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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2025-12-30 |
Spatiotemporal dynamics of RERE in schizophrenia pathogenesis: insights from multi-omics and single-cell sequencing
2025-Nov-26, Schizophrenia (Heidelberg, Germany)
DOI:10.1038/s41537-025-00705-y
PMID:41298505
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研究论文 | 本研究通过整合多组学和单细胞测序数据,揭示了精神分裂症风险基因RERE的时空动态调控机制及其在疾病发病中的作用 | 首次系统整合GWAS数据、多组学分析和单细胞测序,识别出RERE作为核心风险基因,并揭示其通过表观遗传-神经发育轴影响精神分裂症风险的机制 | 需要未来使用类器官模型进行验证,并探索临床转化应用 | 解析精神分裂症的遗传结构和神经发育机制,识别细胞类型特异性和时间动态调控特征 | 精神分裂症风险基因,特别是RERE,以及其在遗传变异和转录调控层面的作用 | 数字病理学 | 精神分裂症 | GWAS, 多组学分析, 单细胞测序, CUT&Tag | NA | 基因组关联数据, 单细胞测序数据, 表观遗传数据 | 欧洲人群130,644例,东亚人群30,761例 | NA | 单细胞RNA-seq, 表观遗传分析 | NA | NA |
| 382 | 2025-12-30 |
Periostin promotes sarcoma growth by promoting tumor-associated macrophage migration and differentiation
2025-Nov-20, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0301
PMID:41264337
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研究论文 | 本文探讨了细胞外基质蛋白Periostin在软组织肉瘤生长中的作用,特别是通过促进肿瘤相关巨噬细胞的迁移和分化来调节肿瘤免疫微环境 | 首次在软组织肉瘤中识别Periostin作为肿瘤进展和免疫微环境的关键调节因子,揭示了其通过非细胞自主机制影响肿瘤生长 | POSTN治疗性中和作为单一疗法不足以减少肿瘤负担,表明可能需要联合治疗策略 | 研究特定细胞外基质成分在软组织肉瘤进展和肿瘤免疫微环境中的功能贡献 | 人类软组织肉瘤数据集、小鼠肉瘤遗传模型、肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 软组织肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 383 | 2025-12-30 |
CELLetter: leveraging large language model and dual-stream network to identify context-specific ligand-receptor interactions for cell-cell communication analysis
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf693
PMID:41451540
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研究论文 | 本文提出了一种名为CELLetter的深度学习框架,用于识别细胞间通讯中的配体-受体相互作用并解码细胞信号传导 | 利用蛋白质大语言模型ProstT5进行特征嵌入,采用双流架构进行特征提取和降维,结合动态权重调整的门机制进行特征融合,并整合下游转录因子活性来量化通讯强度 | 未明确说明模型在处理大规模数据集时的计算效率或对特定细胞类型的泛化能力限制 | 开发一个深度学习框架以识别细胞间通讯中的潜在配体-受体相互作用并解码细胞信号传导 | 人类心脏、远端肺上皮组织以及头颈部鳞状细胞癌的细胞 | 机器学习 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 双流网络,结合大语言模型 | 单细胞RNA测序数据,空间转录组学数据 | 未明确指定具体样本数量,但涉及人类心脏、远端肺上皮组织和头颈部鳞状细胞癌的数据 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 384 | 2025-12-29 |
Comparing great apes reveals human-specific ZEB2 roles in neural development
2025-Nov-28, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msaf318
PMID:41340546
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研究论文 | 本研究通过比较人类、黑猩猩和猩猩的ZEB2转录因子调控差异,揭示了人类特异性在神经发育中的独特作用 | 首次在可控细胞系统中检测并验证了ZEB2在人类与其他大猿之间的调控差异,特别是在神经发育相关基因中的特异性作用 | 研究主要基于B淋巴母细胞系作为模型系统,可能无法完全反映体内神经发育的复杂性 | 探究ZEB2转录因子在人类与其他大猿之间的调控差异,以理解人类特异性神经发育的进化机制 | 人类、黑猩猩和猩猩的B淋巴母细胞系及脑类器官数据 | 基因组学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 三种大猿物种的B淋巴母细胞系生物重复样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 385 | 2025-12-27 |
Tumor microenvironment-mediated immune evasion and resistance in prostate cancer: mechanisms, cross-talk, and therapeutic opportunities
2025-Nov-26, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01944-0
PMID:41296089
|
综述 | 本文全面分析了前列腺癌中免疫抑制性肿瘤微环境(TME)的组成、功能及其在免疫逃逸和治疗抵抗中的作用,并探讨了基于TME重塑的精准治疗策略 | 利用单细胞RNA测序、空间多组学和高维成像技术等前沿方法,重新定义了对肿瘤-免疫-基质相互作用的理解,并提出了整合多组学技术与生物标志物驱动临床试验设计的个体化精准干预新方向 | NA | 探讨前列腺癌中免疫抑制性肿瘤微环境介导的免疫逃逸和耐药机制,并寻找相应的治疗机会 | 前列腺癌及其肿瘤微环境中的细胞、基质和分子成分 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间多组学、高维成像技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间多组学 | NA | NA |
| 386 | 2025-12-27 |
A spatiotemporal atlas of orchiectomy-induced androgen deprivation-mediated modulation of cellular composition and gene expression in the mouse prostate
2025-Nov, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2025.101230
PMID:40974890
|
研究论文 | 本研究通过时空分析,揭示了小鼠前列腺在去势诱导的雄激素剥夺后细胞组成和基因表达的动态变化,重点关注非上皮成分 | 整合空间转录组学和单细胞RNA测序,首次发现并描述了一种新的成纤维细胞亚型——ORX诱导的成纤维细胞(OIF),并绘制了高分辨率的时空图谱 | 研究基于小鼠模型,可能无法完全模拟人类前列腺癌的ADT反应;未涉及长期耐药机制 | 解析雄激素剥夺疗法(ADT)在小鼠前列腺中引起的细胞和转录组动态变化,为前列腺癌临床前模型提供基础资源 | 小鼠前列腺(包括背侧、腹侧、外侧和前叶)在去势后的非上皮细胞成分 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间定位数据 | 小鼠前列腺多个叶的样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 387 | 2025-12-26 |
Metabolic reprogramming and mitochondrial dysfunction underlie β gonia arrest and niche cell dysfunction in sterile triploid oysters
2025-Nov-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09202-5
PMID:41276684
|
研究论文 | 本研究通过整合高分辨率空间转录组学和单核RNA测序技术,构建了不育三倍体牡蛎性腺的空间分子图谱,揭示了β性原细胞停滞和生态位细胞功能障碍的分子机制 | 首次结合Stereo-seq和snRNA-seq技术,在不具有明显结构边界的牡蛎性腺中实现了细胞类型的精确鉴定和空间定位,揭示了SOHLH2沉默驱动的线粒体功能障碍以及NOTCH-Hes1a-CCNA2信号通路导致的生态位细胞G期停滞 | 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平和功能验证实验;牡蛎性腺的弥散性结构可能仍对某些细胞类型的完全解析构成挑战 | 探究三倍体太平洋牡蛎不育的分子基础,特别是β性原细胞分化障碍和生态位细胞功能失调的机制 | 雌性三倍体太平洋牡蛎的性腺组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单核RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及三倍体牡蛎性腺组织 | NA | 空间转录组学, 单核RNA测序 | Stereo-seq | Stereo-seq高分辨率空间转录组技术 |
| 388 | 2025-12-25 |
Injury-induced connexin 43 expression regulates endothelial wound healing
2025-Nov-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00153.2025
PMID:41060772
|
研究论文 | 本研究揭示了机械损伤诱导连接蛋白43(Cx43)上调,并通过间隙连接介导的细胞间通讯促进内皮细胞迁移和增殖,从而加速血管损伤后的伤口愈合 | 首次证明大动脉内皮机械损伤可诱导间隙连接蛋白Cx43表达,并阐明其磷酸化依赖的调控机制在内皮愈合中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类血管组织中得到验证;单细胞测序样本量相对有限(10,829个细胞) | 探究Cx43在血管内皮损伤修复中的分子机制 | 小鼠颈动脉内皮细胞 | 分子生物学 | 血管疾病 | RNA-seq,单细胞RNA-seq | 基因敲除小鼠模型,点突变小鼠模型 | 基因表达数据 | 10,829个细胞(来自野生型和Cx43敲除小鼠的损伤颈动脉) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 389 | 2025-12-25 |
How to drug a leukemic stem cell: deciphering heterogeneity for better specificity
2025-Nov, Blood neoplasia
DOI:10.1016/j.bneo.2025.100146
PMID:41424935
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综述 | 本文综述了白血病干细胞(LSCs)的独特生物学特性,探讨了其异质性对药物靶点发现的影响以及单细胞测序等技术如何帮助解决这一问题 | 通过整合全球和亚型特异性特征,系统总结了LSCs的生物学特性,并强调了单细胞测序等技术在解析异质性、推动LSC特异性治疗方面的创新应用 | 作为一篇综述,本文未涉及原始实验数据,主要基于现有文献进行总结,可能无法涵盖所有最新研究进展 | 探讨如何针对白血病干细胞(LSCs)开发特异性治疗方法,以预防或治疗急性髓系白血病(AML)的复发 | 白血病干细胞(LSCs),特别是其在急性髓系白血病(AML)复发中的作用 | NA | 白血病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 390 | 2025-12-22 |
Insights into the relevance of targeting fibroblasts to control cancer
2025-Nov-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102395
PMID:41187743
|
综述 | 本文总结并讨论了以癌症相关成纤维细胞为靶点控制癌症的新进展,并探讨了其异质性对未来治疗策略的影响 | 探讨了利用单细胞RNA测序等高通量技术结合AI平台解析CAF异质性,并前瞻性地讨论了针对CAF复杂起源的个性化治疗需求 | NA | 探讨靶向肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞以控制癌症的潜力和策略 | 癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,蛋白质组学 | NA | 转录组数据,蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 391 | 2025-12-22 |
Virus envelope glycoprotein targeting bispecific T cell engager protects mice from lethal severe fever with thrombocytopenia virus infection
2025-Nov-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102458
PMID:41260206
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术数据,揭示了T细胞缺陷与功能障碍在严重发热伴血小板减少综合征(SFTS)致死病例中的关键作用,并设计了一种靶向病毒包膜糖蛋白的双特异性T细胞衔接器(BiTE)抗体,在小鼠模型中有效治疗了致命的SFTSV感染 | 首次利用单细胞RNA测序和流式细胞术数据,系统分析了SFTS患者中T细胞(特别是CD4 T细胞)的细胞毒性受损和耗竭状态与致死后果的关联,并创新性地设计了靶向SFTSV包膜糖蛋白Gn的BiTE抗体,成功在小鼠模型中实现了对致命感染的救援 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中进行临床试验,且BiTE抗体的长期安全性和有效性需进一步评估 | 开发针对SFTSV的有效治疗干预措施,通过增强T细胞介导的免疫反应来消除病毒感染细胞 | SFTS患者和小鼠模型中的T细胞(特别是CD4和CD8 T细胞)以及SFTSV感染的细胞 | 免疫学与传染病学 | 严重发热伴血小板减少综合征(SFTS) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 392 | 2025-12-22 |
D-dimer drives immune dysregulation in COVID-19 via chemokine modulation and inflammatory signaling
2025-Nov, Virus research
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.virusres.2025.199641
PMID:41083108
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研究论文 | 本研究探讨了D-二聚体在COVID-19中通过调节趋化因子和炎症信号通路驱动免疫失调的作用 | 揭示了D-二聚体作为血栓炎症反应的潜在驱动因子,不仅作为临床生物标志物,还通过上调趋化因子(如CXCL5、CXCL6)和富集IL-17、PI3K-Akt等炎症通路来调节免疫微环境 | 体外实验使用THP-1细胞系,可能无法完全模拟体内复杂免疫环境;样本来自上海地区,可能存在地域局限性 | 探究D-二聚体在COVID-19免疫调节中的作用机制 | COVID-19患者(轻症和重症)及SARS-CoV-2阴性对照参与者 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析、体外细胞刺激实验 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床数据 | 356名参与者(包括轻症和重症COVID-19患者及阴性对照) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 393 | 2025-12-21 |
Immune-modulating effects on tumor-draining lymph nodes of neoadjuvant chemoradiotherapy combined with dual immunotherapy in patients with T3-4N0-2 NSCLC
2025-Nov-28, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013237
PMID:41314982
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研究论文 | 本研究探讨了在T3-4N0-2非小细胞肺癌患者中,新辅助放化疗联合双重免疫疗法对肿瘤引流淋巴结的免疫调节作用 | 结合空间转录组学和免疫组织化学分析,首次系统研究了新辅助放化疗联合双重免疫疗法对肿瘤引流淋巴结的免疫调节效应,特别是在不同辐射剂量下的影响 | 研究为观察性队列设计,样本量有限(每组25例),且仅针对特定亚型的非小细胞肺癌患者,结果可能无法推广到其他癌症类型或治疗组合 | 评估新辅助放化疗联合双重免疫疗法对肿瘤引流淋巴结免疫功能的调节作用 | T3-4N0-2非小细胞肺癌患者的肿瘤引流淋巴结 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学, 免疫组织化学 | NA | 空间转录组数据, 免疫组织化学图像 | 50例患者(INCREASE试验组25例,匹配对照组25例) | NA | 空间转录组学 | GeoMx | GeoMx空间转录组学分析平台,用于CD8/Ki67+T细胞热点区域的转录组分析 |
| 394 | 2025-12-21 |
scHLens: a web server for hierarchically and interactively exploring single cell RNA-seq data
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf675
PMID:41403052
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scHLens的交互式网络服务器,用于分层探索单细胞RNA测序数据 | 开发了支持用户自定义分析流程和分层探索模式的交互式网络服务器,解决了现有方法在界面友好性、流程灵活性和细胞亚型识别方面的不足 | 未在摘要中明确说明 | 降低单细胞RNA测序数据分析的技术门槛,提高细胞异质性识别的灵活性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 395 | 2025-12-20 |
Enhancing RNA Capture Efficiency in Spatial Transcriptomics: A Review of Innovative Technologies and Strategies
2025-Nov-16, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262211076
PMID:41303559
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综述 | 本文系统综述了近年来提升空间转录组学中RNA捕获效率的创新技术与策略 | 重点比较了Decoder-seq、Stereo-seq V2、MAGIC-seq和MSN-seq等前沿技术,并强调了针对FFPE临床样本的优化方法以及整合人工智能的计算预测方法 | 作为一篇综述文章,未提出新的实验数据或模型,主要依赖现有文献进行总结分析 | 提升空间转录组学中RNA捕获效率,并促进该技术在基础研究和临床应用中的效用 | 空间转录组学技术及其相关的RNA捕获策略 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 396 | 2025-12-20 |
COL8A1 regulates endothelial phenotype in inflammatory endothelial-to-mesenchymal transition
2025-Nov-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00339.2025
PMID:41042748
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研究论文 | 本研究探讨了胶原蛋白VIII α1链(COL8A1)在炎症诱导的内皮-间质转化(EndMT)中对内皮细胞表型的调控作用 | 首次揭示了COL8A1在炎症性EndMT中的双相调控作用,并阐明其通过NF-κB/Snail信号通路影响内皮稳定性的机制 | 研究主要基于体外细胞模型(HAECs),体内功能验证和临床相关性需要进一步研究 | 探究COL8A1在炎症性内皮-间质转化中的作用机制 | 小鼠和人类内皮细胞,特别是人主动脉内皮细胞(HAECs) | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光分析,基因过表达与敲低 | NA | 基因表达数据,图像数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及小鼠和人类内皮细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 397 | 2025-12-19 |
Preoperative pembrolizumab (anti-PD-1 antibody) combined with chemoradiotherapy for esophageal squamous cell carcinoma: a phase 1/2 trial (PALACE-2)
2025-Nov-28, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02477-4
PMID:41309527
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研究论文 | 本研究是一项评估术前帕博利珠单抗联合放化疗治疗局部晚期可切除食管鳞状细胞癌的疗效和安全性的1/2期临床试验 | 首次大规模、多中心1/2期试验报告了帕博利珠单抗联合放化疗用于局部晚期可切除食管鳞癌的短期结果,并通过单细胞RNA测序和细胞因子分析发现高IL-6水平可作为治疗反应的预测因子 | 短期疗效未优于新辅助放化疗,且随访时间较短(中位17.4个月),需要更长期的生存数据 | 评估术前帕博利珠单抗联合放化疗治疗局部晚期可切除食管鳞状细胞癌的疗效和安全性,并探索肿瘤微环境的动态特征 | 局部晚期、可手术切除的食管鳞状细胞癌患者 | 数字病理学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,细胞因子分析,皮下肿瘤小鼠模型 | NA | 肿瘤标本,血液样本,小鼠模型数据 | 143名入组患者(140名接受新辅助治疗,125名接受手术) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 398 | 2025-12-19 |
Reflecting on 30 years of miRNA biology in malignant hematology: current challenges and future directions
2025-Nov-25, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024015611
PMID:40845247
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观点文章 | 本文回顾了microRNA(miRNA)在恶性血液学中30年的研究历程,讨论了当前挑战和未来方向 | 强调了miRNA-mRNA相互作用的上下文依赖性、isomiRs的影响以及RNA结合蛋白和表观转录组修饰对miRNA活性的作用,并倡导使用更生理相关的系统如造血类器官、单细胞和空间转录组学 | 指出常用批量测序和简化模型存在局限性,方法学不一致、解释过于简化以及模型限制阻碍了临床转化进展 | 探讨miRNA在恶性血液学中的生物学作用、当前研究挑战及未来发展方向 | microRNA(miRNA)在造血过程和血液恶性肿瘤(如急性髓系白血病)中的调控机制 | NA | 血液恶性肿瘤 | 单细胞转录组学、空间转录组学、CRISPR功能分析、脂质纳米颗粒递送、抗miRs | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 399 | 2025-12-19 |
Nivolumab plus ipilimumab induce hyper-progression in renal medullary carcinoma: results of a phase II trial and preclinical evidence
2025-Nov-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65462-z
PMID:41290625
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研究论文 | 本文报告了一项针对肾髓样癌(RMC)患者的II期临床试验结果,评估了nivolumab联合ipilimumab的疗效,并通过单细胞RNA测序和临床前实验揭示了免疫检查点疗法(ICT)诱导的耐药机制 | 首次在RMC中通过临床试验和单细胞RNA测序揭示了ICT诱导的“髓系拟态”程序,并发现p300抑制可恢复ICT敏感性 | 临床试验样本量较小(仅10名患者),且为单臂研究,缺乏对照组 | 评估nivolumab联合ipilimumab在肾髓样癌(RMC)中的疗效,并探究ICT诱导的耐药机制 | 肾髓样癌(RMC)患者及免疫活性体细胞嵌合基因工程小鼠模型 | NA | 肾髓样癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、单细胞RNA测序数据 | 10名RMC患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 400 | 2025-12-19 |
Benchmarking large language models for cell typing in single-cell RNA-Seq
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf677
PMID:41396814
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研究论文 | 本文系统性地评估了七种领先的大型语言模型和三种传统生物信息学工具在34个不同的人类和小鼠单细胞RNA测序数据集上的细胞类型注释性能 | 首次为LLMs在scRNA-seq细胞类型注释中的应用提供了系统性框架和全面的性能比较,并开发了集成策略和开源工具DeepCellSeek | NA | 评估和比较大型语言模型在单细胞RNA测序数据细胞类型注释中的性能 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据集 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 大型语言模型 | 基因表达数据 | 34个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |