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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-03-20 |
A chromosome-level assembly and functional genomic resources for the model annelid Capitella teleta
2025-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.31.685816
PMID:41279112
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研究论文 | 本研究通过结合长读长和短读长测序与Hi-C染色质构象捕获数据,组装了多毛类模型生物Capitella teleta的染色体水平核基因组和线粒体基因组,提供了高质量的基因组资源 | 首次为Capitella teleta提供了染色体水平的基因组组装,揭示了核基因组与线粒体基因组之间的重排现象,并利用多组学数据集改进了功能基因组分析 | NA | 更新Capitella teleta的基因组资源,以支持进化发育生物学、比较基因组学、保护和生态毒理学研究 | 多毛类模型生物Capitella teleta的实验室品系 | 比较基因组学 | NA | 长读长测序, 短读长测序, Hi-C染色质构象捕获, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, EM-seq | NA | 基因组序列, 转录组数据, 表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, EM-seq | NA | NA |
| 22 | 2026-03-19 |
Integrating bulk and single-cell RNA sequencing data to dissect genetic links between periodontitis and obstructive sleep apnea
2025-11-17, Sleep & breathing = Schlaf & Atmung
DOI:10.1007/s11325-025-03536-4
PMID:41247559
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,结合机器学习方法,探索了牙周炎与阻塞性睡眠呼吸暂停之间的遗传联系,并鉴定了关键hub基因作为诊断和治疗靶点 | 首次整合bulk和单细胞RNA-seq数据,结合多种机器学习算法(LASSO、SVM-RFE、Boruta)筛选hub基因,并利用虚拟基因敲除和药物预测揭示疾病间的遗传互作机制 | 研究基于公共数据库(GEO)的回顾性数据,样本来源和实验条件可能存在异质性;虚拟基因敲除为计算模拟,需实验验证;药物预测为数据库挖掘,临床有效性待确认 | 探索牙周炎与阻塞性睡眠呼吸暂停之间的遗传联系和共享病理机制 | 牙周炎和阻塞性睡眠呼吸暂停患者的基因表达数据 | 生物信息学 | 牙周炎, 阻塞性睡眠呼吸暂停 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | LASSO, SVM-RFE, Boruta | 基因表达数据 | 未明确具体样本数量,数据来源于GEO数据库 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2026-03-19 |
Advancing Precision Medicine in Inflammatory Skin Disease
2025-Nov, American journal of clinical dermatology
IF:8.6Q1
DOI:10.1007/s40257-025-00963-7
PMID:40819342
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评论 | 本文探讨了精准医学在慢性炎症性皮肤病治疗中的应用,强调通过分子和细胞特征定制诊断和治疗策略 | 提出了精准医学在皮肤病中的关键临床应用场景,并突出了单细胞RNA测序和空间转录组学等先进技术对疾病分类和药物反应预测的改进 | 技术应用面临生物标志物验证有限、成本高和研究队列广度不足等挑战 | 推动精准医学在皮肤病学中的整合,以优化治疗选择和改善患者预后 | 慢性炎症性皮肤病患者 | 数字病理学 | 炎症性皮肤病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 分子和细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 24 | 2026-03-16 |
Distinct stromal cell populations define the B-cell acute lymphoblastic leukemia microenvironment
2025-Nov, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02734-z
PMID:40817406
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析,揭示了B细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL)骨髓微环境中两种不同的间充质基质细胞群及其功能 | 首次在B-ALL患者中鉴定出早期间充质祖细胞和成脂祖细胞两种不同的基质细胞群,并发现成脂祖细胞通过IL-7和VCAM1信号支持白血病细胞 | 研究样本主要来自儿科患者,可能无法完全代表成人B-ALL的微环境特征 | 解析B-ALL骨髓微环境的细胞异质性及其在白血病进展中的作用 | 儿科B-ALL患者的骨髓抽吸物和骨活检样本 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学分析 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | 儿科B-ALL患者的骨髓抽吸物和骨活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 25 | 2026-03-15 |
Altered Epithelial-Mesenchymal Progenitor States Lead to Matrix Deposition, Tissue Inflammation, and Transitional Epithelial State in Congenital Diaphragmatic Hernia
2025 Nov-Dec, Fetal and pediatric pathology
IF:0.7Q4
DOI:10.1080/15513815.2025.2585371
PMID:41246903
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了先天性膈疝(CDH)肺中上皮-间质祖细胞状态的改变,导致基质沉积、组织炎症和上皮细胞过渡状态,从而影响肺发育 | 首次在CDH模型中利用单细胞RNA测序技术系统分析了间质祖细胞的异常状态及其对上皮-间质转化动态和炎症信号通路的干扰 | 研究基于大鼠模型,结果向人类临床转化的直接适用性有待验证;样本量相对有限 | 探究先天性膈疝肺发育异常的细胞和分子机制 | 正常和CDH胎鼠肺组织(E17、E19、E21时间点) | 数字病理学 | 先天性膈疝 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫染色 | Seurat | 单细胞转录组数据、图像数据 | 正常和CDH胎鼠肺组织(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 26 | 2026-03-14 |
Inference of Tumor Progression Patterns in Colon Cancer Using Optimal Cell Order Analysis in Single Cell Resolution
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3592571
PMID:40811186
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研究论文 | 本研究提出了一种基于单细胞RNA-Seq数据的计算方法,用于推断结肠癌中细胞群体的进展模式 | 开发了一种基于排序的方法,利用最优重排序层次结构推断进展模式,并提供了先进的三维可视化工具和新评估指标 | 方法主要基于单细胞RNA-Seq数据,可能未考虑其他组学层面或更大样本量的验证 | 推断结肠癌中细胞群体的动态进展模式,如分化、信号传导或肿瘤进化轨迹 | 人类结肠样本的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞RNA-Seq | 基于排序的算法,主曲线可视化 | 单细胞RNA-Seq数据 | 未明确指定,但涉及真实人类结肠样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2026-03-13 |
Serum Procalcitonin: A Novel Tumor Biomarker for Diagnosis and Follow-Up in Fibrolamellar Hepatocellular Carcinoma
2025-Nov-20, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.11.18.25340286
PMID:41332840
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研究论文 | 本研究探讨了降钙素原(PCT)作为纤维板层型肝细胞癌(FLC)的新型血清和肿瘤生物标志物的诊断和随访价值 | 首次发现并验证了PCT在FLC中特异性高表达,可作为区分FLC与其他原发性肝癌(如HCC、CCA)的敏感且特异的生物标志物,并展示了其在治疗反应监测中的潜在应用 | 样本量相对较小(FLC患者18例),且研究为观察性,需要更大规模的前瞻性研究来进一步验证PCT的临床效用 | 评估降钙素原(PCT)作为纤维板层型肝细胞癌(FLC)诊断和随访生物标志物的潜力 | 纤维板层型肝细胞癌(FLC)患者、肝细胞癌(HCC)患者、胆管癌(CCA)患者、肝硬化患者及相关肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序、空间转录组学、免疫组织化学 | NA | 血清样本、肿瘤组织RNA测序数据、空间转录组数据、免疫组化图像 | 血清样本:34份来自18例转移性FLC患者,另加64例HCC、24例CCA、20例肝硬化患者;RNA测序:27个FLC肿瘤、331个HCC肿瘤、39个CCA肿瘤、71个肝母细胞瘤、34个肝细胞腺瘤及55个非肿瘤肝样本;空间转录组:3个FLC;免疫组化:13个FLC和34个其他原发或继发性肝癌 | NA | RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 28 | 2026-03-13 |
Multimodal Integration of Genomic Data Reveals Regulatory Mechanisms at the Polycystic Ovary Syndrome (PCOS)-Associated 12q13.2 Locus
2025-Nov-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262211184
PMID:41303667
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研究论文 | 本研究通过整合多种基因组数据,揭示了多囊卵巢综合征相关12q13.2基因座的调控机制 | 首次整合全外显子组测序、STARR-seq增强子活性和单细胞RNA测序数据,系统解析了PCOS相关基因座的功能机制 | 研究主要聚焦于12q13.2基因座,可能未涵盖PCOS的其他遗传因素;样本来源相对有限 | 阐明多囊卵巢综合征相关12q13.2基因座的遗传变异功能机制 | 多囊卵巢综合征患者和正常对照的卵泡膜细胞 | 基因组学 | 多囊卵巢综合征 | 全外显子组测序, STARR-seq, 单细胞RNA测序, 全基因组测序, eQTL共定位分析 | NA | 基因组变异数据, 增强子活性数据, 单细胞表达数据 | PCOS患者和正常对照的卵泡膜细胞样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 全外显子组测序, 全基因组测序 | NA | NA |
| 29 | 2026-03-13 |
Disruption of E-cadherin in the airway led to dysplastic stressed cells and asthma-like phenotypes
2025-Nov-17, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.030
PMID:40683251
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研究论文 | 本研究通过在小鼠气道中失活E-cadherin,揭示了其缺失如何导致细胞增殖增加、杯状细胞化生和免疫浸润,模拟哮喘表型,并阐明了上皮细胞内在的应激反应和免疫防御机制 | 首次证明E-cadherin缺失可在无过敏原暴露情况下诱发哮喘样表型,并发现上皮细胞具有感知连接破坏并启动免疫防御的内在能力 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证;未详细探讨其他黏附分子在此过程中的潜在补偿作用 | 探究E-cadherin在气道细胞命运决定和哮喘样表型形成中的作用机制 | 小鼠气道上皮细胞(特别是club细胞) | 单细胞组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2026-03-10 |
Pharmacological Inhibition of Ferroptosis Attenuates Experimental Abdominal Aortic Aneurysm Formation
2025-Nov, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323269
PMID:41036562
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研究论文 | 本研究探讨了铁死亡在腹主动脉瘤形成中的作用,并通过药理学抑制铁死亡来减轻实验性腹主动脉瘤的形成 | 首次在腹主动脉瘤形成中揭示了铁死亡的作用,并展示了使用liproxstatin-1抑制铁死亡可减轻主动脉炎症和重塑 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限,且仅使用了一种铁死亡抑制剂 | 探究铁死亡在腹主动脉瘤形成中的机制及药理学抑制的潜在治疗效果 | 人类腹主动脉瘤组织、C57BL/6小鼠(雄性和雌性)的主动脉组织、巨噬细胞和平滑肌细胞 | 单细胞组学 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA测序、质谱分析、组织学分析、体外细胞培养 | NA | 单细胞RNA测序数据、质谱数据、组织图像、体外实验数据 | 人类AAA组织数据库、使用弹性蛋白酶或弹性蛋白酶+β-氨基丙腈诱导的C57BL/6小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 31 | 2026-03-09 |
Epithelial pyroptosis-induced TREM1+ macrophages activate Th17 cells to accelerate oral mucosal inflammation
2025-Nov-29, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02853-7
PMID:41318555
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、空间转录组等技术,揭示了口腔黏膜慢性炎症中上皮细胞焦亡诱导的TREM1+巨噬细胞通过激活Th17细胞加速炎症发展的机制 | 首次揭示了上皮细胞焦亡诱导的TREM1+巨噬细胞在口腔黏膜慢性炎症中的关键作用,并建立了ORGUAMIA在线数据库整合多组学数据 | NA | 探究口腔慢性炎症的发病机制,特别是口腔扁平苔藓的恶性进展过程 | 口腔黏膜组织、免疫细胞(巨噬细胞、Th17细胞) | 数字病理学 | 口腔扁平苔藓 | 单细胞RNA测序, 空间转录组, 批量RNA测序, 多重免疫组化 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据, 临床随访数据 | 大型临床随访队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2026-03-09 |
Causality between Cholecystectomy, Blood Lipids, and Major Adverse Cardiac and Cerebrovascular Events: A Multimodal Approach Highlighting Lipid Regulation
2025-Nov, Bulletin of experimental biology and medicine
IF:0.9Q4
DOI:10.1007/s10517-026-06583-3
PMID:41706273
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研究论文 | 本研究采用孟德尔随机化等多种方法,评估了胆囊切除术对血脂水平和主要不良心脑血管事件风险的因果影响 | 首次采用多模态方法(包括孟德尔随机化、富集分析、多变量MR和表达数量性状位点MR)系统研究胆囊切除术与心血管风险的因果关系,并利用单细胞测序技术解析关键基因的细胞分布 | 研究结果基于公共数据库的遗传数据,可能存在人群特异性和未测量的混杂因素 | 评估胆囊切除术对血脂水平和主要不良心脑血管事件(MACCE)风险的因果影响 | 胆囊切除术患者、血脂水平、主要不良心脑血管事件(包括心绞痛、冠心病、心力衰竭、心肌梗死和中风) | 生物信息学 | 心血管疾病 | 孟德尔随机化(MR)、富集分析、多变量MR、表达数量性状位点MR、单细胞测序 | 孟德尔随机化模型 | 遗传数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 33 | 2026-03-08 |
In vivo differentiation of embryonic cells devoid of key reprogramming factors
2025-Nov-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116498
PMID:41171758
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA-seq分析斑马鱼胚胎中NPS突变细胞在野生型胚胎中的命运,探讨了NPS在发育重编程和分化中的作用 | 揭示了NPS在协调核与细胞质重编程、防止谱系特异性分化程序过早激活中的关键作用,并发现部分细胞可绕过短暂全能性达到类似野生型的中间发育状态 | 研究基于斑马鱼模型,结果可能不直接适用于其他物种;单细胞RNA-seq技术可能无法完全捕捉所有转录动态 | 探究NPS(Nanog、Pou5f3、Sox19b)在胚胎细胞发育重编程和分化中的功能 | 斑马鱼胚胎中的NPS突变细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 未明确指定样本数量,涉及斑马鱼胚胎细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2026-03-08 |
Myeloid cells mediate interferon-driven resistance to immunotherapy in advanced renal cell carcinoma
2025-Nov-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.10.013
PMID:41175876
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序数据,分析了肾细胞癌中干扰素信号在肿瘤免疫微环境中的作用,并探讨了其如何影响免疫检查点阻断疗法的疗效 | 通过混合效应模型推断细胞类型中干扰素诱导基因的可诱导性,并发现髓系细胞中的IFNγ信号而非肿瘤细胞信号可预测对一线免疫联合疗法的原发性耐药 | 研究主要基于体外实验和临床队列的推断模型,缺乏体内机制的深入验证 | 探究干扰素信号在肾细胞癌免疫治疗耐药中的作用机制 | 肾细胞癌的肿瘤免疫微环境,特别是髓系细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 混合效应模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2026-03-08 |
Retrospective transcriptomic analysis indicates temporal dysregulation of mitochondrial genes and metabolic pathways after volumetric muscle loss injury
2025-Nov, Physiological reports
IF:2.2Q3
DOI:10.14814/phy2.70612
PMID:41178047
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研究论文 | 本研究利用现有RNA-seq数据集,回顾性分析了体积性肌肉损失(VML)损伤后线粒体基因和代谢通路的时序性失调 | 通过整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,揭示了VML损伤后长达42天的转录组变化,特别是线粒体相关基因和代谢通路的动态调控 | 研究为回顾性分析,依赖于现有公开数据集,可能受原始实验设计和技术差异的限制 | 探究VML损伤后线粒体和代谢转录组的变化 | 大鼠(Rattus norvegicus)和小鼠(Mus musculus)的肌肉组织 | 数字病理学 | 肌肉损伤 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2026-03-06 |
Mitochondrial iron transport via MFRN1 is required for erythroid cell cycle progression
2025-Nov-25, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024014887
PMID:40601908
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研究论文 | 本研究开发了体内方法,探讨铁如何调节红细胞生成,并报告了通过mitoferrin-1(MFRN1)的线粒体铁运输对红细胞细胞周期进程至关重要 | 揭示了MFRN1介导的线粒体铁运输在红细胞细胞周期G2/M期进展中的关键作用,并通过铁补充实验验证了其机制 | 研究主要基于斑马鱼胚胎模型,可能需要在其他生物系统中进一步验证 | 探究铁代谢如何调节红细胞生成过程,特别是细胞周期和分化 | 斑马鱼胚胎中的红细胞(erythroid cells) | NA | NA | 单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing),荧光激活流式分选(fluorescence-activated flow sorting) | NA | RNA测序数据,流式细胞术数据 | 斑马鱼胚胎(包括野生型和mfrn1突变体),具体样本数量未明确说明 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2026-03-06 |
Polymer-based chemo-immunotherapy: Combining immunogenic cell death induction and PD-L1 blockade enhances antitumor immunity in melanoma
2025-Nov-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2025.114193
PMID:40907793
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研究论文 | 本研究探讨了一种基于聚合物的化学免疫疗法策略,结合诱导免疫原性细胞死亡的药物与PD-L1阻断剂,以增强黑色素瘤的抗肿瘤免疫反应 | 开发了一种结合可诱导免疫原性细胞死亡的HPMA共聚物-表柔比星偶联物(KT-1)与多价HPMA共聚物-PD-L1肽拮抗剂(MPPA)的新型聚合物化学免疫疗法,并证明其优于传统免疫检查点抑制剂单药治疗,且安全性更高 | 研究主要在B16F10黑色素瘤模型中进行,尚未在更广泛的肿瘤类型或临床环境中验证 | 开发一种更安全有效的化学免疫疗法,以克服黑色素瘤对传统免疫检查点抑制剂治疗的抵抗 | 黑色素瘤(B16F10模型) | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2026-03-06 |
TransST: transfer learning embedded spatial factor modeling of spatial transcriptomics data
2025-Nov-06, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06099-z
PMID:41199193
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研究论文 | 本文提出了一种名为TransST的新型迁移学习框架,用于从空间转录组学数据中推断细胞水平的异质性 | TransST通过自适应地利用外部来源的细胞标记信息,提高了空间转录组学数据中细胞亚群识别和生物标志物检测的准确性和鲁棒性 | NA | 开发一种迁移学习框架,以克服空间转录组学技术中分辨率和测序深度的限制,从而更可靠地提取生物信号 | 空间转录组学数据,特别是乳腺癌研究中的细胞亚群 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 迁移学习框架 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 39 | 2026-03-05 |
Brain tumors induce widespread disruption of calvarial bone and alteration of skull marrow immune landscape
2025-Nov, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02064-4
PMID:41044343
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研究论文 | 本文探讨了胶质母细胞瘤如何诱导颅骨骨异常并改变颅骨骨髓免疫环境 | 首次揭示了脑肿瘤对颅骨骨髓免疫景观的广泛破坏作用,并发现骨吸收抑制在特定亚型肿瘤中可能促进肿瘤进展 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限,且未深入探讨其他脑肿瘤类型的影响 | 研究脑肿瘤(特别是胶质母细胞瘤)对颅骨骨结构和骨髓免疫环境的影响 | 小鼠模型和胶质母细胞瘤患者 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和患者样本,具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 40 | 2026-03-03 |
Enhanced hematopoietic stem cell self-renewal and engraftment through human lung exosomal communication
2025-Nov-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.020
PMID:40798884
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研究论文 | 本研究揭示了肺细胞通过外泌体通讯在造血干细胞自我更新和移植中的重要作用 | 首次通过单细胞外泌体追踪分析和体内移植研究,发现肺细胞通过外泌体通讯调控造血干细胞稳态,挑战了传统认为仅骨髓微环境调控的观点 | 研究主要基于实验条件,在人类疾病如镰状细胞病和骨髓衰竭中的实际应用潜力仍需进一步验证 | 探究肺细胞外泌体通讯对造血干细胞自我更新和移植能力的影响及其分子机制 | 造血干细胞,特别是长期造血干细胞,以及人原代小气道上皮细胞来源的外泌体 | 单细胞生物学 | 镰状细胞病,骨髓衰竭 | 单细胞RNA测序,外泌体microRNA分析,蛋白质组学 | NA | 单细胞RNA测序数据,外泌体microRNA数据,蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |