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当前共找到 940 篇文献，本页显示第 381 - 400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2025-12-02 |
Senescent SPP1+ macrophages remodel the tumor microenvironment and promote the progression of early-stage lung adenocarcinoma featured with mixed ground glass nodule
2025-Nov-27, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02497-2
PMID:41310768
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研究论文 | 本研究揭示了衰老的SPP1+巨噬细胞在混合磨玻璃结节型早期肺腺癌的肿瘤微环境重塑和恶性进展中的关键作用 | 首次利用单细胞RNA测序结合多色免疫组化和流式细胞术，系统阐明了SPP1+巨噬细胞（特别是单核来源巨噬细胞）在混合磨玻璃结节恶性转化中的核心作用，并提出了靶向SPP1巨噬细胞的治疗新策略 | 研究主要基于观察性数据和体外/体内实验，尚未在临床治疗中验证SPP1抑制策略的有效性 | 探究混合磨玻璃结节向早期肺腺癌恶性转化的分子机制，特别是巨噬细胞在肿瘤微环境重塑中的作用 | 早期肺腺癌患者的混合磨玻璃结节组织、正常肺组织、肿瘤细胞系和异种移植瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 多色免疫组化, 流式细胞术, 体外实验, 体内实验 | 异种移植瘤模型 | 单细胞转录组数据, 组织图像数据, 流式细胞数据, 临床预后数据 | 未明确样本数量，但包含正常肺组织、磨玻璃区域和实性区域的多组样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 382 | 2025-12-02 |
Exploring the mechanisms of protective effect of high-energy X-ray FLASH radiotherapy on intestine through multi omics analysis
2025-Nov-27, Radiation oncology (London, England)
DOI:10.1186/s13014-025-02763-z
PMID:41310797
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨高能X射线FLASH放疗对肠道的保护机制 | 首次结合宏基因组学、非靶向代谢组学和单细胞测序技术，系统揭示FLASH放疗通过重塑菌群-代谢物轴、减轻炎症反应和增强干细胞保护等多方面机制实现对肠道的保护作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证；观察时间点限于照射后72小时，缺乏长期效应数据 | 探究高能X射线FLASH放疗对肠道的保护作用机制 | CT26和MC38同源结肠癌小鼠模型及健康C57BL/6雌鼠的肠道组织和内容物 | 数字病理学 | 结肠癌 | 宏基因组分析, 非靶向代谢组学, 单细胞测序 | NA | 基因组数据, 代谢组数据, 单细胞转录组数据 | CT26和MC38小鼠肿瘤模型及健康C57BL/6雌鼠的肠道样本 | NA | 宏基因组测序, 代谢组学分析, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 383 | 2025-12-02 |
Sequencing-free whole-genome spatial transcriptomics at single-molecule resolution
2025-Nov-26, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.09.006
PMID:41038164
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研究论文 | 本文开发了一种名为RAEFISH的基于图像的空间转录组学方法，实现了全基因组覆盖和单分子分辨率，用于完整组织中的转录本空间分析 | RAEFISH技术结合了反向锁式扩增子编码荧光原位杂交，提供了全基因组覆盖和单分子分辨率，克服了现有空间转录组学工具在转录组覆盖或空间分辨率上的限制 | NA | 开发一种高覆盖、高分辨率的空间转录组学技术，以无偏、无假设的方式在单细胞和组织切片中进行转录组分析 | 人类和小鼠组织中的转录本，包括天然和工程RNA，如引导RNA（gRNA） | 空间转录组学 | NA | 反向锁式扩增子编码荧光原位杂交（RAEFISH），基于图像的CRISPR筛选 | NA | 图像数据 | 涉及23,000个人类基因或22,000个小鼠基因的转录本分析 | NA | 空间转录组学，单分子分辨率成像 | NA | RAEFISH技术配置，用于完整组织中的全基因组空间转录组分析 |
| 384 | 2025-12-02 |
Putative muscle stem cells promote Xenopus tail regeneration by modifying macrophage function via c1qtnf3
2025-Nov-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2504410122
PMID:41264239
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析蝌蚪尾部再生过程中的侧群细胞，鉴定出假定的肌肉干细胞，并发现其通过表达c1qtnf3调控巨噬细胞功能以促进尾部再生 | 首次在蝌蚪尾部再生模型中揭示假定的肌肉干细胞通过c1qtnf3表达调控巨噬细胞功能的新机制 | 研究基于F0代CRISPR/Cas9嵌合体进行基因敲低，可能存在脱靶效应；未完全解析c1qtnf3调控巨噬细胞的具体分子通路 | 探究蝌蚪尾部再生过程中组织干细胞的行为动态及其调控机制 | 非洲爪蟾蝌蚪尾部再生模型中的侧群细胞及假定的肌肉干细胞 | 发育生物学 | 组织再生 | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9基因敲低, 轨迹推断分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 385 | 2025-12-02 |
Multiomics and Single-Cell Insights Reveal a Lysophosphatidic Acid-Mediated Resistant Mechanism to Third-generation EGFR-TKI in Non-Small Cell Lung Cancer
2025-Nov-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0993
PMID:40853904
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研究论文 | 本研究通过多组学和单细胞分析揭示了非小细胞肺癌中第三代EGFR-TKI耐药的新机制，涉及溶血磷脂酸介导的信号通路和代谢重编程 | 首次整合血浆代谢组学、多组学分析和单细胞RNA测序，系统揭示了LPA介导的第三代EGFR-TKI耐药机制，并提出了靶向LPA信号通路的新治疗策略 | 研究主要基于细胞系和患者样本的回顾性分析，缺乏前瞻性临床试验验证靶向LPA通路的治疗效果 | 探究第三代EGFR-TKI在非小细胞肺癌中的耐药代谢机制 | 非小细胞肺癌患者血浆样本、耐药细胞系、单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 血浆代谢组学分析、单细胞RNA测序、多组学分析、功能实验 | 代谢物预测模型 | 代谢组数据、单细胞RNA测序数据、多组学数据 | 216份纵向血浆样本（来自186名患者）、215名患者的单细胞RNA测序数据、耐药细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 386 | 2025-12-02 |
GPU-accelerated, self-optimizing processing for 3D multiplexed iterative RNA-FISH experiments
2025-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.10.681751
PMID:41279966
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研究论文 | 本文介绍了一种GPU加速的计算框架merfish3d-analysis，用于加速基于成像的空间转录组学数据处理，并量化了轴向采样变化导致的信息损失 | 开发了GPU加速的自优化处理框架，并设计了针对死后人类样本的多步自发荧光淬灭协议 | 未明确说明框架在更广泛样本类型或更大数据集上的可扩展性 | 加速基于成像的空间转录组学实验的计算处理并提高数据质量 | 模拟成像实验、公开MERFISH数据集和死后人类嗅球样本 | 空间转录组学 | NA | 多重错误鲁棒荧光原位杂交 | NA | 图像 | 未指定具体数量，包括模拟数据、公开数据集和人类嗅球样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 387 | 2025-12-02 |
scITDG: a tool for identifying time-dependent genes in single-cell transcriptome sequencing data
2025-Nov, Marine life science & technology
IF:5.8Q1
DOI:10.1007/s42995-025-00311-y
PMID:41322266
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研究论文 | 本研究介绍了一种用于分析单细胞转录组测序数据中时间依赖性基因表达的工具scITDG | scITDG能够以单细胞分辨率识别多个时间点的动态基因表达模式，填补了当前分析资源的空白 | NA | 开发用于识别单细胞转录组测序数据中时间依赖性基因的分析工具 | 小鼠衰老和蝾螈肢体再生过程中的基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | 自然三次样条回归与自助重采样整合模型 | 单细胞转录组测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 388 | 2025-12-01 |
Deep Transfer Learning Links Benign Glands to Prostate Cancer Progression via Transcriptomics
2025-Nov-29, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf119
PMID:41317378
|
研究论文 | 本研究利用深度迁移学习分析前列腺癌空间转录组数据，揭示形态学良性腺体与癌症进展的关联 | 首次将DEGAS深度迁移学习框架应用于前列腺癌空间转录组学，发现形态学良性腺体中MSMB表达降低与癌症进展的关联 | 研究样本量有限，需要更大规模验证；空间转录组技术分辨率限制可能影响细胞类型精确识别 | 探索前列腺癌进展中的场效应现象，识别与癌症进展相关的分子特征 | 前列腺癌患者的空间转录组数据、单细胞转录组数据和免疫组织化学样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学, 单细胞转录组学, 深度迁移学习, 免疫组织化学 | 深度迁移学习, 深度学习图像分析 | 转录组数据, 图像数据, 蛋白质表达数据 | 包含有和无5年远处转移患者的前列腺组织样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 389 | 2025-12-01 |
T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 3-mediated immunomodulation in myeloid cells and keratinocytes in the development of severe acne
2025-Nov-27, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-025-00367-3
PMID:41307843
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现TIM3在重度痤疮发展中作为免疫检查点的潜在作用 | 首次通过单细胞RNA测序结合孟德尔随机化分析揭示TIM3在重度痤疮中的免疫调节功能 | 样本量相对有限，需要更大规模研究验证 | 探究TIM3在重度痤疮发病机制中的免疫调节作用 | 重度痤疮患者皮肤样本、人永生化角质形成细胞(HaCaT)、痤疮丙酸杆菌诱导的小鼠模型 | 单细胞组学 | 痤疮 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 孟德尔随机化分析, 多重免疫组织化学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 免疫组织化学图像 | 重度痤疮、普通痤疮和正常皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 390 | 2025-12-01 |
Spatial gene expression profiling reveals the distinct microenvironment of tuberous sclerosis complex-associated angiomyolipoma
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-26541-9
PMID:41309810
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤的独特微环境特征 | 首次使用空间转录组技术比较TSC-AML、散发性AML和肾细胞癌的转录景观，识别出TSC特异性分子特征 | 研究仅基于单例样本设计，样本量有限 | 表征结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤的转录特征并识别TSC特异性分子标志物 | 结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤、散发性肾血管平滑肌脂肪瘤和肾细胞癌组织样本 | 空间转录组学 | 结节性硬化症相关肾肿瘤 | 空间转录组测序 | 无监督聚类分析 | 空间基因表达数据 | 3例样本（TSC-AML、散发性AML和RCC各1例） | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | CytAssist Visium平台，使用福尔马林固定石蜡包埋组织切片 |
| 391 | 2025-12-01 |
Cathepsin B as a potential serum biomarker for early diagnosis and progression of diabetic foot ulcer complicated with peripheral vascular disease
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-26599-5
PMID:41309848
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析发现组织蛋白酶B可作为糖尿病足溃疡合并外周血管疾病的潜在血清诊断标志物 | 首次通过单细胞转录组分析鉴定CTSB在DFU合并PVD血管内皮细胞中的富集，并验证其血清检测价值 | 样本量有限，需要更大规模临床研究验证CTSB的诊断效能 | 探索糖尿病足溃疡合并外周血管疾病的潜在血清生物标志物 | 糖尿病足溃疡合并外周血管疾病患者 | 生物医学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞转录组分析,免疫组化,ELISA,临床相关性分析,血管生成实验,CCK8实验,划痕实验 | NA | 基因表达数据,血清样本,组织样本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 392 | 2025-12-01 |
Multi-omics and experimental validation identify methylation-related genes and METTL16 as key regulators in diabetic foot ulcer pathogenesis
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-26306-4
PMID:41310324
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证，系统研究了甲基化相关基因在糖尿病足溃疡发病机制中的作用，并确定METTL16作为关键调控因子 | 首次系统鉴定糖尿病足溃疡中的甲基化相关基因，发现METTL16在成纤维细胞功能和细胞间通讯中的动态作用，并验证其保护性功能 | 研究主要基于公共数据集和体外细胞实验，需要进一步体内验证和临床样本验证 | 研究甲基化相关基因在糖尿病足溃疡发病机制中的作用及其诊断和治疗潜力 | 糖尿病足溃疡组织样本和高糖处理的人皮肤成纤维细胞 | 生物信息学 | 糖尿病足溃疡 | 多组学分析,RNA测序,单细胞RNA测序,微阵列,机器学习算法 | LASSO,GBM,SVM-RFE,随机森林 | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 多个公共数据集中的糖尿病足溃疡组织和细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 393 | 2025-12-01 |
Integrative multi-omics and single-cell transcriptomics reveal ARHGEF12 driving chemoresistance in bladder cancer
2025-Nov-27, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-025-00606-1
PMID:41310897
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析和单细胞转录组学，揭示了ARHGEF12基因在膀胱癌顺铂耐药中的关键作用机制 | 首次将孟德尔随机化与单细胞转录组学相结合探索膀胱癌顺铂耐药的遗传基础，发现ARHGEF12通过RhoA/ROCK依赖的PI3K/AKT轴驱动化疗耐药的新机制 | NA | 阐明膀胱癌顺铂耐药的遗传驱动因素和肿瘤进展机制 | 膀胱癌顺铂耐药细胞和UM-UC-3/DDP耐药模型 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 全基因组关联研究,表达数量性状位点分析,孟德尔随机化,单细胞RNA测序,生物信息学分析 | NA | 基因组数据,转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 19,942个基因的eQTL数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 394 | 2025-12-01 |
Spatial transcriptomics reveals TGF-β-driven endothelial-mesenchymal transition in vascular remodeling of moyamoya disease
2025-Nov-26, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism
IF:4.9Q1
DOI:10.1177/0271678X251388370
PMID:41305891
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学揭示了TGF-β信号通路驱动的内皮-间质转化在烟雾病血管重塑中的关键作用 | 首次在烟雾病中应用空间转录组学技术识别出双阳性平滑肌-内皮细胞簇，并证实TGF-β/Snail信号轴驱动的EndMT机制 | 需要在临床前模型中进一步验证 | 阐明TGF-β信号在烟雾病血管重塑中的作用机制 | 烟雾病患者血管标本 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 空间转录组学, HE染色, 免疫组织化学, 免疫荧光 | 伪时间轨迹分析, 细胞-细胞通讯模型 | 空间转录组数据, 组织图像 | 11例烟雾病标本进行空间转录组分析，总计51例烟雾病和11例对照血管标本进行组织学分析 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 395 | 2025-12-01 |
Exploring putative links between gut microbiota and allergic rhinitis: insights from Mendelian randomization and multi-transcriptome integration
2025-Nov-25, AMB Express
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s13568-025-01987-2
PMID:41288916
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化和多转录组整合分析探索肠道微生物群与过敏性鼻炎之间的因果关系及分子机制 | 首次结合孟德尔随机化、批量RNA测序和单细胞RNA测序多维度分析肠道微生物群与过敏性鼻炎的因果关系 | 数据来源于公共数据库，缺乏实验验证 | 探索肠道微生物群与过敏性鼻炎之间的因果关系及分子机制 | 过敏性鼻炎患者和肠道微生物群 | 生物信息学 | 过敏性鼻炎 | 孟德尔随机化, RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 396 | 2025-12-01 |
Gene-metabolite interactions in aortic dissection: Insights from metabolic and single-cell analyses
2025-Nov-21, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000045846
PMID:41305697
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、代谢组学、机器学习和孟德尔随机化方法，探索主动脉夹层中基因-代谢物相互作用网络 | 首次建立主动脉夹层中APOE和PLTP基因通过调控胆固醇酯和甘油三酯影响平滑肌细胞功能的基因-代谢物相互作用网络 | 代谢组学样本量较小（9个样本：6个AD患者和3个对照） | 探索主动脉夹层的发病机制和基因-代谢物相互作用 | 主动脉夹层患者样本和平滑肌细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,代谢组学,机器学习,孟德尔随机化 | 机器学习模型 | 基因表达数据,代谢物数据 | 9个代谢组学样本（6个AD患者，3个对照），另分析GSE213740和GSE155468数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 397 | 2025-12-01 |
Pan-cancer NK cell-related immunotherapy signatures for predicting PD-1 treatment response
2025-Nov-21, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000045753
PMID:41305714
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了泛癌自然杀伤细胞免疫治疗预测模型(NKCIPM)，用于预测PD-1治疗反应 | 首次建立泛癌NK细胞免疫治疗预测模型，识别了7个关键枢纽基因，其中APOE被确定为最具影响力的基因 | 研究样本量相对有限，仅包含6种癌症类型的164个样本 | 开发预测免疫检查点抑制剂治疗反应的生物标志物模型 | 多种癌症类型的肿瘤样本和自然杀伤细胞 | 机器学习 | 泛癌研究 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习算法 | NKCIPM预测模型 | RNA测序数据 | 164个样本，涵盖6种癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 398 | 2025-12-01 |
S100A12 as a key biomarker in a neutrophil-associated gene prediction model for sepsis diagnosis
2025-Nov-21, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000046140
PMID:41305822
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据和机器学习框架开发了脓毒症诊断模型，并鉴定出S100A12作为关键生物标志物 | 首次结合113种机器学习框架和SHAP分析，从单细胞水平识别脓毒症中性粒细胞相关基因，并构建了基于4个基因的随机森林诊断模型 | 研究依赖于公共数据库数据，缺乏独立验证队列和前瞻性临床验证 | 开发脓毒症诊断模型并识别关键驱动生物标志物 | 脓毒症患者和健康对照的外周血样本 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 399 | 2025-12-01 |
3D imaging and single-cell analysis reveal cellular heterogeneity of lymphatic valve endothelial cell types
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113841
PMID:41312387
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研究论文 | 通过3D成像和单细胞分析揭示皮肤淋巴管内皮细胞的空间组织和细胞异质性 | 首次结合3D成像和单细胞转录组学揭示皮肤淋巴管网络的层次结构及淋巴瓣内皮细胞的异质性 | 仅关注成年皮肤微环境，未涉及其他组织或发育阶段 | 解析皮肤淋巴管系统的空间结构和细胞异质性 | 成年皮肤中的淋巴管内皮细胞 | 单细胞分析 | NA | 3D成像, 单细胞转录组学 | NA | 图像数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 400 | 2025-12-01 |
All-Trans Retinoic Acid Impacts Early Palatal Shelves Development via the Wnt and TGF-β Signaling Pathways
2025-Nov-20, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13112836
PMID:41301924
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示全反式维甲酸通过调控Wnt和TGF-β信号通路影响小鼠腭板早期发育的分子机制 | 首次在E12.5胚胎期利用单细胞测序技术系统分析atRA对腭板发育的影响，并发现Ppp1r14b基因在信号通路中的关键介导作用 | 研究仅聚焦于E12.5特定发育阶段，未涵盖腭板发育全过程 | 阐明全反式维甲酸诱导腭裂形成的分子机制 | C57BL/6小鼠胚胎腭板组织 | 发育生物学 | 腭裂 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, Western blot | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据, 蛋白表达数据 | C57BL/6小鼠对照组和atRA暴露组胚胎腭板组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x单细胞测序分析 |