单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 929 篇文献，本页显示第 481 - 500 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2025-11-28 |
Matrix metalloproteinases are hallmark early biomarkers and therapeutic targets in FSHD
2025-Nov-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.195104
PMID:40966415
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研究论文 | 本研究揭示了基质金属蛋白酶(MMPs)在面肩肱型肌营养不良症(FSHD)中作为早期生物标志物和治疗靶点的重要作用 | 首次通过单细胞RNA测序确定FAPs和巨噬细胞是肌营养不良肌肉中MMPs的主要来源，并证明泛MMP抑制剂batimastat可改善肌肉病变 | 研究主要基于动物模型，人类临床验证尚需进一步研究 | 探究MMPs在FSHD疾病进展中的作用机制及治疗潜力 | 面肩肱型肌营养不良症(FSHD)患者活检样本和iDUX4pA FSHD小鼠模型 | 生物医学研究 | 肌营养不良症 | RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 482 | 2025-11-28 |
Platelets impair the resolution of inflammation in atherosclerotic plaques in insulin-resistant mice after lipid lowering
2025-Nov-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.193593
PMID:41066197
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研究论文 | 本研究探讨胰岛素抵抗状态下血小板如何阻碍降脂治疗期间动脉粥样硬化斑块的炎症消退 | 首次揭示血小板通过抑制Fcgr4+巨噬细胞亚群扩增阻碍斑块炎症消退的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床数据有限 | 探究血小板在胰岛素抵抗个体降脂治疗中影响动脉粥样硬化斑块炎症消退的作用机制 | 肥胖胰岛素抵抗小鼠模型及人类临床数据 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据，临床数据 | 小鼠模型及患者队列（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 483 | 2025-11-28 |
Key Considerations on CITE-Seq for Single-Cell Multiomics
2025-Nov, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.202400011
PMID:39924789
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综述 | 本文聚焦CITE-Seq单细胞多组学技术的工作流程，以微孔板单细胞分析系统为例，提供抗体衍生标签染色、文库制备、测序和数据分析的关键注意事项 | 系统梳理CITE-Seq技术实施要点，首次以微孔板单细胞分析系统为范例提供全流程实用指南 | NA | 为研究人员提供执行CITE-Seq完整工作流程的实用指导 | 单细胞多组学分析技术 | 单细胞多组学 | NA | CITE-Seq, 单细胞mRNA测序, 抗体衍生标签 | NA | 基因表达数据, 蛋白质丰度数据 | NA | NA | 单细胞多组学, CITE-Seq | NA | 微孔板单细胞分析系统 |
| 484 | 2025-11-28 |
Splicing-aware scRNA-Seq resolution reveals execution-ready programs in effector Tregs
2025-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013682
PMID:41212920
|
研究论文 | 开发了一种名为SANSARA的剪接感知单细胞RNA测序分析方法，用于识别效应Treg细胞中的执行就绪程序 | 首次在单细胞RNA测序降维分析中区分剪接和未剪接mRNA，揭示了传统方法无法检测的细胞功能状态 | 方法验证主要限于外周血调节性T细胞，在其他细胞类型和组织中的普适性需要进一步验证 | 开发剪接感知的单细胞RNA测序分析方法，以更精确地解析细胞功能状态 | 外周血调节性T细胞(Treg)亚群，包括Th1和细胞毒性CD4+ T细胞亚群 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 485 | 2025-11-28 |
Single-cell omics arena: evaluation of large language models for automatic cell-type annotations on single-cell omics data via RNA-seq bridging
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf622
PMID:41283813
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研究论文 | 本文评估大型语言模型在单细胞组学数据中自动细胞类型注释的能力，并提出了跨模态翻译方法 | 首次系统评估8种大型语言模型在1226个细胞类型注释任务中的表现，并提出基于VAE的跨模态翻译模块处理非可解释特征 | 仅评估了11个公开可用的单细胞RNA测序数据集，模型性能可能受限于数据集规模和多样性 | 评估大型语言模型在单细胞组学数据中自动细胞类型注释的能力 | 单细胞组学数据中的细胞类型注释 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 大型语言模型(LLM), VAE | 基因表达数据, 表观遗传标记 | 11个公开单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 486 | 2025-11-28 |
PTGER4 Governs Immune Evasion and Therapy Resistance in Kidney Cancer via Ribosome Biogenesis Dysregulation
2025-Nov, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70956
PMID:41284374
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研究论文 | 本研究通过多组学数据分析揭示了PTGER4通过调控核糖体生物合成影响肾癌免疫逃逸和治疗抵抗的机制 | 首次发现PTGER4作为肾癌中的关键抑癌基因，通过调控核糖体生物合成影响免疫应答和治疗反应 | NA | 探究核糖体生物合成异常在肾透明细胞癌进展和免疫治疗反应中的作用机制 | 肾透明细胞癌(KIRC)患者肿瘤样本 | 机器学习 | 肾癌 | 单细胞RNA测序,基因网络分析(hdWGCNA),机器学习 | NA | 多组学数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 487 | 2025-11-28 |
Development of a PANoptosis-Related Pathomics Prognostic Model in Ovarian Cancer: A Multi-Omics Study
2025-Nov, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70958
PMID:41284376
|
研究论文 | 本研究开发了一个基于PANoptosis相关病理组学的卵巢癌预后模型，通过多组学分析揭示了STAT4 T细胞通过特定通路激活上皮细胞PANoptosis的机制 | 首次将PANoptosis这一综合细胞死亡机制引入卵巢癌预后研究，并开发了基于深度学习的病理组学预后模型 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 阐明PANoptosis在卵巢癌预后中的作用并开发预后模型 | 卵巢癌患者数据 | 数字病理 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,深度学习 | ResNet-50,深度学习模型 | 基因表达数据,空间数据,病理图像 | TCGA、GTEx和GEO数据库的卵巢癌数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 488 | 2025-11-28 |
Scalable inference and identifiability of kinetic parameters for transcriptional bursting from single cell data
2025-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf581
PMID:41131798
|
研究论文 | 开发了一种基于化学主方程模型参考库的计算流程，用于从单细胞RNA测序数据推断转录爆发动力学参数 | 提出了可扩展的动力学参数推断和可识别性分析方法，能够区分实验噪声与模型结构特性对参数不确定性的贡献 | 研究发现对于电报模型，大部分参数空间从单细胞RNA测序数据中实际上不可识别，低实验捕获率会恶化可识别性 | 从单细胞数据推断转录爆发的动力学参数并分析参数可识别性 | 基因表达动力学参数和单细胞RNA测序数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 化学主方程模型，随机电报模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 489 | 2025-11-27 |
Elevated tumor-associated androgen receptor activity correlates with poor immune infiltration and immunotherapy response across cancer types
2025-Nov-26, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0409
PMID:41295980
|
研究论文 | 本研究通过泛癌分析揭示了雄激素受体活性与肿瘤免疫浸润及免疫治疗反应的负相关性 | 首次在泛癌水平系统揭示雄激素受体活性与免疫浸润的负相关性，并证明其作为免疫治疗预测生物标志物的潜力 | 研究主要基于回顾性数据分析，需要前瞻性临床试验验证 | 探究雄激素受体活性在不同癌种和性别中对肿瘤免疫浸润及免疫治疗反应的影响 | 33种TCGA癌症类型、前列腺癌单细胞数据集、免疫治疗队列患者 | 生物信息学 | 多癌种 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、通路分析、Cox回归、数字空间分析、免疫组织化学 | 网络推断方法、生存分析模型 | 转录组数据、单细胞数据、蛋白质组数据、临床数据 | 33种TCGA癌症类型的批量RNA-seq数据、前列腺癌单细胞meta-atlas、免疫治疗队列 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 490 | 2025-11-27 |
Molecular pathology of intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas: current understanding and perspectives on malignant progression
2025-Nov-26, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-025-02328-7
PMID:41296011
|
综述 | 本文总结胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤的分子病理学研究进展，特别关注其恶性进展机制 | 整合新一代测序技术、单细胞测序和空间转录组学等最新技术揭示IPMN的分子特征 | 目前尚未建立有效的非手术治疗策略，分子发病机制仍不完全清楚 | 阐明胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤的分子病理学特征和恶性进展机制 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤及其向胰腺导管腺癌的进展过程 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 新一代测序、单细胞测序、空间转录组学、质谱分析 | 基因工程小鼠模型 | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据 | NA | NA | 单细胞测序、空间转录组学、新一代测序 | NA | NA |
| 491 | 2025-11-27 |
Rewiring the transcriptome: diagnostic and therapeutic implications of alternative splicing in solid cancers
2025-Nov-26, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-025-11302-8
PMID:41296088
|
综述 | 本文综述了实体瘤中可变剪接的分子机制、临床意义及治疗策略 | 系统整合了可变剪接在癌症诊断和治疗中的最新进展，强调剪接衍生新抗原和靶向治疗策略的创新性 | 存在剪接异质性、脱靶效应和蛋白质水平验证不完整等临床转化挑战 | 探讨可变剪接在实体瘤中的诊断和治疗意义 | 实体瘤（包括乳腺癌、前列腺癌、肺癌、结直肠癌和中枢神经系统肿瘤） | 生物医学 | 实体瘤 | 长读长测序、单细胞转录组学、蛋白质基因组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 492 | 2025-11-27 |
Using single cell sequencing to investigate tumor microenvironment differences in left and right colon cancer and prognosis-related core genes
2025-Nov-25, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03375-5
PMID:41288794
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研究论文 | 通过单细胞测序技术研究左右结肠癌肿瘤微环境差异并构建预后相关风险模型 | 首次在单细胞水平系统比较左右结肠癌的肿瘤微环境差异，并识别出7个预后相关核心基因 | 数据来源于公共数据库，缺乏独立验证队列 | 探究左右结肠癌肿瘤微环境差异并建立预后预测模型 | 结肠癌患者单细胞RNA测序数据和TCGA数据库临床数据 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序, 基因集富集分析, 免疫组化 | Cox回归模型, 列线图模型 | 单细胞RNA测序数据, 临床数据, 免疫组化图像 | GEO数据库单细胞数据和TCGA结肠癌患者数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 493 | 2025-11-27 |
Function and Development of Deep-sea Mussel Bacteriocytes Revealed by SnRNA-seq and Spatial Transcriptomics
2025-Nov-25, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf109
PMID:41289084
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研究论文 | 通过单核RNA测序和空间转录组学揭示深海贻贝细菌细胞的功能与发育机制 | 首次结合原位去定植实验、单核转录组和空间转录组技术系统解析深海共生体系中细菌细胞的功能与发育轨迹 | NA | 探究深海贻贝与化学合成微生物共生体系中细菌细胞的功能特性和发育过程 | 深海贻贝的细菌细胞（宿主细胞内共生菌） | 空间转录组学 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学, 原位去定植实验, 多组学分析, 3D重建 | NA | 转录组数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 494 | 2025-11-27 |
CD8+ T cell depletion promotes human Tph/Tfh cell proliferation and Sjögren syndrome-like symptoms in PBMC-based humanized mice
2025-Nov-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.191700
PMID:41277554
|
研究论文 | 本研究开发了一种通过CD8+ T细胞耗竭促进人Tph/Tfh和B细胞增殖的方法，并建立了干燥综合征样症状的人源化小鼠模型 | 首次发现CD8+ T细胞耗竭可促进人Tph/Tfh细胞在体增殖，并建立了可模拟干燥综合征症状的PBMC人源化小鼠模型 | 研究基于人源化小鼠模型，与真实人体环境存在差异 | 研究人Tph/Tfh细胞分化机制及干燥综合征发病机理 | 人外周血单个核细胞、人源化小鼠模型、Tph/Tfh细胞、B细胞、CD8+ T细胞 | 免疫学 | 干燥综合征 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 多色流式细胞术 | 人源化小鼠模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 人PBMC移植的免疫缺陷小鼠 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | NA |
| 495 | 2025-11-27 |
Dicer is essential for proper maturation, composition, and function in the postnatal retina
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113794
PMID:41244583
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研究论文 | 本研究探讨了Dicer/miRNAs在出生后视网膜发育中的关键作用 | 首次揭示了Dicer在出生后视网膜祖细胞/前体细胞中对视网膜成熟和功能的必要性 | 研究主要基于小鼠模型，结果向人类转化的适用性需要进一步验证 | 评估Dicer缺失对出生后视网膜发育和功能的影响 | 小鼠视网膜祖细胞/前体细胞和成年视网膜 | 发育生物学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序,光学相干断层扫描,视网膜电图,组织学分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 转录组数据,图像数据,电生理数据 | 一周龄和成年小鼠视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 496 | 2025-11-27 |
Fibrinogen triggers perivascular fibroblast activation in a mouse model of cortical ischemic stroke
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113834
PMID:41280671
|
研究论文 | 本研究揭示了纤维蛋白原是皮质缺血性中风小鼠模型中血管周围成纤维细胞活化的关键触发因子 | 首次证明血液来源的纤维蛋白原通过β1整合素信号通路诱导血管周围成纤维细胞活化，并揭示其通过髓系细胞间接促进纤维化瘢痕形成的机制 | 研究仅限于小鼠光血栓形成模型，人类疾病中的适用性需要进一步验证 | 探究缺血性中风后纤维化瘢痕形成的分子机制 | 小鼠皮质缺血性中风模型中的血管周围成纤维细胞 | 神经科学 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序，遗传学方法，药理学干预 | NA | 基因表达数据，细胞行为观察数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 497 | 2025-11-27 |
Multi-cellular phenotypic dynamics during the progression of an immunocompetent breast cancer model
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113808
PMID:41280683
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析免疫活性乳腺癌模型中肿瘤微环境的多细胞表型动态变化 | 首次在小鼠乳腺癌同种移植模型中系统描绘肿瘤微环境的多细胞表型时间动态模式 | 使用小鼠模型而非人类样本，可能无法完全反映人类乳腺癌的复杂性 | 揭示乳腺癌肿瘤微环境中细胞组成和表型的时间动态变化规律 | 小鼠乳腺癌同种移植模型中的肿瘤微环境细胞 | 单细胞生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 不同时间点的小鼠乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 498 | 2025-11-27 |
Innovative insights and future research directions in gastric cancer through single-cell RNA sequencing
2025-Nov-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v17.i11.103808
PMID:41281499
|
综述 | 本文通过单细胞RNA测序分析胃癌，解读研究发现并提出未来研究方向 | 提出整合多组学方法、空间转录组学、人工智能临床应用和新型免疫治疗策略等创新研究方向 | NA | 改善胃癌治疗结果，推动个性化医疗和早期检测 | 胃癌及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 499 | 2025-11-27 |
S3R: Modeling spatially varying associations with Spatially Smooth Sparse Regression
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.06.674629
PMID:40964272
|
研究论文 | 提出一种名为S3R的空间平滑稀疏回归框架，用于建模空间转录组数据中分子和细胞特征之间的空间变化关联 | 结合结构化稀疏性和最小生成树引导的平滑惩罚，能够在邻域内保持系数连贯性同时允许锐利边界 | NA | 开发能够处理空间转录组数据中噪声、共线性、细胞混合和高维预测因子的统计模型 | 空间转录组数据中的分子和细胞特征关联 | 空间转录组学 | 乳腺癌,胰腺导管腺癌,皮肤感染,神经退行性疾病 | 空间转录组学 | 稀疏回归 | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, Xenium | Visium空间转录组平台, Xenium原位分析平台 |
| 500 | 2025-11-27 |
YAP1 Depletion Enhances TAZ and its Complexation with TEAD4 and AP-1 Heterodimer C-JUN/FOSB to Promote Gastric Cancer Progression and Metastases
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.683933
PMID:41292957
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和功能实验揭示了YAP1缺失通过增强TAZ与TEAD4/AP-1异源二聚体的复合物形成促进胃癌腹膜转移的机制 | 首次在胃癌腹膜转移中发现YAP1抑制会代偿性上调TAZ，并揭示TAZ与TEAD4/AP-1异源二聚体形成新型转录复合物的机制 | 研究主要聚焦于胃癌腹膜转移，其他转移类型的适用性需进一步验证 | 评估YAP1和TAZ双重靶向在胃癌腹膜转移治疗中的协同抗肿瘤效果 | 胃癌腹膜转移组织、患者来源异种移植模型和KPLuc2同系模型 | 癌症生物学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 共免疫荧光染色, 基因敲除, 反义寡核苷酸抑制, 共免疫沉淀, 荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据, 体内外功能验证数据 | 胃癌腹膜转移组织样本和多个体内模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |