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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2025-11-26 |
Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in FFPE tissues
2025-Nov-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64990-y
PMID:41266321
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研究论文 | 对三种商业成像空间转录组平台在FFPE组织中的技术性能进行系统性基准测试 | 首次在包含17种肿瘤和16种正常组织的组织芯片上对三种主流iST平台进行综合性能比较 | 研究基于组织芯片样本,可能无法完全代表完整组织切片的情况 | 评估成像空间转录组平台在FFPE组织中的技术性能 | FFPE组织样本,包含17种肿瘤和16种正常组织类型 | 空间转录组学 | 多种肿瘤类型 | 成像空间转录组技术 | NA | 空间转录组数据,图像数据 | 组织芯片包含33种组织类型(17种肿瘤+16种正常) | 10X Genomics, Vizgen, Nanostring | 成像空间转录组学 | 10X Xenium, Vizgen MERSCOPE, Nanostring CosMx | 三种商业成像空间转录组平台在FFPE组织上的应用 |
| 502 | 2025-11-26 |
Piscis: A loss estimator of the F1 score enables accurate spot detection in fluorescence microscopy images via deep learning
2025-Nov-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101448
PMID:41265398
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研究论文 | 提出一种名为Piscis的深度学习算法,用于荧光显微镜图像中的斑点检测 | 开发了SmoothF1损失函数,可近似F1分数并直接惩罚假阳性和假阴性,同时保持可微分性用于深度学习训练 | NA | 开发自动化的斑点检测算法以改进空间转录组学图像分析 | 荧光显微镜图像中的RNA转录本斑点 | 计算机视觉 | NA | RNA荧光原位杂交 | 深度学习 | 图像 | 358张手动标注的实验RNA FISH图像和240张合成图像 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 503 | 2025-11-26 |
[Neural regulation mechanism in bone regeneration]
2025-Nov-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
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综述 | 本文系统阐述了神经系统在骨再生过程中的调控机制,重点关注神经肽在骨组织中的核心作用 | 提出'神经-骨骼'调控轴概念,系统梳理交感与副交感神经系统在骨再生中的相反调控作用 | 神经肽之间的相互作用网络尚未完全阐明,需要更先进的模型和技术进行深入研究 | 探讨骨再生过程中的神经调控机制 | 骨骼系统与神经系统的相互作用,特别是神经肽在骨再生中的功能 | 骨再生医学 | 退行性骨病,创伤性骨损伤 | 单细胞测序,三维生物打印骨模型,类器官技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 504 | 2025-11-26 |
Depletion of microenvironmental syndecan-2 impairs hematopoietic stem cell self-renewal and cytokine responses
2025-Nov-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.07.687077
PMID:41279398
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研究论文 | 本研究探讨骨髓微环境中syndecan-2对造血干细胞自我更新能力的调控作用 | 首次揭示间充质基质细胞表达的syndecan-2通过细胞外在机制支持造血干细胞自我更新 | 研究主要聚焦小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明骨髓微环境表达的syndecan-2在造血和造血干细胞自我更新中的功能 | 小鼠骨髓造血干细胞、间充质基质细胞和内皮细胞 | 干细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序、竞争性移植实验、共培养实验 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据、转录组数据 | 转基因小鼠模型和细胞系共培养系统 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 505 | 2025-11-26 |
Epigenetic repression of hepatocyte FoxO1 disrupts local immune homeostasis and promotes liver inflammation
2025-Nov-04, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001590
PMID:41190981
|
研究论文 | 本研究揭示了肝细胞FoxO1通过JMJD1C维持的表观遗传调控在肝脏免疫稳态中的关键作用 | 首次发现JMJD1C通过调控Foxo1启动子区H3K9二甲基化抑制其转录,从而破坏局部免疫稳态的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 阐明肝细胞FoxO1在肝脏免疫稳态和炎症中的作用机制 | 人类肝脏样本、肝细胞特异性Foxo1敲除小鼠、酒精性肝炎和血吸虫病肝病小鼠模型 | 分子生物学 | 肝脏炎症疾病 | 单细胞RNA测序、CUT&Tag分析、转录组分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据 | 多种肝脏疾病患者样本及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 506 | 2025-11-26 |
Distinct Sarcoma Microenvironments Predict Benefit from Addition of Pembrolizumab to Preoperative Radiotherapy and Surgery in SU2C-SARC032
2025-Nov-04, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.11.01.25339299
PMID:41282894
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研究论文 | 本研究通过多组学分析识别了两种不同的肉瘤微环境,揭示了帕博利珠单抗联合术前放疗对不同微环境亚型患者的疗效机制 | 首次构建了UPS和LPS的单细胞RNA-seq图谱,发现两种相反的肿瘤微环境均能从帕博利珠单抗治疗中获益,并阐明了不同的免疫应答机制 | 研究样本量有限,仅针对特定肉瘤亚型,需要更大规模的验证研究 | 精确识别能从帕博利珠单抗联合术前放疗中获益的肉瘤患者 | III期未分化多形性肉瘤和去分化/多形性脂肪肉瘤患者 | 数字病理学 | 肉瘤 | bulk RNA-seq, 流式细胞术, 飞行时间细胞术, 单细胞RNA-seq, 数字细胞术 | NA | RNA测序数据, 细胞计数数据 | 65,786个细胞来自UPS和LPS肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 507 | 2025-11-26 |
Endocrine disruptors and male infertility: multi-omics identification of key genes in non-obstructive azoospermia
2025-Nov, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03664-6
PMID:40956397
|
研究论文 | 通过多组学方法识别环境内分泌干扰物与男性非梗阻性无精子症相关的关键基因 | 整合转录组学、毒理基因组学和孟德尔随机化分析,首次系统识别EDC相关基因在NOA中的因果作用 | 研究主要基于公共数据库和生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 探索环境内分泌干扰物导致男性不育的基因机制 | 非梗阻性无精子症患者及相关基因 | 生物信息学 | 男性不育症 | 转录组分析,孟德尔随机化,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,基因组数据 | GEO数据库数据集及单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq,转录组分析 | NA | NA |
| 508 | 2025-11-26 |
Monod: model-based discovery and integration through fitting stochastic transcriptional dynamics to single-cell sequencing data
2025-Nov, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02832-x
PMID:41203866
|
研究论文 | 提出一种基于物理模型的方法Monod,通过拟合随机转录动力学来分析单细胞RNA测序数据 | 利用单细胞数据中的新生和成熟RNA计数,在生物物理转录模型下进行有意义的整合,揭示传统方法无法识别的转录调控 | NA | 开发新方法以区分单细胞RNA测序数据的生物学和技术层面,同时揭示基础调控过程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机转录动力学模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 509 | 2025-11-26 |
Comment on "Melanoma microsatellites exhibit a metastatic signature by spatial transcriptomics and overexpress mediators of immune evasion"
2025-Nov, Virchows Archiv : an international journal of pathology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s00428-025-04305-0
PMID:41091168
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 510 | 2025-11-25 |
Single-cell and spatial transcriptome-based metabolism-immunity interaction network and therapeutic target discovery of matrine in cervical cancer
2025-Nov-24, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04801-9
PMID:41283998
|
研究论文 | 本研究通过整合TCGA数据库分析、单细胞测序和空间转录组技术,探索宫颈癌的代谢-免疫相互作用网络及苦参碱的治疗潜力 | 首次结合单细胞测序和空间转录组技术系统揭示宫颈癌代谢-免疫相互作用网络,并发现苦参碱通过调控钙信号通路和炎症相关基因发挥抗肿瘤作用 | 苦参碱的确切作用机制尚未完全明确,研究结果主要基于生物信息学分析和初步体外实验 | 探索宫颈癌的分子机制及苦参碱的治疗潜力,为宫颈癌治疗提供新的研究方向 | 宫颈癌组织样本及相关基因数据 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 单细胞测序,空间转录组,生物信息学分析,分子对接 | CIBERSORT算法,ESTIMATE算法 | 基因表达数据,单细胞数据,空间转录组数据 | 从TCGA数据库筛选758个差异基因,其中453个与宫颈癌靶点重叠,发现20个核心基因 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组 | NA | NA |
| 511 | 2025-11-25 |
Azvudine remodels the local immunosuppressive microenvironment and exhibits sustained anti-tumor effects in combination with anti-PD-1 therapies
2025-Nov-24, Frontiers of medicine
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s11684-025-1164-0
PMID:41284146
|
研究论文 | 本研究探讨阿兹夫定单用或联合抗PD-1疗法对肿瘤微环境的免疫调节作用及抗肿瘤效果 | 首次揭示阿兹夫定通过诱导免疫原性细胞死亡和重塑免疫抑制微环境增强抗PD-1疗法的协同抗肿瘤作用 | 研究基于小鼠同系肿瘤模型,需进一步临床验证在不同肿瘤类型中的转化潜力 | 评估阿兹夫定在肿瘤免疫治疗中的免疫调节机制和联合治疗潜力 | 免疫健全小鼠建立的同系肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫学检测 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 免疫健全小鼠肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 512 | 2025-11-25 |
Prognostic and Immunological Significance of TIPARP in Pancreatic Cancer
2025-Nov-24, Digestive diseases and sciences
IF:2.5Q2
DOI:10.1007/s10620-025-09546-2
PMID:41284141
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研究论文 | 本研究探讨了TIPARP在胰腺癌中的预后价值和免疫学意义 | 首次系统揭示TIPARP在胰腺癌中的独立预后价值、免疫调节功能及其通过PI3K-Akt信号通路促进肿瘤进展的机制 | 研究主要基于公共数据库分析,实验验证主要在体外进行,缺乏体内动物模型验证 | 阐明TIPARP在胰腺癌中的临床意义和生物学功能 | 胰腺导管腺癌(PAAD)患者组织和细胞系 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,免疫浸润分析,孟德尔随机化分析,体外功能实验,通路富集分析 | 列线图(nomogram) | 基因表达数据,临床数据,单细胞转录组数据 | TCGA-PAAD数据库178例,GTEx数据库171例正常组织 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 513 | 2025-11-25 |
Sympathovagal crosstalk: Y2-receptor blockade enhances vagal effects which in turn reduce NPY levels via muscarinic receptor activation
2025-Nov-22, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf180
PMID:41052902
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研究论文 | 本研究通过体内外实验揭示了迷走神经刺激通过M2受体机制降低神经肽Y水平,且Y2受体阻断可增强迷走神经效应 | 首次在体内证实迷走神经激活通过突触前交感M2受体机制降低间质NPY水平,并发现Y2受体阻断可增强迷走神经效应 | 研究主要基于动物模型,尚未在人体验证 | 探究迷走神经刺激降低神经肽Y的机制及Y2受体阻断对自主神经平衡的调节作用 | 大鼠星状神经节细胞、猪模型 | 神经科学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学、场刺激、实时间质NPY水平检测 | 动物模型 | 基因表达数据、电生理数据、血流动力学数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 514 | 2025-11-25 |
Dynamic transcriptional immune landscape in response to NK-cell therapy combined with gemcitabine plus S-1 in advanced pancreatic cancer: a phase 1b/2 trial
2025-Nov-21, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02488-1
PMID:41266303
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研究论文 | 评估异体NK细胞疗法联合吉西他滨和S-1治疗晚期胰腺癌的安全性、有效性及动态免疫应答特征 | 首次在人体试验中通过纵向单细胞RNA测序揭示NK细胞疗法联合化疗的动态免疫景观变化 | 样本量较小(24例患者),需进一步临床验证 | 探索NK细胞联合化疗治疗晚期胰腺癌的免疫机制和临床效果 | 晚期胰腺癌患者 | 免疫治疗 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, T细胞受体Vβ组库测序 | NA | 单细胞转录组数据, 免疫组库数据 | 24例患者,19对配对血液样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量TCR测序 | NA | NA |
| 515 | 2025-11-25 |
Tripotent Lgr5 stem cells in the posterior tongue generate lingual, taste, and salivary gland lineages
2025-Nov-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65140-0
PMID:41271704
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠舌后部轮廓乳头和叶状乳头中Lgr5阳性干细胞具有生成味蕾、唾液腺和非味觉舌表面上皮的三向分化潜能 | 首次发现舌后部Lgr5阳性干细胞具有三向分化能力,能够共同生成味觉感受单元中的味蕾和唾液腺细胞 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探索舌后部味蕾与唾液腺的发育关系及干细胞起源 | 小鼠舌后部轮廓乳头和叶状乳头组织 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠舌后部组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 516 | 2025-11-25 |
Integrated analysis reveals survival-related genes promoting cholangiocarcinoma progression via G2/M cell cycle, with validation of cyclin B1 in tumor proliferation
2025-Nov-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-25299-4
PMID:41272097
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研究论文 | 通过整合分析发现促进胆管癌进展的生存相关基因及其在G2/M细胞周期中的作用,并验证了cyclin B1在肿瘤增殖中的功能 | 首次定义了促进胆管癌进展的G2/M期基因模块并绘制了其单细胞动态图谱,揭示了CCNB1作为治疗靶点 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于细胞系模型 | 识别驱动胆管癌进展的生存相关基因并解析其调控网络 | 胆管癌患者样本和HuCCT1/RBE细胞系 | 生物信息学 | 胆管癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, siRNA敲低 | limma, WGCNA, PPI分析 | 转录组数据, 单细胞数据 | TCGA-CHOL和GEO队列的批量转录组数据,GSE138709单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 517 | 2025-11-25 |
Towards the Generation of a Laser Capture Microdissection-Based Human Hair Follicle Transcriptome Atlas
2025-Nov-21, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.11.006
PMID:41275906
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研究论文 | 本研究利用激光捕获显微切割结合RNA测序技术,构建了人类生长期毛囊八个不同区域的转录组图谱 | 首次系统性地揭示了人类生长期毛囊各区域的转录组特征,发现了新的区域特异性标志物,并构建了目前尚不可用的毛囊转录组图谱 | 研究仅针对生长期VI毛囊,未涵盖其他毛囊周期阶段 | 构建人类毛囊不同区域的转录组图谱,为毛囊疾病治疗提供基础 | 人类生长期VI毛囊的八个特定区域 | 转录组学 | 毛囊疾病 | 激光捕获显微切割, RNA测序, 原位杂交 | PCA, CellChat分析 | 转录组数据 | 人类毛囊八个区域的组织样本 | NA | RNA测序 | NA | NA |
| 518 | 2025-11-25 |
Epigenetic conservation infers that colorectal cancer progenitors retain the phenotypic plasticity of normal colon
2025-Nov-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-24703-3
PMID:41266495
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和DNA甲基化分析探讨结直肠癌前体细胞是否保留正常结肠的表型可塑性 | 提出定量可塑性信号框架,将表观遗传变异性与基因表达变异性相关联 | 仅分析两个结直肠癌样本,样本量有限 | 研究结直肠癌进展过程中是否保留正常结肠的表型可塑性 | 结直肠癌组织和正常结肠组织 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组学, DNA甲基化分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据 | 2个结直肠癌样本和多个外部单细胞RNA-Seq数据集 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 519 | 2025-11-25 |
Machine learning-enhanced discovery of a basement membrane-related gene signature in glioblastoma via single-cell and Spatial transcriptomics
2025-Nov-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06918-0
PMID:41267067
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学结合机器学习方法,构建了胶质母细胞瘤中基底膜相关基因特征的风险模型 | 首次通过机器学习组合方法构建基底膜相关基因特征风险模型,并利用单细胞和空间转录组学验证其在胶质母细胞瘤中的表达特征 | 研究样本数量有限,仅包含四个队列的胶质母细胞瘤患者数据 | 探索胶质母细胞瘤与基底膜之间的分子关联,建立预后预测模型 | 胶质母细胞瘤患者样本 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 二元分类机器学习 | 基因表达数据 | 四个患者队列,包含来自17名患者的42个独立验证样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 520 | 2025-11-25 |
Immune cell-specific gene expression and its causal role in osteoporosis and bone mineral density: Insights from single-cell eQTL and GWAS data integration
2025-Nov-14, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000045869
PMID:41239652
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研究论文 | 通过整合单细胞eQTL和GWAS数据,系统研究免疫细胞特异性基因表达与骨质疏松症风险的因果关系 | 首次在免疫细胞亚型水平上探索基因表达与骨质疏松症的因果关联,识别出7个关键基因 | 研究结果需要进一步实验验证,样本量可能限制统计功效 | 探究免疫细胞特异性基因表达在骨质疏松症发病机制中的因果作用 | 骨质疏松症患者和骨矿物质密度相关数据 | 生物信息学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析, 孟德尔随机化 | 孟德尔随机化模型, Steiger方向性检验, 共定位分析 | 基因组数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |