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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-06-19 |
Simultaneous Measurement of RNA Synthesis and Degradation Rates in Single Cells Unveils the Regulatory Mechanisms of Temporal RNA Dynamics
2025-11-17, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202510939
PMID:41017207
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研究论文 | 开发了scDUAL-seq技术,能够同时测量单细胞中RNA合成与降解速率,揭示时间动态RNA的调控机制 | 首次在单细胞水平实现同时测量RNA合成和降解速率,通过双核苷类似物脉冲标记、化学核苷转化和单细胞RNA测序整合,提供更准确的RNA动力学速率和调控策略 | 文中未明确说明局限性 | 解决当前转录组学方法无法同时测量单细胞中全转录组RNA合成和降解速率的问题 | 单细胞中的RNA合成与降解速率 | 机器学习 | NA | RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | scDUAL-seq | 整合双核苷类似物脉冲标记、化学核苷转化和单细胞RNA测序 |
| 22 | 2026-06-19 |
Integrated bulk and single-cell transcriptomics identifies shared and specific immune signatures in Takayasu Arteritis
2025-11-11, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-025-03673-x
PMID:41219777
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研究论文 | 通过整合外周血T细胞亚群的批量RNA测序和主动脉组织的单细胞RNA测序,鉴定高安动脉炎中共享和特异的免疫特征 | 首次整合批量与单细胞转录组学揭示CD4+和CD8+ T细胞在高安动脉炎中的共享和特异性信号通路,并发现EGR1作为跨组织一致上调的关键分子开关和治疗靶点 | 样本量较小(8例治疗初治患者和3例健康对照用于批量测序,3例TAK患者和3例动脉粥样硬化对照用于单细胞测序),可能限制发现的普遍性 | 识别高安动脉炎的机械性生物标志物和治疗靶点 | 高安动脉炎患者和健康对照的外周血CD4+和CD8+ T细胞以及主动脉组织 | 机器学习 | 心血管疾病 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 8例治疗初治TAK患者和3例健康对照(外周血),3例TAK患者和3例动脉粥样硬化对照(主动脉组织) | Illumina | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | Illumina NovaSeq | 外周血T细胞亚群的批量RNA-seq和主动脉组织的单细胞RNA-seq均采用Illumina NovaSeq平台 |
| 23 | 2026-06-18 |
Characterizing hypoxia-orchestrated post-stroke changes in oligodendrocyte precursor cells for optimized cell therapy
2025-11-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102687
PMID:41173004
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研究论文 | 通过整合小鼠单细胞RNA测序数据、离体OPC培养和在体细胞移植实验,揭示了缺血性中风后少突胶质前体细胞的低氧调控动态变化,并优化细胞治疗策略 | 首次发现缺血性中风后OPC表现出“血管生成”和“寡源性”两种亚型,由不同低氧水平驱动,并利用严重低氧预处理诱导血管生成型OPC,通过静脉移植促进血管新生和功能恢复 | 研究主要基于小鼠模型,结果向人类转化需进一步验证;具体信号通路和细胞间互作机制尚未完全阐明 | 阐明缺血性中风后少突胶质前体细胞的功能调整机制及其对恢复的贡献,以优化干细胞治疗 | 小鼠少突胶质前体细胞 | 计算生物学 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 整合多个小鼠scRNA-seq数据集,涉及tMCAO模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 24 | 2026-06-18 |
Delineating transcriptomic signatures of in vitro human skeletal muscle models in comparison to in vivo references
2025-11-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102684
PMID:41135530
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研究论文 | 通过大规模比较分析,揭示体外人类骨骼肌模型与体内参考组织之间的转录组特征差异 | 首次对涵盖2D和3D模型的超过400个样本进行系统比较,发现体外模型在肌原性因子表达、表观遗传记忆保留及成纤维细胞生长因子配体缺失等方面的关键不足 | 未明确说明,但可能包括数据集的异质性、模型特异性差异的深入机制分析不足 | 评估体外骨骼肌模型与体内组织在转录组水平上的保真度,为改进模型提供靶向方向 | 人类骨骼肌体外模型(2D和3D)及其体内对应样本 | 机器学习 | 肌肉疾病 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、单细胞转录组数据 | 400多个样本,覆盖39项研究 | NA | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 25 | 2026-06-18 |
"Oxygen tone" drives stage-specific OPC phenotypes for cell-based stroke therapy
2025-11-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102709
PMID:41223837
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研究论文 | 探讨低氧环境如何影响缺血性脑卒中后少突胶质前体细胞(OPC)的表型变化,并揭示其促进血管生成和髓鞘再生的潜力 | 首次揭示“氧气张力”通过调控OPC阶段特异性表型来促进血管生成和髓鞘再生,为细胞治疗脑卒中提供新策略 | 依赖体内外模型,可能未能完全模拟人类脑卒中后的复杂微环境 | 研究低氧对缺血性脑卒中后OPC特征的调控作用及其治疗潜力 | 缺血性脑卒中后的少突胶质前体细胞(OPC) | 机器学习 | 脑血管疾病 | 单细胞转录组测序、体内外模型 | NA | 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2026-06-18 |
CFTR High Expresser BEST4+ cells are pH-sensing neuropod cells: new implications for intestinal physiology and cystic fibrosis disease
2025-11-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00082.2025
PMID:41005986
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究,确认人类肠道中的BEST4+细胞是CFTR高表达细胞(CHE),并进一步揭示其为pH感应神经足细胞,在肠道生理和囊性纤维化疾病中具有新意义 | 首次确定大鼠小肠中的CFTR高表达细胞为能够感应和响应腔内pH的神经足细胞,并证实BEST4细胞是近端小肠中的CHE,同时首次在CF大鼠模型中表征CHE中的CFTR及相关mRNA和蛋白 | NA | 探究BEST4+细胞作为CFTR高表达细胞的性质及其在肠道pH感应和囊性纤维化疾病中的作用 | 人类和大鼠肠道上皮细胞,特别是BEST4+和CFTR高表达细胞亚群 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类和小鼠肠道组织样本,具体数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | scRNA-Seq使用10x Chromium平台进行 |
| 27 | 2026-06-17 |
Developmental and transcriptional programs that define the initiation of the forelimb
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.23.689776
PMID:41394637
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研究论文 | 本研究通过测序技术定义了小鼠前肢起始的四个不同阶段,识别了前肢特异性转录的基因特征并揭示了TBX5的早期转录靶点 | 首次利用高通量测序方法系统解析前肢起始的时序转录程序,发现神经投射和细胞粘附相关基因作为TBX5候选早期靶点的全新机制模型 | 未知(摘要未提供) | 阐明脊椎动物前肢起始的分子机制和转录程序 | 小鼠胚胎的体壁侧板中胚层细胞 | NA | NA | RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, Ribo-ITP | NA | 转录组数据, 表观基因组数据 | 小鼠胚胎样本(未提供具体数量) | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, ChIP-seq, 核糖体分析 | NA | NA |
| 28 | 2026-06-15 |
Causality between Cholecystectomy, Blood Lipids, and Major Adverse Cardiac and Cerebrovascular Events: A Multimodal Approach Highlighting Lipid Regulation
2025-Nov, Bulletin of experimental biology and medicine
IF:0.9Q4
DOI:10.1007/s10517-026-06583-3
PMID:41706273
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研究论文 | 采用多模态方法探究胆囊切除术、血脂与主要不良心脑血管事件之间的因果关系,强调脂质调节的作用 | 结合孟德尔随机化、多变量孟德尔随机化、表达数量性状基因座孟德尔随机化及单细胞测序等多种方法,系统评估胆囊切除术对血脂和心脑血管事件的因果效应,并识别关键中介因子ApoB/ApoA1比率和LPL基因 | NA | 评估胆囊切除术对血脂水平和主要不良心脑血管事件风险的因果效应 | 胆囊切除术、血脂(包括ApoB/ApoA1比率)、主要不良心脑血管事件(心绞痛、冠心病、心力衰竭、心肌梗死、中风) | 机器学习 | 心血管疾病 | 孟德尔随机化、单细胞测序 | NA | 遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2026-05-30 |
Mapping CMV-related immune signatures in blood, aorta and perivascular mediastinal adipose tissue
2025-11-06, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0401
PMID:41194668
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研究论文 | 绘制巨细胞病毒感染在血液、主动脉和纵隔脂肪组织中的免疫特征 | 首次通过单细胞RNA测序和免疫表型分析,在心脏手术患者中同时检测血液、主动脉和纵隔脂肪组织中巨细胞病毒驱动的免疫变化,揭示其在主动脉中抑制干扰素-α信号并增强TNF-α信号的新机制 | 样本量较小(11例),需更大规模研究验证,人群以老年男性为主,可能影响普遍性 | 探究巨细胞病毒感染如何驱动全身及组织特异性免疫变化,进而促进心血管疾病 | 心脏手术患者的胸主动脉、血液和纵隔脂肪组织 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、ELISA | NA | 单细胞基因表达数据、免疫表型数据 | 11例心脏手术患者,其中4例CMV阴性,7例CMV阳性 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2026-05-30 |
Key Considerations on CITE-Seq for Single-Cell Multiomics
2025-11, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.202400011
PMID:39924789
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综述 | 本文以微孔单细胞分析系统为例,重点介绍CITE-Seq工作流程,并提供使用抗体衍生标签染色细胞的关键考虑因素 | 系统总结了CITE-Seq在单细胞多组学中的应用关键点,包括文库制备、测序和数据分析的实用指南 | 未提及具体局限性 | 提供CITE-Seq完整工作流程的实用指导 | CITE-Seq技术及其在单细胞多组学中的应用 | 单细胞组学 | NA | CITE-Seq | NA | 基因表达与蛋白质丰度数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | 微孔单细胞分析系统 | 基于微孔的单细胞分析系统 |
| 31 | 2026-05-29 |
Integrative Analysis of Lactylation-Associated Features in Abdominal Aortic Aneurysm and Its Immune Microenvironment Utilizing scRNA-seq and Bulk RNA Sequencing
2025-11-25, Circulation journal : official journal of the Japanese Circulation Society
IF:3.1Q2
DOI:10.1253/circj.CJ-24-0892
PMID:40301103
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序和批量RNA测序综合分析腹主动脉瘤中乳酸化相关特征及其免疫微环境 | 首次将乳酸化与腹主动脉瘤中的免疫失调联系起来,并利用单细胞和批量RNA测序整合分析揭示不同免疫细胞类型的乳酸化异质性及潜在关键基因 | 仅基于公共数据集和动物实验验证,缺乏更大规模临床样本验证;机器学习的组合方法可能导致结果偏差 | 阐明乳酸化在腹主动脉瘤发病机制中的作用及其与免疫微环境的关系 | 腹主动脉瘤患者免疫细胞和相邻组织样本的转录组数据 | 机器学习 | 腹主动脉瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | CNN, LSTM, GAN | 转录组数据 | 未明确说明,但涉及单细胞和批量RNA数据(人类样本)及动物实验(小鼠) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2026-05-29 |
Exploring the Epidemiology and Molecular Mechanisms of Riboflavin Against Chronic Kidney Disease Based on Data Mining, Single-Cell RNA Sequencing and Molecular Docking
2025 Nov-Dec, Journal of the American Nutrition Association
IF:6.8Q1
DOI:10.1080/27697061.2025.2509900
PMID:40435123
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研究论文 | 基于数据挖掘、单细胞RNA测序和分子对接技术,探索核黄素对慢性肾脏病的流行病学关联及分子机制 | 首次结合大规模流行病学调查(NHANES)、单细胞RNA测序和分子对接方法,系统阐明核黄素预防慢性肾脏病的流行病学证据和潜在分子机制 | 未提及具体局限,但可能包括样本代表性限制、数据库偏倚或验证实验不足等 | 阐明核黄素与慢性肾脏病的流行病学关联及其预防机制 | 核黄素与慢性肾脏病的关联,涉及人群调查数据、肾脏细胞和靶点蛋白 | 机器学习 | 慢性肾脏病 | RNA测序 | NA | 文本 | NHANES流行病学数据(具体样本量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 33 | 2026-05-28 |
Decipherment of disulfidptosis-related mutation profile, chemosensitivity, and prognosis in diffuse large B-cell lymphoma
2025-11, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany)
DOI:10.1007/s00109-025-02571-8
PMID:40824493
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研究论文 | 探索弥漫性大B细胞淋巴瘤中二硫化物凋亡相关突变谱、化疗敏感性和预后 | 首次系统分析二硫化物凋亡相关基因在30种肿瘤中的表达模式及其在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的突变谱、预后和化疗敏感性,并构建新的风险评分 | 未提及明确的局限性 | 研究二硫化物凋亡相关基因在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的突变、预后及化疗敏感性,构建风险评分以指导预后和治疗 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者及30种肿瘤类型 | 机器学习 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 转录组测序, 体细胞突变测序, 单细胞RNA测序 | 风险评分模型 | 转录组数据, 体细胞突变数据, 单细胞RNA测序数据 | 训练和验证队列(具体数量未在摘要中说明) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2026-05-27 |
Single Cell and Spatial Transcriptomics Identify Novel Immune-Stromal Interactions in Cardiac Allograft Vasculopathy
2025-Nov-21, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7812112/v1
PMID:41333445
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术,鉴定心脏同种异体移植物血管病中新的免疫-基质细胞相互作用 | 首次利用单细胞RNA测序和空间转录组学联合分析,揭示了心脏同种异体移植物血管病中独特的细胞和转录特征,并发现干扰素信号通路作为潜在治疗靶点 | 研究基于人类冠状动脉样本和小鼠模型,可能无法完全反映人类疾病长期进展的复杂性 | 阐明心脏同种异体移植物血管病的细胞和分子致病机制,寻找新的治疗靶点 | 人类冠状动脉样本(包括CAV、动脉粥样硬化及非疾病对照)和小鼠CAV模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录数据 | 人类冠状动脉样本(包括CAV、动脉粥样硬化及非疾病对照组)和小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium单细胞RNA测序和10x Visium空间转录组学 |
| 35 | 2026-05-27 |
Extracellular vesicle-induced lipid dysregulation drives liver premetastatic niche formation in colorectal cancer
2025-11-10, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-334851
PMID:40562522
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research paper | 揭示了结直肠癌细胞来源的细胞外囊泡通过诱导肝脏脂质代谢紊乱促进肝转移前微环境形成的机制 | 首次发现高转移能力的结直肠癌细胞分泌的细胞外囊泡中富含促脂肪生成脂质,通过库普弗细胞介导的TNF-α分泌驱动肝脏脂质积累,从而形成转移前微环境 | NA | 阐明高肝转移能力的结直肠癌细胞来源的细胞外囊泡促进肝脏转移前微环境形成的分子机制 | 结直肠癌细胞及肝转移小鼠模型 | machine learning | 结直肠癌 | 脂质组学、单细胞测序 | NA | 脂质组学数据、单细胞测序数据 | 小鼠模型及结直肠癌患者肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2026-05-27 |
Enhanced hematopoietic stem cell self-renewal and engraftment through human lung exosomal communication
2025-Nov-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.020
PMID:40798884
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研究论文 | 发现人类肺细胞通过外泌体通讯增强造血干细胞自我更新和植入能力 | 首次揭示肺细胞通过外泌体调控造血干细胞自我更新和植入,打破了传统认为仅由骨髓龛调控的观点 | 未提及具体局限性 | 探究肺细胞通过外泌体通讯对造血干细胞自我更新和植入的调控机制 | 小鼠造血干细胞及人原代小气道上皮细胞来源的外泌体 | 自然语言处理 | 镰状细胞病, 骨髓衰竭 | 单细胞外泌体追踪, 单细胞RNA测序, 外泌体miRNA分析, 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, miRNA数据, 蛋白质表达数据 | 小鼠模型及人原代细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序用于外泌体靶细胞分析 |
| 37 | 2026-05-27 |
Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity
2025-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07221-6
PMID:38658747
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研究论文 | 利用BARseq高通量原位测序技术对小鼠全皮层进行细胞分辨率下的基因表达分析,揭示了皮层区域的身份由转录组类型组成决定,并发现视觉剥夺导致转录组身份向邻近区域偏移 | 首次结合高通量原位测序BARseq与大规模单细胞基因表达分析,揭示了皮层区域身份与转录组类型组成的强预测关系,并将皮层模块与连接性相关联 | 仅使用了104个细胞类型标记基因,可能未覆盖所有神经元亚型;研究限于小鼠模型,人类皮层是否具有类似组织尚待验证 | 探究大脑皮层区域身份的转录组学基础及其发育过程中如何建立 | 小鼠前脑半球中4,194,658个皮层神经元及共10.3百万个细胞 | 数字病理学 | NA | 原位测序(BARseq) | NA | 基因表达数据 | 9个小鼠前脑半球中10.3百万个细胞,包含4,194,658个皮层神经元 | NA | 空间转录组学 | BARseq | BARseq高通量原位测序技术,针对104个细胞类型标记基因进行检测 |
| 38 | 2026-05-27 |
Intrinsic changes in cell differentiation and identity drive impaired wound healing in aged female murine skin
2025-11-01, Biogerontology
IF:4.4Q1
DOI:10.1007/s10522-025-10340-w
PMID:41175301
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析衰老小鼠皮肤伤口愈合障碍的细胞内在机制 | 首次在单细胞水平系统揭示衰老导致皮肤驻留细胞(角质形成细胞、成纤维细胞、巨噬细胞)分化异常、身份丧失及炎症信号改变的级联机制 | 仅使用雌性小鼠模型,未包含雄性性别或人类样本的验证 | 阐明衰老引起的细胞内在变化对皮肤伤口愈合早期反应的分子和细胞影响 | 年轻和老年雌性小鼠的完整皮肤及伤后3天的伤口组织 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 年轻和老年雌性小鼠皮肤及伤口样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 39 | 2026-05-27 |
Distinct stromal cell populations define the B-cell acute lymphoblastic leukemia microenvironment
2025-11, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02734-z
PMID:40817406
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序对B细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL)的骨髓微环境进行异质性分析,鉴定出不同的间充质基质细胞群并揭示其功能 | 首次在单细胞分辨率下鉴定出B-ALL骨髓微环境中的早期间充质祖细胞和脂肪生成祖细胞两种基质细胞群,并发现脂肪生成祖细胞通过IL-7和VCAM1信号促进白血病细胞存活和耐药,且在复发样本中富集 | 未说明 | 解析B细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL)骨髓微环境中的细胞异质性及其对白血病进展的影响 | 儿童B-ALL患者的骨髓抽吸物和骨活检样本 | 单细胞组学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、共培养实验 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 儿科B-ALL患者的骨髓抽吸物样本 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 40 | 2026-05-27 |
The evolving nosology of myeloid neoplasms: the semi-centennial of the 1976 French-American-British classification
2025-11, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02746-9
PMID:40858808
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综述 | 回顾了骨髓系肿瘤分类法从1976年FAB分类至今50年的演变历程,探讨了下一代测序技术、单细胞测序和多组学等新技术对分类法的影响 | 从历史视角系统分析了骨髓系肿瘤分类法的演变,强调了克隆性造血不确定潜能(CHIP)作为前驱病变的概念框架,并展望了单细胞测序和多组学在未来分类中的整合可能 | 作为综述文章,未提供新实验数据或验证;对新兴技术的讨论基于已有文献,其实际应用效果有待验证 | 分析骨髓系肿瘤分类法在过去50年的演变,并探讨新兴技术对未来分类的影响 | 骨髓系肿瘤的分类系统及诊断标准 | 机器学习 | 骨髓系肿瘤 | 下一代测序, 单细胞测序, 多组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |