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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2025-11-29 |
Single-cell profiling of blood and cerebrospinal fluid in tuberculous meningitis
2025-Nov-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf186
PMID:40795373
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结核性脑膜炎患者脑脊液和血液的免疫细胞特征 | 首次在脑感染领域应用单细胞RNA测序技术分析脑脊液样本,揭示了脑脊液特异性免疫细胞亚群和炎症特征 | 样本量较小(仅4例患者),且仅分析了治疗前的样本 | 探索结核性脑膜炎患者脑脊液和血液中的免疫病理机制 | 结核性脑膜炎患者的脑脊液和配对外周血单个核细胞 | 单细胞测序 | 结核性脑膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4例结核性脑膜炎患者的脑脊液和配对外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 382 | 2025-11-28 |
Single cell RNA seq of the major cell types in the larva of the sea star, Patiria miniata
2025-Nov-27, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists
IF:2.0Q3
DOI:10.1002/dvdy.70100
PMID:41306072
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了海星Patiria miniata幼虫发育过程中的主要细胞类型及其基因表达轨迹 | 首次提供了海星幼虫发育的单细胞转录组图谱,发现原始生殖细胞与体腔囊细胞具有相似的基因表达谱,并揭示了外胚层上皮的高度异质性 | 研究主要聚焦于第3天幼虫,其他发育时间点的分析相对有限 | 研究海星发育过程中细胞类型分化和基因表达机制 | 海星Patiria miniata受精后1-4天的幼虫 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,原位RNA杂交 | NA | 单细胞转录组数据 | 海星幼虫发育1-4天的细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 383 | 2025-11-28 |
The Dynamic UPR Rheostat Orchestrates Single-Cell Plasticity in Glioblastoma
2025-Nov-27, Journal of molecular neuroscience : MN
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12031-025-02447-z
PMID:41307600
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析揭示了胶质母细胞瘤中未折叠蛋白反应三臂的动态调控机制 | 首次在单细胞水平提出UPR变阻器概念,开发了臂特异性指标来量化三臂协调性,发现IRE1/ATF6紧密耦合而PERK相对独立的调控模式 | 研究基于转录组数据推断UPR臂协调性,需要扰动实验和蛋白水平验证 | 探究胶质母细胞瘤中UPR三臂在单细胞分辨率下是否作为分级控制系统运作 | 胶质母细胞瘤细胞 | 单细胞转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | 随机效应模型,转录因子活性推断 | 单细胞转录组数据 | 发现队列871个细胞,验证队列11,877个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium, SMART-seq | SMART-seq和10x Chromium单细胞测序平台 |
| 384 | 2025-11-28 |
Single-cell sequencing reveals the complexity of cutaneous T-cell lymphoma
2025-Nov-27, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-04063-0
PMID:41307784
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在揭示皮肤T细胞淋巴瘤复杂基因组和微环境方面的研究进展 | 系统总结单细胞测序在解析CTCL肿瘤异质性、微环境组成和细胞状态转变中的创新应用 | NA | 通过单细胞测序技术深入理解皮肤T细胞淋巴瘤的发病机制 | 皮肤T细胞淋巴瘤及其微环境 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 385 | 2025-11-28 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals cellular and molecular changes in EGFR-positive lung adenocarcinoma before and after Furmonertinib treatment
2025-Nov-27, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-025-01706-y
PMID:41307822
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示EGFR阳性肺腺癌在福莫替尼治疗前后的细胞和分子变化 | 首次在EGFR阳性肺腺癌中整合治疗前后配对样本的单细胞转录组数据,系统分析福莫替尼对肿瘤微环境的重塑作用 | 样本量有限,耐药机制仍需进一步验证 | 探究福莫替尼治疗EGFR阳性肺腺癌的细胞分子机制及肿瘤微环境变化 | EGFR阳性肺腺癌患者的肿瘤组织及癌旁组织 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | EGFR阳性肺腺癌患者治疗前后配对样本(数量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 386 | 2025-11-28 |
Exploring tumor heterogeneity and drug resistance in cervical cancer through single-cell and bulk transcriptomics
2025-Nov-27, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-04037-2
PMID:41307828
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学技术探索宫颈癌肿瘤异质性和耐药机制 | 发现PI3+NEO和SLC40A1+NEO细胞群在耐药性中的关键作用,并揭示LGALS9通过抑制T细胞功能促进免疫抑制微环境 | NA | 探索宫颈癌肿瘤异质性和耐药机制以改善治疗效果 | 宫颈癌组织和HSIL样本中的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞测序, 空间转录组学, 伪时序分析, 细胞通讯分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 387 | 2025-11-28 |
Stem cell specification and niche formation in developing incisor requires actomyosin forces
2025-Nov-26, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxaf074
PMID:41296682
|
研究论文 | 本研究通过遗传谱系追踪和单细胞RNA测序揭示了小鼠门牙发育过程中干细胞特化和生态位形成的时序关系 | 发现肌动球蛋白网络产生的收缩张力在限制Sox2+干细胞定位和维持其干性中的关键作用 | 研究仅限于小鼠门牙发育模型,未验证其他牙齿类型或物种 | 探究牙齿发育过程中干细胞特化与生态位形成的时序关系和机制 | 小鼠门牙发育过程中的上皮干细胞 | 发育生物学 | NA | 遗传谱系追踪, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | Sox2CreERT2/+; R26RmT/mG和Sox2CreERT2/+; R26RtdT/+胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 388 | 2025-11-28 |
DBP: Adaptive and Interpretable Factor Analysis for Single-cell RNA-seq Data with Deep Beta Processes
2025-Nov-26, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf117
PMID:41298306
|
研究论文 | 提出一种基于深度Beta过程的单细胞RNA-seq数据自适应可解释因子分析方法 | 通过stick-breaking Beta过程实现因子数量的自适应选择,并采用对抗学习策略进行批次校正 | NA | 开发自适应且可解释的因子分析方法用于单细胞转录组数据分析 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 胃腺癌 | 单细胞RNA测序 | 深度概率框架,Beta过程 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 389 | 2025-11-28 |
Temporal dynamics of uterine immune microenvironment remodeling in a murine model of adenomyosis
2025-Nov-26, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gaaf057
PMID:41298316
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型探讨了子宫腺肌症发展过程中子宫免疫微环境的动态变化 | 首次系统揭示了子宫腺肌症发展过程中先天免疫与适应性免疫的动态交互作用,并发现IL-6介导的信号通路在疾病早期起关键驱动作用 | 研究依赖单一动物模型、仅分析两个时间点、缺乏调节性T细胞的功能评估 | 阐明子宫腺肌症在受孕前子宫免疫微环境的演变过程 | 他莫昔芬诱导的小鼠子宫腺肌症模型 | 免疫学 | 子宫腺肌症 | 免疫荧光、流式细胞术、定量PCR | NA | 组织样本、分子表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 390 | 2025-11-28 |
Extracellular matrix anchored neutrophils drive pulmonary fibrosis in mice
2025-Nov-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66633-8
PMID:41298466
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、空间转录组学和ECM蛋白质组学技术,揭示了在矽肺小鼠模型中通过反向跨内皮迁移的嗜中性粒细胞通过ICAM1介导与细胞外基质相互作用驱动肺纤维化的新机制 | 首次发现反向跨内皮迁移的嗜中性粒细胞亚群通过ICAM1介导与细胞外基质相互作用促进肺纤维化,并阐明巨噬细胞来源的组织蛋白酶C在其中的关键作用 | 研究仅使用雄性小鼠,缺乏雌性动物数据;所有实验均在矽肺小鼠模型中进行,需要进一步验证在其他肺纤维化模型中的普适性 | 探究嗜中性粒细胞在肺纤维化发病机制中的具体作用及其与细胞外基质的相互作用 | 矽肺小鼠模型中的嗜中性粒细胞、巨噬细胞和成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, ECM蛋白质组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据, 蛋白质组数据 | 雄性小鼠矽肺模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 391 | 2025-11-28 |
Spatiotemporal dynamics of RERE in schizophrenia pathogenesis: insights from multi-omics and single-cell sequencing
2025-Nov-26, Schizophrenia (Heidelberg, Germany)
DOI:10.1038/s41537-025-00705-y
PMID:41298505
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研究论文 | 本研究通过整合多组学和单细胞测序分析,系统解析了精神分裂症的遗传结构和神经发育机制 | 发现RERE基因在精神分裂症发病中的时空动态调控特征,揭示其介导的表观遗传-神经发育轴 | 需要未来使用类器官模型进行验证并探索临床转化 | 解析精神分裂症的遗传结构和神经发育机制 | 欧洲人群(130,644)和东亚人群(30,761)的GWAS数据,RERE基因及其调控网络 | 生物信息学 | 精神分裂症 | 全基因组关联研究(GWAS), 多组学分析, 单细胞测序, CUT&Tag | NA | 基因组数据, 表观遗传数据, 单细胞测序数据 | 欧洲人群130,644例,东亚人群30,761例 | NA | 单细胞测序, 多组学分析 | NA | NA |
| 392 | 2025-11-28 |
Uncovering the immune mechanisms underlying the emergence of immunotherapy-induced pneumonitis in lung cancer patients
2025-Nov-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66509-x
PMID:41298513
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研究论文 | 通过单细胞分析揭示肺癌患者免疫检查点抑制剂相关肺炎的免疫机制 | 首次结合scRNA-seq和scTCR/BCR-seq技术对CIP组织进行综合单细胞分析,发现CD8⁺组织驻留记忆T细胞扩增、IFNG表达升高、TCR克隆共享等新机制 | 样本来源仅限于肺癌患者,未涉及其他癌症类型的CIP机制研究 | 阐明免疫检查点抑制剂相关肺炎的免疫发病机制 | 肺癌患者发生免疫检查点抑制剂相关肺炎的组织样本 | 单细胞分析 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR/BCR测序 | NA | 单细胞转录组数据, TCR/BCR序列数据 | CIP组织和匹配的癌旁组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 393 | 2025-11-28 |
SPP1 + macrophage and Treg interaction mediates immunosuppression and adverse survival in HER2 + breast cancer
2025-Nov-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-29530-0
PMID:41298703
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研究论文 | 本研究揭示了SPP1+巨噬细胞通过CD86-CTLA4轴增强Treg免疫抑制功能促进HER2+乳腺癌进展的机制 | 首次发现SPP1+巨噬细胞与Treg相互作用通过CD86-CTLA4轴介导免疫抑制的新机制 | 研究结果仍需在更大规模的前瞻性队列中验证 | 阐明HER2+乳腺癌中导致不良预后的特定细胞亚群和调控通路 | 健康与肿瘤乳腺组织、HER2+乳腺癌患者队列 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序、空间转录组学、多重免疫组织化学 | NA | 转录组数据、空间转录组数据、免疫组织化学图像 | 多个乳腺癌队列的样本,包括内部独立HER2+乳腺癌患者组 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重免疫组织化学 | NA | NA |
| 394 | 2025-11-28 |
Comprehensive single-cell transcriptome landscape of metastatic colorectal cancer identifies budding-potential cells and their interactions with cancer-associated fibroblasts
2025-Nov-26, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01187-y
PMID:41298776
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研究论文 | 通过整合287个结直肠癌样本的单细胞转录组数据,揭示了转移性结直肠癌中具有出芽潜能的细胞及其与癌症相关成纤维细胞的相互作用机制 | 首次在单细胞水平识别出与肿瘤出芽相关的MSLN阳性上皮细胞亚群,并发现其通过POSTN-ITGB5配体-受体对与POSTN成纤维细胞相互作用促进转移 | 研究主要基于转录组数据,需要进一步的功能实验验证分子机制 | 阐明转移性结直肠癌中肿瘤出芽细胞的转录组特征及其与微环境的相互作用 | 结直肠癌组织和细胞系 | 单细胞转录组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 287个结直肠癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 395 | 2025-11-28 |
Cross-species identification of conserved cell-type specific mechanisms during early placenta development in ruminants
2025-Nov-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-29895-2
PMID:41298965
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研究论文 | 本研究通过整合绵羊和牛早期胎盘发育的单细胞RNA测序数据,揭示了反刍动物胎盘发育中细胞类型特异性机制 | 首次在反刍动物中鉴定出19个细胞群体,发现牛特有的两个滋养层细胞群,并证实上皮-间质转化在早期胎盘发育中的关键作用 | 研究仅限于反刍动物,需要进一步验证在其他物种中的普适性 | 探索反刍动物早期胎盘发育的细胞类型特异性机制 | 绵羊和牛的早期胎盘组织 | 单细胞生物学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 绵羊和牛早期胎盘样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 396 | 2025-11-28 |
Single-cell and bulk transcriptome analyses revealed the role of macrophage cholesterol metabolism in atherosclerosis
2025-Nov-26, Lipids in health and disease
IF:3.9Q2
DOI:10.1186/s12944-025-02773-6
PMID:41299485
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研究论文 | 本研究通过单细胞和bulk转录组分析揭示了巨噬细胞胆固醇代谢在动脉粥样硬化中的关键作用 | 首次结合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据,系统分析巨噬细胞胆固醇代谢在动脉粥样硬化中的异质性,并识别出三个关键特征基因 | 研究主要基于公共数据库数据,需要更多实验验证;样本来源和数量未详细说明 | 探究巨噬细胞胆固醇代谢在动脉粥样硬化中的调控机制,寻找诊断标志物和治疗靶点 | 动脉粥样硬化患者组织样本和巨噬细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,机器学习,细胞实验 | 逻辑回归,共识聚类 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 397 | 2025-11-28 |
Differential expression of viral entry protein neuropilin 1 (NRP1) and neuropilin 2 (NRP2) in fatal COVID-19
2025-Nov-25, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01384-25
PMID:41159753
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研究论文 | 本研究分析了致命性COVID-19病例中病毒进入蛋白神经纤毛蛋白1和2的表达差异及其与SARS-CoV-2刺突蛋白的结合特性 | 首次系统比较NRP1和NRP2在致命COVID-19组织中的表达分布,并发现它们与SARS-CoV-2刺突蛋白片段具有不同的结合特性 | 样本量有限(n=20),且仅针对致命病例,可能无法代表轻中度COVID-19的情况 | 探究神经纤毛蛋白作为SARS-CoV-2辅助受体在COVID-19发病机制中的作用 | 致命COVID-19患者的尸检组织(心脏、肺和血液淋巴器官) | 病理学 | COVID-19 | 免疫组织化学,单细胞RNA测序,空间多重免疫荧光,免疫荧光显微镜 | NA | 组织图像,基因表达数据 | 20例尸检组织 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | CODEX | 空间多重免疫荧光表型分析 |
| 398 | 2025-11-28 |
Single-cell RNA sequencing highlights the role of epithelial-immune dual features of proximal tubule cells in BK polyomavirus nephropathy
2025-Nov-25, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01394-25
PMID:41055342
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究BK多瘤病毒肾病微环境,发现具有上皮-免疫双重特征的近端肾小管细胞新亚群 | 首次发现IGKC+ PT细胞亚群具有上皮-免疫双重特征,可能通过T细胞耗竭机制促进BKPyVN进展 | NA | 研究BK多瘤病毒肾病的微环境特征,探索新的治疗和诊断方法 | BK多瘤病毒肾病样本和稳定移植肾样本 | 单细胞测序 | 肾病 | 单细胞RNA测序,共免疫荧光染色 | NA | 单细胞RNA测序数据,尿液样本数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 399 | 2025-11-28 |
Rheumatoid arthritis synovial fibroblasts modulate T cell activation
2025-Nov-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.193054
PMID:41055954
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研究论文 | 本研究揭示了类风湿关节炎滑膜成纤维细胞通过IDO1介导的色氨酸消耗调控T细胞活化的新机制 | 首次发现滑膜成纤维细胞通过IDO1介导的色氨酸消耗诱导T细胞低反应性,并证实其在滑膜微环境中的主导免疫调节作用 | 未明确说明研究样本的具体数量及实验设计的局限性 | 探究类风湿关节炎滑膜成纤维细胞对T细胞活化的调节机制 | 类风湿关节炎患者的滑膜成纤维细胞和T细胞 | 免疫学 | 类风湿关节炎 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 400 | 2025-11-28 |
Multi-omics analysis reveals different cholesterol metabolism subtypes in colorectal cancer
2025-Nov-24, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03993-z
PMID:41283923
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研究论文 | 通过多组学分析识别结直肠癌中不同的胆固醇代谢亚型及其临床意义 | 首次基于胆固醇代谢相关基因对结直肠癌进行分子分型,并系统揭示不同亚型的肿瘤微环境特征和免疫治疗响应差异 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 识别结直肠癌的胆固醇代谢亚型并揭示其分子和免疫学特征 | 结直肠癌患者样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 基因组分析 | 无监督聚类 | 基因表达数据, 单细胞数据, 临床数据 | TCGA数据库结直肠癌样本及单细胞RNA测序样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |