单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 1144 篇文献，本页显示第 461 - 480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2025-11-27 |
Colibactin-producing E. coli promote carcinogenesis of gastroesophageal adenocarcinoma and simultaneously induce autophagy and differentiation
2025-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.10.687579
PMID:41292761
|
研究论文 | 本研究验证了产大肠杆菌素的大肠杆菌在胃食管腺癌发生中的双重作用，既促进癌变又诱导自噬和分化 | 首次揭示产大肠杆菌素的大肠杆菌在胃食管腺癌发生中同时促进遗传不稳定性和增殖，又激活自噬和细胞稳态的双重作用机制 | 研究主要基于小鼠类器官模型，人类样本验证有限，且样本量相对较小 | 验证产大肠杆菌素的大肠杆菌对胃食管腺癌发生的影响及其分子机制 | 人类胃食管交界组织活检样本和小鼠胃食管腺癌类器官模型 | 癌症生物学 | 胃食管腺癌 | 16S rRNA基因测序, 单细胞RNA测序, 类器官微注射, 组织学分析 | L2-IL1B小鼠模型 | 基因测序数据, 转录组数据, 组织图像 | 人类活检样本和Barrett食管患者样本 | NA | 16S rRNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 462 | 2025-11-27 |
Heimdall: A Modular Framework for Tokenization in Single-Cell Foundation Models
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.09.687403
PMID:41292913
|
研究论文 | 介绍Heimdall框架，用于系统评估单细胞基础模型中的标记化策略 | 提出首个模块化框架，将单细胞基础模型分解为基因身份编码器、表达编码器和细胞句子构造器三个模块，支持细粒度控制和归因分析 | 仅评估了基于transformer的模型，未涵盖其他架构的单细胞基础模型 | 系统评估单细胞基础模型中标记化策略对模型性能的影响 | 单细胞RNA测序数据和单细胞基础模型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 463 | 2025-11-27 |
A multi-dimensional bioinformatic dissection of the molecular mechanisms in high BMI-associated colorectal cancer: identification and validation of EGLN1 as a key target
2025-Nov-05, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003801
PMID:41191606
|
研究论文 | 通过多维度生物信息学分析揭示高BMI相关结直肠癌的分子机制，并验证EGLN1作为关键治疗靶点 | 首次通过整合多组学数据和孟德尔随机化分析系统揭示EGLN1在高BMI相关结直肠癌中的保护作用机制 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要进一步体内实验验证 | 系统研究高BMI与结直肠癌的遗传关联和分子机制，识别关键治疗靶点 | 结直肠癌患者数据、HCT116结直肠癌细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、分子对接、体外细胞实验 | 四基因预后模型(ACADVL, TGFA, SMPD1, BSG) | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、微生物组数据 | TCGA队列数据、全球疾病负担数据(1990-2021) | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 464 | 2025-11-27 |
Epidemiological characteristics of thyroid cancer worldwide and construction of a machine learning diagnostic model
2025-Nov, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University
IF:2.1Q3
DOI:10.17219/acem/199327
PMID:40237525
|
研究论文 | 分析全球甲状腺癌流行病学特征并构建机器学习诊断模型 | 结合全球疾病负担数据与机器学习算法开发诊断模型，并首次通过单细胞RNA测序探索甲状腺癌肿瘤微环境 | NA | 研究甲状腺癌全球流行趋势并开发诊断工具 | 全球甲状腺癌患者数据 | 机器学习 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO, Ridge回归 | 流行病学数据, 基因表达数据 | 1990-2021年全球疾病负担数据库 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 465 | 2025-11-27 |
Single-cell transcriptomics reveals the regulation of bco1 and bco2 genes in the carotenoid metabolism of koi carp
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147965
PMID:41043743
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了锦鲤皮肤色素细胞发育及类胡萝卜素代谢中bco1和bco2基因的调控机制 | 首次构建锦鲤红白皮肤的单细胞图谱，发现色素细胞从白色皮肤向红色皮肤发育的动态过程，并揭示bco2比bco1具有更广泛的底物特异性 | NA | 探究锦鲤皮肤颜色形成的分子机制及类胡萝卜素代谢调控 | 锦鲤红白皮肤组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, TEM, HPLC, ISH, 免疫荧光, RNAi, 细胞培养, 基因编辑, RNA-seq, 基因家族分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 466 | 2025-11-27 |
Single-cell landscape of the tumour immune microenvironment in human gynaecologic malignancies
2025-Nov, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70538
PMID:41275425
|
研究论文 | 通过整合公开单细胞RNA测序数据系统分析三种妇科恶性肿瘤的肿瘤免疫微环境特征 | 首次系统描绘三种主要妇科恶性肿瘤的免疫微环境单细胞图谱，发现与临床预后相关的促血管生成巨噬细胞亚群和干扰素启动巨噬细胞亚群 | 基于公开数据集的回顾性分析，样本来源可能存在异质性 | 系统研究妇科恶性肿瘤肿瘤免疫微环境的细胞组成和功能特征 | 272,389个CD45+免疫细胞，来自111个肿瘤和非恶性组织样本 | 单细胞组学 | 妇科恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序，多色免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据，免疫组化数据 | 272,389个细胞，111个样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 467 | 2025-11-27 |
Single-Cell Analysis of L-Myc Expressing Neural Stem Cells and Their Extracellular Vesicles Revealed Distinct Progenitor Populations With Neurogenic Potential
2025-Nov, Journal of extracellular biology
DOI:10.1002/jex2.70095
PMID:41281155
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析表征了表达L-Myc的神经干细胞及其细胞外囊泡，揭示了具有神经源性潜能的独特祖细胞群 | 首次对两种治疗相关的人胎儿神经干细胞系及其细胞外囊泡进行全面分子表征，并发现它们对化疗诱导的神经毒性具有不同的神经保护作用 | 细胞外囊泡未能成功拯救少突胶质祖细胞群，表明需要重复或补充干预来恢复完整的神经细胞群 | 研究神经干细胞及其细胞外囊泡在脑修复中的治疗潜力 | 人胎儿神经干细胞系LMNSC01和LMNSC02及其细胞外囊泡 | 单细胞分析 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞外囊泡纳米显微镜技术, 蛋白质组学分析 | 脑类器官模型 | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据, 显微镜图像数据 | 两种人胎儿神经干细胞系及其细胞外囊泡 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 细胞外囊泡分析 | NA | NA |
| 468 | 2025-11-27 |
Artificial Intelligence-driven spatial transcriptomics in OSCC: Mapping the tumor microenvironment and personalizing therapy
2025 Nov-Dec, Journal of oral biology and craniofacial research
DOI:10.1016/j.jobcr.2025.10.015
PMID:41282271
|
综述 | 本文探讨人工智能驱动的空间转录组学在口腔鳞状细胞癌研究中的应用及其临床转化潜力 | 整合空间转录组学与人工智能技术，实现肿瘤微环境空间异质性解析和个性化治疗策略开发 | 计算需求高、新鲜冷冻组织获取受限、平台特异性偏差 | 通过空间转录组学技术解析口腔鳞状细胞癌肿瘤微环境并推动精准医疗 | 口腔鳞状细胞癌肿瘤微环境 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | 机器学习 | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics, NanoString, BGI | 空间转录组学 | 10x Visium, GeoMx DSP, Stereo-seq | 10x Genomics Visium, NanoString GeoMx DSP, BGI Stereo-seq |
| 469 | 2025-11-27 |
From Single-Cell Atlas to Functional Validation: Critical Next Steps for Understanding Tip Cell-Mediated Communication in the Injured Spinal Cord
2025-Nov, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.70117
PMID:41288006
|
评论 | 对Zeng等人单细胞RNA测序研究的批判性展望，强调内皮尖端细胞在脊髓损伤中介导通讯的功能验证需求 | 提出单细胞图谱向功能验证转化的关键挑战，特别关注尖端细胞靶向治疗的两难困境 | 当前数据缺乏时空分辨率来解析相互作用的动态过程，计算预测的旁分泌网络需要体内功能验证 | 探讨脊髓损伤研究中单细胞数据向机制理解和治疗策略转化的关键步骤 | 内皮尖端细胞与星形胶质细胞、巨噬细胞的通讯网络 | 单细胞生物学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 470 | 2025-11-27 |
iPSC-derived macrophages: An in vitro model to study human disease-relevant macrophage biology
2025-Nov-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf184
PMID:40795241
|
研究论文 | 本研究探索使用诱导多能干细胞衍生的巨噬细胞作为研究人类疾病相关巨噬细胞生物学的体外模型 | 建立了基于iPSC的巨噬细胞模型，克服了传统单核细胞来源巨噬细胞的局限性，能够更好地模拟体内疾病相关表型 | 研究主要基于体外实验，需要进一步验证与体内真实情况的对应关系 | 开发更优的人类巨噬细胞体外研究模型 | 诱导多能干细胞衍生的巨噬细胞、脐带血来源巨噬细胞、骨髓来源巨噬细胞和单核细胞来源巨噬细胞 | 细胞生物学 | 炎症性疾病 | RNA测序、细胞表型分析 | 体外细胞模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 多种来源的巨噬细胞比较研究 | NA | RNA测序 | NA | NA |
| 471 | 2025-11-27 |
Optimized detection and inference of immune cell type names in single-cell RNA sequencing data
2025-Nov-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf183
PMID:40839860
|
研究论文 | 开发了一种名为scODIN的计算方法，用于优化单细胞RNA测序数据中免疫细胞类型的检测和推断 | 采用结合专家知识与机器学习的整体两步法，能够检测传统分析中常被忽视的双重和过渡表型 | 未在摘要中明确说明具体局限性 | 提高单细胞RNA测序数据中免疫细胞亚群识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的免疫细胞 | 生物信息学 | 自身免疫疾病、感染性疾病、癌症 | 单细胞RNA测序 | k-近邻算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 472 | 2025-11-27 |
Isolation and Flow Cytometric Analysis of Natural Killer Cells from Human Glioblastoma Multiforme (GBM) Tissues
2025-Nov, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.70259
PMID:41288119
|
研究方法论文 | 本文提出了一种从人胶质母细胞瘤组织中分离和分析自然杀伤细胞的可重复流程 | 开发了专门针对胶质母细胞瘤组织的自然杀伤细胞分离和分析标准化流程，包括酶解和机械分离两种方法 | NA | 建立胶质母细胞瘤组织中自然杀伤细胞的分离和分析方法 | 人胶质母细胞瘤组织中的自然杀伤细胞 | 细胞生物学 | 胶质母细胞瘤 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞悬浮液，流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 473 | 2025-11-27 |
Identity, Functions, and the Spatiotemporal Maturation of Type 1 Conventional Dendritic Cells
2025-Nov, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.70079
PMID:41290543
|
综述 | 本文综述了1型常规树突状细胞的身份、功能及时空成熟过程 | 揭示了树突状细胞在免疫原性和耐受性成熟过程中均经历广泛且趋同的重编程过程 | NA | 阐明树突状细胞特别是cDC1亚群的异质性、功能特性和成熟机制 | 1型常规树突状细胞(cDC1s) | 免疫学 | 癌症、传染病、自身免疫性疾病 | 单细胞转录组学、本体遗传学研究 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 474 | 2025-11-26 |
Integrated bulk and single-cell RNA profiling implicates MFAP5+ CAFs in potential role in peritoneal metastasis of gastric cancer
2025-Nov-28, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152841
PMID:41205579
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序分析，揭示了MFAP5+ CAFs在胃癌腹膜转移中的关键作用 | 首次系统鉴定胃癌腹膜转移中CAF亚群的异质性，发现MFAP5+ CAFs作为终末促转移亚群的特异性富集 | NA | 探究胃癌腹膜转移的基质微环境驱动机制 | 配对的原发性胃癌和腹膜转移组织 | 单细胞组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 多重免疫组化, 传统免疫组化 | NA | RNA测序数据, 免疫组化图像 | 配对的胃癌原发和转移组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 475 | 2025-11-26 |
Dexamethasone-induced immunosuppression in Pneumocystis pneumonia reprograms neutrophil metabolism and impairs antimicrobial function
2025-Nov-28, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152889
PMID:41205576
|
研究论文 | 本研究揭示了地塞米松在肺孢子菌肺炎中通过重编程中性粒细胞代谢状态损害其抗菌功能的机制 | 首次发现地塞米松诱导的免疫抑制通过特异性抑制脂肪酸氧化代谢通路损害中性粒细胞功能 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探究地塞米松在肺孢子菌肺炎中改变肺部免疫的免疫学和代谢机制 | 地塞米松处理的免疫缺陷小鼠肺组织中的中性粒细胞 | 免疫代谢学 | 肺孢子菌肺炎 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,RT-qPCR,批量RNA测序,代谢组学 | NA | 基因表达数据,代谢数据 | 对照和地塞米松处理的小鼠肺组织 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 476 | 2025-11-26 |
Integrative Analysis of Lactylation-Associated Features in Abdominal Aortic Aneurysm and Its Immune Microenvironment Utilizing scRNA-seq and Bulk RNA Sequencing
2025-Nov-25, Circulation journal : official journal of the Japanese Circulation Society
IF:3.1Q2
DOI:10.1253/circj.CJ-24-0892
PMID:40301103
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据，揭示了乳酰化修饰在腹主动脉瘤免疫微环境中的关键作用 | 首次系统性地探讨了乳酰化修饰在腹主动脉瘤中的特征及其与免疫微环境的关联，并利用113种机器学习算法组合识别出8个乳酰化相关枢纽基因 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限，需要进一步的功能实验确认机制 | 阐明乳酰化与腹主动脉瘤免疫反应之间的相互关系 | 腹主动脉瘤患者和动物模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, bulk RNA测序, 机器学习算法 | 多种机器学习算法组合 | 单细胞RNA测序数据, bulk RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 477 | 2025-11-26 |
PPARα Activation-Mediated Testosterone Reduction as the Key Adverse Outcome Pathway for Cd-Induced Male Infertility: A Novel Integrated Approach
2025-Nov-25, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.5c09190
PMID:41231235
|
研究论文 | 本研究通过整合多种方法识别了镉诱导男性不育的关键不良结局通路 | 首次系统构建了镉诱导男性不育的AOP网络，并确定PPARα激活介导的睾酮减少是关键通路 | NA | 识别镉诱导男性不育的关键不良结局通路 | 镉暴露的男性不育机制 | 环境毒理学 | 男性不育 | 网络毒理学,单细胞测序,NHANES研究,动物实验,分子建模 | NA | 基因表达数据,流行病学数据,实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 478 | 2025-11-26 |
Decoding crops one cell at a time: from cell atlases to single-cell genetics
2025-Nov-25, Journal of experimental botany
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/jxb/eraf516
PMID:41287580
|
综述 | 本文综述了单细胞和空间转录组学技术在作物研究中的应用及其潜力 | 将哺乳动物细胞单细胞筛选的经验应用于植物研究，提出整合单细胞技术与性状相关位点的策略 | 存在技术和生物学障碍需要克服 | 加速作物改良关键遗传变异的鉴定 | 作物细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 479 | 2025-11-26 |
A conserved differentiation program facilitates inhibitory neuron production in the developing mouse and human cerebellum
2025-Nov-25, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204811
PMID:41287940
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠和人类小脑发育过程中抑制性神经元分化的保守调控机制 | 首次发现FOXO1作为ASCL1下游关键调控因子，并证实WNT信号通路在促进神经元生成中的保守作用 | 研究主要基于新生小鼠小脑，人类样本验证相对有限 | 解析小脑发育过程中抑制性神经元分化的分子机制 | 小鼠和人类小脑中的巢蛋白表达祖细胞 | 发育生物学 | 脊髓小脑性共济失调 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 新生小鼠小脑NEPs和人类原代NEP培养物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 480 | 2025-11-26 |
Integrated single-cell multi-omics profiling reveals a senescence-associated hematopoietic landscape and regulatory network in aging bone marrow
2025-Nov-24, Biogerontology
IF:4.4Q1
DOI:10.1007/s10522-025-10352-6
PMID:41284112
|
研究论文 | 通过整合单细胞多组学分析揭示衰老骨髓中与衰老相关的造血景观和调控网络 | 发现了一个新型造血亚群（占衰老样本的3.19%），该亚群激活细胞衰老通路并通过NMU信号增强与CD8⁺ T细胞的炎症串扰，建立了连接单细胞动态与组织水平衰老的关键分子模块 | 样本量较小（6个年轻和衰老骨髓样本），需要在更大队列中验证 | 表征骨髓中与年龄相关的变化并识别关键驱动因素 | 年轻和衰老骨髓样本 | 单细胞多组学 | 衰老相关疾病 | scRNA-seq, 蛋白质组学, 伪批量转录组学, WGCNA, CellChat分析, 差异表达分析, Cox回归模型, ROC曲线分析, 免疫组织化学, Western blot, 分子对接 | WGCNA转录因子网络模型, Cox回归模型 | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据, 批量RNA测序数据 | 6个骨髓样本（年轻和衰老）+ 2个独立批量RNA队列（n=58） | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学, 批量RNA-seq | NA | NA |