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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2025-11-29 |
Single-cell and spatial transcriptomics implicate a prognostic function of tertiary lymphoid structures in gastric cancer
2025-Nov-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65421-8
PMID:41290589
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学分析揭示三级淋巴结构在胃癌中的预后功能 | 首次整合单细胞和空间转录组学分析不同空间定位模式的三级淋巴结构,发现iTLS富集肿瘤中特定免疫细胞亚群,并揭示HEV通过VCAM1/ICAM1-CXCL13-ACKR1通路促进TLS形成的新机制 | 样本量相对有限(30例胃癌标本),需要在更大队列中验证发现 | 探究三级淋巴结构在胃癌中的预后功能和免疫治疗预测价值 | 30例按TLS空间定位模式分层的胃癌标本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序,空间转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | 30例胃癌标本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 462 | 2025-11-29 |
Machine learning driven multiomics analysis identifies disulfidptosis associated molecular subtypes in ovarian cancer
2025-Nov-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-26157-z
PMID:41290867
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研究论文 | 本研究通过机器学习驱动的多组学分析,在卵巢癌中鉴定出与双硫死亡相关的分子亚型 | 首次将双硫死亡机制纳入卵巢癌分类系统,并构建了10基因预测模型 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 建立卵巢癌双硫死亡相关分子亚型分类系统 | 卵巢癌患者样本 | 机器学习 | 卵巢癌 | 单细胞测序,空间转录组学,免疫组化 | CNN+GRU, LASSO回归,随机森林 | 基因表达数据,单细胞数据,空间转录组数据 | 来自TCGA和GEO数据库的卵巢癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 463 | 2025-11-29 |
Immune cell-resolved transcriptomics provides insights into the basis for variations of fish genetic resistance to viral disease
2025-Nov-25, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02452-z
PMID:41291655
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研究论文 | 通过整合批量组织RNA-seq和单细胞RNA-seq技术,揭示虹鳟鱼对病毒性出血性败血症病毒遗传抗性的免疫细胞特异性转录组基础 | 首次在鱼类中结合批量组织和单细胞分辨率转录组学,解析不同遗传抗性品系免疫细胞对病毒感染的异质性响应 | 研究仅针对两个极端抗性品系,可能无法完全代表自然种群中的遗传多样性 | 探究鱼类对病毒感染的遗传抗性机制 | 虹鳟鱼(抗性和易感性等基因系) | 转录组学 | 病毒性出血性败血症 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 两个虹鳟鱼等基因系的前肾组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 464 | 2025-11-29 |
Identification and validation of PANoptosis-related biomarkers in Alzheimer's disease via single-cell RNA sequencing and machine learning
2025-Nov-25, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-03335-3
PMID:41291841
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法识别并验证了阿尔茨海默病中与PANoptosis相关的生物标志物 | 首次在阿尔茨海默病中系统研究PANoptosis相关基因,并整合单细胞测序与多种机器学习算法识别生物标志物 | BACH2基因的转录组学发现未能通过qRT-PCR验证,样本来源和数量可能存在限制 | 探索PANoptosis在阿尔茨海默病发病机制中的作用并识别相关生物标志物 | 阿尔茨海默病患者和正常对照的基因表达数据及临床样本 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,qRT-PCR,机器学习 | LASSO,支持向量机,随机森林 | 基因表达数据 | 多个数据集(GSE181279,GSE85426,GSE48350)和临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 465 | 2025-11-29 |
M2 macrophages and tumor cells engage in a metabolic feedback loop to drive HCC progression
2025-Nov-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-25673-2
PMID:41286064
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了肝细胞癌中肿瘤细胞与M2巨噬细胞之间的代谢反馈环路 | 发现了肝细胞癌中OXPHOS-核糖体-M2极化轴这一新的代谢-免疫轴,揭示了肿瘤细胞与M2巨噬细胞之间的代谢耦合机制 | 对肿瘤微环境中TAM重编程的具体分子机制理解仍不充分 | 探索肝细胞癌肿瘤微环境中肿瘤细胞与M2巨噬细胞的代谢相互作用机制 | 肝细胞癌肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞 | 单细胞组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 预后模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, TCGA数据库 | 多个队列的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 466 | 2025-11-29 |
Discovery and validation of proliferative exhausted T cells as a favorable prognostic biomarker in esophageal squamous cell carcinoma
2025-Nov-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-25535-x
PMID:41286177
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现并验证了增殖性耗竭T细胞作为食管鳞癌预后生物标志物的重要价值 | 首次在食管鳞癌中发现增殖性耗竭T细胞亚群,并证明其高浸润与患者生存改善显著相关 | NA | 探索T细胞耗竭异质性在食管鳞癌肿瘤微环境中的作用及预后价值 | 食管鳞癌患者样本中的T细胞亚群 | 生物信息学 | 食管鳞癌 | 单细胞RNA测序,TCR测序,微阵列,批量RNA测序,qRT-PCR | 机器学习 | 基因表达数据,单细胞数据 | 多个发现和验证队列的食管鳞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 467 | 2025-11-29 |
Single-cell transcriptomic analysis of HPV-related multiphenotypic sinonasal carcinoma uncovers MYB-HPV association
2025-Nov-24, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01164-5
PMID:41286405
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示HPV相关多表型鼻腔鼻窦癌中MYB与HPV的关联 | 首次在单细胞水平证明HPV相关多表型鼻腔鼻窦癌中HPV阳性细胞与MYB表达的相关性,并发现与预后相关的基因特征 | 样本量较小,仅分析单个HMSC肿瘤,需要进一步验证 | 探究HPV相关多表型鼻腔鼻窦癌的分子特征及其与MYB的关联 | HPV相关多表型鼻腔鼻窦癌肿瘤样本 | 单细胞组学 | 鼻腔鼻窦癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1个HMSC肿瘤样本,与已发表的ACC和OPSCC数据集比较 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 468 | 2025-11-29 |
scKGBERT: a knowledge-enhanced foundation model for single-cell transcriptomics
2025-Nov-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03862-6
PMID:41286991
|
研究论文 | 开发了一种整合单细胞转录组数据和蛋白质相互作用知识的基础模型scKGBERT | 首次将4100万单细胞RNA-seq图谱与890万蛋白质相互作用数据整合,采用高斯注意力机制强调关键基因 | NA | 提高单细胞转录组数据的生物解释性和预测性能 | 单细胞转录组数据和蛋白质相互作用网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | BERT, 基础模型 | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | 4100万单细胞RNA-seq图谱, 890万蛋白质相互作用 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 469 | 2025-11-29 |
Integrative transcriptomic profiling and machine learning reveal hypoxia-associated molecular signatures for precision diagnosis in thyroid eye disease
2025-Nov-24, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-025-00860-4
PMID:41287009
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研究论文 | 本研究通过整合转录组分析和机器学习方法,开发了一种基于缺氧相关分子标志物的甲状腺眼病精准诊断模型 | 首次将缺氧相关基因特征与机器学习算法结合,构建甲状腺眼病诊断模型,并在单细胞水平验证关键基因的表达模式 | 样本量相对有限,需要更大规模的前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 开发甲状腺眼病的早期精准诊断方法和探索潜在治疗靶点 | 甲状腺眼病患者、无眼部受累的Graves甲亢患者和健康对照者的外周血样本 | 机器学习 | 甲状腺眼病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析 | 随机森林, 逻辑回归 | RNA测序数据 | 甲状腺眼病患者、Graves甲亢患者和健康对照者的外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 470 | 2025-11-29 |
Chemically Defined, Efficient Megakaryocyte Production from Human Pluripotent Stem Cells
2025-Nov-20, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14221835
PMID:41294888
|
研究论文 | 开发了一种化学限定、无饲养层的人类多能干细胞高效生成巨核细胞的方法 | 使用小分子MPL激动剂Butyzamide替代重组TPO,结合M-CSF和3D悬浮培养,实现高效、可重复的巨核细胞生产 | NA | 建立标准化、供体独立的巨核细胞生产平台,用于研究和治疗开发 | 人类多能干细胞(hPSCs)及其衍生的巨核细胞(PSC-MKs) | 干细胞与再生医学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序,三维悬浮培养 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 471 | 2025-11-29 |
Genetic Evidence Prioritizes Neurocognitive Decline as a Causal Driver of Sleep Disturbances: A Multi-Omics Analysis Identifying Causal Genes and Therapeutic Targets
2025-Nov-20, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47110967
PMID:41296471
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研究论文 | 通过多阶段遗传学和多组学分析,揭示了神经认知衰退是睡眠障碍的因果驱动因素,并识别了相关因果基因和治疗靶点 | 首次通过大规模双向孟德尔随机化分析确定了神经认知衰退与睡眠障碍之间的不对称因果关系模式,并结合多组学分析识别了细胞类型特异性的基因调控机制 | 研究主要基于遗传数据,需要进一步的实验验证来确认分子机制 | 阐明睡眠障碍与神经退行性疾病之间的因果关系并识别治疗靶点 | 阿尔茨海默病和睡眠障碍的遗传关联 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 孟德尔随机化分析,多组学分析,机器学习,分子对接 | 机器学习模型 | 遗传数据,转录组数据 | 大规模遗传样本 | NA | bulk RNA-seq,单细胞转录组学 | NA | NA |
| 472 | 2025-11-29 |
Dysregulated ITGA3/FAK/YAP axis mediates impaired alveolar type II epithelial cells function in COPD
2025-Nov-19, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.11.033
PMID:41270956
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞基因组学、临床前模型和功能类器官研究,阐明了ROS/ITGA3/FAK/YAP轴在慢性阻塞性肺疾病中肺泡II型上皮细胞更新功能障碍的核心调控作用 | 首次揭示ROS/ITGA3/FAK/YAP轴在COPD肺泡再生缺陷中的核心调控机制,并证明ROS/ITGA3可作为COPD再生治疗的新靶点 | 研究主要基于动物模型和类器官实验,需要在人体组织中进一步验证 | 阐明COPD中肺泡II型上皮细胞功能受损的分子机制和再生缺陷 | 肺泡II型上皮细胞、慢性香烟烟雾暴露小鼠模型、肺泡类器官 | 单细胞基因组学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序、免疫染色、类器官培养、遗传操作、药理学干预 | NA | 单细胞RNA测序数据、图像数据 | 患者和香烟烟雾暴露小鼠来源的样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 473 | 2025-11-29 |
Facial Clefts and the Trigeminal Nerve: A Narrative Review of the Literature and Clinical Considerations in the Era of Personalized Medicine
2025-Nov-15, Journal of personalized medicine
IF:3.0Q1
DOI:10.3390/jpm15110556
PMID:41295258
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综述 | 探讨三叉神经发育与面部裂畸形之间的关联,为个性化医疗时代提供神经发育视角的临床考量 | 提出三叉神经发育障碍在面部裂畸形发病机制中的关键作用,并建立基于神经支配区域的新型分类框架 | 叙述性综述方法存在文献选择性覆盖和缺乏定量综合的局限性 | 探索三叉神经发育对面部裂畸形的影响及其在个性化医疗中的应用 | 面部裂畸形患者、畸形胎儿和正常人类胚胎的组织学数据 | 医学胚胎学 | 面部裂畸形 | 组织学分析、单细胞转录组学、类器官模型、胎儿MRI纤维束成像 | NA | 胚胎学、解剖学和临床数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 474 | 2025-11-29 |
Single-cell profiling of blood and cerebrospinal fluid in tuberculous meningitis
2025-Nov-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf186
PMID:40795373
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结核性脑膜炎患者脑脊液和血液的免疫细胞特征 | 首次在脑感染领域应用单细胞RNA测序技术分析脑脊液样本,揭示了脑脊液特异性免疫细胞亚群和炎症特征 | 样本量较小(仅4例患者),且仅分析了治疗前的样本 | 探索结核性脑膜炎患者脑脊液和血液中的免疫病理机制 | 结核性脑膜炎患者的脑脊液和配对外周血单个核细胞 | 单细胞测序 | 结核性脑膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4例结核性脑膜炎患者的脑脊液和配对外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 475 | 2025-11-28 |
Single cell RNA seq of the major cell types in the larva of the sea star, Patiria miniata
2025-Nov-27, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists
IF:2.0Q3
DOI:10.1002/dvdy.70100
PMID:41306072
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了海星Patiria miniata幼虫发育过程中的主要细胞类型及其基因表达轨迹 | 首次提供了海星幼虫发育的单细胞转录组图谱,发现原始生殖细胞与体腔囊细胞具有相似的基因表达谱,并揭示了外胚层上皮的高度异质性 | 研究主要聚焦于第3天幼虫,其他发育时间点的分析相对有限 | 研究海星发育过程中细胞类型分化和基因表达机制 | 海星Patiria miniata受精后1-4天的幼虫 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,原位RNA杂交 | NA | 单细胞转录组数据 | 海星幼虫发育1-4天的细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 476 | 2025-11-28 |
DBP: Adaptive and Interpretable Factor Analysis for Single-cell RNA-seq Data with Deep Beta Processes
2025-Nov-26, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf117
PMID:41298306
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研究论文 | 提出一种基于深度Beta过程的单细胞RNA-seq数据自适应可解释因子分析方法 | 通过stick-breaking Beta过程实现因子数量的自适应选择,并采用对抗学习策略进行批次校正 | NA | 开发自适应且可解释的因子分析方法用于单细胞转录组数据分析 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 胃腺癌 | 单细胞RNA测序 | 深度概率框架,Beta过程 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 477 | 2025-11-28 |
Rheumatoid arthritis synovial fibroblasts modulate T cell activation
2025-Nov-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.193054
PMID:41055954
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研究论文 | 本研究揭示了类风湿关节炎滑膜成纤维细胞通过IDO1介导的色氨酸消耗调控T细胞活化的新机制 | 首次发现滑膜成纤维细胞通过IDO1介导的色氨酸消耗诱导T细胞低反应性,并证实其在滑膜微环境中的主导免疫调节作用 | 未明确说明研究样本的具体数量及实验设计的局限性 | 探究类风湿关节炎滑膜成纤维细胞对T细胞活化的调节机制 | 类风湿关节炎患者的滑膜成纤维细胞和T细胞 | 免疫学 | 类风湿关节炎 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 478 | 2025-11-28 |
Multi-omics analysis reveals different cholesterol metabolism subtypes in colorectal cancer
2025-Nov-24, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03993-z
PMID:41283923
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研究论文 | 通过多组学分析识别结直肠癌中不同的胆固醇代谢亚型及其临床意义 | 首次基于胆固醇代谢相关基因对结直肠癌进行分子分型,并系统揭示不同亚型的肿瘤微环境特征和免疫治疗响应差异 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 识别结直肠癌的胆固醇代谢亚型并揭示其分子和免疫学特征 | 结直肠癌患者样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 基因组分析 | 无监督聚类 | 基因表达数据, 单细胞数据, 临床数据 | TCGA数据库结直肠癌样本及单细胞RNA测序样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 479 | 2025-11-28 |
Dose-dependent effects of wheat germ oil and vitamin E on apoptosis and gene expression in breast and cervical cancer cell lines with single-cell RNA-seq profiling
2025-Nov-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-25408-3
PMID:41285842
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析探讨小麦胚芽油和维生素E对乳腺癌和宫颈癌细胞凋亡及基因表达的剂量依赖性影响 | 首次结合单细胞RNA测序技术系统评估小麦胚芽油和维生素E在乳腺癌和宫颈癌细胞中的剂量依赖性抗肿瘤效应 | 仅使用MCF-7和HeLa两种细胞系,缺乏体内实验验证 | 探究天然代谢物在癌症治疗中的潜在应用价值 | MCF-7乳腺癌细胞系和HeLa宫颈癌细胞系 | 单细胞组学 | 乳腺癌,宫颈癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,实时荧光定量PCR | NA | 单细胞转录组数据,基因表达数据 | 两种癌细胞系(MCF-7和HeLa) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 480 | 2025-11-28 |
Integrated scRNA-seq and transcriptome analyses uncover the effects of UBE2H on the immune microenvironment regulation in pancreatic cancer
2025-Nov-24, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-04059-4
PMID:41286881
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和转录组分析,揭示了UBE2H在胰腺癌免疫微环境调控中的作用 | 首次在胰腺导管细胞生态位中发现UBE2H+细胞群体,并系统阐明UBE2H通过抑制T细胞功能、损害抗原呈递和激活中性粒细胞胞外诱捕网等方式调控免疫微环境的机制 | NA | 探索胰腺癌'冷'肿瘤形成的关键调控分子及其功能机制 | 胰腺癌样本中的细胞群体,特别是胰腺导管细胞生态位 | 单细胞分析 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, inferCNV分析, 体内实验 | 15基因模型 | 单细胞测序数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |