单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
21	2026-01-30	Delineating transcriptomic signatures of in vitro human skeletal muscle models in comparison to in vivo references 2025-Nov-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102684 PMID:41135530	研究论文	本文通过大规模转录组数据集分析，比较了体外人类骨骼肌模型与体内参考的转录组特征，揭示了模型在肌源性因子上调、表观遗传记忆保留、脂质代谢和成纤维细胞生长因子配体方面的差异	首次对超过400个样本的39项研究进行大规模转录组分析，涵盖2D和3D模型的bulk和单细胞RNA测序数据，系统评估了体外骨骼肌模型的忠实性	研究主要基于转录组数据，可能未完全捕捉蛋白质水平和功能层面的差异；样本来源和实验条件的异质性可能影响比较结果	评估体外人类骨骼肌模型在转录组水平上对体内组织的再现程度，并识别改进模型的目标过程	人类骨骼肌的体外模型（包括2D和3D系统）及其体内对应组织	单细胞组学	NA	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过400个样本，涵盖39项研究	NA	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	NA
22	2026-01-30	"Oxygen tone" drives stage-specific OPC phenotypes for cell-based stroke therapy 2025-Nov-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102709 PMID:41223837	研究论文	本文探讨了缺氧如何塑造缺血性中风后少突胶质前体细胞（OPCs）的特征，揭示了氧依赖的OPC表型在促进血管生成和髓鞘再生中的作用	结合单细胞转录组学与体内外模型，揭示了OPCs在缺氧条件下的功能可塑性及其对中风细胞治疗的潜在价值	NA	探索缺氧对OPCs特征的影响及其在中风细胞治疗中的潜力	少突胶质前体细胞（OPCs）	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
23	2026-01-27	GPR68, A Proton-sensing GPCR, Mediates Acid-induced Visceral Nociception 2025-Nov-04, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101671 PMID:41197770	研究论文	本文研究了GPR68在酸诱导的结肠伤害感受中的作用，揭示了其在结肠感觉神经元中的表达及其作为结肠炎疼痛治疗靶点的潜力	首次通过单细胞RNA测序分析发现GPR68在结肠感觉神经元中表达，并证实其在酸诱导的结肠伤害感受中的关键作用，为结肠炎疼痛治疗提供了新靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限，且未深入探讨GPR68在其他疾病或组织中的潜在作用	探究GPR68在酸诱导的结肠伤害感受中的机制及其作为结肠炎疼痛治疗靶点的可能性	小鼠结肠感觉神经元、结肠组织、人类炎症性肠病组织样本	生物医学研究	结肠炎	单细胞RNA测序、RNA-seq分析、钙离子成像、药理学研究	NA	基因表达数据、电生理记录数据、钙离子响应数据	野生型和GPR68-/-小鼠的结肠组织及背根神经节神经元，人类炎症性肠病组织样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
24	2026-01-27	Targeting the ApoB100-ENO1 interaction with engineered peptides attenuates atherosclerotic inflammation and plaque progression 2025 Nov-Dec, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2025.12.003 PMID:41360283	研究论文	本研究开发了一种名为PP3m的工程化肽，通过靶向抑制ApoB100与ENO1的相互作用，有效减轻动脉粥样硬化炎症和斑块进展	首次发现并靶向ApoB100-ENO1相互作用轴，开发了稳定的肽抑制剂PP3m，该疗法在不影响血脂水平的情况下独立减轻炎症和斑块进展	研究主要基于小鼠模型（Ldlr-/-小鼠），其临床转化效果尚需在人体中进一步验证；体外模型可能无法完全模拟体内复杂的炎症微环境	开发一种通过靶向ApoB100-ENO1相互作用来减轻动脉粥样硬化炎症和斑块进展的新型治疗策略	人类动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞、体外培养的巨噬细胞模型、以及喂食致动脉粥样硬化饮食的Ldlr-/-小鼠	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据、细胞表型数据、组织病理学数据	人类动脉粥样硬化斑块的scRNA-seq数据（具体数量未明确说明）、Ldlr-/-小鼠模型	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
25	2026-01-26	LETM2 regulates mitochondrial function and autophagy in diabetic foot ulcers: implications for oxidative stress and therapeutic targeting 2025-Nov-22, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01748-1 PMID:41272316	研究论文	本研究通过分析公开数据库的RNA测序数据，发现LETM2基因在糖尿病足溃疡中表达上调，并通过体外实验证实其在氧化应激条件下维持线粒体功能和细胞存活中的作用	首次将LETM2基因与糖尿病足溃疡的线粒体功能障碍和氧化应激联系起来，并通过单细胞RNA测序确定了其在内皮细胞中的特异性表达变化	研究主要基于体外细胞模型（HUVECs），缺乏体内动物模型验证；样本量相对有限	探究糖尿病足溃疡中线粒体功能障碍的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	糖尿病足溃疡患者样本、人脐静脉内皮细胞（HUVECs）	生物信息学与分子生物学	糖尿病足溃疡	RNA测序、单细胞RNA测序、siRNA敲低	LASSO、SVM-RFE	转录组测序数据、单细胞RNA测序数据	来自GEO数据库的GSE134431和GSE80178数据集，以及机构内部处理的DFU样本和对照样本	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
26	2026-01-26	Deciphering neutrophil dynamics in the focal lesion tumor microenvironment to overcome immunosuppression in multiple myeloma 2025-Nov-13, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2025028963 PMID:40758944	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，揭示了多发性骨髓瘤病灶微环境中中性粒细胞的动态变化及其免疫抑制作用，并探索了CXCR2阻断作为新治疗策略的潜力	首次在多发性骨髓瘤中鉴定出三种独特的CXCR2+成熟中性粒细胞亚群，并发现TREM1+CD10+亚群具有强免疫抑制功能且与患者较短总生存期相关	研究主要基于临床前模型和患者样本分析，尚未进行大规模临床试验验证CXCR2阻断疗法的长期安全性和有效性	深入理解中性粒细胞在多发性骨髓瘤肿瘤微环境中的功能，以克服免疫抑制并发现新的治疗靶点	多发性骨髓瘤患者的配对病灶和骨髓样本中的髓系细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序，免疫荧光成像，功能实验	NA	单细胞转录组数据，图像数据	来自多发性骨髓瘤患者的配对病灶和骨髓样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
27	2026-01-26	Multiomics analysis reveals the genetic and epigenetic features of high-risk NK cell-type chronic active EBV infection 2025-Nov-06, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026805 PMID:40737598	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了高风险NK细胞型慢性活动性EBV感染（CAEBV）的遗传和表观遗传特征	首次基于CpG岛甲基化表型（CIMP）将NK细胞型CAEBV分为两个亚型，并揭示了CIMP阳性亚型与结外NK/T细胞淋巴瘤相似的DNA甲基化模式、高肿瘤突变负荷和频繁拷贝数变异，同时验证了去甲基化药物5-氮杂胞苷的治疗潜力	研究样本量相对较小（65例患者），且CAEBV作为一种罕见病，其异质性可能影响结果的普适性	揭示CAEBV的分子机制，特别是高风险NK细胞型亚型的遗传和表观遗传特征，以探索潜在治疗策略	65名CAEBV患者，重点关注NK细胞型亚型	数字病理学	慢性活动性EBV感染	多组学分析（包括基因组、转录组、表观基因组、单细胞转录组和表面蛋白质组分析），甲基化分析，单细胞分析	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、单细胞数据	65名CAEBV患者	NA	单细胞RNA-seq, 单细胞多组学	NA	NA
28	2026-01-24	Investigating the impact of MCTP2 on immune suppression and drug resistance in glioblastoma 2025-Nov-26, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01738-3 PMID:41291342	研究论文	本研究探讨了MCTP2基因在胶质母细胞瘤复发、免疫抑制和耐药性中的作用	首次揭示了MCTP2作为胶质母细胞瘤免疫逃逸和耐药性的新型促进因子，并提出了MCTP2敲低联合SB52334治疗的协同治疗策略	研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索MCTP2在胶质母细胞瘤复发、免疫抑制和耐药性中的功能及治疗靶点潜力	胶质母细胞瘤样本、患者来源类器官模型	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学分析、Western印迹、集落形成实验	NA	转录组数据、图像数据	来自TCGA和CGGA数据库的原发性和复发性GBM样本	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	NA
29	2026-01-24	CelLink: integrating single-cell multi-omics data with weak feature linkage and imbalanced cell populations 2025-Nov-26, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf1270 PMID:41335468	研究论文	本文介绍了一种名为CelLink的新型单细胞多组学数据整合方法，旨在解决特征弱关联和细胞群体不平衡的挑战	CelLink通过特征归一化与平滑处理以及多阶段最优传输算法迭代，动态优化细胞对应关系，有效适应弱特征关联和不平衡细胞群体，并在数据混合、细胞流形结构保持和特征插补准确性方面表现优异	NA	开发一种高效整合单细胞多组学数据的方法，以克服特征弱关联和细胞群体不平衡的问题	单细胞RNA测序数据、空间蛋白质组学数据以及配对的CITE-seq数据	机器学习	NA	单细胞多组学技术	最优传输算法	单细胞多组学数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 空间蛋白质组学, CITE-seq	NA	NA
30	2026-01-24	IGFBP7 and CCT2 are novel lactylation-driven mediators of endothelial-to-mesenchymal transition in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Nov-20, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01761-4 PMID:41261179	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序技术，系统探讨了乳酰化修饰在特发性肺纤维化中的作用，并识别出IGFBP7和CCT2作为乳酰化驱动的内皮-间质转化的关键基因	首次系统研究乳酰化在IPF中的作用，结合多算法识别IGFBP7和CCT2为乳酰化驱动的EndMT新介质，并通过实验验证TGF-β诱导代谢重编程的机制	研究主要基于测序数据和体外实验，缺乏体内动物模型验证，且样本量未明确说明，可能限制结论的普适性	探究乳酰化修饰在特发性肺纤维化发病机制中的角色及其临床意义	特发性肺纤维化患者与健康人的样本，重点关注血管内皮细胞	生物信息学与计算生物学	特发性肺纤维化	单细胞测序，批量RNA测序，机器学习算法，Cox回归分析，孟德尔随机化，假时间分析，基因通路活性分析，细胞间通讯分析，代谢评估，RNA干扰，伤口愈合实验	多种机器学习算法（具体未指定），Cox回归模型	单细胞RNA测序数据，批量RNA测序数据	NA	NA	单细胞RNA-seq，批量RNA-seq	NA	NA
31	2026-01-24	The aberrant migration and differentiation of neural crest cells are associated with the production of HVP in bearded chicken 2025-Nov-14, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01726-7 PMID:41236583	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了胡须鸡内脏腹膜色素沉着过度的细胞起源和分子机制	首次使用单细胞RNA测序技术解析HVP的细胞起源，并识别了SEMA3C-PLXND1和TNC-SDC1轴在黑色素细胞迁移和粘附中的关键作用	研究样本仅来自胡须鸡，可能不适用于其他鸡种或物种	探究内脏腹膜色素沉着过度的细胞起源和分子机制，以指导育种策略	胡须鸡的黑色、褪色和正常腹膜组织，以及成纤维细胞系和原代黑色素细胞	单细胞组学	色素沉着异常	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	来自胡须鸡的黑色、褪色和正常腹膜组织，在40天和120天龄取样	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
32	2026-01-24	Integrative single-cell and bulk RNA-seq analysis identifies glycosyltransferases-related signature in triple negative breast cancer 2025-Nov-08, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01729-4 PMID:41203941	研究论文	本研究通过整合单细胞和bulk RNA-seq数据，识别了三阴性乳腺癌中与糖基转移酶相关的分子特征，并构建了一个17基因的风险模型用于预后预测	结合单细胞和bulk RNA-seq数据，利用AUCell评分识别与糖基转移酶相关的基因，并构建了一个具有预测能力的17基因特征模型	研究依赖于公开数据集，未进行大规模独立验证，实验验证部分可能样本量有限	识别三阴性乳腺癌中糖基转移酶的分子靶点，以提高预后准确性和免疫治疗效果	三阴性乳腺癌患者的数据和细胞系	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq	风险模型	RNA-seq数据	未明确指定，使用公开数据集	NA	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	NA
33	2026-01-24	Genome-Wide Association Analysis and Multi-Omic Mendelian Randomization Insight Into the Molecular Network of Immune-Related Dysfunction in the Pathogenesis of Rheumatoid Arthritis 2025-Nov, International journal of rheumatic diseases IF:2.4Q2 DOI:10.1111/1756-185x.70479 PMID:41287581	研究论文	本研究通过整合GWAS、eQTL、pQTL和单细胞RNA测序等多组学数据，揭示了免疫相关基因在类风湿关节炎发病机制中的因果作用	首次通过多组学孟德尔随机化框架系统鉴定RA的因果基因，并发现7个新的风险位点，将ERAP2、SWAP70和LTBR等基因分类为高或中等置信度的因果基因	研究主要基于欧洲人群数据，可能限制了结果在其他种族群体中的普适性，且功能验证实验相对有限	阐明免疫相关基因在类风湿关节炎发病机制中的因果作用	类风湿关节炎患者及其遗传与免疫数据	生物信息学	类风湿关节炎	GWAS, eQTL, pQTL, 单细胞RNA测序, 批量RNA测序	孟德尔随机化, 基于汇总数据的MR	遗传数据, 表达数据, 单细胞转录组数据	三个RA队列的大规模样本	NA	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	NA	NA
34	2026-01-23	The Glutamine Metabolic Switch Influences the Response of Neonatal Intestinal Macrophages to Breast Milk 2025-Nov-29, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101683 PMID:41320153	研究论文	本研究探讨了谷氨酰胺和谷氨酸在新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）中对肠道巨噬细胞代谢重编程的双重作用	揭示了谷氨酰胺代谢开关在新生儿肠道巨噬细胞响应母乳中的关键作用，并发现其效果具有时间依赖性	研究主要基于大鼠模型和体外实验，人类数据仅来自已发表的scRNA-seq数据重分析，缺乏直接的人类干预实验验证	探究谷氨酰胺和谷氨酸如何影响新生儿肠道炎症及其机制	新生儿大鼠NEC模型、骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）、回肠巨噬细胞	NA	坏死性小肠结肠炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞数据、转录组数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
35	2026-01-23	In vitro models to mimic tumor endothelial cell-mediated immune cell reprogramming in lung adenocarcinoma 2025-Nov-27, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03576-4 PMID:41310721	研究论文	本研究通过体外模型探究了非小细胞肺癌中肿瘤内皮细胞如何调节免疫细胞，揭示了其在肿瘤微环境免疫抑制中的作用	利用2D和3D共培养模型结合单细胞RNA测序技术，首次在非小细胞肺癌中系统揭示了肿瘤内皮细胞的异质性及其通过MIF信号促进M2样巨噬细胞极化的机制	研究主要基于体外模型，可能无法完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性	探究非小细胞肺癌中肿瘤内皮细胞对免疫细胞的重编程作用及其机制	非小细胞肺癌细胞、正常内皮细胞、免疫细胞（CD4 T细胞、CD8 T细胞、巨噬细胞）	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组、蛋白质组、激酶组数据	多种非小细胞肺癌细胞系及患者来源的肿瘤内皮细胞	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
36	2026-01-23	Single-cell transcriptomic analysis reveals the heterogeneity and functional characteristics of macrophage subpopulations in colon cancer 2025-Nov-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-04002-z PMID:41276730	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了结肠癌中巨噬细胞亚群的异质性和功能特征，并重点探讨了SPP1在巨噬细胞亚型中的作用	首次在结肠癌中利用单细胞RNA测序技术系统鉴定出五个巨噬细胞亚型，并发现Macrophages_SPP1亚型在肿瘤中显著富集，具有独特的代谢和免疫抑制功能，同时通过计算机模拟SPP1敲除揭示了其在免疫抑制肿瘤微环境形成中的关键作用	研究仅基于三名结肠癌患者的样本，样本量较小，且为观察性研究，缺乏体内实验验证	探究结肠癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其功能特征，特别是SPP1在巨噬细胞亚型中的作用	结肠癌患者的肿瘤组织和癌旁正常组织	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	三名结肠癌患者	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
37	2026-01-23	Single-cell transcriptome atlas of adult male and female human hookworm Ancylostoma ceylanicum 2025-Nov-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113846 PMID:41362773	研究论文	本研究构建了成年雄性和雌性锡兰钩虫的单细胞转录组图谱，揭示了性别特异性基因表达和细胞多样性	首次提供了锡兰钩虫的全面单细胞转录组图谱，揭示了性别间细胞类型差异和新的分子标记	未提及样本数量或技术重复的详细信息，可能限制统计分析的稳健性	推进对钩虫生物学的基本理解，为开发新的治疗或疫苗靶点提供基础	成年雄性和雌性锡兰钩虫（Ancylostoma ceylanicum）	单细胞组学	钩虫病	单细胞RNA测序，共聚焦显微镜，RNA荧光原位杂交	NA	单细胞转录组数据，显微镜图像	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
38	2026-01-23	Spatial transcriptomics in bone research: navigating hype and hurdles 2025-Nov-13, Pathology IF:3.6Q1 DOI:10.1016/j.pathol.2025.10.003 PMID:41475999	综述	本文综述了空间转录组学在骨骼研究中的应用，探讨了其技术优势、组织处理挑战、平台限制及未来方向	系统总结了空间转录组学在骨骼研究中的独特应用挑战，如骨组织脱钙问题，并整合了平台比较与生物信息学分析考量	未提出具体的新实验数据或技术解决方案，主要基于现有文献综述，缺乏对新兴平台如Visium FFPE在骨骼中应用的深入评估	评估空间转录组学技术在骨骼研究中的适用性、挑战及未来潜力	骨骼组织样本、动物模型及肌肉骨骼系统	空间转录组学	肌肉骨骼疾病	空间转录组学	NA	基因表达空间数据	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
39	2026-01-22	Single-Cell Transcriptomic Analysis Identifies a Novel OLR1+ SLC7A7+ Liver-Enriched Metastatic Subset With Immunometabolic Rewiring in Pancreatic Cancer 2025-Nov, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.71345 PMID:41176774	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，识别出一种新型的OLR1+ SLC7A7+肝脏富集转移亚群（LEMS），并揭示了其在胰腺癌肝转移中的免疫代谢重编程机制	首次识别并验证了LEMS这一终末分化的恶性细胞亚群，其特征为代谢重编程和免疫抑制通路超活化，并发现其与SPP1+巨噬细胞通过配体-受体网络相互作用，驱动侵袭和免疫逃逸	需要扩大临床队列和体内模型来全面阐明LEMS与巨噬细胞之间的具体机制性相互作用	识别驱动PDAC肝转移的关键细胞亚群，阐明其与转移微环境的相互作用，并定义肝脏定植的潜在机制	胰腺导管腺癌（PDAC）的原发肿瘤（PT）和肝转移（LM）样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	来自PDAC PT和LM患者的临床样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
40	2026-01-22	Integration of Transcriptome Profiling and Single-Cell Sequencing Analysis to Establish a CD8+ T Cell-Related Prognostic Model for Patients With NSCLC: From Assessment to Therapy 2025-Nov, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.71337 PMID:41223031	研究论文	本研究通过整合转录组分析和单细胞测序，构建了一个基于CD8+ T细胞的预后模型，用于非小细胞肺癌患者的精准预后评估和免疫治疗决策	首次结合加权基因共表达网络分析和单细胞测序技术，识别出CD52、CD69和PLIN2作为生物标志物，构建了高精度的CD8+ T细胞相关风险模型，并开发了临床预后列线图	研究依赖于公共数据集（TCGA-NSCLC、GSE183219、GSE42127），可能受到样本异质性和数据质量的限制，且模型需要在独立的前瞻性队列中进行进一步验证	开发一个CD8+ T细胞相关的预后模型，以改善非小细胞肺癌患者的预后评估和免疫治疗临床决策	非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	转录组分析，单细胞测序	LASSO回归，Cox回归，列线图	基因表达数据，单细胞数据	三个公共数据集（TCGA-NSCLC、GSE183219、GSE42127）中的样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA