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当前共找到 923 篇文献，本页显示第 401 - 420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2025-12-19 |
Ursolic acid ameliorates ocular surface dysfunction in dry eye via targeting EGFR/RAS/RAF/MAP2K1/MAPK1 pathway
2025-Nov, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2025.101294
PMID:41399414
|
研究论文 | 本研究评估了熊果酸（UA）对干眼症（DE）相关眼表功能障碍的治疗效果及其机制，通过细胞和动物模型验证了UA滴眼液通过调节EGFR/RAS/RAF/MAP2K1/MAPK1信号通路改善症状 | 首次将熊果酸应用于干眼症治疗，并通过网络药理学、单细胞测序和分子对接技术系统揭示了其通过EGFR/RAS/RAF/MAP2K1/MAPK1通路发挥作用的分子机制 | 研究主要基于体外细胞模型和动物模型，尚未进行临床试验验证UA滴眼液在人体中的安全性和有效性 | 探究熊果酸对干眼症眼表功能障碍的治疗效果及作用机制 | 人角膜上皮细胞（HCEs）和干眼症小鼠模型 | 数字病理学 | 干眼症 | 单细胞测序、RNA测序、分子对接、网络药理学分析 | NA | 单细胞测序数据、RNA测序数据、分子对接模拟数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 402 | 2025-12-19 |
Charting the cardiac landscape: Advances in spatial transcriptomics for heart biology
2025 Nov-Dec, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2025.103648
PMID:40882280
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术在心脏生物学中的应用进展，包括技术范围、技术考虑以及从早期空间映射到现代高分辨率多模态方法的演变 | 强调了空间转录组学如何通过提供完整组织内基因表达的高分辨率图谱，革命性地改变了对心脏生物学的理解，并展示了多模态方法在揭示细胞类型特异性反应和分子机制方面的扩展应用 | NA | 探讨空间转录组学在心脏发育、疾病和再生研究中的应用，并讨论其在心血管生物学和治疗中的未来方向 | 心脏组织，包括发育中的人类心脏和成年后心肌梗死后的心脏 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 403 | 2025-12-19 |
How to get the most out of your cancer spatial transcriptomics data
2025 Nov-Dec, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2025.103657
PMID:41108891
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综述 | 本文为癌症研究人员提供了空间转录组学数据分析的路径指南，涵盖主要分析方法、常用工具、新兴技术以及实验设计考量 | 系统梳理了癌症空间转录组学数据分析的完整流程与策略，整合了从基础可视化到前沿机器学习方法的分析技术全景，并前瞻性地讨论了实验设计与团队协作等实践问题 | 作为综述文章，未提出新的分析方法或工具，主要侧重于现有技术的梳理与指南性建议 | 为癌症研究人员提供空间转录组学数据分析的实用指南与策略 | 空间转录组学数据分析方法、工具及其在癌症研究中的应用 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | 机器学习 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 404 | 2025-12-16 |
Uncovering senescent fibroblast heterogeneity connects DNA damage response to idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.26.690792
PMID:41394576
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研究论文 | 本研究揭示了特发性肺纤维化（IPF）中衰老成纤维细胞的异质性，并连接DNA损伤反应与疾病机制 | 首次在人类原代肺成纤维细胞中展示了DNA损伤后衰老的微妙异质性，并开发了新的衰老相关基因集以识别疾病相关细胞 | 研究主要基于体外细胞模型，可能未完全反映体内复杂环境；样本量有限，需进一步验证 | 探索特发性肺纤维化中衰老成纤维细胞的异质性及其与DNA损伤反应的联系 | 健康供体和特发性肺纤维化患者的原代人类肺成纤维细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | 基因表达数据 | 健康供体和IPF患者的原代肺成纤维细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 405 | 2025-12-16 |
High-resolution MRI Guided Whole Mouse Brain Cell Type Atlas using Deep Learning
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690475
PMID:41394590
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研究论文 | 本研究提出了一种深度学习框架，整合高分辨率扩散MRI与三维光片显微镜数据，生成了小鼠全脑细胞类型图谱 | 首次将高分辨率扩散MRI与三维光片显微镜结合，利用深度学习直接预测细胞类型，实现了10微米各向同性分辨率的全脑细胞图谱 | 研究依赖于特定成像技术的配准精度，且方法在其它物种或成像模式中的普适性尚未验证 | 开发高效高分辨率的脑细胞图谱生成方法，探索先进成像技术揭示大脑细胞机制的潜力 | 小鼠全脑 | 计算机视觉 | NA | 扩散MRI、三维光片显微镜、空间转录组学 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 406 | 2025-12-16 |
Evaluation of single-cell RNA profiling technologies using FFPE, fresh, and frozen ccRCC tumor specimens
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690485
PMID:41394662
|
研究论文 | 本研究评估了三种10x单细胞RNA分析技术（新鲜肿瘤scRNA-seq、闪冻单核Multiome和FFPE单核Flex）在ccRCC活检样本中的应用，比较了它们在细胞类型识别和转录谱一致性方面的表现 | 首次在ccRCC肿瘤样本中系统比较了基于不同保存方式（FFPE、新鲜、冷冻）的单细胞RNA分析技术，特别是评估了新型FFPE兼容平台10x Genomics Flex的实用性 | 研究仅针对ccRCC一种肿瘤类型，且样本来源有限，可能无法完全代表其他肿瘤或组织类型 | 评估和比较不同单细胞RNA分析技术在人类肿瘤活检样本中的性能，为转化研究提供技术选择指导 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）活检样本，包括FFPE、新鲜和冷冻保存的标本 | 单细胞转录组学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | ccRCC活检样本（具体数量未明确说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单核Multiome, 单核Flex | 10x Chromium（推测）, 10x Flex | 10x单细胞RNA分析技术包括新鲜肿瘤scRNA-seq、闪冻单核Multiome和FFPE单核Flex（snFlex） |
| 407 | 2025-11-29 |
Unveiling the temporal and spatial trajectories of early resistance formation during Hylocereus undatus senescence through single-cell transcriptomics
2025-Nov-27, Plant molecular biology
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s11103-025-01663-w
PMID:41310123
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 408 | 2025-12-16 |
Mapping spatial gradients in spatial transcriptomics data with score matching
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690257
PMID:41394758
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SLOPER的生成模型，用于从空间转录组学数据中学习空间梯度，以增强基因表达测量的空间一致性和特异性 | SLOPER采用基于分数的匹配方法，通过泊松模型建模mRNA转录本的空间分布，并利用新颖的扩散采样方法提升基因表达的空间连贯性 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种方法以准确学习空间转录组学数据中的空间梯度，并改进基因表达的空间模式分析 | 空间转录组学数据中的基因表达空间梯度 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 生成模型（SLOPER） | 空间转录组学数据（二维组织切片中的基因表达） | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 409 | 2025-12-16 |
Deconvolution of Sparse-count RNA Sequencing Data for Tumor Cells Using Embedded Negative Binomial Distributions
2025-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689822
PMID:41394660
|
研究论文 | 本文开发了一种名为DeMixNB的半参考解卷积模型，用于从稀疏计数RNA测序数据中估计肿瘤细胞特异性转录本比例 | DeMixNB模型首次假设负二项分布之和来处理稀疏计数数据，如miRNA-seq和空间转录组学数据，解决了现有方法在准确性上的不足 | NA | 提高从混合批量样本中估计肿瘤特异性转录本比例的准确性，以揭示新的生物学机制 | 乳腺癌患者的miRNA-seq数据和肺癌的空间转录组学数据 | 生物信息学 | 乳腺癌, 肺癌 | miRNA-seq, 空间转录组学 | 半参考解卷积模型 | RNA测序数据 | 856名乳腺癌患者和3,755个肺癌空间点 | NA | miRNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 410 | 2025-12-16 |
Single-cell RNA sequencing of cerebrospinal fluid immune cells in relapsing-remitting multiple sclerosis: insights into cellular composition and immune dynamics
2025-Nov-19, Journal of neurology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00415-025-13505-2
PMID:41261231
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了复发缓解型多发性硬化症患者脑脊液中的免疫细胞，揭示了其细胞组成和免疫动态 | 首次在复发缓解型多发性硬化症中，通过单细胞RNA测序高分辨率解析脑脊液免疫细胞的转录组异质性、功能状态及细胞间相互作用网络 | 样本量相对较小，仅为探索性研究，需要更大队列的验证研究来确认结果 | 阐明复发缓解型多发性硬化症中脑脊液免疫细胞的异质性、转录调控及细胞间相互作用，以揭示疾病病理机制 | 复发缓解型多发性硬化症患者和匹配健康对照的脑脊液免疫细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 23,247个脑脊液细胞（初始捕获），经质控后9,528个高质量细胞（12,200个健康对照细胞，11,047个RRMS细胞） | Singleron | 单细胞RNA-seq | GEXSCOPE™ kit | GEXSCOPE™单细胞RNA测序试剂盒 |
| 411 | 2025-12-16 |
Monod: model-based discovery and integration through fitting stochastic transcriptional dynamics to single-cell sequencing data
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.06.11.495771
PMID:41279317
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研究论文 | 本文提出了一种基于物理模型的方法，通过拟合随机转录动态到单细胞测序数据，以区分数据的生物和技术层面，并揭示潜在调控过程 | 利用单细胞RNA测序数据中的新生和成熟RNA计数，在生物物理转录模型下进行有意义的“整合”，从而识别平均基因表达变化无法检测的转录调控，并在共同框架内比较基因调控的机制假设 | 未明确提及具体局限性，可能依赖于现有数据集的质量和覆盖范围 | 开发一种模型驱动的方法，以利用单细胞测序数据的随机性、规模和多模态特性，区分生物和技术因素并揭示转录调控机制 | 单细胞RNA测序数据，特别是新生和成熟RNA计数 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 生物物理转录模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 412 | 2025-12-16 |
IGF1-mediated mesenchymal-endothelial transition as a potential regulatory target in calcific aortic valve disease
2025-Nov-03, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-04433-z
PMID:41184837
|
研究论文 | 本研究首次证明了在钙化性主动脉瓣疾病（CAVD）中，主动脉瓣间质细胞（VICs）具有向内皮细胞分化的能力，即间质-内皮转化（MEndT），并揭示了IGF1-PI3K-AKT-HIF通路在此过程中的调控作用 | 首次确认VICs在钙化条件下可向内皮细胞分化，发现MEndT现象在CAVD中存在，并鉴定IGF1-PI3K-AKT-HIF通路为关键调控机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本数量有限（16例），且MEndT在CAVD中的具体病理生理意义需进一步验证 | 探究CAVD中主动脉瓣间质细胞向内皮细胞分化的潜能及其分子机制 | 人类钙化主动脉瓣组织、猪正常主动脉瓣来源的VICs和VECs、Col1a2-CreERT: R26R-tdTomato转基因小鼠模型 | 心血管疾病研究 | 钙化性主动脉瓣疾病 | 石蜡切片免疫荧光分析、转录组测序、Western blot、qPCR、体内Matrigel plug实验、体外管形成实验、单细胞测序数据分析 | NA | 组织切片图像、基因表达数据、蛋白质印迹数据、单细胞测序数据 | 16例CAVD患者钙化主动脉瓣组织、猪正常主动脉瓣、转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 413 | 2025-12-15 |
Integrating Functional Genomic Screens and Multi-Omics Data to Construct a Prognostic Model for Lung Adenocarcinoma and Validating SPC25
2025-Nov-29, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17233844
PMID:41375045
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研究论文 | 本研究通过整合功能基因组筛选和多组学数据，构建了一个用于肺腺癌的预后风险评分模型，并验证了核心基因SPC25的致癌作用 | 整合了CRISPR-Cas9功能基因组筛选数据与患者多组学数据来构建预后模型，并通过体内外实验和单细胞RNA-seq分析验证了核心基因SPC25的生物学功能 | 模型验证主要依赖于公共数据集（如TCGA和GEO），未来需要在更大规模的前瞻性临床队列中进一步验证 | 开发可靠的肺腺癌预后生物标志物和发现新的治疗靶点 | 肺腺癌细胞系、患者肿瘤样本（来自TCGA和GEO数据库）以及小鼠异种移植模型 | 生物信息学与计算生物学 | 肺腺癌 | CRISPR-Cas9筛选、转录组学分析、单细胞RNA-seq | LASSO回归、多变量Cox回归模型 | 基因组筛选数据、转录组数据、单细胞RNA-seq数据 | TCGA-LUAD队列患者数据、独立GEO数据集、真实世界免疫治疗队列以及体内外实验样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 414 | 2025-12-15 |
Single-Cell Omics in Legumes: Research Trends and Applications
2025-Nov-27, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants14233615
PMID:41375325
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综述 | 本文综述了单细胞组学在豆科植物中的应用进展，重点关注其在植物发育、病原体响应、应激可塑性及根瘤共生建立中的作用 | 强调了从批量组学到单细胞多组学的转变，并展望了构建整合豆科植物细胞图谱的未来方向 | 当前单细胞组学技术在豆科植物研究中仍存在局限性，如技术整合不足和样本覆盖有限 | 探讨单细胞组学在豆科植物研究中的应用趋势，以支持转化研究和作物改良 | 豆科植物，包括特定物种如Medicago truncatula、Lotus japonicus、Glycine max和Phaseolus vulgaris | 植物生物学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学、单细胞表观基因组学 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 415 | 2025-12-15 |
A spatially informed matrix normal model for gene co-expression analysis in spatial transcriptomics studies
2025-Nov-26, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1264
PMID:41370198
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研究论文 | 本文提出了一种名为spMOCA的统计框架，用于在空间转录组学研究中推断基因共表达网络，同时显式建模空间依赖性 | 引入矩阵正态模型，联合考虑基因-基因和空间协方差，将内在共表达关系与空间诱导效应分离，相比现有方法能更准确、无偏地估计基因间相关性 | 未明确提及具体局限性，但可能依赖于模拟和现有数据集的验证，未涉及所有潜在空间转录组学技术或组织类型 | 开发一种统计方法以改进空间转录组学数据中的基因共表达分析，捕捉基因相互作用和空间依赖性的联合影响 | 基因共表达网络、空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 肿瘤、神经退行性疾病 | 空间转录组学技术 | 矩阵正态模型 | 空间转录组学数据 | 九个空间转录组学数据集，涵盖不同技术、组织和物种 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 416 | 2025-12-15 |
Single-Cell Sequencing Reveals Novel Tumor Populations and Their Interplay with the Immune Microenvironment in a Pleomorphic Rhabdomyosarcoma
2025-Nov-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262311420
PMID:41373578
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了多形性横纹肌肉瘤中肿瘤细胞群的异质性及其与免疫微环境的相互作用 | 首次通过单细胞测序识别出pRMS中肌源性和非肌源性肿瘤细胞群，并发现非肌源性群与免疫细胞有更多通讯联系，揭示了MIF-CD74等关键免疫抑制通路 | 研究为单病例分析，缺乏多患者队列验证，且需蛋白质水平验证和体内外实验确认临床可行性 | 探究多形性横纹肌肉瘤的肿瘤异质性和免疫微环境特征 | 多形性横纹肌肉瘤肿瘤组织 | 数字病理学 | 横纹肌肉瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 单病例样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 417 | 2025-12-15 |
De Novo Detection of Clonal Structure and Evolution in Single-Cell and Spatial Transcriptomes
2025-Nov-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262311428
PMID:41373592
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scClone的计算工具包，用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中检测克隆结构和进化 | 开发了scClone工具包，整合变异检测和基因型推断，解决了scRNA-seq数据中的表达丢失和等位基因不平衡问题，并支持空间转录组数据的克隆结构分析 | 未明确提及具体局限性，但可能受限于单细胞测序的成本和数据质量 | 揭示肿瘤的克隆结构和动态进化，建立基因型与表型的关联 | 肿瘤细胞，包括骨髓瘤、肝细胞癌、胰腺癌、卵巢癌和皮肤鳞状细胞癌 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据，空间转录组数据 | 多个数据集，涉及多种癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 418 | 2025-12-15 |
A Comprehensive Analysis of Novel Variations Associated with Bile Duct Cancer: Insights into Expression, Methylation, and 3D Protein Structure
2025-Nov-21, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262311244
PMID:41373405
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研究论文 | 本研究通过整合基因组、转录组、单细胞、甲基化和分子动力学数据，全面分析胆管癌中的新变异，揭示其表达、甲基化和3D蛋白质结构变化 | 首次将多组学数据（包括单细胞RNA-seq、甲基化阵列和分子动力学模拟）与公共数据集结合，系统识别胆管癌的致病性变异及其功能影响 | 研究主要依赖公共数据集，样本量有限（如23个肿瘤样本），且未进行实验验证 | 识别胆管癌的致病性变异，为诊断和治疗策略提供新见解 | 胆管癌（胆道上皮癌） | 生物信息学 | 胆管癌 | 基因组学、转录组学、单细胞RNA-seq、甲基化分析、分子动力学模拟 | DESeq2、limma、DMRcate、AlphaFold3、GROMACS、FoldX5 | 基因组变异数据、RNA-seq数据、单细胞RNA-seq数据、甲基化阵列数据、蛋白质结构数据 | 23个肿瘤样本（TCGA）、52个肿瘤和12个正常肝脏样本（甲基化数据）、23,782个细胞（单细胞RNA-seq） | Illumina | 单细胞RNA-seq、甲基化分析 | Illumina 450 K甲基化阵列 | Illumina 450 K甲基化阵列用于分析52个肿瘤和12个正常肝脏样本的甲基化模式 |
| 419 | 2025-12-15 |
Bioinformatics frameworks for single-cell long-read sequencing: unlocking isoform-level resolution
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf655
PMID:41378880
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综述 | 本文综述了单细胞长读长测序技术及其生物信息学框架在解锁异构体水平分辨率方面的应用 | 探讨了单细胞长读长测序技术如何结合单细胞分辨率与第三代测序技术，以解决传统短读长测序在重构全长转录本异构体方面的限制 | NA | 探索单细胞长读长测序技术在理解异构体调控和异常剪接在人类疾病中的作用，并揭示其诊断和治疗潜力 | 单细胞长读长测序数据及其生物信息学分析工具 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞长读长RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 长读长RNA-seq | NA | NA |
| 420 | 2025-12-14 |
Single-cell and spatial transcriptome landscapes reveal the spatial immune defense pattern shared by primary and brain metastatic lung adenocarcinoma
2025-Nov-30, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-2025-1224
PMID:41376899
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了原发性与脑转移性肺腺癌共有的空间免疫防御模式 | 首次通过整合单细胞和空间转录组数据，识别出原发性与脑转移性肺腺癌共有的、具有空间富集特征的肿瘤免疫防御模式（TIDP），并发现其与髓系相关的免疫抑制特征及不良预后显著相关 | 研究主要基于转录组数据，功能验证和临床转化潜力仍需进一步实验和临床试验证实 | 阐明原发性与脑转移性肺腺癌共有的免疫防御机制，识别导致免疫逃逸和治疗抵抗的空间组织化程序及分子相互作用 | 肺腺癌（LUAD）的原发性肿瘤和脑转移性肿瘤 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 非负矩阵分解（NMF） | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |