单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 1142 篇文献，本页显示第 541 - 560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 541 | 2025-11-25 |
Cell2Spatial is a computational framework that maps single cells to spatial transcriptomic spots to reconstruct tissue architecture
2025-Nov, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003477
PMID:41248160
|
研究论文 | 开发了一种计算框架Cell2Spatial，可将单细胞数据映射到空间转录组spots以重建组织架构 | 开发了首个能够在不完全匹配的单细胞和空间转录组数据集上实现单细胞分辨率空间映射的计算框架 | NA | 解决单细胞测序缺乏空间信息和空间转录组分辨率有限的挑战 | 小鼠大脑、人类胸腺、小鼠肾脏和人类背外侧前额叶皮层组织 | 计算生物学 | NA | 信息论基因选择、空间加权似然建模、空间热点检测、神经网络引导聚类 | 神经网络、成本最小化分配算法 | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 多个组织类型（包括4种不同组织） | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 10x Visium, Xenium In Situ, Visium HD, Slide-seqV2 | 10x Visium空间转录组平台 |
| 542 | 2025-11-25 |
White and brown adipose tissue share a convergent fibro-adipogenic progenitor population
2025-Nov, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-025-00591-6
PMID:41062857
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现白色和棕色脂肪组织共享一种趋同的纤维-脂肪生成祖细胞群 | 首次在棕色脂肪组织中鉴定出纤维-脂肪生成祖细胞样细胞，扩展了该组织中已知祖细胞群的范围 | 体外培养条件可能影响祖细胞特性，研究结果需在体内进一步验证 | 研究体外培养条件对白色和棕色脂肪祖细胞特性的影响 | 培养的原代白色和棕色前脂肪细胞 | 单细胞生物学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | 轨迹分析、调控网络分析 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 543 | 2025-11-25 |
LogicSR: prior-guided symbolic regression for gene regulatory network inference from single-cell transcriptomics data
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf621
PMID:41269283
|
研究论文 | 提出一种结合布尔逻辑模型和符号回归的计算框架LogicSR，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络 | 将布尔逻辑模型的机制可解释性与符号回归的方程发现能力相结合，并整合先验知识到多目标蒙特卡洛树搜索框架中 | NA | 从单细胞基因表达数据中重建基因调控网络 | 基因调控网络、转录因子-靶基因调控关系 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | 符号回归、蒙特卡洛树搜索(MCTS)、布尔逻辑模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 544 | 2025-11-25 |
Single-Cell Transcriptomics Uncovers Cellular Heterogeneity, Mechanisms, and Therapeutic Targets for Ferroptosis-Related Genes in Parkinson's Disease
2025-Nov, The European journal of neuroscience
DOI:10.1111/ejn.70339
PMID:41276944
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了帕金森病中铁死亡相关基因的细胞异质性、作用机制和治疗靶点 | 首次在单细胞水平系统分析帕金森病中铁死亡相关基因的细胞特异性表达模式，并鉴定出内皮细胞为关键细胞类型 | 基于公共数据库的回顾性分析，缺乏实验验证 | 探索铁死亡相关基因在帕金森病中的调控机制和潜在治疗靶点 | 帕金森病患者和健康对照的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序，基因集富集分析 | NA | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的帕金森病相关数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 545 | 2025-11-25 |
Multi-Omics and Molecular Dynamics Analysis for Biomarker Discovery in Chronic Rhinosinusitis With Nasal Polyps
2025-Nov, Chemical biology & drug design
IF:3.2Q3
DOI:10.1111/cbdd.70202
PMID:41277316
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和分子动力学模拟探索慢性鼻窦炎伴鼻息肉中的生物标志物 | 首次结合多组学数据、分子对接和动力学模拟鉴定PRKCZ基因作为CRSwNP的潜在治疗靶点 | 研究主要基于数据库分析和体外实验，需要进一步临床验证 | 发现慢性鼻窦炎伴鼻息肉的生物标志物和治疗靶点 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者相关基因和信号通路 | 生物信息学 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 多组学分析,分子对接,分子动力学模拟,单细胞测序,qRT-PCR,Western blot,免疫组化,荧光检测 | NA | 基因表达数据,蛋白质结构数据 | 来自GEO数据库的差异表达基因数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 546 | 2025-11-24 |
Dissecting Shared Genetic Architecture of Thoracic Aortic Aneurysm and Aortic Related Traits and Identifying SplA/Ryanodine Receptor Domain and SOCS Box Containing 1 Involved in Smooth Muscle Phenotype Switching and Cell Senescence Through Alternative Splicing
2025-Nov-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202502457R
PMID:41251448
|
研究论文 | 本研究通过整合基因组数据识别胸主动脉瘤及相关性状的共享遗传结构，并验证SPSB1基因通过可变剪接调控平滑肌细胞表型转换和细胞衰老的作用机制 | 首次系统解析胸主动脉瘤与相关性状的共享遗传结构，发现SPSB1基因通过可变剪接调控平滑肌细胞表型转换的新机制 | 遗传关联研究的样本量未明确说明，功能验证主要依赖小鼠模型和体外实验 | 揭示胸主动脉瘤的遗传基础和相关致病机制 | 胸主动脉瘤患者、小鼠模型、平滑肌细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 质谱分析, RNA测序, GWAS, MTAG, N-GWAMA | 机器学习 | 基因组数据, 图像, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 基因组关联分析 | NA | NA |
| 547 | 2025-11-24 |
Systematic evaluation of tools used for single-cell m6A identification
2025-Nov-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09246-7
PMID:41275001
|
研究论文 | 系统评估单细胞m6A识别工具并开发相关数据库 | 首次系统比较四种代表性单细胞m6A测序与预测方法，并构建首个单细胞m6A数据库 | 仅比较四种方法，未涵盖所有现有技术 | 评估单细胞m6A识别工具的性能并开发实用数据库 | 人类和小鼠的单细胞m6A修饰数据 | 表观遗传学 | 癌症 | 单细胞m6A测序, 单细胞转录组测序, 空间转录组 | NA | 表观遗传修饰数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞m6A测序, 单细胞转录组测序, 空间转录组 | NA | NA |
| 548 | 2025-11-24 |
Multidimensional single-cell analysis reveals immune dysfunction and inflammatory response in Lymphatic malformations
2025-Nov-22, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwaf103
PMID:41273773
|
研究论文 | 本研究通过多维单细胞分析揭示了淋巴管畸形中的免疫功能障碍和炎症反应机制 | 首次整合单细胞RNA、T细胞受体和B细胞受体测序技术，系统描绘淋巴管畸形患者的免疫图谱，发现促炎性单核细胞扩增和S100A8作为潜在治疗靶点 | 样本量相对有限，主要关注外周血和胸腔积液，未深入探究其他组织部位的免疫变化 | 阐明淋巴管畸形患者的免疫表型和分子机制 | 淋巴管畸形患者的外周血和胸腔积液样本 | 单细胞组学 | 淋巴管畸形 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞T细胞受体测序(scTCR-seq), 单细胞B细胞受体测序(scBCR-seq) | NA | 单细胞转录组数据, 免疫受体序列数据 | 淋巴管畸形患者的外周血和胸腔积液样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序, 单细胞B细胞受体测序 | NA | NA |
| 549 | 2025-11-24 |
Single-cell and spatially resolved omics reveal transcriptional and metabolic signatures of ovarian endometriomas
2025-Nov-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66706-8
PMID:41274870
|
研究论文 | 通过单细胞和空间分辨多组学技术揭示卵巢子宫内膜异位瘤的转录组和代谢特征 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学技术对卵巢子宫内膜异位瘤进行全面分析 | NA | 探索卵巢子宫内膜异位瘤的空间转录组和代谢特征 | 卵巢子宫内膜异位瘤组织 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,空间代谢组学 | NA | 转录组数据,代谢组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,空间代谢组学 | Digital Spatial Profiler-Whole Transcriptome Atlas,Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization-Mass Spectrometry Imaging | Digital Spatial Profiler-全转录组图谱用于空间转录组学,非靶向MALDI-MSI用于空间代谢组学 |
| 550 | 2025-11-24 |
Systemic activation and tissue infiltration of CD8 + CX3CR1 + T cells in non-small cell lung cancer treated with neoadjuvant immune checkpoint blockade
2025-Nov-22, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03160-9
PMID:41275012
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析发现CD8+CX3CR1+T细胞在非小细胞肺癌新辅助免疫检查点阻断治疗中显著富集并发挥重要作用 | 首次系统揭示了CD8+CX3CR1+T细胞在NA-ICB治疗中的动态变化、组织迁移和功能分化特征 | 样本量相对有限（40例患者），需要更大规模研究验证 | 探究新辅助免疫检查点阻断治疗非小细胞肺癌中响应性T细胞亚型的特征 | 26例NA-ICB治疗和14例初治的非小细胞肺癌患者的肿瘤组织、配对正常肺组织和外周血样本 | 单细胞生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, TCR repertoire分析, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据, 流式细胞数据 | 40例非小细胞肺癌患者（26例治疗组，14例对照组） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 551 | 2025-11-24 |
Single-cell RNA sequencing reveals neutrophil differentiation-related genes for immunotherapy response prediction in colorectal cancer
2025-Nov-22, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-15355-7
PMID:41275131
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 552 | 2025-11-24 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal lactylation-associated tumor cell clusters and define a prognostic risk model in glioblastoma
2025-Nov-22, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-15291-6
PMID:41275140
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学揭示了胶质母细胞瘤中乳酸化相关的肿瘤细胞簇，并构建了预后风险模型 | 首次系统描绘了GBM中乳酸化的空间和单细胞景观，发现高乳酸化恶性亚群在缺氧肿瘤核心富集，并构建了基于乳酸化基因的预后模型 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限，需要进一步的功能机制研究 | 探究胶质母细胞瘤中乳酸化的空间分布特征及其预后意义 | 胶质母细胞瘤组织和细胞系 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,Western blotting,免疫组织化学 | LASSO-Cox回归模型 | 基因表达数据,空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 基于GEO和TCGA数据库的胶质母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
| 553 | 2025-11-24 |
ASAH1-mediated sphingolipid metabolic reprogramming in venetoclax resistance of AML: beyond the monocytic phenotypes
2025-Nov-22, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-15272-9
PMID:41275169
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据揭示了ASAH1介导的鞘脂代谢重编程在急性髓系白血病 Venetoclax耐药机制中的关键作用 | 首次发现单核细胞AML中鞘脂代谢异常与Venetoclax耐药相关，并证明ASAH1基因敲除可增强药物敏感性而不影响单核细胞表型标记 | 研究主要基于体外细胞系和动物模型，需要进一步临床验证 | 探索急性髓系白血病对Venetoclax耐药的分子机制 | 急性髓系白血病患者骨髓样本、患者来源异种移植模型和诱导耐药细胞系 | 生物医学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序,脂质组学测序,基因敲除 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据,脂质组学数据 | AML患者骨髓样本、PDX模型和耐药细胞系 | NA | 单细胞RNA测序,脂质组学测序 | NA | NA |
| 554 | 2025-11-24 |
PTPN9 dephosphorylates IGF1RY1165/1166 and alleviates IGF1R-mediated resistance to tyrosine kinase inhibitor in cholangiocarcinoma
2025-Nov-22, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03594-2
PMID:41275311
|
研究论文 | 本研究揭示PTPN9通过去磷酸化IGF1R Y1165/1166位点缓解胆管癌对酪氨酸激酶抑制剂的耐药性 | 首次发现PTPN9是IGF1R的新型底物，并阐明其在调节mTKI敏感性和肿瘤进展中的关键作用 | NA | 探究PTPN9在胆管癌中对酪氨酸激酶抑制剂耐药性的调节机制 | 胆管癌患者、原位小鼠模型、胆管癌细胞系 | 癌症生物学 | 胆管癌 | 免疫沉淀-质谱联用、单细胞RNA测序、ELISA、免疫组织化学、晶体结构分析 | NA | 蛋白质组学数据、转录组数据、临床组织数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 555 | 2025-11-24 |
Micro-Organ Chip Deciphers Tumor-Derived G-CSF as Remote Commander of Lung Pre-Metastatic Niche via VEGFA-KDR Cascade
2025-Nov-22, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202518584
PMID:41275332
|
研究论文 | 本研究利用微器官芯片技术揭示了乳腺癌来源的G-CSF通过VEGFA-KDR信号轴远程调控肺转移前微环境形成的机制 | 首次使用微器官芯片实现肿瘤与肺组织非接触共培养，发现PMN形成不依赖肿瘤细胞直接接触且具有非肿瘤类型特异性，鉴定G-CSF-KDR轴为新型调控通路 | 研究基于体外芯片模型，需进一步体内验证；机制研究主要聚焦于G-CSF-VEGFA-KDR轴，可能存在其他调控因子 | 探究乳腺癌肺转移前微环境的形成机制 | 肿瘤组织与肺组织的相互作用 | 器官芯片技术 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 细胞因子阵列分析 | 微器官芯片 | 基因表达数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 556 | 2025-11-24 |
AI-driven discovery of dual antiaging and anti-AD therapeutics via PROTAC target deconvolution of a super-enhancer-regulated axis
2025-Nov-21, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adz9283
PMID:41259504
|
研究论文 | 通过人工智能驱动的PROTAC靶点解析方法发现褪黑素作为兼具抗衰老和抗阿尔茨海默病双重作用的候选治疗药物 | 结合人工智能筛选、PROTAC靶点解析和超级增强子机制研究，建立了从AI发现到临床应用的创新药物研发范式 | 研究样本量相对有限，需要更大规模的临床验证 | 开发同时针对生物衰老和阿尔茨海默病的双重作用治疗药物 | 褪黑素及其作用机制 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,PROTAC化学蛋白质组学 | AI驱动筛选模型 | 血清蛋白质组数据,转录组数据,表观遗传数据 | 161名人类个体 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 557 | 2025-11-24 |
Unveiling the role of gastric cancer-associated mesenchymal stem cells and neutrophil extracellular traps through multi-omics analysis
2025-Nov-20, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04768-7
PMID:41261408
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示胃癌相关间充质干细胞和中性粒细胞胞外诱捕网在肿瘤微环境中的作用机制 | 首次整合单细胞RNA测序、孟德尔随机化和功能富集分析系统解析GC-MSCs与NETs在胃癌微环境重塑中的相互作用 | 基于公共数据库的回顾性分析，缺乏实验验证 | 探究胃癌微环境中GC-MSCs和NETs的分子机制及治疗靶点 | 胃癌肿瘤微环境中的细胞组成和分子网络 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 功能富集分析 | NA | 转录组数据 | TCGA和GEO公共数据库样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 558 | 2025-11-24 |
MRAP mediated adipocyte differentiation by thymic mesenchymal stromal cells contributes to thymic involution
2025-Nov-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64973-z
PMID:41266306
|
研究论文 | 本研究揭示了胸腺间充质基质细胞通过MRAP介导的脂肪细胞分化在年龄相关性胸腺退化中的作用机制 | 首次发现MRAP是胸腺间充质基质细胞脂肪生成的关键驱动因子，并阐明胸腺素-α1通过FoxO1信号通路促进MRAP表达的机制 | NA | 探究年龄相关性胸腺退化中脂肪沉积的细胞和分子机制 | 胸腺间充质基质细胞、小鼠和人类胸腺组织 | 细胞生物学 | 年龄相关性胸腺退化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 年轻和年老小鼠及人类胸腺组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 559 | 2025-11-24 |
Macrophage mitophagy-related genes predict prognosis and therapeutic response in lung adenocarcinoma
2025-Nov-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-24769-z
PMID:41266404
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和机器学习算法，开发了基于巨噬细胞线粒体自噬相关基因的肺腺癌预后模型 | 首次将巨噬细胞线粒体自噬相关基因与肺腺癌预后关联，并鉴定出TUBB6和CAT作为核心预后基因 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限 | 识别关键的巨噬细胞线粒体自噬相关基因并建立肺腺癌预后模型 | 肺腺癌患者和巨噬细胞 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞转录组测序 | LASSO, SVM, 随机森林 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 560 | 2025-11-24 |
Integrative analysis identifies STX16 as a prognostic and immune-associated biomarker in ccRCC
2025-Nov-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-24921-9
PMID:41266441
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证，系统探讨了STX16在肾透明细胞癌中的表达模式、预后价值和免疫功能 | 首次系统揭示STX16在ccRCC中的预后价值和免疫调节功能，并通过单细胞测序解析其在肿瘤微环境中的异质性表达 | 研究主要基于公共数据库和体外实验，需要更多体内实验和临床样本验证 | 探究STX16在肾透明细胞癌中的表达特征、临床意义和生物学功能 | 肾透明细胞癌组织和细胞系 | 生物信息学 | 肾癌 | 生物信息学分析，Western blot，免疫组化，siRNA敲低，单细胞测序 | Cox回归模型 | 基因表达数据，临床数据，蛋白质数据 | TCGA等公共数据库中的ccRCC样本，实验室细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |