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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2025-11-26 |
Bronchial Epithelial Transcriptome Reveals Dysregulated Interferon and InflammatoryResponses to Rhinovirus in Exacerbation-Prone Pediatric Asthma
2025-Nov-11, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.197711
PMID:41217821
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研究论文 | 本研究通过支气管上皮转录组分析揭示了易急性发作儿科哮喘患者对鼻病毒的干扰素和炎症反应失调机制 | 首次在器官型支气管上皮培养模型中结合bulk和单细胞转录组学,揭示了易急性发作哮喘儿童存在基线干扰素水平低下和鼻病毒感染后过度反应的因果关系 | 研究样本量有限,且为体外器官型培养模型,需要在更大队列和体内环境中进一步验证 | 阐明易急性发作儿科哮喘患者对鼻病毒易感性的宿主因素和分子机制 | 哮喘儿童和健康儿童的器官型支气管上皮细胞培养物 | 单细胞转录组学 | 哮喘 | bulk转录组测序, 单细胞转录组测序, 靶向蛋白分析 | NA | 转录组数据, 蛋白数据 | 特征明确的哮喘儿童和健康儿童的支气管上皮样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 502 | 2025-11-26 |
Quantum Generative Modeling of Single-Cell Transcriptomics: Capturing Gene-Gene and Cell-Cell Interactions
2025-Nov-11, ArXiv
PMID:41281198
|
研究论文 | 提出了一种基于量子计算的单细胞转录组数据模拟器qSimCells,能够联合建模基因-基因和细胞-细胞相互作用 | 首次使用量子纠缠建模细胞内和细胞间相互作用,通过参数化量子电路和CNOT门编码复杂的非线性基因调控网络和细胞通讯拓扑结构 | 标准基于相关性的分析方法无法恢复编程的因果路径,反而报告由高基线基因表达概率驱动的虚假关联 | 开发能够捕获单细胞转录组数据中非线性依赖关系的量子生成模型 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 量子生成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 503 | 2025-11-26 |
[Neural regulation mechanism in bone regeneration]
2025-Nov-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
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综述 | 本文系统阐述了神经系统在骨再生过程中的调控机制,重点关注神经肽在骨组织中的核心作用 | 提出'神经-骨骼'调控轴概念,系统梳理交感与副交感神经系统在骨再生中的相反调控作用 | 神经肽之间的相互作用网络尚未完全阐明,需要更先进的模型和技术进行深入研究 | 探讨骨再生过程中的神经调控机制 | 骨骼系统与神经系统的相互作用,特别是神经肽在骨再生中的功能 | 骨再生医学 | 退行性骨病,创伤性骨损伤 | 单细胞测序,三维生物打印骨模型,类器官技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 504 | 2025-11-26 |
Depletion of microenvironmental syndecan-2 impairs hematopoietic stem cell self-renewal and cytokine responses
2025-Nov-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.07.687077
PMID:41279398
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研究论文 | 本研究探讨骨髓微环境中syndecan-2对造血干细胞自我更新能力的调控作用 | 首次揭示间充质基质细胞表达的syndecan-2通过细胞外在机制支持造血干细胞自我更新 | 研究主要聚焦小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明骨髓微环境表达的syndecan-2在造血和造血干细胞自我更新中的功能 | 小鼠骨髓造血干细胞、间充质基质细胞和内皮细胞 | 干细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序、竞争性移植实验、共培养实验 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据、转录组数据 | 转基因小鼠模型和细胞系共培养系统 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 505 | 2025-11-26 |
Epigenetic repression of hepatocyte FoxO1 disrupts local immune homeostasis and promotes liver inflammation
2025-Nov-04, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001590
PMID:41190981
|
研究论文 | 本研究揭示了肝细胞FoxO1通过JMJD1C维持的表观遗传调控在肝脏免疫稳态中的关键作用 | 首次发现JMJD1C通过调控Foxo1启动子区H3K9二甲基化抑制其转录,从而破坏局部免疫稳态的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 阐明肝细胞FoxO1在肝脏免疫稳态和炎症中的作用机制 | 人类肝脏样本、肝细胞特异性Foxo1敲除小鼠、酒精性肝炎和血吸虫病肝病小鼠模型 | 分子生物学 | 肝脏炎症疾病 | 单细胞RNA测序、CUT&Tag分析、转录组分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据 | 多种肝脏疾病患者样本及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 506 | 2025-11-26 |
A New Model of Gastric Pre-neoplasia Induced by Aberrant ADAR1-mediated Double-stranded RNA Signaling
2025-Nov-04, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101673
PMID:41197768
|
研究论文 | 本研究通过构建胃壁细胞特异性敲除ADAR1的小鼠模型,揭示了异常双链RNA信号在胃前瘤形成中的关键作用 | 首次建立了由ADAR1介导的双链RNA信号异常驱动的胃前瘤形成遗传模型,并发现线粒体双链RNA在此过程中的富集现象 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的直接适用性需要进一步验证 | 明确双链RNA信号在胃上皮细胞中的失调如何影响胃前瘤形成 | ADAR1基因敲除小鼠胃壁细胞及相关的信号通路 | 分子病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫电子显微镜,dsRNA免疫沉淀 | 基因敲除小鼠模型 | 转录组数据,组织学图像,免疫学数据 | Adar1ΔPC小鼠及多种基因型对照小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 507 | 2025-11-26 |
Distinct Sarcoma Microenvironments Predict Benefit from Addition of Pembrolizumab to Preoperative Radiotherapy and Surgery in SU2C-SARC032
2025-Nov-04, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.11.01.25339299
PMID:41282894
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研究论文 | 本研究通过多组学分析识别了两种不同的肉瘤微环境,揭示了帕博利珠单抗联合术前放疗对不同微环境亚型患者的疗效机制 | 首次构建了UPS和LPS的单细胞RNA-seq图谱,发现两种相反的肿瘤微环境均能从帕博利珠单抗治疗中获益,并阐明了不同的免疫应答机制 | 研究样本量有限,仅针对特定肉瘤亚型,需要更大规模的验证研究 | 精确识别能从帕博利珠单抗联合术前放疗中获益的肉瘤患者 | III期未分化多形性肉瘤和去分化/多形性脂肪肉瘤患者 | 数字病理学 | 肉瘤 | bulk RNA-seq, 流式细胞术, 飞行时间细胞术, 单细胞RNA-seq, 数字细胞术 | NA | RNA测序数据, 细胞计数数据 | 65,786个细胞来自UPS和LPS肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 508 | 2025-11-26 |
Endocrine disruptors and male infertility: multi-omics identification of key genes in non-obstructive azoospermia
2025-Nov, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03664-6
PMID:40956397
|
研究论文 | 通过多组学方法识别环境内分泌干扰物与男性非梗阻性无精子症相关的关键基因 | 整合转录组学、毒理基因组学和孟德尔随机化分析,首次系统识别EDC相关基因在NOA中的因果作用 | 研究主要基于公共数据库和生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 探索环境内分泌干扰物导致男性不育的基因机制 | 非梗阻性无精子症患者及相关基因 | 生物信息学 | 男性不育症 | 转录组分析,孟德尔随机化,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,基因组数据 | GEO数据库数据集及单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq,转录组分析 | NA | NA |
| 509 | 2025-11-26 |
Monod: model-based discovery and integration through fitting stochastic transcriptional dynamics to single-cell sequencing data
2025-Nov, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02832-x
PMID:41203866
|
研究论文 | 提出一种基于物理模型的方法Monod,通过拟合随机转录动力学来分析单细胞RNA测序数据 | 利用单细胞数据中的新生和成熟RNA计数,在生物物理转录模型下进行有意义的整合,揭示传统方法无法识别的转录调控 | NA | 开发新方法以区分单细胞RNA测序数据的生物学和技术层面,同时揭示基础调控过程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机转录动力学模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 510 | 2025-11-26 |
Comment on "Melanoma microsatellites exhibit a metastatic signature by spatial transcriptomics and overexpress mediators of immune evasion"
2025-Nov, Virchows Archiv : an international journal of pathology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s00428-025-04305-0
PMID:41091168
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 511 | 2025-11-25 |
Consensus Molecular Subtypes (CMS) Classification: a progress towards Subtype-Driven treatments in colorectal cancer
2025-Nov-24, World journal of surgical oncology
IF:2.5Q1
DOI:10.1186/s12957-025-04117-1
PMID:41276825
|
综述 | 本文综述了结直肠癌共识分子分型(CMS)的分类系统及其在预后预测和个性化治疗中的应用 | 系统整合了基于基因表达谱、免疫组化和深度学习图像分析的CMS分类方法,并探讨了单细胞测序解决肿瘤内异质性的新策略 | 肿瘤内异质性和技术障碍限制了临床应用的广泛采纳 | 评估CMS分类在结直肠癌预后预测和治疗指导中的价值 | 结直肠癌分子亚型及其临床特征 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 基因表达谱分析,免疫组化,单细胞RNA测序,深度学习 | 深度学习 | 基因表达数据,病理图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 512 | 2025-11-25 |
Adipose-derived mesenchymal stem cell therapy modulates mitochondrial function to attenuate acetaminophen-induced liver injury by DDIT4/PGC-1α axis
2025-Nov-24, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04815-3
PMID:41276869
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研究论文 | 本研究探讨脂肪来源间充质干细胞通过DDIT4/PGC-1α轴调节线粒体功能缓解对乙酰氨基酚诱导肝损伤的机制 | 首次揭示AMSCs通过DDIT4介导的PGC-1α上调诱导线粒体生物发生和线粒体自噬,从而恢复线粒体功能 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化需要进一步验证 | 探究间充质干细胞治疗对乙酰氨基酚诱导肝损伤的线粒体功能调节机制 | 对乙酰氨基酚诱导肝损伤小鼠模型、肝细胞特异性DDIT4敲除小鼠、AILI患者肝组织样本 | 细胞治疗 | 药物性肝损伤 | RNA-Seq, snRNA-Seq, 空间转录组学分析 | NA | 基因表达数据, 组织学数据 | 小鼠模型和患者肝组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 513 | 2025-11-25 |
PBMCpedia: a harmonized PBMC scRNA-seq database with unified mapping and enhanced celltype annotation
2025-Nov-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1245
PMID:41277528
|
研究论文 | 本研究构建了一个统一处理与注释的PBMC单细胞RNA测序数据库PBMCpedia | 通过标准化流程统一处理24项公开研究的519个样本,提供跨疾病、细胞类型、性别和年龄组的元数据感知比较 | 仅包含公开可用数据,未涉及新样本采集 | 解决PBMC单细胞转录组研究中数据整合困难的问题 | 外周血单个核细胞(PBMC) | 单细胞转录组学 | 自身免疫疾病,传染病,神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据,T细胞受体/B细胞受体谱数据,表面蛋白测量数据 | 519个样本(超过430万个细胞) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 514 | 2025-11-25 |
Single-cell transcriptome profiling reveals immunological fitness of HIV long-term non-progressors
2025-Nov-24, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01597-25
PMID:41277843
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示HIV长期不进展者的免疫适应性特征 | 首次在单细胞水平系统比较HIV长期不进展者、典型进展者和健康捐赠者的免疫细胞转录组差异 | 样本量较小(仅12名参与者),仅分析外周血单个核细胞 | 研究HIV长期不进展者的免疫学特征与非进展机制 | HIV长期不进展者、典型进展者和健康捐赠者的外周血单个核细胞 | 单细胞生物学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | 高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA) | 单细胞转录组数据 | 12名个体(4名LTNP、4名TP、4名HD) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 515 | 2025-11-25 |
Cmss1 limits FMDV infection by enhancing antigen presentation and CD8+ T cell responses
2025-Nov-24, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01249-25
PMID:41277842
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了树突状细胞在口蹄疫病毒感染中的作用,并发现Cmss1通过增强抗原呈递和CD8+ T细胞反应限制病毒感染 | 首次开发了缺乏I型干扰素受体的小鼠感染模型,通过单细胞RNA测序绘制了FMDV感染小鼠脾脏DC的高分辨率图谱,并鉴定出Cmss1作为新的宿主因子 | 研究主要使用小鼠模型,结果在猪等自然宿主中的适用性需要进一步验证 | 探究树突状细胞在口蹄疫病毒感染中的作用机制,寻找抗病毒治疗新靶点 | 缺乏I型干扰素受体的C57BL/6小鼠、树突状细胞、FMDV病毒 | 免疫学 | 口蹄疫 | 单细胞RNA测序、基因编辑 | NA | 单细胞转录组数据 | 感染FMDV的小鼠脾脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 516 | 2025-11-25 |
Single-cell and spatial transcriptome-based metabolism-immunity interaction network and therapeutic target discovery of matrine in cervical cancer
2025-Nov-24, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04801-9
PMID:41283998
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研究论文 | 本研究通过整合TCGA数据库分析、单细胞测序和空间转录组技术,探索宫颈癌的代谢-免疫相互作用网络及苦参碱的治疗潜力 | 首次结合单细胞测序和空间转录组技术系统揭示宫颈癌代谢-免疫相互作用网络,并发现苦参碱通过调控钙信号通路和炎症相关基因发挥抗肿瘤作用 | 苦参碱的确切作用机制尚未完全明确,研究结果主要基于生物信息学分析和初步体外实验 | 探索宫颈癌的分子机制及苦参碱的治疗潜力,为宫颈癌治疗提供新的研究方向 | 宫颈癌组织样本及相关基因数据 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 单细胞测序,空间转录组,生物信息学分析,分子对接 | CIBERSORT算法,ESTIMATE算法 | 基因表达数据,单细胞数据,空间转录组数据 | 从TCGA数据库筛选758个差异基因,其中453个与宫颈癌靶点重叠,发现20个核心基因 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组 | NA | NA |
| 517 | 2025-11-25 |
Azvudine remodels the local immunosuppressive microenvironment and exhibits sustained anti-tumor effects in combination with anti-PD-1 therapies
2025-Nov-24, Frontiers of medicine
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s11684-025-1164-0
PMID:41284146
|
研究论文 | 本研究探讨阿兹夫定单用或联合抗PD-1疗法对肿瘤微环境的免疫调节作用及抗肿瘤效果 | 首次揭示阿兹夫定通过诱导免疫原性细胞死亡和重塑免疫抑制微环境增强抗PD-1疗法的协同抗肿瘤作用 | 研究基于小鼠同系肿瘤模型,需进一步临床验证在不同肿瘤类型中的转化潜力 | 评估阿兹夫定在肿瘤免疫治疗中的免疫调节机制和联合治疗潜力 | 免疫健全小鼠建立的同系肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫学检测 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 免疫健全小鼠肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 518 | 2025-11-25 |
Prognostic and Immunological Significance of TIPARP in Pancreatic Cancer
2025-Nov-24, Digestive diseases and sciences
IF:2.5Q2
DOI:10.1007/s10620-025-09546-2
PMID:41284141
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研究论文 | 本研究探讨了TIPARP在胰腺癌中的预后价值和免疫学意义 | 首次系统揭示TIPARP在胰腺癌中的独立预后价值、免疫调节功能及其通过PI3K-Akt信号通路促进肿瘤进展的机制 | 研究主要基于公共数据库分析,实验验证主要在体外进行,缺乏体内动物模型验证 | 阐明TIPARP在胰腺癌中的临床意义和生物学功能 | 胰腺导管腺癌(PAAD)患者组织和细胞系 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,免疫浸润分析,孟德尔随机化分析,体外功能实验,通路富集分析 | 列线图(nomogram) | 基因表达数据,临床数据,单细胞转录组数据 | TCGA-PAAD数据库178例,GTEx数据库171例正常组织 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 519 | 2025-11-25 |
LRP12 promotes gastric cancer progression through AKT/mTOR signaling and M2 macrophage-mediated immunosuppression
2025-Nov-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-28503-7
PMID:41276539
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研究论文 | 本研究揭示了LRP12通过激活AKT/mTOR信号通路和诱导M2巨噬细胞介导的免疫抑制促进胃癌进展的机制 | 首次发现LRP12作为炎症相关基因在胃癌中的预后价值,并阐明其通过AKT/mTOR信号和M2巨噬细胞极化双重机制促进肿瘤进展 | 研究主要基于实验模型验证,临床转化价值仍需进一步人群研究确认 | 鉴定胃癌炎症相关生物标志物并探索其调控肿瘤免疫微环境的机制 | 胃癌细胞系、公共数据集、内部患者队列、异种移植模型 | 肿瘤免疫学 | 胃癌 | 单细胞转录组学、多重免疫荧光/免疫组化、Western blotting、细胞增殖和侵袭实验 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质印迹数据、免疫组化图像 | 公共数据集与内部队列整合分析,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 520 | 2025-11-25 |
Metabolic reprogramming and mitochondrial dysfunction underlie β gonia arrest and niche cell dysfunction in sterile triploid oysters
2025-Nov-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09202-5
PMID:41276684
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序技术,揭示了三倍体牡蛎不育的分子机制,重点关注β精原细胞停滞和生态位细胞功能障碍 | 首次构建了不育三倍体牡蛎性腺的空间分辨分子图谱,揭示了SOHLH2沉默驱动的线粒体功能障碍和NOTCH-Hes1a-CCNA2信号介导的生态位细胞G期阻滞 | 由于牡蛎性腺缺乏明确结构边界,细胞类型鉴定具有挑战性 | 阐明三倍体牡蛎不育的分子基础 | 雌性三倍体太平洋牡蛎的性腺组织 | 空间转录组学 | 不育症 | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单核RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | NA |