组数据 | 数字病理学 | 乳腺癌,肝癌 | 深度学习 | 深度学习框架 | 图像,基因表达数据 | 三个基准数据集和TCGA-BRCA、TCGA-LIHC队列 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 567 | 2025-11-23 |
BMAL1 insufficiency increases the risk of thoracic aortic aneurysm and dissection
2025-Nov-21, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf259
PMID:41270048
|
研究论文 | 本研究探讨BMAL1表达不足通过诱导血管平滑肌细胞凋亡增加胸主动脉瘤和夹层风险的机制 | 首次揭示BMAL1/REV-ERBα/c-MYC信号轴在TAAD发病中的关键作用,并发现BMAL1激活剂ISX-9和REV-ERBα激动剂SR9009的治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 阐明BMAL1在胸主动脉瘤和夹层发病机制中的作用 | TAAD患者组织样本、BAPN诱导的TAAD小鼠模型、血管平滑肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 转录组分析、空间转录组学、分子检测、组织学分析 | NA | 基因表达数据、组织学图像、分子互作数据 | TAAD患者和BAPN诱导的小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 568 | 2025-11-23 |
Cancer-Associated Fibroblasts Promote Imatinib Resistance in Gastrointestinal Stromal Tumors through PGK1-Mediated Metabolic Reprogramming
2025-Nov-21, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-1404
PMID:41270149
|
研究论文 | 本研究揭示了癌症相关成纤维细胞通过PGK1介导的代谢重编程促进胃肠道间质瘤对伊马替尼耐药的新机制 | 首次发现CAF通过TGF-β1/CCN2/Rack1/PGK1信号轴介导代谢重编程驱动伊马替尼耐药,突破了既往主要关注遗传驱动因素的研究局限 | 研究主要基于共培养模型和单细胞测序,尚未在更大规模的临床队列中验证该机制 | 探索胃肠道间质瘤中肿瘤微环境介导的伊马替尼耐药机制 | 胃肠道间质瘤细胞和癌症相关成纤维细胞 | 肿瘤生物学 | 胃肠道间质瘤 | 单细胞RNA测序, 共培养模型 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 569 | 2025-11-23 |
Single-cell activation screen identifies hepatic maturation regulators with zonal resolution
2025-Nov-20, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.10.014
PMID:41270741
|
研究论文 | 通过单细胞激活筛选鉴定具有区域分辨率的肝脏成熟调控因子 | 结合发育参考图谱和dCas9激活筛选与单细胞转录组学,首次在单细胞水平对胚胎肝细胞进行功能筛选并识别关键转录调控因子 | 研究仅使用小鼠胚胎肝细胞,尚未在人类细胞或体内模型中验证 | 揭示肝脏成熟过程中的基因调控网络重编程机制 | 小鼠胚胎肝细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,dCas9激活筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 570 | 2025-11-23 |
Deciphering the role of RGS1-overexpressing CD8+T cells in immune evasion of bone metastatic cancer in the urinary system via single-cell sequencing analysis
2025-Nov-19, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152893
PMID:41176933
|
研究论文 | 通过单细胞测序分析揭示RGS1过表达的CD8+T细胞在泌尿系统骨转移癌免疫逃逸中的作用机制 | 首次阐明RGS1在骨转移癌免疫微环境中对CD8+T细胞功能的调控作用,并发现其与T细胞耗竭表型的关联 | 样本量相对有限(17例患者),需要在更大队列中验证研究结果 | 阐明RGS1在肿瘤骨转移免疫微环境中的调控机制及CD8+T细胞功能 | 肾细胞癌和前列腺癌患者的骨转移病灶组织及小鼠骨转移模型 | 单细胞测序分析 | 肾细胞癌,前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠骨转移模型 | 单细胞RNA测序数据 | 8例肾细胞癌患者和9例前列腺癌患者的骨转移病灶,共215,864个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 571 | 2025-11-23 |
Loss of Actrt1 in non-hematopoietic stroma suppresses pathological angiogenesis and tumor progression
2025-Nov-19, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152916
PMID:41197408
|
研究论文 | 本研究揭示了Actrt1蛋白通过非造血基质细胞促进肿瘤血管生成和肿瘤进展的新机制 | 首次发现Actrt1在肿瘤微环境非造血内皮细胞中的关键作用,并证明其特异性调控病理性血管生成而不影响发育性血管生成 | 研究主要使用小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究Actrt1在肿瘤微环境中的作用及其对肿瘤血管生成的影响 | 小鼠肿瘤模型(B16F1和MC38肿瘤细胞)、血管内皮细胞 | 肿瘤生物学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序,免疫荧光,骨髓嵌合体实验,主动脉环分析,后肢缺血模型 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,组织图像数据 | Actrt1敲除小鼠和野生型小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 572 | 2025-11-23 |
scCausalVI disentangles single-cell perturbation responses with causality-aware generative model
2025-Nov-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101443
PMID:41197632
|
研究论文 | 提出了一种因果关系感知的生成模型scCausalVI,用于解耦单细胞RNA测序数据中的内在细胞状态和外部刺激效应 | 通过深度结构因果网络显式建模细胞状态特异性对外部扰动的响应机制,整合结构因果建模与跨条件计算机预测 | NA | 区分单细胞数据中固有细胞变异与外部刺激诱导的外在效应 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 生成模型, 深度结构因果网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 573 | 2025-11-23 |
Non-visual photoreceptive brain specification in sea urchin larvae
2025-Nov-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65628-9
PMID:41258319
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研究论文 | 本研究在海胆幼虫中发现了一个对光敏感的神经元簇,这些神经元表达紫外线敏感蛋白Opsin5及多个保守的调控基因 | 首次在海胆幼虫中鉴定出具有非视觉光感受功能的神经中枢,揭示了其与脊椎动物脑区共享的分子特征 | 需要进一步研究以完全建立神经回路与行为之间的完整关系 | 探索后口动物中枢神经系统的进化起源 | 海胆幼虫 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序,原位杂交,基因敲低 | NA | 基因表达数据,行为数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 574 | 2025-11-23 |
Comprehensive profiling of migratory primordial germ cells reveals niche-specific differences in non-canonical Wnt and Nodal-Lefty signaling in anterior vs posterior migrants
2025-Nov-19, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.103074
PMID:41259237
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠迁移原始生殖细胞及其周围体细胞,揭示前后位置差异对细胞信号通路的影响 | 首次系统比较前后位置迁移原始生殖细胞的转录组差异,发现非经典Wnt信号和Nodal-Lefty信号通路的区域特异性表达模式 | 研究仅基于小鼠模型,人类数据为重新分析已发表数据集,需要进一步实验验证 | 阐明原始生殖细胞迁移过程中与不同体细胞微环境相互作用的分子机制 | 小鼠原始生殖细胞和周围体细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,全胚胎免疫荧光染色 | 轨迹推断方法 | 单细胞转录组数据,图像数据 | 13,262个小鼠原始生殖细胞和7,868个周围体细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 575 | 2025-11-23 |
Inference of cell-type composition and single-cell spatial maps from spatial transcriptomics data with SWOT
2025-Nov-19, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09001-y
PMID:41261170
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研究论文 | 提出一种名为SWOT的空间加权最优传输方法,可从基于spot的空间转录组数据推断细胞类型组成和单细胞空间图谱 | 首次通过细胞到spot的映射方法同时推断细胞类型比例和单细胞空间位置,能够重建单细胞空间图谱 | 方法依赖于spot分辨率的空间转录组数据,在单细胞定位精度方面可能存在限制 | 开发从空间转录组数据重建单细胞分辨率空间图谱的计算方法 | 空间转录组数据中的细胞类型和空间位置 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,最优传输算法 | 空间加权最优传输模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 基于spot的空间转录组数据 |
| 576 | 2025-11-23 |
Spatial multi-omics guides ASCT2-targeted delivery of glycolysis inhibitor for cervical cancer suppression and chemoresistance reversal
2025-Nov-16, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.11.035
PMID:41253274
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研究论文 | 本研究通过空间多组学分析识别宫颈癌糖酵解重编程特征,并开发靶向ASCT2的纳米平台递送糖酵解抑制剂用于肿瘤抑制和化疗增敏 | 首次通过空间多组学技术验证宫颈癌糖酵解脆弱性,并基于ASCT2过表达设计谷氨酰胺功能化脂质体实现肿瘤选择性药物递送 | 未明确说明样本规模和研究人群特征,临床前研究需进一步验证 | 建立宫颈癌糖酵解重编程的空间验证并开发靶向纳米递送系统 | 宫颈癌临床标本、小鼠模型和多种宫颈癌细胞系 | 空间多组学 | 宫颈癌 | 空间代谢组学, 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | 纳米递送系统 | 空间多组学数据, 基因组数据, 实验数据 | 包含TCGA队列、配对患者标本、匹配小鼠样本和多种细胞系 | NA | 空间代谢组学, 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 577 | 2025-11-23 |
Single-cell RNA sequencing in osteosarcoma: applications in diagnosis, prognosis, and treatment
2025-Nov-13, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-03121-5
PMID:41231422
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综述 | 本文通过文献综述探讨单细胞RNA测序技术在骨肉瘤诊断、预后和治疗中的应用 | 系统评估单细胞RNA测序在揭示骨肉瘤肿瘤微环境异质性、识别治疗靶点和发现新型治疗策略方面的创新贡献 | 存在单细胞方案的技术偏倚和非英语文献排除的问题,可能影响结果的普适性 | 评估单细胞RNA测序对骨肉瘤发生发展的贡献 | 骨肉瘤肿瘤微环境中的细胞亚群 | 单细胞测序 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 基于107项研究的分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 578 | 2025-11-23 |
RGS proteins: Potential regulators of mouse melanopsin's signaling phototransduction cascade across ipRGC subtypes
2025-Nov-07, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2025.11.006
PMID:41204666
|
研究论文 | 本研究探讨了RGS蛋白如何调节小鼠黑视蛋白在不同ipRGC亚型中的信号转导级联 | 首次发现ipRGC亚型选择性富集特定RGS蛋白,揭示了单个GPCR在不同细胞类型中启动不同信号转导级联的潜在机制 | 研究主要基于异源表达系统和体外实验,需要在更接近生理条件下进一步验证 | 探索单个GPCR在不同ipRGC亚型中启动不同信号转导级联的分子机制 | 小鼠视网膜中的内在光敏视网膜神经节细胞(ipRGCs)亚型 | 分子神经生物学 | NA | 单细胞转录组学, RNAscope, 异源表达系统, DREADD技术 | NA | 转录组数据, 图像数据, 电生理记录 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 579 | 2025-11-23 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing identifies GSTM4 as a tumor suppressor and prognostic biomarker in breast cancer
2025-Nov-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03850-z
PMID:41182420
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量RNA测序分析,鉴定GSTM4作为乳腺癌的肿瘤抑制因子和预后生物标志物 | 首次通过整合单细胞和批量RNA测序方法系统揭示GSTM4在乳腺癌中的肿瘤抑制功能及其与肿瘤免疫微环境的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限,需要更多功能实验确认机制 | 探索乳腺癌的新型生物标志物和治疗靶点 | 乳腺癌组织和细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,TWAS,WGCNA,ssGSEA,PPI网络分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质相互作用数据,表观遗传数据 | 来自GSE148673数据库的单细胞RNA测序数据及多个公共数据库的乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 580 | 2025-11-23 |
A machine learning framework using urinary biomarkers for pancreatic ductal adenocarcinoma prediction with post hoc validation via single-cell transcriptomics
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf583
PMID:41212589
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研究论文 | 开发基于尿液生物标志物和人口统计学数据的机器学习框架用于胰腺导管腺癌预测,并通过单细胞转录组学进行验证 | 首次结合尿液生物标志物与人口统计学数据构建PDAC预测模型,并利用单细胞RNA测序验证生物标志物的表达显著性 | 需要在不同数据集上进一步验证框架性能,尚未整合其他组学数据 | 开发早期准确诊断胰腺导管腺癌的预测工具 | 胰腺导管腺癌患者尿液生物标志物和人口统计学数据 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,机器学习,深度学习 | 深度学习,机器学习 | 生物标志物数据,人口统计学数据,基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |